Departemen Keuangan hanya memiliki satu aparat pengawasan fungsional. Inspektorat
jenderal adalah unsur pengawasan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada menteri. Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 100/PMK.01/2008 tentang organisasi dan tata kerja Departemen Keuangan, Inspektorat Jenderal mempunyai tugas yaitu melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan tugas di lingkungan departemen sesuai dengan kebijakan yang ditetapkan oleh menteri dan berdasarkan peraturan perundang-undangan. Inspektorat juga mempunyai fungsi yang sama, yaitu sebagai pengawas internal pemerintah. Fungsi-fungsinya tidak jauh berbeda dengan BPK dan BPKP, yaitu dimulai dari penyiapan perumusan kebijakan pengawasan, melakukan pelaksanaan pengawasan kinerja, keuangan dan pengawasan untuk tujuan tertentu atas menteri, pelaksanaan urusan administrasi Inspektor Jenderal, hingga yang terakhir melakukan penyusunan laporan hasil pengawasan.