SKRIPSI
Oleh:
HABIBAH ASKUR LIANA
NIM. 12630064
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI
MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG
2017
ISOLASI DNA Chlorella sp. DENGAN METODE CTAB DAN
IDENTIFIKASI SIKUEN 18S rDNA
SKRIPSI
Oleh:
HABIBAH ASKUR LIANA
NIM. 12630064
Diajukan Kepada:
Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang
Untuk Memenuhi Salah Satu Persyaratan dalam
Memperoleh Gelar Sarjana Sains (S. Si)
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI
MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG
2017
i
ISOLASI DNA Chlorella sp. DENGAN METODE CTAB DAN
IDENTIFIKASI SIKUEN 18S rDNA
SKRIPSI
Oleh:
HABIBAH ASKUR LIANA
NIM. 12630064
ii
ISOLASI DNA Chlorella sp. DENGAN METODE CTAB DAN
IDENTIFIKASI SIKUEN 18S rDNA
SKRIPSI
Oleh:
HABIBAH ASKUR LIANA
NIM. 12630064
iii
PERNYATAAN KEASLIAN TULISAN
iv
MOTTO
Karena aku...
v
PERSEMBAHAN
Dipersembahkan untuk
Ibu dan kakakku
Teman-temanku
vi
KATA PENGANTAR
vii
Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan laporan hasil penelitian ini
masih terdapat kekurangan dan penulis berharap semoga laporan hasil penelitian
bisa memberikan manfaat kepada para pembaca khususnya penulis secara pribadi.
Amin Yaa Robbal Alamin.
Wassalamu’alaikum Wr. Wb.
Penulis
viii
DAFTAR ISI
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang ........................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ...................................................................................... 4
1.3 Tujuan Penelitian ....................................................................................... 4
1.4 Manfaat Penelitian ..................................................................................... 4
1.5 Batasan Penelitian ...................................................................................... 4
ix
BAB IV PEMBAHASAN
4.1 Kultivasi Mikroalga Chlorella sp. ............................................................. 26
4.2 Isolasi DNA Mikroalga Chlorella sp. dengan Metode CTAB ................... 27
4.3 Analisis Kulitatif dan Kuantitatif DNA Chlorella sp. .............................. 29
4.4 Amplifikasi DNA dengan PCR .................................................................. 30
4.5 Penentuan Urutan sikuen DNA Chlorella sp. ........................................... 31
4.6 Analisis Bioinformatika ............................................................................. 32
4.7 Integrasi Islam dengan Sains ...................................................................... 36
BAB V PENUTUP
5.1 Kesimpulan ................................................................................................ 38
5.2 Saran ........................................................................................................... 38
x
DAFTAR GAMBAR
xi
DAFTAR TABEL
Tabel 2.1 Fungsi Komposis Buffer CTAB dalam Proses Lisis .................... 14
Tabel 3.1 Optimasi Suhu Annealing Primer ................................................. 24
Tabel 4.1 Hasil BLAST Sikuen CS15 .......................................................... 33
Tabel 4.2 Hasil BLAST Sikuen CS11 .......................................................... 33
xii
ABSTRAK
Liana, H. A. (2016). Isolasi DNA Chlorella sp. dengan Metode CTAB dan
Identifikasi Sikuen 18S rDNA. Pembimbing I: A. Ghanaim
Fasya, M.Si; Pembimbing II: Ahmad Abtokhi, M.Pd; Konsultan:
Dewi Yuliani, M.Si.
Chlorella sp. merupakan salah satu jenis mikroalga hijau yang banyak
ditemukan dalam air laut dan air tawar. Spesies Chlorella sp. terdiri dari beberapa
macam diantaranya, Chlorella vulgaris, Chlorella sorokiniana, Chlorella kessleri
dan Chlorella zofingiensis. Perbedaan antar spesies Chlorella sp. sulit dibedakan
karena memiliki bentuk morfologi yang mirip. Metode identifikasi spesies
Chlorella sp. dapat melalui pendekatan genotip yang didasarkan pada sikuen 18S
rDNA. Keberhasilan metode genotip bergantung pada kualitas DNA, sehingga
variasi konsentrasi CTAB yang tepat dibutuhkan untuk mengekstrak DNA dengan
baik. Pita DNA pada larutan CTAB 1% memiliki kemurnian dan konsentrasi yang
cukup tinggi masing-masing 2,02 dan 143,57 ng/µL. Amplifikasi sikuen 18S
rDNA menggunakan instrumentasi PCR (Polyerase Chain Reaction). DNA
Chlorella sp. berhasil teramplifikasi oleh primer F dan R. Kedua primer
menghasilkan dua jenis sikuen masing-masing CS15 dengan panjang 715 bp dan
CS11 dengan panjang 873 bp. Kedua sikuen memiliki kemiripan sebesar 99–
100% dengan Parachlorella kessleri.
Kata kunci: Isolasi DNA, Chlorella sp, metode CTAB, sikuen 18S rDNA
xiii
ABSTRACT
Liana, H. A. (2016). Isolation DNA of Chlorella sp. Using CTAB Method and
Identification 18S rDNA Sequence. Supervisor I: A. Ghanaim
Fasya, M.Si; Supervisor II: Ahmad Abtokhi, M.Pd; Consultant:
Dewi Yuliani, M.Si.
Keywords : Isolation DNA, Chlorella sp, CTAB method, 18S rDNA sequence
xiv
CTAB ح
rDNA
rDNA
CTAB CTAB CTAB
ng/µL
R F DNA PCR rDNA
873 CS11 715 CS15
rDNA CTAB
xv
BAB I
PENDAHULUAN
Mikroalga merupakan salah satu biota eukariotik bersel satu yang terdapat
di perairan Indonesia. Habitat mikroalga dapat ditemukan di air tawar dan air laut.
dan alga biru (Cyanophyceae) (Isnansetyo & Kurniastuty, 1995). Chlorella sp.
termasuk golongan mikroalga hijau yang hidup di bumi sejak 2,5 milyar tahun
25%, karbohidrat 10–30%, mineral 10–40% dan serat 0,2% (Pranayogi, 2003).
Artinya : “dan Dialah, Allah yang menunundukkan lautan (untukmu), agar kamu
dapat memakan daripadanya daging yang segar (ikan), dan kamu
mengeluarkan dari lautan itu perhiasan yang kamu pakai dan kamu
melihat bahtera yang berlayar padanya, dan supaya kamu mencari
(keuntungan) dari karunia-Nya, dan supaya kamu bersyukur.” (Qs. an
Nahl: 14)
1
2
Chlorella sp. yang dapat digunakan untuk antibakteri. Senyawa aktif hasil
bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli (Abedin & Taha, 2008;
mirip satu sama lain. Meskipun Chlorella sp. telah banyak diidentifikasi secara
varietas baru sehingga akan sulit diidentifikasi apabila hanya menggunakan teknik
molekuler Chlorella sp. lebih akurat dibanding teknik konvensional (Wu, Hseu, &
Lin, 2001)
yang cepat, tepat dan spesifik dapat digunakan untuk mendeteksi keberagaman
spesies Chlorella sp. Keberhasilan teknik PCR membutuhkan primer yang sesuai
dan DNA dengan kualitas serta kuantitas yang baik. Primer yang digunakan harus
memenuhi syarat PCR sehingga DNA dapat teramplifikasi. Oleh karena itu,
proses amplifikasi digunakan variasi primer untuk mencari primer yang sesuai.
Matsumoto, Maeda, Sugiyama, Sato, & Tanaka, 2009) dan 18S SSF (5’-
3
Sinha, & Bandopadhyay, 2014; Kusumaningrum & Soedarsono, n.d.; Soylu &
Gönülol, 2012; Varela-Álvarez dkk., 2006; Yang dkk., 2012). Metode ini
CTAB perlu dilakukan untuk menghasilkan isolat DNA dengan kualitas dan
kuantitas yang tinggi. Shisarmini, Ambarwati, Santoso, Utami, & Herman (2001)
2014).
4
1. Bagaimana hasil isolasi DNA Chlorella sp. dengan variasi konsentrasi larutan
rDNA ?
1. Mengetahui hasil isolasi DNA Chlorella sp. dengan variasi konsentrasi larutan
rDNA.
1. Mikroalga yang digunakan dalam penelitian ini adalah dari genus Chlorella sp.
konsentrasi EDTA 20 mM pH 8.
5
4. Uji kualitas DNA menggunakan elektroforesis gel agarosa dan kuantitaif DNA
5. Menggunakan 2 variasi primer 18S rDNA yang terdiri dari NSF-Rss3 dan SSF-
SSR.
BAB II
KAJIAN TEORI
2.1 Mikroalga
B6, B12, C, E, nikotinamida, biotin, asam folat, dan asam pantotenat. Pigmen
yang dihasilkan meliputi klorofil (0,5 sampai 1% dari berat kering), karotenoid
(0,1 sampai 14% dari berat kering), dan fikobiliprotein (Becker, 1994). Mikroalga
tinggi antara lain, hidupnya tidak tergantung musim, tidak memerlukan tempat
yang luas dan tidak memerlukan waktu yang lama untuk memanennya
Salah satu jenis mikroalga dari golongan Chlrophyta adalah Chlorella sp.
Chlorella sp. memiliki potensi sebagai pakan alami, pakan ternak, suplemen,
mikroalga yang pertama kali mempunyai bentuk sel yang berinti sebenarnya.
6
7
Filum : Chlorophyta
Kelas : Chlorophyceae
Ordo : Chlorococeales
Familia : Chlorellaceae
Genus : Chlorella
Spesies : Chlorella sp.
1985 tentang Perikanan & Chlorella sp. termasuk komoditas perikanan. Chlorella
sp. tergolong tumbuhan tingkat rendah berukuran 3–15 mikron, bersel tunggal
(uniseluler), berbentuk bulat seperti bola ataupun bulat telur, berwarna hijau
karena selnya mengandung klorofil dalam jumlah yang besar daripada karoten dan
xantofil. Dinding sel Chlorella sp. terdiri dari selulosa dan pektin, tiap-tiap selnya
terdapat satu buah inti sel dan satu kloroplas (Wirosaputro, 2002; Isnansetya &
Kurniastuty, 1995).
Gambar 2.1 Morfologi Chlorella sp. (A) Chlorella vulgaris, (B) Chlorella
sorokiniana (Selvarajan dkk., 2015) dan (C) Parachlorella
kessleri (www.uniprot.org).
Komposisi struktur dinding sel terbagi menjadi dua bagian yaitu luar dan
tengah (lamela). Bagian luar mengandung ultrastruktur yang terdiri dari trilaminar
membran sel dengan gaya Van der Wals diantara rantai hidrokarbon lemak.
dengan fosfolipid (Korn, 2014). Struktur algaenan terdiri dari biopolimer yang
mengandung rantai karbon yang panjang (Kodner, Robin, Roger, Summons, &
Andrew, 2009).
terdiri dari 60,5 % protein, 11 % lemak, 20,1 % karbohidrat, 4,6 % mineral dan
antara lain:
b. Pakan Alami
asam lemak tak jenuh, vitamin, klorofil, enzim dan serat yang tinggi sehingga
c. Pemanfaatan Biodiesel
Menurut Sofyan (2012) komponen asam lemak yang terkandung dalam alga
sebesar 14–22%. Komponen asam lemak ini dapat disintesis menjadi biodiesel.
9
d. Agen Pengobatan
Klorofil dalam alga dapat dimanfaat sebagai pewarna alami makanan dan terapi
e. Bahan kecantikan
Chlorella sp. yang dijadikan bahan dasar pembuatan sampo dan body lotion
(Kabinawa, 2011).
autospora. Proses pembelahan diri Chlorella melalui empat fase siklus. Fase lag
hingga beberapa saat sesudahnya. Fase ini, terjadi peningkatan paling signifikan
terlihat pada ukuran sel karena secara fisiologis Chlorella sp. menjadi sangat aktif.
Proses sintesis baru juga terjadi dalam fase ini. Metabolisme berjalan tetapi
pembelahan sel belum terjadi sehingga kepadatan sel belum meningkat karena
Kurniastuty, 1995).
laju pertumbuhan yang meningkat secara intensif. Bila kondisi kultur optimum
maka laju pertumbuhan pada fase ini dapat mencapai nilai maksimal dan pola laju
10
Kurniastuty (1995), Chlorella sp. dapat mencapai fase ini dalam waktu 5–7 hari.
Fase stasioner merupakan fase laju reproduksi dan laju kematian relatif
kematian ditandai dengan laju kematian yang lebih besar daripada laju reproduksi
suhu, cahaya, pH media, ketersediaan hara dan beberapa faktor lain yang saling
terkait satu sama lain (Isnansetyo & Kurniastuty, 1995). Secara skematis pola
Gambar 2.2 Kurva Pertumbuhan Chlorella sp. dalam Media Ekstrak Tauge
(Fasya, 2013).
RNA ribosom. Deret rDNA pada eukariotik terletak pada nukleus/inti dan
mitokondria. Daerah rDNA dipisahkan oleh suatu pembatas yang disebut spacer.
11
Daerah konservatif rDNA yaitu gen penyandi rRNA berdasarkan nilai koefisien
sedimentasi, yaitu 5,8S, 18S dan 28S rDNA. Sikuen 18S rDNA mengalami
Sikuen 18S rDNA adalah sikuen yang paling banyak dalam spesies
eukariotik. Saat ini dalam GenBank terdapat 375.786 database 18S dengan
panjang basa yang berbeda-beda. Sikuen 18S rDNA yang paling pendek
berukuran 1500 bp sedangkan sikuen terpanjang tanpa intron berukuran lebih dari
4500 bp (Xie, Lin, Qin, Zhou, & Bu, 2011). Struktur 18S rDNA dapat dilihat pada
Gambar 2.3.
Gambar 2.3 Struktur tersier 18S rRNA. Domain translasi fungsional (ungu) dan
daerah variabel V1 (biru tua), V2 (merah), V3 (biru muda), V4
(hijau), V5 (biru tua), V6 (biru muda), V7 (kuning), V8 (biru tua),
dan V9 (biru muda) ditunjukkan oleh garis berwarna pada gambar
(Xie dkk., 2011).
12
yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA genom tanaman yang banyak
surfaktan kationik yang digunakan untuk proses lisis dinding sel tanaman. Metode
Prinsip isolasi DNA menggunakan metode CTAB meliputi proses lisis sel,
dinding sel sehingga seluruh isi sel keluar. Keberhasilan proses lisis ditentukan
oleh komposisi bufer lisis yang digunakan. Komposisi bufer lisis dalam metode
Dinding sel yang telah terdegradasi mengakibatkan DNA beserta seluruh isi
sel keluar. DNA yang masih bercampur dengan kontaminan dipisahkan melalui
Lapisan pertama (atas) mengandung DNA dan RNA karena bersifat polar yang
disebabkan oleh muatan negatif atom O pada gugus fosfat. Menururt Robert,
Switzer, & Garrity (1999), muatan dipol positif air berinteraksi dengan muatan
13
dipol negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini akan meningkatkan
kelarutan DNA dalam air. Protein yang terdenaturasi akan masuk diantara lapisan
nonpolar mudah larut dalam kloroform sehingga akan terdistribusi pada lapisan
DNA dibantu oleh etanol absolut dan garam ammonium asetat. Etanol absolut
dingin akan memekatkan DNA dan menghilangkan residu kloroform. DNA yang
karena itu, molekul DNA yang mempunyai muatan netral terendapkan menjadi
pelet (Kumar & Anandaraj, 2014). Garam ammonium asetat yang ditambahkan
akan menetralkan muatan negatif DNA. Muatan DNA yang telah netral akan
menurunkan kelarutan DNA dalam air. Lapisan air yang masih mengandung
kontaminan RNA dapat dihilangkan oleh enzim RNAse. Enzim RNAse akan
digunakan untuk proses pencucian DNA. Etanol membersihakan DNA dari sisa-
sisa garam (Somma, 2006). Pelet DNA yang telah murni dilarutkan dengan bufer
TE bertujuan untuk menjaga sampel DNA agar tetap stabil (Atiken, 2012).
14
bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
oleh konsentrasi gel agarosa. DNA dapat dilihat dengan sinar UV karena
Gel agarosa bisa digunakan untuk mengamati hasil isolasi DNA dan juga
dapat mengamati hasil PCR. Perbandingan antara loading bufer dan sampel
(Windiastika, 2011).
16
2.6 UV-transluminator
memvisualisasi DNA, RNA, dan protein dalam gel elektroforesis (Khanzadeh &
akibat pewarna EtBr yang berikatan dengan basa nitrogen. Teknik tersebut
dalam sel, kemurnian DNA dan protein. Alat ini berbeda dengan alat lainnya
absorbansi setiap sampel terukur pada dua panjang yang berbeda (0,2 mm dan 1,0
mm). Rentang absorbansi yang dapat dibaca antara 2–3700 ng/µL tanpa
Kemurnian DNA dan RNA diukur pada panjang gelombang 260 dan 280
kemurnian asam nukleat dan protein. Kemurnian ~1,8 adalah kemurnian DNA,
sedangkan ~2,0 adalah kemurnian RNA. Absorbansi juga dapat dilihat pada
panjng 230 nm untuk mengetahui kontaminasi. Oleh karena itu, rasio A260/A230
juga sering dianalisis. Kontaminasi bahan kimia dari ekstraksi asam nukleat,
PCR adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro.
Proses analisis dengan teknik PCR mampu mengamplifikasi segmen DNA hingga
jutaan kali hanya dalam waktu yang singkat (Handoyo & Rudiretna, 2001).
Teknik PCR melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan setiap
siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Komponen yang
A. Denaturasi
Tahap denaturasi adalah tahap pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA
tunggal. Untai DNA tunggal inilah yang menjadi cetakan bagi untai DNA baru
yang akan dibuat. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90–95 selama 60
detik.
B. Annealing (Penempelan)
Tahap annealing merupakan tahap penempelan primer pada daerah DNA target.
Enzim Taq polimerase dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika
ada seuntai DNA berukuran pendek (DNA yang mempunyai panjang sekitar 10
sampai 30 pasang basa) yang menempel pada untai DNA target yang telah
terpisah. DNA yang pendek ini disebut primer. Agar suatu primer dapat
menempel dengan tepat pada target, diperlukan suhu yang rendah sekitar
C. Ekstensi (Pemanjangan)
Tahap ekstensi umumnya terjadi pada suhu 72oC selama 60 detik. Primer yang
telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi 3’nya dengan
Gambar 2.6 Proses PCR dimulai dari proses denaturasi kemudian dilanjutkan
proses annealing primer serta terjadinya ektensi untuk membentuk
double strand baru. Proses-proses tersebut terjadi secara berulang
sebanyak siklus yang telah ditentukan (Vierstreate, 1999).
BAB III
METODE PENELITIAN
Penelitian ini akan dilaksanakan pada Juni sampai dengan Oktober 2016 di
3.2.1 Alat
(memmert) untuk inkubasi sampel, tabung mikro 2 mL, vortex (Thermolyne Maxi
Mix II). Uji kualitatif DNA digunakan elektroforesis (BIO-RAD) dan lampu UV
3.2.2 Bahan
Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang. Isolasi DNA
Chlorella sp. dengan metode CTAB diperlukan bufer CTAB (CTAB 1%, 2%,
3%); polivinilpirolidon 2%; Tris HCl 100 mM; NaCl 1,4 M dan EDTA 20mM pH
20
21
dingin, etanol 70%, agarosa, dan bufer TBE. Proses PCR mengunakan kit vivantis
(Malaysia), loading buffer, Master mix PCR (ddH2O; enzim polimerase; dNTP;
MgCl2; DNA Taq polymerase; bufer Taq polymerase dan primer forward serta
reverse. Dua variasi primer 18S rDNA yaitu NSF-Rss3 dan SSF-SSR.
6. Analisis hasil
yang berisi ekstrak tauge dan akuades dengan perbandingan 1:5. Pencahayaan
fotoperiodisitas 14 jam terang dan 10 jam gelap selama 8 hari. Pemanenan kultur
Chlorella sp. disentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan 10000 rpm. Kultur
Metode isolasi DNA tidak semuanya cocok untuk semua jenis tumbuhan,
sehingga dilakukan variasi konsentrasi larutan CTAB dalam bufer CTAB. Sampel
Chlorella sp. disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 1 menit. Pelet Chlorella sp.
dimasukkan ke dalam tiga tabung mikro (A, B, dan C), tiap tabung berisi 0,2 gram
kultur Chlorella sp. Setelah itu, tiap tabung mikro ditambah dengan 600 µL bufer
CTAB dengan variasi konsentrasi larutan CTAB berbeda (1,4 M NaCl; 100 M
disentrifugasi selama 5 menit 12000 rpm. Pelet dikeringkan dalam suhu ruang
Gel agarosa 1% dibuat dengan 0,4 gram agarosa dan ditambah 40 mL TBE.
dalam cetakan sampai gel memadat. Gel yang telah padat dimasukan dalam bak
elektroforesis yang telah berisi bufer TBE sampai gel tenggelam. Selanjutnya,
diisi sumur pertama dengan 1 µL 1kb DNA ladder. Sumur yang lain diisi dengan
campuran loading buffer dan templat DNA hasil isolasi dengan perbandingan 1:3.
Gel agarosa di running pada 65 volt selama 70 menit. Setelah itu, gel direndam
gelombang 260 dan 280 nm. Kemurnian DNA didapat dari perbandingan
reverse dan 3 µL nuclease free water. Hasil PCR diuji kualitatif dengan
Dye Applied System model 3730, Singapura. Pengiriman sampel dilakukan oleh
Sikuen CS15 dan CS11 akan disejajarkan dengan program online BLASTn (Basic
BioLign versi 4.0.6.2 dengan cara klik Sequence > Nucleic acid > Reverse
>CS15 (F)
5’-CCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACTGTGAAACTGCG…-3’
>CS11(R)
5’-CCTCTAGGTGGGAGGGTTTAATGAACTTCTCGGCAGCCCAGGG…-3’
Reverse complement
3’-CCCTGGGCTGCCGTGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGG…-5’
Gambar 3.1 Sikuen CS15 dibaca dari 5’ ke 3’ sedangkan sikuen CS11 dibaca
dari 3’ ke 5’. Penjajaran sikuen CS11 merupakan sikuen
komplemennya.
Sikuen CS15 dan CS11 disejajarkan dengan sikuen dalam perpustakaan gen
PEMBAHASAN
Chlorella sp. merupakan salah satu jenis mikroalga hijau yang banyak
ditemukan di perairan tawar, payau, tempat lembab dan tanah. Mikroalga ini
Media kultivasi yang sering digunakan adalah Medium Ekstrak Tauge (MET)
Prihantini, Damayanti, & Yuniati (2007) MET sangat cocok untuk kultivasi
Chlorella sp. Prihantini dkk. (2005) menyatakan rerata kerapatan sel tertinggi
pada kondisi pH 7, karena sangat baik untuk pertumbuhan Chlorella sp. Kondisi
dalam sel mikroalga. Proses kultivasi Chlorella sp. dilakukan selama 8 hari.
Selama proses kultivasi terjadi perubahan warna yang semula berwarna hijau
muda menjadi hijau tua. Perubahan warna yang terjadi menunjukkan kerapatan sel
Chlorella sp. meningkat. Proses kultivasi Chlorella sp. ditunjukkan pada Gambar
4.1.
26
27
Gambar 4.1 Proses kultivasi Chlorella sp. Perubahan terjadi pada warna media,
hari pertama bewarna hijau muda. Hari ketiga warna larutan menjadi
warna hijau. Kemudian pengamatan pada fasa stasioner hari ke 8
menunjukkan warna hijau pada seluruh larutan.
memisahkan Chlorella sp. dengan media. Sel yang digunakan untuk proses isolasi
untuk melisis dinding sel. Isolasi DNA dengan metode CTAB menggunakan
variasi konsentrasi larutan CTAB 1%, 2% dan 3%. Proses lisis dilakukan dengan
penambahan senyawa kimia dan pemanasan. Dinding sel ditambah dengan bufer
fenolik dan senyawa-senyawa lain yang menyusun dinding sel. Pemanasan suhu
pelarut organik. DNA akan terpisah dari senyawa kontaminan setelah proses
sentrifugasi. DNA terdistribusi pada lapisan air dan senyawa fenol serta protein
polar terdistribusi pada lapisan intermediet. Senyawa lemak, protein non polar dan
dingin dan garam ammonium asetat. Etanol absolut dingin berfungsi untuk
ditambahkan akan menetralkan muatan negatif DNA. Muatan DNA yang telah
netral akan menurunkan kelarutan DNA dalam air. Kontaminan RNA yang masih
suhu ruang untuk menghilangkan residu etanol. Pelet DNA dilarutkan dalam bufer
dibandingkan CTAB 2% dan 3%. Pita DNA pada CTAB 1% memiliki konsentrasi
yang lebih tinggi. Elektroferogram DNA Chlorella sp. ditunjukkan pada Gambar
4.3.
Gambar 4.3 Elektroferogram DNA Chlorella sp. hasil isolasi. (A) larutan CTAB
1%; (B) larutan CTAB 2% dan (C) larutan CTAB 3%.
ND-1000. Panjang gelombang DNA diukur pada 260 dan 280 nm untuk
sebesar 2,02. Kemurnian sebesar 2,02 memenuhi range kemurnian DNA sehingga
templat DNA dapat digunakan untuk proses amplifikasi DNA Chlorella sp.
30
proses amplifikasi sikuen 18S rDNA bergantung pada urutan primer yang
digunakan. Dua urutan primer 18S rDNA akan dibandingkan untuk mencari
primer yang dapat mengamplifikasi DNA Chlorella sp. Kondisi kedua primer
berdasarkan syarat untuk proses PCR sesuai untuk amplifikasi DNA Chlorella sp.
variasi suhu annealing tidak menghasilkan pita. Hal tersebut menandakan DNA
oleh primer yang tidak sesuai dengan DNA target. Hasil amplifikasi PCR dengan
primer 18S rRNA NS1 dan ss3 ditunjukkan pada Gambar 4.4.
Gambar 4.4 Elektroferogram PCR dengan Primer 18S rDNA NSF dan Rss3.
Amplifikasi DNA Chlorella sp. dengan Primer 18S NSF dan Rss3.
Denaturasi 94 selama 1 menit, annealing (A) 46 ; (B) 48 ; (C)
50 ; (D) 55 masing-masing selama 1 menit dan ekstensi 72
selama 2 menit. (M) marker DNA 1 kb ladder dan (S) sampel DNA
Chlorella sp.
31
Hasil amplifikasi PCR sikuen 18S rDNA menggunakan primer SSF dan SSR
DNA muncul pada daerah 1600 bp dan 2500 bp. Pita yang dipilih untuk proses
sequencing adalah daerah 1600 bp karena sesuai dengan dugaan awal penempelan
primer yang dapat dilihat pada Lampiran 3 pada Gambar 6. Pita pada daerah
1600 bp lebih tebal sehingga dapat diasumsikan bahwa konsentrasi DNA lebih
tinggi.
Gambar 4.5 Elektroferogram PCR dengan primer 18S Rdna SSF dan SSR.
Denaturasi 94 selama 1 menit, annealing (A) 50 ; (B) 55
masing-masing selama 1 menit dan ekstensi 72 selama 2 menit.
(M) marker DNA 1 kb ladder dan (S) sampel DNA Chlorella sp.
Sanger hanya dapat digunakan untuk DNA rantai tunggal. Primer F dan R
menghasilkan 2 panjang sikuen yang berbeda, berturut-turut 715 bp dan 873 bp.
sikuen CS11. Panjang kedua sikuen yang dihasilkan kurang dari 1600 bp
32
dimungkinkan karena adanya sensitivitas puncak basa DNA terlalu kecil sehingga
tidak terbaca. Sikuen yang didapat dibandingan dengan seluruh sikuen Chlorella
sp. yang terkumpul dalam GenBank. Berikut urutan sikuen Chlorella sp.
>CS15 (F)
CCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTA
CCTTACTACCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGAT
TTAAGGCCGACCCGGCTCTGCCGGTCTCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGTTTC
ATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTC
GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGG
GAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCCTTTTCAGGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAACCCCTTAACGAGG
ATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGCTGCAGTTAAAA
AGCTCGTAGTTGGATTTCGGGCGGGGCCTGCCGGTCCGCCGTTTCGGTGTGCACTGGCAGGGCCCGCCTTGTTGCCGGGGAC
GGGCTCCTGGGCTTCACTGTCCGGGACTCGGAGTCGGCGCTGTTACTTTGAGTAAATTA
>CS11 (R)
CCTCTAGGTGGGAGGGTTTAATGAACTTCTCGGCAGCCCAGGGCGGAAACCGCCCCGGGTTGCCAATCCGAACACTTCACCA
GCACACCCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAAAGGGCAGGGACGTAATCAACGCAAGCTGATGACTTGCGCTTAC
TAGGCATTCCTCGTTGAAGATTAATAATTGCAATAATCTATCCCCATCACGATGCAGTTTCAAAGATTACCCGGGCCTCTCG
GCCAAGGCTAGGCTCGTTGATTGCATCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGC
CTCATGCTTCCATTGGCTAGTCGCCAATAGTCCCTCTAAGAAGTCTGCCGGCCCCCGAGGAGGCCGTGACTATTTAGCAGGC
TGAGGTCTCGTTCGTTACCGGAATCAACCTGACAAGGCAACCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATC
AAGAAAGAGCTCTCAATCTGTCAATCCTCACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTTCCCGTGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGG
CTCCACGCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTT
GATTTCTCATAAGGTGCCGGCGGAGTCATCGAAGAAACATCCGCCGATCCCTAGTCGGCATCGTTTATGGTTGAGACTAGGA
CGGTATCTAATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAACATCCTTGGCAAATGCTTTCGCATTAGTTCG
TCTTTCGAAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACATCCAAATACGAATGCCCCCGA
Gambar 4.6 Sikuen CS15 dan CS11. Berdasarkan primer F dan R masing-masing
menghasilkan sikuen CS15 dan CS11
Kedua urutan sikuen CS15 dan CS11 dibandingkan dengan sikuen Chlorella
sp. yang berada dalam GenBank menggunakan BLAST. Hasil pembandingan dan
rDNA Chlorella sp. sikuen CS15 dan CS11 dapat dilihat dalam Tabel 4.1 dan
Tabel 4.2.
dengan subspesies Chlorella sp. Hasil sikuen DNA Chlorella sp. dibandingkan
ClustaW Omega. Hasil analisis kedua sikuen berdasarkan program MEGA6 dapat
dilihat pada Gambar 4.7 dan Gambar 4.8. Hasil analisis menggunakan program
ClustaW Omega dapat dilihat pada Gambar 4.9 dan Gambar 4.10. Berdasarkan
kedua program sikuen CS15 dan CS11 memiliki kedekatan dengan spesies
Parachlorella kessleri.
Gambar 4.7 Filogram Chlorella sp. sikuen CS15 menggunakan program MEGA6
dengan pengulangan bootstrap 1000x. Sikuen CS15 menunjukkan
kedekatan dengan Parachlorella kessleri strain SAG 211-11.
Gambar 4.8 Filogram Chlorella sp. sikuen CS11 menggunakan program MEGA6
dengan pengulangan bootstrap 1000x. Sikuen CS11 menunjukkan
kedekatan dengan Parachlorella kessleri strain CBS 152069.
35
strain CBS 152069 dan memiliki tingkat kemiripan 99%. Tingginya angka
Omega.
Allah SWT telah mengajarkan nabi Adam a.s nama-nama benda, hewan
dan segala sesuatu. Allah SWT berfirman dalam surat al Baqarah ayat 31.
Menurut Mujahid, makna ayat ini ialah Allah SWT mengajarkan kepada Adam
nama segala sesuatu. Riwayat Sa’id Ibnu Jubair, Qatadah dan kalangan ulama
salaf lainnya, juga membenarkan hal tersebut. Menurut pendapat shahih bahwa
Allah SWT mengajarkan nama-nama segala sesuatu, yakni semua zat, sifat dan
karakternya.
dianugerahi potensi untuk berbahasa. Namun hal utama yang diajarkan manusia
ayat 31 dengan sains, dapat dilihat dari hasil pohon filogenetik pada Gambar 4.7.
Nama benda yang juga diajarkan oleh Allah SWT kepada Adam a.s, salah satunya
untuk setiap benda. Jika telah mengetahui karakter morfologinya manusia dapat
menyebutkan nama benda tersebut. Suatu benda yang telah memiliki nama juga
akan memiliki fungsi tertentu misalnya, pena untuk menulis, mata untuk melihat,
mengajarkan pula nama benda tersebut merupakan bukti rahmat dan kasih sayang
kepada manusia. Oleh karena itu, manusia ditunjukka sebagai khalifah dunia.
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
5.2 Saran
Metode yang lebih akurat untuk mengidentifikasi spesies Chlorella sp. dapat
pola tertentu yang dapat membedakan dengan spesies lain. Primer yang digunakan
38
DAFTAR PUSTAKA
Alemzadeh, E., Haddad, R., Ahmadi, A. R., Hosseini, R., & Moezzi, M. (2014).
Identification of Chlorophyceae based on 18S rDNA sequences from Persian
Gulf. Iranian Journal of Microbiology, 6(6), 437–442.
Ardiana, D. W. (2009). Teknik isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk
dengan menggunakan modifikasi bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian,
14(1), 12–16.
Ausubel, F.M., Brent, R., Kingston, R.F., Moore, D.D., Seidmen, J.G., Smith,
J.A., & Struhl, K., eds. (1995). Current protocols in molecular biology. New
York, John Wiley and Sons, Inc.
Bold & Wynne .(1985). A biologi of marine algae. Hutchinson Education Ltd.
London.
Chan, K.L., Ho, C.L., Namasivayam, P. & Napis, S. (2007). A simple and rapid
method for RNA isolation from plant tissues with high phenolic compounds
and polysaccharides, Protocol Exchange. doi: 10.1038/nprot.2007.184.
Gupta, P., Sinha, D., & Bandopadhyay, R. (2014). Innovare Academic Sciences
Isolation and screeningof marine microalgae Chlorella sp._ PR1 for
anticancer activity. International journal of pharmacy sciences 6(10), 10–
12.
39
40
Handoyo, D., & Rudiretna, A. (2001). Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase
chain reaction (PCR). Unitas, 9(1), 17–29.
Integrated DNA Technologies. (2013). Designing PCR primers and probes.
http://www.sg.idtdna.com.
Kabinawa, I.N.K. (2001). Mikroalga sebagai sumber daya hayati (SDH) perairan
dalam perspektif bioteknologi. Bogor: Puslitbang Bioteknologi Lembaga
Ilmu Pengetahuan Indonesia.
Kaidah & Suprapto. (2003). Penentuan metode isolasi DNA tanaman salak
komersial. Bulletin Penelitian, 7: 55-56.
Khanzadeh, A.F. & Blourchian, J.M. (2005). Ultraviolet radiation exposure from
uv-transluminators, PubMed, 2(10):493-6. doi:
10.1080/15459620500274211.
Kodner, Robin B., Roger E. Summons & Andrew H. Knoll. (2009). Phylogenetic
investigation of the aliphatic, non-hydrolyzable biopolymer algaenan, with
focus on green algae. Organic Geochemistry 40(8):854-
862.doi:10.1016/j.orggeochem.2009.05003.
Korn, E.D. (2014). Structure and function of the plasma membrane. The Journal
of General Physiology. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/articles. Diakses pada
tanggal 19 Januari 20171.
Liu, S., Huang W., Jin, M.J., Wang, Q. M., Zhang, G. L., Wang, X. M., Shao, S.,
dan Gao, Z. G. (2014). High gene delivery efficiency of alkylated low-
molecule-weight polyethilenimine through Gemini surfactant-like effect.
International Journal of Nanomedicine 9(1). doi: 10.2147/IJN.S.64554.
Matsunaga, T., Matsumoto, M., Maeda, Y., Sugiyama, H., Sato, R., & Tanaka, T.
(2009). Characterization of marine microalga, Scenedesmus sp. strain JPCC
GA0024 toward biofuel production. Biotechnology Letters, 31(9), 1367–
1372. doi: 10.1007/s10529-009-0029-y.
Mulyatni, A. S., Priyatmojo, A., & Purwantara, A. (2011). Sequence internal
transcribed spacer (ITS) DNA ribosomal Oncobasidium theobromae dan
jamur sekerabat pembanding. Menara Perkebunan, 79(1), 1–5.
Muthukannan P, Jayapriyan K, & Rengasamy, R. (2010). In vitro evaluation of β
carotene production in two different strains of Dunaliella salina Teodoresco
(Chlorophyta) . Biosci. Res.,1(2):83-87.
Muzuni, Adi, D. A., dan Syarif, S. 2014. Karakterisasi fragmen gen 18S rRNA
pokea (Batissa violaccea celebensis Martens, 1897) di Sungai Pohara
Kecamatan Sampara Kabupaten Konawe. Biowallaccea. 1(1): 25–38, April
2014. ISSN: 2355–6404.
Nurkamila, uul S., & Made, P. (2014). DNA extraction from orchid herbarium
materials. Jurnal Simbiosis, 2(1), 135–146.
Nyström, B., Kjøniksen, A.L., Beheshti, N., Zhu, K., & Knudsen, K.D. (2009).
Rheological and structural aspectson association of hydrphobically modified
polysaccharides, Review article, 5: 1328-1339.doi: 10.1039/B817349D.
Pranayogi, D. (2003). Studi potensi pigmen klorofil dan karetenoid dari
mikroalga jenis Chlorophyceae. Lampung: Universitas Lampung.
Prihantini, N. B., Putri, B., & Yuniati, R. (2005). Pertumbuhan Chlorella spp.
dalam medium ekstrak tauge ( MET ) dengan variasi pH awal. Makara,
Sains, 9(1), 1–6.
Prihantini, N. B., Damayanti, D., & Yuniati, R. (2007). Pengaruh konsentrasi
medium ekstrak tauge (MET) terhadap pertumbuhan Scenedesmus sp. isolat
Subang. Makara Sains, 11(1), 1–9.
Republik Indonesia. (1985). Undang-undang no. 9 tahun 1985 tentang perikanan.
Lembaran Negara RI tahun 1985. Sekretaris Negara. Jakarta.
Robert, L., Switzer., & Garrity, L.F., (1999). Experimental biochemistry- theory
and exercises in fundamental methods 3rd edition, W.H Freeman Custom
Publishing.
42
Sahu, S.K., Thangaraj, M., & Kathiresan, K., (2012). DNA extraction protocol for
plants with high levels of secondary metabolites and polysaccharides
without using liquid nitrogen and phenol, ISRN Molecular Biology. doi:
10.5402/2012/205049. http://www.hindawi.com/journals/isrn. Diakses
tanggal 6 Maret 2017.
Sambrook, J. & Russel, D.W. (2001) Molecular cloning: a laboratory manual 3rd
ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Selvarajan, R., Felföldi, T., Tauber, T., Sanniyasi, E., Sibanda, T., & Tekere, M.
(2015). Screening and evaluation of some green algal strains
(Chlorophyceae) isolated from freshwater and soda lakes for biofuel
production. Energies, 8(7), 7502–7521. doi.org/10.3390/en8077502.
Shisarmini, A., Ambarwati, A. D., Santoso, T. J., Utami, D. W., & Herman.
(2001). Teknik isolasi DNA analisis PCR gen pinII pada genom ubi jalar.
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman.
Sofyan, Putra. (2012). Panduan membuat sendiri bensin & Solar. Pustaka Baru
Pres. Yogyakarta.
Somma, M. (2006). The analysis of food samples for the presence of genetically
modified organisms session 4. Institute for Health and Consumer Prtotection.
Soylu, E. N., & Gönülol, A. (2012). Morphological and 18S rRNA analysis of
coccoid green algae isolated from lakes of Kızılırmak Delta. Turkish Journal
of Biology, 36, 247–254. doi:10.3906/biy-1001-19.
Steenblock, D. (2000). Makanan Sehat Alami. PT. Centranusa Insan Cemerlang
dan PT. Gramedia. Jakarta.
Surzycki SJ. (2000). Basic technologies in molecular biology. Springer-Verlag.
Pubhlisher: New York.
Varela-Álvarez, E., Andreakis, N., Lago-Lestón, A., Pearson, G. A., Serrão, E. A.,
Procaccini, G., … Marbá, N. (2006). Genomic DNA isolation from green
and brown algae (Caulerpales and Fucales) for microsatellite library
construction. Journal of Phycology, 42(3), 741–745. doi: 10.1111/j.1529-
8817.2006.00218.x.
Uniprot Consortium. (2002). Taxonomy-Parachlorella kessleri (green algae)
(Chlorella kessleri). www.uniprot.org.
Vierstreate, A. (1999). Principle of the PCR. University of Ghent.
http://users.urgent.be/~avierstr/principles/pcr.html.
Wenno, M. R., Purbosari, N., & Thenu, J. L. (2010). Ekstraksi senyawa
antibakteri dari Chlorella sp . extraction antibakteri compound from
Chlorella sp. Jurnal Penelitian Pertanian Terapan 10(2), 131–137.
Windiastika, G. (2011). Metode uji kualitatif DNA dengan elektroforesis gel
agarosa, 1–8.
Wirosaputro, S. (2002). Chlorella untuk kesehatan global teknik budidaya dan
pengolahan buku II. Gajah mada universitas press. Yogyakarta.
Wu, H. L., Hseu, R. S., & Lin, L. P. (2001). Identification of Chlorella spp.
isolates using ribosomal DNA sequences. Botanical Bulletin of Academia
Sinica, 42, 115–121.
Xie, Q., Lin, J., Qin, Y., Zhou, J., & Bu, W. (2011). Structural diversity of
eukaryotic 18S rRNA and its impact on alignment and phylogenetic
reconstruction, Protein Cell 2(2), 161–170. doi: 10.1007/s13238-011-1017-
2.
Yang, X., Lui, P., Hao, Z., Shi, J., & Zhang, S. (2012). Characterization and
identification of Freshewater microalgal strains towards biofuel production.
Algae, 7, 686–695.
Lampiran 1: Diagram alir
Tauge
- ditimbang tauge 50 g
- dipanaskan akuades 250 mL sampai mendidih
- dimasukkan tauge setelah air mendidih
- direbus tauge sampai bening
- diambil ekstrak tauge
Ekstrak tauge
Erlenmeyer 1000 mL
Hasil
44
45
Templat DNA
46
a. Pembuatan Agarosa 1 %
Agarosa
Hasil
b. Tahap Elektroforesis
- gel direndam dalam bak elektroforesis yang telah berisi bufer TBE
- diambil 3 µL masing-masing
- ditambah 1 µL bufer loading
- diinjekkan pada masing-masing sumur dan sumur pertama diisi dengan
1 kb DNA ladder
- dielektroforesis selama 70 menit 65 volt
Hasil
Gel document
Lampiran 2: Perhitungan
labu ukur 100 mL dan ditanda bataskan hingga volume 100 mL.
labu ukur 100 mL dan ditanda bataskan hingga volume 100 mL.
Larutan ditambah dengan akuades hingga volume larutan menjadi 100 mL.
dengan NaOH sampai pH 8 dan EDTA larut sempurna. Larutan ditambah dengan
akuades hingga volume larutan menjadi 100 mL. Campuran disterilkan dengan
autoklaf.
47
48
dengan akuades hingga volume larutan menjadi 100 mL. Campuran disterilkan
dengan autoklaf.
g. Polivinilpirolidon (PVP) 2%
Padatan CTAB ditimbang sebanyak 2 g dalam gelas kimia. Hasil padatan yang
labu ukur 100 mL dan ditanda bataskan hingga volume 100 mL.
h. Polivinilpirolidon (PVP) 2%
Padatan CTAB ditimbang sebanyak 2 g dalam gelas kimia. Hasil padatan yang
labu ukur 100 mL dan ditanda bataskan hingga volume 100 mL.
Pembuatan stok bufer TAE 50X dengan mencampurkan 24,2 mL Tris, 5,7 mL
labu ukur 100 mL. Pembuatan bufer TAE 1X dengan campuran 10 mL Bufer
TAE 50X, dan 490 mL akuades kemudian ditandabataskan hingga 500 mL.
49
Bahan yang dibutuhkan dengan mencampurkan 10,8 gam Tris, 5,5 g Asam borat,
EDTA pH 8,0. Ditimbang Tris HCl dengan ditimbang 60,57 g, diatur keasaman
sampai volume 500 mL. Larutan 0,5 M EDTA dibuat dengan menimbang EDTA
sebanyak 18,6 g dan diatur keasaman sampai pH 8,0 dengan cara menambahkan
NaOH, kemudian dilarutkan dengan ddH2O sampai volume 100 mL. Dibuat
Master mix PCR = dNTP, Taq Polymerase, Mg2+, loading dye (10µL)
Primer = primer foward 1 µL dan primer reverse 1 µL
Nuclease free water = 6 µL
DNA template = 2 µL
Untuk penggunaan ½ reaksi Master mix yang dibutuhkan adalah 5 µL, primer
masing-masing 1 µL, DNA template 2 µL, dan nuclease free water 1 µL sehingga
Gambar 1: Gambar 2:
- Chlorella sp. A ditambah dengan bufer CTAB 1% Proses ekstraksi DNA dengan penambahan
- Chlorella sp. B ditambah dengan bufer CTAB 2% Kloroform dan isomilalkohol terbentuk 3
- Chlorella sp. C ditambah dengan bufer CTAB 3% lapisan setelah proses sentrifugasi
Gambar 3: Gambar 4:
Pelarutan DNA dengan bufer TE sampel Uji kualitas DNA dengan elektroforesis
A, B, dan C larut sempurna dalam bufer agarosa 1%
TE
Gambar 5: Gambar 6:
Proses pencampuran master mix PCR Pengecekan hasil PCR DNA target muncul
dengan template DNA pada daerah sekitar 2000 bp
50
File: 1st_BASE_2445854_C_F.ab1
www.geospiza.com
Sample Name: 2445854_C_F Signal Strengths: A = 526, C = 468, G = 483, T = 552
Mobility: KB_3730_POP7_BDTv3.mob Lane/Cap#: 11
Spacing: 15.2694 Matrix: n/a
Comment: n/a Direction: Native
G TCA T T C C A G A TT A G C CA T G CA T G T C T AA G T A T A A A C T G C T T T A T A C T G T G A A A C T G C G A A T G G C T CA T T A A A T CA G T T A T A G T T T A T T T G A T G G T A C
10 20 30 40 50 60 70 80 90
C T T A C T A C C G G A T A A C C G T A G T A A T T C T A G A G C T A A T A C G T G C G T A A A T C C C G A C T T C T G G A A G G G AC G T A T T T A T T A G A T T T A A G G C C G A C C C G G C T C T G C
100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200
C G G T C T C G C G G T G A A T C A T G A T A A C T T C A C G A A T C G C A T G G C C T T G C G C C G G C G A T G T T T C A T T CA A A T T T C T G C C C T A T C A A C T T T C G A T G G T A G G A T A G A
210 220 230 240 250 260 270 280 290 300
G G C C T A C C A T G G T G G T A A C G G G T G A C G G A G G A T T A G G G T T C G A T T C C G G A G A G G G A G C C T G AG A A A C G G C T A C C A C A T C CA A G G A A G G C A G C A G G C G C G C A
310 320 330 340 350 360 370 380 390 400
A A T T A C C C A A T C C T G A C A C A G G G AG G T A G T G A C A A T A A A T A A C A A T A C C G G G C C T T T T C A G G T C T G G T A A T T G G A A T G A G T A C A A T C T A A A C C C C T T A A C G A
410 420 430 440 450 460 470 480 490 500
G G A T C A A T T G G A G G G C A A G T C T G G T G C C A G C A G C C G C G G T A A T T C C A G C T C C A A T A G C G T A T A T T T A A G T T G C T GC A G T T A A A A A G C T C G T A G T T G G A T T T C
510 520 530 540 550 560 570 580 590 600
G G G C G G GG C C T G C C G G T C C G C C G T T T C G G T G T G C A C T G G C A G G G C C C G C C T T G T T G C C G G G G A C G G G C T CC T G G G C T T C A C T G T C C G G G A C T C G G A G T C G G
610 620 630 640 650 660 670 680 690 700
C G C T G T T A CT T T G A G T A A A T T A G A G T G T CC A A G CA A GC C T A C G C T C TGA A T A C A T T A T CA T G G A A T A A C AC G A T A G G AC T C TG G C C
710 720 730 740 750 760 770 780 790
C C A T CA TGC TT CG AC T T C T C T T CC T C TA G G T G G G AG G G T T T AA T G A A C T T C T CG G C AG C C CAG G G CG G A A AC C G C C C CG G G T TG C CA A T C C G A AC A C T T CA C CA G C A C A C C C
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110
A A T C G G T AG G A G C G AC G G G C G G T G T G T A CA A A G G G C AG G G AC G T A A T CA A CG C A AG C T G A T G A C T T G C G C T T A C T A G G C A T T C C T CG T T G A AG A T T A A T A A T T G CA A T A A T C T A
120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
T C C C CA T C A C G A T G C A G T T T CA A A G A T T A C C C G G G C C T C T C G G C C A A G G C T A G G C T CG T T G A T T G C A T C A G T G T AG C G C G CG T G CG G C C C A G A A CA T C T A A G G G C A T C A C A G A C C T
230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340
G T T A T T G C C T C A T G C T T C CA T T G G C T A G T C G C C A A T A G T C C C T C T A A G A AG T C T G C C G G C C C C CG A G G AG G C CG T G A C T A T T T AG C AG G C T G AG G T C T CG T T CG T T A C C G G A A T C A A
350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450
C C T G A C A A G G C A A C C C A C C A A C T A AG A A CG G C C A T G C A C C A C C A C C CA T AG A A T C A A G A A AG AG C T C T CA A T C T G T C A A T C C T C A C T A T G T C T G G A C C T G G T A A G T T T T C C CG T G T T G
460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570
AG T C A A A T T A A G C C G C AG G C T C CA CG C C T G G T G G T G C C C T T C CG T C A A T T C C T T T A AG T T T C A G C C T T G CG A C C A T A C T C C C C C C G G A A C C C A A A A A C T T T G A T T T C T C A T A AG G T G
580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690
C CG G C G G AG T C A T C G A AG A A A C A T C CG C C G A T C C C T AG T C G G C A T CG T T T A T G G T T G A G A C T A G G A C G G T A T C T A A T C G T C T T CG A G C C C C C A A C T T T C G T T C T T G A T T A A T G A A
700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800
A A C A T C C T T G G C AA A T G C T T T C G C A T T A G T T C G T C T T T C G AA A A T C C AA G AA T T T C A C C T C T G A C A T C C A A A T A C G AA T G C C C C C G A C T G T C C C T CT T T A T C A TT A C T CC A G T
810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920
CC T A C A G A T C AA C A G G A T A GG C C G T A T T C T C A T C T T G TT A T T CC AG G CT T A T G T A T T CC C AA AC T T A GG CC T G C T T T G AA G A CT G C C A T T T T CT T C T A T A T AA C A T C A CC G
930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030
A C T CC A A A T T C C T G AA T A T G
1040 1050
53
54
Kesamaan sikuen antara CS15 dan Parachlorella kessleri strain SAG 211-11c
dimulai pada basa ke 30 hingga basa ke 744. Kedua sikuen tidak terdapat basa
nitrogen yang berbeda sehingga nilai kemiripan mencapai 100%.
55
Sikuen CS11 memiliki nilai kemiripan dengan Parachlorella kessleri strain CBS
1502069 sebesar 99%. Kemiripan sikuen dimulai pada basa ke-494 sampai
dengan basa ke- 1367 namun terdapat 2 pasang basa yang berbeda yaitu pada basa
ke-512 dan 555. Perbedaan terdapat pada sikuen CS11 yaitu G dan A yang
bertanda merah.
57
58