METABOLISME MIKROBA

Semua reaksi kimia dalam organisme hidup termasuk mikroorganisme

Aksi keseimbangan energi  reaksi kimia mengeluarkan dan
membutuhkan energi
KATABOLISME
Reaksi yang mengeluarkan energi  reaksi katabolik (degradatif)
Pemecahan senyawa organik kompleks menjadi bentuk sederhana
Umumnya reaksi hidrolitik: menggunakan air dan ikatan kimia dipecah
Exergonic: menghasilkan energi lebih dari yang digunakan
Contoh: sel memecah GULA  CO2 + H2O
ANABOLISME
Reaksi yang membutuhkan energi  reaksi anabolik (biosintetik)
Pembentukan molekul organik kompleks dari molekul sederhana
Reaksi sintesis dehidrasi (reaksi yang melepas air)
Endergonic: menggunakan energi lebih dari yang dihasilkan
Contoh: pembentukan protein  asam amino
asam nukleat  nukleotida
polisakarida  monosakarida
 KATABOLISME DAN ANABOLISME

• Kedua reaksi diperantarai oleh ATP (adenosin

trifosfat)
• ATP  menyimpan energi dari reaksi katabolik dan
melepasnya untuk reaksi anabolik
• Bila grup fosfat terminal dipecah dari ATP, ADP
(adenosin difosfat) akan terbentuk energi dan dilepas
untuk reaksi anabolik
ATP ------> ADP + Pi + energi
• Energi dari reaksi katabolik digunakan untuk
mensintesis kembali ATP
ADP + Pi + energi -----> ATP
Pelepasan panas
Molekul sederhana seperti:
glukosa, asam amino, gliserol
dan asam lemak

ATP

Reaksi katabolik Transfer Reaksi anabolik Transfer

energi dari molekul energi dari ATP ke molekul
kompleks ke ATP kompleks
ADP +
Pi

Molekul kompleks seperti:

polisakarida, protein, dan
lipida

Pelepasan
panas

PERANAN ATP DALAM REAKSI ANABOLIK DAN KATABOLIK

 KATABOLISME KARBOHIDRAT

• Mikroba mengoksidasi karbohidrat sebagai sumber utama

energi seluler
• Glukosa : sumber energi paling umum
• Proses untuk menghasilkan energi dari glukosa:
RESPIRASI SELULER dan FERMENTASI.
• Kedua proses diawali dengan GLIKOLISIS.
• RESPIRASI SELULER: Melibatkan reaksi oksidasi-reduksi
yang panjang dan terjadi dalam 3 tahap:
– GLIKOLISIS
– SIKLUS KREBS
– RANTAI TRANSPORT ELEKTRON (RTE):
RESPIRASI DAN FERMENTASI:
• Glikolisis
• Siklus Krebs
• Rantai Transport Elektron
 KATABOLISME
 Pada mikroba dikenal 4 jalur pemecahan glukosa
menjadi asam piruvat

1. Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

 eukariota (fungi) & prokariota (kebanyakan bakteri)
2. Jalur Heksosamonofosfat (HMF) = Pentosa Fosfat =
Fosfoglukonat  bakteri, berbagai organisme
3. Jalur Entner-Doudoroff (ED)
 beberapa bakteri, contoh :Zymomonas mobilis
penghasil etanol; bakteri asam laktat (homolaktat)
4. Jalur Fosfoketolase (FK)
 bakteri asam laktat heterolaktat
 GLIKOLISIS

1. Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

• Merupakan tahap awal respirasi selular
• 10 reaksi kimia  dikatalisis enzim berbeda  dalam 2 tahap
1). tahap persiapan/ preparatori (memerlukan energi)/ATP &
2).energy-conserving. tahap menghasilkan energi/ATP
• Proses ini tidak tergantung oleh adanya oksigen

glukosa-6-fosfat
 GLIKOLISIS

• Pemecahan glukosa (gula 6 karbon)  2 gula 3 karbon dihydroxy-

acetone phosphate (DHAP) dan glyceraldehyde 3-phosphate (GP)
• Ke2 gula  oksidasi menjadi 2 molekul asam piruvat  hasilkan energi
(ATP)
• Setelah glikolisis selesai, dihasilkan :
Ada oksigen  respirasi aerob (Siklus Krebs &
As. Piruvat Rantai Transpor Elektron)
Tak ada oksigen  respirasi anaerob /fermentasi
 • PREPARATORI
– Reaksi 1-4: 2 molekul ATP  fosforilasi molekul glukosa 6
karbon, restrukturisasi, dan dipecah  DHAP dan GP
– Reaksi 5: DHAP (Dihidroksiacetofosfat)  dikonversi
menjadi GP
• ENERGY-CONSERVING :
– Reaksi 6-10: 2 molekul GP  dioksidasi menjadi 2 molekul
asam piruvat, 2 molekul NAD+  direduksi menjadi NADH
nicotinamide
( adenine dinucleotide hydrogen ) yang
mengandung energi, dan 4 molkl ATP  terbentuk melalui
fosforilasi tingkat substrat
 Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

Heksokinase

Terjadi dlm Glu-6 fosfat isomerase

sitoplasma Fosfofrukto kinase

&
tidak butuh
O2

Net : 2 ATP
(PEP)
Substrat :

- Glukosa : masuk ke sel  difosforilasi (glukosa-6-

fosfat)

- Fruktosa : fruktosa + ATP fruktosa-6-fosfat +

ADP

- Galaktosa : galaktosa + ATP galaktosa-1-fosfat +

ADP

galaktosa-1-fosfat + UDP-glukosa 
Jalur Entner-Doudoroff (ED)

• bakteri Gram-negatif , bakteri Gram-positif tertentu,
 dan archaea 

* Menggunakan enzim unik 6-fosfoglukonat dehidratase

aldolase dan 2-keto-deoksi-6-fosfoglukonat (KDPG) aldolase
dan enzim metabolik umum lainnya ke jalur metabolisme lain
untuk mengkatabolisme glukosa menjadi piruvat

* Pemutusan KDPG menghasilkan piruvat dan gliseraldehida-

3-fosfat  melewati jalur Glikolisis menghasilkan :
2 mol ATP (net 1 ATP) dan 1 mol NADPH2
 Mikroba yang Menggunakan Lintasan ED :

- Tidak memiliki enzim phosphofructokinase-1.

- Kebanyakan mikroba bersifat aerobik, karena ATP yang

dihasilkan per mol glukosa rendah

- Contoh :
Pseudomonas aeruginosa , bakteri Gram (-)
Azotobacter , bakteri Gram (-)
Rhizobium , bakteri Gram (-)
Zymomonas mobilis , bakteri Gram (-)facultative anaerob
Xanthomonas Campestris , bakteri Gram (-)
• Acetyl CoA  masuk kedalam siklus Krebs, CoA akan terlepas
danacetyl group bergabung dengan senyawa 4 karbon
OXALO-ACETIC
( ACID) menjadiCITRIC ACID (6 karbon) 
tahap awal siklus Krebs

• 2 molekulacetyl CoA yang masuk ke siklus Krebs

menghasilkan:
– 4 molekul CO2 melalui dekarboksilasi
– 6 molekul NADH
– 2 molekul FADH2 melalui oksidasi-reduksi
– 2 molekul ATP melalui fosforilasi tingkat substrat

• NADH dan FADH2 : produk paling penting dari siklus Krebs

karena mengandung paling banyak energi yang berasal dari
glukosa
 SIKLUS KREBS

• TRICARBOXYLIC ACID atauCITRIC ACID CYCLE

• Asam piruvat hasil glikolisis tidak dapat langsung
masuk kedalam siklus Krebs
• Ia akan kehilangan 1 molekul karbon (CO2) dan
menjadi senyawa 2 karbon ACETYL
( GROUP ) melalui
proses dekarboksilasi
• Senyawa 2 karbon akan bergabung dengan
Coenzyme A melalui ikatan berenergi tinggi menjadi
ACETYL COENZYME A (ACETYL CoA)
• Selama proses asam piruvat teroksidasi dan NAD+
tereduksi menjadi NADH
Siklus Krebs
 RANTAI TRANSPORT ELEKTRON (RTE)

• Serangkaian CARRIER MOLECULES  melakukan reaksi oksidasi

dan reduksi
• Reaksi oksidasi akhir bersifat irreversible.
• Pada sel EUKARIOT terjadi diINNER MEMBRANE MITOKONDRIA,
pada sel PROKARIOT diemukan pada MEMBRAN PLASMA.
• Ada 3carrier molecules:
– FLAVOPROTEIN  ada FLAVIN (coenzyme berasal dari riboflavin
vitamin B2)  yang berperan FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN).
– CYTOCHROME (Cyt: terdiri dari cyt b, cyt c1, cyt c, cyt a, dan cyt
a3.
– UBIQUINONE atau COENZYME Q (Q): small nonprotein carrier
• Keberadaan molekul carrier  sangat penting dalam RTE
– FMN dan Q  menerima dan melepas proton dan electron

– Cyt  mentransfer hanya elektron

• Mekanisme sintesis ATP menggunakan RTE 
CHEMIOSMOSIS
• Respirasi seluler  proses pembentukan ATP dimana molekul
dioksidasi dan akseptor elektron akhir adalah molekul
inorganik (paling sering)
• Dua tipe respirasi  dasar sifat mikroba aerob atau anaerob
• RESPIRASI AEROBIK: akseptor elektron akhir pada rantai
transport elektron adalah oksigen
• RESPIRASI ANAEROBIK: akseptor elektron akhir adalah
molekul inorganik atau molekul organik (jarang)
• Perolehan ATP respirasi anaerobik tidak pernah sebesar
aerobik  mikroba anaerob cenderung tumbuh lebih lambat
dari aerob
• Perolehan ATP sedikit  Hanya siklus Krebs yang beroperasi
dan tidak semua molekulcarrier pada RTE berpartisipasi
 Rantai
Transport
Elektron
Chemiosmosis
 PEROLEHAN ATP SELAMA RESPIRASI AEROBIK
PROKARIOT DARI 1 MOLEKUL GLUKOSA (TOTAL 38
ATP)
• GLIKOLISIS:
– Oksidasi glukosa menjadi asam piruvat 2 ATP
– Produksi 2 NADH (pada RTE) 6 ATP
• PEMBENTUKANACETYL CoA
– menghasilkan 2 NADH (pada RTE) 6 ATP
• SIKLUS KREBS
– Oksidasi succinyl CoA menjadi succinic acid(ATP eq)
2 GTP
– Produksi 6 NADH (pada RTE) 18 ATP
– Produksi 2 FADH (pada RTE) 4 ATP
 FERMENTASI

Pelepasan energi dari gula atau molekul organik lain

seperti asam amino, asam organik, purin dan pirimidin
Tidak membutuhkan O2
Tidak menggunakan siklus Krebs dan RTE
Menggunakan molekul organik sebagai akseptor elektron
akhir
Menghasilkan ATP hanya dalam jumlah sedikit (1 atau 2
ATP untuk setiap 1 molekul awal) karena kebanyakan
energi yang berasal dari glukosa tertinggal dalam ikatan
kimia dari produk akhir organik seperti asam laktat atau
ethanol
ATP hanya berasal dari glikolisis
 PRODUK
FERMENTASI
Organisme Produk Akhir Fermentasi
Streptococcus ,Lactobacillus , Asam Laktat
Bacillus
Saccharomyces (khamir) Ethanol dan CO2
Propionibacterium Asam propionat, asam asetat, CO2
dan H2
Clostridium Asam butirat, butanol, aseton,
isopropil alkohol dan CO2
Escherichia, Salmonella Etanol, asam laktat, asam suksinat,
asam asetat, CO2 dan H2
Enterobacter Etanol, asam laktat, asam format,
butanadiol, asetoin, CO2 dan H2
Contoh FERMENTASI

Sumber :
210.36.18.48/
gxujingpin/
dwwswx/ppt/6.ppt
(Sumber © Kenneth Todar, PhD  : Online Textbook of Bacteriology)
 Bakteri Asam laktat  Homolactic (Lintasan EMP)

Bila banyak glukosa & oksigen terbatas :

1 mol glukosa pada lintasan EMP  2 mol piruvat  2 mol
lactic acid + 2 mol ATP

Genus Homolactic LAB : Lactococcus , Enterococcus ,

Streptococcus Pediococcus,
, Lactobacillus etc.
yogurt, buttermilk, sour cream, cottage cheese, cheddar
cheese, dan kebanyakan “fermented dairy products”.
Aplikasi Metabolit Lintasan EMP

- Eukariota (khamir, kapang)

 Pembuatan minuman beralkohol, roti dan keju
 KhamirSaccharomyces cerevisiae etanol+ CO2.
 Pangan & minuman, bahan bakar & pelarut industri
(etanol, isopropanol , aseton dll)
 Diagnostic microbiologists  contoh : test
kemampuan mikroba (contoh khamir) untuk
memfermentasi gula dalam identifikasi s.d tingkat
genus

- Bakteri :
* Produksi asam laktat (bakteri homolaktat)
* Produksi asam lemak, alkohol & gas
 KATABOLISME LIPID DAN PROTEIN

• Mikroba  menghasilkan LIPASE  memecah lipid  asam

lemak dan gliserol  dioksidasi dalam siklus Krebs
• Protein terlalu besar  melewati plasma membran
• Mikroba  menghasilkan PROTEASE untuk memecah protein
menjadi asam amino
• Asam amino  dikonversi sebelum masuk siklus Krebs
dengan proses:
– DEAMINASI: grup amino akan dipisahkan dan dikonversi menjadi ion
ammonium yang akan keluar sel, dan asam organik akan masuk siklus
Krebs
– DEKARBOKSILASI dan DEHIDROGENASI
• Melalui oksidasi molekul organik  mikroba menghasilkan
energi (ATP) melalui RESPIRASI AEROBIK dan FERMENTASI
• Mikroba menggunakan ATP untuk:
• Transport aktif substansi melewati membran
plasma
• Pergerakan (dengan flagella)
• Sebagian besar untuk produksi komponen sel yang
baru dengan cara biosintesis molekul biologis
seperti polisakarida, lipid, asam amino dan protein,
purin dan pirimidin
ANABOLISME (BIOSINTESIS)

1. Biosintesis Asam Amino & Protein

2. Biosintesis Asam Lemak

3. Biosintesis Karbohidrat

4. Biosintesis Nukleotida

5. Biosintesis Antibiotika

6. dll
The main pathways of biosynthesis in procaryotic cells
Biosintesis Asam Amino
- Prinsipnya  reaksi transaminasi, yaitu pengikatan gugus
amonia (NH3) pada gugus karboksilat senyawa
α-ketoglutarat (dari Siklus Krebs)

- Lintasan biosintesis asam amino

 dimulai dari masuknya nitrogen dari gugus NH3 melalui
sintesis glutamat, selanjutnya nitrogen dipindahkan ke
asam amino lain dengan reaksi transaminasi.

- Pengikatan gugus amin :

a. Secara langsung, contohnya sintesis glutamat dengan
menggunakan α-ketoglutarat
b. Secara tidak langsung, mula-mula gugus NH3 diikat
oleh glutamat, pengikatan gugus NH3 selanjutnya oleh
glutamat akan menghasilkan glutamin  dari glutamin
gugus amino dipindahkan ke α-ketoglutarat
menghasilkan glutamat
Glutamat dan glutamin merupakan senyawa utama
yang mengasimilasi nitrogen untuk diberikan pada
lintasan sentral biosintesis asam amino.

Selanjutnya gugus amino dari glutamat dan glutamin

dapat dipindahkan ke senyawa lain dengan beragam
reaksi transaminasi.
Biosintesis Asam Amino
Synthesis of the various amino acids in a family
frequently requires many separate enzymatically
catalyzed steps starting from the parent amino
acid
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
Biosintesis Protein

- Asam amino harus diberi energi sebelum bergabung

menjadi protein

- Pemberian energi oleh ATP

Asam amino + ATP  asam amino-AMP + pirofosfat

(2P)

- Protein memiliki sekuens asam amino tertentu 

“blue print” untuk membuat protein terkandung pada
sekuens nukleotida DNA sel mikroba.
Biosintesis Asam Lemak & Lipida

• Biosintesis lemak dimulai dari biosintesis asam lemak

• Prekursor : Asetil Ko-A

• Pemanjangan rantai karbon (C) asam lemak

 menggunakan Malonil KoA (C2)

• Biosintesis asam lemak rantai panjang memerlukan

acyl carrier protein (ACP) sbg “jangkar”
Reaksi pada biosintesis asam lemak :

1. Pemindahan gugus asetil dan gugus malonil dari CoA

ke ACP : asetil/malonil-CoA  asetil-ACP & malonil-ACP

2. Kondensasi asetil-ACP + malonil-ACP membentuk

asetoasetil-ACP dengan melepaskan CO2.

3. Reaksi reduksi, reaksi dehidrasi dan reaksi reduksi

 menghasilkan butyryl-ACP  asam butirat

- Urutan reaksi-reaksi ini merupakan siklus lintasan

pembentukan dan penambahan panjang rantai asam
lemak  hasil sintesa dari urutan reaksi ini adalah
molekul asam lemak yang terikat dengan ACP.
Penghilangan ACP dengam enzim menghasilkan asam
lemak tertentu
Contoh : Butiril ACP 

Bila ACP dilepaskan oleh enzim asilase hidrolitik

 akan dihasilkan asam butirat (C4)

Butiril-ACP + malonil-ACP  Asam lemak C6- ACP + CO2

Asam Lemak : Asam lemak C6

C4 : asam butirat
C6 : asam kaproat
C8 : asam kaprilat
C10 : asam kaprat Asam lemak C8
C12 : asam laurat
C14 : asam miristat
C16 : asam palmitat
C18 : asam stearat dst
Biosintesis Asam Lemak

(ACP)

(ACP)

CO2

(ACP)
 The biosynthesis of fatty
acids

Shown is the biosynthesis of the C16 fatty acid,

palmitate. The condensation of acetyl-ACP and
malonyl-ACP forms acetoacetylCoA. Each
successive addition of an acetyl unit comes from
malonyl-CoA.
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
Biosintesis Asam Lemak
Biosintesis Karbohidrat

• Mikroba autotrof mensintesis KH dari CO2 (fiksasi CO2 dari udara)

dgn sekuens reaksi :
CO2 (atmosfir)

Triosa (monosakarida C3)

Pentosa (C5) & Heksosa (C6)

Nukleotida Polisakarida
(mengandung (peptidoglikan dinding sel, selulosa,
ribosa & deoksiribosa) pati dll)

RNA & DNA

• Mikroba heterotrof menggunakan senyawa organik

 Senyawa C5 (pentosa) atau C6 (heksosa) sbg sumber C

Contoh :E coli : glukosa + ATP + 2 NADP  ribosa-5-fosfat + CO2 + ADP

+ 2 NADPH2
unt. sintesis nukleotida
Biosintesis Karbohidrat

• Monosakarida agar bisa bergabung menjadi polisakarida

harus diberi energi (dari ATP), contohnya :

* UDP-glukosa (uridin difosfat-glukosa)

Glukosa + ATP + UTP  UDP-glukosa + ADP + pirofosfat

polisakarida
Tidak semua monosakarida yang diberi energi untuk
mensintesis gula UDP, contoh :
* Fosforibosa pirofosfat
Ribosa fosfat + ATP  fosforibosa pirofosfat + AMP

purin & pirimidin

Biosintesis Nukleotida (RNA & DNA)

Nukleotida Purin
Ribosa fosfat (dari Jalur HMF/Pentosa Fosfat )

ATP

Fosforibosa pirofosfat

Glisin, glutamin, asam aspartat, ATP

Inosin monofosfat (IMP)

Asam aspartat, GTP ATP, glutamin

Adenosin monofosfat (AMP) Guanosin monofosfat (GMP)

(untuk sintesis RNA) (untuk sintesis RNA)

Deoksiadenosin monofosfat (dAMP) Deoksiguanosin monofosfat (dGMP)

(untuk sintesis DNA) (untuk sintesis DNA)
 METABOLIT PRIMER DAN SEKUNDER

• Industri fermentasi  mikroba menghasilkan METABOLIT PRIMER

(etanol) atau METABOLIT SEKUNDER (penisilin)

• METABOLIT PRIMER  dibentuk bersamaan dengan pembentukan

sel mikroba baru dan kurva produksinya mengikuti kurva populasi sel

• METABOLIT SEKUNDER
– Tidak diproduksi sampai mikroba menyelesaikan fase
pertumbuhan logaritmik (dikenal dengan TROPHOPHASE) dan
telah memasuki fase stasioner
– Periode berikutnya selama metabolit sekunder terbentuk disebut
IDIOPHASE
– Metabolit sekunder dapat berupa konversi mikrobial dari
metabolit primer.
TERIMA KASIH