dalam fotofosforilasi siklik tidak ada input atau konsumsi elektron; elektron hanya menempuh

rute berputar, kembali dari mana mereka datang (Gambar 13.12).

Generasi Pengurangan Daya

Agar bakteri ungu tumbuh sebagai fotoautotrof (Bagian 13.1), pembentukan ATP tidak
cukup. Reducing power (NADH) juga diperlukan untuk mengurangi CO2 ke bahan sel.
Pengurangan daya untuk bakteri ungu dapat berasal dari banyak sumber, khususnya senyawa
sulfur yang berkurang seperti H2S. Ketika H2S adalah donor elektron pada bakteri sulfur ungu,
gumpalan S0 disimpan di dalam sel (Gambar 13.1). Ketika S0 terbentuk, elektron berakhir di
"kolam kuinon" (Gambar 13.12). Namun, E0 qu kuinon (sekitar 0 V) tidak cukup elektronegatif
untuk mengurangi NAD + (−0,32 V). Oleh karena itu, elektron dari kumpulan kuinon harus
dipaksa mundur (terhadap gradien elektrokimia) untuk mengurangi NAD + menjadi NADH
(lihat Gambar 13.13). Proses pencarian energi ini, yang disebut transpor elektron terbalik,
digerakkan oleh energi gaya gerak proton. Kita akan melihat nanti bahwa aliran elektron terbalik
juga merupakan mekanisme dimana chemolithotrophs memperoleh daya reduksi untuk fiksasi
CO2; dalam banyak kasus ini, elektron berasal dari donor elektron E0 quite yang cukup positif
(Bagian 13.6–13.10).

Aliran Elektron Fotosintesis dalam Anoksigenik Lainnya

Phototrophs

Sejauh ini kami telah fokus pada aliran elektron pada bakteri ungu. Meskipun reaksi
terkait membran analog mendorong fotofosforilasi dalam fototrof anoksi lainnya, ada perbedaan
signifikan dalam detailnya. Pusat reaksi bakteri nonsulfur hijau dan bakteri ungu secara
struktural sangat mirip tetapi berbeda dari pusat reaksi bakteri sulfur hijau dan heliobacteria, dan
ini tercermin dalam perbedaan aliran elektron siklik.

Gambar 13.13 kontras aliran elektron fotosintesis dalam bakteri ungu dan hijau dan
heliobacteria. Perhatikan bahwa pada bakteri sulfur hijau dan heliobakteria, keadaan tereksitasi
dari pusat reaksi, bakterioklorofil secara signifikan lebih elektro-negatif daripada bakteri ungu
dan bahwa klorofil aktual (bakteri hijau) atau bentuk klorofil a yang dimodifikasi (hidroksi
klorofil a) (heliobakteria) hadir di pusat reaksi. Dengan demikian, tidak seperti pada bakteri
ungu, di mana molekul akseptor stabil pertama (kuinon) memiliki E0 about sekitar 0 V (Gambar
13.12a), akseptor pada bakteri hijau dan heliobacteria adalah protein besi-sulfur yang memiliki
lebih banyak elektronegatif E0 ′ daripada NADH. Oleh karena itu, aliran elektron terbalik tidak
diperlukan dalam bakteri sulfur hijau atau heliobacteria. Pada bakteri sulfur hijau, protein yang
disebut ferredoxin (E0 ′0.4V) adalah donor elektron langsung untuk fiksasi CO2 (Bagian 13.5).
Ketika H2S adalah sumber daya reduksi pada belerang hijau atau bakteri belerang ungu,
gumpalan S0 dihasilkan dari oksidasi H2S. Pada bakteri hijau, butiran tetap berada di luar sel
tetapi pada bakteri belerang ungu mereka tetap di dalam sel (Gambar 13.1). Dalam kedua kasus,
S0 akhirnya menghilang karena dioksidasi menjadi sulfat (SO42−) untuk menghasilkan daya
reduksi tambahan untuk fiksasi CO2.

13.4 Fotosintesis Oksigen

Berbeda dengan aliran elektron fotosintetik dalam fototrof anoksigenik, dalam elektron
fototrof oksigen mengalir melalui dua sistem foto yang berbeda yang disebut sistem foto I (PSI,
atau P700) dan sistem foto II (PSII, atau P680). Seperti dalam fotosintesis anoksigenik, reaksi
cahaya dalam fotosintesis oksigen terjadi pada fotokompleks yang tertanam dalam membran.
Dalam sel eukariotik, membran berada di kloroplas (Gambar 13.5), sedangkan di cyanobacteria,
membran diatur dalam tumpukan di dalam sitoplasma (Gambar 13.10c).

Aliran Elektron dan Sintesis ATP dalam Oxygenic

Fotosintesis

PSI dan PSII berinteraksi seperti yang ditunjukkan pada Gambar 13.14 dalam "skema Z"
fotosintesis, dinamakan demikian karena jalurnya menyerupai huruf "Z" yang diputar di sisinya.
Potensi reduksi molekul klorofil P680 dalam PSII sangat elektropositif, bahkan lebih positif
daripada pasangan O2 / H2O. Hal ini diperlukan untuk memungkinkan langkah pertama dalam
aliran elektron, pemisahan air menjadi oksigen dan elektron (Gambar 13.14). Energi cahaya
mengubah P680 menjadi reduktor kuat yang mengurangi pheophytin a (klorofil minus atom
magnesiumnya), sebuah molekul dengan E0 about sekitar −0.5 V. Sebuah elektron dari H2O
kemudian disumbangkan ke molekul P680 teroksidasi untuk mengembalikannya ke potensi
pengurangan kondisi dasar. Dari pheophytin, elektron bergerak melalui beberapa pembawa
membran E0 ′ yang semakin positif termasuk kuinon, sitokrom, dan protein yang mengandung
tembaga yang disebut plastocyanin; yang terakhir menyumbangkan elektron ke pusat reaksi PSI.
Elektron diterima oleh P700 dari PSI, yang sebelumnya menyerap energi cahaya dan
menyumbangkan elektron yang pada akhirnya akan mengarah pada pengurangan NADP +.
Elektron bergerak melalui beberapa perantara dalam terminasi PSI dengan reduksi NADP +
menjadi NADPH (Gambar 13.14).

Selain sintesis bersih NADPH, peristiwa penting lainnya terjadi saat elektron mengalir
dari PSII ke PSI. Reaksi transpor elektron menghasilkan kekuatan motif proton dari mana ATP
diproduksi oleh ATPase. Mekanisme sintesis ATP ini disebut fotofosforilasi non-siklik karena
elektron tidak berputar kembali untuk mengurangi P680 teroksidasi, tetapi sebaliknya digunakan
dalam pengurangan NADP +. Namun, ketika daya reduksi berlimpah, ATP juga dapat
diproduksi dalam fototrof oksigenik oleh fotofosforilasi siklik. Ini terjadi ketika, alih-alih
mengurangi NADP +, elektron dari PSI yang biasanya akan mengurangi ferredoxin
dikembalikan untuk melakukan perjalanan rantai transpor elektron yang menghubungkan PSII ke
PSI. Dengan demikian, elektron ini juga menghasilkan gaya motif proton yang mendukung
sintesis ATP tambahan (garis putus-putus pada Gambar 13.14).

Fotosintesis Anoksigenik dalam Fototoks Oksigen Sistem Fotosintesis I dan II biasanya

berfungsi bersama-sama dalam fotosintesis oksigenik. Namun, jika aktivitas PSII diblokir,
beberapa fototrof oksigen dapat melakukan fotosintesis hanya menggunakan PSI. Dalam kondisi
ini, fotofosforilasi siklik tetapi tidak non-siklik terjadi (Gambar 13.14), dan mengurangi daya
untuk pengurangan CO2 berasal dari sumber selain air. Singkatnya, ini adalah fotosintesis
anoksigenik yang terjadi pada fototrof oksigen.

Banyak cyanobacteria dapat menggunakan H2S sebagai donor elektron dalam kondisi ini
dan banyak ganggang hijau dapat menggunakan H2. Ketika H2S digunakan, ia dioksidasi
menjadi sulfur unsur (S0), dan butiran sulfur mirip dengan yang diproduksi oleh bakteri sulfur
hijau (Gambar 13.1) disimpan di luar sel sianobakteri. Gambar 13.15 menunjukkan ini dalam
filamen cyanobacterium Oscillatoria limnetica. Organisme ini hidup di kolam garam anoksik di
mana ia mengoksidasi sulfida dan melakukan fotosintesis anoksigenik bersama dengan bakteri
hijau dan ungu.
 Dari sudut pandang evolusi, proses fotofosforilasi siklik dalam fototrof oksigenik dan
anoksigenik adalah salah satu dari banyak indikasi hubungan dekat mereka. Bukti lebih lanjut
dari hubungan evolusi antara fototrof dapat ditemukan pada kenyataan bahwa struktur pusat
reaksi fotosintesis bakteri dan ungu nonsulfur hijau menyerupai PSII, sedangkan struktur pusat
reaksi bakteri sulfur hijau dan heliobacteria menyerupai PSI. Karena bukti kuat bahwa bakteri
ungu dan hijau mendahului cyanobacteria di Bumi sekitar 0,5 miliar tahun (Bagian 12.2), jelas
bahwa fotosintesis anoksigenik adalah bentuk fotosintesis pertama di Bumi. Penemuan kunci
evolusi cyanobacteria adalah untuk menghubungkan dua bentuk pusat reaksi (seperti PSI dan
PSII) dan mengembangkan kemampuan untuk menggunakan H2O sebagai donor elektron
fotosintesis.

13.5 Persiapan Autotrophic

SEBUAH utotrophysayas proses dimana bentuk energi miskin dan sangat teroksidasi karbon-
CO2 berkurang dan berasimilasi ke dalam bahan sel. Banyak mikroorganisme yang autotrophic,
termasuk hampir semua phototrophs dan chemolithotrophs. Kita fokus di autotrophy di
phototrophs, di mana keragaman metabolisme terbesar adalah pada layar.
Siklus Calvin
Several jalur autotrophic diketahui, tetapi siklus Calvin adalah yang paling luas di alam. Siklus
Calvin hadir dalam bakteri ungu, cyanobacteria, ganggang, tanaman hijau, Bakteri yang paling
chemolithotrophic, dan beberapa Archaea. siklus membutuhkan CO2, CO2-akseptor molekul,
NAD (P) H, ATP, dan dua enzim kunci, ribulosa bifosfat karboksilase dan phosphoribulokinase.
Siklus dikatalisis oleh enzim ribulosa bifosfat karboksilase, singkatnya RubisCO.
RubisCO mengkatalisasi pembentukan dua molekul asam 3-fosfogliserat (PGA) dari ribulosa
bifosfat dan CO2 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 13.16. PGA kemudian difosforilasi dan
direduksi menjadi perantara utama glikolisis, gliseraldehida 3-fosfat. Dari ini, glukosa dapat
dibentuk oleh pembalikan langkah-langkah awal dalam glikolisis (Gambar 3.14).

Alih-alih berfokus pada penggabungan molekul tunggal CO2, lebih mudah untuk
mempertimbangkan reaksi siklus Calvin berdasarkan penggabungan 6 molekul CO2, karena
inilah yang diperlukan untuk membuat satu heksosa (C6H12O6). Agar RubisCO
menggabungkan 6 molekul CO2, 6 molekul ribulose bisphosphate (total,30 karbon) diperlukan;
karboksilasi dari ini menghasilkan 12 molekul PGA (total, 36 atom karbon) (Gambar 13.17). Ini
kemudian membentuk kerangka karbon untuk sintesis akhirnya dari 6 molekul ribulosa bifosfat
(total, 30 karbon) ditambah satu heksosa (6 karbon) untuk biosintesis sel. Serangkaian penataan
ulang biokimia antara berbagai gula mengikuti, menghasilkan 6 molekul ribulosa 5-fosfat (30
karbon). Langkah terakhir dalam siklus Calvin adalah fosforilasi masing-masing oleh enzim
phosphoribulokinase (Gambar 13.16b dan 13.17) untuk meregenerasi 6 molekul dari molekul
akseptor, ribulose bisphosphate. Semua berjumlah, 12 NADPH dan 18 ATP diperlukan untuk
mensintesis satu glukosa dari 6 CO2 oleh siklus Calvin.

Carboxysomes

Beberapa autotrof siklus Calvin menghasilkan inklusi sel polihedral yang disebut karboksisom.
Inklusi ini, berdiameter sekitar 100 nm, dikelilingi oleh membran protein tipis dan terdiri dari
susunan kristal RubisCO (Gambar 13.18), dengan sekitar 250 molekul RubisCO hadir per
karboksisme.

Karboksisom adalah mekanisme untuk memekatkan CO2 dalam sel dan membuatnya mudah
tersedia untuk RubisCO. Karbon anorganik yang dimasukkan ke dalam sel sebagai bikarbonat
(HCO3) memasuki karboksisom sebagai CO2 melalui aktivitas enzim karboksisom kedua,
karbonat anhidrase. CO2 (bukan HCO3−) adalah substrat aktual untuk RubisCO, dan begitu
berada di dalam karboksisme, CO2 terperangkap dan siap untuk dimasukkan dalam langkah
pertama siklus Calvin. Carboxysome juga berfungsi untuk membatasi akses RubisCO ke O2,
substrat alternatif untuk enzim ini, dan ini memastikan bahwa RubisCO karboksilat daripada
oksigenat ribulosa bifosfat (Gambar 13.16a). Jika ribulosa 1,5-bifosfat dioksigenasi, lebih
banyak energi dan daya pereduksi yang diperlukan untuk memasukkannya ke jalur metabolisme
sentral daripada jika itu karboksilasi

Autotropi pada Bakteri Hijau

Meskipun mereka autotrof, siklus Calvin tidak beroperasi pada bakteri sulfur hijau dan
nonsulfur hijau. Alih-alih, dua jalur autotrofik baru hadir, satu di setiap kelompok. Bakteri
sulfur hijau seperti Chlorobium (Gambar 13.1) memperbaiki CO2 dengan membalikkan langkah-
langkah dalam siklus asam sitrat, jalur yang disebut siklus asam sitrat terbalik (Gambar 13.19a).
Jalur ini membutuhkan aktivitas dua enzim terkait ferredoksin yang mengkatalisasi fiksasi
reduktif CO2; ferredoxin diproduksi dalam reaksi cahaya bakteri sulfur hijau (Gambar 13.13).
 Ferredoksin adalah donor elektron dengan E0 very yang sangat elektronegatif, sekitar
−0,4 V. Dua reaksi terkait ferredoksin mengkatalisasi (1) karboksilasi suksinil-KoA menjadi α-
ketoglutarat, dan (2) karbilasi asetil-KoA ke piruvat (Gambar 13.19a). Sebagian besar reaksi
yang tersisa dari siklus asam sitrat terbalik dikatalisis oleh enzim yang bekerja secara terbalik
dari arah oksidatif normal siklus. Satu pengecualian adalah sitrat lyase, enzim yang bergantung
pada ATP yang memecah sitrat menjadi asetil-KoA dan oksaloasetat (Gambar 13.19a). Dalam
arah oksidatif siklus, sitrat diproduksi oleh enzim sitrat sintase (Gambar 3.22).

Siklus asam sitrat terbalik beroperasi di autotrof nonfototrofik tertentu juga. Sebagai
contoh, Thermoproteus dan Sulfolobus hipertermofilik (Archaea; Bagian 16.10) dan Aquifex
(Bakteri; Bagian 15.19) menggunakan siklus asam sitrat terbalik, seperti halnya bakteri
chemolithotrophic sulfur tertentu, seperti Thiomicrospira. Dengan demikian, jalur ini, awalnya
ditemukan pada bakteri sulfur hijau dan dianggap unik untuk fototrof ini, kemungkinan
didistribusikan di antara beberapa kelompok prokariota autotrofik.

Autotropi dalam Chloroflexus

Phototroph hijau Chloroflexus nonsulfur (Bagian 14.7) tumbuh secara autotrof dengan H2 atau
H2S sebagai donor elektron. Namun, baik siklus Calvin maupun siklus asam sitrat terbalik tidak
beroperasi dalam organisme ini. Sebaliknya, dua molekul CO2 direduksi menjadi glioksilat oleh
jalur hidroksipropionat. Jalur ini dinamai demikian karena hidroksipropionat, senyawa tiga-
karbon, adalah perantara utama (Gambar 13.19b).

Pada bakteri fototrofik, jalur hidroksipropionat ditemukan di Chloroflexus, yang dianggap

sebagai salah satu fototrof paling awal di Bumi. Ini menunjukkan bahwa jalur hidroksipropionat
mungkin merupakan salah satu mekanisme paling awal, jika bukan yang paling awal, untuk
autotropi dalam fototrof anoksi. Selain Chloroflexus, jalur hidroksipropionat beroperasi di
beberapa Archaea hipertermofilik, termasuk Metallosphaera, Acidianus, dan Sulfolobus. Ini
semua adalah chemolithotroph yang berada di dekat dasar pohon filogenetik Archaea (Bab 16).
Akar evolusi dari jalur hidroksipropionat mungkin sangat dalam, dan mungkin jalur ini adalah
upaya alami pertama kali dalam autotropi.
Kemolitotropi

Kami sekarang mengalihkan perhatian kami dari fototrof ke chemolithotroph, menyoroti strategi,
masalah, dan keuntungan gaya hidup yang bergantung pada bahan kimia anorganik sebagai
sumber energi. Dari sudut pandang evolusi, chemolithotrophy mungkin merupakan bentuk
pertama konservasi energi yang berevolusi di Bumi, karena tersebar luas di antara garis silsilah
yang terletak di dekat pangkal pohon filogenetik dari Bakteri dan Archaea (Gambar 1.6b, 12.13,
dan 16.1) .

13.6 Senyawa Anorganik sebagai Donatur Elektron

Organisme yang menghemat energi dari oksidasi senyawa anorganik disebut

chemolithotrophs. Sebagian besar bakteri chemolithotrophic juga autotroph. Seperti yang telah
kita catat dengan fototrof, untuk pertumbuhan pada CO2 sebagai satu-satunya sumber karbon
yang dibutuhkan organisme (1) ATP dan (2) pengurangan daya. Beberapa chemolithotroph
tumbuh sebagai mixotroph, yang berarti bahwa walaupun mereka dapat menghemat energi dari
oksidasi senyawa anorganik, mereka memerlukan senyawa organik sebagai sumber karbonnya
(yaitu, mereka bukan autotrof).

Donor Anorganik dan Generasi ATP

Chemolithotroph dapat memanfaatkan sumber alami dari donor elektron anorganik, termasuk
geologi, biologi, dan antropogenik (hasil dari aktivitas manusia). Aktivitas vulkanik adalah
sumber utama senyawa sulfur tereduksi, terutama H2S dan S0. Operasi pertanian dan
pertambangan menambah donor elektron anorganik ke lingkungan, terutama nitrogen dan
senyawa besi yang berkurang, seperti halnya pembakaran bahan bakar fosil dan input limbah
industri. Sumber biologis juga cukup luas, terutama dalam kasus H2S, H2, Fe2 +, dan NH3.
Keberhasilan ekologis dan keanekaragaman metabolisme chemolithotrophs merupakan indikasi
yang baik bahwa sumber donor elektron anorganik yang beragam dan berlimpah tersedia di
alam. Namun, hasil energi dari oksidasi donor ini sangat bervariasi (Tabel 13.1).

Secara umum, pembentukan ATP dalam chemolithotrophs serupa dengan yang ada pada
respirant chemoorganotrophs kecuali bahwa donor elektron bersifat anorganik daripada organik.
Sama seperti untuk elektron dari oksidasi senyawa organik, elektron dari donor anorganik
memberi makan ke dalam rantai transpor elektron dan menghasilkan gaya motif proton.
Kemudian, sintesis ATP terjadi dari aktivitas ATPases (Bagian 3.11). Daya reduksi dalam
chemolithotrophs diperoleh dengan salah satu dari dua cara: langsung dari senyawa anorganik
(jika memiliki potensi reduksi negatif yang cukup, seperti H2), atau dari reaksi transpor elektron
balik (seperti yang dibahas dalam Bagian 13.3 untuk bakteri ungu fototrofik), jika donor
elektron anorganik lebih elektropositif dari NADH. Seperti yang akan kita lihat, dengan
sebagian besar chemolithotroph, transpor elektron balik diperlukan karena donor elektron
mereka sangat lemah secara elektrokimia.

Energetika Chemolithotrophy

Tinjauan potensi reduksi yang tercantum dalam Tabel 13.1 mengungkapkan bahwa oksidasi
sejumlah donor elektron anorganik dapat menyediakan energi yang cukup untuk sintesis ATP.

Ingat dari Bab 3 bahwa semakin jauh dua reaksi setengah terjadi dalam hal E0 ′ pasangan redoks
mereka, semakin besar jumlah energi yang dilepaskan (Gambar 3.9). Misalnya, perbedaan
dalam potensi reduksi antara pasangan 2 H + / H2 dan pasangan 2O2> H2O adalah 1,23 V, yang
setara dengan hasil energi bebas −237 kJ / mol (Lampiran 1 menunjukkan bagaimana nilai energi
bebas dihitung). Di sisi lain, perbedaan potensial antara pasangan 2 H + / H2 dan pasangan
NO3− / NO2− lebih kecil, 0,84 V, setara dengan hasil energi bebas −163 kJ / mol. Ini masih
cukup untuk produksi ATP (ikatan fosfat kaya-energi ATP memiliki energi bebas −31,8 kJ /
mol). Dengan demikian, berbagai donor elektron anorganik dan elektron terminal