RESUME TRANSLASI

Proses di mana informasi genetik (yang disimpan dalam urutan nukleotida dalam
sebuah molekul mRNA) diterjemahkan, mengikuti dikte dari kode genetik, dalam urutan
asam amino dalam polipeptida gen-produk yang kompleks. Membutuhkan fungsi sejumlah
besar makromolekul. Ini termasuk (1) lebih dari 50 polipeptida dan dari 3 sampai 5 molekul
RNA hadir di setiap ribosom (komposisi yang tepat bervariasi dari spesies ke spesies), (2)
paling sedikit 20 amino acid-mengaktifkan enzim (aminoasil-tRNA sintetase), (3 ) 40 sampai
60 molekul tRNA yang berbeda, dan (4) setidaknya 9 protein larut terlibat dalam polipeptida
rantai initation, elongasi, dan terminasi. Karena banyak dari makromolekul ini, terutama
komponen ribosom, adalah sistem membuat sebagian besar dari mesin metabolisme setiap
sel.
Sebuah gambaran dari sintesis
protein, menggambarkan
kompleksitas dan makromolekul
utama yang terlibat pada gambar A,
terjemahanan melibatkan tiga jenis
RNA, yang semuanya ditranskripsi
dari DNA template (gen kromosom).
Selain mRNA. 3 sampai 5 RNA
molekul (molekul RNA) yang hadir
sebagai bagian dari sructure setiap
ribosom, dan 40-60 kecil (70-80
nukleotida) molekul RNA molekul
tRNA) berfungsi sebagai adapter
mediasi penggabungan asam amino
yang tepat dalam menanggapi kodon
spesifik di mRNA. Ribosom dapat
dianggap sebagai work-benches
(mejakerja), lengkap dengan mesin
dan peralatan yang diperlukan untuk
membuat polipeptida. Mereka tidak
spesifik dalam arti bahwa mereka
dapat mensintesis setiap polipeptida
(setiap urutan asam amino) yang
ditentukan oleh molekul mRNA
tertentu.
Studi awal menggunakan “pulse-labeling” ataupenandaan (dengan asam amino
radioaktif) dan autoradiografi menunjukkan bahwa protein disintesis sebagian besar dalam
sitoplasma pada kecil, tapi kompleks, struktur makromolekul yang disebut ribosom. Pada
prokariota, ribosom didistribusikan di seluruh sel; di eucaryotes, mereka berada dalam
sitoplasma, sering pada jaringan membran intraseluler yang luas yang disebut retikulum
endoplasma.
Ribosom adalah setengah protein dan setengah RNA. Mereka terdiri dari dua subunit,
satu besar dan satu kecil, yang memisahkan terjemahan dari molekul mRNA selesai; mereka
beberapa ukuran yang paling sering dinyatakan dalam tarif mereka sedimentasi selama
sentrifugasi, dalam satuan yang disebut S atau Svedberg Unit. Ribosom ​E.coli​, seperti yang
kebanyakan prokariota, memiliki berat molekul 2,7 x 10 6 dan "ukuran"sebesar"70S".
Ribosom eukariota besar (biasanya sekitar 80S); Namun, ukuran bervariasi dari spesies.
Kehadiran ribosom dalam organel (mitokondria dan kloroplas) sel eukariotik yang lebih kecil
(biasanya 60S).
Dalam semua kasus, masing-masing ribosom terdiri dari dua subunit. Dalam kasus
E.coli, yang kecil (30S) ribosom subunit berisi 16S (5S, mol. Wt. sekitar 6x10 5) molekul
RNA ditambah 21 polipeptida yang berbeda, dan besar (50S) subunit berisi 18S (ukuran
rata-rata) molekul RNA dan subunit besar berisi 5S, sebuah 5.8S, dan 28S (ukuran rata-rata)
molekul RNA. Drosophila ribosom, tapi bukan dari beberapa eukariota lainnya diperiksa,
juga tampak mengandung molekul RNA 2S kecil. Di organel, ukuran rRNA yang sesuai
adalah 5S, 13S, dan 21S.
Dalam kasus ​E.coli,​ M. Nomura dan coleagues nya telah mampu sepenuhnya
memisahkan subunit 30S ribosom ke dalam makromolekul individu dan kemudian
reconstitue fungsional subunit 30S dari komponen. Hal ini memungkinkan mereka untuk
mempelajari fungsi dari RNA dan protein molekul individu.
Molekul-molekul RNA ribosom ditranskripsi dari template DNA, seperti molekul
mRNA. Pada eukariota, bagaimanapun, rRNA sintesis terjadi di nucleolus dan dikatalisis
oleh polimerase RNA khusus hadir hanya dalam nukleolus. Selain itu, transkripsi gen RNA
menghasilkan rRNA prekursor yang largevthan molekul RNA ditemukan dalam ribosom. Ini
prekursor rRNA menjalani proses posttrancriptional untuk menghasilkan transkrip gen rRNA
adalah 30S precusor, yang mengalami pembelahan oleh endiribonucleases untuk
menghasilkan 5S, 16S, 23S rRNA dan ditambah molekul RNA transfer 4S. Pada eukariota,
2S (saat ini), 5.8S, 18S, 28S rRNA dan dipotong dari 40S ke 45S (tergantung pada spesies)
precusor, sedangkan 5S rRNA dihasilkan oleh pengolahan posttranscriptional dari transkrip
gen yang terpisah.
Selain perpecahan precursor pasca-transkripsitRNA, metilasi pasca-transkripsi dari
banyak nukleotida dalam rRNA terjadi. Agaknya, metilasi melindungi molekul rRNA dari
ribonuklease intraseluler yang terlibat dalam degradasi mRNA; Fungsi pastinya belum jelas,
bagaimana pernah.
Beberapa salinan dari gen untuk rRNA yang hadir dalam genom dari semua
organisme dipelajari untuk saat ini. Hal ini tidak mengherankan mengingat sejumlah besar
ribosom hadir per sel. Di ​E.coli​, ada diperkirakan 5-10 salinan rRNA (RRN) gen, dengan
setidaknya satu salinan di masing-masing tiga lokasi yang berbeda pada kromosom. Pada
eukariota, gen rRNA yang hadir dalam ratusan hingga ribuan eksemplar. The 5.8S-18S-28S
rRNA gen eukariota yang hadir dalam duplikasi tandem di daerah penyelenggara nukleolus
dari kromosom. Dalam beberapa eukariota, seperti jagung, ada satu pasang penyelenggara
nukleolus (pada pasangan kromosom 6 pada jagung). Di Drosophila dan dipelajari secara
ekstensif Afrika Selatan mencakar katak, Xenopus laevis, kromosom seks membawa
penyelenggara nukleolus. Manusia, di sisi lain, memiliki lima pasang penyelenggara
nukleolus, yang terletak di lengan pendek kromosom 13, 14, 15, 21, dan 22. penelitian yang
cermat menunjukkan bahwa ada sekitar 500 eksemplar dari 5.8S-18S rRNA 28S- gen per
organizer nukleolus di Xenopus laevis. tingkat yang sama redundansi telah diperkirakan
terjadi pada beberapa hewan lainnya. Tanaman menunjukkan variasi yang lebih besar dalam
rRNA redundansi gen, dengan beberapa ribu eksemplar hadir di beberapa genom.
Intraspesies variasi dalam jumlah rRNA redundansi gen juga telah didokumentasikan dalam
beberapa spesies.
Gen 5S rRNA pada eukariota yang tidak terletak di daerah organizer nukleolus.
Sebaliknya, mereka biasanya didistribusikan ke beberapa kromosom. Mereka adalah,
bagaimanapun, sangat berlebihan, seperti 5.8S-18S-28S rRNA gen. Meskipun ribosom
menyediakan meja kerja dan banyak dari mesin yang diperlukan untuk sintesis protein, dan
spesifikasi untuk setiap polipeptida yang dikodekan dalam molekul mRNA, terjemahan dari
mRNA pijat dikodekan ke urutan asam amino dalam polipeptida membutuhkan satu kelas
tambahan molekul RNA, transfer RNA (tRNA) molekul. Pertimbangan kimia menunjukkan
bahwa interaksi langsung antara asam amino dan urutan nukleotida atau kodon pada mRNA
tidak mungkin. (A kodon adalah urutan nukleotida dalam mRNA yang menentukan
Incoporation dari satu asam amino.) Pada tahun 1958, Crick karena itu mengusulkan bahwa
beberapa jenis sebuah "adapter" molekul asam amino yang menengahi kodon pengakuan
selama sintesis protein. The "adapter" molekul segera diidentifikasi dan ditemukan untuk
menjadi kecil (4S, 70-80 nukleotida panjang) molekul RNA. Molekul-molekul ini, firt
disebut "RNA larut" (Srna) molekul dan kemudian mentransfer RNA (tRNA) molekul,
mengandung urutan basa triplet, yang disebut urutan antikodon, yang melengkapi dan diakui
urutan kodon di mRNA selama terjemahan. Ada dari satu sampai empat tRNA dikenal untuk
setiap asam amino.
Asam amino yang melekat pada tRNA dengan energi tinggi (sangat reaktif) ikatan
antara gugus karboksil dari asam amino dan termini 3'-hidroksil tRNA th. Ini tRNA
aminoasil reaktif terbentuk dalam proses dua-langkah, baik langkah yang dikatalisasi oleh
tertentu "enzim activatng" aminoasil-tRNA sintetase. Ada setidaknya satu aminoasil-tRNA
sintetase untuk masing-masing asam amino 20. Langkah pertama dalam aminoasil-tRNA
sintetase melibatkan aktivasi asam amino menggunakan energi dari adenosine triphosphate
(ATP):
  Asam amino + ATP

Aminoasil-tRNA
   sintetase

Asam amino ~ AMP + ~

Aminoasil-tRNA (asam amino-tRNA) adalah precusors langsung sintesis polipeptida

pada ribosom, dengan masing-masing tRNA diaktifkan mengakui benar kodon mRNA dan
penyajian asam amino dalam configuraion sterik (struktur tiga-dimensioanal) yang
memfasilitasi pembentukan ikatan peptida. tRNA ditranskripsi dari gen kromosom. Seperti
dalam kasus rRNA, tRNA ditranskripsi dalam dari molekul precusor besar yang mengalami
pengolahan posttanscriptional (pembelahan, pemangkasan, metilasi, dll.). molekul tRNA
matang mengandung beberapa nukleosida tidak hadir dalam mRNA atau dalam transkrip gen
tRNA utama. Ini nukleosida yang tidak biasa, seperti inosin, pseudouridine, dihydrouridine,
1-methylguanosine, dan beberapa orang lain, yang diproduksi oleh posttranscriptional,
modifikasi enzim-katalis dari empat nukleosida dimasukkan ke dalam RNA selama
transkripsi.
Karena ukurannya yang kecil (70-80 panjang
nukleotida), tRNA lebih mudah untuk dianalisis
daripadastrukturyang lain. Urutan nukleotida lengkap
yang disebutstruktur "daun semanggi" adalah alanin
tRNA ragi (Gambar.1) ditemukan oleh R.W. Holley
dan rekan pada tahun 1965; Holley
mendapatkanPenghargaanNobletahun1968dalam
fisiologi dan obat-obatan untuk penelitian ini. Sejak itu,
banyak tRNA telah diurutkan, dan gen ragi tRNA
alanin bahkan telah disintesissecara in vitro dari
mononukleotida oleh H.G. Khorana. Struktur
tiga-dimensi dari fenilalanin tRNA ragi telah ditentukan
oleh studi difraksi sinar-X (Gambar. 2). Para anticodons
dari alanin dan fenilalanin tRNA ragi terjadi dalam loop
(wilayah ikatannonhidrogen) dekat pusat molekul.
Bahkan, anticodons semua tRNA sequencing sampai
saat ini (lebih dari 70 dari semua organisme) telah
ditemukan terletak didekatloop antikodon.

Gambar 2. ​Foto 3 dimensidarifenilalanintRNAragi (a) dan model molekulnya (b)

Setiap ribosom memiliki dua situs ikatantRNA. “A” atau aminoasil disebut
aminoasil-tRNA, tRNA membawa asam amino yang berikutnya yang akan ditambahkan ke
rantai polipeptida yang sedang tumbuh. “P” atau situs ikatanpeptidil tRNA yang mana
polipeptida berkembang secaraterpasang. Kekhususan aminoasil-tRNA untuk mengikat
dalam situs ini disediakan oleh kodon mRNA yang membentuk bagian dari situsikatan A dan
P. Saatribosom bergerak sepanjang mRNA (atau sebagai mRNA shuttled di ribosom),
kekhususan untuk aminoasil-tRNA dalam mengikat situs A dan P perubahan kodon mRNA
yang berbeda pindah ke situs ikatan. Ribosom mengikat situs sendiri (minus mRNA) dengan
demikian mampu mengikat setiap aminoasil-tRNA.
Hal ini harus cukup jelas bahwa molekul tRNA mengandung banyak kekhususan
meskipun ukurannya yang kecil. Tidak hanya harus (1) memiliki urutan antikodon yang
benar, sehingga dapat merespon kodon yang tepat, tetapi mereka juga harus (2)
dikenalidengan benar oleh sintetase aminoasil-tRNA, sehingga mereka diaktifkan dengan
asam amino yang tepat, dan (3) mengikat ke situs A dan P dari ribosom. F. Chapeville dan G.
von Ehrenstein dan rekan telah membuktikan, melalui eksperimen sederhana dan langsung,
bahwa kekhususan untuk penerimaan kodon berada di bagian tRNA dari aminoasil-tRNA,
bukan dalam asam amino. Mereka memperlakukan CYS cystecyl-tRNA (tRNA sistein yang
diaktifkan dengan sistein) dengan bubuk nikel yang sangattereduksi (nikel Raney), yang
mengubah (mereduksi) sistein untukmenjadi alanin, namun untuk sistein tRNA. Ketika
"hybrid" aminoasil-tRNAini (alanyl-tRNA CYS) digunakan dalam sistempercobaanin vitro
protein-sintesis, alanin yang ditemukan dimasukkan ke dalam posisi di polipeptida yang
manabiasanya ditempati oleh sistein.
Sintesis protein dimulai oleh tRNA inisiator khusus, ditunjukkanoleh tRNA​f​Met​. Ini
berarti bahwa semua polipeptida dimulai dengan metionin selama sintesis. Amino-terminal
metionin selanjutnya dibelah dari banyak polipeptida. Dengan demikian, protein fungsional
tidak perlu memiliki metionin amino-terminal. Dalam organel prokariota dan eukariota,
metionin pada tRNA inisiator f Met memiliki gugus amino yang diblokir dengan kelompok
formil. Dalam sistem sitoplasma eukariotik, inisiator khusus tRNA​f​Met​juga ada, tapi gugus
amino tidak terformylasi. Sebuah metionin yang berbeda tRNA, tRNA​f​Met​, yang merespon
kodon metionin internal ada di kedua sistem prokariotik dan eukariotik. Kedua tRNA
metionin memiliki antikodon yang sama dan keduanya menanggapi kodon yang sama (AUG)
untuk metionin. Pada prokariota, gugus amino formylated pada tRNA methionyl​f​Met​mencegah
pembentukan ikatan peptida antara gugus amino dan gugus karboksil dari asam amino pada
akhir rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Pada eukariota, gugus amino dari
methionyl-tRNA​i​Met​tidak diblokir. Ternyata, hanya methionyl-tRNA​i​Met​akan bereaksi dengan
faktor inisiasi protein, IF-1, IF-2, dan IF-3 dan hanya methionyl-tRNA​Met​akan berinteraksi
dengan faktor elongasi protein, Ef-T​s dan Ef-T​u​. Dalam hal apapun, hanya
methionyl-tRNA​i​Met​merespon AUG inisiasi kodon dan hanya methionyl-tRNA​Met​merespon
kodon intern AUG. Methionyl-tRNA​f​Met​juga menanggapi bergantian kodon inisiator, GUG
(kodon valin ketika hadir pada posisi internal), yang dikenal untuk hadir dalam mRNA alam
tertentu.
Pada prokariota, inisiasi rantai polipeptida terjadi dengan pembentukan kompleks
antara mRNA, methionyl-tRNA​f​Met​, dan 30S subunit ribosom. Pembentukan kompleks
inisiasi ini memerlukan aktivitas faktor inisiasi tiga protein, yang ditunjuk IF-1, IF-2, dan
IF-3, ditambah guanosin trifosfat (GTP). Ini dapat difasilitasi oleh interaksi dasar-pasangan
antara urutan basa dekat ujung 3 'dari 16S rRNA dan urutan dasar dalam "urutan pemimpin"
dari mRNA. (Urutan pemimpin molekul mRNA adalah urutan nontranslated dari ujung 5 'ke
AUG atau GUG inisiasi kodon pertama).
Inisiasi kompleks maka menggabungkan dengan 50S ribosom subunit, dan
methionyl-tRNA​f​Met​menjadi terikat ke situs peptidil. Hal ini memerlukan hidrolisis satu
molekul GTP. Keselarasan dari inisiasi AUG kodon dengan antikodon tRNA​f​Met​(dalam situs
P) perbaikan kodon hadir di lokasi A, sehingga membentuk kekhususan untuk
aminoasil-tRNA mengikat di lokasi A. Pengikatan alanyl-tRNA ala di situs A (dan semua
berikutnya aminoasil-tRNA mengikat) membutuhkan hidrolisis satu molekul GTP dan faktor
elongasi protein ditunjuk Ef-T​s dan Ef-T​u​. Pembentukan ikatan peptida antara gugus
karboksil dari f-metionin terikat pada tRNA f Met di situs P dan gugus amino dari molekul
alanin terikat tRNA ala di situs A adalah dikatalisis oleh peptidil transferase, suatu enzim
yang terikat pada 50S subunit ribosom. Reaksi ini meninggalkan-f-met-ala dipeptida melekat
tRNA ala terikat pada situs A dari ribosom.
Langkah selanjutnya dalam penerjemahan, yang disebut translokasi, melibatkan (1)
pergerakan f-met-ala- tRNA​ala dari situs A ke situs P dan (2) gerakan molekul mRNA tepat
tiga nukleotida, relatif terhadap posisi ribosom, sehingga bahwa kodon sebelumnya dalam
register dengan situs A bergerak ke dalam register dengan situs P. Kodon alanin, serin kodon
GGC bergerak dari posisinya di lokasi A ke register dengan situs P, dan kodon berikutnya,
serin kodon UCC, bergerak ke dalam register dengan situs A. Translokasi memerlukan
aktivitas faktor elongasi ditunjuk Ef-G dan hidrolisis molekul GTP.
Berikutnya aminoasil-tRNA yang ditentukan oleh kodon mRNA di lokasi A
(seryl-tRNA​ser​) kemudian mengikat di lokasi A, dan pembentukan ikatan peptida dan
translokasi langkah yang berulang. Urutan hanya dijelaskan diulang untuk setiap kodon
mRNA (sekitar 300 kodon rata-rata) sampai kodon rantai-terminasi tercapai. Kelompok
formil pada metionin amino-terminal biasanya dihapus oleh seorang deformylase sebelum
sintesis polipeptida selesai. Ketika salah satu dari kodon terminasi rantai tiga polipeptida
(UAG, UAA atau UGA) datang ke dalam register dengan situs A, polipeptida baru akan
muncul, tRNA di situs P, dan mRNA dilepaskan, dan ribosom yang subunit berdisosiasi.
Penghentian membutuhkan aktivitas salah satu dari dua faktor rilis protein, yang ditunjuk
RF-1 dan RF-2. Subunit ribosom dipisahkan kemudian bebas untuk memulai terjemahan
molekul mRNA lain.

Pertanyaan:
1. Mengapa tiap kodon bukan mengandung dua nukleotida tetapi mengandung tiga
nukleotida?
2. Apasajakahsyarat – syarat yang
dibutuhkanolehribosomdalammengikatsetiapaminoasyl-tRNAtanpabantuan mRNA?

Jawaban:
1. Karena ada 20 jenis asam amino yang berbeda sehingga paling sedikit ada 20 kodon
yang berbeda yang harus dibentuk menggunakan empat simbol (basa) yang tersedia di
dalam “pesan” (mRNA). Dua basa per kodon akan menghasilkan hanya 4​2​ atau 16
kodon yang mungkin. Tentu saja kodon itu tidak mencukupi. Sementara itu, tiga basa
per kodon akan menghasilkan 4​3​ atau 64 kodon yang mungkin. Jumlah ini tentu saja
mencukupi, bahkan berlebih. Adanya kelebihan ini memungkinkan beberapa kodon
yang berbeda mengkode atau menentukan asam amino yang sama, misalnya kodon
GUU, GUC, GUA, dan GUG sama-sama mengkode atau menentukan asam amino
valin.
2. Syarat – syarat yang
dibutuhkanolehribosomdalammengikatsetiapaminoasyl-tRNAtanpabantuan mRNA
adalah:
● memiliki urutan antikodon yang benar, sehingga dapat merespon kodon yang
tepat
● harusdapatdikenalidengan benar oleh sintetase aminoasil-tRNA, sehingga
mereka diaktifkan dengan asam amino yang tepat
● mengikat ke situs A dan P dari ribosom