Skripsi Nevi Felia Sari

KERAGAMAN GENETIK DAN ABNORMALITAS IKAN KAKAP
PUTIH (Lates calcarifer Bloch, 1790) TIPE LIAR DAN HASIL

DOMESTIKASI
SKRIPSI
NEVI FELIA SARI
PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN

DEPARTEMEN PERIKANAN
FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2020
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR ISI........................................................................................................... iv
DAFTAR TABEL.................................................................................................... v
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................... vi
I. PENDAHULUAN.................................................................................................. 1
A. Latar Belakang............................................................................................... 1
B. Tujuan dan Manfaat....................................................................................... 2
II. TINJAUAN PUSTAKA........................................................................................ 3

A. Klasifikasi dan Deskripsi Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)...... 3
B. Abnormalitas................................................................................................... 5
C. DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)....................................................................... 6
D. Ekstraksi/ Isolasi DNA.................................................................................... 7
E. PCR (Polymerase Chain Reaction) ............................................................... 7
F. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ............................................... 7
III. METODE PENELITIAN.................................................................................... 10

A. Waktu dan Tempat....................................................................................... 10
B. Prosedur Penelitian...................................................................................... 10
1. Sampel Ikan Kakap Putih...................................................................... 11
2. Abnormalitas Ikan Kakap Putih.............................................................. 11
3. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih................................................... 12
C. Analisis Data................................................................................................ 15
1. Analisis Data Meristik............................................................................ 15
2. Kuantitas Genom DNA dan Kualita Pita PCR-RAPD............................. 15
3. Pola Keragaman Genetik....................................................................... 16
4. Jarak Genetik......................................................................................... 16
5. Hubungan Kekerabatan.......................................................................... 16
IV. HASIL.............................................................................................................. 17
A. Morfologi Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)............................ 17
B. Keragaman Morfologi dan Organ Dalam Ikan Kakap Putih (Lates
calcarifer Bloch, 1790).................................................................................. 18
C. Keragaman Organ Berpasangan Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch,
1790)............................................................................................................ 19
D. Abnormalitas Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)..................... 21
D.1 Abnormalitas pada Organ Sirip Punggung............................................. 21
D.2 Abnormalitas pada Organ Sirip Perut..................................................... 21
D.3 Abnormalitas pada Organ Sirip Anal....................................................... 22
D.4 Abnormalitas pada Organ Operkulum..................................................... 22
E. Kuantitas dan Kualitas DNA Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) 23
F. Profil DNA..................................................................................................... 25
G. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) .......... 26
H. Jarak Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) .................... 27
i
V. PEMBAHASAN................................................................................................ 30
A. Keragaman Meristik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) ........... 30
B. Abnormalitas Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)..................... 30
C. Kuantitas dan Kualitas Genom DNA Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790)................................................................................................. 31
D. Profil RAPD................................................................................................... 32
E. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) ........... 33
F. Jarak Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) .................... 34
G. Hubungan Kekerabatan (Filogenetik) Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790) ................................................................................................. 34
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................. 37
ii
DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
1. Jumlah sampel yang dianalisis untuk parameter abnormalitas dan PCR-

RAPD............................................................................................................... 12
2. Analisis meritik pada ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790).............. 13
3. Keragaman morfologi dan organ dalam ikan kakap putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790)..................................................................................................... 19
4. Keragaman organ berpasangan ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790)................................................................................................................ 21
5. Abnormalitas pada ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar
dan domestikasi................................................................................................ 22
6. Hasil uji kuantitas DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe
liar dan hasil domestikasi yang diisolasi dengan menggunakan Kit dan
dihitung menggunakan Kit Qubit sdDNA BR (Board Range) Assay
(Invitrogen, USA).............................................................................................. 24
liar dan hasil domestikasi yang diisolasi dengan menggunakan metode
CTAB-DTAB dan diukur menggunakan prosedur GeneQuant 1300 ................ 25
8. Jenis dan sekuen primer oligonukleutida yang menghasilkan pita polimorfik
pada analisis keragaman genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790)................................................................................................................ 27
9. Jumlah alel yang teramplifikasi, alel polimorfik, alel unik, kisaran ukuran alel
dan presentase polimorfisme dari setiap primer pada 14 individu ikan kakap
putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) yang berasal dari populasi liar dan
domestikasi....................................................................................................... 27
10. Presentase polimorfisme dan nilai heterozigositas ikan kakap putih (Lates
calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan domestikasi............................................... 28
11. Jarak genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan
domestikasi...................................................................................................... 28
iii
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
1. Ikan kakap putih (Lates calcarifer, Bloch 1790)................................................. 3
2. Tahap blastula, grastula, dan neurola (Wardhani, 2019) ................................... 5
3. Siklus hidup ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) (Kimberley, 2011). 5
4. Skema proses PCR-RAPD................................................................................. 9
5. Peta lokasi pengambilan sampel ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790) di Muara Sungai Saro’ Desa Bonto Kanang Kec. Galesong Utara
Kabupaten Takalar dan KJA (Keramba Jaring Apung) Desa Lawallu
Kecamatan Soppeng Riaja Kabupaten Barru................................................... 10
6. (a) Ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) (Irmawati et al., 2019), (b)
gambar ikan kakap putih hasil x-ray.................................................................. 18
.............................................................................................................................
7. (a) Karakter jari-jari sirip dorsal ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790) yang normal (Irmawati, Alimuddin and Tasakka, 2019), (b) Karakter
jari-jari sirip dorsal yang abnormal.................................................................... 22
8. Abnormalitas sirip perut ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) ......... 23
9. Abnormalitas sirip anal ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) ........... 23
10. (a) Karakter operkulum ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) yang
normal, (b) Karakter operkulum ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790) yang abnormal........................................................................................ 24
11. Boxplot konsentrasi genom DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch,
1790) hasil isolasi menggunakan metode CTAB-DTAB dan Kit........................ 25
liar dan domestikasi yang telah diekstraksi dengan metode CTAB-DTAB ....... 26
13. Pita DNA hasil amplifikasi ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
menggunakan primer OPC-08. Keterangan: TK = sampel ikan kakap putih
tipe liar, GI = sampel ikan kakap putih hasil domestikasi, = alel unik......... 26
iv
16. Dendogram jarak genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe
liar dari Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar dan domestikasi yang
dibesarkan di Keramba Jaring Apung (KJA) Kabupaten Barru......................... 30
17. Pohon filogenetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) populasi liar
dari Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar dan domestikasi yang
dibesarkan di Keramba Jaring Apung (KJA) Kabupaten Barru......................... 30
18.
v
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Ikan kakap putih, Asian seabass (Lates calcarifer Bloch, 1790) merupakan ikan
yag sangat digemari oleh masyarakat karena memiliki kandungan gizi yang tergolong
tinggi, yaitu protein sekitar 20%, dan kandungan lemak sebesar 5% serta
mengandung omega-3 (Rayes, 2013). Di Sulawesi Selatan, benih ikan kakap putih
memiliki nama lokal pica-pica, ikan kakap putih remaja dikenal dengan nama salamata
dan ikan kakap putih dewasa dikenal dengan nama bale kanja. Selain ikan kakap putih
populer di Indonesia, juga merupakan jenis ikan yang bernilai ekonomis tinggi di pasar
regional dan internasional dengan harga lokal sebesar Rp. 35.000,- sampai Rp.
65.000,- dan nilai ekspor sebesar Rp. 70.000,- (Irmawati, Alimuddin and Tasakka,
2019).
Prospek pemasaran ikan kakap putih sangat baik. Tingkat permintaan kakap
putih yang cukup tinggi menyebabkan terjadinya penangkapan yang cukup intensif,
sehingga ketersediaan ikan kakap putih di alam semakin menurun. Direktorat Jenderal
Perikanan Budidaya KKP terus berusaha meningkatkan produksi ikan kakap putih
dengan mengembangkan budidaya laut kakap putih untuk memanfaatkan potensi
yang masih cukup besar (MAI, 2018).
Budidaya ikan kakap putih perlu dilakukan kajian populasi ikan kakap putih di
alam sebagai sumber/stok induk pada kegiatan budidaya antara lain dengan
mengkonservasi keanekaragaman genetik plasma nutfah ikan kakap putih. Irmawati
(2003) melaporkan terjadinya penurunan keragaman genetik (genetic drift) pada
kegiatan budidaya ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) sebagai konsekuensi dari
bottle neck effect dari suatu kegiatan budidaya. Selanjutnya (Irmawati, Alimuddin and
Tasakka, 2019) melaporkan bahwa pada ikan kakap putih hasil domestikasi yang
dibesarkan di KJA Kabupaten Barru, terdeteksi beberapa karakter yang abnormal
pada sirip punggung, sirip anal, sirip perut, dan insang.
Berdasarkan fenomena tersebut, maka diperlukan analisis hubungan antara
keragaman genetik dan evaluasi awal kegiatan budidaya ikan kakap outih di Indonesia
khususnya di Sulawesi Selatan. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah
salah satu penanda molekuler yang diduga mampu mendeteksi abnormalitas secara
dini. Penggunaan penanda molekuler berbasis DNA untuk mendeteksi abnormalitas
pada fase dini dianggap tepat untuk tujuan ini, karena memiliki tingkat akurasi yang
tinggi dan tidak terpengaruh oleh lingkungan.
1
Analisis molekuler menggunakan DNA sebagai objeknya diawali dengan proses
ekstraksi/ isolasi DNA untuk mendapatkan DNA yang murni dengan konsentrasi tinggi
sehingga dapat digunakan untuk analisis molekuler selanjutnya, seperti PCR, RLFP,
dan RAPD. Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik
konvensional maupun menggunakan kit. Seiring perkembangan ilmu pengetahuan dan
teknologi, ekstraksi DNA dapat dilakukan menggunakan kit berbagai merk (Fitriya,
Ibrahim and Lisdiana, 2015). Masing-masing kit memiliki tahapan yang berbeda
sehingga perlu dilakukan optimasi isolasi DNA.
Teknik RAPD merupakan salah satu dari beberapa teknik penanda berbasis
DNA dengan melibatkan penggunaan mesin PCR (Polymerase Chain Reaction).
Teknik PCR-RAPD dapat digunakan untuk mengidentifikasi perbedaan genotipe
normal dan abnormal, berdasarkan perbedaan pada pita DNA yang dapat
teramplifikasi dengan random primer. Berdasarkan hal tersebut sehingga penelitian ini
dilakukan dengan tujuan untuk membandingkan metode isolasi genom DNA dengan
menggunakan jaringan otot.
B. Tujuan dan Manfaat
Tujuan dari penelitian ini adalah:

1. Membandingkan metode isolasi genom DNA menggunakan metode KIT dan
metode CTAB-DTAB.
2. Menganalisis pola keragaman genetik ikan kakap putih tipe liar dan hasil
domestikasi yang memiliki karakter morfologi normal dan abnormal.
Manfaat dari penelitian ini yaitu untuk mendapatkan teknik isolasi yang optimal
dalam isolasi DNA ikan kakap putih sehingga kegiatan PCR menjadi lebih efektif yang
selanjutnya digunakan dalam merakit marka molekuler pada ikan kakap putih hasil
domestikasi dengan karakter morfologi abnormal serta bermanfaat sebagai bahan
evaluasi pada kegiatan domestikasi ikan kakap putih.
2
II. TINJAUAN PUSTAKA
A. Klasifikasi dan Deskripsi Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Ikan kakap putih merupakan jenis ikan yang berasal dari famili Centropomidae
dengan nama genus Lates. Ikan kakap putih memiliki beragam nama dari beberapa
negara, tetapi yang lebih sering dikenal sebagai seabass atau barramundi. Adapun
klasifikasi dari ikan kakap putih yaitu (Razi, 2013):
Kingdom : Animalia
Filum : Chordata
Sub filum : Vertebrata
Kelas : Pisces
Ordo : Perciformes
Famili : Latidae
Genus : Lates
Spesies : Lates calcarifer (Bloch, 1790)
Gambar 1. Ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) (Irmawati, and Alimuddin, 2019)
Ikan kakap putih memiliki ukuran tubuh yang besar dengan bentuk tubuh
memanjang dan pipih. Pada bagian punggung sampai kepala agak cekung dan
moncongnya menonjol. Memiliki mulut yang besar dan tidak memiliki gigi taring. Sirip
punggung ikan kakap putih terdiri dari 7- 9 jari-jari keras dan 10 – 11 jari-jari lunak,
sirip dada berbentuk bulat dan pendek, sirip punggung dan sirip dubur bersisik, sirip
ekor berbentuk bulat. Warna ikan kakap putih dewasa pada bagian perutnya bewarna
coklat zaitun sampai coklat keemasan sedangkan tubuhnya bewarna biru kehijauan
atau keabu-abuan, sirip ikan kakap putih bewarna coklat gelap atau kehitaman
sedangkan pada ikan muda (juvenile) terdapat motif belang coklat di kepala dan
tengkuk serta bercak putih pada bagian tubuhnya (Mathew, 2009).
3
Ikan kakap putih tersebar di daerah tropis dan sub-tropis serta Samudra Pasifik
Tengah dan Samudera Hindia. Pada Samudera Hindia tersebar di bagian Asia Utara
ke Selatan hingga Australia, dan di bagian Barat hingga Afrika Timur. Ikan kakap putih
ditemukan pada perairan pantai dan muara. Larva ikan kakap putih tumbuh di air
tawar dan bermigrasi ke air payau dan saat dewasa ikan kakap putih hidup soliter
dengan bermigrasi ke perairan yang memiliki kandungan garam tinggi untuk memijah
(Mathew, 2009).
Ikan kakap putih merupakan karnivora predator oportunistik, crustacea, dan ikan
kecil sedangkan pada saat remaja (berat sekitar 600 – 700 gram) merupakan
omnivora. Ikan kakap putih memiliki kemampuan mengintai dan menyergap mangsa
yang luar biasa. Berdasarkan analisis isi perut, sekitar 20% terdiri dari plankton berupa
diatom, ganggang, udang kecil dan ikan kecil pada ikan berukuran 1 – 10 cm.
Sedangkan pada ukuran yang lebih besar, ikan kakap putih memakan udang kecil,
kepiting kecil, dan ikan kecil (Mathew, 2009).
Ikan kakap putih bersifat hermafrodit protandry yaitu mengalami perubahan
kelamin dari jantan menjadi betina. Perubahan kelamin terjadi pada bobot tubuh
berkisar 2 – 4 kg. Perubahan kelamin tersebut dipengarui oleh faktor lingkungan dan
letak geografis perairan habitat ikan kakap putih (Ridho and Patriono, 2016). Pada
saat dewasa ukuran ikan betina lebih besar dari ikan jantan. Pemijahan terjadi di dekat
mulut sungai pada bagian hilir dan muara. Ikan kakap putih biasanya memijah setelah
bulan purnama karena berhubungan dengan pasang yang dapat membantu migrasi
larva. Pada saat dewasa, ikan jantan dan ikan betina sering berdekatan kemudian
pada saat mendekati pemijahan ikan jantan dan ikan betina terpisah serta berhenti
makan sekitar satu minggu sebelum memijah. Pembuahan telur terjadi sekitar tiga
jam, melewati tahap blastula, gastrula, neurola dan embrio (Gambar 2).
4
Gambar 2. Tahap blastula, grastula, dan neurola ((Wardhani, 2019)
Perkembangan embrio berlangsung sekitar 15 jam. Larva awal memiliki panjang

total 1,21 – 1,65 mm, 3 hari setelah menetas mulut larva terbuka dan mulai makan.
Larva hidup di muara selama beberapa bulan kemudian melakukan migrasi ke air
tawar seperti sungai dan anak sungai pada saat remaja dan berjenis kelamin jantan.
Ketika ikan kakap putih berukuran 85 - 100 cm terjadi perubahan jenis kelamin
menjadi betina hingga akhir hidupnya (Mathew, 2009). Siklus hidup ikan kakap putih
dapat dilihat pada Gambar 3.
Gambar 3. Siklus hidup ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) (Kimberley, 2011)
B. Abnormalitas
Abnormalitas merupakan kelainan yang terjadi akibat adanya faktor internal dan
eksternal yaitu genetik dan gangguan pada lingkungan tempat hidup sehingga
menyebabkan ketidaksesuaian pertumbuhan organ maupun jaringan pada ikan
5
(Shafira, 2018). Populasi ikan dengan tingkat keragaman genetik yang tinggi memiliki
stabilitas karakteristik morfologi yang tinggi, sehingga abnormalitas morfologinya
rendah. Abnormalitas bentuk morfologi dinyatakan dengan adanya kelainan atau
penyimpangan bentuk organ tubuh (deformitas) serta tidak seimbangnya (asimetris)
karakter meristik di antara pasangan organ bilateral.
Kondisi lingkungan menjadi salah satu faktor terjadinya cacat pada ikan.
Menurut Ismi (2020), faktor yang menyebabkan terjadinya abnormalitas pada benih
ikan laut yang di produksi dari pembenihan (hatchery) yaitu penanganan telur dan
pemeliharaan larva, serangan predator, serangan penyakit, kekurangan vitamin C dan
D untuk pertumbuhan tulang.
Menurut penelitian Prakoso & Kurniawan (2015), suhu merupakan salah satu
faktor eksternal yang sangat berpengaruh terhadap perkembangan embrio ikan yang
berhasil dibuahi. Pemberian suhu di luar kisaran normal memiliki hubungan negatif
terhadap durasi masa inkubasi sehingga menyebabkan peningkatan presentase
jumlah larva yang cacat (abnormal). Suhu yang terlalu tinggi pada media budidaya
dapat mengakibatkan kerusakan sistem saraf pada lapisan epidermis kulit dan bagian
organ sensor yang menghambat pembentukan jaringan serta penyempurnaan organ
tubuh terhenti sehingga mengakibatkan larva tumbuh abnormal dan mengalami
kesulitan untuk bertahan hidup.
Selain itu, embrio yang berkembang dengan paparan salinitas di luar batas yang
toleran juga dapat menyebabkan abnormalitas pada larva yang berhasil menetas.
Paparan salinitas di luar batas toleransi dapat menyebabkan kerusakan pada organ
sensori yang dapat menghambat pembentukan jaringan dan penyempurnaan organ
tubuh terhenti. Prakoso & Kurniawan (2015) menyatakan bahwa larva yang terpapar
salinitas diluar batas toleransinya akan mengalami kesulitan bertahan hidup karena
perbedaan tekanan osmotik antara larva dan lingkungannya.
Salah satu gangguan yang menyebabkan terjadinya abnormalitas organisme
pada lingkungan perairan adalah adanya bahan pencemaran seperti minyak jelantah.
Dari penelitian Shafira (2018), benih ikan yang terkena pencemaran minyak jelantah
mengalami abnormalitas pada operkulum, kelainan/kerusakan pada sirip dan sisik,
serta tulang menjadi bengkok.
C. DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)
DNA adalah molekul utama yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan
untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA tersusun atas komponen
utama yaitu gula deoxyribose, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk
6
nukleotida. Molekul DNA terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria, dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom merupakan nukleotida
rangkap yang berbentuk helix ganda (double helix) polinukleutida yang saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen antara nukleutid
yang satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam
setiap sel makhluk hidup sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan
struktur protein (Mafiana, 2015).
Kedua rantai pada DNA berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa
adenine dengan timin, dan antara guanin dan sitosin. Pada struktur DNA gula
deoksiribosa dan fosfat berada di bagian luar molekul sedangkan basa purin dan
pirimidin terletak di bagian dalam untaian. DNA memiliki dua lekukan yang berfungsi
sebagai tempat molekul protein tertentu, yaitu lekukan besar (major groove) dan
lekukan kecil (minor groove). DNA merupakan senyawa yang sangat penting karena
DNA membawa informasi biologis yang menentukan struktur protein. DNA merupakan
unsur kimia stabil, menyandikan agar sel tumbuh dan membelah sehingga akan
menyebabkan diferensiasi pada sel telur yang telah dibuahi menjadi sejumlah sel
khusus yang nantinya diperlukan dalam berbagai fungsi kehidupan (Yuwono, 2005;
Kurnia, 2010).
D. Ekstraksi/ Isolasi DNA
Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam

rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip dasar isolasi
total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan
tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan, DNA,
dan RNA. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pellet sel yang
mengandung DNA/RNA total (Faatih, 2009).
Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel lainnya
seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna untuk
beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetika seperti editing genom,
transformasi dan PCR. Banyak metode isolasi yang dapat digunakan, tetapi pada
dasarnya tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan dan semua metode sama,
yakni lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks nukleuprotein, dan
inaktivasi nuclease. Untuk isolasi DNA hewan sebaiknya menggunakan sampel yang
masih segar karena jaringan hewan dapat membusuk dengan cepat dan
menyebabkan kerusakan dalam jaringannya dalam waktu singkat. Untuk melakukan
isolasi DNA hewan dengan menggunakan sampel segar sangat sulit karena harus
7
diawetkan dan disimpan dalam freezer (Hariyadi et al., 2018). Hasil isolasi DNA
selanjutnya diamplifikasi dengan metode PCR-RAPD.
E. PCR (Polymerase Chain Reaction)
PCR merupakan metode menghasilkan sejumlah besar fragmen DNA spesifik

dengan panjang dan sekuens yang telah ditentukan dari sejumlah kecil template
kompleks. PCR didasarkan pada amplifikasi enzimatik fragmen DNA dengan
menggunakan dua oligonukloutida primer sebagai primer untuk memungkinkan DNA
template di copy oleh DNA polymerase dengan melakukan pemanasan. Suhu pada
reaksi selanjutnya diturunkan untuk membiarkan terjadinya perpasangan sekuens
maka terjadilah proses polimerisasi. Produk yang terpolimerase berasal dari setiap
primer yang berperan sebagai template bagi primer lain sehingga setiap siklus
menggandakan jumlah fragmen DNA yang dihasilkan pada fragmen sebelumnya.
Hasil dari PCR ini selanjutnya adalah dilakukan akumulasi eksponensial fragmen
target spesifik yang diperbanyak dalam suatu campuran DNA dan RNA kompleks
(Anggereini, 2008).
Proses PCR membutuhkan tiga syarat dasar dalam siklus PCR yaitu DNA
cetakan, penempelan sepasang primer oligonukleotida pada DNA cetakan utas
tunggal, pemanjangan secara enzimatik untuk menghasilkan salinan DNA dalam
proses siklus berikutnya. Ada beberapa macam enzim yang dijual secara komersial
yang dapat dipilih dari kemampuan terhadap panas, posesivitas, dan ketepatan
penempelan. Reaksi pelipatgandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan
denaturasi DNA cetakan sehingga rantai DNA yang berantai ganda akan terpisah
menjadi rantai tunggal. Denaturasi dilakukan dengan menggunakan panas pada suhu
95°C sehingga primer akan menempel pada cetakan yang terpisah menjadi rantai
tunggal (Kurnia, 2010).
F. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
Random Amplifield Polymorphic DNA (RAPD) merupakan salah satu marka

molekuler berbasis PCR yang banyak digunakan dalam mengidentifikasi keragaman
pada tingkat intraspesies maupun antarspesies. Teknik ini mendeteksi polimorfisme
ruas nukleotida pada DNA dengan menggunakan sebuah primer tunggal yang
memiliki rangkaian nukleotida acak (Pharmawati, 2009). RAPD memiliki kriteria
sebagai marka yang ideal karena polimorfiknya tinggi, mudah dan ekonomis. RAPD
memiliki keunggulan sebagai marka hasil PCR karena primer yang digunakan tersedia
8
secara komersil dan tidak membutuhkan pengetahuan mengenai target sekuens DNA
(Mulyasari, 2010).
Teknik RAPD hanya digunakan pada satu primer abitrasi yang dapat menempel
pada kedua utas DNA setelah didenaturasi pada situs tertentu yang homolog dengan
spesifisitas penempelan yang tinggi. Potongan DNA yang teramplifikasi berdasarkan
pilihan penempelan yang bersifat acak dan tidak harus berkaitan dengan gen tertentu.
Penggunaan penanda RAPD relatif sederhana dan mudah dalam hal preparasi.
Teknik RAPD memberikan hasil yang lebih cepat dibandingkan dengan teknik
molekuler lainnya. Teknik ini juga menghasilkan jumlah karakter yang relatif tidak
terbatas, sehingga sangat membantu untuk keperluan analisis keanekaragaman
organisme yang tidak diketahui latar belakang genomnya, baik organisme tingkat
tinggi maupun organisme tingkat rendah (Azizah, 2009).
Metode ini mengandalkan PCR untuk menggandakan segmen DNA. Proses ini
menggunakan primer sintetik yang ukurannya pendek yang disebut lokus RAPD.
Produk amplifikasi yang dihasilkan dapat dipisahkan menurut ukurannya secara
elektroferesis pada gel agarosa dan divisualisasi melalui pewarnaan dengan etidium
bromide. Primer ini akan menginisiasi proses amplifikasi daerah-daerah DNA genom
tertentu secara random. Kunci RAPD bahwa primer yang digunakan dengan urutan
acak, primer tidak spesifik untuk gen tertentu dan mengikat DNA komplemennya dari
bermacam contoh DNA. Primer menentukan daerah genom mana yang akan
diamplifikasi melalui PCR. Selain itu, waktu denaturasi dan waktu extension juga
mempengaruhi hasil. Ukuran primer yang digunakan bervariasi tergantung pada
daerah pelekatan primer komplemen yang dicampur genom individu (Anggereini,
2008).
9
Gambar 4. Skema proses PCR-RAPD (Azizah, 2009)
Ada kegiatan pokok yang dilakukan dalam melaksanakan teknik RAPD, yaitu
kegiatan isolasi DNA dan menjalankan mesin Thermocyeler. Isolasi DNA merupakan
tahap penting yang harus dilakukan dalam analisis molekuler. Sedangkan PCR sangat
berguna untuk mengamplifikasi DNA hasil ekstraksi dalam jumlah besar dan waktu
yang singkat (Kurnia, 2010).
10
III. METODE PENELITIAN
A. Waktu dan Tempat
Penelitian dilaksanakan pada bulan April 2020 hingga bulan September 2020.
Penelitian meliputi koleksi sampel ikan kakap putih, analisis keragaman meristik,
analisis DNA, serta interpretasi data. Sampling ikan kakap putih tipe liar dilakukan di
perairan muara Sungai Saro’, Desa Bonto Kanang, Kecamatan Galesong Utara,
Kabupaten Takalar dan sampel ikan hasil domestikasi di Keramba Jaring Apung (KJA)
Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selatan yang berlokasi di Desa
Lawallu, Kecamatan Soppeng Riaja, Kabupaten Barru (Gambar 5). Analisis
keragaman meristik dan DNA dilakukan di Laboratorium Bioteknologi dan Pemuliaan
Pohon, Fakultas Kehutanan, Universitas Hasanuddin dan Laboratorium Penyakit dan
Kesehatan Ikan, Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau dan Penyuluhan
Perikanan, Kabupaten Maros.
Gambar 5. Peta Lokasi pengambilan sampel ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) di
Muara Sungai Saro’ Desa Bonto Kanang Kecamatan Galesong Utara Kabupaten
Takalar dan KJA (Keramba Jaring Apung) Desa Lawallu Kecamatan Soppeng
Riaja Kabupaten Barru
11
B. Prosedur Penelitian
1. Sampel Ikan Kakap Putih
Ikan kakap putih di Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar di tangkap

menggunakan alat tangkap gillnet. Sedangkan ikan kakap putih hasil domestikasi
Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP) Takalar dan Balai Besar Riset Budidaya
Laut dan Penyuluhan Perikanan (BBRBLPP) Gondol yang dibesarkan di KJA KKP
Provinsi Sulawesi Selatan di Desa Lawallu Kabupaten Barru ditangkap menggunakan
alat tangkap sero/scope net. Sampel otot ikan kakap putih tipe liar untuk analiis DNA
difiksasi langsung di lapangan menggunakan alkohol absolut (p.a) sedangkan untuk
ikan dari KJA, fiksasi dilakukan di Laboratorium. Untuk analisis abnormalitas, sampel
ikan diawetkan dengan menggunakan es batu. Lokasi dan jumlah sampel yang
dianalisis untuk parameter abnormalitas dan PCR-RAPD disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1. Lokasi dan jumlah sampel yang dianalisis untuk parameter abnormalitas dan PCR-
RAPD
Tipe Ikan Lokasi Jumlah sampel Sampel DNA

Muara sungai saro' Desa Bonto
Ikan kakap putih
Kanang Kecamatan Galesong Utara 8 8
(Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar
Kabupaten Takalar
Ikan kakap putih Keramba Jaring Apung (KJA) Desa
(Lates calcarifer Bloch, 1790) Lawallu Kecamatan Soppeng Riaja 20 6
domestikasi Kabupaten Barru
Jumlah 28 14
2. Meristik dan Abnormalitas Ikan Kakap Putih
Analisis abnormalitas dilakukan dengan mengamati kondisi morfologi ikan

secara keseluruhan kemudian dilanjutkan dengan analisis meristik dan deformitas.
Karakterisasi deformitas dilakukan melalui pengamatan ada-tidaknya penyimpangan
bentuk organ-organ tubuh dibandingkan dengan bentuk individu normalnya, antara
lain bentuk badan, bentuk kepala, bentuk sirip punggung, bentuk sirip anal dan bentuk
sirip ekor serta lengkap-tidaknya keberadaan sirip dada dan sirip perut. Individu-
individu ikan sampel dinyatakan mengalami deformitas jika memiliki satu atau lebih
penyimpangan bentuk morfologi (abnormalitas) tersebut (Iswanto and Suprapto,
2015).
Analisis meristik ikan kakap putih tipe liar dan hasil domestikasi dilakukan
dengan cara menghitung karakter meristik yaitu disajikan pada Tabel 2.
12
Tabel 2. Analisis keragaman meristik pada ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
No. Karakter Meristik Deskripsi

1 Duri sirip punggung Jumlah duri keras dan/atau lemah sirip punggung
pertama dan kedua.
2 Duri sirip dubur Jumlah duri keras dan/atau lemah sirip anal.
3 Duri sirip dada Jumlah duri sirip dada dibagian kiri dan kanan
4 Sirip perut Jumlah duri sirip keras dan/atau lemah sirip perut di
bagian kiri dan kanan
5 Sirip ekor Jumlah duri sirip ekor
6 Tapis insang Jumlah tapis insang di bagian kiri dan kanan
7 Jumlah sisik antara linea lateralis Jumlah sisik diatas linea lateralis sampai dibawah
dengan jari ketiga sirip dorsal jari ketiga sirip dorsal di bagian kiri dan kanan
8 Duri di operkulum Jumlah duri berukuran besar dan/atau kecil di
operkulum bagian kiri dan kanan
9 Duri di pre-operkulum Jumlah duri berukuran besar dan/atau kecil di atas
dan di bawah operkulum bagian kiri dan kanan
10 Phyloric caea Jumlah percabangan phyloric caea
3. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih
Keragaman genetik ikan kakap putih dianalisis menggunakan metode

Polymerase Chain Reaction Random Amplified Polymorphic DNA (PCR-RAPD).
Analisis molekuler dilakukan untuk mendeteksi keragaman genetik ikan kakap putih
tipe liar Takalar dan ikan kakap putih hasil domestikasi yang dipelihara di KJA
Kabupaten Barru. Analisis keragaman DNA dengan teknik PCR-RAPD dibagi menjadi
tiga tahap yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, dan elektroforesis.
Analisis diawali dengan mengisolasi DNA genom, kemudian dilanjutkan dengan
kuantifikasi, amplifikasi, dan elektroforesis untuk hasil amplifikasi DNA genom.
a) Ekstraksi/isolasi DNA
Ekstraksi/isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan dua metode isolasi,

yaitu isolasi menggunakan kit dan isolasi dengan metode CTAB-DTAB.
Isolasi DNA menggunakan Kit DNeasy Blood Tissue (Qiagen, Germany)
dilakukan dengan mengikuti manual dengan beberapa modifikasi. Sebanyak
0,025 gram sampel otot dimasukkan ke dalam mikrotube 1,5 mL, kemudian
ditambahkan buffer ATL 180 μL dan ProteinaseK 20 μL. Selanjutnya dihomogenkan
dengan melakukan vortexing dan diinkubasi pada suhu 56⁰C hingga lisis sempurna.
Setelah jaringan lisis dengan sempurna, selanjutnya menambahkan RNAse 4 μL,
kemudian diinkubasi 2 menit pada suhu ruang dan dihomogenkan 15 detik dengan
vortex. Sampel DNA yang telah lisis kemudian ditambahkan dengan 200 μL Buffer
AL lalu dihomogenkan dengan vortex. Setelah itu, ditambahkan 200 μL ethanol
absolut lalu dihomogenkan dengan vortex hingga tidak terlihat gumpalan.
Selanjutnya supernatan dipindahkan ke DNeasy mini spin column yang telah
ditempatkan pada collection tube 2 mL dan diendapkan dengan metode
13
sentrifugasi selama 1 (satu) menit 8000 rpm. Spin colomn kemudian
dipindahkan ke collection tube yang baru untuk membersihkan DNA (washing)
dengan menambahkab 500 μL buffer AW1. Supernatan diendapkan dengan
melakukan sentrifugasi selama satu menit 8000 rpm. Spin colomn dipindahkan
ke dalam collection tube baru untuk melakukan pencucian ulang dengan
menambahkan 500 μL buffer AW2. Buffer AW2 dilewatkan melalui colomn
dengan metode sentrifugasi yang disetting selama tiga menit 14000 rpm.
Colomn yang mengandung genom DNA kakap putih dipindahkan ke mikrotube
baru kemudian ditambahkan 50 μL buffer AE, lalu diinkubasi pada suhu ruang
selama 15 menit. Selanjutnya, diendapkan dengan sentrifugasi satu menit 8000
rpm. Prosedur diulang hingga volume total DNA yang dipanen sama dengan 100
μL.
Jaringan otot yang telah di ekstraksi selanjutnya di uji kuantitas DNA-nya .
Kuantitas genom DNA akan dilakukan menggunakan Qubit dsDNA BR Assay kit
dengan tahapan sebagai berikut:
1) Menyiapkan dua tube standard dan tube uji sesuai jumlah sampel. Tube yang
digunakan berukuran 0.5 mL. Qubit dsDNA Assay kit membutuhkan dua jenis
standar. Jumlah tube uji sesuai dengan jumlah sampel.
2) Pemberian label atau nomor sampel pada tutup tube. Jangan memberi nomor
sampel pada bagian samping tube karena akan mempengaruhi pembacaan hasil
pada qubit.
3) Membuat Qubit working solution dengan cara mencampur Qubit dsDNA reagent
dan Qubit dsDNA BR Buffer dengan perbandingan 1:200. Buffer Qubit dsDNA BR
diberikan sebanyak 200 µL untuk 1 sampel. Maka Buffer Qubit dsDNA BR yang
dibutuhkan yaitu 200 µL x jumlah sampel. Kemudian menghomogenkan larutan
menggunakan vortex selama dua detik.
4) Membuat standar 1 dan standar 2 dengan mencampurkan 190 µL working
solution ke dalam tube standar 1 dan standar 2. Kemudian menambahkan 10 µL
Qubit standar ke dalam masing-masing tube standar. Sehingga volume larutan
standar sebesar 200 µL. Menghomogenkan larutan standar menggunakan vortex
selama 2 detik dengan hati-hati agar tidak terbentuk gelembung.
5) Membuat larutan uji. Larutan uji dibuat dengan cara mencampurkan 199 µL
working solution dan menambahkan 1 µL DNA pada masing-masing tube uji.
Menghomogenkan larutan uji menggunakan vortex selama dua detik kemudian di
inkubasi selama dua menit dalam kondisi gelap.
6) Meletakkan tube uji ke dalam Qubit fluorometer untuk memunculkan nilai
konsentrasi DNA pada Qubit dan selanjutnya dilakukan analisis.
14
Ekstraksi DNA dengan menggunakan metode Dodecyl Trimethyl Ammonium
Bromide-Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB-DTAB). Sampel otot sebanyak
0,05 gram dimasukkan ke dalam mikrotube 1,5 mL dan ditambahkan 600 μL DTAB
solution. Sampel digerus hingga halus lalu dihomogenkan selama lima detik dengan
vortex. Selanjutnya, diinkubasi pada suhu 75°C lima menit untuk melisiskan sampel
lalu didiamkan pada suhu ruang selama 5 menit. 700 μL chlorofom ditambahkan lalu
dihomogenkan 20 detik dengan vortex. Larutan diendapkan dengan metode
sentrifugasi selama lima menit 12000 rpm, cairan bening dibagian atas diambil dan
dipindahkan ke mikrotube baru. Supernatan selanjutnya diberikan 100 μL buffer
CTAB dan 500 μL ddH2O. Selanjutnya diInkubasi pada suhu 75°C lima menit dan
didiamkan selama 5 menit pada suhu ruang. Supernatan diendapkan dengan metode
sentrifugasi selama 5 menit 12000 rpm lalu supernatan dibuang dan ditambahkan
150 μL dissolve solution. Selanjutnya diinkubasi kembali pada suhu 75°C selama
lima menit lalu didiamkan pada suhu ruang selama 5 menit. Setelah dingin, larutan
diendapkan dengan metode sentrifugasi selama lima menit 12000 rpm. Sebanyak
500 μL ethanol 90% yang dingin dimasukkan ke mikrotube baru kemudian
ditambahkan dengan larutan yang mengandung sampel. Selanjutnya, diendapkan
dengan menggunakan sentrifugasi selama lima menit 12000 rpm lalu larutan ethanol
dibuang. Sebanyak 200 μL ethanol 70% yang dingin ditambahkan lalu diendapkan
dengan sentrifugasi selama lima menit 12000 rpm. Larutan ethanol dibuang lalu
dikeringkan dua jam. Setelah kering, ditambahkan 200 μL buffer TE lalu disimpan
pada suhu -20°C.
Jaringan otot yang telah di ekstraksi dengan metode CTAB-DTAB selanjutnya di
uji kuantitas DNA-nya. Kuantitas genom DNA akan dilakukan menggunakan
spektrofotometer GeneQuant 1300. Genom DNA sebanyak 2 µL ditambahkan dengan
aquabide sebanyak 1.99 µL. Kuvet dibersihkan dengan aquabides kemudian dilakukan
kalibrasi.
b) Amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode PCR-RAPD. Reaksi

PCR dilakukan pada mikrotube ukuran 0,2 mL yang terdiri dari 23 µL ddH2O, 25 µL
My Taq HS Red Mix, 1 µL primer, dan 1 µL DNA sehingga volume total PCR-RAPD
mix adalah 50 µL. Selanjutnya dihomogenkan dengan vortex dan dimasukkan ke
dalam mesin PCR. Amplifikasi PCR- RAPD di running pada kondisi: denaturasi awal
pada suhu 95⁰C selama 5 menit kemudian dilanjutkan 35 siklus denaturasi pada suhu
95⁰C selama 15 detik, annealing atau penempelan primer pada suhu 34.1⁰C selama
15
40 detik dan extention atau perpanjangan DNA pada suhu 72⁰C selama 1 menit 40
detik. Amplifikasi DNA diakhiri dengan proses perpanjangan DNA pada suhu 72⁰C
selama 1 menit dan setelah itu hasil amplifikasi pada suhu 4⁰C selama waktu ~ (tak
terhingga).
c) Elektroforesis
Elektroforesis dilakukan dengan melakukan running DNA hasil PCR-RAPD pada

gel agarose 2.5% di dalam larutan Biomic buffer. Kondisi elektoforesis adalah 55 Volt
selama 160 menit. Gel agarose 2.5% dibuat dengan cara memasukkan 1,5
gram agarose ke dalam erlenmeyer 250 mL, kemudian ditambahkan 60 mL
Biomic buffer. Agarose kemudian dilarutkan dengan cara memanaskan hingga
mendidih di atas hot plate. Selanjutnya ditambahkan red gel sebanyak 1 µL dan
diaduk hingga tercampur merata. Agarose kemudian dituang pada cetakan yang telah
dipasangi sisir (comb). Selanjutnya larutan agarose didiamkan di suhu ruang hingga
agar mengeras. Gel Agarose yang telah siap, kemudian dimasukkan ke dalam
bak elektroforesis yang sebelumnya telah diisi dengan biomic buffer. Sebanyak
3 uL DNA hasil PCR-RAPD dicampur dengan 1.7 uL loading dye kemudian
dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel agarose dan disetiap ujung sumur diisi dengan
ladder 100 bp sebagai penanda. Selanjutnya bak elektroforesis ditutup dan dilakukan
running pada kondisi 55 volt selama 160 menit.
Setelah proses elektroforesis berakhir, selanjutnya DNA divisualisasikan
dibawah sinar UV menggunakan UV Transluminator menggunakan mesin Gel Doc.
Pita-pita terang yang terlihat merupakan segmen-segmen DNA hasil amplifikasi.
D. Analisis Data
1. Analisis Data Meristik
Data meristik dianalisis secara deskriptif dan ditampilkan dalam bentuk tabel dan
gambar. Selain itu, juga dilakukan analisis abnormalitas menggunakan persamaan
berikut. (Lisnawati, 2000; Shafira, 2018). Uji abnormalitas dinyatakan dalam jumlah
presentase berikut:
Jumlahikan abnormal
Abnormalitas(%)= × 100
Jumlah ikan yang diamati
2. Kuantitas Genom DNA dan Kualitas Pita PCR-RAPD
16
Kuantitas genom DNA dan kualitas pita PCR-RAPD akan dianalisis secara
deskriptif berdasarkan kuantitas DNA dan kualitas pita hasil amplifikasi yang akan
ditampilkan dalam bentuk tabel, grafik dan foto.
3. Pola Keragaman Genetik
Profil pola pita DNA hasil amplifikasi masing-masing primer diskoring

menggunakan kode biner berdasarkan ada tidaknya pita. Jika pita ada maka skornya
1 dan jika pita tidak ada maka skornya 0. Hasil amplifikasi dengan penanda RAPD
kemudian ditabulasikan menggunakan perangkat lunak Excel dan diolah dengan
menggunakan perangkat lunak Darwin 6.5.
Pola keragaman genetik antara ikan kakap putih tipe liar, domestikasi normal
dan abnormal akan dianalisis dengan menghitung nilai heterozigositas setiap populasi
dan polimorfisme setiap lokus dengan persamaan sebagai berikut:
Nilai Polymorphic Information Content (PIC) dihitung menggunakan rumus
sebagai berikut (Guo et al., 2014) :
PIC = 2 fi (1- fi)
Keterangan = PIC (polymorphic information content)

fi = frekuensi pita
Nilai Heterozigositas merupakan salah satu parameter yang dapat digunakan

untuk mengukur tingkat keragaman genetik dalam suatu populasi. Heterozigositas
diperoleh dari hasil perhitungan frekuensi alel pada masing-masing lokus. Nilai
heterozigositas dihitung menggunakan rumus sebagai berikut (Wallace, 2013):
individu yang tidak memiliki pita 1
Heterozigositas : qi =( )
jumlah seluruh sampel yang diamati 2
pi = 1 - qi
He = 1 – pi2 – qi2
Keterangan: qi = frekuensi pita nol

pi = frekuensi pita dominan
4. Jarak Genetik
Nilai jarak genetik disajikan dalam bentuk matriks yang dianalisis menggunakan
software Dissimilarity Analysis and Representation for Windows (DARwin) 6.5.
5. Hubungan Kekerabatan
Hubungan kekerabatan ikan kakap putih dianalisis menggunakan software

Dissimilarity Analysis and Representation for Windows (DARwin) 6.5. dengan
metode Unweighted Pair-Group Methode with Arithmetic (UPGMA).
17
18
IV. HASIL
A. Morfologi Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Ikan kakap putih (L. calcarifer Bloch, 1790) memiliki ciri-ciri morfologi sebagai
berikut: bentuk tubuh memanjang dengan warna tubuh putih keperakan hingga kuning
kehijauan. Bagian ujung kepala (mulut) runcing dengan bagian atas cekung. Mulut
lebar dimana pada bagian rongga mulut terdapat lidah dan gigi-gigi halus pada rahang
atas dan rahang bawah. Bagian ujung operkulum kakap putih tidak mengeras (halus)
dan terdapat satu duri keras berukuran besar. Pada bagian ujung atas terdapat dua
sampai lima duri keras tetapi berukuran lebih kecil dibandingkan dengan duri yang
dibawahnya. Di bagian bawah pre-operkulum terdapat dua sampai tiga duri keras
berukuran besar dan dibagian atas terdapat satu sampai dua duri berukuran sedang
dan diatasnya lagi terdapat 21 - 30 duri-duri keras berukuran kecil. Di bagian atas sirip
dada di belakang operkulum terdapat 6 - 22 duri keras berukuran sedang. Posisi
maksila melewati mata dan lubang hidung berada dibawah mata. Sirip punggung
(dorsal), sirip ekor (caudal), dan sirip dubur (anal) bewarna kehitaman. Seluruh tubuh
ditutupi oleh sisik-sisik besar. Jumlah linea lateralis satu dan melintang di atas
operkulum hingga pangkal sirip ekor. Sirip punggung pertama terdiri dari VI – VIII jari-
jari keras, sirip punggung kedua terdiri dari satu jari-jari keras yang melekat ke jari-jari
lemah yang berjumlah 10 – 12 yang disatukan oleh selaput. Posisi sirip dada tidak
melewati sirip perut. Sirip dada berjari-jari lemah dan berjumlah 15 – 18 jari-jari lemah.
Sirip perut terdiri dari satu jari-jari keras dan 5 - 8 jari-jari lemah. Jari-jari anal terdiri
dari dua hingga tiga jari-jari keras dan 4 – 9 jari-jari lemah. Sirip ekor berbentuk bulat
dengan jari-jari lemah berjumlah 16 – 18.
(a) (b)
Gambar 6. (a) Ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) (Irmawati et al., 2019), (b)
gambar ikan kakap putih hasil x-ray (Irmawati et al., 2020)
19
B. Keragaman Morfologi dan Organ Dalam Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790)
Keragaman morfologi organ berpasangan ikan kakap putih tipe liar dan
domestikasi disajikan pada Tabel 3. Pada ikan kakap putih tipe liar teramati lima tipe
sirip punggung yaitu: D.VI-I.12, D.VII-I.11, D.VII.I.12, D.VIII-I.11, D.VIII-I.12 sedangkan
pada ikan domestikasi teramati enam tipe sirip punggung yaitu: D.VI-1.11, D.VI-1.12,
D.VII-1.10, D.VII-1.11, D.VII-I.12, D.VII-I.11. Pada sirip anal ikan kakap putih tipe liar
teramati satu tipe sirip anal yaitu: A.III.3 sedangkan pada ikan domestikasi teramati
enam tipe sirip anal yaitu: A.II.4, A.II.7, A.III.4, A.III.7, A.III.8, A.III.9. Pada sirip ekor
ikan kakap putih tipe liar teramati 3 tipe sirip ekor yaitu: C.16, C.17, C.18 sedangkan
ikan domestikasi teramati dua tipe sirip ekor yaitu: C.16 dan C.17. Pada pyloric caeca
ikan kakap putih tipe liar dan ikan domestikasi teramati satu tipe pyloric caeca yaitu
bercabang 5.
Tabel 3. Keragaman morfologi dan organ dalam ikan kakap putih tipe liar dan domestikasi
Ikan Kakap Putih

Karakter
Tipe Liar n Domestikasi n
Sirip punggung D.VI-I.12 1 D.VI-I.11 1
D.VII-I.11 3 D.VI-I.12 1
D.VII-I.12 1 D.VII-I.10 1
D.VIII-I.11 2 D.VII-I.11 5
D.VIII-I.12 1 D.VII-I.12 11
D.VIII-I.11 1
Total 8 20
Sirip anal A.III.3 8 A.II.4 1
A.II.7 2
A.III.4 1
A.III.7 4
A.III.8 8
A.III.9 4
Total 8 20
Sirip ekor C.16 1 C.16 13
C.17 1 C.17 7
C.18 6
Total 8 20
Pyloric caeca 5 8 5 20
Total 8 20
C. Keragaman Organ Berpasangan Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch,

1790)
Keragaman morfologi organ berpasangan ikan kakap putih tipe liar dan
domestikasi disajikan pada Tabel 4. Pada ikan kakap putih tipe liar teramati lima tipe
sirip dada yaitu: P.15 (ki & ka), P.15 (ki) & P.17 (ka), P.16 (ki) & P.15 (ka), P.16 (ki &
ka), P.17 (ki) & 15 (ka) sedangkan ikan domestikasi teramati delapan tipe sirip dada
20
yaitu: P.15 (ki & ka), P.15 (ki) & P.16 (ka), P.16 (ki & ka), P.16 (ki) & P.17 (ka), P.16
(ki) & P.18 (ka), P.17 (ki) & P.16 (ka), P.17 (ki & ka), P.18 (ki) & P.17 (ka). Pada sirip
perut ikan kakap putih tipe liar teramati 4 tipe sirip perut yaitu: V.I.5 (ki & ka), V.I.5 (ki)
& V.I.6 (ka), V.I.5 (ki) & V.I.8 (ka), V.I.6 (ki & ka) sedangkan ikan kakap putih
domestikasi teramati satu tipe sirip perut yaitu: V.I.5 (ki & ka). Pada tapis insang ikan
kakap putih tipe liar dan domestikasi teramati satu tipe tapis insang yaitu: 4 (ki & ka).
Pada jumlah sisik antara linea lateralis dengan jari-jari ketiga sirip dorsal ikan kakap
putih tipe liar dan domestikasi teramati dua tipe yaitu: 4 (ki & ka) dan 5 (ki & ka).
Jumlah duri berukuran besar di operkulum ikan kakap putih tipe liar teramati satu tipe
yaitu: 1 (ki & ka) sedangkan ikan domestikasi teramati lima tipe yaitu: 0 (ki) & 0 (ka), 0
(ki) & 1 (ka), 0 (ki) & 2 (ka), 1 (ki & ka), 1 (ki) & 3 (ka). Jumlah duri kecil di operkulum
ikan kakap putih tipe liar teramati empat tipe yaitu: 2 (ki & ka), 3 (ki & ka), 4 (ki & ka), 5
(ki % ka) sedangkan ikan dometikasi teramati 12 tipe yaitu: 2 (ki) & 4 (ka), 3 (ki) & 1
(ka), 3 (ki) & 2 (ka), 3 (ki & ka), 3 (ki) & 4 (ka), 4 (ki) & 2 (ka), 4 (ki) & 3 (ka), 4 (ki & ka),
5 (ki) & 4 (ka), 5 (ki) & 6 (ka), 6 (ki) & 3 (ka), 6 (ki & ka). Jumlah duri besar dibawah
pre-operkulum ikan kakap putih tipe liar teramati dan domestikasi dua tipe yaitu: 2 (ki
& ka) dan 3 (ki & ka). Jumlah duri besar diatas pre-operkulum ikan kakap putih tipe liar
teramati dua tipe yaitu: 1 (ki & ka), 2 (ki & ka) sedangkan ikan domestikasi teramati
tiga tipe yaitu: 1 (ki & ka), 2 (ki) & 1 (ka), 2 (ki & ka).
21
Tabel 4. Keragaman organ berpasangan ikan kakap putih tipe liar dan domestikasi
Karakter Tipe Liar Domestikasi

n Kiri Kanan n Kiri Kanan
1 15 15 2 15 15
1 15 17 1 15 16
4 16 15 7 16 16
1 16 16 2 16 17
Sirip dada
1 17 15 3 16 18
1 17 16
3 17 17
1 18 17
Total 8 20
Sirip perut 5 I.5 I.5 20 I.5 I.5
1 I.5 I.6
1 I.5 I.8
1 I.6 I.6
Total 8 20
Tapis insang 8 4 4 20 4 4
Total 8 8 20
Jumlah sisik antara linea 2 4 4 1 4 4
lateralis dengan jari
ketiga sirip dorsal 6 5 5 19 5 5
Total 8 20
8 1 1 2 0 (cacat) 0 (cacat)
Duri berukuran besar di 1 0 (cacat) 1
operkulum 1 0 (cacat) 2
15 1 1
1 1 3
Total 8 20
1 2 2 1 2 4
2 3 3 1 3 1
4 4 4 1 3 2
1 5 5 2 3 3
1 3 4
Duri berukuran kecil di 2 4 2
operkulum 3 4 3
4 4 4
1 5 4
2 5 6
1 6 3
1 6 6
Total 8 20
Duri besar dibawah 2 2 2 1 2 3
pre-operkulum 6 3 3 19 3 3
Total 8 20
7 1 1 17 1 1
Duri besar diatas
pre-operkulum 1 2 2 1 2 1
2 2 2
Total 8 20
D. Abnormalitas Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Berdasarkan analisis morfologi ikan kakap putih tipe liar dan ikan kakap putih
hasil domestikasi, ditemukan abnormalitas pada beberapa organ ikan kakap putih
22
hasil domestikasi. Abnormalitas tersebut teramati pada organ sirip punggung, sirip
dada, sirip perut, sirip anal, dan operkulum yang disajikan pada Tabel 5. Karakter ikan
kakap putih normal memiliki ciri-ciri yaitu: sirip punggung pertama terdiri dari tujuh jari-
jari keras, sirip perut kiri dan kanan terpisah (tidak disatukan oleh selaput), sirip anal
terdiri dari tiga jari-jari keras, permukaan operkulum halus dan terdiri dari satu duri
besar serta beberapa duri kecil.
Tabel 5. Abnormalitas pada ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan
domestikasi
Karakter Tipe Liar Domestikasi

Sirip punggung 4 3
Sirip dada - -
Sirip perut - 5
Sirip anal - 3
Operkulum - 5
D.1 Abnormalitas pada Organ Sirip Punggung
Hasil pengamatan menunjukkan bahwa pada ikan tipe liar terdapat 14% yang
anormal dan pada hasil domestikasi teramati 11% yang abnormal. Abnormalitas pada
ikan tipe liar dan domestikasi berupa jari-jari keras pertama sebanyak enam dan
delapan (Gambar 7).
(a) (b)
Gambar 7. (a) Karakter jari-jari sirip dorsal ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) yang
normal (Irmawati, Alimuddin and Tasakka, 2019), (b) Karakter jari-jari sirip dorsal
ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) yang abnormal
D.2 Abnormalitas pada Organ Sirip Perut
Hasil pengamatan menunjukkan bahwa terdapat lima ekor atau 18% sampel
ikan domestikasi yang kedua sirip perutnya belum terpisah secara sempurna (masih
disatukan oleh selaput) (Gambar 8).
23
Gambar 8. Abnormalitas sirip perut ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
D.3 Abnormalitas pada Organ Sirip Anal
Hasil pengamatan menunjukkan bahwa terdapat 10% dari 20 sampel ikan kakap
putih domestikasi yang jari-jari keras sirip analnya berjumlah dua (Gambar 9).
Gambar 9. Abnormalitas sirip dubur ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
D.4 Abnormalitas pada Organ Operkulum
Hasil pengamatan menunjukkan bahwa terdapat 14% atau empat ekor ikan
sampel domestikasi yang mengalami cacat pada organ operkulum (Gambar 10).
(a) (b)
24
Gambar 10. (A) Karakter operkulum ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) yang
normal, (B) Karakter operkulum ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
yang abnormal
E. Kuantitas dan Kualitas DNA Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Hasil kuantifikasi DNA genom ikan kakap putih yang diekstraksi menggunakan
metode kit disajikan pada Tabel 6. Konsentrasi DNA genom ikan kakap putih tipe liar
berkisar 5.9 – 66.6 ng/mL sedangkan konsentrasi DNA genom ikan kakap putih hasil
domestikasi berkisar <2.00 – 7.66 ng/mL.
Tabel 6. Hasil uji kuantitas DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan
hasil domestikasi yang diisolasi dengan menggunakan Kit dan dihitung menggunakan
Kit Qubit dsDNA BR (Board Range) Assay (Invitrogen, USA)
Konsentrasi genom DNA (ng/mL)

Kode Sampel
1 2 3
TK1 4.84 4.7 4.66
TK2 66.6 68.4 67.4
TK3 9.14 9.74 9.42
TK4 12.9 13.2 12.6
TK5 15.6 14.8 14.3
TK6 9.72 9.9 9.96
TK7 5.9 5.84 5.98
TK8 8.78 9.24 9.48
GI.11 2.14 2.04 <2.00
GI.13 <2.00 <2.00 <2.00
GI.15 7.66 7.54 7.42
GI.16 6.42 6.42 6.3
GI.19 3.46 3.3 3.52
GI.20 4.88 4.84 4.7
Keterangan: TW = Tipe Liar, KJA = Domestikasi
Hasil kuantifikasi DNA genom ikan kakap putih yang diisolasi menggunakan
metode CTAB-DTAB disajikan pada Tabel 7. Konsentrasi DNA genom ikan kakap
putih tipe liar berkisar 9.00 – 78.00 ng/mL dengan A260/A280 berkisar 0 - 1.550 dan
A260/A280 berkisar 0 – 0.867 sedangkan putih hasil domestikasi berkisar 8.00 –
82.50 ng/mL dengan A260/A280 berkisar antara 0,571 – 9,333 dan A260/A230
berkisar antara 0.062 - 0.867
Tabel 7. Hasil uji kuantitas DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan
hasil domestikasi yang di isolasi dengan menggunakan metode CTAB-DTAB dan
diukur menggunakan prosedur GeneQuant 1300.
25
Konsentrasi Tingkat Kemurnian
Kode Sampel
(ng/µL) A260/A280 A260/A230
TK1 52.50 1.105 0.530
TK2 33.00 1.320 0.559
TK3 11.00 1.100 0.579
TK4 19.00 1.053 0.867
TK5 31.50 1 0.829
TK6 9.00
TK7 78.00 1.040 0.736
TK8 15.50 1.550 0.279
GI.11 8.00 0.571 0.062
GI.13 43.50 1.526 0.551
GI.15 14.00 9.333 0.315
GI.16 15.50 1.550 0.316
GI.19 23.00 1.043 0.839
GI.20 82.50 1.320 0.559
Keterangan : TK = Takalar, GI = Domestikasi
Gambar 11. Boxplot konsentrasi genom DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
hasil isolasi dengan metode CTAB-DTAB dan Kit
Uji kualitatif terhadap DNA ikan kakap putih tipe liar dan hasil domestikasi
dilakukan dengan elektroforesis gel agarose 0.8%. Uji ini dilakukan untuk mengetahui
kualitas DNA yang diperoleh. Kualitas DNA hasil ekstraksi ikan kakap putih tipe liar
dan domestikai dapat dilihat pada Gambar 13.
26
Gambar 12. Hasil uji kualitas DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan
hasil domestikasi yang telah diekstraksi dengan metode CTAB-DTAB.
F. Profil DNA
Hasil amplifikasi menggunakan primer tersebut menunjukan pola pita yang

polimorfik (Gambar 16, 17, 18).
Gambar 13. Pita DNA hasil amplifikasi ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
menggunakan primer OPC-08. Keterangan: TK = sampel ikan kakap putih tipe
liar, GI = sampel ikan kakap putih hasil domestikasi, = alel unik.
27
Gambar 14. Pita DNA hasil amplifikasi ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
menggunakan primer OPC-13. Keterangan: TK = sampel ikan kakap putih tipe
liar, GI = sampel ikan kakap putih hasil domestikasi.
Gambar 15. Pita hasil amplifikasi ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) menggunakan
primer OPC-19. Keterangan: TK = sampel ikan kakap putih tipe liar, GI = sampel
ikan kakap putih hasil domestikasi, = alel unik.
Ketiga primer tersebut menghasilkan pita polimorfik dengan jumlah alel yang
polimorfik berkisar 3 – 10 (Tabel 8). Jumlah alel yang teramplifikasi pada ikan kakap
putih tipe liar dan domestikasi berkisar 8 – 10 dengan kisaran ukuran alel 275 - 2910
bp. Berdasarkan presentase alel polimorfik, menunjukkan primer OPC-19 mempunyai
presentase polimorfisme tertinggi sebesar 38.46%, kemudian primer OPC-13 sebesar
26.92%, dan presentase terendah pada primer OPC-08 sebesar 11.54% (Tabel 9).
28
Tabel 8. Jenis dan sekuen primer oligonukleotida yang menghasilkan pita polimorfik pada
analisis keragaman genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Urutan Sekuen Suhu Jumlah Pita

No. Nama Primer
Nukleotida (⁰C) Polimorfik
1 OPC-08 5’-TGG-ACC-GTT-G-3’ 34.1⁰C 3
2 OPC-13 5’-AGG-CCT-CGT-C-3’ 29.6⁰C 7
3 OPC-19 5’-GTT-GCC-AGC-C-3’ 34.1⁰C 10
Tabel 9. Jumlah alel yang teramplifikasi, alel polimorfik, alel unik, kisaran ukuran alel dan
presentase polimorfisme dari setiap primer pada 14 individu ikan kakap putih (Lates
calcarifer Bloch, 1790) yang berasal dari populasi liar dan domestikasi
Jumlah Alel Yang Jumlah Alel Kisaran Ukuran Polymorfisme

Primer Jumlah Alel Unik
Teramplifikasi Polimorfik Alel (bp) Primer (%)
OPC-08 8 3 1 275 - 2250 bp 11.54

OPC-13 8 7 0 1000 - 2910 bp 26.92
OPC-19 10 10 1 600 - 2625 bp 38.46
Total 26 20 2
G. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Parameter keragaman genetik berupa nilai Polymorphic Information Content

(PIC) dan nilai heterozigositas disajikan pada Tabel 12. Nilai PIC menunjukkan
presentase perbedaan genotipe induk dengan keturunannya. Nilai PIC tertinggi dari
ketiga primer didapatkan oleh primer OPC-19 dengan nilai 0.43 pada populasi liar dan
0.50 pada populasi domestikasi sedangkan Nilai PIC terendah didapatkan oleh primer
OPC-08 dengan nilai 0.39 pada populasi liar dan 0.35 pada populasi domestikasi. Nilai
heterozigositas menunjukkan tingkat variasi genetik antar individu-individu di dalam
populasinya. Nilai heterozigositas ikan kakap putih tipe liar berkisar 0.23 – 0.26,
sedangkan nilai heterozigositas ikan kakap putih domestikasi berkisar 0.20 – 0.38.
Tabel 10. Presentase polimorfisme dan nilai heterozigositas ikan kakap putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790) tipe liar dan hasil domestikasi
Populasi Jumlah Alel PIC Heterozigositas (He)
Tipe Liar
a. OPC - 08 7 0.39 0.23
b. OPC - 13 8 0.43 0.26
c. OPC - 19 9 0.43 0.26
Domestikasi
a. OPC - 08 8 0.35 0.20
b. OPC - 13 8 0.41 0.25
c. OPC - 19 10 0.50 0.38
29
H. Jarak Genetik dan Hubungan Kekerabatan Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790)
Jarak genetik antara individu-individu ikan kakap putih tipe liar dan domestiaksi
disajikan serta jarak genetik antara individu-individu di dalam populasinya disajikan
pada Tabel 13. Jarak genetik antar individu di dalam populasi ikan kakap putih tipe liar
berkisar 0.143 – 0.390 sedangkan jarak genetik antar individu di dalam populai ikan
kakap putih domestikasi berkisar 0.216 – 0.720. Jarak genetik antara populasi ikan
kakap putih tipe liar dengan ikan kakap putih domestikasi berkisar 0.105 – 0.691.
Tabel 11. Jarak genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar dan domestikasi
Units TK.1 TK.2 TK.3 TK.4 TK.5 TK.6 TK.7 TK.8 GI.11 GI.13 GI.15 GI.16 GI.19 GI.20
TK.1 0.000
TK.2 0.390 0.000
TK.3 0.354 0.283 0.000
TK.4 0.324 0.334 0.298 0.000
TK.5 0.348 0.238 0.241 0.292 0.000
TK.6 0.366 0.256 0.259 0.310 0.143 0.000
TK.7 0.334 0.225 0.228 0.279 0.158 0.176 0.000
TK.8 0.300 0.290 0.254 0.244 0.248 0.266 0.235 0.000
GI.11 0.471 0.691 0.655 0.626 0.649 0.667 0.636 0.601 0.000
GI.13 0.293 0.303 0.267 0.111 0.261 0.279 0.248 0.213 0.595 0.000
GI.15 0.312 0.241 0.105 0.256 0.199 0.216 0.185 0.212 0.613 0.225 0.000
GI.16 0.345 0.355 0.319 0.241 0.313 0.331 0.300 0.265 0.646 0.210 0.277 0.000
GI.19 0.419 0.428 0.392 0.315 0.386 0.404 0.373 0.338 0.720 0.284 0.350 0.273 0.000
GI.20 0.304 0.294 0.258 0.248 0.252 0.270 0.239 0.158 0.605 0.217 0.216 0.269 0.342 0.000
Keterangan : kisaran jarak populasi ikan kakap putih tipe liar

kisaran jarak populasi ikan kakap putih domestikasi
kisaran jarak populasi ikan kakap putih tipe liar dan domestikasi
Dendogram yang dibentuk berdasarkan evolutionary dissimilarity disajikan pada

Gambar 15. Pada tingkat ketidakmiripan 5% atau tingkat kemiripan 95% ikan kakap
putih tipe liar dan domestikasi terbagi atas lima klaster. Klaster 1 terdiri dari empat
individu ikan kakap putih tipe liar. Pada klaster 2, 4, dan 5 ikan kakap putih tipe liar
mengelompok dengan ikan kakap putih domestikasi. Sedangkan klaster 3 terdiri dari
dua individu domestikasi. Selain itu, terdapat dua individu yaitu GI.20 yang merupakan
individu hasil domestikasi dan TK.8 yang merupakan individu tipe liar yang memiliki
alel unik sehingga tidak memisah dari individu-individu lainnya.
30
Gambar 16. Dendogram jarak genetik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) tipe liar
dari Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar dan domestikasi yang dibesarkan di
Keramba Jaring Apung (KJA) Kabupaten Barru
Gambar 17. Pohon filogenik ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) populasi liar dari
Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar dan domestikasi yang dibesarkan di
Keramba Jaring Apung (KJA) Kabupaten Barru
31
V. PEMBAHASAN
A. Keragaman Meristik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Berdasarkan pengamatan keragaman meristik ikan kakap putih yang disajikan

pada Tabel 3 dan 4. Karakter meristik sirip punggung pada ikan kakap putih tipe liar
dan domestikasi masing-masing bertipe D.VI-VIII.I.11-12 dan D.VI-VIII.I.10-12, hal
tersebut serupa dengan karakter meristik ikan kakap putih yang ditangkap di Perairan
Selat Makassar dan Teluk Bone yaitu terdiri VI-VIII sirip punggung pertama dan I-II
pada sirip punggung kedua dengan 10-12 jari-jari lemah (D.VI-VIII.I-II.10-12)
(Irmawati et al. 2020).
Karakter sirip anal, sirip perut, sirip dada dan sirip ekor ikan kakap putih tipe liar
dan hasil domestikasi memiliki jumlah yang sedikit berbeda dengan ikan kakap putih
dalam penelitian Irmawati et al. (2020). Pada Ikan kakap putih tipe liar dan domestikasi
masing-masing ditemukan karakter meristik berupa sirip anal dengan tipe (A.II-III.4-9),
sirip perut (V.I.5-8), sirip dada (P.15-17) tipe liar dan (P.15-18) domestikasi, sirip ekor
(C.16-18). Sedangkan karakter meristik ikan kakap putih di Perairan Selat Makassar
dan Teluk Bone yaitu sirip anal terdiri dari tiga jari-jari keras dan 7-10 jari-jari lemah
(A.III.7-10), sirip perut terdiri dari satu jari-jari keras dan 4-8 jari-jari lemah (V.I.4-8),
sirip dada berjumlah 13-21 (P.13-21), dan jari-jari sirip ekor sebanyak 16-20 (C.16-20)
(Irmawati et al. 2020). Menurut penelitian Khang et al. (2018) menunjukkan bahwa
interaksi antara genotipe dengan lingkungan sangat menentukan ciri-ciri morfologi
pada ikan kakap putih.
B. Abnormalitas Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Abnormalitas ikan kakap putih tipe liar yang teramati adalah pada bagian sirip
punggung, sedangkan abnormalitas ikan kakap putih
Abnormalitas/kelainan tubuh pada ikan terjadi akibat adanya faktor internal yaitu
genetik dan faktor eksternal yaitu kondisi lingkungan perairan. Ikan hasil produksi
hatchery mempunyai kelainan tubuh (abnormalitas) lebih besar dibandingkan ikan
yang berasal dari alam. Faktor yang menyebabkan cacat dari hatchery yaitu kondisi
pemeliharaan larva yang tidak dapat ditoleransi oleh larva, serangan predator,
serangan penyakit, kekurangan vitamin C dan vitamin D (Ismi, 2020).
Kelainan tubuh atau abnormalitas yang ditemukan pada ikan kakap putih
beragam, yaitu abnormalitas operkulum, abnormalitas sirip punggung, abnormalitas
sirip perut, dan abnormalitas sirip anal (Tabel 7). Abnormalitas operkulum pada ikan
kakap putih mencapai 18% dari total keseluruhan sampel yang diamati. Ikan kakap
32
putih yang mengalami cacat insang memiliki ciri-ciri, yaitu sedikit lipatan kedalam pre-
operkulum dan jaringan lunak sub-operkulum, serta lapisan operkulum rusak. Menurut
Fraser & Nys (2011), penyebab terjadinya cacat pada ikan kakap putih disebabkan
karena benih ikan kakap putih kekurangan vitamin C dan D, juga dapat disebabkan
oleh serangan penyakit pada saat pemeliharaan benih. Abnormalitas pada tulang juga
dapat disebabkan oleh kelebihan vitamin A (Takeuchi et al., 1995; Dedi et al., 1997).
Abnormalitas sirip perut, sirip dorsal, dan sirip anal pada ikan kakap putih
berkisar 10% – 18% dari total sampel yang diamati. Karakter meristik pada ikan laut
ditentukan oleh proses metabolisme yang dibatasi oleh faktor genetik. Kondisi suhu
mengendalikan proses metabolisme pada larva ikan. Suhu yang optimum
menghasilkan jumlah sirip punggung dan sirip dada terbanyak (Gil Martens et al.,
2006). Kondisi suhu dan salinitas suatu perairan diduga menjadi penyebab
peningkatan abnormalitas pada pertumbuhan ikan kakap putih. Suhu dan salinitas
diluar batas toleran mengakibatkan kerusakan sistem saraf pada lapisan epidermis
kulit dan bagian organ sensorik yang menghambat pembentukan jaringan serta
terhentinya penyempurnaan organ tubuh sehingga tubuh mengalami abnormalitas
(Prakoso and Kurniawan, 2015). Selain itu, dalam kegiatan domestikasi ikan
berpeluang mengalami abnomalitas apabila didalam populasi tersebut terjadi
penurunan variasi genetik akibat inbreeding (Mulyasari et al., 2010).
C. Kuantitas dan Kualitas Genom DNA Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790)
Hasil pengukuran konsentrasi genom DNA yang diekstraksi menggunakan kit

dan dihitung menggunakan Kit Qubit dsDNA BR (Board Range) Assay (Invitrogen,
USA) disajikan pada Tabel 6, konsentrasi DNA tertinggi terdapat pada ikan kakap
putih tipe liar (kode sampel TK.5) yaitu sebesar 15.6 ng/mL, sedangkan konsentrasi
DNA terendah terdapat pada ikan kakap putih hasil domestikasi (kode sampel GI.11)
yaitu sebesar 2.04 ng/mL. Terdapat pula beberapa sampel yang memiliki konsentrasi
DNA rendah (low/too low) atau nilai konsentrasi DNA <2.0 ng/mL, tetapi masih dapat
di amplifikasi. Konsentrasi DNA memiliki rentang nilai bervariasi, semakin tinggi
konsentrasinya maka semakin baik kualitas sampel DNA. Konsentrasi DNA dapat
dipengaruhi oleh kondisi daging dan tingkat kehalusannya (Fatchiyah, 2011; Fitriya et
al., 2015). Perbedaan konsentrasi DNA yang diperoleh pada masing-masing sampel
dapat dipengaruhi oleh perlakuan fisik yang diberikan dan kemampuan buffer ekstraksi
dalam memecah sel. Dalam analisis molekuler menggunakan teknik RAPD, tingkat
33
kemurnian DNA yang dibutuhkan tidak terlalu tinggi karena teknik ini toleran terhadap
tingkat kemurnian (Prana et al., 2003; Olivia, 2012).
Berdasarkan pengukuran konsentrasi isolasi DNA genom ikan kakap putih yang
di isolasi menggunakan metode CTAB-DTAB dan diukur menggunakan GeneQuant
1300 disajikan pada Tabel 7. Konsentrasi DNA tertinggi terdapat pada ikan kakap
putih tipe liar (sampel TK7) yaitu sebesar 78.0 ng/mL dengan tingkat kemurnian
A260/A280 dan A260/A230 sebesar 1.040 dan 0.736, sedangkan konsentrasi DNA
terendah terdapat pada ikan kakap putih hasil domestikasi (sampel GI.11) yaitu
sebesar 8.0 ng/mL dengan tingkat kemurnian A260/A280 dan A260/A230 berturut-
turut sebesar -0.571 dan 0.062. DNA yang dihasilkan dari tahap ekstraksi
menggunakan metode CTAB-DTAB masih belum terlalu bagus karena masih memiliki
rasio A260/A230 yang rendah (<1.7). Rasio A260/A230 yang rendah menunjukkan
tingginya kontaminasi komponen-komponen polisakarida. Tingginya komponen
polisakarida yang dihasilkan setelah proses lisis menyebabkan isolate DNA yang
terbentuk menjadi kental sehingga menyebabkan kualitas DNA kurang bagus (Ritonga
et al., 2014). Hasil uji kuantitas genom DNA menunjukkan bahwa metode isolasi
CTAB-DTAB lebih efektif berdasarkan nilai konsentrasinya (8.0 - 78.0 ng/mL)
dibandingkan dengan nilai konsentrasi genom DNA yang di isolasi dengan metode kit
(2.04 – 15.6 ng/mL).
Hasil uji kualitas pada gambar 11 menunjukkan pita DNA yang muncul pada
sampel TK4 dan TK6 (ikan kakap putih hasil domestikasi) serta sampel GI.11, GI.16,
GI.19 (ikan kakap putih tipe liar) memiliki pita yang tipis dan kurang terang.
Konsentrasi DNA yang terlalu rendah akan menghasilkan pita yang sangat tipis atau
bahkan tak terlihat secara visual, demikian sebaliknya konsentrasi DNA yang terlalu
tinggi akan menghasilkan pita yang tebal sehingga sulit membedakan antara pita satu
dengan pita lainnya (Nurhaemi-Haris et al., 2003).
D. Profil RAPD
Profil RAPD setiap populasi ikan kakap putih menunjukkan keragaman yang
berbeda berdasarkan panjang dan ukuran fragmen DNA yang teramplifikai pada
primer OPC-08, OPC-19, dan OPC-13. Perbedaan tingkat keragaman suatu populasi
menggambarkan keunikan komposisi alel penyusun genom. Jumlah alel yang
teramplifikasi pada ketiga primer berkisar 8 – 10. Masing-masing varietas, spesies,
dan populasi menghasilkan jumlah genotip yang berbeda (Lante et al., 2011).
Sedangkan jumlah alel yang polimorfik berkisar 3 – 10. Perbedaan pola pita yang
polimorfik disebabkan karena setiap primer memiliki situs penempelan yang berbeda
34
dan akan memberikan gambaran mengenai tingkat keragaman genetik suatu populasi
(Gusmiaty et al., 2016). Menurut Azizah (2009), jumlah pita hasil amplifikasi yang
polimorfik berbeda-beda. Semakin banyak alel polimorfik yang dihasilkan maka akan
semakin mudah untuk mengamati adanya variasi. Banyaknya alel yang polimorfik
dapat dijadikan sebagai penanda yang baik untuk sifat tertentu.
Ukuran pita pada populasi ikan kakap putih tipe liar dengan populasi ikan kakap
putih hasil domestikasi memiliki nilai yang sama, yaitu berkisar 275 – 2910 bp.
Presentase polimorfisme tertinggi pada primer OPC-19 sebesar 110%, sedangkan
presentase polimorfisme terendah pada primer OPC-08 sebesar 50%. Presentase
polimorfisme ditentukan oleh jumlah pita DNA yang teramplifikasi. Perbedaan
polimorfisme fragmen DNA yang dihasilkan tergantung pada situs penempelan primer
dan dapat digunakan untuk memberikan gambaran mengenai tingkat keragaman
genetik suatu populasi (Gustiano et al., 2013).
E. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Keragaman genetik dapat dilihat berdasarkan nilai Polymorphic Information

Content (PIC) dan nilai heterozigositas yang disajikan pada Tabel 10. Nilai PIC
menunjukkan tingkat informatif suatu lokus dalam menganalisis perbedaan genetik
antara induk dengan keturunannya. Berdasarkan nilai PIC pada Tabel 10, menunjukan
bahwa primer OPC-19 merupakan lokus yang paling informatif dibandingkan dua
primer lainnya, yaitu OPC-08 dan OPC-13. Nilai PIC populasi liar sebesar 0.43 dan
populasi domestikasi sebesar 0.50. Hal tersebut berarti bahwa pada populasi liar
sebesar 43% variasi alel yang terdapat pada induk tidak dapat diwariskan kepada
keturunannya dan pada populasi domestikasi 50%. Nilai PIC yang mendekati 0.5
merupakan nilai yang sangat efektif dalam membedakan antar individu (Guo et al.,
2014). Nilai PIC yang tinggi menunjukkan keberhasilan suatu primer dalam
menganalisis keragaman genetik (Probojati, Wahyudi and Hapsari, 2019).
Nilai heterozigositas ikan kakap putih tipe liar berkisar 0.23 – 0.26, sedangkan
nilai heterozigositas ikan kakap putih domestikasi berkisar 0.20 - 0.38. Nilai
heterozigositas menurut kaidah Nei (1987), nilai heterozigositas berkisar 0 (nol)
menunjukkan bahwa antara populasi yang diukur memiliki hubungan genetik yang
sangat dekat, dan nilai heterozigositas berkisar 1 (satu) menunjukkan diantara
populasi yang diukur tidak terdapat hubungan genetik sama sekali (Mulliadi and Arifin,
2010). Nilai heterozigositas pada Tabel 10 mendekati 0, sehingga nilai heterozigositas
ikan kakap putih tipe liar dan domestikasi tergolong rendah. Rendahnya nilai
heterozigositas diduga karena ikan domestikasi yang di besarkan di KJA Kabupaten
35
Barru tersebut berasal dari dua populasi yaitu Takalar dan Gondol, hal tersebut
mengindikasikan ikan kakap putih tipe liar dan ikan domestikasi benih Takalar berasal
dari tetua yang sama.
Heterozigositas menunjukkan potensi kemampuan adaptasi organisme terhadap
lingkungan. Semakin tinggi nilai heterozigositas suatu populasi maka semakin banyak
gen yang terlibat dalam menyumbangkan tingkat kebugaran suatu populasi (Kusmini
et al., 2016). Nilai heterozigositas menjadi pengukur dalam menentukan tingkat variasi
genetik. Rendahnya nilai heterozigositas antara populasi liar dan domestikasi
menunjukkan variasi genetik yang rendah. Variasi genetik yang rendah kemungkinan
disebabkan oleh adanya perkawinan acak yang sangat sedikit, sehingga terjadi
pembatasan pertukaran gen dari beberapa pasangan yang melakukan perkawinan
(Wigati, Sutarno and Haryanti, 2003).
F. Jarak Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
Nilai jarak genetik memberikan gambaran mengenai bentuk kekerabatan antar

maupun inter populasi. Jarak genetik merupakan ukuran perbedaan genetik antar
populasi yang dihitung berdasarkan frekuensi alel (Nei, 1987; Lante et al., 2011).
Jarak genetik antar populasi ikan kakap putih tipe liar dengan ikan kakap putih
domestikasi berkisar 0.105 – 0.691. Jarak genetik antar individu di dalam populasi ikan
kakap putih tipe liar berkisar 0.143 – 0.390. sedangkan jarak genetik antar individu
dalam populasi ikan kakap putih domestikasi berkisar 0.216 – 0.720. Nilai jarak
genetik antar individu didalam populasi ikan kakap putih tipe liar lebih rendah (nilai
rata-rata 0.267) dibandingkan dengan populasi ikan kakap putih domestikasi (nilai
rata-rata 0.468). Tingginya nilai jarak genetik dalam populasi domestikasi disebabkan
karena benih yang dibesarkan di KJA Kabupaten Barru berumber dari dua populasi
yaitu, populasi Takalar dan populasi Gondol sehingga mengindikasikan bahwa
beberapa individu populasi domestikasi dan populasi liar berasal dari induk yang
sama. Nilai tersebut lebih tinggi dibandingkan hasil penelitian Koh et al., (1999) yang
menunjukkan bahwa ikan discus yang ditangkap di alam memiliki jarak genetik lebih
rendah (0.033) dibandingkan dengan ikan discus domestikasi (0.105). Hal tersebut
terjadi diduga karena adanya inbreeding pada ikan discus yang ditangkap di alam.
Rendahnya jarak genetik disebabkan karena terjadinya aliran gen antar populasi.
Sehingga semakin kecil jarak genetik antar individu dalam suatu populasi, maka
semakin seragam suatu populasi (Lante et al., 2011)
Menurut Finkeldey (2016), nilai minimum dari jarak genetik adalah 0 dan
diperoleh jika struktur genetik dari dua populai identik. Nilai maksimum dari jarak
36
genetik adalah 1 diperoleh jika dua populasi tidak membagi apapun tipe genetiknya
(alel satu genotip).
G. Hubungan Kekerabatan (Filogenetik) Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer

Bloch, 1790)
Filogenetika merupakan salah satu merupakan salah satu metode yang paling
sering digunakan dalam sistematika untuk memahami keanekaragaman makhluk
hidup melalui rekonstruksi hubungan kekerabatan (phylogenetic relationship). Dalam
filogenetika, sebuah kelompok organisme yang anggota-anggotanya memiliki banyak
kesamaan karakter atau ciri dianggap memiliki hubungan yang sangat dekat dan
diperkirakan diturunkan dari satu nenek moyang, nenek moyang dan semua
turunannya akan membentuk sebuah kelompok monofiletik (Gambar 15). Oleh karena
itu, anggota-anggota di dalam kelompok monofiletik ini diasumsikan membawa sifat
atau pola genetik dan biokimia yang sama (Hidayat and Pancoro, 2008).
Hubungan filogenetik dijelaskan melalui cabang-cabang yang mewakili
hubungan evolusi seluruh anggota populasi berdasarkan kesamaan karakter. Pada
tingkat ketidakmiripan 5% atau tingkat kemiripan 95% ditemukan lima kelompok atau
klaster. Klaster satu menunjukkan bahwa ikan kakap putih tipe liar mengelompok
secara monophyletic. Populasi ikan yang menunjukkan pola monophyletic artinya
seluruh individu dan keturunan populasi tersebut berasal dari leluhur dan tetua yang
sama. Klaster tiga menunjukkan dua individu domestikasi dari KJA Kabupaten Barru
tidak memiliki kemiripan dengan individu lainnya, diduga karena merupakan benih ikan
kakap putih dari populasi Gondol. Sedangkan pada klaster dua, empat, dan lima
menunjukkan ikan kakap putih tipe liar bercampur dengan ikan domestikasi, hal
tersebut mengindikasikan kedua populasi tersebut memiliki kemiripan dan berasal dari
satu keturunan. Selain itu, terdapat individu yang memisah dan membentuk klaster
sendiri yaitu sampel TK.8 dan GI.20 dikarenakan memiliki alel unik.
Kajian filogenetik bertujuan untuk menunjukkan hubungan kekerabatan yang
terjadi antara organisme dengan nenek moyang terdekatnya berdasarkan penurunan
sifat yang diturunkan. Filogenetik menunjukkan biologi evolusioner dari suatu
organisme berdasarkan data morfologi dan molekuler (Akbar et al., 2018). Biologi
evolusioner bertujuan untuk menjelaskan keanekaragaman karakter fenotipe yang
dipengaruhi oleh gen. Setiap karakter genetik yang diwariskan oleh induk/tetuanya
diharapkan berkembang. Studi evolusi dapat memperkirakan terjadinya perubahan
genetik suatu populasi yang diduga dapat disebabkan oleh seleksi alam dan seleksi
buatan (Kruuk, 2004). Pada penelitian ini beberapa ikan kakap putih domestikasi dan
populasi liar Muara Sungai Saro’ memiliki kemiripan dan diduga berasal dari tetua
37
yang sama. Hal tersebut dikarenakan ikan kakap putih yang dibesarkan di KJA
Kabupaten Barru bersumber dari dua populasi yaitu benih dari Takalar dan benih dari
Gondol. Kedua populasi tersebut mengalami keragaman genetik yang tereduksi. Ikan
populasi liar diduga mengalami pola migrasi yang sempit sehingga terjadi pembatasan
pertukaran gen. Pada populasi domestikasi berpeluang mengalami bottle neck effect
karena ukuran populasi yang kecil. Ikan kakap putih yang dibesarkan di KJA
Kabupaten Barru bersumber dari induk dua populasi, akan tetapi karena ukuran
populasi yang kecil berpeluang memunculkan kejadian bottle neck effect. Hal tersebut
memberi peluang terjadinya inbreeding yang akan berakibat terjadi penurunan daya
tahan ikan terhadap penyakit pada keturunan selanjutnya. Pendugaan bahwa
terjadinya inbreeding pada ikan populasi liar dan domestikasi di perkuat dengan
ditemukannya beberapa individu yang abnormal. Menurut penelitian Ariyanto et al.
(2019) fenomena inbreeding dapat dievaluasi melalui pendekatan fenotipik, yaitu
pengamatan terhadap faktor-faktor yang terlihat seperti bentuk tubuh yang cacat dan
abnormalitas.
38
VI. PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan penelitian dapat disimpulkan bahwa:
1. Beberapa sampel ikan kakap putih tipe liar mengalami abnormalitas pada sirip
punggung sedangkan ikan domestikasi mengalami abnormalitas pada sirip
punggung, sirip perut, sirip anal, dan operkulum.
2. Metode isolasi dengan metode CTAB-DTAB lebih efektif dibandingkan dengan
isolasi menggunakan kit berdasarkan nilai konsentrasi genomnya.
3. Marka RAPD dengan menggunakan primer OPC-08, OPC-13, OPC-19 dapat
digunakan untuk menganalisis keragaman genetik ikan kakap putih.
4. Primer OPC-19 merupakan primer yang menunjukkan presentase polimorfisme
tertinggi pada ikan kakap putih.
5. Keragaman genetik ikan kakap putih tipe liar lebih rendah dibandingkan dengan
keragaman genetik ikan hasil domestikasi.
6. Ikan kakap putih tipe liar memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan
beberapa individu ikan domestikasi karena berasal dari tetua yang sama.
B. Saran
1. Kegiatan budidaya ikan kakap putih perlu dikaji untuk menganalisis penyebab
terjadinya abnormalitas dan penurunan keragaman genetik.
2. Perlu dilakukan analisis keragaman genetik menggunakan marka molekuler lain
seperti Simple Sequence Repeat (SSR), Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP) atau Fragment Length Polymorphism (AFLP).
39
DAFTAR PUSTAKA
Akbar, N. et al. (2018) ‘Kajian Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp) sebagai Data
Pengelolaan di Perairan Sekitar Kepulauan Maluku, Indonesia’, Jurnal Kelautan:
Indonesian Journal of Marine Science and Technology, 11(2), p. 120. doi:
10.21107/jk.v11i2.3459.
Anggereini, E. (2008) ‘Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu Metode

Analisis DNA dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi.’, Biopecies, 1(2),
pp. 73–76. doi: 10.21082/blpn.v14n2.2008.p57-67.
Ariyanto, D. et al. (2019) ‘Evaluasi Tingkat Inbreeding Benih pada Lima Strain Ikan
Mas (Cyprinus carpio)’, Prosiding Seminar Nasional Tahunan XVI Hasil
Perikanan dan Kelautan, pp. 18–22.
Azizah, A. (2009) Perbandingan Pola Pita Amplifikasi DNA Daun, Bunga, dan Buah
Kelapa Sawit Normal dan Abnormal. Institut Pertanian Bogor.
Dedi, J. et al. (1997) ‘Hypervitaminosis A during Vertebral Morphogenesis in Larval

Japanese Flounder’, Fisheries Science, 63(3), pp. 466–473.
Faatih, M. (2009) ‘Isolasi dan Digesti DNA Kromosom’, J Penelitian Sains dan
Teknologi, 10(1), pp. 61–67.
Fitriya, R. T., Ibrahim, M. and Lisdiana, L. (2015) ‘Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit
dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella
dysentriae’, LenteraBio, 4(1), pp. 87–92.
Fraser, M. R. and Nys, R. D. (2011) ‘A Quantitative Determination of Deformities in

Barramundi (Lates calcarifer; Bloch) Fed a Vitamin Deficient Diet’, Aquaculture
Nutrition, 17, pp. 235–243. doi: 10.1111/j.1365-2095.2009.00734.x.
Gil Martens, L. et al. (2006) ‘Impact of High Water Carbon Dioxide Levels on Atlantic
Salmon Smolts (Salmo salar L.): Effects on Fish Performance, Vertebrae
Composition and Structure’, Aquaculture, 261(1), pp. 80–88. doi:
10.1016/j.aquaculture.2006.06.031.
Guo, Z. H. et al. (2014) ‘Molecular insights into the genetic diversity of Hemarthria
compressa germplasm collections native to Southwest China’, Molecules,
19(12), pp. 21541–21559. doi: 10.3390/molecules191221541.
Gusmiaty, G. et al. (2016) ‘Polimorfisme Penanda RAPD untuk Analisis Keragaman

Genetik Pinusmerkusii di Hutan Pendidikan Unhas’, Jurnal Natur Indonesia,
16(2), pp. 47–53. doi: 10.31258/jnat.16.2.47-53.
Gustiano, R. et al. (2013) ‘Analisis Ragam Genotip RAPD Dan Fenotip Truss
Morfometrik Pada Tiga Populasi Ikan Gabus [Channa striata (Bloch, 1793)]’,
Berita Biologi, 12(3), pp. 325–333.
Hariyadi, S. et al. (2018) ‘Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses
Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus norvegicus) The
Comparison Lysis Methods of Animal Tissue in Genomic DNA Isolation Process
in Liver Organ of White Rat (Rattus Norvegicus)’, in Biology Education
40
Conference, pp. 689–692.
Hidayat, T. opik and Pancoro, A. (2008) ‘Kajian Filogenetika Molekuler dan

Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar untuk Meningkatkan Kualitas
Sumber Genetik Anggrek Topik’, AgroBiogen, 4(1), pp. 35–40.
Irmawati (2003) Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes

altivelis) Generasi Pertama pada Stock Hatchery. Institut Pertanian Bogor.
Irmawati, I. et al. (2020) ‘Distribution and Characteristics of Asian seabass (Lates

calcarifer Bloch, 1790 ) in South Sulawesi Distribution and characteristics of
Asian Seabass (Lates calcarifer Bloch , 1790) in South Sulawesi’, in The 3rd
International Symposium Marine and Fisheries (ISMF) 2020: Earth and
Environmental Science. Makassar, pp. 1–8. doi: 10.1088/1755-
1315/564/1/012011.
Irmawati, I., Alimuddin, A. and Tasakka, A. C. M. A. . (2019) Budidaya Ikan Kakap

Putih ( Lates calcarifer Bloch, 1790) Berbasis Ekosistem. Makassar: Lembaga
Penelitian dan Pengabdian pada Mayarakat. doi: 10.13140/RG.2.2.36149.22243.
Ismi, S. (2020) ‘Beberapa macam cacat tubuh yang terjadi pada benih ikan kerapu
cantang hasil hatchery’, Journal of Fisheries and Marine Research, 4(1), pp. 94–
101.
Iswanto, B. and Suprapto, R. (2015) ‘Abnormalitas Morfologis Benih Ikan Lele Afrika
(Clarias gariepinus) Strain Mutiara’, Media Akuakultur, 10(2), pp. 51–57. doi:
10.15578/ma.10.2.2015.51-57.
Kimberley (2011) Barramundi, Fish for the future. Available at: www.thebetterfish.com
› Oceans%0A (Accessed: 8 August 2020).
Koh, T. L. et al. (1999) ‘Genetic Diversity Among Wild Forms and Cultivated Varieties
of Discus (Symphysodon spp.) as Revealed by Random Amplified Polymorphic
DNA (RAPD) Fingerprinting’, Aquaculture, 173, pp. 485–497. doi:
10.1016/S0044-8486(98)00478-5.
Kruuk, L. E. B. (2004) ‘Estimating Genetic Parameters in Natural Populations using the

’ Animal Model ’’, The Royal Society, pp. 873–890. doi: 10.1098/rstb.2003.1437.
Kurnia, N. (2010) Autentifikasi Ikan Tuna ( Thunnus sp ) Ddengan Metode Berbasis

PCR- Sequencing. Institut Pertanian Bogor.
Kusmini, I. I. et al. (2016) ‘Karakterisasi Fenotipe dan Genotipe Tiga Populasi Ikan
Tengadak (Barbonymus schwanenfeldii)’, Jurnal Riset Akuakultur, 11(3), pp.
207–216. doi: 10.15578/jra.11.3.2016.207-216.
Lante, S. et al. (2011) ‘Keragaman Genetik Populasi Ikan Beronang (Siganus guttatus)
di Selat Makassar dan Teluk Bone Menggunakan Metode Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD)’, Jurnal Riset Akuakultur, 6(2), pp. 211–224. doi:
10.15578/jra.6.2.2011.211-224.
Mafiana, B. D. (2015) Isolasi DNA, Academia,Edu. Available at:

http://www.academia.edu/19608268/TUGAS_MATA_KULIAH_BIOLOGI_JURNA
L_ISOLASI_DNA (Accessed: 15 February 2020).
41
MAI (2018) Kakap Putih yang Mendunia. Available at: https://aquaculture-
mai.org/archives/2419.
Mathew, G. (2009) ‘Taxonomy , identification and biology of Seabass ( Lates calcarifer

)’, Central Marine Fisheries Research Institute. Kerala: Central Marine Fisheries
Research Institute, pp. 38–43.
Mulliadi, D. and Arifin, J. (2010) ‘Pendugaan Keseimbangan Populasi dan

Heterozigositas Menggunakan Pola Protein Albumin Darah pada Populasi
Domba Ekor Tipis (Javanese Thin Tailed) di Daerah Indramayu’, Jurnal Ilmu
Ternak, 10(2), pp. 65–72.
Mulyasari (2010) Karakteristik Fenotipe Morfomeristik dan Keragaman Genotipe

RAPD (Randomly Amplified Pplymorphysm DNA) Ikan Nilem (Osteochilus
hasselti) di Jawa Barat. Institut Pertanian Bogor. Available at:
https://repository.ipb.ac.id/jspui/bitstream/123456789/41158/9/2010mul.pdf.
Nurhaemi-Haris et al. (2003) ‘Kemiripan Genetik Kon karet (Hevea brasiliensis Muell
Arg.) Berdasarkan Metode Amplified Fragment Lenght Polymorphisms (AFLP)’,
Menara Perkebunan, 71(1), pp. 1–15.
Olivia, R. D. (2012) Keragaman Genetik Populasi Sengon (Paraserianthes falcataria

(L) Nielsen) pada Hutan Rakyat di Jawa Berdasarkan Penanda RAPD, Institut
Pertanian Bogor. Institut Pertanian Bogor.
Pharmawati, M. (2009) ‘Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea

Spp. (Proteaceae)’, Jurnal Biologi Udayana, 13(1), pp. 12–16.
Prakoso, V. A. and Kurniawan (2015) ‘Pengaruh Stressor Suhu dan Salinitas

Terhadap Perkembangan Embrio Ikan Nilem (Osteochilus hasselti)’, Sains
Natural, 5(1), pp. 49–59.
Probojati, R. T., Wahyudi, D. and Hapsari, L. (2019) ‘Clutering Analysis and Genome
Inference of Pisang Raja Local Cultivars (Musa spp.) from Java Island by
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Marker’, Tropical Biodiversity and
Biotechnology, 4(2), pp. 42–54.
Rayes, R. D. (2013) ‘Pengaruh Perubahan Salinitas Terhadap Pertumbuhan dan

Sintasan Ikan Kakap Putih (Lates Calcarifer Bloch)’, Jurnal KELAUTAN, 16(1),
pp. 47–56.
Razi, F. (2013) Penanganan Hama dan Penyakit pada Ikan Kakap Putih. Jakarta:
Kementerian Kelautan dan Perikanan.
Ridho, M. and Patriono, E. (2016) ‘Aspek Reproduksi Ikan Kakap Putih (Lates
Calcarifer Block) di Perairan Terusan dalam Kawasan Taman Nasional
Sembilang Pesisir Kabupaten Banyuasin’, Jurnal Penelitian Sains, 18(1), p.
168427.
Ritonga, S. W. et al. (2014) DNA Barcodes For Marine Biodiversity Determinasi dan
Identifikasi Alga Merah (Rhodophyta) di Pantai Cipatujah, Tasikmalaya Melalui
Identifikasi Molekuler DNA Barcoding. Institut Pertanian Bogor.
Shafira, N. (2018) Abnormalitas Ikan Mas Cyprinus carpio pada Air Hasil Treatment
Fitoremediasi Akibat Cemaran Limbah Minyak Jelantah. Institut Pertanian Bogor.
42
Takeuchi, T. et al. (1995) ‘The Effect of À-Carotene and Vitamin A Enriched Artemia
Naupli on the Malformation and Color Abnormality of Larval Japanese Flounder’,
Fisheries Science, 61(1), pp. 141–148.
Wallace, C. (2013) ‘Statistical Testing of Shared Genetic Control for Potentially

Related Traits’, Genetic Epidemiology, 37(8), pp. 802–813. doi:
10.1002/gepi.21765.
Wardhani, S. P. R. (2019) Perkembangan Embrionik Awal pada Hewan, Wordpress.

Available at: https://bioearthworm.wordpress.com/2019/11/05/perkembangan-
embrionik-awal-pada-hewan/.
Wigati, E., Sutarno and Haryanti (2003) ‘Variasi Genetik Ikan Anggoli (Pristipomoide
multidens) Berdasarkan Pola Pita Allozim’, Biodiversitas, Journal of Biological
Diversity, 4(2), pp. 73–79. doi: 10.13057/biodiv/d040201.
43
LAMPIRAN
44
Lampiran 1. Perhitungan presentase abnormalitas ikan kakap putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790) tipe liar dari Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar
domestikasi yang dibesarkan di Keramba Jaring Apung (KJA) Desa
Lawallu, Kecamatan Soppeng Riaja, Kabupaten Barru
1) Abnormalitas sirip dorsal
Jumlahikan abnormal 7
Abnormalitas ( % ) = × 100= × 100=25 %
Jumlahikan yang diamati 28
2) Abnormalitas sirip perut
Abnormalitas ( % ) = × 100= × 100=18 %
3) Abnormalitas sirip Anal
Abnormalitas ( % ) = × 100= × 100=10 %
4) Abnormalitas Operkulum
Abnormalitas ( % ) = × 100= × 100=18 %
Lampiran 2. Alat dalam analisis molekuler dengan penanda Random Amplified

Polymorphic DNA (RAPD)
Timbangan digital Inkubator Vortex
45
Mesin PCR Gel Doc
Mikropipet dan Tip
Elektroforesis
46
Lampiran 4. Bagan tahapan analisis molekuler menggunakan metode PCR-RAPD
pada sampel ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
0.25 mg jaringan otot Sentrifus 8000 rpm, 1

+1000 µl
dimasukkan ke dalam mikrotube menit
Vortex 5 detik
Diamkan pada suhu ruang, 15 menit
Buang ddH2O pada mikrotube

pindahkan pada mikrotube
Mengeringkan sampel dengan tissu

Sentrifuse 8000 rpm, 1 menit
+20 µl
Tambahkan 100 µl ATL
proteinase-K Inkubasi suhu ruang selama
Vortex Tambah 200 µl buffer
Inkuasi supernatan hingga +100 µl CTAB Pindahkan pada mikrotube baru

lisis (Vortex tiap 5 menit) dan 900 µl ddH2O
Sentrifuse 14000 rpm, 3 menit
Inkubasi suhu 75C, 5 menit
Memindahkan pada column

baru +500 µl buffer AW2
Tambahkan 4 µl RNAse
Diamkan pada suhu ruang Sentrifuse 8000 rpm, 1 menit
Tambah 200 µl ethanol +500 µl Memindahkan pada column baru

buffer AW1
Vortex Sentrifuse 8000 rpm, 1 menit
Pindahkan supernatan ke
GS Column baru
Bagan tahapan isolasi DNA dengan menggunakan KIT DNAeasy blood tissue
(Qiagen, German)
0.05 gram jaringan otot Simpan pada suhu -20C

dimasukkan ke dalam mikrotube
+ 600 µl DTAB solution
Jika sudah kering,
+200 µl TE buffer
Vortex 5 detik
Keringkan DNA selama 2 jam
Buang ethanol
+700 µl
Dinginkan pada suhu ruang
chlorofom Sentrifuse 12000 rpm, 5 menit
Vortex 20 detik + 200 µl ethanol 70% dingin
Sentrifuse 12000 rpm, 5 menit Buang ethanol
Ambil cairan jernih di bagian +100 µl CTAB Sentrifuse 12000 rpm, 5 menit
atas, pindah ke dalam dan 900 µl ddH2O
miktorube baru
Vortex

Ambil supernatan ke dalam
mikrotube yang telah berisi
Dinginkan pada suhu ruang 300 µl ethanol 90% dingin
Sentrifuse 12000 rpm, 10 menit Sentrifuse 12000 rpm, 5 menit
Buang Supernatan +150 µl dissolve Dinginkan pada suhu ruang

solution
Bagan tahapan isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB-DTAB
47
Satu mikrotube reaksi PCR My Taq red = 25 µl x jumlah sampel + 1
dan mikrotube sesuai jumlah Primer = 1 µl x jumlah sampel + 1
sampel (telah diberi kode) ddH2O = 23 µl x jumlah sampel + 1
Buat reaksi PCR dalam

satu mikrotube
Larutan PCR dimasukkan

ke masing-masing
mikrotube sampel
3 µl DNA sampel dimasukkan

pada tiap mikrotube sesuai
kode sampel
Vortex
Mikrotube di masukkan
ke mesin PCR
Denaturasi = 95C 5 menit
Denaturasi awal = 95C 15 detik
Annealing = (Tm - 5C) 40 detik
Amplifikasi PCR
Extension = 74C 40 detik
Extension Akhir = 74C 1 menit
Penyimpanan = 4C ∞
Bagan tahapan amplifikasi menggunakan metode PCR-RAPD
Larutan buffer TAE untuk 20 mL 1X TAE (0.01 M Tris,

elektroforesis 0.001 M EDTA, pH 7.4) +
1000 mL aquades steril
1.4 gram agarose

Agar 2% +700 mL buffer TAE
Panaskan di microwafe, 2 menit
0.8 µl Gel red
Tuang pada cetakan
Diamkan hingga keras
Setelah keras, isi masing-masing sumur

dengan 3 µl sampel hasil PCR (sumur
petama dan terakhir diisi dengan marker)
50 volt
Running elektroforesis 55 Ampere
160 menit
Setelah selesai, visualisasi DNA

dibawah UV menngunakan UV
Transluminator
Ambil gambar
Bagan tahapan elektroforesis dengan menggunakan agar 2,5%
48
Lampiran 4. Data skoring hasil amplifikasi sampel ikan kakap putih (Lates calcarifer
Bloch, 1790) dengan menggunakan tiga primer.
OPC-08
TK1 TK2 TK3 TK4 TK5 TK6 TK7 TK8 GI.11 GI.13 GI.15 GI.16 GI.19 GI.20
2250 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
1900 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0
1500 0 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1
750 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
585 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
485 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
375 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
275 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
OPC-13
2910 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
2300 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2063 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1
1900 0 0 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1
1375 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1
1250 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 1 1
1125 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
1000 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0
OPC-19
2625 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
2250 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
1700 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0
1375 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
1125 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0
900 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
850 0 0 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0
750 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
650 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
600 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0
Lampiran 4. Hasil amplifikasi DNA ikan kakap putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)
dengan marker 100 bp. TK= sampel ikan kakap putih tipe liar dari Muara
Sungai Saro’ Kabupaten Takalar, GI= sampel ikan kakap putih
domestikasi dari KJA Desa Lawallu Kabupaten Barru
Primer OPC-08
49
Primer OPC-13
Primer OPC-19
50

Skripsi Nevi Felia Sari

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Skripsi Nevi Felia Sari

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

KERAGAMAN GENETIK DAN ABNORMALITAS IKAN KAKAP

PUTIH (Lates calcarifer Bloch, 1790) TIPE LIAR DAN HASIL

NEVI FELIA SARI

PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................... vi

B. Tujuan dan Manfaat....................................................................................... 2

II. TINJAUAN PUSTAKA........................................................................................ 3

F. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ............................................... 7

III. METODE PENELITIAN.................................................................................... 10

1. Jumlah sampel yang dianalisis untuk parameter abnormalitas dan PCR-

1. Ikan kakap putih (Lates calcarifer, Bloch 1790)................................................. 3

2. Tahap blastula, grastula, dan neurola (Wardhani, 2019) ................................... 5

4. Skema proses PCR-RAPD................................................................................. 9

B. Tujuan dan Manfaat

Tujuan dari penelitian ini adalah:

Perkembangan embrio berlangsung sekitar 15 jam. Larva awal memiliki panjang

C. DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)

D. Ekstraksi/ Isolasi DNA

Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam

E. PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR merupakan metode menghasilkan sejumlah besar fragmen DNA spesifik

F. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Random Amplifield Polymorphic DNA (RAPD) merupakan salah satu marka

A. Waktu dan Tempat

1. Sampel Ikan Kakap Putih

Ikan kakap putih di Muara Sungai Saro’ Kabupaten Takalar di tangkap

Tipe Ikan Lokasi Jumlah sampel Sampel DNA

2. Meristik dan Abnormalitas Ikan Kakap Putih

Analisis abnormalitas dilakukan dengan mengamati kondisi morfologi ikan

No. Karakter Meristik Deskripsi

3. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih

Keragaman genetik ikan kakap putih dianalisis menggunakan metode

Ekstraksi/isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan dua metode isolasi,

Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode PCR-RAPD. Reaksi

Elektroforesis dilakukan dengan melakukan running DNA hasil PCR-RAPD pada

1. Analisis Data Meristik

2. Kuantitas Genom DNA dan Kualitas Pita PCR-RAPD

3. Pola Keragaman Genetik

Profil pola pita DNA hasil amplifikasi masing-masing primer diskoring

PIC = 2 fi (1- fi)

Keterangan = PIC (polymorphic information content)

Nilai Heterozigositas merupakan salah satu parameter yang dapat digunakan

Keterangan: qi = frekuensi pita nol

Hubungan kekerabatan ikan kakap putih dianalisis menggunakan software

A. Morfologi Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)

Ikan Kakap Putih

C. Keragaman Organ Berpasangan Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch,

Karakter Tipe Liar Domestikasi

D. Abnormalitas Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)

Karakter Tipe Liar Domestikasi

D.1 Abnormalitas pada Organ Sirip Punggung

D.2 Abnormalitas pada Organ Sirip Perut

D.3 Abnormalitas pada Organ Sirip Anal

D.4 Abnormalitas pada Organ Operkulum

Konsentrasi genom DNA (ng/mL)

Keterangan: TW = Tipe Liar, KJA = Domestikasi

Keterangan : TK = Takalar, GI = Domestikasi

Hasil amplifikasi menggunakan primer tersebut menunjukan pola pita yang

Urutan Sekuen Suhu Jumlah Pita

Jumlah Alel Yang Jumlah Alel Kisaran Ukuran Polymorfisme

OPC-08 8 3 1 275 - 2250 bp 11.54

G. Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790)

Parameter keragaman genetik berupa nilai Polymorphic Information Content

Inkubasi suhu 75C, 5 menit

0.05 gram jaringan otot Simpan pada suhu -20C

Inkubasi suhu 75C, 5 menit

Inkubasi suhu 75C, 5 menit