LABORATORIUM FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS HALU OLEO

LAPORAN BIOKIMIA FARMASI

PERCOBAAN IX
ISOLASI DNA

OLEH :

NAMA : AISAH NUR HAWA

NIM : OIA1 17 134
KELAS :C
KELOMPOK : II (DUA)
ASISTEN : SARIPUDDIN, S. Si

JURUSAN FARMASI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS HALUOLEO

KENDARI

2018
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Biokimia merupakan pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut

pandang kimia. Biokimia mempelajari struktur dan fungsi komponen selular,

seperti protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan biomolekul lainnya.

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit

mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya di oksinukleotida maka asam

nukleat itu disebut dioksiribonukleat (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit

mononukleotida disebut ribonukleat (RNA).

DNA merupakan materi genetik pada hampir semua organisme, kecuali

pada beberapa bakteriophage, virus, dan beberapa tanaman yang materi

genetiknya berupa RNA. DNA terbentuk dari dua kelompok basa yang

berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimidin. DNA dapat

diisolasi baik pada manusia maupun tumbuhan, isolasi DNA merupakan

langkah tepat untuk mempelajari DNA. Berdasarkan penjelasan diatas maka

dilakukanlah percobaan ini dengan tujuan untuk mengetahui metode umum

mengisolasi DNA dari buah dan sayur.

B. Rumusan Masalah

Rumusan masalah pada percobaan ini adalah bagaimana metode umum

mengisolasi DNA dari buah dan sayur?

C. Tujuan

Tujuan percobaan ini yaitu mengetahui cara metode umum mengisolasi

DNA dari buah dan sayur.

D. Manfaat

Manfaat percobaan ini yaitu agar mahasiswa dapat mengetahui cara

metode umum mengisolasi DNA dari buah dan sayur.

 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Teori Umum

Asam nukleat adalah senyawa-senyawa yang berfungsi menyimpan

semua informasi genetika, yaitu karakteristik (sifat keturunan) yang diterima

oleh suatu organisme dari generasi sebelumnya untuk kemudian di wariskan

kepada generasi selanjutnya. Struktur asam nukleat sangat ditentukan oleh

adanya molekul air disekitarnya sehingga aktivitas biologis dari asam nukleat

dapat berlangsung karena adanya molekul air disekitarnya (Safitri dan Titiek,

2018).

DNA atau Acid Deoksinibonukleik diketahui sebagai bahan kimia yang

paling penting dalam kehidupan yaitu merupakan rangkaian elemen molekul-

molekul yang menentukan bentuk dan sifat makhluk hidup yang ada di muka

bumi (Shariff dan Abdul, 2018).

Kualitas DNA dapat diukur dengan elektroforesis dan spektrofotometer,

sedangkan kuantitas DNA diukur dengan alat spektrofotometer. Kualitas

DNA ditetapkan berdasarkan nilai rasio A260/A280 sekitar 1,8–2,0. Kuantitas

DNA ditetapkan berdasarkan Density Optic (Muzuni, 2017).

Isolasi DNA merupakan salah satu teknik dasar dalam biologi molekuler

yang dapat dikembangkan menjadi penelitian-penelitian yang kompleks

mengenai informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme. Informasi

pada DNA disimpan dalam bentuk basa nukleotida yaitu adenine (A),

guanine (G), cytosine (C), dan timin (T) (Widyastuti, 2018).

 Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA

berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya.

Molekul DNA bermuatan negatif sehingga didalam medan listrik akan

bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anoda) (Harahap, 2018).

Prosedur elektroforesis adalah gel agarose dibuat dengan buffer TBE,

konsentrasi 1% loading buffer berupa TBE IX, dengan volume disesuaikan

untuk merendam gel agarose. Gel agarose dimasukkan kedalam tangki

elektroforesis yang telah diisi TBE IX. Sampel diloading dengan loading Dye

kemudia dimasukkan ke dalam sumur agarose. Elektroforesis dihidupkan

selama 30 menit. Setelah selesai, gel divisualisasi dengan menggunakan gel

illumination (Suriana dkk., 2018).

Cara membuat gel agarose untuk deteksi hasil isolasi DNA dapat

dilakukan dengan beberapa cara yaitu menimbang agarose 0,8 mg dilarutkan

ke dalam 100 ml TBE IX, memanaskan kedalam microwave dengan suhu

100oC selama ±2 menit, kemudian mendinginkan ±20 menit, menuangkan

kedalam cetakan gel sesuai sumur/well yang diperlukan, kemudian ditunggu

hingga dingin ±30-40 menit sehungga benar-benar padat (Lestari, 2017).

 BAB III

METODOLOGI PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari jumat 19 Oktober 2018 pukul 08.00

sampai selesai bertempat dilaboratorium farmasi fakultas farmasi Universitas

Halu Oleo.

B. Alat dan Bahan

1. Alat

Alat-alat yang digunakan pada percobaan ini adalah batang pengaduk,

corong, cutter,elektromantel,gelas kimia (Pyrex)100 mL 2 buah dan 500 mL 1

buah, gelas ukur 100 mL 2 buah, Ice box, kaca arloji 1 buah, lumpang dan alu,

lap kasar dan lap halus, pipet mikro 2, pipet tetes 2 buah, sentrifugasi dan tube

ependen dan sendok tanduk.

2. Bahan

Bahan-bahan yang digunakan pada percobaan ini adalah akuades, agarrosa

0,5%, es batu, etanol 96%, kertas saring, loading day,EBT,buffer TAE, label,

sabun, handskun, tisu, sampel (bayam dan sirsak).

C. Prosedur kerja

Sampel
- Dilumatkan dalam lumpang
- Diambil 100 gram sampel yang
telah dilumatkan
- Dimasukkan kedalam gelas kimia
- Ditambahkan larutan sabun
- Diaduk tanpa buih
- Disaring

Fitrat Residu

- Diambil fitrat
- Ditambahkan etanol 96% dingin
hingga terbentuk benang DNA
- Dimasukkan kedalam tube
- Disentrifuge dengan kecepatan 300
rem selama 10 menit.
- Dibuang dari larutan dari tube
sehingga tinggal endapan
- Disimpan- dan didinginkan
Dimasukkan endapan
gel dalam alat elektroforesis
dalam tube
- Ditambahkan buffer TAE
- Diambil endapan yang sebelumnya telah
Hasil pengamatan.
diencerkan dengan akuades menggunakan
pipet mikro
- Diteteskan 8 mikro pada loading dye dikaca
arloji
- Dicampur
- Dipipet dan dimasukkan kedalam sumur pada
agarosa
- Dirunning selama 30 menit
Elektroforesis
- Direndam gel pada EtBr
- Diletakkan gel agarosa diatas sinar uv.
Hasil pengamatan ?

BAB IV
 HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan

No Sampel Gambar Keterangan

1 Kelengkeng Tidak Menyala (-)
2 Mangga Tidak Menyala (-)
3 Anggur Hitam Tidak Menyala (-)
4 Durian Tidak Menyala (-)
5 Buah naga Tidak Menyala (-)
6 Kelapa Muda Tidak Menyala (-)
7 Pir Tidak Menyala (-)
8 Sirsak Tidak Menyala (-)
9 Sawi Tidak Menyala (-)
10 Kangkung Tidak Menyala (-)
11 Paprika kuning Tidak Menyala (-)
12 Paprika Hijau Tidak Menyala (-)
13 Paprika merah Menyala redup (+)
14 Seledri Menyala redup (+)
15 Tomat Ceri Menyala redup (+)
16 Bayam Tidak Menyala (-)

B. Pembahasan

DNA atau Deoxyribonucleic merupakan senyawa kimia yang paling

penting dalam makhluk hidup. DNA adalah asam nukleat yang mengandung

materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh

bentuk kehidupan. Secara seluler DNA terdiri dari tiga macam molekul, yaitu

gula deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen.

Uji yang dilakukan pada percobaan ini adalah isolasi DNA yaitu proses

pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis) biasanya

dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer

lisis untuk mencegah DNA rusak. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga

yakni penghancuran (lisis), ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat

seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.

Perlakuan pertama yang diberikan pada buah dan sayur yaitu mengupas

serta memotongnya menjadi ukuran yang lebih kecil, hal ini dilakukan agar

pada saat penghancuran sampel mudah dihancurkan menjadi partikel-partikel

yang lebih kecil. Selanjutnya yaitu menambahkan cairan sabun dengan air, hal

ini bertujuan untuk merusak membrane sel dari kedua sampel. Perusakan

membrane sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang terbentuk antara sabun

dengan zat-zat yang ada pada sampel. Setelah itu kedua sampel disaring

masing-masing dan diambil residunya. Tahap selanjutnya yairu penambahan

alkohol 46%, penambahan ini bertujuan untuk mempermudah terjadinya

presipitasi pada benang-benang DNA. Alkohol tersebut mampu membawa

asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan sampai

terbentuk benang-benang halus dipermukaan. Setelah itu sampel didinginkan

agar dapat menonaktifkan kerja seluler dan disentrifugasi dengan kecepatan

3.500 rpm selama 10 menit tujuannya adalah agar dapat memisahkan debris
dan komponen sel lain yang menjadi penyebab kontaminasi dengan DNA,

sehingga hasil endapan DNA selanjutnya dicuci dengan akuades.

Proses selanjutnya yaitu pengamatan kualitas DNA dengan

elektroforesis gel agarosa 1% bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya DNA,

keutuhan DNA hasil isolasi dan tingkat kemurnian DNA dari kontaminasi

RNA. Penambahan loading dye berfungsi sebagai pemberat dan pewarna

karena mengandung gliserol dan bromphenol blue. Penambahan ini dilakukan

setelah penambahan kedua sampel lalu dimasukkan campuran pada gel

agarosa. Lalu dielektroforesis pada tegangan 100 V selama 30 menit.

Selanjutnya direndam gel agarosa pada larutan eter kurang dari 15 menit

dengan tujuan agar dapat memvisualisasi DNA. Larutan Ethidium bromida

akan menyisip diantara utas basa nitrogen (pada ikatan hydrogen) sehingga

membantu meredakan DNA saat dilihat dibawah sinar UV yang nantinya

divisualisasikan dengan menggunakan geldoc. Penandaran DNA akan terlihat

sebagai pita-pita yang bermigrasi pada gel dari kutub negatif ke kutub positif.

Hasil dari praktikum ini yaitu sampel tomat terdapat pita-pita DNA

sehingga muncul warna pada saat disinari oleh sinar UV sehingga pada sampel

pear tidak terdapat pta-pita DNA hal ini mungkin terjadi karena tidak semua

sel-sel pada sampel terjadi lisis sehingga penambahan buffer lisis tidak efektif

untuk memisahkan isi sel dengan debris sel. Akibatnya DNA yang diperoleh

memiliki pita yang tipis pada hasil elektroforesis sel agarosa. Selain itu,

kesalahan pada saat praktikum dapat menjadi faktor penyebab kegagalan pada

praktikum.
 Manfaat percobaan ini dalam bidang farmasi adalah seorang farmasis

mampu mengetahui dan memahami metode isolasi DNA untuk menentukan

tingkat kemurnian DNA yang digunakan untuk menentukan sumber data

genetik.

BAB V

KESIMPULAN
 Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan maka dapat ditarik kesimpulan

bahwa :

1. Metode umum dalam mengisolasi DNA dilakukan dengan melalui tahapan

preparasi, ektraksi sel , permurnian, dan presipitasi DNA.

2. Isolasi DNA pada buah dan sayur dilakukan dengan tahapan isolasi DNA,

ekstraksi DNA, dan ekstrotoresis. Hasil yang diperoleh untuk sampel

buah, semua sampel tidak terlihat pita DNA. Sedangkan hasil yang

diperoleh untuk sampel sayur, hanya paprika merah, seledri, dan tomat

ceri yang terlihat pita DNA.

DAFTAR PUSTAKA

Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis Analisis Elektronika Terhadap Biokimia

Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. Vol.2(1).
Lestari, N. A. 2017. Variasi Genetik Sapi Bali (Bos Sondaicus) Berdasarkan Gen
SRY dengan Menggunakan Metode Sequencing. Jurnal Agribisnis.
Vol.1(1).

Muzuni, 2017. Amplifikasi Gen EF-IA Hama Penggerek Buah Kakao dengan
Teknik PCR dan Karakteristiknya. Jurnal Biologi. Vol.2(1).

Safitri, N. D. dan Titiek. 2018. Pengaruh Tingkat Pemberian Air dan Waktu
Aplikasi GA3, pada Pertumbuhan dan Hasil Tanaman Kedelai. Jurnal
Produksi Tanaman. Vol.6(3).

Shariff, N. A. A. dan Abdul. 2018. Pendalilan Ayat Hukum dan Kaedah Fiqih
dalam Penghujanan Fatwa Berkaitan DNA. Jurnal Fatwa. Vol.12(1).

Suriana, Jamili dan Parakkasi. 2018. Karakteristik Gen Sitokiom Coksidase sub
unit I (COI) Lebah Liar Asal Pulau Hoga Sulawesi Tenggara. Jurnal
Veteriner. Vol.19(1).

Widyastuti, D. A. 2018. Isolasi DNA Kromosom Salmonella sp. Dan

Visualisasinya pada Elektroforesis Gel Agarosa. Jurnal Pendidikan
Biologi dan Saintek. Vol.1(1).