Self incompatibility (SI) dideskripsikan oleh Charles Darwin sebagai fenomena
penolakan pollen atau serbuk sari tanaman itu sendiri, selain itu SI banyak didapati pada tanaman berbunga. Tanaman yang memiliki self incompatibility tidak bisa diserbuki oleh serbuk bunganya sendiri, namun tetap fertile atau dapat diserbuki oleh serbuk sari dari tanaman lain dalam satu spesies. Tanaman bunga yang kemungkinan besar memiliki mekanisme SI adalah tanaman dengan bunga hermaprodit yang memiliki dua organ reproduktif sekaligus (stamen dan pistil) sehingga memungkinkan terjadinya self fertilization atau inbreeding. Menurut Charlesworth & Charlesworth (1987), SI merupakan mekanisme hereditary control pada tanaman untuk mencegah terjadinya efek buruk akibat inbreeding pada tanaman berbunga biseksual dengan manipulasi ketidak-cocokan genetic sehingga memaksa tanaman melakukan persilangan (out crossing).Mekanisme SI berfungsi dengan adanya biokimia tertentu (berupa protein, karakteristik pistil dan pollen, serta seleksi genetik) yang dilepaskan oleh tanaman sehingga tanaman dapat merespon dengan mengenali serbuk sarinya sendiri dan kemudian memicu penolakan. Mudahnya, SI menggambarkan kejadian ketika tanaman tidak mengalami pembuahan atau penyerbukan (tidak dihasilkan zigot) ketika pistil (ovarium bunga) dibuahi pollen (sperma pada bunga). Mekanisme SI menyebabkan pistil mampu mengidentifikasi relasi genetic antara pistil dengan pollen, mekanisme ini dikenal dengan self/non-self-recognition. Self berarti pistil dan pollen saling berkerabat secara genetic, sedangkan non-self berarti tidak ada kekerabatan genetic antara pistil dan pollen. Mekanisme ini menciptakan suatu reproductive barrier yang mencegah self-pollen sampai ke pistil dan tergerminasi. Caranya dengan meninhibisi terjadinya germinasi permukaan stigma (tempat terjadinya pembuahan oleh pollen dan terhubung dengan pistil) atau menghambat pertumbuhan self-pollen pada saluran pollen. Berdasarkan metodenya, mekanisme SI diklasifikasikan menjadi tiga sistem,. Yakni heteromorphic incompatibility, homomorphic incompatibility, serta gametophytic self incompatibility.