Nama : Indah Siti Permatasari

Kelas : 3fa3

NPM : 11171095

1. Jelaskan kenapa harus dilakukan optimasi geometri dan hubungannya dengan mekanisme interaksi
obat dan reseptor!
Jawaban :
Karena untuk menghitung energi terendah dari suatu molekul untuk mengetahui keadaan paling
stabil dari molekul tersebut.
Untuk simulasi interaksi oat dengan reseptor protein, maka keseluruhan protein reseptor dipelajari
dengan perhitungan mekanika molekul, sedang daerah di sekitar lokasi sisi reseptor, dimana obat
berinteraksi dengan reseptor, dengan perhitungan mekanika kuantum ab initio.

2. Jelaskan pengertian ikatan hydrogen dan hubungan dengan struktur protein

Jawaban :
Ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara
dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan.
Ikatan hydrogen dalam molekul terjadi pada senyawa organic dengan rantai Panjang seperti protein
dimana protein ini mengandung ikatan peptide yang mengandung gugus C=O N-H, ikatan ini terjadi
antara H dengan O yang membentuk struktur alfa-helix (rantai spiral) pada protein.

3. Dalam teori mekanika kuantum, perhitungan energi suatu struktur molekul dipengaruhi oleh tingkat
energi dari electron berupa HOMO dan LUMO, Jelaskan.
Jawaban :
HOMO (Highest Occupied Molecullar Orbital)
 Energi tertinggi orbital molekul yang mempunyai electron
 Energi ionisasi yang kecil memberikan kemampuan yang lebih kuat untuk mendonorkan electron
kepada molekul lain.
 Molekul hydrogen (H₂) yang terdiri dari sebuah ikatan sigma (σ)
LUMO (Lowest Unoccopied Molecullar Orbital)  antiikatan (antibonding) sigma (σ*)
 Energi terendah untuk menaruh atau mengeksitasi electron
 Afinitas eletron yang lebih besar mempunyai kemampuan yang besar untuk menerima electron
dari molekul lain.

4. Perubahan kecil dari salah satu asam amino berpengaruh besar terhadap aktifitas dari suatu protein.
Berikan contoh dan penjelasannya
Jawaban :
Asam amino merupakan komponen protein yang memiliki banyak fungsi di dalam tubuh. Kelainan
asam amino herediter (yang diturunkan) bisa disebabkan oleh gangguan  pemecahan asam amino
atau ketidakmampuan tubuh untuk memasukkan asam amino ke dalam sel. Contohnya adalah
Phenylketonuria.
Phenylketonuria adalah kelainan yang disebabkan pembentukan asam amino phenylalanine, yang
merupakan asam amino esensial yang tidak bisa disintesa oleh tubuh tetapi ada pada makanan.
Kelebihan phenylalanine biasanya terubah ke tyrosine, asam amino lain, dan disisihkan dari tubuh.
 Tanpa enzim yang mengubahnya ke tyrosine, phenylalanine menjadi lebih berkembang di darah dan
menjadi racun di otak, menyebabkan keterlambatan mental.

5. Jelaskan mekanisme rancangan obat berbasis struktur untuk HIV-1 Protease .

Jawaban :
 penggunaan struktur kristalpgrafi protease HIV dalam desain obat berbasis struktur telah
menghasilkan identifikasi kelas inhibitor yang berbeda dan beberapa kandidat obat yangberhasil
telah mampu digunakan dalam pengendalian AIDS.
 HIV1-Protease adalah enzim dimer kecil yang terdiri dari dua rantai 99 asam amino A dan B.
 HIV1-Protease memainkan peranan penting dalam siklus hidup virus HIV, obat ini menghambat
aksi protease dan menybabkan virus tersebut mati karena tidak dapat hidup dan
berkembangbiak dan tidak mampu menularkannya. (tidak menginfeksi)
 Struktur HIV1-Protease, perakitan 2 rantai HIV1-Protease membentuk rongga hidrofobik di
pusat katalitik enzim. Terdapat daerah lipatan pada setiap rantai yang melengkung melalui situs
yang aktif.
 Complex inhibitor MVT-101 dengan HIV1-Protease, inhibitor memilik jaringan ikatan hydrogen
yang sangat luas dengan asam amino lain di daerah katalitik.

6. Jelaskan prinsip dasar dan titik kritis dalam mendesain obat menggunakan metode HKSA.
Jawaban :
Prinsip HKSA  hubungan matematis antara struktur kimia dengan respon target dari satu set
senyawa.
HKSA berdasarkan parameter yang digunakan digolongkan dalam 3 metode, yaitu :
1) Metode Hansh, aktivitas biologis sebagai fungsi dari parameter-parameter σ,Es, dan π
2) Metode Free-Wilson (Model de novo), substituent pada struktur senyawa induk memberikan
sumbangan
3) Metode QSAR 3D atau CoMFA (Comparative Molecullar Field Analysis), senyawa enantiomer
yang memiliki kuantitas sifat fisikokimia yang sama, tetapi memiliki aktivitas biologis yang
berbeda (efek stereokimia)