SINTESIS PROTEIN

Ada tiga tahap utama pada sintesis protein pada organisme prokariot maupun eukariot:

1. Transkripsi (meliputi inisiasi, elongasi dan terminasi)

2. Translasi (meliputi inisiasi, elongasi, dan terminasi)

Khusus pada eukariot, setelah transkripsi ada fase pasca transkripsi (m-RNA processing) yang
meliputi : Capping 5’, poliadenilasi (tailing 3’), dan m-RNA splicing

Proses Sintesis Protein pada Prokariot

1. Transkripsi : Proses penyalinan DNA menjadi RNA oleh RNA polymerase.

Faktor Transkripsi : Dalam proses transkripsi diperlukan faktor transkripsi di antaranya
- RNA Polimerase(core enzim + fakor sigma yang akhirnya menjadi holoenzim) : Enzim yang
bekerja dalam menyalin kode genetic DNA menjadi RNA
- Promoter (susunan kode genetic atau daerah yang dapat dikenali RNA polymerase, sehingga
RNA polymerase menempel pada daerah tersebut),
- coding sequence (urutan DNA yang diterjemahkan),
- terminator (Urutan kode genetic yang menjadi daerah berhentinya aktivitas transkripsi /
seperti terminal)
a. Inisiasi :
Inisiasi diawali dengan RNA polymerase yang belum sempurna yang disebut core enzim
(masih berstruktur ααββ’) didatangangi oleh faktor sigma agar menjadi holoenzim
dengan struktur lengkap sehingga dapat mengenali promoter. Promotor di sini
merupakan urutan basa yang banyak mengandung T dan A sehingga disebut TATA box.
Intinya, promoter diibaratkan landasan tempat RNA polymerase mendarat/menempel
untuk pertama kali untuk memulai transkripsi. RNA polymerase diibaratkan pesawat
yang sebelumnya tidak memiliki pilot, namun setelah ditambah oleh faktor sigma (pilot
yang dapat mengantarkan RNA polymerase ke daerah promotor) RNA polymerase dapat
mengenali dan menempel di promoter. Setelah RNA polymerase menempel, faktor
sigma yang telah menyelesaikan tugasnya akan lepas sehingga holoenzim kembali
menjadi core enzim.

Note : Beda promoter beda faktor sigma

b. Elongasi :
Setelah RNA polymerase menempel pada promoter dan DNA double helix membuka,
RNA polymerase akan melakukan penyalinan kode genetic pada satu untai DNA tersebut
hingga menghasilkan RNA yang memanjang
 c. Terminasi :
RNA polymerase akan terus berjalan dan melakukan penyalinan hingga mendapat
isyarat untuk berhenti. Daerah dimana aktivitas transkrip ini berhenti disebut
terminator. Pada organism prokariot, terminasi terjadi karena 2 hal yakni bergantung
protein rho(rho-dependent) atau tidak bergantung pada protein rho (rho-independent)
- Rho dependent :
Terminasi bergantung ada tidaknya protein rho. Pada situasi ini, ada daerah yang
dinamakan rho-terminantion. Rho termination inilah yang merupakan daerah yang
dikenali RNA polymerase sehingga RNA polymerase melewati RUT dimana RNA
polymerase selanjutnya ditempeli oleh protein rho yang mengenali RNA tersebut.
Setelah menempel, rho protein sempat mengikuti jalannya transkripsi sebentar sampai
berhasil mengisyaratkan RNA polymerase untuk berhenti melakukan aktivitas
transkripsi. Setelah tugasnya selesai, rho-protein akan lepas diikuti RNA polymerase, dan
RNA hasil transkripsi (m-RNA, t-RNA, r-RNA).
- Rho-independent :
Terminasi hanya bergantung pada susunan basa nitrogen pada nukleotida. Saat berjalan
melewati urutan nukelotida yang banyak mengandung basa nitrogen G dan C, RNA
polymerase akan terdesak oleh basa G-C yang sejatinya memiliki ikatan hydrogen
sejumlah 3 ikatan sehingga lebih kuat. Basa tersebut berikatan lagi dan membentuk
double helix lagi. Akibatnya RNA polymerase berhenti melakukan transkrip dan lepas
diikuti rantai RNA yang sudah jadi.

Note : RNA hasil transkrip tersebut selanjutnya mengalami translasi tanpa menunggu
transkripsi yang dilakukan RNA polymerase selanjutnya selesai. Hal ini dikarenakan pada
organism prokariot transkripsi dan translasi terjadi di satu tempat, yakni di sitosol
karena tidak ada batas jelas antara inti dan sitosol. Selain itu, m-RNA hasil transkrip tidak
mengalami proses lagi sehingga langsung diteruskan dengan translasi oleh ribosom.

2. Translasi : Proses penerjemahan pesan/kode yang dibawa oleh m-RNA oleh t-RNA dalam mesin
(ribosom) untuk diterjemahkan menjadi asam amino yang dirangkai menjadi protein.
a. Inisiasi (penempelan m-RNA dengan ribosom subunit kecil diikuti t-RNA dan ribosom
subunit besar)
Proses ini diawali dengan ribosom subunit kecil mengenali m-RNA kemudian
berikatan dengan m-RNA, sehingga menempel pada daerah RBS pada m-RNA
diikuti inisiator t-RNA yang membawa metion untuk meraih start kodon (AUG).
Proses binding pertama terjadi di P-site. Terakhir, subunit besar menempel.
b. Elongasi
Setelah semua komponen menempel, ribosom akan berjalan sesuai rantai m-RNA.
Masing-masing t-RNA yang berada di luar mesin (di sitosol) membaca kode yang
protein yang diminta m-RNA untuk kemudian menerjemahkan dan membawakan
asam amino yang dimaksud. Setelah didapatkan asam amino sesuai yang dipesan, t-
RNA menempel pada A-site ribosom unuk kemudian bergeser ke P-site dengan
 menerima rantai asam amino yang dirangkai oleh t-RNA sebelumnya untuk
kemudian digabung dengan satu sama amino yang ia bawa. Elongasi berjalan terus
hingga menemukan kodon stop.
c. Terminasi
Terminasi terjadi ketika m-RNA yang dibaca t-RNA merupakan susunan
nukleotida yang membawa basa/kode tertentu yakni UAG,UGA, atau UUU.
Kodon stop ini telah sampai di A-site ehingga t-RNA dapat menerjemahkannya
sebagai isyarat untuk berhenti. Maka elongasi berhenti ditandai A-releasing
factor yang menghidrolisis ikatan antara t-RNA di P-site dengan rantai asam
amino (polipeptida). Akibatnya, polipeptida terbebas daru kompleks translasi.

Proses Sintesis pada Eukariot

Pada organisme eukariot, transkripsi dan translasi dilakukan pada tempat yang berbeda yakni
inti sel dan ribosom yang berada di sitosol. m-RNA yang dihasilkan pada proses transkripsi pun belum
sempurna dan harus mengalami m-RNA processing. Karena kedua alasan itulah translasi tidak bisa
dilakukan langsung sebelum transkripsi selesai. Jadi, translasi baru bisa dilakukan ketika semua
transkripsi sudah selesai.

1. Transkripsi

Pada organisme eukariot, ada beberapa faktor transkripsi di antaranya :

-RNA polymerase, pada eukariot RNA polimerasenya tidak hanya satu. Namun berbeda-beda
untuk setiap kebutuhan.

Jenis RNA Polimerase Substrat Lokasi

RNA polymerase 1 Sebagian besar r-RNA Nukleoli
RNA polymerase 2 Semua m-RNA dan Nukleoplasma
beberapa Sn-RNA
RNA polymerase 3 Beberapa r-RNA, Sn-RNA, Nukleoplasma
dan t-RNA

- Faktor lainnya berupa protein pembantu :

Contohnya
 TBP (TATA Binding Protein) yang berfungsi mengenali TATA box, jadi daerah promoter
hanya bisa dikenali oleh TBP, TBP ini melekat dulu pada RNA polymerase sehingga
fungsinya mempermudah RNA polymerase menemukan TATA Box.
 TFIIH, berperan dalam fosforilasi CTD. Rantai harus difosforilasi agar RNA polymerase
dapat melakukan tugasnya
 Note : Bersifat monosistron : Satu untai m-RNA hanya menghasilkan satu jenis protein. Hal ini
terjadi karena operatornya tidak memiliki operon(anak buah) yang dapat mengatur
kompleks lainnya. Sehingga bila bertemu kodon stop kemudian terdapat kodon start lagi
pada satu untai RNA tidak akan bisa dilakukan penerjemahan lagi menjadi asam amino
karena operatornya hanya bisa mengatur satu kompleks protein dalam satu m-RNA

Kalau pada prokariot, operaornya memiliki anak buah yakni operon Y,Z,dan A. Masing-
masing operon memiliki kewenangannya sendiri untuk mengatur kompleks. Sehingga
dalam satu m-RNA dapat mengjasilkan lebih dari satu protein. Jadi bila sudah bertemu
kodon stop kemudian ada kodon start lagi pada satu untai, penerjemahan bisa
dilanjutkan. Sifat ini dinamakan polisistronik.
a. Inisiasi :
Setelah RNA polymerase dilengkapi perangkat-perangkat pembantu seperti TBP dan TFIIH, RNA
polymerase akan menempel pada promoter.
b. Elongasi:
Proses pemanjangan rantai RNA yang terjadi sama dengan pada elongasi transkrip pada
prokariot
c. Terminasi :
Ada sinyal yang memberikan tanda untuk berhenti pada RNA polymerase, jadi proses transkrip
berhenti.

Pasca Transkripsi (RNA processing)

RNA yang dihasilkan pada transkripsi masih berupa pre-m-RNA, yakni m-RNA yang belum maang
karena belum stabil dan masih mengandung intron(urutan kode yang tidak bisa diterjemahkan)
sehingga harus diproses lagi. Prosesnya adalah sebagai berikut :
- Capping’5 : Penambahan tudung berupa molekul 7-metylguanosin yang berfungsi untuk
 Membantu menginisiasi proses translasi
 Meningkatkan stabilitas m-RNA agar susuanan m-RNA tidak tedegradasi ketika sampai
di sitosol
 Meningkatkan efisiensi proses splicing
- Poliadenilasi (Tailling 3’) : Penambahan poli A (rantai AMP) pada ujung 3’ pre m-RNA guna
meningkatkan efisiensi translasi dan stabilitasnya
- m-RNA Splicing : Pemotongan bagian intron pada rantai pre-m-RNA dilanjutkan dengan
penyambungan ekson. Setelah tahap ini, m-RNA barulah bisa disebut mature m-RNA dan
siap untuk ditranslasi.
2. Translasi :
- Inisiasi, prosesnya sama seperti di prokariot. Memerlukan beberapa faktor
 Kodon insiasi AUG
 Eukariot Initiation factor
 Aminoasil t-RNA
- Elongation
 Elongation factor
  Enzim peptidil transferase
 EF-G
3. Termination
 Kodon termination
 eRF 1&3

Ada yang menyebutkan bahwa setelah translasi, ada lagi proses persiapan protein yang
dihasilkan untuk disesuaikan dengan tempat protein tersebut dikirim.