ISOLASI DNA SEDERHANA PADA SAYURAN DAN BUAH-BUAHAN

PRANTO WATI
1605111568
prantowati@yahoo.com
Pendidikan Biologi
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan

A. PENDAHULUAN
Sumber serat pangan yang mudah ditemukan dalam bahan pangan dan hampir
selalu terdapat pada hidangan sehari-hari masyarakat Indonesia adalah sayur-sayuran
dan buah-buahan, baik dalam keadaan mentah (lalapan segar) atau setelah diolah
menjadi berbagai macam bentuk masakan.Sayuran dan buah-buahan telah dipelajari
secara luas mengenai taksonomi, morfologi, fisiologi, biokimia, maupun penanganan
pasca panennya, namun studi genetika sayuran dan buah buahan masih jarang
dilakukan.
Sayuran dan buah-buahan perlu mendapatkan perhatian yang lebih serius, yang
dimulai dengan cara melakukan pengamatan yang lebih detail tentang sayuran dan
buah-buahan tersebut. Hal ini akan sangat membantu dalam memberikan informasi
penting, sehingga data atau informasi tentang berbagai jenis sayuran dan tumbuhan
dapat diperoleh lebih komprehensif. Terlebih dengan perkembangan ilmu
bioteknologi melalui teknik molekuler, maka usaha untuk mendapatkan informasi
genetik akan lebih mudah dilakukan dan akan memperoleh hasil yang lebih akurat.
Sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak pada
kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan RNA
dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam setiap sel makhluk
hidup salahsatunya ialah tumbuhan. Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena
memiliki peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa informasi hereditas
yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain. DNA bisa mengalami
denaturasi dan renaturasi.
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk
hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA merupakan langkah
awal dan sangat menentukan dalam studi genetika dan molekuler suatu spesies.
Proses tersebut membutuhkan preparasi sampel untuk mendapatkan DNA dengan
kualitas yang baik karena akan digunakan untuk berbagai analisis molekuler maupun
manipulasi genetik. Analisis genom dilakukan untuk berbagai sampel dan untuk tiap
sampel dibutuhkan optimasi agar diperoleh DNA yang baik dalam jumlah besar
(Rejeki Siti Ferniah dan Sri Pujiyanto, 2013).
Sel tanaman dilindungi oleh membran sel dan dinding sel yang kuat. Membran sel
terdiri dari ikatan antara protein dan lemak, sedangkan dinding sel tersusun atas
polisakarida. Dinding sel dan membran sel harus dipecah untuk mengeluarkan DNA
dari dalam sel. Penghancuran sel dapat dilakukan dengan cara mekanik, kimiawi dan
enzimatik. Proses penghancuran sel dipengaruhi oleh jumlah bahan (kuantitas),
kondisi bahan (kualitas), dan proses penghancuran itu sendiri. Penelitian ini bertujuan
mengoptimasi teknik isolasi DNA ditinjau dari kualitas dan kuantitas bahan, yaitu
daun tanaman cabai, serta proses penggerusan bahan secara mekanik.
Percobaan praktikum dilakukan bertujuan untuk mengetahi prosedur sederhana
untuk isolasi DNA serta mengetahui factor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan
isolasi DNA.

B. BAHAN DAN METODE

Praktikum ini dilakukan di Laboraturrium PMIPA FKIP Universitas Riau pada 5
Maret 2019 Alat dan Bahan yang digunakan dalam Praktikum Isolasi DNA sayuran
dan buah ialah :
Alat yang digunakan : Bahan yang digunakan :
1. Baskom 1. Air
2. Gelas beker 2. Garam dapur
3. Pipet tetes 3. Sabun cuci piring cair
4. Sendok makan 4. Sabun Fixal
5. Sendok the 5. Sayuran (Bayam, Selada,
6. Tabung reaksi Kangkung)
7. Mortal dan alu 6. Buah-buahan (Apel, Pisang,
8. Water bath Mangga)
9. Pipet kaca 7. Es batu
8. Kertas saring
9. Alkohol
10. Tusuk gigi

Prosedur dan langkah kerja yang dilakukan dalam praktikum ini ialah :
1. Menyiapkan larutan ekstraksi dengan menggunakan 100 ml air ke dalam gelas,
lalu menambahkan satu sendok makan garam dapur, satu sendok makan sabun
cuci piring dan satu sendok makan sabun fixal.
2. Masukan 20 ml larutan ekstraksi kedalam tabung rekasi
3. Haluskan bahan bahan sayuran ataupun buh-buahan
4. Ambil sebanyak 3 sendok the, lalu masukan kedalam larutan ekstraksi
5. Panaskan larutan didalam air dengan suhu 60oC selama 15 menit
6. Dinginkan larutan dalam es selama 10 menit
7. Saring larutan menggunakan kertas saring
8. Masukan alcohol secara hati-hati melalui dinding tabung reaksi kedalam cairan
hasil penyaringan
9. DNA akan muncul ke permukaan berwarna keputihan dan bisa diambil hati—
hati dengan tusuk gigi atau pipet kaca yang ujungnya di bengkokan.
C. HASIL DAN PEMBAHASAN
Tabel 1.1 Hasil Praktikum Isolasi DNA Sederhana sayuran dan buah-buahan

N HASIL PENGAMATAN
JENIS PERLAKUAN
O WARNA STRUKTUR KUANTITAS
1 cm Putih ++++
1 Bayam Awan
2 cm Kekuningan ++++
1 cm Bening Kapas +
2 Selada
2 cm Kekuningan transparan ++
1 cm Putih Serat dan ++++
3 Kangkung
2 cm Kekuningan kapas ++++
1 cm Kapas ++
4 Apel Bening
2 cm transparan +
1 cm Awan dan ++
5 Pisang Putih
2 cm benang +++
1 cm Kapas +
6 Mangga Bening
2 cm transparan +++

Ket :
+++++ : Sangat Banyak
++++ : Banyak
+++ : Sedang
++ : Sedikit
+ : Tidak Ada

Pada praktikum isolasi DNA ini dilakukan pada 3 sayuran dan 3 buah-buahan
yang berbeda yaitu selada, bayam, kangkung dan pisang, apel, mangga dengan
larutan ekstrasi berupa air, sabun cuci piring, sabun fixal dan garam dapur. Pada
kangkung didapatkan hasil dengan penambahan reagen deterjen cair munculnya
partikel putih (DNA) memiliki kuantitas banyak dan berstruktur seperti kapas dan
serat.
Pada praktikum isolasi DNA buah-buahan memiliki kuantitas yang lebih rendah
dibandingkan dengan sayur-sayuran hal ini dikarenakan buahan dengan kadar air
tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Buah
memiliki kadar air yang lebih tinggi dibandingkan dengan sayuran dengan buah
dengan kadar air tertinggi yaitu apel dan kemudian kandungan air tertinggi ditempati
oleh selada. Sehingga pada saat pengamatan DNA yang paling sedikit ditemukan
yaitu pada apel dan selada.
Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses
ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada
DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun
secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan alu. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian
yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein
dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia ( Syarifudin, et al., 2011).
Garam juga dapat digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative fosfat DNA.
Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain
sehingga pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan ikatan kutub negative fosfat
DNA, maka DNA tersebut akan terkumpul (Shahzadi, et al., 2010). Jadi dapat
disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan
karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses
pemekatan DNA.
Pada praktikum ini juga digunakan deterjen. Penggunaan deterjen tersebut
berfungsi sebagai pelisis barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti
senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel. Penambahan
deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan
rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen
dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Dwi Wahyuni Ardiana, 2009). Menurut Borges, et al., (2012)
detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan
protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel
Pencampuran antara garam dan deterjen ini dimaksudkan untuk memperbesar
pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent
merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Pada pengadukan ini harus
dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan buih. Apabila terdapat buih maka
akan menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena
terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak
buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya
buih.
Pada hasil praktikum yang dilakukan didapatkan hasil yang berbeda-beda untuk
masing-masing jenis sayuran dan buah buahan. Jumlah DNA terbanyak yang dapat
terisolasi adalah bayam dan kangkung. Dan yang paling sedikit adalah apel dan
selada Adanya perbedan tersebut karena pada sayuran dan buah terdapat perbedaan
pigmen dan kadar air yang masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini
memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada
setiap detergent, sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga
menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak
sama. (Dwi Wahyuni Ardiana, 2009).

D. KESIMPULAN
DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dan sayuran dengan
penambahan larutan deterjen dan etanol/alkohol serta garam untuk membantu
presipitasi DNA. Adanya DNA ditandai dengan munculnya partikel putih menyerupai
kabut, serbuk, atau kapas pada larutan uji. Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan
dalam proses isolasi disebabkan oleh jenis deterjen yang digunakan serta macam
sayuran dan buah-buahan yang dipakai sebagai sumber DNA.
DNA yang paling sedikit dihasilkan yaitu dari selada dan apel sedangkan
penghasil DnA terbanyak yaitu didapati dari Bayam dan Kangkung. Hal ini
dikarenakan terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan DNA, dimana
pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan
DNA pada setiap deterjen, sehingga kemampuan setiap detergent dalam merusak
membran sel tidak sama.

E. DAFTAR PUSTAKA
Borges, DB, MB. Amorim, AM. Waldschmidt, E.Mariano-Neto, CV. Vivas, DG.
Pereira. 2012. Optimization of DNA extraction from fresh leaf tissues of
Melanoxylon brauna (Fabaceae). Genet. Mol. Res. 11 (2).
Dwi Wahyuni Ardiana. 2009. Teknik isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk
dengan menggunakan modifikasi bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian. 4 (1).
Rejeki Siti Ferniah dan Sri Pujiyanto. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum
Annum L) Berdasarkan Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun Serta Teknik
Penggerusan. BIOMA. 156(1).
Shahzadi, I, R. Ahmed, A. Hassan and MM. Shah. 2010. Optimization of DNA
extraction from seeds and fresh leaf tissues of wild marigold (Tagetes minuta)
for polymerase chain reaction analysis. Genet. Mol. Res. 9 (1).
Syafaruddin. Enny Randriani. dan Tri Joko Santoso. 2011. Efektivitas dan Efisiensi
Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA Pada Jambu Mete. BULETIN RISTRI. 2(2).