BIODIVERSITY

Video
Archaea:
- survive di daerah ekstrim dan banyak di soil (extremophiles)
- Ribosomenya berbeda
- Tidak punya peptidoglycan
Bakteri:

BIODIVERSITY:
Total variasi/ Keberagaman lingkungan hidup, makhluk hidup sampai ke molecular/genetic
profile.
How to classify: using similarities and differences seberapa mirip dan seberapa berbeda dia?
Taxonomy: cabang science dimana kita bisa classify species
Kingdom class family ordo genus species

Klasifikasi tradisional: berdasarkan physical appearance, morphology. Hanya sebatas yg

kasat mata, sehingga seringkali terjadi miskonsepsi karena yang terlihat mirip bisa saja
berbeda genus. Dan apa yang keliatannya berkerabat jauh terkadang hanya sexual
dimorphism.

Klasifikasi tradisional yg Homologous Structures

Lebih spesifik dan akurat karena dicari kemiripan dari melihat komponen penyusunnya
secara lebih detail.

Limitation of morphological classification :

1. Kadang physical appearance bisa sama antara dua species berbeda
 2. The case of sexual dimorphism (contoh merak, yg jantan akan mempunyai bulu yang
sedemikian indah supaya menarik betina)

DNA based Classification

- Isolasi DNA dan di purifikasi oleh mesin supaya bisa diurutkan sequencenya. Region
tertentu dari sequence tersebut akan dibandingkan antara species satu dan yang
lainnya. Semakin besar kesamaannya urutan DNA, semakin dekat hubungan
kekerabatannya. Tidak harus selalu gen, tetapi bisa bagian lain yg tetap di dalam
DNA nya.

- Kalau ada species baru, yg pertama diaplikasikan tetap traditional method, kemudian
diambil DNA sequencenya dan diurutkan.
- Kalau species barunya ternyata endangered species, akan sulit untuk disect (karena
harus dilihat sampai bagian struktur dalamnya.) maka diambil beberapa bagian saja.
Cth: kulit (dan dilihat secara molecular)

GEL ELECTROPHORESIS
Tujuan: Teknik ini dilakukan untuk memisahkan molekul DNA/RNA berdasarkan molecular
weight.
Kenapa dilakukan?
- DNA muatannya negative, once dialiri arus, maka muatan tersebut akan mengalir
dari negative ke elektroda positive. Fragmen yang kecil akan lebih cepat sampai ke
bawah (semakin jauh berpindah) karena molecular weightnya lebih ringan = semakin
sedikit base pairsnya.
- Kalau ada beberapa sampel berbeda, kalau enzymenya sama dan sequencenya
mirip, pasti fragment yang terpotong juga sama/mirip, maka ban patternnya juga
pasti mirip.
-
 - No. 7, 8 dan 9 punya ban pattern yang mirip, maka hubungan kekerabatannya lebih
dekat daripada dengan 4.

Gel made from Agarose

(seaweed, polysaccharides)

3 DOMAINS
1. Bacteria
2. Archaea (posisinya ada di antara eukarya dan bakteria)
3. Eukarya

 Ribosome:
o S = laju sedimentasi/ kecepatan menuju dasar ketika dimasukkan ke
centrifuge. Ketika diukur, eukaryote 80S dan prokaryote 70S
 o Jangan langsung ditambahkan large subunit dan small subunit
ENDEMISM
- Satwa endemic sangat rentan terhadap kepunahan.
- Kenapa rentan punah?
o Karna mereka hanya beradaptasi di area tertentu (terisolasi). Kalau area
habitatnya hancur atau terkena bencana, maka satwa ini akan ikut punah dan
tidak akan ketemu di tempat lain.
o Tidak ada genetic variety karena mereka berasal dari habitat geographical
area yang sama. Tidak ada variasi alel sehingga kemampuan adaptasinya
(perubahan lingkungan) juga sama semua. satu kena penyakit, semuanya
kena.
o Kemampuan reproduksi yang rendah

- Biodiversity di lingkungan (nice) endemic species akan terganggu karena kehilangan

role endemic species.
- Semakin diverse semakin tinggi survival ratenya
Why some area have higher biodiversity?
- Natural resource available and abundant (plants)
o Di daerah tropis matahari selalu available sepanjang tahun sehingga
produsen selalu tersedia karena photosynthetic ratenya tinggi.
o Laju reproduksi tinggi  banyak terjadi mutasi (beneficial)  adaptasi 
menciptakan variasi baru sehingga ada role baru di lingkungan tersebut.
o Ekosistem yang stabil. Perubahan ekosistem bisa menyebabkan kematian
bagi organisme yang tidak bisa survive. Kalau lingkungan stabil, kelangsungan
hidupnya lebih terjaga
*Hotspots: daerah yang biodiversitynya tinggi

Measuring Biodiversity:
1. Species richness
2. Relative species abundance

Heterozygosity index:
- Semakin banyak yg heterozygous, biodiversity di level Alelnya semakin tinggi
- Ditemukan double band = heterozygous
- Heterozygosity index = heterozygous/total individual
Genetic Population:
Gene Pool: semua gen pada genome yang ada di daerah tersebut yang sedang di observe
Contoh: katak (ada yg hijau, merah, ungu alelnya berbeda bikin satu gene pool sendiri)

Genetic Recombination: crossing over di meiosis yg menciptakan variasi

Good Mutations: beneficial

Contoh: Black Jaguar (wild type: spots), dengan fur yg hitam, memudahkan dia untuk
hunting di malam hari.

Hardy-Weinberg Equilibrium
- Frequency alel di satu populasi tertentu akan tetap konstan apabila:
1. No mutations
2. Random Mating
3. Population is large (luas)
4. Population is isolated (no organism In or out)
5. No selection pressure (all fertile)

Rumus: p2 + 2pq + q2

p : Homozygous dominant
Pq : Heterozygous
q : Homozygous reccessive

*Teori ini sulit sekali terpenuhi