Polymerase Chain Reaction (PCR)

BAB II PEMBAHASAN

2.1 Pengertian polymerase Chain Reaction....................................................3

2.2 Tujuan PCR .............................................................................................3

2.3 Manfaat PCR ...........................................................................................3

2.4 Manfaat PCR Di Bidang Farmasi.............................................................6

2.5 Komponen-Komponen PCR.....................................................................8

BAB II

PEMBAHASAN

2.1. Pengertian PCR (Polymerase Chain Reaction)

Polymerase Chain Reaction, PCR adalah suatu metode enzimatis untuk
amplifikasi DNA dengan cara in vitro. magnesium menstimulasi aktivasi
polimerase. (Zuhriana,2010)

2.2 Tujuan PRC (Polymerase Chain Reaction)

a. Amplifikasi DNA
b. Mempercepat proses isolasi.

2.3 Manfaat PCR (Polymerase Chain Reaction)

Reaction (PCR Polymerase Chain) dapat digunakan untuk:
a. Amplifikasi urutan nukleotida.
b. Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami
mutasi.
c. Bidang kedokteran forensik.
d. Melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan “finger print”.
Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan,

1
2.4 Manfaaat PCR di Bidang Farmasi

1. Mendeteksi Begomovirus Pada Tomat (Lycopersicon esculentum Mill.)

menggunakan PCR, Primer Degenerate dan Spesifik Gen AV1
Mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi tanaman tomat pada
beberapa daerah produksi tomat di Jawa Timur, Daerah Istimewa
Jogjakarta, Jawa Tengah dan Jawa Barat menggunakan teknik PCR
dengan primer degenerate dan primer spesifik gen AV1.

2.5 Kompenen-komponen PCR

1. DNA Template/cetakan

DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan.

Fungsi DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan untuk
pembentukan molekul DNA baru yang sama. Templat DNA ini dapat berupa
DNA kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen DNA apapun asal di dalam
DNA templat tersebut mengandung fragmen DNA target yang dituju.

2.    Primer

Primer adalah rantai DNA pendek yang terdiri atas beberapa

nukleotida. Primer yang umum digunakan terdiri atas 10 atau lebih nukleotida
(oligonukleotida).

3. DNA Polimerase

DNA Polimerase yaitu enzim yang mengkatalisis polimerisasi

nukleotida menjadi untaian DNA. DNA Polimerase berfungsi sebagai
katalisis untuk reaksi polimerisasi DNA.

3. Larutan Buffer PCR Dan MgCl2

2
 Larutan Buffer yaitu bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi
agar berjalan optimum dan menstabilkan DNA polymerase. Buffer berfungsi
untuk menjamin pH medium, membantu menstabilisasi enzim polimerase
DNA, mempengaruhi kerja enzim, dan atau DNA melting temperature ( Tm).

Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20-

30 kali. Setiap siklus terdiri dari tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap
bekerjanya PCR dalam siklus:

1. Denaturasi

Denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas

tunggal. Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran suhu 92
– 95 oC. Denaturasi awal dilakukan selama 1 – 3 menit diperlukan untuk
meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi menjadi untai tunggal.
Denaturasi yang tidak berlangsung secara sempurna dapat menyebabkan
utas DNA terputus. Tahap denaturasi yang terlalu lama dapat
mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim polimerase.

2.  Annealing

Annealing merupakan proses penempelan primer. Tahap annealing

primer merupakan tahap terpenting dalam PCR, karena jika ada sedikit
saja kesalahan pada tahap ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan
hasil akhir produk DNA yang diinginkan. Faktor yang mempengaruhi
tahap ini antara lain suhu annealing dan primer. Suhu annealing yang
terlalu rendah dapat mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang
tidak spesifik, sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan
kespesifikan amplifikasi. Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga
mencapai 70–74oC bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA
polimerase. Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya
dilakukan pada suhu 72oC, yaitu suhu optimal untuk Taq DNA polimerase.
Selain itu, pada masa peralihan suhu dari suhu annealing ke suhu
extension sampai 70 oC juga menyebabkan terputusnya ikatan-ikatan tidak

3
 spesifik antara DNA cetakan dengan primer karena ikatan ini bersifat
lemah. Selain suhu, semakin lama waktu extension maka jumlah DNA
yang tidak spesifik semakin banyak.

3.  Elongasi atau pemanjangan DNA

Elongasi merupakan proses pemanjangan DNA. Dalam tahap

extension atau sintesis DNA, enzim polimerase bergabung bersama
dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis sebuah
DNA utas ganda. Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke siklus
selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA.

BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu metode enzimatis

untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. Polymerase chain reaction
(PCR) bertujuan untuk mempercepat proses isolasi dan amplifikasi DNA.
Adapun manfaatnya yaitu untuk amplifikasi urutan nukleotida, menentukan
kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi, dibidang
kedokteran forensik, melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan “finger
print”. Komponen yang terdapat pada PCR diantaranya DNA cetakan / template,
DNA polymerase, primer, Deoxynucleoside triphosphates ( dNTP ), Larutan
Buffer PCR Dan MgCl2. Dan terdapat tiga tahapan yaitu denaturasi, annealing
dan elongasi.

4
5