Genetika Pertanian
Ekpresi gen
DI SUSUN OLEH :
PRODI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS TADULAKO
KATA PENGANTAR
Segala puji kita panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah
memberikan rahmat dan hidayah-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini,
Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi kita semua dan dengan adanya
penyusunan makalah seperti ini, pembaca dapat belajar dengan baik dan benar
mengenai Ekspresi gen terlebih dalam memahami Dogma ekspresi gen dan
sumbangsi kepada kami dalam penyelesaian makalah ini. Dan tentunya penulis juga
menyadari, bahwa masih terdapat banyak kesalahan dan kekurangan pada makalah ini.
Hal ini Karena keterbatasan kemampuan dari penulis. Oleh karena itu, penulis
senantiasa menanti kritik dan saran yang bersifat membangun dari semua pihak guna
Semoga dengan adanya makalah ini kita dapat belajar bersama demi kemajuan
Palu , 11-09-2021
Penulis
DAFTAR ISI
Kata Pengantar ................................................................................................... i
Daftar Isi ............................................................................................................ ii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang..............................................................................................4
1.2 Rumusan Masalah ........................................................................................5
1.3 Tujuan Penulisan ..........................................................................................5
BAB II PEMBAHASAN
3.1 Kesimpulan………………………………………………………18
DAFTAR PUSTAKA
Bab I
Pendahuluan
Kehidupan ditandai oleh adanya proses metabolisme yang terjadi di dalam sel.
Metabolisme merupakan proses perubahan kimiawi dari satu bentuk ke bentuk yang
lainya, misalnya dari bentuk sederhana menjadi bentuk yang lebih rumit, atau
morfologi yang merupakan fenotip dari suatu organisme adalah hasil proses
metabolisme yang terjadi di dalam setiap sel penyusun organisme tersebut. Keragaman
morfologi di antara individu anggota suatu populasi sangat tergantung dari keragaman
proses dan hasil metabolisme yang terjadi pada masing-masing individu. Proses
metabolisme di dalam sel merupakan reaksi biokimia yang dikatalis oleh enzim tertentu,
sehingga keragaman proses dan hasil metabolisme ditentukan oleh enzim yang terlibat
dalam reaksi tersebut. Keragaman enzim (baik struktur maupun susunan asam
aminonya) itu sendiri sangat ditentukan oleh susunan cetakannya yaitu asam
deoksiribonukleat (DNA). Ruas DNA yang menjadi cetakan untuk mensintesis enzim
(protein) yang disebut dengan gen, sehingga gen merupakan pengendali proses
1.3. Tujuan
Pembahasan
Dogma sentral biologi menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari DNA
menjadi RNA, dan RNA menjadi protein. Dogma ini menjelaskan bagaimana proses
pembacaan materi genetik menjadi protein yang berperan di setiap tahap metabolisme di
dalam tubuh suatu organisme (Bettelheim et al, 1984) Sebagai pernbawa informasi
genetika, DNA rnempunyai dua fungsi utama: 1) rnembuat kopi yang tepat dari pada
dirinya sendiri pada waktu proses repllkasi atau duplikasi dan 2) rneneruskan koda-koda
informasi yang dimiliki ke.nRNA (messenger RNA) pada waktu proses transkripsi.
informasi-informasi "bahasa dalam 4 huruf" dari pada asam nukleat ke dalam "bahasa
dalam 24 huruf" darl pada protein. Konsep ini merupakan dasar yang terkenal sebagai
Dogma Sentral yang dlkemukakan oleh Crick () pada tahun 1958 (Soedigdo, 1973).
Dogma yang berlaku universal ini menyatakan bahwa sekali informasi telah
diteruskan menjadi protein, maka tidak dapat dikembalikan menjadi bentuk asalnya
(DNA). Aliran informasi dari asam nukleat ke asam nukleat memang memungkinkan,
tetapi aliran informasi dari protein ke asam nukleat atau dari protein ke protein tidak
memungkinkan. Dogma sentral terdiri dari tiga tahap yaitu replikasi, transkripsi dan
translasi. Tahap replikasi dilakukan untuk memasok DNA pada setiap organisme,
sedangkan tahap transkripsi bertujuan untuk menulis ulang DNA dalam bentuk mRNA
(messenger RNA). Tahap translasi untuk menterjemahkan mRNA tersebut menjadi
2.1.1 Replikasi
molekul bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang
sangat identik. Meskipun konsep dasar replikasi antara struktur bahan genetik yang satu
dengan yang lainnya adalah serupa, namun diketahui ada banyak perbedaan dalam hal
mekanisme rincinya. Sebagai contoh, bahan genetik yang berupa molekul RNA
mempunyai mekanisme replikasi rinci yang berbeda dengan replikasi molekul DNA.
Pada kelompok virus, misalnya , replikasi bahan genetiknya terjadi di dalam sel inang
yang sebenarnya merupakan jasad hidup yang lain dari jasad virus itu sendiri. Hal ini
dapat terjadi karena virus merupakan jasad parasit obligat. Di lain pihak, replikasi DNA
pada prokaryot dan eukaryot terjadi di dalam sel jasad hidup yang bersangkutan. Selain
itu perbedaan struktural molekul bahan genetik, misalnya antara DNA lingkar (Circular
DNA) dengan DNA linear juga berimplikasi pada perbedaan mekanisme replikasi
(Yuwono, 2005). Replikasi DNA dimulai pada tempat-tempat khusus yang disebut
pangkal replikasi (origin of replication). Pangkal replikasi yaitu satu bagian DNA yang
mempunyai urutan nukleotida yang spesifik . Protein yang memulai replikasi DNA
mengenali urutan ini dan menempel pada DNA, memisahkan kedua untaian dan
membuka sebuah „gelembung‟ replikasi. Tahap pembukaan DNA untai ganda dikatalis
2) Enzim untai destabilizing protein , atau single stranded DNA binding protein
ini tetap terpisah selama mereka bertindak sebagai cetakan untuk sintesis untai-
3) DNA girase, enzim ini mengkatalis pembukaan untai ganda sebelum proses
replikasi dimulai.
Replikasi DNA kemudian berjalan dalam dua arah sampai seluruh molekul tersebut
disalin. Setiap kromosom eukariot mempunyai ratusan atau ribuan pangkal replikasi.
penyalinan molekul DNA yang sangat panjang ini. Di setiap ujung gelembung replikasi
terdapat cabang replikasi (replication fork), suatu daerah berbentuk huruf Y dimana
untai DNA baru mulai memanjang (Yuwono, 2013). Terdapat beberapa komponen-
komponen penting dalam replikasi DNA. Replikasi bahan genetik ditentukan oleh
beberapa komponen utama, yaitu: 1) DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang
akan direplikasi. 2) molekul deoksi ribonukleotida yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan
dGTP. Deoksi ribonukleotida terdiri atas tiga omponen yaitu basa purin atau pirimidin,
gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat. 3) enzim polimerase, yaitu enzim utama
yang mengkatalisis proses polimerasi nukelotida menjadi untaian DNA. Pada bakteri
Escherichia coli terdapat tiga macam DNA polimerase yaitu DNA polimerase I, DNA
polimerase II dan DNA polimerase III. Pada jasad eukaryot terdapat lima macam DNA
polimerase yaitu DNA polimerase α, DNA polimerase δ, DNA polimerase ε, DNA
polimerase β dan DNA polimerase γ. 4) Enzim primase yaitu enzim yang mengkatalisis
sintesis primer untuk memulai replikasi DNA. Pada bakteri E. Coli kompleks enzim ini
disebut primosom yang terdiri atas beberapa macam protein. 5) enzim pembuka ikatan
untaian DNA induk, yaitu helikase dan enzim lain yang membantu proses tersebut yaitu
enzim girase. 6) molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka
yaitu protein SSB (single strand bonding protein). 7) enzim DNA ligase yaitu suatu
Enzim utama yang berpe-ran dalam replikasi adalah DNA polymerase. DNA
polymerase mensintesa DNA baru dengan arah 5‟→3‟. DNA polymerase tidak dapat
memulai pembuatan untaian DNA baru, enzim ini hanya dapat menambahkan nu-
kleotida pada 3‟-OH yang sudah ada. Oleh karena itu, untuk memulai untai yang baru
harus ada primer (biasanya berupa RNA) di mana DNA polymerase dapat
menempelkan nukleotida yang pertama. Karena untaian DNA berpasangan secara anti-
paralel, maka pada untai di-mana pembentukan untai DNA barunya itu dari 5‟ ke 3‟
akan terjadi sintesa DNA secara ber-sinambungan dan disebut lead-ing strand,
sedangkan pada untai yang lainnya akan terjadi sintesa DNA dengan terputus-putus dan
disebut lagging strand. Re-plikasi dimulai pada tempat yang disebut ori (origin of repli-
2.1.2 Transkripsi
Transkripsi merupakan tahapan penting dalam sintesis protein atau ekspresi gen.
yang bersifat single strain. Namun, pada rantai RNA yang terbentuk basa Timin
digantikan dengan basa Urasil. Pada prokaryotik, rantai RNA langsung ditranslasikan
sitoplasma (ribosom) untuk ditranslasi menjadi produk gen. Pembentukan RNA pada
proses transkripsi melibatkan enzim RNA polymerase. Fungsi dasar kedua yang harus
dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA
dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang
tahap pertamanya adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA
menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan
proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan
Transkripsi terdiri dari tiga tahap, yaitu: (a) Inisiasi (permulaan). Transkripsi
diawali oleh promoter, yaitu daerah DNA tempat RNA polimerase melekat. Promoter
mencakup titik awal transkripsi dan biasanya membentang beberapa pasang nukleotida
di depan titik awal tersebut. Fungsi promoter selain menentukan di mana transkripsi
dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua rantai ganda DNA yang digunakan
sebagai cetakan. (b) Elongasi (pemanjangan). Ketika RNA bergerak di sepanjang DNA,
pilinan rantai ganda DNA tersebut terbuka secara berurutan kira-kira 10-20 basa DNA.
Enzim RNA polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3‟ dari molekul RNA yang
dibentuk di sepanjang rantai ganda DNA. Setelah sintesis RNA berlangsung, rantai
ganda DNA akan terbetuk kembali dan RNA baru akan terlepas dari cetakannya. (c)
Terminasi (pengakhiran). Transkripsi berlangsung hingga RNA polimerase
DNA yang berfungsi untuk mengakhiri proses transkripsi. Pada prokariotik, transkripsi
berhenti pada saat RNA polimerase mencapai titik terminasi. Pada eukariotik, RNA
polimerase terus melewati titik terminasi, 10-35 nukleotida, RNA yang telah terbentuk
dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleks
terner atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner
ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan
sehingga terjadi reinisiasi transkripsi. Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks,
atau disebut dengan gelembung transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser
di sepanjang molekul DNA sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian
DNA yang mengalami pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb
sedangkan ujung 5’ molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid
dengan pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak
mencapai satu putaran heliks. RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-
rata 40 nukleotida per detik. Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan
urutan lokal DNA (urutan DNA yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap
RNA polimerase membuka heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup
heliks DNA di belakangnya. Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar
setiap kali terjadi penambahan nukleotida pada RNA nasen (Warianto, 2011).
Satu gen tunggal dapat ditranskripsi secara simultan oleh beberapa molekul
RNA polimerase yang saling mengikuti seperti barisan truk dalam satu konvoi. Untai
RNA yang sedang tumbuh memperlihatkan jejak dari setiap polimerase, dengan panjang
setiap untai baru yang mencerminkan sejauh mana enzim itu telah berjalan dari titik
Terminasi menggunakan protein rho selain karena adanya struktur tusuk konde,
terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang
dinamakan protein rho (ρ). Rho merupakan protein heksamer yang akan
menghidrolisis ATP dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada
urutan sepanjang 72 basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan
suatu struktur spesifik daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di
sepanjang RNA nasen menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho
memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-
sinyal terminator ini, seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho,
lebih dikenali oleh RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator
tersebut juga berupa struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U
(Warianto, 2011)
2.1.3 Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Perlu dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan
rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan)
urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame),
kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom,
pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida. Suatu
ORF dicirikan oleh: (1) kodon inisiasi translasi yaitu urutan ATG (pada DNA) atau
AUG (pada mRNA) (2) serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
dan (3) kodon terminasi translasi yaitu RAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada
mRNA) atau TGA (UGA pada mRNA) perlu diingat bahwa pada RNA tidak ada basa
proses penterjemaahan sutu kode genetik menjadi protein yang sesuai. Kode genetik
RNAt membawa asam amino dari stoplasma ke ribosom. Molekul RNAt membawa
asam amino spesifik pada salah satu ujungnya yang sesuai dengan triplet nukleotida
pada ujung RNAt lainnya yang disebut antikodon. Misalnya, perhatikan kodon RNAd
UUU yang ditranslasi sebagai asam amino fenilalanin. RNAt pembawa fenilalanin
mempunyai antikodon AAA yang komplemen dengan UUU agar terjadi reaksi
penambahan fenilalanin pada rantai polipeptida sebelumnya. RNAt yang mengikat diri
pada kodon RNAd harus membawa asam amino yang sesuai ke dalam ribosom.
Melekatnya asam amino pada RNAt dibantu oleh enzim aminoasil-RNAt sintetase
subunit kecil yang dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNAt (Kusnadi,
2010).
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai dengan
ketiga kodon tersebut. oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga
kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir. Pada E. coli ketiga sinyal
penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein yang disebut release
factors (RF)
misalnya RF1 yang mengenali kodon UAA atau UAG atau RF2 yang mengenali kodon
UAA atau UGA. Sebaliknya pada eukaryot hanya ada satu release factor yaitu eRF yang
dengan dirinya. Karena itu muncul konsep dalam genetika. Yaitu bahwa semua/tiap
mahkluk memiliki unsur, materi yang mengatur semua hal di dalam tubuhnya. materi
substansi yang mengatur semua aspek kehidupan si mahkluk, baik bersifat fisik, fungsi
dan kemampuannya. sifat fisik, fungsi, dan kemampuan ada di tubuh sampai ke bagian
terkecil (sel dan organel). Sehingga materi genetic harus ada di tiap sel. konsep lain lagi
adalah bahwa materi genetic harus dapat di teruskan, turu, di wariskan, dari generasi
induk ke generasi anak.Konsep lain adalah genetic harus stabil, tak (mudah) berubah.
Dengan demikian, yang di atur pun tetap da dari generasi ke generasi. perkembangan
memahaminya maka sejarah perkembangan genetika awalnya dibagi menjadi tiga fase
Bangsa Babylonia (6000 Tahun lalu), telah menyusun silsilah kuda untuk
seleksi terhadap benih-benih padi untuk mencari sifat unggul tanaman itu. Di Amerika
dan Eropa (ribuan tahun lalu), orang telah melakukan seleksi dan penyerbukan silang
tanaman ercis (Pisum sativum). Mendel ternyata berhasil mengamati sesuatu ,macam
sifat keturunan ( karakter) yang di turunkan dari generasi ke generasi. Mendel juga
1. Bateson & Punnet (1861-1926). Pada tahun 1907 melakukan percobaan pada
Mendel. Selain itu juga menemukan juga adanya interaksi antara gen dalam
3. Flemming & Roux. Mengamati proses pembelahan sel somatic yang kemudian
amino dalam sintesa protein, dan mengetahui gen bekerja menumbuhkan suatu
1859 Charles Darwin menerbitkan The Origin of Species, sebagai dasar variasi
genetik.
Tanaman
1900 Penemuan kembali hasil karya Mendel secara terpisah oleh Hugo de Vries
1908 dan 1909 Peletakan dasar teori genetika populasi oleh Weinberg
Mendel”),
Bab III
Penutup
3.1 Kesimpulan
Kehidupan ditandai oleh adanya proses metabolisme yang terjadi di dalam sel.
Metabolisme merupakan proses perubahan kimiawi dari satu bentuk ke bentuk yang
lainya, misalnya dari bentuk sederhana menjadi bentuk yang lebih rumit, atau
sentral biologi menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari DNA menjadi RNA,
dan RNA menjadi protein. Dogma ini menjelaskan bagaimana proses pembacaan materi
genetik menjadi protein yang berperan di setiap tahap metabolisme di dalam tubuh suatu
rnempunyai dua fungsi utama: 1) rnembuat kopi yang tepat dari pada dirinya sendiri
pada waktu proses repllkasi atau duplikasi dan 2) rneneruskan koda-koda informasi
yang dimiliki ke.nRNA (tnessenger RNA) pada waktu proses transkripsi. Setelah
DAFTAR PUTAKA
Yuwono,T.2005.Biologi Molekuler.Jakarta:Erlangga