STEP BY STEP AUTODOCK

SIAPKAN PROTEIN
1. Download file protein yang diinginkan dalam PDB format dari https://www.rcsb.org/
2. Buka file protein dengan Discovery Studio
3. Hilangkan air  klik Scripts  Selection  Select Water Molecules  Delete
4. Hilangkan native ligan  klik Scripts  Selection  Select Ligands  Delete
5. Simpan dalam PDB format dalam directory kerja  klik File  Save as  pada bagian
Save as type, pilih PDB  Save

SIAPKAN LIGAN
1. Download file ligan yang diinginkan dalam 3D Conformer SDF format dari
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Convert menjadi PDB format dengan Discovery Studio dan simpan dalam directory
kerja  buka file ligan dengan Discovery Studio  klik File  Save as  pada bagian
Save as type, pilih PDB  Save

MOLECULAR DOCKING
 Setting directory kerja  klik File  Preferences  Set  copy lokasi directory kerja
dan paste di bagian Startup Directory  klik Set

a. Preparasi Protein
1. Buka file protein dengan AutoDock  klik File  Read Molecule  pilih file
protein
2. Tambahkan hidrogen  klik Edit  Hydrogens  Add  pilih Polar Only  OK
3. Tambahkan muatan  klik Edit  Charges  Add Kollman Charges  OK

b. Preparasi Ligan
1. Buka file ligan dengan AutoDock  klik Ligand  Input  pilih file format PDB
 Open (untuk hide struktur protein, klik kanan di nama protein  hide molecule)
2. Tambahkan hidrogen  klik Edit  Hydrogens  Add  pilih Polar Only  OK
 3. Tambahkan muatan  klik Edit  Charges  Compute Gasteiger  OK
4. Pilih torsi  klik Ligand  Torsion Tree  Detect Root
5. Setting torsi  klik Ligand  Torsion Tree  Choose Torsions  klik “Make
peptide backbone bonds non-rotatable”, klik “Make amide bonds rotatable”, klik “
Make all active bonds non-rotatable”  Done
6. Simpan dalam PDBQT format  klik Ligand  Output  Save as PDBQT 
Save

c. Docking
1. Pilih protein  klik Grid  Macromolecules  Choose  pilih protein  klik
Select Molecule  OK  akan muncul tab baru  Save
2. Pilih ligan  klik Grid  Set Map Types  Choose Ligand  pilih ligan  klik
Select Ligand  OK
3. Setting grid box  klik Grid  Grid Box  masukkan data yang didapatkan setelah
validasi  klik File  Close saving current
6LU7
Number of points in x-dimension 40
Number of points in y-dimension 54
Number of points in z-dimension 42
Spacing 0.375
x-center -9.768
y- center 11.436
z- center 68.518
4. Save  klik Grid  Output  ditulis (nama).gpf (.gpf harus diketik)  Save
5. AutoGrid  klik Run  Run AutoGrid  pada bagian Parameter Filename, pilih
file (nama).gpf  Launch
6. Pilih protein untuk docking  klik Docking  Macromolecule  Set Rigid File
Name  pilih protein.pdbqt  Open
7. Pilih ligan untuk docking  klik Docking  Ligand  Choose  pilih ligan  klik
Select Ligand
8. Atur parameter docking  klik Docking  Search Parameters  Genetic Algorithm
 atur Number of GA Runs (10) & Maximum Nummber of evals (medium) 
Accept
9. Save  klik Docking  Output  Lamarckian GA  ditulis (nama).dpf (.dpf harus
diketik)  Save
10. AutoDock  klik Run  Run AutoDock  pada bagian Parameter Filename, pilih
file (nama).dpf  Launch
11. Buka file (nama),dlg dengan Notepad++  lihat RMSD & binding energy
12. Untuk visualisasi, buka file (nama).dlg dengan AutoDock  klik Analyze 
Docking  Open  pilih (nama).dlg  Open
13. Buka makromolekul  klik Analyze  Macromolecule  Open
14. Analisis konformasi  klik Analyze  Conformations  Play  klik Open Panel to
Change Play Options (icon kedua dari kanan)  centang Build H-bonds, centang
Show Info  cek binding energy