UJIAN AKHIR SEMESTER

MATA KULIAH : BIOLOGI SEL

Hari/Tanggal : Selasa/9 Juni 2020
Prodi : Biologi (semester II)
Waktu : HIJ
Nama : Noval Tauhid Hidayatullah
NIM : 1913091005
Mata Kuliah: Biologi Sel

Soal
1. Jelaskan fungsi dari bagian-bagian komplek porus pada nukleus dan uraikan
dengan singkat molekul-molekul yang dapat melewati komplek porus tersebut!
Jawab:
Pori nukleus yang terletak pada membran luar inti sel berfungsi menyediakan
saluran untuk komunikasi langsung antara nukleoplasma dengan sitoplasma.
Namun pori ini tidak tersebar secara merata sehingga jumlah pori dapat berkisar
dari beberapa lusin sampai dengan ribuan dalam jenis sel yang secara metabolik
bersifat sangat aktif. Secara garis besar pori nukleus berbentuk silinder dengan
diameter luar 120-140 nm dan diameter dalam 9 nm.
Pori nukleus tersusun atas empat subunit yaitu, subunit kolom, subunit
anular, subunit lumenal, dan subunit ring. Subunit merupakan subunit yang
berfungsi untuk membentuk dinding pori nukleus. Subunit anular berperan dalam
pembentukan spoke yang mengarah ke tengah dari pori. Subunit ketiga
merupakan subunit lumenal yang mengandung protein transmembran yang akan
menempelkan kompleks pori nukleus pada membrane nukleus. Terakhir yaitu
subunit ring yang berperan dalam pembentukan permukaan sitosolik dan nuklear
dari kompleks pori nukleus. Permukaan sitosolik merupakan permukaan yang
berhadapan dengan sitoplasma sedangkan nuklear merupakan permukaan yang
berhadapan dengan nukleoplasma. Jika membran tipis, pori tampak ditutupi oleh
diafragma pori tipis. Sedangkan jika bersifat negatif, akan tampak sejumlah
struktur non-membran pada pori. Tepian luar dan dalam dari pori nukleus tersusun
atas dua cincin yang berdiameter 120 nm. Setiap cincin tersebut terdiri atas
delapan subunit yang berdiameter 15-20 nm. Subunit ini menjulurkan delapan
jari-jari ke granul atau bercak pusat secara radial. Keseluruhan dari delapan
 subunit dari cincin, jari-jari radial, serta ikatan penghubungnya akan membentuk
kerangka struktur yang akan memberi pori nukleus simetri oktagonal sekitar
sumbu yang tegak lurus terhadap bidang membrane nukleus. Unsur-unsur
membran maupun non-membran dari struktur tersebut disebut dengan kompleks
pori nukleus.
Kompleks pori nukleus mempunyai fungsi dalam transpor zat secara selektif
melintasi membran inti. Transpor melalui pori bersifat dua arah. Molekul-molekul
yang diekspor dari dalam nukleus ke sitoplasma mencakup transfer RNA, subunit
ribosom, dan mRNA.

2. Jelaskan sedikitnya 7 enzim yang terdapat di dalam nukleus dan fungsinya.

Jawab:
1. Heksokinase berfungsi sebagai enzim pertama dalam jalur glikolitik, dan
mengubah glukosa menjadi glukosa-6-fosfat
2. P-fruktokinase
3. dehidrogenase glukosa-6-P enzim yang ditemukan pada jalur pentosa fosfat
yang berguna untuk mengoksidasi glukosa-6-fosfat menjadi 6-fosfoglukono-D-
lakton (sebuah intramolekuler ester)
4. dehidrogenase 6-P-glukonat
5. dehidrogenase isokitat terkait-TPN
6. Malat dehidrogenase (EC 1.1.1.37) (MDH) adalah enzim dalam siklus asam
sitrat yang mengkatalisis konversi malat menjadi oksaloasetat (menggunakan
NAD +) dan sebaliknya (ini adalah reaksi reversibel)
7. Dehidrogenase asam laktat atau dikenal dengan Lactic Acid Dehydrogenase
(LDH) adalah enzim yang membantu memproduksi energi. Enzim ini terdapat
pada hampir semua jaringan dalam tubuh dan kadarnya meningkat sebagai
respon terhadap kerusakan sel.
8. Dehidrogenase Glutamate, enzim ini, hadir di sebagian mikroba dan
mitokondria eukariota, seperti beberapa enzim lain yang diperlukan untuk
sintesis urea, yang mengubah glutamat untuk a-ketoglutarat, dan sebaliknya.
3. Jelaskan proses-proses yang terjadi pada nukleolus, serta karakteristik nukleolus
tersebut.
Jawab:
nukleolus adalah sebagai tempat berlangsungnya sintesis RNA. Di dalam
nukleolus informasi genetik yang dibawa oleh DNA diraikan sehingga
menghasilkan rRNA. Molekul rRNA nantinya akan berfungsi sebagai penyusun
organel ribosom di dalam sitoplasma.
1. Nukleolus adalah tubuh bundar yang terletak di dalam inti sel eukariotik. Ini
tidak tercakup oleh lapisan melainkan duduk di inti.
2. Tampak gelap di bawah mikroskop
3. Itu terdiri dari RNA dan protein padat
4. Biasanya ada lebih dari satu nukleolus dalam sel eukariota
5. Nukleolus membuat subunit ribosom dari protein dan RNA ribosom, atau
disebut rRNA. Pada saat itu mengirimkan subunit ke apa pun yang tersisa dari
sel di mana mereka bergabung menjadi ribosom akhir. Ribosom menghasilkan
protein; dengan cara ini, nukleolus mengasumsikan bagian mendasar dalam
membuat protein di dalam sel.
Struktur nukleolus akan tampak jika dilihat dengan menggunakan mikroskop
elektron , bagian-bagian nukleolus antara lain :
1. Zona Granuler
Merupakan bagian pinggir nukleolus dibentuk dari butiran-butiran padat
berukuran sedikit lebih kecil dari ribosom dalam sitoplasma yaitu sekitar 150-
200 A. Bagian ini mengandung protein ribonukleat.
2. Zona Fibrosa/Nukleolonema
Daerah yang terdapat di tengah anak inti dan tampak sebagai benang-benang
halus, berupa serat-serat yang berukuran 50-60A, fibril terdiri dari protein
ribonukleat.
3. Zona Amorf
Daerah amorf yang merupakan matriks anak inti yang tampak homogen dan
terdiri dari protein sebagai pengikat kedua bagian diatas. Daerah ini hanya
terdapat pada nukleolus tertentu.
4. Nukleolus Kromatin
Terdiri dari serat-serat tebalnya 100 A , mengandung DNA pada bagian
tertentu .
4. Uraikan dengan singkat perbedaan struktur komposisi kromosom pada sel
prokariotik dan eukariotik.
Jawab:
 kromosom prokariotik terutama haploid, sedangkan kromosom eukariotik
terutama diploid
 kromosom prokariotik DNA tidak kompleks dengan protein, sedangkan
kromosom eukariotik DNA kompleks dengan protein membentuk
deoxyribonucleoprotein
 kromosom prokariotik dasar protein histon yang sama sekali tidak ada,
sedangkan kromosom eukariotik adanya Histon
 kromosom prokariotik kromosom DNA terlokalisasi dalam sitoplasma,
sedangkan kromosom eukariotik kromosom DNA terbatas dalam inti.
 kromosom prokariotik kromosom DNA merupakan polimer melingkar ditutup,
sedangkan kromosom eukariotik kromosom DNA merupakan polimer linear
 kromosom prokariotik kromosom tahap morfologi yang pasti untuk replikasi
DNA, sedangkan kromosom eukariotik replikasi DNA terjadi pada fase S dari
siklus secara mitosis merupakan polimer linear

5. Uraikan dengan singkat karakteristik kromosom haploid dan diploid dan lokasi di
dalam tubuh tumbuhan dan hewan.
Jawab:
- Kromosom yang termasuk haploid ada di wanita dan pria yaitu bagian
reproduksi pada sperma dan ovum yang dihasilkan dari proses meiosis. Sel
haploid yaitu yang hanya mengandung satu set (atau n) jumlah kromosom dan
sel autosomal atau somatik adalah sel diploid yang mengandung 2n dari
jumlah kromosom. Jumlah kromosom (n) berbeda pada organisme yang
berbeda.
- Kromosom diploid berada pada sel somatik (sel-sel tubuh termasuk sel-sel
kelamin). Jumlah kromosom diploid adalah jumlah kromosom dalam inti sel.
Jumlah kromosom diploid direpresentasikan sebagai 2n dan bervariasi di
antara organisme yang berbeda. Sebuah sel diploid ulangan oleh mitosis dan
 mempertahankan jumlah kromosom diploid dengan membuat salinan identik
kromosom dan mendistribusikan mereka sama antara dua sel anak.

6. Buatlah formulasi kromosom parental dan F1 pada Turner dan Klinefelter

syndrom
Jawab: .
1. Sindrom Klinefelter adalah gangguan di mana lelaki memiliki ekstra kromosom
X, yaitu XXY. Orang dengan sindrom Klinefelter juga mungkin untuk
memiliki lebih dari satu ekstra kromosom sehingga menjadi XXYY, XXXY,
dan XXXXY. Mutasi lainnya menghasilkan jantan yang memiliki ekstra Y,
yaitu XYY. Lelaki ini dicirikan dengan fisik yang lebih tinggi dibanding
dengan lelaki rata-rata, serta, berdasarkan penelitian yang dilakukan dalam
penjara, merupakan orang yang sangat agresif. Namun penelitian tambahan
justru menemukan bahwa XYY adalah pria dengan karakter yang normal.
2. Sindrom Turner merupakan sebuah kondisi yang banyak mempengaruhi wanita.
Individu dengan sindrom ini, yang disebut juga dengan monosomi X, memiliki
gen dengan hanya satu kromosom X, yaitu XO. Trisomi X adalah betina/wanita
yang memiliki tambahan kromosom X dan juga dirujuk sebagai metawanita
(metafemale), yaitu XXX.

7. Jelaskan proses transkripsi pada sel prokariotik dan eukariotik.

Jawab:
Transkripsi Prokariotik
Prokariota tidak memiliki inti terorganisir, sehingga bahan inti atau DNA
dalam sitoplasma. Oleh karena itu, transkripsi terjadi dalam sitoplasma dan semua
prekursor yang diperlukan untuk transkripsi ditemukan di sitoplasma.
Transkripsi prokariotik membutuhkan enzim polimerase RNA agar transkripsi
berhasil diselesaikan. enzim berisi lima subunit (α, β, β ‘, ω) dan mengikat faktor
sigma dan wilayah promotor, dan kemudian memulai transkripsi dengan
menyelesaikan holoenzyme tersebut.
Pada prokariota, DNA tidak terikat histon. Dengan demikian, transkripsi
memulai langsung. Ini bisa menjadi menguntungkan ketika gen prokariota telah
tumpang tindih.
 Transkripsi dimulai pada daerah promotor dan memanjang melalui daerah
coding dan berakhir ketika RNA polimerase membaca sinyal terminasi.
Ada dua jenis sinyal terminasi, Rho-dependent dan independent. Ditranskripsi
mRNA akan benar-benar diterjemahkan selama transkripsi, dan tidak ada proses
pasca-transkripsi.
Transkripsi Eukariotik
Transkripsi eukariotik lebih kompleks dari transkripsi eukariotik dan terjadi di
dalam nukleus. Tidak seperti prokariota, eukariota mengandung lima jenis RNA
polimerase sesuai dengan kebutuhan transkripsi dan mengandung 10-17 subunit.
Misalnya, RNA polimerase I menuliskan mRNA besar dan RNA polimerase II
menuliskan snRNA, snoRNA, dan Mirna, dll. Kelima enzim yang ditemukan
berbeda dalam organisme, misalnya, RNA polimerase IV dan V hadir hanya pada
tanaman. Pertama-tama, DNA melepaskan dari protein histon dan terurai di dekat
wilayah promotor. RNA polimerase dan faktor transkripsi lainnya termasuk
enhancer akan terikat pada daerah promoter.
Perbedaan Transkripsi Prokariotik dan eukariotik
1. Transkripsi prokariotik terjadi dalam sitoplasma sel. Transkripsi eukariotik
terjadi di dalam inti sel.
2. Dalam transkripsi prokariotik, transkripsi dan translasi terjadi secara simultan.
Dalam transkripsi eukariotik, transkripsi dan translasi berbeda dalam ruang
dan waktu (transkripsi terjadi di inti, translasi terjadi di sitoplasma)
3. Dalam transkripsi prokariotik, mRNA ditranskripsi langsung dari template
molekul DNA. Dalam transkripsi eukariotik, awalnya molekul pra-mRNA
(transkrip primer) terbentuk dan kemudian diproses untuk menghasilkan
mRNA matang.
4. Dalam transkripsi prokariotik, jenis RNA polimerase tidak berbeda dengan
jenis bakteri. Pada eukariota transkripsi, jenis RNA bervariasi. Misalnya RNA
polimerase I, II, III hadir di semua eukariota, tetapi RNA polimerase IV dan V
hanya hadir pada tumbuhan
5. Satu jenis RNA polimerase, yang memiliki enzim inti dan subunit lainnya,
yang terlibat dalam transkripsi prokariotik. Jenis RNA polimerase bervariasi
sesuai dengan jenis RNA yang ditranskripsi dalam sel eukariotik. (Mis Mereka
mengidentifikasi berbagai jenis promotor)
 6. Dalam Prokariotik, RNA polimerase terdiri dari lima subunit (α, β, β ‘, ω)
Dalam Eukariotik, RNA polimerase terdiri dari 10-17 subunit.
7. Pada prokariota, holoenzyme (RNA polimerase + faktor sigma) mengakui dan
mengikat langsung ke promotor. Pada eukariota, pengakuan promotor tidak
dapat dilakukan oleh RNA polimerase saja, tetapi protein aksesori di sel harus
mengenali promotor, sehingga merekrut RNA polimerase spesifik untuk
promotor.
8. Pada eukariotik, sebuah kompleks protein histon dan DNA harus dapat diakses,
sebelum transkripsi. Pada prokariotik, DNA tidak terikat pada protein histon.
Oleh karena itu, transkripsi terjadi secara langsung.
9. DNA eukariotik diidentifikasi oleh RNA polimerase II memiliki dua bagian
dari promotor yang dikenal sebagai promotor inti dan promotor peraturan.
Dalam promotor prokariotik, tidak ada pembedaan yang dapat dilihat.
10. Sel prokariotik memiliki dua jenis terminator transkripsi; terminator Rho-
dependent dan terminator Rho-independen. Pada eukariotik transkripsi, tiga
polimerase RNA menggunakan mekanisme yang berbeda untuk terminasi.
Misalnya RNA polimerase I – faktor kebutuhan terminasi yang mengikat hilir
situs DNA terminasi. RNA polimerase II – ditranskrip urutan terminasi dan
kemudian menghasilkan serangkaian uracil.
11.Faktor Rho mengikat molekul RNA tumbuh di transkripsi prokariotik. Faktor
terminasi pada eukariota mengikat molekul DNA template.
12.Transkripsi eukariotik dapat ditingkatkan dengan protein yang disebut
enhancer yang mengikat ke tempat yang berbeda dari DNA yang jauh dari
wilayah transkrip. Hal tersebut tidak dilaporkan dalam transkripsi prokariotik.

8. Jelaskan enzim-enzim dan protein yang berperan dalam inisiasi dalam proses
transkripsi dan translasi
Jawab:
Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. DNA sebagai media
untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh protein
histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari
luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses
pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun
jaringan. Kemudian RNA
 polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan
ditranskripsi. Kemudian RNA polymerase ini akan menempel (binding) di daerah
promoter spesifik dari gene yang akan disintesis proteinnya, daerah promoter ini
merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik inisiasi
(+1) yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal promoter. Setelah itu,
polimerase ini akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene tersebut dan
mengkopi semua informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam
bentuk molekul immature mRNA (messenger RNA ). Kemudian immature mRNA
ini diolah pada proses splicing dengan menggunakan smallnuclearRNA (snRNA)
complex yang akan memotong hanya daerah intron, dan semua exon akan
disambungkan menjadi satu urutan gen utuh tanpa non-coding area dan disebut
sebagai mature mRNA . Pada tahap berikutnya, mRNA ini diproses lebih lanjut
pada proses translasi di dalam ribosom, dalam tiga tahapan pokok yaitu inisiasi
sebagai mengawali sintesis polipeptida dari kodon AUG yang ditranslasi sebagai
asam amino methionine. Proses ini berlangsung dengan bantuan initiation factor
(IF-1, IF-2 dan IF3) dan enzim tRNA-methionine synthethase (pada bakteri
diawali oleh formylmethionine) sehingga tRNA dan asam amino methionine
membentuk ikatan cognate dan bergerak ke ribosom tempat sintesis protein
berlangsung. Langkah selanjutnya adalah elongasi atau pemanjangan polpeptida
sesuai denga urutan kodon yang dibawa oleh mRNA.

9. Jelaskan proses duplikasi DNA.

Jawab:
§ Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously
replicating sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka
saling berlawanan dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan
landasan rentetan tambah dua atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan
dengan 100 hingga 200 pasangan landasan sepanjang area DNA. Grup utama
dari enam protein, secara kolektif dikenal dikenal sebagai ORC (Origin
Recognition Complex), mengikat asal muasal replikasi, menandai replikasi
DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel.
Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen polymerase
DnaA yang dihasilkan oleh gen dnaA.
§ Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi
(replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi.
Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-
ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya
untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari
sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi
“cetakan” untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan
nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh
enzim primase dan disebut primer.
§ Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru
dengan menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke
ujung 3′ hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan
kata lain, rantai DNA baru (DNA “anak”) disintesis dari arah 5’→3′,
sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA “induk” dengan arah 3’→5′.
Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi
berorientasi 3’→5′, sementara untaian lainnya berorientasi 5’→3′, dan
helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5’→3′. Oleh
karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut
§ Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal
(leading strand) ialah untaian DNA disintesis dengan arah 5’→3′ secara
berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk
DNA menggunakan ujung 3′-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis
DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan
garpu replikasi.
§ Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang
terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu
replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen
Okazaki. Panjang fragmen okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides
panjang dalam sel-sel bakterial dan sekitar 200 panjang nukelotides dalam
sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA
polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3′ bebas pada
primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5’→3′. Fragmen
primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA
 Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi
celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan
fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi
lengkap.
§ Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian
tersintesis terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-
perubahan ini biasanya melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu
untuk mengkhususkan titik-titik sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags
sel, atau label-label, DNA, sehingga ini bisa membedakan material
genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin bisa masuk ke
dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi cara
molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan
penambahan kelompok methyl ke beberapa adenine dan residu-residu
cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah
nucleotides telah digabungkan dengan DNA polymerases.

10. Jelaskan karakteristik tahapan G1,G2, S, Mitosis dan G0 dalam siklus sel dalam
proses pembelahan sel
Jawab:
Interfase
Merupakan fase istirahat dari pembelahan sel. Namun tidak berarti sel tidak
beraktifitas justru tahap ini merupakan tahapan yang paling aktif dan penting
untuk mempersiapkan pembelahan.
Terbagi atas tiga fase, yaitu:
1. Fase G1 (growth 1/pertumbuhan 1)
Merupakan fase paling aktif berlangsung selama 9 jam. Pada fase ini sel
mengadakan pertumbuhan dan perkembangan. Pada fase ini sel bertambah
ukuran dan volumenya.
2. Fase S (Sintesis)
Merupakan fase sintesis DNA atau duplikasi kromosom, dengan waktu 10 jam
3. Fase G2 (Growth 2/Pertumbuhan 2)
Merupakan fase yang didalamnya terjadi proses sintesis protein. Pada fase ini
sel siap untuk mengadakan pembelahan
4. Fase G0
 Sel yang berada pada fase G1 terlalu lama, dikatakan berada pada fase G0 atau
“quiescent”. Pada fase ini, sel tetap menjalankan fungsi metabolisnya dengan
aktif, tetapi tidak lagi melakukan proliferasi secara aktif. Sebuah sel yang
berada pada fase G0 dapat memasuki siklus sel kembali, atau tetap pada fase
tersebut hingga terjadi apoptosis. Pada umumnya, sel pada orang dewasa
berada pada fase G0. Sel tersebut dapat masuk kembali ke fase G1 oleh
stimulasi antara lain berupa: perubahan kepadatan sel, mitogen atau faktor
pertumbuhan, atau asupan nutrisi.
Karakteristik fase G0: Saat sel akan keluar dr siklus & berhenti membelah.
Periode istirahat (sementara/permanen) Contoh yg permanen: sel saraf (sel yg
mencapai tahap akhir perkembangan & tidak membelah lagi).

11. Jelaskan dan berikan contoh second messenger dari molekul sinyal yang
ditangkap oleh reseptor pada permukaan membran sel.
Jawab:
Seringkali second messenger mewakili proses awal dari rantai sinyal
intraseluler yang panjang yang juga berfungsi sebagai amplifikasi sinyal yang
kemudian muncul sebagai hasil akhir berupa respon seluler terhadap sinyal
primer. Sebagai gambaran, bagan di bawah ini merupakan skema sederhana
mengenai rantai sinyal intraseluler yang bertahap dan melibatkan banyak molekul
second messenger:
Tahapan aktivasi second messenger dalam relay sinyal dalam sel.
Berikut ini molekul yang bertugas sebagai second messenger adalah sebagai
berikut:
1. Cyclic AMP = cAMP
2. Cyclic GMP = cGMP
3. Insositol triphosphate = InsP3
4. Diacylglicerol = DAG
5. Ion kalsium = Ca2+
6. Nitrogen monoksida = NO
1. Cyclic AMP (cAMP)
Molekul ini adalah bentuk siklik dari adenosine monophosphate (AMP).
Proses pembentukannya adalah dari ATP menjadi cAMP dengan bantuan adenilil
siklase. Adenilil siklase ini biasanya diaktifkan oleh reseptor kelas G-protein
coupled receptor (GPCR). Di bawah ini adalah reaksi dan bentuk molekul dari
cAMP:
2. Cyclic GMP (cGMP)
cGMP disintesis oleh respetor guanilil siklase. Sama seperti cAMP, cGMP
juga mengaktivasi protein kinase dan kanal ion. Selain itu, cGMP juga berperan
dalam regulasi fosfodiesterase. Di bawah ini adalah gambar molekul dari cGMP
Struktur molekul second messenger cGMPStruktur molekul cGMP
3. Insositol triphosphate (InsP3) dan Diacylglicerol (DAG)
InsP3 dan DAG dihasilkan dari PIP2 dengan bantuan phospholipase C, yang
diaktivasi oleh G-protein atau reseptor membran dengan aktivitas tirosin kinase.
Di bawah ini adalah gambaran skematik mengenai perubahan PIP2 menjadi InsP3
dan DAG.
Sebagai rangkaian lanjutan, InsP3 kemudian mengaktivasi kanal ion kalsium
(Ca2+ juga merupakan second messenger). Sedangkan DAG akan mengaktovasi
protein kinase C (PKC). Selain itu, DAG juga melepaskan asam arakidonat yang
merupakan substrat atau bahan dari prostaglandin dan jenis messenger lainnya.
4. Ion kalsium (Ca2+)
Ion ini dimobilisasi melalui kanal ion, misalnya dari retikulum endoplasma
yang halus, atau dari ruangan ekstraseluler. Kalsium akan mengaktifkan secara
langsung atau melalui ikatan kompleks dengan calmodulin. Adapun targer
molekul dari Ca2+ adalah:
Phospholipase A2
Protein kinase C (PKC)
Phosphatase calcineurin
NO-synthases
Selain itu, Ca2+ juga berperan dalam proses kontraksi otot.
5. Nitrogen monoksida (NO)
NO merupakan molekul kecil yang disintesis dari asam amino arginin melalui
bantuan enzim NO-synthase (NOS). NO akan mengaktivasi NO-dependent
guanylyl cyclase. NO terlibat dalam regulasi relaksasi otot pembuluh darah,
pengeluaran neurotransmiter, dan respon imunitas seluler.
12. Jelaskan molekul sinyal yang ditangkap oleh reseptor yang mengaktifkan protein
kinase di dalam sel serta proses yang terjadi dalam aktivasi tersebut.
Jawab:
Reseptor tirosin kinase (receptor tyrosine kinase) melibatkan aktivitas enzim
sehingga tergolong ke dalam kelas utama dari reseptor membran plasma. Kinase
adalah enzim yang mengkatalis transfer gugus fosfat. Bagian protein reseptor
yang menjulur ke dalam sitoplasma berfungsi sebagai tirosin kinase yaitu enzim
yang mengkatalis gugus fosfat dari ATP ke asam amino tirosin pada protein
substrat. Dengan demikian, reseptor tirosin kinase adalah reseptor membran yang
melekatkan fosfat ke tirosin.

13. Jelaskan molekul sinyal yang ditangkap oleh reseptor pada permukaan sel yang
tidak mengaktifkan protein kinase di dalam sel serta proses yang terjadi di dalam
sel tersebut.
Jawab:
GPCR merupakan salah satu reseptor yang terdapat di membran sel. Fungsinya g
main2 loh, kerusakan pada reseptor ini mengakibatkan diabetes melitus, alergi,
penyakit kardiovaskuler, kebutaan, dan kanker.
GPCR terdiri dari 3 sub unit: alpha (α), beta (β), and gamma (γ)

14. Jelaskan proses fertilisasi sel telur oleh sel sperma pada hewan.
Jawab:
Tempat terjadinya penyatuan ovum dengan spermatozoa adalah di dalam
ampula dari tuba fallopii. Pada pertemuan ini, ovum masih terbungkus oleh
sel-sel granulose yang berasal dari folikel dan selubung ovum. Proses fertilisasi
dimulai dengan pematangan (maturasi) seltelur dan spermatozoa. Pematangan
sel telur dimulai pada waktu proses pembelahan meiosis dari profase I
menjadi masak selama folikulogenesis. Sedangkan spermatozoa memerlukan
maturasi yang memerlukan waktu 10-15 hari ketika melewati epididimis.
Proses fertilisasi pada mamalia memerlukan tiga tahap yaitu : sel spermatozoa
harus menembus diantara sel-sel cumulus dengan bantuan enzim
hyaluronidase, sel spermatozoa harus mampu menembus lapisan zona
pellucida, dan spermatozoa akhirnya bersatu dengan membran plasma sel.
Pertama, spermatozoa akan memasuki vagina, dimana akan terjadi seleksi dengan
 adanya perbedaan pH antara spermatozoa (pH=7) dan vagina (pH=4).
Setelah melewati vagina, spermatozoa yang telah terseleksi akan memasuki
serviks. Dalam serviks, hanya spermatozoa yang normal yang dapat lewat, hal
ini dikarenakan spermatozoa yang normal dapat bergerak melewati cincin-
cincin anulir pada serviks. Sampai akhirnya menuju uterus, dimana mengalami
kapasitasi yakni proses pendewasaan spermatozoa oleh cairan
endometrium sehingga spermatozoa dapat menembus lapisan-lapisan sel
telur. Tempat utama terjadinya proses kapasitasi adalah pada ampula isthmus
junction. Transport sel telur untuk menuju ampula isthmus junction dimulai
pada saat menjelang ovulasi, pada saat itu estrogen dominan dan bersama
oksitosin akan menyebabkan terjadinya derakan peristaltik yang aktif. Setelah
terjadi ovulasi, sel telur akan ditangkap oleh fimbrae yang terdapat pada
infundibulum dengan adanya gerak peristaltik tersebut, sel telur akan terdorong
masuk hingga ampulla hingga mencapai ampula isthmus junction. Setelah
spermatozoa menembus lapisan cumulus oophorus, spermatozoa pertama masuk,
maka tidak akan ada lagi spermatozoa lain yang dapat masukhal ini
disebabkan oleh adanyareaksi zona, yakni suatu mekanisme pada zona
pellucida yang menghalangi masuknya spermatozoa berikutnya. Setelah
menembus zona pellucida, spermatozoa kemudian menembus permukaan
membran vitelin. Ovum yang telah dibuahi merupakan sel terbesar dalam
tubuh. Penyatuan ovum dan spermatozoa merangsang dimulainya pembelahan
mitosis yang menghasilkan 2,4,8,16, sampai 32 sel. Selama perjalanan dalam
tuba fallopii menuju uterus, embrio yang berjumlah 32 sel yang disebut morulla
akan berkembang menjadi blastosist.

15. Jelaskan proses fertilisasi sel telur oleh polen pada tumbuhan
Jawab:
Setelah terjadi penyerbukan pada bunga, maka serbuk sari di kepala putik akan
membentuk saluran-saluran menuju ke bakal biji yang disebut buluh serbuk atau
buluh sari. Pada saat itu, inti vegetatif berjalan di muka dan diikuti inti generatif.
Fungsi dari inti generatif adalah mengatur pertumbuhan buluh serbuk sari menuju
ke ruang bakal biji. Inti generatif dibagi 2, yaitu:
a. Inti generarif 1, untuk membuahi inti sel telur dan membentuk zigot.
 b. Inti generarif 2, untuk membuahi inti kandung lembaga sekunder dam
membentuk endosperm atau putik lembaga.
Menjelang mencapai bakal buah, inti generatif membela menjadi 2. Setelah
sampai di pintu bakal biji, inti vegetatif melebur, kemudian inti sperma masuk ke
dalam bakal biji melalui mikrofil.
Fertilisasi pada tumbuhan biji terbuka (gymnospermae), inti spermatozoid
yang dihasilkan oleh serbuk sari akan membuahi sel telur sehingga dihasilkan
zigot saja sehingga akan disebut pembuahan tunggal.
Fertilisasi pada tumbuhan biji tertutup (angiospermae), di dalam bakal biji ada
2 buah inti, yaitu inti sel telur dan inti kandung kenbaga sekunder. Inti sperma 1
membuahi sel telur dan menghasilkan zigot yang akan tumbuh menjadi keping
lembaga, sedangkan inti sperma 2 akan membuahi inti kandung lembaga sekunder
dan menghasilkan putik lembaga. Jadi pada bakal biji terjadi 2 kali pembuahan
sehingga disebut pembuahan ganda

16. Jelaskan karakteristik kromosom pada proses meiosis dan mitosis

Jawab:
Pada Meiosis jenis pembagian nukleus yang mengurangi jumlah set kromosom
menjadi setengah dalam sel anak.
Sedangkan pada mitosis, jumlah kromosom sel anak ini sama dengan jumlah
kromosom yang ada pada induknya, yakni 2n (diploid)

17. Uraikan dengan singkat karakteristik dari sel-sel pada jantung dan sel hati jika
dilihat dari siklus selnya.
Jawab: sel – sel jantung
- Sel kontraktil .Sel ini bekerja memompa darah secara mekanis. Sel kontraktil
tidak dapat menghasilkan potential aksinya sendiri, sel kontraktil akan menunggu
potential aksi dari sel otoritmik barulah ia akan melakukan tugasnya dalam
pemompaan darah.
- Sel otoritmik merupakan sel yang bertugas mengirimkan potential aksi pada
sel kontraktil. Sel otoritmik hanya menyalurkan potential aksi pada sel kontraktil
sementara dia tidak melakukan aktivitas kontraksi untuk memompa darah.
Sel Hati
 - Sel Ito berada pada jaringan perisinusoidal, merupakan sel dengan banyak
vesikel lemak di dalam sitoplasma yang mengikat SEC sangat kuat hingga
memberikan lapisan ganda pada lumen lobus sinusoidal. Saat hati berada pada
kondisi normal, sel Ito menyimpan vitamin A guna mengendalikan kelenturan
matriks ekstraselular yang dibentuk dengan SEC, yang juga merupakan kelenturan
dari lumen sinusoid.
- Sel Kupffer berada pada jaringan intrasinusoidal, merupakan makrofaga
dengan kemampuan endositik dan fagositik yang mencengangkan. Sel Kupffer
sehari-hari berinteraksi dengan material yang berasal saluran pencernaan yang
mengandung larutan bakterial, dan mencegah aktivasi efek toksin senyawa
tersebut ke dalam hati. Paparan larutan bakterial yang tinggi, terutama paparan
LPS, membuat sel Kupffer melakukan sekresi berbagai sitokina yang memicu
proses peradangan dan dapat mengakibatkan cedera pada hati.
- Sel pit merupakan limfosit dengan granula besar, seperti sel NK yang
bermukim di hati. Sel pit dapat menginduksi kematian seketika pada sel tumor
tanpa bergantung pada ekspresi antigen pada kompleks histokompatibilitas utama.
Aktivitas sel pit dapat ditingkatkan dengan stimulasi interferon-γ.

18. Jelaskan dan berikan contoh soluble mediator melalui parakrin dan sinaptik
Jawab:
Parakrin: mediator lokal. Mempengaruhi sel target tetangga, dirusak oleh suatu
enzim ekstraselular atau diimobilisasi oleh Ekstra Cellular Matriks
Sinaptik: Penyampaian sinyal dapat dilakukan dengan cara protein dari suatu sel
berikatan langsung dengan protein lain pada sel lain. Contohnya hormone
neurotransmitter

19. Gambarkan dan berikan keterangan struktur kimia basa nitrogen sitosin dan
adenin
Jawab:
 Adenin (C5H5N5) sitosin (C4H5N3O)

20. Jelaskan dan berikan contoh fungsi reseptor pada permukaan sel
Jawab:
1. Tempat terjadinya interaksi antara sel dengan senyawa di permukaan sel
2. Serangkaian tempat untuk mengikat nutrisi sel
3. Sebagai tempat komunikasi sel

Pengampu Mata Kuliah

Dr. Ni Luh Putu Manik Widiyanti,S.Si.,M.Kes