Uts Biomolekul

Nama : Khintan Prsetya Sulaeman

Nim : 171810301072
Kekas : Biomolekul A

1. Kita ketahui bahwa DNA disebut sebagai material genetik, jelaskan hal tersebut dan jelaskan
juga dalam tahapan penemuan yang membuktikan bahawa DNA sebagai material genetik
Jawab
- DNA adalah suatu makromolekul berbentuk benang panjang (dioksiribonukleotida) yang
tersusun dari basa nitrogen, gula pentosa(gula dioksasiribosa), dan dan gugus fosfat yang akan
membentuk rantai double helix . DNA merupakan material genetik yang berfungsi untuk
menyimpan informasi tentang aktivitas sel, menentukan sifat organisme berdasarkan
keturunan, dan mengendalikan aktivitas sel. Informasi genetik yang tersimpan dalam DNA itu
sendiri biasanya merupakan kumpulan perintah atau struktur yang dapat mengatur sel untuk
melakukan hal-hal tertentu.
- Penemuan para ahli mengenai DNA sebagai material genetik diantaranya :
1. Gregory Mendel (1822-1884) Menemukan kesimpulan dari penelitianya yaitu menyilangkan
berbagai jenis tanaman dimana dari penelitiannya tersebut diketahui bahwa sifat-sifat
karakteristik dari kedua induk dapat diwariskan ke generasi berikutnya melalui segregasi.
2. August Weismen ( 1892) dalam teori plasma nutfah dia menemukan bahwa sifat yang
diwariskan berasal dari dalam inti sel, senyawa tersebut setelah diteliti merupakan kromosom.
3. Walter Sutton (1903) dalam penelitiannya dia menemukan bahwa kromosom merupakan
komponen-komponen yang terdapat di dalam sel yang mengandung unit-unit pewarisan sifat
4. Wilhem Johansen (1909) dalam penelitiannya mengenai gen dia mengetahui bahwa
komponen-komponen yang mengandung unit-unit pewarisan sifat di sebut dengan gen.
2. Perpanjangan DNA selalu melalui 5’ dan 3’ , jelaskan hal tersebut berdasarkan dalam
struktur DNA
Jawab : Fragmen Okazaki adalah DNA pendek berbentuk fragmen (bagian) pada
proses replikasi DNA di bagian untaian DNA lambat (bahasa inggris: lagging
strand).[1][2] Sintesis DNA akan selalu bergerak dengan arah 5’ → 3’.[2] Untai DNA awal
(leading strand) dibaca dari ujung 5’ ke 3’ maka sintesisnya dapat dilakukan secara kontinu,
sedangkan untaian DNA lambat merupakan antiparalel dari untaian DNA awal yang memiliki
arah berkebalikan (ujung 3’ ke 5’) maka sintesis tidak dapat dilakukan secara kontinu
melainkan dibuat fragmen-fragmen agar sintesis DNA dapat terjadi serentak.[3] Fragmen DNA
pendek yang terbentuk pada akhirnya akan disambung dengan enzim DNA ligase sehingga
membentuk unit yang utuh.[2] Panjang fragmen Okazaki berkisar dari ratusan sampai
ribuan nukleotida, tergantung jenis selnya

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-
ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda
tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan
disebut primer.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida—dalam hal
ini, deoksiribonukleotida—ke ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang
tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun demikian, salah satu
untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'→5', sementara untaian lainnya
berorientasi 5'→3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'.
Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida
RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai
tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA
polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida
 diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan
potongan-potongan lagging strand tersebut.

3. Beri alasan kenapa basa adenin dengan timin dan citosin dengan guanin selalu
berpasangan untuk membentuk struktur DNA
Jawab : Adenin berpasangan dengan timin dan citosin berpasangan dengan guanin
dikarenakan pada pasangan tersebut dapat mengikat sangat kuat dan juga mampu
untuk memenuhi ruang terbatas antara nukleotida. Adenin dan timin dapat berikatan
karena memiliki 2 gugus N dan H yang berdekatan dengan O dan H dimana nantinya
akan membentuk ikatan hidrogen rangkap 2. Citosin dapat berpasangan dengan guanin
dikarenakan sama sam memiliki 2 gugus N dan 1 gugus O pada guanin yang berdekatan
dengan H,N dan O pada citosin dan akan membentuk ikatan hidrogen rangkap 3.
Ukuran molekulnya juga mempengaruhi dimana basa purin memiliki ukuran yang
sangat besar dibandingkan pirimidin sehingga apabila adenin dipasangkan dengan
citosin maka akan melebihi ukuran ruang yang tersedia dan ikatan tidak dapat terjad.
Basa pirimidin memiliki ukuran yang kecil sehingga apabila timin dan guanin
dipasangkan maka tidak akan terjadi ikatan karena tidak dapat memenuhi ruangan
yang tersedia.
4. Bagaimana Watson dan Crick menggambarkan struktur double helix DNA
Jawab : Menurut Watson dan Crick DNA digambarkan sebagai kedua ujung rantai DNA
linier dapat terikat secara kovalen pada satu sama lain membentuk struktur lingkaran.
Struktur tersebut dapat berbentuk acak atau belilitan dan sirkular terbuka. Pelilitan
merupakan struktur DNA yang tertutup secara kovalen karena rantai polinukleutida
putus. Struktur ini memiliki ujung 5’ atau 3’ bebas. Jika salah satu rantai polinukleutida
putus ,maka heliks ganda akan kembali terbentuk normalnya sebagai sirkular terbuka.
5. Apa arti dari kalimat tidak semua DNA berfungsi untuk di terjemahkan menjadi protein
Jawab : Maksud dari tidak semua DNA dapat di terjemahkan menjadi protein adalah

6.Perbedaan replikasi DNA prokariotik dan Eukariotik adalah sebagai berikut :

- Pada sel prokariotik Replikasi DNA terjadi di dalam sitoplasma, Hanya ada satu asal replikasi
per molekul DNA, Terbentuk sekitar 100-200 atau lebih nukleotida, Replikasi DNA terjadi
pada satu titik di setiap molekul DNA prokariotik, Hanya dua cabang replikasi dibentuk di
setiap kromosom prokariotik, replikasi DNA adalah dua arah, kromosom prokariotik memiliki
satu replikon, Satu gelembung replikasi terbentuk selama replikasi DNA, Inisiasi replikasi
DNA di prokariota dilakukan oleh DnaA protein dan DnaB, Enzim girase DNA diperlukan,
Okazaki fragmen besar, 1000-2000 nukleotida panjang, Replikasi sangat cepat, ditambahkan
sekitar 2000 nukleotida per detik.
- Pada sel Eukariotik Replikasi DNA terjadi di dalam nukleus, Asal replikasi banyak (lebih
dari 1000) dalam setiap kromosom eukariotik, Terbentuk sekitar 150 nukleotida, Replikasi
DNA terjadi di beberapa titik secara bersamaan di setiap kromosom, Sejumlah cabang replikasi
terbentuk secara bersamaan di setiap DNA replikasi, Molekul DNA eukariotik memiliki
sejumlah besar replikon (50.000 atau lebih), tetapi replikasi tidak terjadi secara bersamaan pada
semua replikon, Banyak gelembung replikasi terbentuk dalam satu molekul DNA bereplikasi,
Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh protein multisubunit, Enzim girase DNA diperlukan,
Okazaki fragmen pendek, 100-200 nukleotida panjang, Replikasi lambat, ditambahkan sekitar
100 nukleotida per detik
7. Dapatkah anda ceritakan DNA dalam membantu kasus tertentu
Jawab :
DNA dapat digunakan dalam kasus pembunuhan dan juga kasus penculikan anak, dimana
pelaku dari kasus pembunuhan daan penculikan anak dapat diketahui dengan mengidentifikasi
DNA pada korban pembunuhan atau korban penculukan anak. DNA yang ada pad setiap
individu menyimpan informasi yang berbeda serta tersusun atas basa nitrogen yang tidak sama
sehingga DNA satu individu dengan individu lainnya berbeda. DNA menyimpan informasi
mengenai aktivitas sel, membantunaktivasi sel, dan merupaka suatu pewarisan sifat pada
generasi berikutnya. Dengan mengidentifikasi DNA yang ada kita dapat mengetahui pelaku
dari kasus pembunuhan dan penculikan anak

8. Jelaskan masing -masing fungsi larutan yang digunakan untuk isolasi DNA
- Penambahan NaPOH dan SDS pada larutan 1 berfungsi unuk melisiskan sel DNA dimana
pada proses ini DNA akan dirusak strukturnya
- Larutan EDTA berfungsi untuk menghambat DNAse yang dapat mendenaturasi DNA, karena
apabila DNA terdenaturasi maka struktur DNA nya akan rusak dan tidak terbentuk DNA yang
diinginkan
- Larutan Tris HCl digunakan untuk menjaga pH larutan agar tetap berada pada pH asam yang
telah ditentukan agar struktur DNA dapat diperoleh dan tidak rusak karena disebabbpan pH
yang kurag sesuai
- SDS berfungsi untuk menghancurkan membran sel serta memberikan muatan negatif pada
DNA sehingga ketika di elektroforesis DNA dapat bergerak dari fase negatif ke fase positif
- Bromofebol biru berfungsi untuk memberikan warna pada DNA serta untuk menunjukkan
adanya lintasan yang telah dilalui oleh DNA
Larutan buffer running berfungsi untuk merunning agar larutan DNA dapat bergerak menuju
kutub positif karena adanya dorongan oleh buffer runnning.