LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ISOLASI DNA DAN ELEKTROFORESIS

Disusun oleh:

Biologi B 2015

Lia Indraswati 15308141004

Nur Aisyah 15308141007

Aisya Shahrani T. 15308141010

Muhson Isroni 15308141012

Saraswati Puji Astuti 15308141025

Inuoi 153081410

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA

2016
 PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Percobaan isolasi DNA tanaman perlu dilakukan karena isolasi DNA sendiri
merupakan teknik esensial dalam biologi molekuler. Isolasi DNA adalah tahap awal
dalam mempelajari DNA sequence yang spesifik dengan populasi DNA yang
lengkap, dan dalam analisa struktur gen dan ekspresi gen ( Surzycki, 1936 ).
Pada sel eukariotik termasuk tanaman, bagian terbesar dari DNA berada pada
nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus
terdiri dari 90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti
mitokondria dan kloroplas. ( Surzycki, 1936 ). Karena DNA terdapat pada nukleus,
maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai pemanenan sel. Dimana metode
tersebut merupakan bagian dari metode isolasi DNA.
Pemisahan DNA dari materi seluler lainnya merupakan hal yang signifikan
dan mengharuskan penyallinan DNA menjadi RNA dan translasi RNA menjadi
protein berlangsung dalam kompartemen( ruang ) yang berbeda yaitu secara berturut-
turut dalam tumbuhan sitoplasma. ( Elrod, 2007 ).
Terdapat organel-organel bermembran ganda pada dalam sitoplasma, termasuk
mitokondria baik pada tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan
isolasi DNA dari tanaman dan hewan untuk mengetahui DNA dari tanaman dan
hewan tersebut. Dan Sel eukariotik memiliki DNA lebih banyak, lengkap dengan
komponen-komponen lain. DNA tanaman dan hewan tersimpan dalam nucleus yang
terbungkus membran ( Albert, 1994 )
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi,
menjalankannya pada gel agarosa, pewarnaan dengan bromida etidium atau noda
yang berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi
dikenal. Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan
diperiksa lebih lanjut menggunakan teknik elektroforesis, PCR dan RFLP. Prosedur
ini memungkinkan diferensiasi diulang dalam urutan genom. Ini adalah teknik-teknik
yang ilmuwan forensik digunakan untuk perbandingan, identifikasi, dan analisis.
B. Tujuan

1. Mengetahui dan dapat melakukan isolasi DNA tumbuhan.

2. Memahami prinsip kerja dan kegunaan teknik elektroforesis
3. Memahami pembuatan gel agarosa
4. Memahami cara memisahkan asama- asam nukleat dan molekul protein
dengan menggunakan peralatan elektroforesis
 C. TINJAUAN PUSTAKA

Melinjo (Gnetum gnemon L.) merupakan tanaman yang berasal dari daerah tropis,
masyarakat pada umumnya memanfaatkan sebagai bahan pengolahan emping melinjo dan
sayuran (Setiowati T & Furqonita, 2007; Sunaro, 1991). Melinjo sering dimanfaatkan untuk
mengobati berbagai jenis penyakit seperti susah buang air kecil, digigit anjing, penyakit mata,
anemia dan busung lapar (Hariana, 2008). Daun melinjo (Gnetum gnemon L.) serta buahnya
mengandung saponin, tanin, dan flavonoid. Senyawa kimia seperti flavonoid dan tanin
memiliki efek sebagai antibakteri (Noor & Apriasari, 2014). Diketahui kandungan tanin
dalam daun melinjo sebesar 64,55% (Lestari, 2013). Menurut Ummah (2010), secara umum
kandungan tanin tertinggi terdapat pada daun muda. Tanin yang terdapat dalam daun melinjo
dapat dijadikan sebagai pengawet alami untuk industri pengolahan makanan. Daun melinjo
memberikan efek yang baik sebagai pengawet makanan, dari inhibitor rasa dan peningkat
rasa (Santoso, 2008).
Menurut Singh (2008), Glodokan tiang atau yang disebut Ashok adalah
tumbuhan asli India dan Srilanka. Pohon ini dapat mencapai tinggi hingga 25 kaki
dan membentuk bangun kolumnar. Daunnya glossy berwarna hijau, panjang, dengan tepi
daun bergelombang. Ashok umumnya terlihat seperti pohon yang dipenuhi daun sehingga
sulit terlihat batangnya, tetapi kadang-kadang cabangnya tidak terumbai ke bawah
melainkan horizontal sehingga batangnya dapat terlihat dengan jelas.
Menurut Anonim (2010), Polyalthia longifolia merupakan tumbuhan evergreen
yang berasal dari India, umumnya ditanam karena keefektifannya dalam mengurangi polusi
udara. Daunnya bagus untuk dijadikan dekorasi ornamental dan digunakan pada perayaan
festival. Pohonnya dapat dipotong menjadi berbagai bentuk. Daunnya mengandung 22
senyawa kimia yang bersifat toksik (Anonim, 2010).

Gaharu (Gyrinops versteegii (Gilg) Domke) merupakan salah satu tumbuhan hutan
yang bernilai ekonomi tinggi yang mampu menghasilkan gubal berupa kayu yang mengalami
pelapukan akibat serangan beberapa spesies jamur. Gubal gaharu mengandung damar wangi
(aromatic resin) yang beraroma harum dan telah lama diperdagangkan sebagai komoditi
mahal untuk keperluan industri parfum, hio, dan dupa(Zubaidi dan Farida, 2008).
Gaharu juga dikenal memiliki beberapa khasiat pengobatan. Dalam pengobatan tradisional di
India (Ayurveda), tanaman gaharu bermanfaat membantu penyembuhan luka yang
membusuk (Snelder and Lasco, 2008). Dalam pengobatan tradisional Cina (TCM), gaharu
digunakan untuk mengobati gangguan pada sistem pernafasan, perut dan ginjal. Gaharu juga
dibuat sebagai kosmetik, obat rematik, obat gosok, penyembuh perut kembung, dan obat sakit
jantung (Setyowati dan Wardah, 2007). Ekstrak daun gaharu telah diteliti memiliki aktivitas
antioksidan yang tinggi (Mega dan Swastini, 2010).
Sirsak (Annona muricata L.) adalah tumbuhan yang berasal dari Karibia, Amerika
Tengah dan Amerika Selatan. Tumbuhan sirsak memiliki ciri-ciri sebagai berikut : daun
sirsak seperti pada daun yang berwarna hijau muda sampai hijau tua memiliki panjang 6-18
cm, lebar 3-7 cm, bertekstur kasar, berbentuk bulat telur, ujungnya lancip pendek, daun
bagian atas mengkilap hijau dan gundul pucat kusam di bagian bawah daun, berbentuk lateral
saraf. Daun sirsak memiliki bau tajam menyengat dengan tangkai daun pendek sekitar 3-10
mm (Radi, 1998). Daun yang berkualitas adalah daun sirsak dengan kandungan antioksidan
yang tinggi terdapat pada daun yang tumbuh pada urutan ke-3 sampai urutan ke-5 dari
pangkal batang daun dan dipetik pukul 5-6 pagi (Zuhud, 2011). Daun sirsak mengandung
senyawa flavonoid, tanin, fitosterol, kalsium oksalat, dan alkaloid (Adjie, 2011). Senyawa
flavonoid berfungsi sebagai antioksidan, antimikroba, anti virus, pengatur fotosintesis, dan
pengatur tumbuh (Ardiansyah, 2007). Tanaman ini memiliki bentuk daun lonjong agak
memanjang, panjang 6-8 cm, lebar 3-4 cm, bagian ujung meruncing. Daun yang kering
berwarna abu-abu kehijaun, agak bergelombang, melengkung, permukaan daun atas-bawah
licin dan mengkilap, tulang daun sekunder 12-16 pasang. (Tarigan, 2004).

Daun kembang telang termasuk daun tidak lengkap karena tidak memiliki upih daun,
hanya memiliki tangkai daun (petiolus) dan helai daun (lamina). Akar pada tumbuhan
kembang telang termasuk akar tunggang dan warnanya putih kotor. . Habitat kembang telang
adalah tumbuhan tropika dataran rendah lembab dan agak lembab. 2.2. Pertumbuhan
Tanaman Pertumbuhan dipengaruhi oleh faktor internal dan eksternal. Faktor internal yang
mempengaruhi pertumbuhan antara lain: umur, keadaan tanaman, faktor hereditas, dan zat
pengatur tumbuh. Faktor eksternal yang mempengaruhi pertumbuhan adalah iklim, tanah, dan
kondisi biologis dari lingkungan (Gardner et al., 1991).

Pohon Mangga yang berasal dari biji pada umumnya tegak, kuat dan tinggi sedangkan
yang berasal dari sambungan atau tempel lebih pendek dan cabang membentang. Daun yang
masih muda biasanya berwarna kemerahan, keunguan, atau kekuningan yang kemudian hari
akan berubah pada bagian permukaan sebelah atas menjadi hijau mengkilat, sedangkan
bagian permukaan bawah berwarna hijau muda. Biji berwarna putih, gepeng memanjang
tertutup endokrap yang tebal, mengayu dan berserat. Biji ini terdiri dari,
ada yang monoembrional dan ada pula yang poliembrional (Rukmana,1997).

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer
lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008). Pada sel-sel tanaman DNA
ekstrakromosal ini dapat ditemukan di mitokondria dan kloroplas (Farrel, 2004).

Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA, salah satu prinsip isolasi DNA
yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung
(Muladno, 2002).

Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA (Donata, 2007).

Isolasi DNA tanaman diawali dengan penghancuran dinding sel tanaman. Kegagalan
dalam memecah dinding sel akan mempengaruhi hasil akhir isolasi. Proses inilah yang
membuat isolasi DNA tanaman lebih sulit dibandingkan isolasi DNA bakteri karena tanaman
memiliki dinding sel yang kuat dan tebal. Penghancuran dinding sel dapat dilakukan secara
kimiawi dan mekanik. Secara mekanik dapat dilakukan dengan cara penggerusan
menggunakan mortar dingin dan bantuan nitrogen cair. Penggunaan nitrogen cair membuat
daun menjadi kering dan mudah untuk dihancurkan. Nitrogen cair juga menjaga suhu tetap
dingin sehingga DNA tidak rusak. Nitrogen cair memiliki suhu minus 196°C. Selain itu,
dengan menggunakan nitrogen cair maka hasil penggerusan berupa serbuk sehingga
mengurangi peluang berkurangnya sampel dibandingkan bila hasilnya berupa ekstrak cair
yang mudah lengket pada mortar.Selain nitrogen cair, penggerusan sampel daun ditambahkan
juga Polivynilpolipirolidon (PVPP). PVPP berfungsi sebagai antioksidan untuk mencegah
terbentuknya warna coklat (browning) pada DNA. PVPP menghambat enzim polifenol
oksidase yang dapat mendegradasi rantai DNA dan menyebabkan teroksidasinya senyawa
fenol (Prana & Hartati, 2003).

Bahan lain yang yang digunakan selama isolasi antara lain larutan bufer,larutan Tris-
HCl, larutan ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA), larutan cetyltrimethyl ammonium
bromide (CTAB) 10%, larutan kloroform:isoamilalkohol (24:1), larutan NaCl, isopropanol,
alkohol absolut, alkohol 70%, dan bufer TE (Tris-HCl:EDTA). Larutan bufer adalah suatu
sistem dalam larutan yang terdiri dari campuran basa lemah dan asam konjugatnya atau asam
lemah dan basa konjugatnya, yang berfungsi untuk mempertahankan perubahan pH larutan
walaupun ditambahkan sedikit asam kuat atau basa kuat. Larutan bufer yang digunakan pada
isolasi DNA terdiri atas beberapa senyawa yang memiliki fungsi berbeda. Larutan Tris-HCl
digunakan untuk memberikan kondisi pH yang optimum dan menjaga kestabilan pH. EDTA
digunakan untuk melemahkan kekuatan dinding sel, karena dapat mengkelat ion magnesium
yang merupakan kofaktor enzim nuklease (Herison et al., 2003). Larutan CTAB 10% dalam
bufer ekstraksi berfungsi untuk mengurangi senyawa polisakarida dan menghilangkan
polifenol yang juga merupakan kontaminan saat isolasi DNA. Kontaminan tersebut akan
mengendap bersama CTAB sedangkan DNA tidak mengendap. Larutan
kloroform:isoamilalkohol (24:1) untuk menghilangkan lemak,protein, polisakarida, dan
pengotor lainnya karena keberadaan senyawa-senyawa tersebut dapat mempengaruhi kualitas
dan kuantitas DNA yang diisolasi. Larutan tersebut juga berfungsi memisahkan DNA dari
membran sel yang memiliki bobot molekul lebih besar. Kloroform:isoamilalkohol yang
memiliki densitas paling tinggi akan berada di dasar tabung sentrifus. Larutan yang berada di
bagian tengah merupakan protein yang telah larut dalam kloroform:isoamilalkohol.
Supernatan yang dihasilkan mengandung DNA, RNA, dan sebagian protein (Sudjadi, 2008).
Selain itu, penambahan isoamilalkohol mengurangi busa yang muncul saat ekstraksi DNA.
Penggunaan larutan NaCl pada konsentrasi tinggi untuk mengatasi keberadaan polisakarida
pada konsentrasi yang tinggi (Khanuja et al., 1999). Penambahan isopropanol bertujuan
mengendapkan DNA. Penambahan alkohol absolut bertujuan memekatkan larutan DNA dan
menghilangkan residu kloroform yang digunakan pada proses deproteinase (Ausubel et al.,
1990). DNA yang diperoleh dicuci dengan alkohol 70% untuk menghilangkan sisa-sisa
pengotor. DNA yang diperoleh dilarutkan dengan bufer TE sehingga dapat disimpan dan
digunakan untuk analisis lebih lanjut.

Elektroforesis adalah teknik untuk memisahkan dan memurnikan suatu makromolekul

khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan ukuran molekul. Teknik ini
merupakan teknik yang paling banyak dipakai dalam percobaan biokimia dan biologi
molekuler (Fairbanks, 1999). Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi
mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis
dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat
digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap individu

Elektroforesis menggunakan prinsip elektroforesis zona. Molekul protein bermigrasi

pada medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di bawah pengaruh
medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa
molekul protein (Jean and Francois G., 2010). Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat
makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik.
Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif
berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya. Molekul-molekul yang bermuatan negatif
(anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang
bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug and
Cummings, 1994).

Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara lain

membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens
berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab
kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau
jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme
atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari evolusi di
tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi natural di alam, menentukan
atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik,
menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan
perbedaan genetik antar individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam
rekombinan plasmid DNA (Russell, 1994; Fairbanks and Andersen, 1999).

Bahan yang digunakan dalam elektroforesis adalah Etidium Bromida yang bersifat
karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Penggunaan Etidium Bromida berfungsi untuk
meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan Brom
Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel
(Birren and Lai, 1993).
 METODELOGI

A. Tempat dan Waktu

1. Isolasi DNA
Hari : Selasa
Tanggal : 08 november 2016
2. Elektroforesis
Hari : Selasa
Tanggal : 22 November 2016
Tempat:Laboratorium Dasar Biologi

B. Metode
a. Isolasi DNA Tanaman
Alat :
- Tabung Eppendorf 15ml
- Mikropipet
- Pestle dingin
- Sentrifuge
- Tissue

Bahan :
- Daun muda - Ethanol 70% dingin
- CTAB 10% - isopropanol
- Buffer Tris-HCL - Ethanol absolut dingin
- PVP 1% - Chloroform :
- EDTA (pH 8) Isoamilalkohol (24:1)
- NaCl - Natrium Asetat
- Isopropanol - Aquades
-

Cara Kerja :
1) Sampel daun mangga dicuci kemudian dikeringkan dengan tissue
2) 0,5 gram sampel daun mangga ditimbang menggunakan neraca analitik
3) Kemudian dimasukkan kedalam mortar
4) Ditambahkan dengan 0,1 PVP dan 5 ml CTAB dan digerus sampai halus
5) Hasil gerusan dimasukkan ke dalam tabung Eppendorf 15 ml dan dikocok
bolak-balik
6) Dipanaskan di waterbath selama 30 menit
7) Didinginkan selama 5 menit kemudian ditambah dengan 5 ml CI dan
disentrifugasi selama 10 menit 3500 rpm
 8) Diambil lapisan atas dan dipindah ke tabung baru
9) Ditambah 5 ml isopropanol kemudian dimasukkan ke dalam kulkas
10) Disentrifugasi 15 menit 3500 rpm
11) Cairan dibuang, pellet dibilas dengan alkohol 70%
12) Disentrifugasi 10 menit 3500 rpm
13) Cairan / supernatan diambil dengan pipet
14) DNA dikeringanginkan dengan cara membalikkan tabung
15) Pellet DNA dilarutkan dalam 1 ml aquadest
16) Elektoforesis

b. Elektroforesis
Alat :
- Pemanas - Erlenmeyer
- Perangkat elektroforesisi - Micropipet
- Water pass - Timbangan elektrik
- Power supply - Transilluminator UV
Bahan :

- Sampel DNA
- Larutan penyangga / buffer elektroforesis :
 Tris-base
 Boric Acid
 EDTA 0,5 M pH 8
 Aquades

Cara kerja :

Pembuatan Gel Agarose 1,2 %

1. Agarose ditimbang sebanyak 0,3 gram, disukkan kedalam erlenmeyer 25ml

2. ditambahkan 25 ml TBE 0,5 X, panaskan dalam microwave
3. diangkat dan dibiarkan sampai suhu ± 70°C. Siapkan cetakan gel elektroforesis.
4. ditmbahkan 5 µlfluorosafe dan dihomogenkan
5. Larutan agarose dituang ke dalam cetakan, tunggu sampai padat ± 30 menit

Running Gel Elektroforesis :

1. Tray/bak elektroforesis disiapkan, diisi dengan buffer TBE 0,5 X 300 ml.
2. Cetakan gel yang sudah kering dimasukkan ke dalam tray, pastikan terendam
dalam buffer.
3. Loading buffer disiapkan dalam parafin dan campurkan dengan sampel.
4. Sampel dimasukkan ke dalam sumur-sumur elektroforesis.
5. Alat elektroforesis dijalankan dengan menghubungkannya dengan power supply.
 Pengukuran Konsentrasi DNA :

1. 4,0 µl diencerkan menjadi 400 µl dengan aquabidest (pengenceran 1000 X).

2. Aquabidest digunakan sebagai blanko.
3. Absorban diukur pada panjang gelombang 230, 2600, dan 280 nm.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Praktikum dengan judul “Isolasi DNA tumbuhan dan Elektroforesis” bertujuan

untuk memahami prinsip kerja dan kegunaan teknik isolasi DNA dan elektroforesis,
memahami Isolasi DNA menghasilkan DNA yang selanjutnya dielektroforesis untuk
mengetahui keberadaan molekul DNA. Langkah pertama dalam proses isolasi DNA yaitu
memilih daun melinjo, glodogan, gaharu, sirsak, telang, dan mangga. Selanjutnya daun-daun
tersebut dicuci dan dikeringkan. Daun-daun yang digunakan ditimbang terlebih dahulu
sebesar 0.5 gram dan ditumbuk menggunakan mortar. Saat proses penumbukkan, daun
ditambahkan 0,1 gram PVP dan 6 ml CTAB sedikit demi sedikit. Penambahan PVP pada
proses isolasi DNA tumbuhan ini berfungsi untuk mencegah oksidasi fenol karena fenol
dapat mengganggu proses isolasi DNA. Penambahan CTAB berfungsi untuk mencegah
bekerjanya enzim- enzim nuklease, mengemulsi lipid, dan untuk lisis. Setelah dihasilkan
ekstrak daun melinjo, glodogan, gaharu, sirsak, telang, dan mangga, selanjutnya ekstrak
tersebut dimasukkan ke tabung eppendorf 15 ml. Larutan tersebut dihomogenkan (dikocok
bolak- balik 6-8 kali), lalu dipanaskan selama 30 menit pada suhu 65oC. Selanjutnya larutan
dibiarkan dingin pada suhu kamar, kemudian ditambahkan 6 ml larutan
Chloroform:Isamilalkohol(CI) lalu dihomogenkan(dikocok bolak balik selama 5 menit).
Penambahan larutan CI berfungsi untuk mendeproteinisasi lemak dan protein yang mungkin
masih terikat dengan DNA, agar DNA terpisah dari molekul lain serta menghilangkan
kompleks CTAB. Kemudian ekstrak daun melinjo, glodogan, gaharu, sirsak, telang, dan
mangga disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 3.500 rpm. Lapisan atas hasil
sentrifugasi dimasukkan ke dalam tabung yang baru, kemudian ditambahkan isopropanol
dingin sebanyak 1 volume cairan. Penambahan isopropanol berfungsi untuk mempresipitasi
DNA pada fase aquoeus (DNA menjadi fiber), menghilangkan residu kloroform oleh tahap
ekstraksi, mengganti fungsi ethanol absolute yang digunakan, dan memisahkan DNA dan
RNA dengan cara presipitasi RNA. Langkah selanjutnya yaitu mengocok perlahan larutan
yang telah diberi isopropanol hingga homogen kemudian menyimpan larutan pada suhu 4oC
selama 30 menit, lalu disentrifugasi dengan kecepatan 3.500 rpm selama 15 menit. Pada
proses sentrifugasi ini berfungsi untuk memisahkan cairan dengan pelet DNA. Cairan yang
dihasilkan dibuang dengan menggunakan pipet mikro, kemudian pellet DNA dicuci dengan
cara menambahkan 2 ml ethanol 70% (lewat tabung) dan disentrifugasi dengan kecepatan
3.500 rpm selama 10 menit. Setelah dihasilkan cairan dan pellet DNA, cairan dibuang dengan
menggunakan mikropipet dan pellet dikeringkan dengan cara disimpan pada suhu 37oC
selama 15 menit. Dihasilkan DNA yang beku, lalu pelet DNA dilarutkan dalam 1 ml aquades
steril.
 Pada proses elektroforesis, langkah pertama ialah pembuatan gel agarose yang
dilakukan dengan menimbang 0,3 gram agarose dan memasukkannya ke dalam 100 ml
erlemeyer. Kemudian menambahkan 25 ml TBE 0,5 X dan memanaskan dalam mikrowave,
lalu diangkat dan dibiarkan hingga suhu kurang lebih 70 oC. Selanjutnya menyiapkan cetakan
gel elektroforesis, dan menambahkan 5 mikro liter fluorosafe 1%, kocok hingga homogen.
Kemudian menuangkan larutan Agarose kedalam cetakan dan ditunggu hingga padat kira-
kira 30 menit. Setelah itu menyiapkan bak elektroforesis dan mengisi bak dengan 300 ml
buffer TBE 0,5X. Selanjutnya memasukkan cetakan gel yang sudah kering kedalam bak dan
pastikan terendam dalam buffer. Langkah selanjutnya adalah menyiapkan loading buffer
dalam parafilem dan mencampurkan dengan sampel DNA tumbuhan. Memasukkan sample
kedalam sumur- sumur elektroforesis dan menyambungkan alat elektroforesis dengan power
supply.

Berdasarkan praktikum isolasi DNA sel ini dapat diketahui bahwa DNA tumbuhan
berbentuk benang-benang, hal ini dapat diamati pada gambar berikut:

Pada praktikum elektroforesis menunjukkan adanya migrasi DNA dari kutub negatif
menuju kutub positif. Migrasi ini dikarenakan DNA yang bermuatan negatif. Akan tetapi
terjadi perbedaan kecepatan migrasi pada sampel daun yang digunakan, hal ini
disebabkan karena perbedaan ukuran DNA.
 KESIMPULAN

DAFTAR PUSTAKA

Albert, B,et al. 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta : PT. Gramedia Pustaka
Utama

Ausubel, et al. (2003). Current protocols in Molecular Biology. United Kingdom:John Wiley
& Sons Ltd Baig M.M.V., Big M.L.B., Yasmaen M. (2004). Saccharification of banana
agrowaste by cellulolytic enzymes. Afr J. Biotechnol. 3, hlm. 447-450.

Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide. San Diego:
Academic Press Inc.

Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide. San Diego:
Academic Press Inc.

Columbus.

Donata. 2007. Komunikasi pribadi. Ciri-ciri DNA murni dan penyebab keberhasilan serta
kegagalan dalam PCR dan elektroforesis.Erlangga. Jakarta.

Elrod, S, Stansfield, W. 2007. Genetika Edisi Keempat. Jakarta : Erlangga

Fairbanks, D.J., W.R. Andersen. 1999. Genetics: The continuity of life. New York:
Brooks/Cole

Farrel, R.E. 2004. RNA Methodologies: A Laboratory Guide for Isolation and
Characterization. Third Edition. Elsevier Academis Press. London. Hal. 693-705.

Jean, Francois Giot. 2010. Agarose Gel Electrophoresis – Aplications in Clinical Chemistry.

Journal of Medical Biochemistry 2010; 29 (1).

Khanuja, S., et., al. 1999. Rapid Isolation of DNA from Dry and Fresh Samples of Plants
Producing Large Amounts of Secondary Metabolites and Essential Oils. Plant
Molecular Biology Reporter 17: 1–7, 1999

Klug, W.S., M.R. Cummings. 1994. Concept of genetics 4th ed. Ohio: Merrill Publishing Co
 Muladno. (2002). Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pusataka Wirausaha Muda.
Bogor

Prana, T. K., dan N. S. Hartati. (2003). Identifikasi Sidik Jari DNA Talas (Colocasia
esculenta L. Schott) Indonesia dengan Teknik RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA) : Skrining Primer dan Optimalisasi Kondisi PCR. Jurnal Natur
Indonesia 5(2): 107-112 (2003). (Diakses tanggal 8 Desember 2009)
Publishing Company,.

Russell, P.J. 1994. Fundamentals of genetics. New York: Harper Collins College Publishers.

Sujadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius.

Surzycki, S. 1936. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg,

New York.

Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta