LAPORAN PRAKTIKUM I

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

“ISOLASI DNA BUAH PISANG”

Disusun oleh :

Nama : Putri Margaretha Glaudy Pani

NIM : 19101105032

Program Studi : Farmasi

Kelas :A

Angkatan : 2019

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS SAM RATULANGI

MANADO

2021
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI..................................................................................................................i
BAB 1. PENDAHULUAN............................................................................................1
1.1 Dasar Teori...........................................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah................................................................................................2
1.3 Tujuan...................................................................................................................2
BAB 2. MATERI DAN METODE...............................................................................3
2.1 Alat dan Bahan.....................................................................................................3
2.2 Prosedur Kerja......................................................................................................4
BAB 3. HASIL DAN PEMBAHASAN........................................................................7
3.1 Hasil......................................................................................................................7
3.2 Pembahasan..........................................................................................................8
BAB 4. PENUTUP........................................................................................................8
4.1 Kesimpulan.........................................................................................................10
DAFTAR PUSTAKA...................................................................................................ii

i
 BAB 1
PENDAHULUAN
1.1 Dasar Teori
DNA (Deoksiribosa Nucleid Acid) merupakan persenyawaan kimia yang paling
penting pada makhluk hidup yang membawa keterangan genetic dari sel khususnya atau dari
makhluk hidup dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. DNA ada
dalam setiap sel makhluk hidup. DNA adalah materi genetik yang diwarisi
organisme dari orang tuanya. Suatu molekul DNA sangat panjang dan umumnya terdiri
atas ratusan bahkan ribuan gen. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu suatu molekul
organic yang disebut basa nitrogen,suatu pentose (gula berkarbon lima), dan gugus
fosfat yang tergabung dalam nukleotida (Campbell et al., 2002).
Materi itu berbentuk seperti tangga, bukan tangga yang lurus tetapi tangga yang
berpilin. Kedua sisi tangga dihubungkan oleh anak tangga. Pada DNA hanya ada dua jenis
tangga yaitu anak tangga yang dibentuk oleh pasangan basa nitrogen Adenin dan Timin (A-
T) dan basa Guanin dan Citosin (G-C). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan
ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), diamana basa
nitrogen dan kedua “benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap
melalui ikatan hydrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat.
DNA ditemukan pertama kali pada tahun 1869. Melalui teknologi Xray diketahui
bahwa DNA memiliki struktur yang tertata secara rapi dan memiliki model rantai ganda
DNA yang dipublikasikan oleh Watson dan Crick di jurnal Nature pada tahun 1953. Sejak
itu, teknik pemurnian DNA mengalami perkembangan yang pesat dan menjadi prosedur rutin
yang dilakukan didalam penelitian molekuler diberbagai bidang.
DNA terletak didalam sel. Oleh karena itu untuk mendapatkan DNA diperlukan tahap
khusus yang biasanya dilakukan di laboratorium tertentu. Untuk mengeluarkan DNA dari sel
maka teknik pemurnian DNA secara biokimia dilakukan dengan cara merusak dinding sel
menggunakan larutan bufer tententu dan campuran berbagai jenis deterjen. Dengan
terbukanya lapisan membran sel maka DNA dapat dikeluarkan dan diendapkan dengan
penambahan alkohol.
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup
dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai
cara akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah

1
berbeda, antara lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti
polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler
lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
(Carboni, 2007)
Isolasi DNA adalah suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni,
yaitu tanpa protein dari suatu sel dalam jaringan. Pada proses isolasi DNA ini, sel eukariotik
harus dihancurkan terlebih dahulu melalui cara mekanik dan enzimatis. Hal ini disebabkan
memberan sel dari membrane inti sebagian besar tersusun atas lipida, oleh karena itu pada
praktikum ini digunakan detergen untuk mengikat atau menurunkan tegangan permukaannya.
Isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk memisahkan DNA
dari komponen-komponen sel seperti lipid, protein, dan RNA Prinsip kerja isolasi dan
purifikasi DNA terdiri atas 5 tahap yaitu: pemecahan membran sel, penghilangan protein,
penghilangan RNA, presipitasi DNA, pengukuran kemurnian dan kuantitas DNA (Surzycki,
2003). Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi
yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel
buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda beda pula.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana proses dan cara pemisahan (isolasi) DNA buah pisang ?
2. Bagaimana kerja deterjen, garam dan etanol dingin pada proses isolasi DNA buah
pisang ?

1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui dan memahami proses dan cara pemisahan (isolasi) DNA buah
pisang
2. Untuk memahami kerja dan fungsi dari deterjen, garam dan etanol dingin pada proses
isolasi DNA buah pisang

2
 BAB 2
MATERI DAN METODE
2.1 Alat dan Bahan
Alat :
1. gelas transparan
2. kantong plastik
3. saringan
4. tusuk gigi
Bahan :
1. Pisang masak 1 buah
2. 1 sendok garam
3. Detergen/sabun cair
4. alkohol 95% dingin
5. Air
2.2 Langkah Kerja
1. buah pisang dikupas dari kulitnya

2. buah pisang yang telah dikupas dimasukkan kedalam kantong plastic

3
3. buah pisang didalam kantong plastic dihaluskan

4. dialam gelas transparan masukkan air sebanyak 30 ml

5. ditambahkan garam kedalam gelas sebanyak 1 sendok makan

4
6. kemudian ditambahkan detergen sebanyak 1 sendok makan aduk hingga homogeny

7. campuran air, garam dan deterjen dimasukkan kedalam plastic yang berisi pisang
yang telah dihaluskan

8. dicampur didalam plastic hingga homogen

9. setelah homogen, campuran tersebut disaring menggunakan saringan kedalam gelas
transparan

5
10. ditambahkan etanol dingin secara berlahan kedalam gelas yang berisi hasil saringan
tersebut

11. kemudian benang-benang putih yang merupakan DNA dari buah pisang diangkat
dengan tusuk gigi agar bisa diamati dengan jelas

6
 BAB 3
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Hasil
Hasil Pengamatan
No Sampel Perlakuan Hasil Pengamatan
Larutan Utas DNA
Warna Bentuk Warna Bentuk
1 Pisang Deterjen cair + Kuning Cair Putih Benang
Garam + Etanol Cerah halus

7
7
3.2 Pembahasan
Pada praktikum biologi sel dan molekuler kali ini, dilakukan isolasi DNA buah.
Buah yang digunakan yaitu buah pisang yang sudah matang. Pemilihan buah pisang yang
telah matang ini adalah untuk mempermudah proses penghalusan bahan. Dalam proses
isolasi DNA ada beberapa tahapan yang harus dilakukan :
1. Penghalusan/pelumatan buah. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa
dinding sel dan membran sel. Dinding sel tersusun dari polisakarida. Untuk
mengisolasi DNA, maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel
yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus
bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. Selain itu,
penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya
sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi
selanjutnya (Carboni, 2007).
2. Penambahan garam bertujuan untuk mengektraksi DNA. DNA yang terdapat didalam
nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. Penambahan
garam dengan konsentarasi tinggi dapat memisahkan nuclear protein (khususnya
protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan
benang putih dipermukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat (polisakarida)
yang terkandung dalam ekstrak. Penambahan garam juga dapat membantu proses
presipitasi DNA. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membrane sel secara difusi dan
memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. Ion Na+ pada garam dapat mengikat
ion fosfat- pada DNA, sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama
(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak
lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. Proses tersebut mempermudah pemekatan
dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA (Weising et al., 2005).
3. Penggunaan larutan deterjen. Proses pemecahan membran sel yang paling terbaik
dilakukan dengan menggunakan bahan-bahan kimia seperti detergen atau dengan
menggunakan enzim (Surzycki, 2003). Bahan yang digunakan di antaranya
mengandung detergen anionik yaitu berupa SDS (Sodium Deodecyl Sulfate) yang
mampu mendegradasi membran sel 0 (Sharpe, 2005). Sisi hidrofilik pada deterjen
akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan
mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid
protein-deterjen kompleks”.Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang
menyatukan membran sel, sehingga membrane sel pun terdegradasi/lisis.

8
 4. Penambahan etanol dingin yang dituangkan secara perlahan melewati dinding sel
bertujuan agar larutan yang komponenya mulai terpisah tidak menyatu kembali.
Setelah beberapa saat, maka akan segera terlihat bahwa etanol berada dilapisan atas
sementara filtrate berada di dasar, hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas
yang lebih kecil dibandingkan air. Kemudian akan muncul kumpulan benang-benang
putih yang melayang-layang dipemukaan larutan. Kumpulan benang-benang putih
tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrate. DNA dapat memisah dari larutan
(ethanol+ filtrate) karena DNA tidak larut dalam etanol. Suhu etanol yang dingin
berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA, semakin dingin suhu etanol,
maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. Walau DNA
yang terkumpul sangat banyak, kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan
double helix, walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun karena susunan
double helix DNA hanyalah gambaran mikrofag saja.
Munculmya benang-benang berwarna putih yang merupakan DNA dari buah pisang.
Namun dari foto diatas dapat dilihat hanya sedikit DNA yang terisolasi. Ada beberapa faktor
yang mempengaruhi hal tersebut. Konsentrasi DNA yang terpresipitasi tergantung dari
beberapa hal, antara lain : keenceran sumber DNA yang digunakan dan suhu ethanol.
Semakin encer filtrate, maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Sementara
semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat.

9
 BAB 4
PENUTUP
4.1 Kesimpulan
Isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk memisahkan DNA
dari komponen-komponen sel seperti lipid dan protein. Prinsip kerja isolasi dan purifikasi
DNA terdiri atas beberapa tahap yaitu: pemecahan membran sel, penghilangan protein,
presipitasi DNA, dan pengukuran kemurnian dan kuantitas DNA.
Penambahan garam bertujuan untuk mengektraksi DNA. DNA yang terdapat didalam
nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. Penambahan garam juga
dapat membantu proses presipitasi DNA. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membrane sel
secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. Penggunaan larutan deterjen
membantu proses pemecahan membran sel Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi
protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi
hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”.Peristiwa
inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel, sehingga
membrane sel pun terdegradasi/lisis. Penambahan etanol dingin yang dituangkan secara
perlahan melewati dinding sel bertujuan agar larutan yang komponenya mulai terpisah tidak
menyatu kembali. Suhu etanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan
DNA, semakin dingin suhu etanol, maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan
semakin banyak.

10
 Daftar Pustaka

C. E. Housecroft and Alan G. Sharpe, 2005, Inorganic Chemistry, 2- nded.,PearsonEducation

Limited, p. 786-787 and 799

Campbell, N.A., Reece, J.B., & Mitchell, L.G. (2002). Biologi. Jilid 1. Edisi Kelima. Alih
Bahasa: Wasmen. Jakarta: Penerbit Erlangga.

Carboni L , Buffa R, FlorisG, Putzu PF, Marini E, 2007. Somatotype in Elderly Type 2
Diabetes Patients. Coll. Antropol. 31 (2007) 3: pp.733–737.

Surzycki, S. 2003. Human Molecular Biologi Laboratory. Malden: Black Well Publishing.

Weising, K., H. Nybom, K. Wolff, and G. Kahl. 2005. DNA Fingerprinting in Plants:
Principles, Methods, and Applications. Second Edition. Taylor & Francis Group. Boca Raton.

ii