TUGAS REVIEW 2

MATAKULIAH BIOTEKNOLOGI
SEMESTER GENAP 2018/2019

1. DNA plasmid merupakan vector yang digunakan dalam proses cloning gen. Ada 2 teknik
yang dapat dilakukan untuk mengisolasi DNA plasmid dari suatu mikroorganisme.
Jelaskan prinsip tahapan kedua teknik tersebut!
a. Denaturasi dengan alkali
 Jika NaOH ditambahkan pada ekstrak sel hingga PH menjadi 12-12.5 maka ikatan
hidrogen pada molekul DNA tak berlilitan akan pecah, yang menyebabkan double
helix terurai dan kedua rantai polinukleotida memisah.
 Jika kemudian ditambah asam, maka DNA yang terdenaturasi akan mengelompok
kembali menjadi benang-benang kusut.
 Selanjutnya disentrifugasi.
b. Sentrifugasi gradien densitas EtBr-CsCl
 Gradien densitas dapat dihasilkan dengan melakukan sentrifugasi larutan CsCl pada
kecepatan sangat tinggi
 Makromolekul yang ada dalam larutan CsCl, jika disentrifugasi akan membentuk
pita-pita pada titik-titik yang berbeda pada gradien, tergantung pada densitas apung.
2. Jelaskan cara pemurnian dan pemekatan DNA pada tahapan isolasi DNA total !
a. Pemurnian DNA dari ekstrak sel
 Penghilangan protein dilakukan dengan ditambahkan fenol atau fenol +
kloroform.
 Penghilangan RNA ribonuklease
b. Pemekatan DNA
Ekstrak sel ditambahkan dengan fenol, kemudian dilakuakan sentrifugasi untuk
membentuk tiga lapisan, antara lain: lapisan atas merupakan kandungan DNA +
RNA, lapisan kedua protein terkoagulasi, dan lapisan ketida adalah fenol.
Sehingga bagian yang diambil adalah bagian lapisan atas (Lapisan DNA).
3. Jelaskan keuntungan penggunaan teknik denaturasi alkali dibandingkan dengan teknik
lainnya!
 Sebagian besar protein dan RNA juga akan menjadi tidak larut dan dapat
menghilangkan dengan sentfugasi
 Tidak perlu penambahan fenol dan ribonuklease
4. Jelaskan tahapan isolasi DNA fag hingga diperololeh DNA murni!
 Fag dapat diendapkan dengan polietilen glikol (PEG) + NaCl
 Disentrifugasi untuk mengeluarkan supernatan dan pelet (Residu) dilarutkan kembali
 Pemurnian dilakukan dengan gradien dan densitas cscl
  Ditingkatkan jumlah fag (Pastikan fag dalam fase lisis, cl menjaga fag tetap dalam
fasa lisogenik, mutan clts akan masuk ke dalam fasa lisis pada suhu 42°C, dan fag
harus menginfeksi bakteri tepat pada saat siklus pertumbuhan.
 DNA fag dapat keluar dari sel dengan sendirinya. Tidak perlu dilakukan prosedur
ekstraksi sel.
 Selanjutnya dilakukan sentfrifugasi dan DNA fag tersuspensi.
5. Jelaskan pengertian istilah-istilah di bawah ini:
a. Bachteriophage
Bakteriofag adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri. Kegunaannya adalah
untuk konstruksi kloning gen. Bakteriofag ini dapat dengan mudah untuk
bereplikasi serta dimanupulasi saat di laboratorium. Bakteriofag juga mempunyai
fragmens sekitar lima ribu pasang basa.
b. Etidium bromida
Agen interkalasi yang biasa digunakan sebagai tag fluoresen di laboratorium
biologi molekuler untuk teknik seperti elektrofloresis gel agarosa.
c. Annealing
Merupakan suatu proses penempelan primer pada DNA target dan pemanjangan
primer atau reaksi polimerisasi yang dikatalisis oleh DNA polimerase.
d. Primers
Merupakan sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens yang akan
diamplifikasi, terutama dalam reaksi berantai polimerase (PCR).