Lima mekanisme resistensi yang berbeda telah dijelaskan dalam sel yang bertahan dari pengobatan MTX:

1 penurunan akumulasi karena gangguan transportasi;

2 penurunan retensi sebagai akibat dari kurangnya pembentukan poliglutamat;
3 peningkatan dihydrofolate reductase (DHFR);
4 dan mengubah (bermutasi) DHFR yang mengikat MTX lebih sedikit daripada enzim normal, dan,
paling baru,
5 peningkatan level enzim lisosom, γ-glutamyl hidrolase, yang menghidrolisis poliglutamat MTX

Bertrino, et al. 1996. Resistance Mechanisms to Methotrexate in Tumors. The Oncologist

(1):223-226

Faktor Risiko resitensi Metotrexat:

 metastasis tumor,
 peningkatan skor FIGO,
 diagnosis klinikopatologis koriokarsinoma
 hCG pra-perawatan yang lebih tinggi
E. Chapman-Davis et al. 2012. Treatment of nonmetastatic and metastatic
low-risk gestational trophoblastic neoplasia: Factors associated with resistance
to single-agent methotrexate
chemotherapy. Gynecologic Oncology (125):572–575