Cooperativity

BPS3201-KINETIKA DAN KATALISA

Cooperativity binding

Protein mengikat banyak ligan, pengikatan ligan ke satu

situs makromolekul (enzim, reseptor dll)
mempengaruhi pengikatan pada situs kedua

Contoh : pengikatan substrat pada enzim alosterik

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 2

Terjadinya interaksi yang stabil antara molekul-molekul yang berikatan.
 Ikatan dianggap bersifat kooperatif, jika pengikatan molekul pertama B ke
A mengubah afinitas pengikatan molekul B kedua untuk dapat mengikat
molekul selanjutnya.

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 3

Positivity cooperatif binding : substrate binding increase affinity for
subsequent substrate
 Negativity cooperatif binding : substrate binding decrease affinity for
subsequent substrate
 non-cooperatif binding : substrate binding does not effect affinity for
subsequent substrate

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 4

 Hemoglobin (Hb) yang terdapat pada darah mengikat 4 molekul oksigen

Hb(O2)4 (Positivity cooperatif binding )

 Myoglobin (Mb) yang terdapat pada jaringan otot, hanya mengikat satu
molekul oksigen

MbO2 (non-cooperatif binding )

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 5

Perbandingan struktur Mb dan Hb

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 6

Profil afinitas Hb terhadap O2
 Ketika O2 rendah, afinitas Hb terhadap O2
rendah
 Pada O2 naik hingga level tertentu, afinitas
Hb terhadap O2 meningkat
 Perubahan afinitas Hb dengan ↑ O2
menyebabkan transisi struktur Hb

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 7

Transisi struktur Hb
T – state : afinitas rendah terhadap O2
R – state : afinitas tinggi terhadap O2

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 8

Efek transisi Hb pada kurva pengikatan O2

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 9

Efek alosterik dan kooperatifitas
 Perubahan profil kurva pengikatan O2 diterangkan sebagai akibat efek
alosterik : pengikatan O2 pada salah satu subunit Hb menginduksi
perubahan konformasi subunit lainnya sehingga afinitas meningkat
 Efek alosterik menunjukkan kooperatifitas antar subunit

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 10

The symmetry model of Monod, Wyman
and Changeux
Model simetri didasarkan pada :
Setiap unit mempunyai konformasi yang berbeda ( R dan T), dianggap sebagai label
Relaxed dan Tense, karena protein perlu rileks untuk mengikat substrat, memecah beberapa
interaksi yang membentuk struktur asal agar dibentuk struktur yang baru.
 Semua sub-unit harus berada dalam konformasi yang sama setiap saat.
contoh : dimeric protein (R2 dan T2) bukan R dan T
 Dua protein berada pada kesetimbangan maka : konstanta kesetimbangan L = [T2]/[R2]
 Sebuah ligan dapat mengikat subunit, tetapi konstanta disosiasinya berbeda untuk setiap
unit
KR = [R][A]/[RA] untuk setiap unit R
KT = [T][A]/[TA] untuk setiap unit T

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 11

Protein with two binding site

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 12

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 13
Properties implied by the binding
equation
Jika n = 1 dengan hanya satu sisi ikatan permolekul

Secara sederhana dapat ditulis :

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 14

Jika L = 0, bentuk T protein tidak terbentuk dan faktor (1 + [A]/KR)n-1
dihilangkan, maka :

Jika L mendekati tak hingga dan R tidak terbentuk, maka :

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 15

 Protein with four binding site

Buktikan protein dengan 4 sisi ikatan ini

memiliki kooperatifitas.

Tugas dikumpulkan : Rabu, 8 Mei 2019 pukul

15.00 WIB

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 16

5/3/2019 BPS3201_KINETIKA DAN KATALISA 17