Masyarakat Nagur telah mempunyai kepercayaan bahwa langit dan bumi beserta
isinya diciptakan oleh Ompung Naibata (Dewata). Naibata adalah suatu pribadi
mahakuasa yang dipercaya sebagai sumber segalanya. Orang Simalungun meyakini
pribadi Naibata sebagai penguasa alam semesta raya. Naibata adalah suatu pribadi
tritunggal yaitu Naibata di atas (dilambangkan dengan warna Putih), Naibata di tengah
(dilambangkan dengan warna Merah), dan Naibata di bawah (dilambangkan dengan
warna Hitam), yang menguasai Nagori Atas, Nagori Tongah dan Nagori Toruh.[3] Tiga
warna yang mewakili Dewa-Dewa tersebut (Putih, Merah dan Hitam) mendominasi
berbagai ornamen suku Simalungun dari pakaian sampai hiasan rumahnya.
Naibata menciptakan alam raya dengan struktur yang terdiri dari tiga wilayah
(Nagori). Nagori bisa diartikan sebagai daerah (wilayah) tempat tinggal. Ketiga Nagori
itu yakni Nagori Atas (surga), Nagori Tongah (bumi), dan Nagori Toruh (alam baka).
Nagori Atas adalah tempat Naibata dan para dewa yang memberi berkat kepada umat
manusia. Ada pemahaman bahwa manusia tidak dapat berhubungan langsung dengan
Naibata. Manusia hanya dapat menyembah Naibata melalui roh-roh atau dewa-dewa,
karena roh-roh ini yang bisa berhubungan langsung dengan Naibata. Dogma kepercayaan
seperti ini diduga diwarisi nenek moyangnya dari India. Namun siapa Naibata yang
dimaksud tidak sejelas dan tidak selengkap yang ada pada kepercayaan Hindu sekarang.
Nagori Tongah adalah tempat berdiam umat manusia dan Nagori Toruh adalah
tempat berdiam para arwah, roh keramat serta begu-begu (roh orang yang sudah
meninggal). Manusia yang berada di tengah (Nagori Tongah) sepanjang hayatnya akan
selalu dipengaruhi oleh kedua kekuatan baik dari Nagori Atas maupun dari Nagori Toruh.
Apabila seseorang manusia lebih banyak terpengaruh ke alam Nagori Atas, maka manusia
tersebut menjadi manusia baik dan hidup bahagia. Sementara apabila manusia lebih
banyak terpengaruh ke alam Nagori Toruh, maka manusia tersebut menjadi jahat dan
menderita.
Dengan kepercayaan bahwa Naibata adalah pencipta segala yang ada di bumi,
maka segala sesuatu yang ada di bumi adalah penjelmaan Naibata, dan karena itu juga
mereka memiliki roh. Ketundukan kepada Naibata diungkapkan dengan rasa hormat pada
makhluk atau benda di bumi. Mereka percaya semua benda (makhluk) memiliki kekuatan
tersendiri. Pada zamannya orang Simalungun banyak yang menyembah batu besar, pohon
besar, sungai besar dan lain-lain.
Orang Simalungun percaya bahwa manusia dikirim ke dunia oleh Naibata dan
dilengkapi dengan Sinumbah yang dapat juga menetap di dalam berbagai benda, seperti
alat-alat dapur dan sebagainya, sehingga benda-benda tersebut harus disembah. Orang
Simalungun menyebut roh orang mati sebagai Simagot. Baik Sinumbah maupun Simagot
harus diberikan korban-korban pujaan sehingga mereka akan memperoleh berbagai
keuntungan dari kedua sesembahan tersebut.
Menurut kepercayaan manusia, dunia ini di diami oleh berbagai makhluk dan
kekuatan yang tidak dapat dikuasai oleh manusia. Pada dasarnya hal-hal in i ditakuti
oleh manusia itu sendiri. Kekuatan yang tidak dapat dikuasai oleh manusia inilah
yang menyakinkan manusia akan adanya Tuhan. Keyakinan akan adanya Tuhan bagi
setiap bangsa ataupun suku bangsa di dunia ini, karena adanya kuasa-kuasa di luar
kuasa manusia itu adalah kuasa-kuasa yang nyata yang dapat dilihat dan dirasakan
keberadaannya.
Mereka menyebutnya kuasa dewa dari segala dewa yaitu dewa tertinggi (High
God). Dewa tertinggi ini dikenal dengan nama Dewa Naibata. Dewa Naibata selalu di
samakan dengan falsafah Habonaron Do Bona, berarti pangkal dari segala sesuatu
adalah kebenaran. Dewa Naibata diidentikan dengan Tuhan Yang Maha Esa yang
tidak bermula dan tidak berujung.
Roh leluhur atau nenek moyang dari beberapa marga disebut Simagod, dan
begu-begu orang keramat disebut sinumba. Dalam kepercayaan anismisme jelas
terlihat pemujaan pada roh-roh. Umumnya simagod dan sibumba dipuja secara resmi.
Simagod dipuja oleh beberapa keluarga dan sinumba dipuja oleh seluruh masyarakat
desa. Sinumba dipuja untuk meminta keselamatan dan kesejahteraan bagai seluruh
warga desa sedangkan simagod dipuja untuk meminta keselamatan dan kesejahtraan
bagai keturunan keluarga tersebut saja.