BAB I

FERMENTASI

Fermentasi adalah suatu proses produksi energi dalam sel, dalam keadaan anaerobik
(tanpa oksigen). Secara umum proses fermentasi ini dilakukan oleh ragi yang biasanya
digunakan untuk memproduksi makanan. Persamaan reaksi kimia:
C6H12O6 → 2C2H5OH + 2CO2 + 2 ATP (Energi yang dilepaskan : 118 kJ per mol)
Dijabarkan sebagai berikut :
Gula (glukosa, fruktosa, atau sukrosa) → Alkohol (etanol) + Karbon dioksida + Energi (ATP)

FERMENTASI ETANOL
Fermentasi etanol dilakukan baik oleh eukariota dan prokariota. Eukariota yang paling
sering dipakai sebagai fermentor etanol adalah khamir (Saccharomeces spp). Prokariota yang
sering digunakan dalam fermentasi etanol adalah Pseudomonas dan Zymomonas mobilis.

1. Fermentasi Etanol oleh Khamir (Saccharomeces cerevisiae)

Khamir Saccharomeces cerevisiae menggunakan jalur EMP dalam memfermentasi

glukosa menjadi etanol pada kondisi netral atau sedikit asam dan anaerob. Pada kondisi
mikroaerofil S. cerevisiae melakukan respirasi. Pada kondisi tersebut 10% glukosa biasanya
direspirasi menjadi CO2. Fermentasi etanol oleh S. cerevisiae menghasilkan etanol kurang dari
50%. Pada kondisi aerob khamir melakukan respirasi.

Terdapat perubahan produk pada fermentasi etanol akibat perubahan kondisi media. Jika
pada media terkandung natrium sulfit, maka menghasilkan gliserol sebagai produk yang
dominan. Hal ini karena asetaldehid terjerat oleh sulfit, sehingga menjadi bisulfid. Pada kondisi
ini asetaldehid tidak dapat menjadi akseptor elektron bagi NADH, sehingga gliserol fosfat
berperan sebagai akseptor elektron bagi NADH dan gliserol fosfat diubah menjadi gliserol.
Reaksi keseluruhan adalah sebagai berikut.

1
 C6H12O6 + HSO3-  C3H8O3 + CO2 + C2H4O-HSO3-

glukosa sulfit gliserol asetaldehidbisulfid

Jika media dalam kondisi alkali, terdapat perubahan komposisi produk. Pada kondisi
alkali glukosa akan diubah menjadi gliserol, etanol, asetat, dan CO2. Pada kondisi alkali maka
asetaldehid akan dioksidasi menjadi asetat dan NADH. NADH dipakai untuk mereduksi
asetaldehid lainnya menjadi etanol. NADH hasil oksidasi glukosa menjadi 2 asetaldehid
digunakan untuk mereduksi dihidroksiaseton fosfat menjadi gliserol fosfat, kemudian menjadi
gliserol.
glukosa + 2 NAD+  2 asetaldehid + 2 NADH + 2 H+ + 2 CO2

glukosa + 2 ATP  2 dihidroksiaseton fosfat + 2 ADP

asetaldehid + NAD+ + H2O  asetat + NADH + H+

asetaldehid + NADH + H+  NAD+ + etanol

2 dihidroksiaseton fosfat + 2 NADH + 2 H+  2 gliserol fosfat + 2 NAD+

2 gliserol fosfat  2 gliserol + 2 Pi +.

2 C6H12O6 + 2 ATP + H2O  2 C3H8O3 + 2 CO2 + C2H6O + C2H4O2 +2(ADP+Pi)

glukosa gliserol etanol asetat

2. Fermentasi Etanol oleh Zymomonas mobilis

Zymomonas mobilis merupakan prokariota obligat fermentatif dan mampu

memfermentasi glukosa menjadi etanol dan karbon dioksida. Glikolisis glukosa menjadi piruvat
melalui jalur Entner Doudoroff. Etanol diperoleh dari dekarboksilasi piruvat menjadi asetaldehid
dan reduksi asetaldehid menjadi etanol.

Pada fermentasi etanol dihasilkan produk sampingan, yaitu karbon dioksida. Karena berat
molekul etanol dan karbondioksida relatif sama, maka efisiensi produksi etanol dari glukosa
adalah 50%.

2
 Beberapa keuntungan fermentasi etanol dengan menggunakan Z. mobilis dibandingkan S.
cerevisiae. Keuntungan itu adalah sebagai berikut. Efisiensi produksi etanol dapat meningkat
sampai mendekati 50%. Produksi etanol relatif cepat, karena Z. mobilis mempunyai piruvat
dekarboksilase lebih banyak, sehingga dengan cepat piruvat didekarboksilasi menjadi
asetaldehid, kemudian menjadi etanol. Produk samping relatif sedikit, itupun didominasi CO2.
Hal ini karena Z. mobilis merupakan bakteri obligat fermentatif. Produksi etanol dalam media
mampu mencapai 40%. Hal ini karena toleransi Z. mobilis yang tinggi terhadap etanol.

FERMENTASI ASAM LAKTAT

Bakteri asam laktat mampu mengubah glukosa menjadi asam laktat. Bakteri tersebut
adalah Lactobacillus, Streptococcus, Leuconostoc, Pediococcus, dan Bifidobacterium. Ada 2
kelompok fermentasi asam laktat, yaitu homofermentatif dan heterofermentatif. Yang disebut
lebih dulu menggunakan glikolisis melalui jalur EMP dan yang satunya menggunakan glikolisis
melalui jalur HMP.

1. Fermentasi Asam Laktat Homofermentatif

Bakteri asam laktat homofermentatif menghasilkan mayoritas asam laktat dengan sedikit
produk samping, yaitu gliserol, etanol, asetat, format dan CO2. Bakteri asam laktat
homofermentatif mengoksidasi glukosa menjadi 2 piruvat melalui jalur EMP. Pada jalur ini
menghasilkan 2 ATP. NADH yang dihasilkan pada jalur ini dipakai untuk mereduksi piruvat
menjadi asam laktat. Reaksi keseluruhan adalah

Glukosa + 2ADP + 2Pi  2 Laktat + 2 ATP

Produk samping diperoleh, karena bakteri asam laktat homofermentatif mempunyai

berbagai enzim yang dapat mengubah piruvat menjadi etanol dan CO2, asetat dan format, dan
laktat. Jika piruvat tidak segera diubah menjadi produk di atas, NADH dipakai untuk mereduksi
dihidroksi aseton fosfat menjadi gliserol.Perubahan nilai pH pada media dapat mengubah
komposisi produk fermentasi asam laktat homofermentatif Lactobacillus casei.

3
2. Fermentasi Asam Laktat Heterofermentatif

Bakteri asam laktat heterofermentatif menghasilkan asam laktat dan produk fermentasi
lainnya (kebanyakan etanol) dengan rasio yang seimbang. Hal ini karena mereka mengoksidasi
glukosa menjadi piruvat dan asetil fosfat melalui jalur HMP. Piruvat kemudian direduksi
menjadi asam laktat, sedangkan asetil fosfat kemudian direduksi menjadi etanol. Pada jalur ini
menghasilkan 1 ATP. Reaksi keseluruhan adalah.

Glukosa + ADP + Pi  Laktat + etanol + CO2 + ATP

Bakteri Streptococcus mutans mempunyai kemampuan dalam memfermentasi glukosa

menjadi laktat (heterofermentatif) dalam suasana aerob. Pada kondisi aerob NADH dioksidasi
menjadi NAD+ dengan bantuan oksigen dan NADH oksidase. Oleh karena itu, terdapat
perubahan produk, di mana etanol diubah menjadi asetil KoA dan kemudian menjadi asetat.
Perubahan asetil KoA menjadi asetat menghasilkan ATP. Jamur Rhizopus oryzae juga
mempunyai kemampuan memfermentasi karbohidrat (pati dan glukosa) menjadi etanol dan asam
laktat secara aerob.

3. Fermentasi Asam Laktat Melalui Jalur Bifidium

Dinamakan jalur bifidium, karena ditemukan pada Bifidobacterium bifidium. Secara

keseluruhan fermentasi asam laktat melalui jalur bifidium adalah

2 Glukosa + 5 ADP + 5 Pi  3 asetat + 2 laktat + 5 ATP

Fermentasi asam laktat pada jalur ini melalui glikolisis melalui modifikasi jalur Pentosa
Fosfat. Dua molekul glukosa difosforilasi menjadi 2 molekul fruktosa 6-fosfat (perlu 2 ATP).
Satu molekul fruktosa 6-fosfat dipecah menjadi eritrosa 4-fosfat dan asetil fosfat. Eritrosa 4-
fosfat kemudian bereaksi dengan satu molekul fruktosa 6-fosfat lainnya menghasilkan
sedoheptulosa 7-fosfat dan fosfogiseraldehid. Sedoheptulosa 7-fosfat bereaksi lagi dengan
fosfogiseraldehid menghasilkan xilulosa 5-fosfat dan ribulosa 5-fosfat. Ribulosa 5-fosfat
berisomerasi menjadi xilulosa 5-fosfat.

4
 Dua molekul xilulosa 5-fosfat dipecah menjadi 2 fosfogliseraldehid dan 2 asetil fosfat.
Dua molekul fosfogliseraldehid dioksidasi menjadi 2 piruvat kemudian direduksi menjadi 2
laktat (menghasilkan 4 ATP). Dua molekul asetil fosfat diubah menjadi 2 asetat (menghasilkan 2
ATP).

FERMENTASI ASETAT
Clostridium thermoaceticum mampu memfermentasi piruvat menjadi asetat melalui jalur
asetil KoA. Karena produknya asetat, maka disebut juga asetogenesis. Selain C. thermoaceticum,
bakteri pereduksi sulfat Desulfotomaculum thermobenzoicum juga mampu memfermentasi
piruvat menjadi asetat di media tanpa sulfat. Kedua prokariota ini melakukan fermentasi piruvat
menjadi asetat dengan model dan enzim yang sama. Kedua prokariota juga mampu menambat
CO2 menjadi asetat juga dengan model yang sama. Yang membedakan adalah protein pembawa
karbon (lihat penambatan CO2 pada bab sebelumnya).

Piruvat diperoleh dari hasil glikolisis glukosa. Empat molekul piruvat dioksidasi oleh
piruvat dehidrogense menjadi 4 molekul asetil KoA. Pergantian gugus KoA dengan fosfat oleh
fosfotransasetilase membuat asetil KoA berubah menjadi asetil fosfat. Defosforilasi (dikopling
dengan sintesis ATP) asetil fosfat oleh asetat kinase menghasilkan asetat.

Pada proses fermentasi piruvat menjadi asetat menghasilkan 8 molekul NADH. NADH
dipakai untuk menambat CO2 menjadi asetat. Enam elektron dipakai untuk menambat CO2
menjadi gugus metil [CH3] melalui jalur asetil KoA pada metanogen. Dua elektron dipakai untuk
menambat CO2 menjadi kompleks karbonmonoksida karbonmonoksida dehidrogenase (CO-
CODH). Selanjutnya, gugus metil diinkorporasi ke kompleks CO-CODH menjadi CH3-CO-
CODH. Gugus CH3-CO- ditransfer ke KoA juga oleh karbonmonoksida dehidrogenase, sehingga
menjadi asetil KoA. Selanjutnya asetil KoA diubah menjadi asetat sama seperti pada fermentasi
piruvat menjadi asetat. Reaksi keseluruhan asetogenesis Desulfotomaculum thermobenzoicum
adalah 4 Piruvat + 4 ADP + 4 Pi  5 asetat + 2 CO2 + 4 ATP

Modifikasi siklus pentosa fosfat digunakan untuk memfermentasi glukosa menjadi

asetat). Glukosa difosforilasi menjadi glukosa 6-fosfat, kemudian diisomerisasi menjadi 2
molekul fruktosa 6-fosfat. Fruktosa 6-fosfat dipecah menjadi asetil fosfat dan eritrosa 4-fosfat.

5
Asetil fosfat dideforforilasi menjadi asetat. Eritrosa 4-fosfat bereaksi dengan fruktosa 6-fosfat
menjadi sedoheptulosa 7-fosfat dan gliseraldehid 3-fosfat. Reaksi ini dikatalisis transaldolase.
Sedoheputosa 7-fosfat dan gliseraldehid 3-fosfat bereaksi menjadi ribulosa 5-fosfat dan xilulusa
5-fosfat. Reaksi ini dikatalisis transketolase. Xilulosa 5-fosfat diisomerisasi menjadi ribulosa 5-
fosfat. Dua molekul Ribulosa 5-fosfat dipecah menjadi 2 molekul gliseraldehid 3-fosfat dan 2
molekul asetil fosfat. Dua molekul asetil KoA didefosforilasi menjadi asetat. Dua molekul
gliseraldehid 3-fosfat berkondensasi menjadi fruktosa 1,6-bisfosfat. Fruktosa 1,6-bisfosfat
terdefosforilasi menjadi fruktosa 6-fosfat. Fruktosa 6-fosfat menggantikan fruktosa 6-fosfat yang
bereaksi dengan eritrosa 4-fosfat.

Karakteristik Asetobacter dan Gluconobacter adalah kemampuannya mengoksidasi

etanol menjadi asetat. Dua dehidrogenase membran sel terlibat dalam oksidasi etanol menjadi
asetat, yaitu etanol dehidrogenase dan asetaldehid dehidrogenase. Reaksi keseluruhan oksidasi
fermentasi etanol menjadi asetat adalah sebagai berikut.

CH3CH2OH + ½ O2  CH3COOH + 2H

etanol asetat

E. FERMENTASI BUTIRAT
Fermentasi butirat dilakukan oleh Clostridium sp (Gambar 13.7). Clostridium adalah
bakteri penghasil spora heterogenus. Mereka dapat sebagai sakarolitik atau proteolitik.
Clostridium proteolitik sangat penting bagi dekomposisi anaerob yang disebut putrefaction.
Clostridium butyricum mampu memfermentasi karbohidrat menjadi butirat. Produk fermentasi
selain butirat adalah gas hidrogen, karbondioksida, sedikit asetat.

Glukosa dipecah menjadi piruvat melalui jalur EMP (menghasilkan 4 elektron dan 2
ATP). Piruvat didekarboksilasi oleh piruvatferedoksi eksidoreduktase menjadi asetil KoA, CO2.
H2 diperoleh dari aktivitas oksidasi hidrogenase terhadap feredoksin. Dua molekul asetil KoA
berkondensasi menghasilkan asetoasetil KoA dengan bantuan asetil KoA asetiltransferase.
Asetoasetil KoA direduksi menjadi -hidroksibutiril KoA oleh dehidrogenase. -Hidroksibutiril
KoA didehidrasi menjadi krotonil KoA oleh krotonase. Krotonil KoA direduksi menjadi butiril

6
KoA oleh butiril KoA dehidrogenase. Pengantian gugus KoA oleh fosfat mengakibatkan butiril
KoA menjadi butiril fosfat. Reaksi ini dikatalisis fosfotransbutirilase. Butiril fosfat
didefosforilasi (dikopling dengan sintesis ATP) menjadi butirat oleh butirat kinase.

C. tyrobutyricum mampu memproduksi butirat dan asetat dari glukosa. Untuk

menurunkan produksi asetat, gen pta yang mengkode asetat kinase dapat dihilangkan. Meskipun
gen pta dihilangkan, tetapi C. tyrobutyricum masih mampu menghasilkan asetat. Hal ini
menunjukkan bahwa terdapat jalur atau enzim lain yang mampu menghasilkan asetat.

Tabel Perbandingan kadar produk pada fermentasi butirat dan Butanol-aseton (mmol/100 mmol
glukosa)

Produk C. C. aceto- C. C. thermac- B. aceto- B.

saccharo- butylicum butylicum charolyticum ethylicum polymyxa
butyricum

CO2 195,5 220,0 207,0 174,0 215,0 195,0

H2 233,0 165,9 111,1 229,4 137,0 54,0

Asetat 42,6 24,8 20,3 48,5 16,0 5,0

Butirat 75,3 7,1 14,5 59,5

Format Sedikit 10,0

Laktat 25,7

Etanol 4,9 122,0 95,0

Butanol 47,4 50,2 4,5

Aseton 22,3 28,0 6,0

Isopropa 18,0
nol
5,7

7
 Asetoin 12,0 39,0

2,3-
Butandi
ol

Rekoveri 97,0 98,0 93,5 98,0 105,0 100,0

C%

Sumber: Moat A.G. & J.W. Foster. 1995. Microbial Physiology. Wiley-Lyss, New York

Ketika sel masuk ke fase statis dan kandungan butirat tinggi, terjadi fermentasi glukosa
dan pentosa menjadi aseton. Selain itu, terjadi konsumsi butirat asetat menjadi butanol dan etanol

Glukosa dan pentosa diglikolisis menjadi piruvat. Piruvat didekarboksilasi menjadi asetil
KoA oleh piruvatferedoksin oksidoreduktase. Kondensasi 2 molekul asetil KoA menjadi
asetoasetil KoA oleh asetil KoA transasetilase. Asetoasetat dipecah menjadi aseton dan CO2 oleh
asetoasetat dekarboksilase.Gugus KoA dari asetoasetil KoA ditransfer ke butirat atau asetat,
sehingga menjadi butiril KoA atau asetil KoA . Reaksi ini dikatalisis asetoasetil KoA-butirat atau
asetat-KoA transferase. Butiril KoA direduksi menjadi butiraldehid oleh butiraldehid
dehidrogenase, kemudian direduksi menjadi butanol oleh butanol dehidrogenase. Sedangkan
asetil KoA direduksi menjadi asetaldehid oleh asetaldehid dehidrogenase, kemudian direduksi
menjadi etanol oleh etanol dehidrogenase.

FERMENTASI PROPIONAT
Propionat, asetat, dan karbon dioksida merupakan produk utama dari fermentasi laktat,
glukosa, dan gliserol oleh Propiniobacterium, Veillonella, Bacteroides dan beberapa Clostridium
spp. Hipotesis awal menyatakan bahwa langkah awal fermentasi propionat adalah dehidrasi
laktat menjadi akrilat. Akrilat kemudian direduksi menjadi propionat. Rute tersebut teramati
pada Clostridium propionicum, Bacteroides rumicola, dan Peptostreptoccus. Pada
Propionibacterium dan Veillonella pembentukan propionat melalui rute yang lebih kompleks.

8
1. Fermentasi Propionat oleh Clostridium propionicum

C. propionicum mampu memfermentasi asam laktat menjadi asetat (melalui jalur asetil
KoA) dan propionat (melalui jalur akrilil KoA) dan menghasilkan 1 ATP . Satu molekul laktat
didehidrogenasi menjadi piruvat oleh laktat dehidrogenase. Piruvat didehidrogenasi dan
dekarboksilasi menjadi asetil KoA oleh piruvatferedoksin oksidoreduktase. Gugus fosfat
menggantikan gugus KoA oleh fosfotransasetilase, sehingga Asetil KoA diubah menjadi asetil
fosfat. Asetil fosfat didefosforilasi (dikopling dengan sintesis ATP) menjadi asetat oleh asetat
kinase. Pada jalur ini menghasilkan 1 ATP, 1 CO2, dan 4 elektron. Empat elektron dipakai untuk
mereduksi 2 molekul laktat menjadi 2 molekul propionat.

Gugus KoA (berasal dari propionil KoA) ditransfer ke laktat oleh KoA transferase,
sehingga menjadi laktil KoA. laktil KoA terdehidrasi menjadi akrilil KoA. Reaksi ini dikatalisis
akrililase. Akrilil KoA direduksi menjadi propionil KoA oleh propionil KoA dehidrogenase.
Propionil KoA diubah menjadi propionat. Reaksi keseluruhan adalah sebagai berikut.

3 Laktat + ADP + Pi  2 propionat + asetat + CO2 + ATP

2. Fermentasi Propionat oleh Propionibacterium

Propionibacterium memfermentasi laktat, triosa, dan heksosa menjadi propionat (jalur

suksinat-propionat), asetat (jalur asetil KoA), dan karbon dioksida. Tiga molekul laktat diubah
menjadi tiga molekul piruvat oleh laktat dehidrogenase. Satu molekul piruvat diubah menjadi
satu molekul asetat sama seperti pada C. propionicum. Fermentasi laktat menjadi asetat
menghasilkan 2 elektron dan perubahan 2 molekul laktat menjadi 2 molekul piruvat
menghasilkan 6 elektron. Delapan elektron ini dipakai untuk mereduksi piruvat menjadi
propionat.

Piruvat dikarboksilasi (berasal dari dekarboksilasi metilmalonil KoA) menjadi

oksaloasetat oleh transkarboksilase. Reduksi oksaloasetat menjadi malat oleh malat
dehidrogenase. Malat dihidrasi menjadi fumarat oleh fumarase. Fumarat direduksi menjadi
suksinat oleh fumarat reduktase. Transfer gugus KoA (berasal dari propionil KoA) ke suksinat,
sehingga menjadi suksinil KoA. Reaksi ini dikatalisis suksinil KoA transferase. Re-aransemen

9
suksinil KoA menjadi metil malonil KoA oleh metil malonil KoA rasemase. Dekarboksilasi
metil malonil KoA oleh transkarboksilase, sehingga menjadi propionil KoA. Propionil KoA
diubah menjadi propionat. Secara teoritis rasio propionat dan asetat adalah 2, tetapi tidak jarang
rasionya lebih dari 2. Reaksi keseluruhan adalah sebagai berikut.

3 Laktat + 2 ADP + 2 Pi  2 propionat + asetat + CO2 + 2 ATP

Tampak bahwa reduksi piruvat menjadi suksinil KoA merupakan rute pada jalur reduktif-
asam sitrat, Jadi boleh dikatakan bahwa fermentasi propionat pada Propionibacterium melalui
jalur reduktif-asam sitrat. Produksi propionat dan asetat dapat ditingkatkan, jika tekanan gas CO2
diturunkan.

. FERMENTASI ASAM CAMPURAN

Pada kondisi anaerob dan ketiadaan akseptor elektron, anggota Enterobacteriaceae

(Escherichia, Enterobacter, Salmonella, Klebsiella, dan Shigella) memfermentasi glukosa
menjadi campuran asetat, format, suksinat, etanol, CO2 dan H2. Semua produk diperoleh dari
fosfoenol piruvat (PEP) (Gambar 13.11). Atau lebih tepatnya suksinat dari PEP. Lainnya dari
piruvat (piruvat diperoleh dari PEP).

Tabel Fermentasi propionat oleh Propionibacterium (mmol/100 mmol glukosa)

Bakteri Substrat Propionat Asetat CO2 Suksinat Rasio

P/A

Glukosa 134,0 52,6 46,2 12,6 2,56

P.
freudenreichii Laktat 63,5 35,3 35,8 37,8 1,8

P. Gliserol 100,0 9,9 6,9 11,7 10,0

freudenreichii
Glukosa 140,0 56,8 56,4 12,0 2,46
P.
freudenreichii Laktat 62,5 36,5 37,0 9,3 1,7

10
 P. shermanii Gliserol 102,0 10,6 7,3 11,2 10,0

P. shermanii Glukosa 114,0 54,0 51,0 11,1 2,1

P. shermanii Glukosa 148,0 10,0 63,6 7,9 14,8

P. peterssonii

P. arabinosum

Suksinat diperoleh dari karboksilasi PEP melalui jalur reduktif-asam sitrat (jalur
suksinat). PEP diubah menjadi oksaloasetat oleh PEP karboksilase. Perubahan oksaloasetat
menjadi suksinat melalui rute dan melibatkan enzim yang sama seperti pada perubahan
oksaloasetat menjadi suksinat pada fermentasi propionat pada bakteri Propionibacterium. Laktat
diperoleh langsung dari reduksi piruvat oleh laktat dehidrogenase. Format diperoleh dari
pemecahan piruvat (hasil lain adalah asetil KoA), kemudian dapat diubah CO2 dan H2. Asetil
KoA dapat diubah menjadi etanol maupun asetat.

Lactobaciilus helveticus memfermentasi sitrat dan laktosa menjadi laktat. Akan tetapi,
jika laktosa ditiadakan, terjadi perubahan produk fermentasi, yaitu menghasilkan asetat dan
suksinat, bukan laktat. Asetoin dan diasetil tidak terdeteksi pada produk fermentasi L. helveticus.
Tampaknya produksi asetat dari piruvat (hasil konversi sitrat) diperantarai NADH okdidase,
bukan asetat kinase.

Tabel Produk hasil fermentasi asam campuran (mmol/100 mmol glukosa)

Produk Escherichia Enterobacter Salmonella

Coli aerogenes typhii

Laktat 108,8 53,4 121,7

Etanol 41,3 59,4 25,4

Asetat 32,0 10,1 25,6

11
 Format 1,6 5,5 39,3

CO2 54,0 126,9 0

H2 45,2 44,2 0

Suksinat 18,0 6,0 10,8

2,3-butandiol 0 34,6 0

Rekoveri C 100,0 99,5 93,3

(%)

FERMENTASI BUTANDIOL

Fermentasi butandiol ditandai dengan produksi 2,3-butandiol dan asetoin (juga laktat,
etanol, dan format;).Glukosa dioksidasi melalui glikolisis jalur EMP menjadi piruvat. Terdapat 3
arah metabolisme piruvat pada fermentasi butandiol. Piruvat direduksi menjadi laktat oleh laktat
dehidrogenase. Piruvat juga dapat dipecah menjadi asetil KoA dan format oleh piruvat format
liase. Asetil KoA terduksi menjadi asetaldehid oleh asetaldehid dehidrogenase, kemudian
direduksi menjadi etanol oleh etanol dehidrogenase. Piruvat juga mengalami dekarboksilasi
menjadi asetaldehid aktif, kemudian diubah menjadi asetolaktat. Kedua reaksi ini dikatalisis
asetolaktat sintase. Dekarboksilasi asetolaktat menjadi asetoin oleh asetolaktat dehidrogenase.
Reduksi Asetoin menjadi 2,3-butandiol oleh 2,3-butandiol dehidrogenase.

Produksi butandiol dipengaruhi oleh nilai pH media. Fermentasi glukosa menjadi

butandiol mudah terjadi pada media dengan nilai pH sedikit asam, tetapi, jika nilai pH media
menjadi asam, glukosa cenderung diubah menjadi asam campuran.

12
I. FERMENTASI BAKTERI RUMEN
Bakteri rumen Ruminococcus albus mampu memfermentasi glukosa menjadi etanol,
asetat, hidrogen, dan karbondioksida melalui glikolisis jalur EMP. Glukosa lebih dulu dioksidasi
menjadi piruvat oleh enzim-enzim pada glikolisis jalur EMP. Piruvat kemudian didekarboksilasi
oleh piruvat feredoksin oksidoreduktase menjadi asetil KoA dan gas hidrogen. Asetil KoA
direduksi menjadi asetaldehid oleh asetaldehid dehidrogenase, kemudian direduksi menjadi
etanol oleh etanol dehidrogenase. Asetil KoA dapat juga mengalami fosforilasi menjadi asetil
fosfat oleh fosfotransasetilase. Asetil fosfat mengalami defosforilasi menjadi asetat oleh asetat
kinase. Laktat pada fermentasi rumen dihasilkan oleh bakteri laktat rumen, tetapi butirat pada
fermentasi rumen dapat dihasilkan oleh bakteri maupun protozoa rumen.

Ketika R. albus ditumbuhkan bersama (kultur campuran) dengan bakteri metanogen

terdapat perubahan produksi hasil fermentasi. Hidrogen yang dihasilkan melalui glikolisis jalur
EMP dan dekarboksilasi piruvat dimanfaatkan oleh bakteri metanogen untuk penambatan
karbondioksida menjadi metana. Karena ketiadaan hidrogen, maka sedikit NADH yang
diproduksi R. albus. Hal ini mengakibatkan asetil KoA bukan diubah menjadi etanol, tetapi
diubah menjadi asetat. Perubahan asetil KoA menjadi asetat tidak memerlukan NADH.

13
 BAB II

HOMEOSTASIS

Sistem respons bakteri termasuk sistem histidin kinase. Pada sistem histidin kinase terjadi
transfer sinyal dari protein histidin kinase ke protein regulator respons. Pada banyak bakteri
sinyal pertama kali mengenai protein reseptor. Sinyal kemudian ditransfer ke protein histidin
kinase.

Misalnya pada E.coli sinyal (glukosa) mengenai reseptornya, yaitu protein MCP. Sebagai
konsekuensi terdapat perubahan pada struktur histidin kinase.

A. Sistem Respons Dua Komponen

Sistem respond dua komponen ditemukan baik dibakteri gram negatif maupun gram
positif. Komponen sistem respon dua komponen adalah histidin kinase, protein regulator,
respons dan fosfatase. Histidin kinase (dsebut juga sensor) menerima sinyal dan mengalami
autofosforilasi. Protein regulator respond memperoleh fosfat dari histidin kinase. Protein
regulator respons terfosforilasi menuju target. Fosfatase berfungsi menonaktifkan protein
regulator respons, yaitu dengan mendefosforilasi protein regulator respons terfosforilasi.

B. Adaptasi Dari Aerob Ke Anaerob

Perubahan dari aerob ke anaerob dapat teramati pada bakteri fakultatif anaerob. Selama
resprasi areob pada E.coli, jalur asam sitrat dalam kondisi siklus dan oksidatif. Akan
tetapi,ketiadaan oksigen mengakibatkan beberapa perubahan. Perubahan itu adalah pergantian
sintesis hidrogenase, yaitu suksinat dehidrogenase digantikan fumarat dehidrogenase dan represi
sintesis α-ketoglutarat dehidrogenase. Akibatnya terjadi perubahan kondisi jalur asam sitart dari
siklus-oksidatif menjadi nonsiklus reduktif.

14
 Pada kondisi aerob, piruvat diderkaboksilasi menjadi asetik Ko-A oleh enzim piruvat
dehidrogenase, tetapi pada kondisi anaerob piruvat dipecah menjadi asetil KoA dan format oleh
enzim piruvat format liase. Selanjutnya asetil KoA tereduksi menjadi asetat atau etanol. Dengan
demikian, terjadi penurunan NADH yang dihasilkan melalui proses glikolisis. Kondisi anaerob
juga mengakibatkan perubahan aksepto elektron, sehingga mengakibatkan perbahan enzim pada
transfer elektron terakhir dari oksidase ke berbagai reduktase anaerob tergantung akseptor
elektronnya.

Oksigen meresepsi sintesis reduktase anaerob. Nitrat mengindksi sintesis nitrat reduktase,
tetapi merepresi reduktase lainnya dan oksidase. Hal tersebut menjamin penggunaan nitrat
sebagai akseptor elektron.

Tiga sistem reguasi ekspresi gen untuk adaptasi terhadap akseptor elektron pada E.coli
1. Sistem Arc

2. Sistem Nar (Nitrate Anaerobic Respiration)Ketika nitrat diintroduksi pada media dan kondisi
pertumbuhannya anaerob, maka E.coli menggunakan nitrat sebagai akseptor elektron. Akibatnya
E.coli menginduksi sintesis nitrat reduktase dan merepresi sintesis reduktase lainnya dan
oksidase.

3. Sistem Fnr

Protein Fnr berperan sebagai regulator positif (efektor atau aktivator) untuk transkripsi
gen-gen dalam pertumbuhan anaerob dan sebagai regulator negatif (represor atau inaktivators)
untuk transkripsi gen-gen pertumbuhan aerob. Protein Fnr dikode dari gen Fnr. Mutasi pada gen
Fnr mengakibatkan ketidakmampuan E.coli tumbuh secara anerob.

Tidak ada bukti secara fosforilasi protein Fnr, sehingga mengindikasikan protein Fnr
bukan bagian dari sistem respons dua komponen. Protein Fnr merupakan protein struktural yang
direpresi ketika kondisi pertumbuhan E.coli aerob. Mekanisme respons protein Fnr terhadap
sinyal anaerob belum diketahui dengan jelas.

15
 C. Kemotaksis

Kemoktasis merupakan kemampuan prokariota merespons kadar sneyawa media dalam

bentuk pergerakan menuju senyawa atraktan atau menjahui senyawa repelen. Baik atrakan atau
repelen disebut sebagai komeofektor.

Bakteri mempunyai kemampuan mengingat kondisi kadar kemeofektor sebelumnya dan

membandingkan sengan kadar komeofektor yang dihadapi pada saat itu dalam media. Dengan
kata lain, bakteri mampu mengukur perubahan kadar komeofektor setiap saat.

Ada 2 pola pergerakan bakteri berflagela yaitu terarah (smooth) dan acak (tumbling).

16
 1. Protein untuk Kemokasis

Ada 6 protein untuk kemoktasis yaitu : CheA, CheB, CheR, CheW, CheY, dan CheZ.
Mutasi pada salah satu protein menyebabkan ketidakmampuan kemoktasis, tetapi masih dapat
bergerak. CheA dan CheW merupakan histidin kinase. CheB dan CheY merupakan regulator
respons. CheZ dan CheR berperan sebagai fosfatase.

2. Taksis Tanpa Protein MCP

Bakteri R.sphaeroides dan Azospirilum brasiliense tidak memerlukan protein MCP untuk
merespons sinyal atraktan. Pada A.brasiliense atraktan kuat adalah donor elektron. Prokariota
tersebut sangat kuat merespons oksigen sebagai atraktan. Hal itu menjadi landasan untuk
menduga bahwa sistem sinyal pada A.brasiliense melibatkan rantai respirasi bukan ptotein MCP.

Taksis tanpa memerluka rotein MCP adalah sistem fosfotransferase untuk pengambilan
gula. Enzim II (permase transmembran) berperan sebagai penerima sinyal. Akan tetapi, enzim II
berikatan kuat dengan protein CheA, CheW, dan CheY. Hal itu karena bakteri muatan tanpa
CheW, CheW, dan CheY, mengakibatkan bakteri tersebut kehilangan respons taksis terhadap
gula.

17
 BAB III

PATOGENESIS

Patogenesis adalah mekanisme invasi patogen ke inang sampai menghasilkan suatu

simpton (gejalah penyakit).

Patogen adalah material maupun organisme penyebab penyakit. Sebagian besar patogen
berupa bakteri (khususnya bakteri gram negatif) dan virus.

A. Pertahanan Inang

1. Pertahanan Permukaan

Inang memiliki pertahanan dalam menghadapi invasi patogen. Sistem pertahanan inang
dimulai dari lapisan permukaan kulit dan saluran pencernaan, respirasi, dan urogenital. Pada
kulit dan saluran pencernaan terdapat sejumlah mikroba normal yang disebut mikroflora.
Patogen harus dapat mengalahkan mikroflora sebelum berkoloni dipermukaan kulit maupun
saluran pencernaa. Oleh karena itu, patogen harus dapat berkompetisi dengan mikroflora.

2. Pertahanan Dalam

 Pertahanan Konstitutif merupakan sistem pertahanan yang telah ada dalam inang. Ada
atau tidak ada invasi patogen, sistem pertahanan konstitutif telah dikeluarkan oleh inang
dalam jumlah yang cukup. Apabila invasi patogen berlebihan, maka inang dapat
memproduksi sistem pertahanan konstitutif lebih banyak lagi. Pertahanan konstitutif
antara lain transferrin, fagosit, komplemen, dan protein pengikat manosa.

 Pertahanan Induksi (spesifik)

merupakan sistem pertahanan yang ememrlukan induksi atau aktivasi. Dalam kondisi
normal tidak dijumpai sistem pertahanan induktif dalam jaringan maupun darah. Sistem
pertahanan inang meliputi antibodi, makrofag teraktivasi, dan sel T.

18
 Faktor utama untuk dapat meningkatkan sistem pertahanan inang adalah nutrisi yang
baik. Stressn(tekanan) merupakan faktor penting dalam sistem pertahanan inang. Orang yang
hidup dalam tekanan rentan terhadap infeksi. mekanisme penurunan sistem pertahanan akibat
tekanan masih belum diketahui dengan jelas. Mungkin terdapat keterkaitan antara sistem
pertahanan dan sel-sel dafarf.

B. Virulensi

Virulensi didefinisikssan sebagai kemampuan patogen melakukan infeksi. Faktor

virulensi merupakan produk pathogen yang dapat menimbulkan virulensi. Faktor virulensi dapat
berupa material organic maupun bagian sel. Pada bakteri, faktor virulensi dibedakan menjadi 2
kategori yaitu, faktor pendukung kolonisasi dan faktor pendukung invasi.

Koch merupakan peneliti pionir bakteri pathogen. Koch melakukan serangkaian

penelitian untuk menidentifikasi bakteri pathogen yang menghasilkan suatu penyakit. Hasil
penelitiannya menghasilakan pertanyataan yang dikenal dengan Postulat Koch, yaitu :

 Suatu bakteri harus ditemukan pada orang yang terserang penyakit dan bakteri
tersebut atau produknya harus dapat ditemukan pada bagian tubuh yang terinfeksi.
 Bakteri tersebut harus dapat diisolasi dari bagian tubuh yang terinfeksi dalam
bentuk kultur murni.
 Kultur murni dapat diinokulasi ke orang/ relawan yang rentan sehingga
menghasilkan symptom penyakit yang sama.
 Bakteri yang sama harus dapat diisolasi kembali dari bagian tubuh yang terinfeksi
dalam bentuk kultur murni.

Postulat Koch semula dimaksudkan untuk menginvestigasi penyakit epidemic, seperti

kolera, tuberculosis, dan plaque serta memberikan landasan ilmiah untuk mempelajari penyakit
infeksi. Sampai saat ini Postulat Koch masih diakui kebenarannya, meskipun tidan 100% dan
dapat diaplikasikan ke virus pathogen.

19
 C. Patogenesis Bakteri

Banyak bakteri pathogen mampu menyerang seluruh bagian tubuh inang meskipun
bakteri pathogen tersebut hanya berkoloni disatu tempat saja. Hal itu dikarenakan bakteri
mengeluarkan toksin.

 Eksotosin

merupakan protein yang dikeluarkan ke lingkungannya selama pertumbuhan bakteri

patogen. Bakteri patogen menghasilkan beragam eksotoksin dan maisng-masing emmpunyai
aktvitas tersendiri terhadap sel inang.

 Endotoksin

Adalah lipid A sebagai bagian dari lipopolisakarida membran luar bakteri gram negatif.
Karena lipi A merupakan bagian dari sel bakteri patogen, makan toksisitas endoktoksin terlihat
ketika bakteri patogen terbenam dalam permukaan sel iang.

 Kolonisasi Bakteri Patogen

Bakteri patogen harus menemukan tempat yang cocok untuk meletakan diri ke sel inang.
Perlekatan tersebut harus kuat agar tidak terkikis oleh aktivitas pertahanan inang. Kemudian
bakteri patogen melakukan proliferasi, sehingga dapat melakukan kolonisasi pada sel inang.
Bakteri patogen memunyai berbagai cara untuk melakukan perlekatan pada sel inang.

 Invaksi Bakteri Patogen

Beberapa bakteri patogen melakukan penetrasi dan menginvasi sel inang. Ketika
menembus sel inang, bakteri patogen harus mampu merusak sitoskleton sel inang, sehingga
terjadi perunahan bentuk sel inang.

 Patogenesis Vibrio cholerae

Vibrio cholerae diketahui sebagai penyebab penyakit kolera. Bakteri ini merupakan
bakteri gram negatif berbentuk batang-koma dngan flagela polar.

20
 D. Patogenesis Virus

Membicarakan patogenesis tidak dapat dipisahkan dari virus. Hal itu karena semaua virus
hanya dapat tumbuh dan berkembang disel hidup. Leh karena itu, semua virus adalah parasit.
Sifat parasit dapat menjadi patogen jiika sel yang diinfeksi adalah sel organisem. Jika inveksi
virus terhadap organisme patogen, maka sifat virus bukan lagi parasit atau patogen, melainkan
antipatogen.

Perbedaan mendasar antara patogenesis virus dan bakteri adalah virus memodifikasi
DNA sel inang, sedangkan bakteri menyerang se inang tanpa melakukan modifikasi DNA sel
inang.

 Virus influenza

Menyerang manusia maupun hewan. Terdapat 3 jenis virus influenza yaitu : yaitu Tipe A,
B, dan C. virus influenza A dapat menyerang manusia dan hewan. Virus influenza A dapat
menyebabkan epidemic, bahkan pandemic sampai kematian pada hewan dan manusia. Virus
influenza B dan C hanya menyerang manusia. Virus influenza B dapat menyebabkan epidemic
dan kematian pada manusia. Akan tetapi, epidemik virus influenza B tidak seeluas virus
influenza A. virus influenza C menyebabkan sakit ringan pada manusia, tetapi tidak samapi
menderita epidemik.

 Virus H5N1

Pada saat ini terjadi pandemik global flu burung dan penyebabnya adalah virus influenza
A subtipe H5NI atau lebih dikenal virus H5NI. Virus tersebut mampu menyerang sebagian besar
hewan. Virus H5NI yang menginfeksi burung bermutasi menjadi patogenik tinggi. Sehingga
mampu menginfeksi burung dan menyebabkan kematian missal burung serta menginfeksi dan
membunuh manusia. Infeksi viru H5NI dari burung ke manusia karena manusia kontak langsung
dengan kotoran atau cairan tubuh burung yang terinfeksi. Sampai saat ini belum dilaporkan
infeksi H5NI dari manusia ke manusia. Karena penularan virus H5NI tidak melalui kontak udara,
meskipun saluran pernapasan merupakan tempat infeksi virus H5NI.

21
 Virus H5NI memiliki 8 pita RNA tunggal dengan enzim replikasi di dalamnya. Pada
permukaan terdapat 3 jenis protein yang terbenam dalam membrane lipid dwilapis. Virus H5NI
menginfeksi saluran pernapasan burung tetapi tidak ditemukan di air ludah, cairan sekresi nasal,
feses, dan darah. Hewan lain dapat terinfeksi jika kontak langsung dengan cairan tubuh tersebut.
Virus H5NI dapat bertahan selama 30 hari pada suhu 0 derajat dan 6 hari pada suhu 40 derajat.

Virus influenza memiliki kecepatan mutasi tinggi yang merupakan cirri virus RNA.
Segmentasi genom virus influenza memfasilitasi rekombinasi genetic melalui percampuran
materi genetic dengan virus rekombinasi genetic melalui percampuran meteri genetic dengan
virus influenza lain dalam inang yang sama. Virus H5NI mampu melakukan coinfeksi dengan
virus influenza lainnya, sehingga mempebesar kemungkinan terjadi pencampuran genetic dan
bermutasi. Oleh karena itu, virus H5NI burung mampu menginfeksi berbagai jenis hewan
mamalia dan manusia.

 Virus penurun kekebalan manusia (HIV)

Adalah restrivirus dari famili retroviridae yang menginfeksi kmponen vital sistem
pertahanan manusia seperti sel T CD4+, makrofag, dan sel dendritik. Ketika jumlah sel T CD4+
yang di hancurkan HIV cukup banyak, maka akan timbul gejala klinis yang dikenal dengan
accuarried immunodeficiency syndrome (AIDS). Selain menyerang sel pertahanan, HIV
langsung menyerang sel-sel ginjal, jantung, dan otak. HIV diyakini berasal dari virus sejenis
(SIVcpz) yang menyerang sempase adalah HIV-I dan HIV-2. HIV-1 lebih virulen dibandingkan
HIV-2 dan merupakan virus penyebab AIDS diseluruh dunia.

HIV terdiri atas dua pita RNA tunggal dibungkus dalam kapsid konikal. Kapsid
dibungkus oleh membran lipid dwilapis yang serupa dengan membrane sel inang. Beberapa
protein structural pada membrane lipid dwilapis HIV adalah glikoprotein. Protein asesoris HIV
adalah protein tat, rev, nef, vif, vpr dan vpu.

22
  Siklus hidup HIV

Siklus hidup HIV terdiri atas tiga tahap yaitu infeksi, replikasi dan pelepasan. Pada tahap
infeksi glikoprotein gp I20 melekat pada reseptor sel iang (sel T CD4). Hal itu mengakibatkan
konformasi gp I20 berubah, sehingga glikoprotein gp 41 yang sebelumnya terbenam dibalik I20
terbuka dan berasosiasi dengan reseptor kemokin, sehingga membran lipid dwilapis virus berfusi
dengan membrane sel inang. Selanjutnya, kapsid masuk ke dalm sel inang.

Pada tahap replikasi dimulai dari pelepasan RNA virus dan protein-protein kapsid.
Emzim transcriptase balik berfungsi mengubah RNA virus menjadi cDNA ganda. Kemudian
cDNA ditranspor ke nucleus dan berintegrasi dengan genom sel inang melalui bantuan protein
vpr dan enzim integrase virus. cDNA menyalin RNA lengkap virus dan menyalin beberapa
RNA-pendek virus dengan bantuan RNA polymerase II dan faktor transkripsi iang (NF-kB).

Tahap pelepasan dimulai oleh sintesis beberapa RNA-pendek virus menjadi protein-
protein kapsid dan glikoprotein didalam reticulum endoplasma kasar, kemudian ditranspor ke
apparatus Golgi. Di dalam apparatus Golgi, protein-protein kapsid dan glikoprotein mengalami
penyempurnaan mislanya glikoprotein 160 diubah menjadi glikoprotein 120 dan 41. Kemudian,
protein-protein kapsid dan glikoprotein ditranspor ke membrane sel inang. Setalah berasosiasi
dengan RNA-lengkap virus, terbentuklah tunas virus baru. Selanjutnya tunas tersebut terlepas
dan menjadi HIV baru.

Penanganan infeksi HIV difokuskan pada bagaimana menghambat protein asesoris,

seperti protein tat, rev, nef, vif, vpr, dan vpu. Pada saat sekarang penanganan infeksi HIV dengan
metode yang disebut HAART direkombinasikan oleh beberapa peneliti. HAART adalah
kombinasi beberapa gen antiretroviral yang efektif menurunkan jumlah HIV dalam darah.

23
 DAFTAR PUSTAKA

Arif, F.2004.Fisiologi Mikroba.Edisi 25.Jakarta : EGC.P.114

Heru, S.2009.Fermentasi. http://www.scribd.com/doc/21052341/5-fermentas .

16 mei 2019.

Purwoko, T.2009. Fisiologi Mikroba. Bumi Aksara. Jakarta. 285

Rusdiana.2004.Mikroba. Jakarta: Rajawali Pers 4

24