Nama : Amanda Emilia Tugas : LTM 2

NPM : 1806207450 Topik : Transfer gen ke bakteri

Mata Kuliah : Rekayasa Genetika Tanggal: 19 Oktober 2020

I. Outline

Promoter

• Definisi
• Karakteristik
• Jenis – Jenis

Promoter T7

• Struktur
• Aplikasi

II. Pembahasan

Promoter

a) Definisi

Promoter bagian DNA berupa sekuens atau susunan nukleotida unik yang menandai titik
dimulainya transkripsi DNA. Promoter merupakan wilayah DNA yang mengarah ke proses
insisasi transkripsi dari gen tertentu yang terletak bagian hulu dari DNA (menuju wilayah
5' untaian sense). Promotor adalah komponen penting dari vektor ekspresi karena mereka
mengontrol pengikatan RNA polimerase ke DNA
 b) Karakteristik

Figure 1 Unit Transkripsi DNA bakteri

Sumber: caiherang.com

RNA polimerase mengikat promotor di daerah yang disebut promotor inti. Untuk memudahkan
para ahli, pemberian kode +1 menandakan nukleotida pertama disintesis. Jadi, promoter terletak
di depan +1, untuk daerah sebelum kode dimulai dari -1, -2, dst.

Terdapat tiga bagian utama pada promoter yaitu,

1. Promoter Inti
Wilayah promotor inti terletak paling proksimal dari kodon awal dan berisi situs
pengikatan RNA polimerase, kotak TATA, dan situs awal transkripsi (TSS). RNA
polimerase akan mengikat daerah promotor inti ini secara stabil dan transkripsi untai
cetakan dapat dimulai. Kotak TATA adalah urutan DNA (5'-TATAAA-3 ') di dalam
wilayah promotor inti di mana protein faktor transkripsi umum dan histon dapat
berikatan.

2. Promoter Proksimal
Lebih jauh ke hulu dari promotor inti, terapat promotor proksimal yang berisi banyak
elemen pengaturan utama. Promotor proksimal ditemukan kira-kira 250 pasang basa di
hulu dari TSS dan itu adalah tempat di mana faktor transkripsi umum mengikat.

3. Promoter Distal
Bagian akhir dari daerah promotor disebut promotor distal yang merupakan hulu dari
promotor proksimal. Promotor distal juga berisi situs pengikatan faktor transkripsi,
tetapi sebagian besar berisi elemen pengaturan.

c) Jenis – Jenis
Pengikatan promotor sangat berbeda pada bakteri dibandingkan dengan eukariota. Pada bakteri,
inti RNA polimerase membutuhkan faktor sigma terkait untuk pengenalan dan pengikatan
promotor. Di sisi lain, proses pada eukariota jauh lebih kompleks.

1. Promoter Eukariotik

Promotor eukariotik menjangkau berbagai urutan DNA. Memiliki beberapa elemen

pengaturan seperti enhancer beberapa kilobase dari TSS. Promotor eukariotik sangat
kompleks dalam struktur sehingga DNA cenderung melipat kembali dirinya sendiri
yang membantu menjelaskan berapa banyak urutan DNA yang jauh secara fisik dapat
mempengaruhi transkripsi gen tertentu. Protein pengikat TATA mengikat kotak TATA
dan membantu pengikatan RNA polimerase selanjutnya. Kompleks transkripsi
dibangun dari RNA polimerase dan beberapa protein faktor transkripsi.

Figure 2 Promoter Eukariot yang sering digunakan pada penelitian

Sumber: Addgen.com

2. Promoter bakteri

Promotor pada bakteri mengandung dua urutan DNA pendek yang terletak di posisi -
10 (10 bp 5 'atau upstream) dan -35 dari lokasi awal transkripsi (TSS). Setara dengan
kotak TATA eukariotik, kotak Pribnow (TATAAT) terletak pada posisi -10 dan
penting untuk inisiasi transkripsi. Posisi -35, yang diberi judul elemen -35, biasanya
terdiri dari urutan TTGACA dan elemen ini mengontrol laju transkripsi. Sel bakteri
 mengandung faktor sigma yang membantu RNA polimerase mengikat daerah
promotor. Setiap faktor sigma mengenali urutan promotor inti yang berbeda.

Figure 3 Promoter Bakteri yang sering digunakan dalam penelitian

Sumber: Addgen.com

Promoter T7

Promotor T7 adalah urutan DNA 18 pasangan basa yang panjang hingga lokasi awal transkripsi di
+1 (5 '- TAATACGACTCACTATAG - 3') yang dikenali oleh T7 RNA polimerase. Polimerase
T7 telah dikristalisasi dalam beberapa bentuk dan strukturnya ditempatkan pada protein data bank
(PDB).
T7 polimerase masuk ke dalam bagian RNAP bergantung DNA subunit
tunggal (ssRNAP). Anggota lainnya terdapat fag T3 dan SP6 RNA polimerase, RNA polimerase
mitokondria ( POLRMT ), dan kloroplastik ssRNAP. Anggota ssRNAP secara struktural dan
evolusioner berbeda dari keluarga multi-subunit polimerase RNA. Berbeda dengan RNA
polimerase bakteri, T7 polimerase tidak dihambat oleh antibiotik rifampisin . ssRNAP terkait
dengan transkriptase balik subunit tunggal dan DNA polimerase .

• Struktur
Domain N-terminal bergerak saat kompleks elongasi terbentuk. SsRNAP memegang hibrida
DNA-RNA 8bp. Sebuah loop spesifisitas beta-hairpin (residu 739-770 di T7) mengenali
promotor; menukarnya dengan yang ditemukan di T3 RNAP membuat polimerase mengenali
promotor T3 sebagai gantinya.
Mirip dengan polimerase asam nukleat virus lainnya , termasuk T7 DNA polimerase dari fag yang
sama, C-terminal T7 ssRNAP yang dilestarikan menggunakan lipatan yang organisasinya
disamakan dengan bentuk tangan kanan dengan tiga subdomain yang disebut jari, telapak tangan,
dan ibu jari. Terminal-N kurang dilestarikan. Ini membentuk domain pengikat promotor (PBD)
dengan bundel helix di ssRNAPs fag, fitur yang tidak ditemukan di ssRNAP mitokondria.

• Aplikasi
Dalam aplikasi bioteknologi, T7 RNA polimerase biasanya digunakan untuk mentranskripsikan
DNA yang telah dikloning menjadi vektor yang memiliki dua promotor fag (misalnya, T7 dan T3,
atau T7 dan SP6) dalam orientasi berlawanan. RNA dapat disintesis secara selektif dari salah satu
untai DNA yang disisipkan dengan polimerase yang berbeda. Enzim dirangsang
oleh spermidine dan aktivitas in vitro meningkat dengan adanya protein pembawa (seperti BSA ).
RNA untai tunggal berlabel homogen dapat dihasilkan dengan sistem ini. Transkrip dapat diberi
label non-radioaktif untuk aktivitas spesifik tinggi dengan nukleotida berlabel tertentu.

III. Daftar Pustaka

• Rong M, He B, McAllister WT, Durbin RK (Januari 1998). "Penentu spesifisitas promotor
dari T7 RNA polimerase" . Prosiding National Academy of Sciences of the United States
of America . 95 (2): 515–9.
• Tahirov TH, Temiakov D, Anikin M, Patlan V, McAllister WT, Vassylyev DG, Yokoyama
S (November 2002). "Struktur kompleks pemanjangan polimerase T7 RNA pada resolusi
2,9 A". Alam . 420 (6911): 43–50.
• Yona AH, Alm EJ, Gore J (April 2018). "Random sequences rapidly evolve into de novo
promoters". Nature Communications. 9 (1): 1530
• Singer P, Wu CW (October 1987). "Promoter search by Escherichia coli RNA polymerase
on a circular DNA template". The Journal of Biological Chemistry. 262