Desinfektan dapat mendesinfeksi karena terjadi adanya hambatan enzim karena denaturasi protein

atau blockade gugus SH, reaksi dengan asam nukleat, kerusakan pada membrane sitoplasma. Yang
bekerja mendenaturasi protein adalah senyawa halogen, alkohol, fenol, aldehida, dan detergen.
Senyawa fenol dan detergen juga dapat merusak membran sitoplasma. Logam berat terutama memblok
gugus SH. Formaldehida disamping bereaksi dengan gugus amino bebas pada protein juga dengan asam
nukleat.