BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Madigan et al. (2009) menyatakan bahwa mikroorganisme di alam berinteraksi
dengan organisme dan lingkungannya. Hubungan mengenai timbal balik antara mikrobia
dan lingkungan hidupnya dipelajari dalam ekologi mikrobia. Satuan dasar ekologi adalah
ekosistem yang meliputi komponen-komponen biotik maupun abiotik (Willey et al.,
2008). Komponen biotik merupakan kehidupan organisme atau biozonose sedang
komponen abiotik adalah faktor tak hidup yang meliputi faktor fisik dan kimia.
Ekosistem dalam ekologi mikrobia dapat berupa sistem mikro dan sistem makro. Secara
umum setiap sistem memiliki ciri-ciri yaitu adanya dinamika populasi, keanekaragaman,
mekanisme adaptasi dan adanya hubungan antarorganisme yang ada di dalam sistem
tersebut. Contohnya yaitu tanah sebagai suatu sistem, memiliki anggota komunitas yang
tersusun dari berbagai populasi mikrobia yaitu bakteri, Actinomycetes, virus, khamir
maupun protozoa (Rao, 2001). Di dalam ekosistem tertentu suatu mikroorganisme pada
umunya mempunyai satu habitat saja. Tetapi suatu mikroorganisme dapat mempunyai
beberapa habitat, masing-masing habitat di dalam ekosistem yang berlainan. Sebagai
contoh Rhizobium tumbuh baik di dalam tanah maupun di dalam tumbuhan, bakteri
metanogen mempunyai habitat di sedimen danau dan dalam rumen hewan memamah
biak ( Willey et al., 2008). Fungsi dan aktifitas esensial yang mendukung kehidupan di
bumi yang banyak dimiliki oleh mikrobia, hal ini merupakan alasan pentingnya
mempelajari interaksi mikrobia serta berbagai peranan mikrobia dalam ekosistem secara
global.
Mikrobia merupakan bagian yang penting dari suatu ekosistem karena jumlahnya
yang sangat melimpah di alam dan berperan penting dalam siklus biogeokimiawi.
Interaksi mikroorganisme dengan lingkungannya yang terjadi di alam akan
mempengaruhi aktivitas organisme dan ekosistem karena mikroorganisme bersifat
sintetik dan degradatif. Mikrobia sebagai organisme sintetik artinya sebagai produser
bermacam senyawa kimia seperti hormon, nutrien dan anti biotik yang mempengaruhi
pertumbuhan tanaman dan hewan sedangkan mikrobia sebagai organisme degradatif
artinya mikrobia sebagai produser enzim yang mendegradasi bermacam senyawa organik

1
 dan anorganik yang terakumulasi di lingkungannya. (Suharni, Nastiti dan Soetarto.
2008).
Di lingkungan alam mikrobia tidak hanya berinteraksi dengan lingkungan tetapi
juga berinteraksi dengan organisme lainnya seperti tumbuhan dan hewan. Hubungan
interaksi tersebut menghasilkan hubungan simbiosis, mikrobia khususnya prokariota
memainkan peranan penting dalam banyak interaksi ekologis. Interksi ekologis di antara
dua spesies yang sama-sama memperoleh keuntungan dinamakan mutualisme, hal lain
juga bersifat komensalisme yaitu hubungan ekologis yang menguntungkan suatu spesies
namun tidak membahayakan sepesies lain, namun ada juga yang berinteraksi secara
parasitisme yaitu hubungan ekologis yang merugikan satu spesies.
Dari ketiga macam keadaan tersebut dapat tercipta bermacam-macam hubungan
hidup, namun hubungan tersebut tidak selalu dapat ditentukan interaksi apa yang terjadi
antara populasi mikrobia dalam ekosistem alam yaitu interaksi satu spesies mikrobia
dengan spesies mikrobia yang lain, untuk menentukannya perlu ada eksperimen
pembiakan secara teliti dengan menumbuhkan dua populasi dalam biakan campuran.
(irianto. 2006).

B. Perumusan Masalah
Penyebaran mikrobia sangat banyak di alam terbuka, kurang dari 1% speisies
yang hanya dimanfaatkan/ditumbuhkan dalam kultur untuk dianalisa di laboratorium dan
lebih dari 99% semua sepesies yang tidak ditumbuhkan pada kultur berdasarkan survei
molekul habitat mikrobia (Brok. 2012). Salah satu peran penting dari interaksi mikrobia
yaitu turut serta dalam menjaga keberlangsungan proses siklus-siklus nutrien di alam.
Berdasarkan informasi ini dapat dirumuskan permasalahan yaitu bagaimana interaksi
mikrobia dengan mikrobia lain serta peranan mikrobia dalam ekosistem.

C. Tujuan
Adapun tujuan dalam penyusunan makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui hubungan interaksi mikroorganisme dengan organisme lain
dengan linkungannya.
2. Untuk mengetahui peranan mikrobia dalam ekosistem

2
D. Manfaat
Adapun manfaat secara umum dalam pembuatan makalah ini adalah untuk
memberikan informasi kepada mahasiswa dan para pembaca tentang aktivitas interaksi
mikrobia. dan khususnya manfaat bagi kami adalah untuk menambah pengetahuan dan
pengalaman dalam penyusunan makalah ini.

E. Ruang Lingkup
Ruang lingkup makalah ini meliputi ekologi mikrobia, interaksi mikrobia, siklus-
siklus nutrien, bioremediasi dan biotransformasi.

BAB II
3
 PEMBAHASAN

A. Konsep Ekologi
Ekosistem merupakan keseluruhan komponen biotik dan abiotik yang terdapat
pada suatu habitat tertentu (Madigan et al., 2009). Menurut Alexander (1994) komponen
biotik merupakan komponen yang berupa makhluk hidup sedangkan komponen abiotik
merupakan kondisi lingkungan yang ditempati oleh makhluk hidup tersebut, contohnya
sinar matahari, suhu, dan kelembaban. Adapun contoh dari suatu ekosistem adalah
ekosistem sawah, ekosistem tanah, ekosistem perairan dan lain-lain.
Meskipun sebagian besar mikrobia memiliki bentuk yang sangat kecil, akan tetapi
apabila dilakukan penjumlahan maka mikrobia terhitung hampir setengah dari total
biomassa di bumi. Mikrobia menempati habitat yang beraneka ragam serta kemampuan
metabolisme yang mendukung kehidupan bagi organisme lainya. Tipe dari aktivitas
metabolik mikrobia pada suatu ekosistem bergantung pada komposisi spesies, ukuran
populasi, dan status fisiologis dari mikrobia tersebut. Laju dari aktivitas tersebut
dikendalikan oleh jumlah nutrien dan kondisi lingkungan yang mendukung pertumbuhan
populasi mikrobia.

B. Bentuk Interaksi pada Mikrobia

B.1 Simbiosis Parasitisme
Simbiosis didefinisikan sebagai bentuk interaksi antara dua atau lebih
organisme dalam suatu ekosistem (Alexander, 1977; Madigan et al., 2009).
Simbiosis parasitisme merupakan bentuk interaksi dimana salah satu organisme
dirugikan. Suatu organisme dikatakan sebagai parasit karena organisme tersebut
dalam hidupnya mengambil nutrien dari organisme lain yang disebut dengan host
atau inang. Parasit obligat merupakan organisme yang tidak dapat hidup tanpa
adanya nutrien yang berasal dari host atau inang, contohnya adalah Giardia yang
hidup sebagai parasit dalam usus hewan berdarah panas (Madigan et al., 2009).
Giardia dikatakan sebagai parasit obligat karena hanya mampu bereproduksi apabila
berada dalam tubuh host atau inang.

B.2 Simbiosis Mutualisme

4
 Simbiosis mutualisme merupakan bentuk interaksi antara dua organisme
dimana antar kedua organisme tersebut bersifat saling menguntungkan (Madigan et
al., 2009). Contoh bentuk interaksi ini adalah root nodul pada tumbuhan legume
dan asosiasi mikrobia pada perut hewan ruminansia
B.3 Simbiosis Komensialisme
Simbiosis komensialisme merupakan bentuk interaksi dua organisme
dimana salah satu organisme diuntungkan sedangkan yang lain tidak diuntungkan
maupun dirugikan (Wiley et al., 2008). Contoh bentuk interaksi ini adalah pada
mikrobia yang tumbuh pada rhizosphere/ area sekitar sistem perakaran tumbuhan
yang diuntungkan karena memperoleh material organik yang disekresikan oleh
akar tanaman.

C. Bioremidiasi
Menurut Rao (2001) bioremidiasi merupakan aktivitas metabolik mikrobia
yang mampu membersihkan atau mendegradasi komponen minyak, senyawa kimia
toksik, dan polutan lain yang dapat mengganggu keseimbangan lingkungan.
Bioremidiasi dikatakan pula sebagai langkah alternatif yang murah dalam menangani
masalah pencemaran lingkungan.

C.1 Mikrobia Pelarut Bijih Logam Tembaga

Pembentukan mineral sulfide yang tidak dapat larut dengan kebanyakan
logam dan bijih lain menjadi masalah dalam industri pertambangan. Hal ini karena
mineral sulfide tersebut merupakan sumber dari logam yang diinginkan. Apabila
konsentrasi logam dalam bijih rendah, maka bijih tersebut hanya akan memiliki
nilai ekonomi yang kecil (Madigan et al., 2009). Pada kondisi tersebut, peranan
mikrobia pelarut bijih logam penting digunakan dalam industri kimia
pertambangan. Sebagai contoh, pelarutan sangat berguna bagi bijih tembaga karena
tembaga sulfat terbentuk selama proses oksidasi bijih tembaga sulfide yang sangat
larut dalam air. Oleh karena itu, sebagian besar industri pertambangan bijih
tembaga diperoleh dengan cara pelarutan.

5
 Uraian singkat mengenai proses pelarutan bijih tembaga yaitu bijih
dengan kandungan logam yang rendah dimasukkan kedalam bak ukuran besar, dan
dilarutkan dengan pelarut sulfuric acid (pH 2) (Madigan et al., 2009). Bijih logam
tersebut akan bereaksi dengan asam dan kemudian larutan yang mengalir ke bawah
bak merupakan larutan yang mengandung bijih kaya logam tembaga. Larutan
tersebut selanjutnya dipresipitasikan dan dipurifikasi untuk memperoleh bijih
dengan kandungan logam tembaga yang tinggi. Adapun reaksinya menurut Moat
(1995) adalah sebagai berikut:
CuS + 2O2 --------------->Cu2+ + SO42-

atau dapat berlangsung secara spontan dengan mikrobia pengoksidasi besi dengan
reaksi menurut Moat (1995)adalah sebagai berikut :

CuS + 8 Fe3+ + 4 H2O -------------------> Cu2+ + 8 Fe2+ + SO42- + 8 H+

Kandungan senyawa Fe2+ sebagai hasil samping pelarutan bijih logam dioksidasi
kembali oleh bakteri Leptospirillum ferooxidans dan Acidithiobacillus ferooxidans
sehingga dapat digunakan kembali untuk proses pelarutan selanjutnya (Madigan et
al., 2009).

C.2 Mikrobia Pelarut Bijih Logam Emas dan Uranium

Mikrobia juga dapat berguna dalam pelarutan bijih emas dan uranium. A.
ferooxidans dapat mengoksidasi U4+ menjadi U6+ dengan O2 sebagai akseptor
elektron (Madigan et al., 2009; Willey et al., 2008). Disamping itu, pelarutan
uranium juga dapat dilakukan secara oksidasi abiotik menggunakan Fe 3+, dengan
A. ferooxidans yang berfungsi untuk re-oksidasi Fe2+ menjadi Fe3+. Adapun
reaksinya menurut Moat (1995) adalah sebagai berikut :

UO2 + Fe2 (SO4)3 ---------------- > UO2SO4 + 2FeSO4

Pada pelarutan bijih emas, emas biasanya ditemukan bercampur dengan mineral
arsenicdan pyrite. A. ferooxidans dapat melarutkan mineral arsenopyrite dan
6
 menghasilkan emas. Adapun reaksinya menurut Madigan et al. (2009) adalah
sebagai berikut :

2FeAsS[Au] + 7O2 + 2H2O+ H2SO4------> Fe2(SO4)3 + 2H3AsO4 + [Au]

Proses pelarutan emas sama halnya dengan pelarutan pada tembaga yakni
menggunakan bak yang kemudian dialirkan kebawah. Cairan yang mengalir ke
bawah kemudian dipresipitasi dan dimurnikan sebagai bijih dengan kandungan
logam emas yang tinggi.

C.3 Transformasi Logam Berat Merkuri

Logam biasanya terdapat di alam di alam dalam konsentrasi rendah, yaitu
bercampur dengan batuan, tanah, perairan, dan atmosfer. Beberapa diantara logam
tersebut diperlukan bagi tubuh sebagai trace element atau unsur kelumit dalam
konsentrasi yang sangat rendah untuk mendukung proses metabolisme yang
melibatkan beragam reaksi enzimatis. Adapun contohnya adalah tembaga, zink,
nickel, dan molibdenum (Madigan et al., 2009; Nicklin et al., 1999).
Merkuri merupakan salah satu contoh logam berat yang bersifat toksik bagi
organisme (Rao, 2001). Keberadaanya di alam sangat mudah mencemari
lingkungan perairan karena sifatnya yang volatil. Pada lingkungan alami, logam
merkuri terdapat dalam konsentrasi yang rendah yaitu 1 nanogram/liter air. Namun
demikian, senyawa kimia yang mengandung merkuri sangat banyak digunakan
dalam bidang industri dan merupakan komponen aktif suatu pestisida.Merkuri juga
digunakan dalam industri elektronik, komponen aktif baterai, dan berbagai industri
kimia. Penggunaanya yang beragam mengakibatkan penambangan merkuri
meningkat sehingga apabila dikalkulasi hingga mencapai 40.000 ton per tahun
(Madigan et al., 2009).Merkuri biasanya berada di perairan berupa Hg2+.
Hg2+ yang terdapa di perairan biasanya dimetabolisme oleh sekelompok
mikrobia menjadi metilmerkuri CH3Hg+. Metilmerkuri bersifat sangat toksik bagi
organisme karena dapat diabsorbsi oleh kulit dan merupakan suatu neurotoksin.
Metilmerkuri juga dapat mencemari suatu rantai makanan karena senyawa ini
diabsorbsi oleh ikan yanh hidup pada perairan tercemar merkuri. Mikrobia juga
mampu mengubah merkuri menjadi dimetilmerkuri. Metilmerkuri maupun

7
 dimetilmerkuri memiliki daya toksisitas 100 kali lebih berbahaya dibanding Hg0
atau Hg2+.
Mikrobia pereduksi sulfat mampu mendetoksifikasi merkuri dan
menghasilkan merkurisulfat melalui reaksi menurut Madigan et al. (2009) sebagai
berikut:
H2S +Hg2+ ------ > HgS
Selain itu bakteri metanogen juga mampu mendetoksifikasi merkuri menghasilkan
Hg0 dengan reaksi menurut Madigan et al. (2009) sebagai berikut :
CH3Hg+------------- > CH4 + Hg0
HgS memiliki kelarutan yang rendah dalam air, sehingga keberadaanya pada
ekosistem perairan biasanya pada sedimen zona anoksik (rendah oksigen). Namun
demikian, pada kondisi teraerasi HgS dioksidasi oleh Thiobacilli membentuk Hg2+
dan SO42- atau kadang-kadang membentuk metilmerkuri (Willey et al., 2008).

D. Biodegradasi Xenobiotics (Pestisida)

Pestisida merupakan salah satu contoh senyawa xenobiotik yang digunakan

untuk mengendalikan hama (Madigan et al., 2009). Akumulasi pestisida dalam tanah
dapat menimbulkan gangguan biologis pada lingkungan. Hal ini disebabkan karena
pada umumnya pestisida tersusun dari komponen yang bersifat toksik. Adapun
macam dari pestisida ini dapat berupa herbisida, fungisida, dan insektisida. Pestisida
memiliki variasi yang luas dalam hal komponen kimiawinya, yaitu terdapat Arsenic
(Ar), Chlorine (Cl), Boron (B), Bromide (Br), Cadmium (cd), Carbon (C), Copper
(Cu), Fluorine (F), Iron (Fe), Lead (Pb), Manganese (Mn), Nitrogen (N), Phosporus
(P), Zinc (Zn), Natrium (Na) dan cincin aromatik (Rao, 2001).
Hal-hal yang menentukan nasib pestisida ketika berada di dalam tanah antara
lain proses dekomposisi secara kimiawi, dekomposisi fotokimia, volatilisasi,
perpindahan di dalam tanah, penggunaan oleh tanaman, proses absorbsi, dan
dekomposisi oleh mikrobia (Madigan et al., 2009). Biodegradasi pestisida oleh
mikroorganisme tanah merupakan suatu proses mineralisasi dimana mikroorganisme
mengkonversi senyawa organik tersebut untuk digunakan sebagai sumber karbon dan
energi untuk tumbuh dan berkembang biak. Proses ini melepaskan komponen
anorganik yang berupa N, S, P atau elemen lain (Rao, 2001).

8
 Dalam proses ini, molekul induk mengalami proses detoksifikasi atau menjadi
senyawa yang lebih ramah lingkungan akibat serangkaian reaksi enzimatis. Proses ini
terjadi pada fase lag, yaitu fase dimana miroorganisme sedang mengalami proses
aklimasi (adaptasi terhadap keberadaan substrat pestisida). Setelah fase lag berakhir,
serangkaian reaksi kimia kembali dilajutkan untuk mendegradasi pestisida tersebut
seperti hidrolisis, dehalogenasi, dimetilasi, metilasi, reduksi nitro, deaminasi,
pemutusan rantai ikatan, konversi dari nitril menjadi amida dan sebagaianya
(tergantung pada komponen kimiawi pestisida). Sebagai contoh
Pentachloronitrobenzene (PCNB) merupakan fungisida yang digunakan untuk
mengendalikan pertumbuhan Rhizoctonia dan patogen tanah lain. Fungisida ini secara
gradual akan diconversi menjadi Pentachloroaniline (PCA) dalam kodisi tanah yang
lembab, adapun proses ini akan berlangsung lebih cepat apabila terjadi di tanah
perairan. Percobaan menggunakan tanah yang telah disterilisasi menunjukkan hail
bahwa pestisida tersebut tidak mengalami perubahan/ degradasi. Namun demikian,
apabila dicobakan pada tanah yang tidak disterilisasi maka terjadi peningkatan jumlah
PCA dan diikuti dengan penurunan konsentrasi PCNB (Rao, 2001).
Contoh lainya adalah pada herbisida atrazine, herbisida ini di dalam tanah
didegradasi melalui dua rute. Rute yang pertama, herbisida ini mengalami
penggantian subtituen 2-cholro oleh sebuah gugus hidroksil. Pada rute kedua, proses
degradasi dimediasi oleh fungi tanah yaitu Aspergillus fumigatus yang meliputi reaksi
dealkilasi untuk membentuk 2-chloro-4-amino-6-isopropylamino-s-triazine dan 2-
chloro-4-ethylamino-6-amino-s-triazine. Pembentukan senawa ini dari atrazine
sebagian besar bersifat toksik apabila dalam konsentarasi tinggi (Rao, 2001).
Kemampuan pestisida untuk dapat didegradasi sangat tergantung pada
beberapa hal, antara lain komponen kimiawi dari pestisida tersebut, keberadaannya di
lingkungan alam, kemampuan untuk dapat diabsorbsi, retensi dari pelarut di dalam
matriks tanah, dan sedimen di perairan yang tersusun dari tanah lempung serta
material organik (Madigan et al., 2009). Adapun beberapa contoh mikroorganisme
yang dapat mendegradasi pestisida antara lain dari genera Pseudomonas, genera ini
mampu mendegradasi herbisida jenis 2,4,5-T (2,4,5-trichlorophenoxy acetic acid) dan
jenis Chloropropham (Isopropyl-N-3-chlorophenl carbamate) (Rao, 2001). Kemudian
genera Rhodococcus, Arthrobacter, dan Flavobactrium mampu mendegradasi
fungisida pentachlorophenol (PCP) (Alexander, 1994).

9
 Beberapa jenis bakteri berbentuk coccus gram negatif dketahui juga mampu
mendgradasi herbisida jenis pyrazon (5-amino-4-chloro-2-phenyl-pyridazine-3(2H)-
one, sedangkan untuk herbisida jenis IPC (Isopropyl N-Phenyl carbamate) diketahui
mampu didegradasi dengan baik oleh bakteri genera Arthrobacter di dalam tanah.
Beberapa jenis bakteri tanah lain juga mampu mendegradasi herbisida jenis 2,4-D
(Dichlorophenoxy acetic acid) (Rao, 2001).

E. Siklus Nutrien
E.1 Siklus C (karbon)
Karbon dipertukarkan antara biosfer, geosfer, hidrosfer dan atmosfer bumi.
Dalam siklus ini terdapat empat reservoir utama karbon yaitu atmosfer, biosfer
terestrial (termasuk sistem ekologi perairan tawar dan karbon organik yang terdapat
dalam tanah), lautan (termasuk organisme didalamnya) dan sedimen serta bebatuan
(termasuk bahan bakar fosil) (Nicklin et al., 1999). Komponen utama dalam siklus
karbon adalah karbon dioksida (CO2) dan metana (CH4). Laut mengandung karbon
dimana sebagian besar dalam bentuk ion bikarbonat. Di lautan karbon akan mengikuti
reaksi CO2 + H2O ⇌ H2CO3 yang menjadi buffer yaitu untuk mengontrol pH di laut
dan juga dapat berubah sebagai sumber karbon. Beberapa siklus nutrien saling
berhubungan dengan siklus karbon, selain air (H 2O) siklus N (nitrogen) mempunyai
hubungan yang sangat erat dengan siklus karbon (Willey et al., 2008) . Hal ini
diesebabkan karena sebagian besar komponen penyusun makhluk hidup adalah unsur-
unsur tersebut diatas.

10
Gambar 1. Siklus karbon yang terjadi di bumi (Madigan et al., 2009)

Gambar diatas menjelaskan bahwa transfer karbon paling cepat terjadi di

atmosfer oleh CO2. Karbon dioksida digunakan untuk berfotosintesis oleh tumbuh-
tumbuhan maupun mikroorganisme-mikroorganisme fotosintetik dan dikembalikan
lagi ke atmosfer oleh respirasi hewan maupun organisme kemoorganotropik.
Mikrobia menyumbang karbon dioksida melalui dekomposisi bahan organik termasuk
humus (Madigan et al., 2009).
Senyawa organik secara biologis disintesa oleh organisme fotosintetik dan
kemolitotropik dengan memfiksasi karbon dioksida. Organisme fotosintetik secara
garis besar dibagi menjadi dua, yaitu : tumbuhan dan mikroorganisme. Tumbuhan
merupakan organisme fotosintetik dominan di daratan sedangkan di perairan maupun
lautan lebih didominasi oleh mikroorganisme seperti fitoplankton maupun alga
(Hogg, 2005).
Fiksasi CO2 oleh organisme fotosintetik mengikuti reaksi CO2 + H2O à(CH2O)
+ O2 dengan bantuan energi cahaya dengan panjang gelombang tertentu). Bahan
organik hasil fiksasi tersebut akan dioksidasi kembali dalam proses respirasi aerobik
dengan mengikuti reaksi (CH2O) + O2 à CO2 + H2O baik oleh tumbuhan itu sendiri
atau oleh organisme lain sebagai bentuk sumber karbon.Bahan organik secara biologis
terdegradasi menjadi CH4 dan CO2. Karbon dioksida, diproduksi oleh respirasi
aerobik sedangkan metana diproduksi dalam lingkungan tanpa oksigen (anaerobik)
oleh mikrobia metanogen anggota Archaea dengan cara mereduksi CO2menggunakan
hidrogen (H2) atau pemecahan asetat (Madigan et al., 2009). Proses pembuatan
metana oleh mikrobia ini disebut dengan metanogenesis.
CH4 yang sebagian besar dihasilkan oleh aktifitas mikrobia terdapat dalam
bentuk metana hidrat, suatu molekul dari metana yang membeku. Metana hidrat
banyak terbentuk di Arktik dan sedimen lautan. Sifatnya sangat dinamis, menyerap
dan melepaskan CH4 untuk merespon perubahan tekanan, suhu dan pergerakan arus.
Oleh sebab itu, hidrat ini sering disebut sumber energi perairan dalam atau cold
seeps(Rao, 2001).
Dalam siklus karbon terdapat sintropi yaitu suatu proses yang melibatkan
kerjasama dua miroorganisme atau lebih dalam lingkungan anaerob untuk
mendegradasi bahan organik. Contohnya adalahSynthropomonas wolfei yang

11
 mengoksidadi C4 menjadi asam lemak C8, yang selanjutnya akan menghasilkan asetat,
CO2 dan H2. Lalu, Synthropobacter wolinii yang berperan dalam fermentasi propionat
(C3) danSynthropus gentianae yang akan mendegradasikan senyawa-senyawa
aromatik, misal dari benzoat menjadi asetat, H2 dan CO2. Produk akhir dari sintropi ini
adalah CH4 dan CO2, dan semua bahan organik yang masuk dalam habitat
metanogenik ini juga akan diubah menjadi produk akhir tersebut (Madigan et al.,
2009).

E.2 Siklus (N) Nitrogen

Nitrogen merupakan unsur paling melimpah keberadaannya di atmosfer,
namun karena sifatnya yang kurang reaktif menyebabkan penggunaannya pada
makhluk hidup membutuhkan beberapa proses, yaitu : fiksasi, mineralisasi, nitrifikasi
dan denitrifikasi (Nicklin et al., 1999).
Fiksasi nitrogen adalah proses mengubah nitrogen di udara menjadi ammonia
(NH3). Mikroorganisme yang mem-fiksasi nitrogen disebut diazotrof.
Mikroorganisme ini memiliki enzim nitrogenaze yang dapat menggabungkan
hidrogen dan nitrogen. Reaksi untuk fiksasi nitrogen biologis akan mengikuti reaksi
N2 + 8H + 8e-à 2NH3 + H2. Mikro organisme yang dapat melakukan fiksasi nitrogen
antara lain adalah anggota spesies Cyanobacteria, Azotobacteraceae, Rhizobia,
Clostridium, dan Frankia. Selain itu blue-green algae juga mampu memfiksasi
nitrogen (Madigan et al., 2009).
Beberapa cara yang dapat memfiksasinitrogen menurut Rao (2001) yaitu :
a. Fiksasi biologis, dilakukan oleh beberapa bakteri simbiotik pada tanaman polongan
(anggota spesies Rhizobium) dan beberapa beberapa bakteri yang hidup bebas seperti
anggota spesies Azotobacter.
b. Industri fiksasi nitrogen, dilakukan tekanan tinggi, pada suhu 600°C, dan dengn
katalis besi, nitrogen atmosfer dan hidrogen dapat bereaksi membentuk amonia (NH3).
Amonia ini dapat dimanfaakan untuk bahan pembuat pupuk dan bahan peledak.
c. Pembakaran bahan bakar fosil, yaitu ketika mesin pembakaran melepaskan NOx
sebagai salah satu hasil dari proses pembakaran bahan bakar fosil.
d. Proses lain, yaitu karena foton dari sambaran petir di udara.

12
 Tanaman mendapatkan nitrogen dari tanah melalui absorbsi akar, baik dalam
bentuk ion nitrat atau ion amonium. Sedangkan hewan memperoleh nitrogen dari
tanaman yang mereka makan.Tanaman dapat menyerap ion nitrat atau amonium dari
tanah melalui rambut akarnya. Pada tanaman yang memiliki hubungan mutualistik
dengan rhizobia, nitrogen dapat berasimilasi dalam bentuk ion amonium langsung
dari nodul. Hewan, jamur, dan organisme heterotrof lain mendapatkan nitrogen
sebagai asam amino, nukleotida dan molekul organik kecil (Alexander, 1994).
Jika tumbuhan atau hewan mati, nitrogen organik diubah menjadi amonium
(NH4+) oleh bakteri dan jamur. Perubahan amonium menjadi nitrat dilakukan oleh
bakteri yang hidup di dalam tanah dan bakteri nitrifikasi lainnya (Rao, 2001). Tahap
utama nitrifikasi diawali ketika bakteri nitrifikasi, misal anggota spesies
Nitrosomonas, mengoksidasi amonium (NH4+) dan mengubah amonia menjadi nitrit
(NO2-). Spesies bakteri anggota spesies Nitrobacter, bertanggung jawab untuk
mengoksidasi nitrit menjadi dari nitrat (NO3-). Proses perubahan nitrit menjadi nitrat
sangat penting karena nitritbersifat toksik bagi tanaman.
Proses nitrifikasimenurut Madigan et al. (2009) dapat ditulis dengan reaksi berikut
ini:
1. 2NH3 + 2CO2 + 3CO2 + Nitrosomonas sp. à 2NO2- + 2H2O + 2H+
2. 2NH3 + 2CO2 + 3O2 + Nitrosomonas sp. à NO3-
3. NH3 + O2 à NO2- + 3H+ + 2e-
4. NO2- + H2O à NO3- + 2H+ + 2e
Meskipun berbeda dengan amonia yang bersifat toksik bagi ikan jika berada di
perairan, kadar nitrat yang tinggi dalam suatu perairan dapat memicu terjadinya
eutrofikasi atau penyuburan sehingga akan terjadi ledakan populasi fitoplankton dan
tanaman akuatik lainnya. Peristiwa ini disebut dengan booming plankton(Willey et al.,
2008).
Denitrifikasi adalah proses reduksi nitrat menjadi gas nitrogen (N2). Proses ini
dilakukan oleh anggota spesies bakteri Pseudomonas dan Clostridium dalam kondisi
anaerobik (Hogg, 2005). Mereka menggunakan nitrat sebagai akseptor elektron
terakhir selama respirasi.
Denitrifikasi menurut Rao (2001) umumnya berlangsung melalui beberapa
kombinasi dari bentuk peralihan sebagai berikut:
NO3-à NO2-à NO + N2O à N2 (gas)

13
Proses denitrifikasi lengkap menurut Rao (2001) dapat dinyatakan sebagai reaksi
redoks:
2 NO3- + 10e- + 12 H+à N2 + 6 H2O
Dalam proses biologis umumnya mengubahnitrit dan amonium langsung ke
elemen (N2) gas nitrogen. Proses ini terjadi di lautan. Reduksi dalam kondisi
anaerobik juga dapat terjadi melalui proses yang disebut oksidasi amonia anaerobik
NH4+ + NO2-à N2 + 2 H2O

E.3 Siklus P (Phosphorus)

Kelimpahan Phospor di alam biasanya terdapat dalam bentuk senyawa fosfat
(PO43-). Fosfat sangat diperlukan oleh organisme karena merupakan salah satu
penyusun asam nukleat. Dalam siklusnya, fosfor berbeda dengan siklus karbon dan
siklus nitrogen. Perbedaan utamanya yaitu siklus fosfor tidak melalui komponen
atmosfer. Ion fosfat banyak terdapat dalam bebatuan. Pengikisan dan pelapukan
batuan membuat fosfat larut dan terbawa menuju sungai sampai laut sehingga
membentuk sedimen. Ion fosfat dapat memasuki air tanah sehingga tumbuhan dapat
mengambil fosfat yang terlarut melalui absorbsi yang dilakukan oleh akar (Madigan
et al., 2009). Dalam proses rantai makanan, herbivora mendapatkan fosfat dari
tumbuhan yang dimakannya dan karnivora mendapatkan fosfat dari herbivora yang
dimakannya. Fosfat dikeluarkan dari organisme melalui urin dan feses lalu
didekomposisi oleh mikrobia pengurai (Bacillus, Pseudomonas, Xanthomonas,
Aerobacter aerogenes) lalu melepaskan fosfor kemudian diambil oleh tumbuhan atau
mengendap. Siklus fosfor mulai lagi dari sini. Fosfor dialam dalam bentuk terikat
sebagai Ca-fosfat, Fe- atau Al-fosfat, fitat atau protein (Rao, 2001).

14
 BAB III
PENUTUP

A. Simpulan
Berdasarkan informasi yang telah diperoleh, dapat disimpulkan bahwa
mikrobia memiliki beragam interaksi yaitu meliputi simbiosis mutualisme, simbiosis
parasitisme, dan simbiosis komensialisme. Selain itu berbagai aktivitas metabolik
mikrobia di alam diketahui dapat berperan dalam siklus nutrien, bioremidiasi logam
berat, dan biotransformasi pestisida.

15
 DAFTAR PUSTAKA

Alexander, M. 1994. Biodegradation and Bioremidiation. Academic Press. San Diego.

Alexander, M. 1977. Introduction to Soil Microbiology ( Second edition).
John Willey and Sons, Inc., New York and London.
Hogg, S. 2005. Essentials Microbiology. John Willey and Sons Pub : USA
Madigan,MT., J.M. Martinko, P.V.Dunlop, D.P. Clark. 2009. Brock Biology Microorganism
13thed.San Fransisco Benjamin Cummings
Moat, A.G. & J.W. Foster. 1995. Microbial Physiology 3rd Ed. Willey-Liss Pub.: USA.
Nicklin, J, Graeme – Cook, T. Paget., Killington. 1999. Microbiology. BIOS Scientific
Publisher Limited. New York. Pp 1-5
Subba Rao, N.S. 2001. Soil Microbiology, 4rd Edition, Oxford and IBH Publishing Co., New
Delhi

16
Willey, J. M., L. M. Sherwood, & C. J. Woolverton. 2008. Prescott, Harley, & Klein’s
Microbiology 7th Ed. Mc Graw-Hill Pub.: USA

17