Manajemen Perikanan adalah suatu upaya untuk memecahkan permasalahan dan rangkaian kegiatan untuk mencapai tujuan seperti perencanaan (planning), pengorganisasian (organizing), pelaksanaan (actuating) dan pengendalian (controlling) yang dapat dimanfaatkan sebagai sumberdaya ikan, kekayaan alam yang tersedia di laut maupun perairan umum. Manajemen Sumberdaya Perikanan adalah suatu rangkaian proses mulai dari pengumpulan data hingga pelaksanaan kebijakan dan tindakan-tindakan manajemen untuk mencapai tujuan yang mengatur pemanfaatan sumberdaya perikanan. Perlu dilakukan manajemen perikanan karena Sumberdaya ikan tidak hanya bersifat “bisa habis” (depletable), tetapi berpotensi akan punah apabila eksploitasi tidak dikendalikan. Hal ini terutama terjadi pada kasus di mana perikanan bersifat kompleks, penuh ketidakpastian, pengetahuan tentang efek terkaitan antar spesies masih kurang, sehingga perlu dilakukan “pengelolaan” terhadap sumberdaya ikan. Tujuan yang tidak sama (conflicting goals) antara tujuan biologi, sosial, ekonomi, dan budaya harus dapat diseimbangkan melalui manajemen perikanan apabila manfaat total ingin dimaksimalkan. Pengendalian perlu dilakukan terhadap eksploitasi stok ikan untuk menjamin ketersediaan sumberdaya ikan untuk generasi sekarang tanpa mengabaikan kebutuhan generasi mendatang terhadap sumberdaya ikan. Sumber daya hayati ikan diartikan dalam ketentuan umum yang tercantum dalam Undang-undang Perikanan Nomor 31 Tahun 2004, yaitu ”Ikan adalah segala jenis organisme yang seluruh atau sebagian dari siklus hidupnya berada di dalam lingkungan perairan”. Adapun jenis-jenis ikan yang dimaksud, bukan hanya Pisces (ikan bersirip), tetapi termasuk juga Crustacea (udang, rajungan, kepiting, dan sejenisnya), Mollusca (kerang, tiram, cumi-cumi, gurita, siput, dan sejenisnya), Coelenterata (ubur-ubur dan sejenisnya), Echinodermata (tripang, bulu babi, dan sejenisnya), Amphibia (kodok dan sejenisnya); Reptilia (buaya, penyu, kura-kura, biawak, ular air, dan sejenisnya); Mammalia (paus, lumba-lumba, pesut, duyung, dan sejenisnya); alga (rumput laut dan tumbuh-tumbuhan lain yang hidupnya di dalam air); serta biota perairan lainnya yang ada kaitannya dengan jenis-jenis tersebut di atas, semuanya termasuk bagian-bagiannya dan ikan yang dilindungi. Daftar resmi jenis ikan yang ada dalam perikanan Indonesia dapat dilihat pada Statistik Perikanan Indonesia. Daftar tersebut mengelompokkan ikan menjadi kelompok ikan (fishes), yaitu 45 komoditi; kelompok binatang berkulit keras (crustaceans), yaitu 8 komoditi (rajungan, kepiting, udang barong, udang windu, udang putih, udang dogol, udang lainnya); kelompok binatang lunak (molluscs), yaitu 8 komoditi (tiram, simping, remis, kerang darah, cumi-cumi, sotong, gurita), kelompok binatang air lainnya, yaitu 4 komoditi (penyu, teripang, ubur-ubur), dan kelompok tanaman air (aquatic plants), yaitu 1 komoditi (rumput laut atau seaweeds, ada dua jenis utama, seperti Euchema sp. dan Gracillaria sp.). Paus dan lumba-lumba bukan dua jenis ikan yang bersirip, tetapi termasuk jenis binatang menyusui (mamalia), namun hidup di habitat air. Selain itu juga bahwa rumput laut yang dimaksud dalam statistik perikanan tersebut bukan jenis tumbuhan jenis yang berakar dan berbunga atau Angiosperma, melainkan alga yang dapat dijadikan bahan agar-agar. Jenis tumbuhan laut yang berbunga yang biasa dimaksud oleh sebagian orang disebut lamun atau seagrass. perikanan dan sumber daya ikan maka sumber daya perikanan dapat diartikan sebagai segala sesuatu yang berpotensi untuk dijadikan faktor input kegiatan perikanan. Sumber daya perikanan bukan hanya sumber daya ikan saja, tetapi juga sejumlah faktor input untuk setiap jenis kegiatan yang menjadi komponen kegiatan perikanan, yaitu yang berhubungan dengan pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya ikan dan lingkungannya, mulai dari praproduksi, produksi, pengolahan sampai dengan pemasaran. Sehingga diperlukan sistem manajemen Perikanan. Sistem Manajemen Perikanan seperti Fishery Policy and Planning, Fishery Management Measures, Fishery Development, dan Fishery Research. Fishery Policy and Planning seperti Penentuan tujuan pengelolaan perikanan (misalnya national objectives of fishery), Arahan kebijakan untuk mencapai tujuan (macro level), Legislasi terkait dengan pengelolaan perikanan, Mekanisme kelembagaan dan pengambilan keputusan terkait dengan pengelolaan perikanan. Fishery Management Measures seperti Perangkat pengelolaan perikanan (management measures) untuk mengendalikan dampak kegiatan perikanan terhadap stok sumberdaya ikan dan ekosistem, Penentuan tingkat pemanfaatan stok sumberdaya ikan (misalnya TAC, total allowable catch), Pengambilan keputusan terhadap operasioanalisasi perikanan (misalnya open and closed season), Pengumpulan data untuk alokasi sumberdaya ikan. Fishery Development seperti Penyediaan infrastruktur perikanan (misalnya pelabuhan, pasar), Peningkatan dan opitmasi kapasitas teknologi (misalnya efisiensi penangkapan ikan, efisiensi energi dalam penangkapan ikan), Peningkatan kualitas hasil tangkapan ikan melalui penyediaan sarana penanganan, pengolahan dan nilai tambah hasil tangkapan ikan, peningkatan kualitas distribusi hasil perikanan, Pengembangan potensi perikanan baru (misalnya deep sea fisheries). Fishery Research seperti Peningkatan kualitas pengumpulan, analisis, dan diseminasi data dari segenap komponen sistem perikanan (ekosistem dan sumberdaya ikan, sistem masyarakat dan pengguna sumberdaya ikan, dan sistem manajemen perikanan), Perangkat untuk mengkaji dan mengkonservasi stok sumberdaya ikan, Perangkat untuk lebih memahami keterkaitan yang tidak terpisahkan antara sistem ekologi dan sumberdaya ikan dengan sistem masyarakat dan pengguna sumberdaya ikan.