Mikrobiologi Lingkungan

Mikrobiologi lingkungan

Mikrobiologi Mikrobiologi
Tanah Air

Mikrobiologi Mikrobiologi
Udara Limbah
Ekologi Mikroba

 Ekologi mikroba : studi tentang mikroba dng lingkungan alamiahnya.

 Di dlm suatu ekosistem tertentu mikroba merupakan organisme paling banyak jumlahnya
dan memiliki kemampuan yg tinggi utk menyebabkan perubahan bagian penting dari
ekosistem
 Mikroba di alam hidup bersama saling berinteraksi dng yg lain.
 Banyak mikroba berasosiasi dng organisme yg lebih tinggi, di laboratorium cenderung
utk berkompetisi, bertahan di tanah & air
 Kondisi lingkungan yg ekstrim menekan mikroba utk bertahan dan berfungsi krn faktor
fisik
 Kondisi ekstrim:
Temperatur (dingin dan panas sekali)

pH (asam dan basa)

Tekanan

Salinitas
Beberapa ciri ekologi mikroba
Keanekaragaman Adaptasi dan Interkasi Miroba
Dinamika populasi mutasi
spesies mikroba
Mikroba dlm  Kondisi  Fenotifik : Hubungan antar
lingkungan lingkungan baik respons mikroba mikroorganisme
alamiahnya dan terhdp dalam ekosistem
jarang terdpt menguntungkan, lingkungan yg
sebagai biakan Tipe hubungan :
species mikroba bersifat
murni akan tumbuh sementara Positif
dng baik. (komensalisme,
 Genotifik : mutualisme)
Perubahan perubahan dlm
lingkungan, genotip akibat Negatif
menyebabkan dari mutasi (kompetisi,
populasi naik menghasilkan parasitisme,
dan turun. mutan. antagonisme)
Netral
(netralisme)
Interaksi mikroba

Komensalisme : salah satu

anggota asosiasi menerima
keuntungan (dpt tumbuh lebih
Mutualisme : kedua anggota
cepat, dpt mencapai populasi
asosiasi memperoleh keuntungan
yang besar dan pd umumnya
tumbuh lebih baik) tetapi
anggota yg lain tdk terpengaruh
Antagonisme, kompetisi atau
parasitisme : salah satu anggota
asosiasi dihambat atau
dimatikan, sedangkan anggota
yg lain mendapat keuntungan.

Netralisme : anggota-anggota
asosiasi tdk terpengaruh
meskipun tumbuh di dlm
lingkungan yg sama
Mikrobiologi Tanah

Langsung atau tidak Kegiatan mikroba di Siklus N, S, C dan P

bahan buangan dari dlm tanah membawa
manusia, hewan, perubahan kimiawi,
jasad hidup, terutama
tumbuhan akan pengubahan
dibuang / dikubur dlm persenyawaan
tanah setelah organik yg
beberapa lama mengandung karbon,
berubah menjadi nitrogen, sulfur, dan
komponen organik fosfor menjadi
dan beberapa persenyawaan
anorganik terjadi anorganik melalui
karena adanya proses mineralisasi.
mikroba.
  Udara mengandung 79% gas N2 (reservoir terbesar)

 Mikroba menghidrolisis protein secara enzimatik

Siklus Nitrogen menjadi asam amino yg akan dimetabolisme lebih lanjut

dan dibebaskan dalam bentuk amonia (NH3) melalui
reaksi deaminasi : asam amino asam keto + NH3.

 Tumbuhan memperoleh nitrogen dari dalam tanah

berupa amonia (NH3), ion nitrit (NO2-), urea (NH2)2 CO2
dan ion nitrat (NO3-).

 Kebanyakan organisme tidak dapat menggunakan

nitrogen dlm bentuk unsur (sebagai gas N2).

 Agar tumbuhan dpt membuat protein maka tumbuhan

harus memperoleh nitrogen dlm bentuk terikat
(terfiksasi).

 Nitrogen bebas dpt bereaksi dng hidrogen atau oksigen

dng bantuan kilat/ petir.

 Nitrogen oksida yg terbentuk yg larut dlm air hujan akan

membentuk nitrat.

 Untuk memecahkan molekul nitrogen agar atom-

atomnya dpt bergabung atom-atom lain diperlukan energi.
 Fiksasi Nitrogen
 Reaksi : N2 + 3 H2 → 2 NH3
 Berlangsung dgn bantuan kompleks enzim nitrogenase
 Memerlukan cukup banyak energi dlm bentuk ATP dan koenzim
 Dilakukan Clostridium pasteuranium, Klebsiella, Rhodobacter, Rhizobium yg hidup bebas maupun
bersimbiosis dng akar tanaman.
 Fiksasi berlangsung jika Ammonia di lingkungan rendah
 Pada habitat terrestrial : simbiosis mutualisme Rhizobium dng akar tanaman kacang-kacangan
Leguminosae merupakan donor terbesar dari senyawa N
 Bakteri menginfeksi akar membentuk bintil akar
 Bakteri akan menambat N dari udara dan diberikan pada tanaman dan bakteri memperoleh hara dari
tanaman untuk metabolismenya.
 Pada habitat perairan : dilakukan oleh kelompok Cyanobacteria (Anabaena, Nostoc, Gloeotrichia,
Oscillatoria, Lyngbya, dll)
Amonifikasi

 Amonifikasi dilakukan oleh tumbuhan, hewan dan mikroorganisme.

 Pada lingkungan asam atau netral, NH3 ada dlm bentuk ion NH4+.
 Pada lingkungan basa, NH3 akan dilepas ke atmosfir
 Ion NH4+ merupakan bentuk N yg dpt digunakan oleh berbagai organisme termasuk mikroorganisme.
Nitrifikasi

 Nitrogen yang diikat dalam bentuk ammonia diperoleh dari hasil penguraian jaringan mati oleh bakteri.

 Amonia dinitrifikasi oleh bakteri nitrit, yaitu Nitrosomonas dan Nitrosococcus menghasilkan nitrat yg akan diserap oleh akar tumbuhan.

 Bakteri autotrof mendapatkan energi dari oksidasi NH3 menjadi nitrit (NO2-), kemudian nitrit dioksidasi menjadi nitrat (NO3-)

 2NH4+ + 3O2 → 2NO2- + 4H+ + 2H2O (oleh Nitrosomonas dan Nitrosococcus secara aerob) kemudian

 2NO2- + O2 → 2NO3- (oleh bakteri Nitrobacter secara aerob)

 Mikroorganisme yg berperan: Arthrobacter, Aspergillus, Nitrosomonas

 Proses nitrifikasi penting krn perubahan ion NH4+ menjadi NO2-& NO3- membuat muatan ion menjadi negatif, yg memungkinkan N
bergerak bebas di dlm air tanah
Reduksi Nitrat dan Denitrifikasi

 Ion NO3- dpt digunakan oleh organisme melalui reduksi nitrat asimilatif.

 Selain itu, ion NO3- dpt berfungsi sbg akseptor electron terakhir bila di lingk tdk terdpt oksigen. Fenomena ini disebut
respirasi nitrat atau reduksi nitrat disimilatif.

 Reduksi nitrat : 2 jenis:

- ion NO3- (nitrat) direduksi menjadi NO2- (nitrit) (oleh bakteri fakultatif anaerob : Alcaligenes, Escherichia, Enterobacter)

- ion NO3- menjadi NO dan N2O (oleh genus-genus Paracoccus, Thiobacillus)

 Jadi oleh bakteri denitrifikan, nitrat (NO3) diubah menjadi nitrit dan ada yg dpt mengubah nitrit menjadi nitrogen kembali
yg dilepaskan ke udara, dng cara ini siklus nitrogen akan berulang dlm ekosistem.

 Denitrifikasi → reduksi nitrat menjadi nitrit, nitro oksida :

 NO3- + CH2O + H+ → ½N2O + CO2 + ½H2O

(oleh bakteri Pseudomonas dan Thiobacillus denitrificans)

Siklus Sulfur

 Sulfur dpt ditemukan dlm bentuk sulfur, sulfit dan sulfat yg di hasilkan oleh bermacam-macam
mikroorganisme.
 Bakteri berperan penting dalam perombakan sulfur di udara termasuk pembusukan protein yg
menghasilkan sulfat (SO4=) pada pH 3-4.
 Pada keadaan anaerob, bakteri menghasilkan H2S dan dimetil sulfida (CH3SCH3) yg berwujud gas jika
memasuki atmosfer maka gas tercuci dari udara krn adanya hujan.
 Ada sebagian sulfur di daratan terbawa oleh air sungai ke laut.
 Proses pengembalian ke darat melalui perubahan senyawa menjadi gas H2S dan SO2 atmosfer dan
tercuci diudara krn adanya hujan.
 Ada sebagian SO2 yg berasal dari tumbuhan.
 Pada perubahan H2S → S maka H2S berfungsi sebagai reduktan.
 Ada sekelompok bakteri kemooutotrof (anaerob) yg memanfaatkan energi dari perubahan ini.
 Thiobacillus ferooxidans, mendapatkan energi dng mengoksidasi ion ferro/ sulfida yg dpt menimbulkan
masalah ditambang batubara yg banyak mengandung ferrosulfida (FeS).
 Jika para penambang berhubungan dng udara dan air maka bakteri Thiobacillus ferooxidans akan
mengoksidasi FeS dng reaksi : Fe2(SO4)3 + 6 H2O → 2 Fe(OH)3 + 3 H2SO4.
 H2SO4 mencemari air sungai.
 Pada pH rendah dpt mematikan dan menghalangi perombakan limbah dng meningkatkan kebutuhan
oksigen hayati.
 Pada keadaan anaerob, SO4= direduksi oleh kelompok desulfovibrio menjadi H2S.
 S pada keadaan anaerob direduksi menjadi H2S oleh kelompok bakteri desulforomonas.
Siklus Carbon
 Di atmosfer, kandungan CO2 = 0,03%.
 Sumber-sumber CO2 di udara : respirasi manusia dan hewan, erupsi vulkanik, pembakaran
batubara, dan asap pabrik.
 CO2 di udara dimanfaatkan oleh tumbuhan utk fotosintesis dan menghasilkan O2 yg nantinya
digunakan oleh manusia dan hewan utk respirasi menghasilkan panas dan membuang CO2 ke
atmosfer.
 Hewan dan tumbuhan yg mati dioksidasi oleh mikroba dekomposer (terutama bakteri)
menghasilkan panas dan CO2 ke lingkungan dan dlm waktu yg lama membentuk batubara di dlm
tanah.
 Batubara dimanfaatkan lagi sbg bahan bakar yg juga menambah kadar CO2 di udara.
 Di ekosistem air, pertukaran CO2 dng atmosfer berjalan secara tdk langsung.
 Karbon dioksida berikatan dng air membentuk asam karbonat yg terurai menjadi ion bikarbonat
sumber karbon bagi alga yg memproduksi makanan utk diri mereka sendiri dan organisme
heterotrof lain. Sebaliknya, saat organisme air berespirasi, CO2 yg mereka keluarkan menjadi
bikarbonat.
 Jumlah bikarbonat dlm air adalah seimbang dng jumlah CO2 di air.
Siklus Fosfor

 Fosfor merupakan bahan yg penting bagi tumbuhan dan binatang, dan biasanya dlm bentuk ion PO43- dan HPO4=.

 Di alam senyawa fosfat terdpt dlm dua bentuk : organik (pd tumbuhan dan hewan) dan anorganik (pd air dan tanah).

 Proporsi fosfor dlm bahan hidup relatif kecil, namun mempunyai peran yg penting sbg penyusun asam nukleat (yg
menyimpan dan mentranslasikan sandi genetik.).

 Selain itu fosfor sbg dasar ikatan ATP yg berenergi tinggi utk fotosintesis dan respirasi.

 Kelimpahan fosfat dpt menyebabkan pertumbuhan ganggang di air terlalu cepat shg ganggang dpt menghabiskan
semua oksigen di dlm air dan membunuh makhluk hidup air disekitarnya eutrophication.

 Binatang memperoleh fosfor dari tumbuhan yg mereka makan, dan fosfor ini merupakan komponen tulang, gigi dan
kulit kerang.
 Fosfat organik dari hewan dan tumbuhan yg mati diuraikan oleh dekomposer (pengurai)
menjadi fosfat anorganik.
 Fosfat anorganik yg terlarut di air tanah atau air laut akan terkikis dan mengendap di
sedimen laut.
 Fosfat dari batu dan fosil terkikis dan membentuk fosfat anorganik terlarut di air tanah dan
laut.
 Fosfat anorganik ini kemudian akan diserap oleh akar tumbuhan lagi.
 Burung-burung mengambil ikan di laut (mengandung fosfor) dan mengembalikannya ke
darat melalui kotoran (feces) burung yg digunakan tumbuhan sebagai pupuk.
Mikrobiologi udara

 Udara : campuran gas yg tidak terlihat, tdk ada kandungan nutrisi

 Mikroba yg ada hanya tinggal sementara (melayang) atau bersama partikel debu
 Jumlah dan macam mikroba berdasarkan : lokasi, kondisi cuaca dan jumlah manusia
 Pada daerah berdebu, jumlah mikroba meningkat.
 Pada daerah basah jumlah mikroba sedikit krn banyak mengendap bersama partikel air ke tanah
 Pada dataran tinggi jumlah mikroba rendah krn kelembaban tinggi.
Sumber kontaminasi udara

 Organisme saluran pernafasan : kontak langsung atau tdk langsung

 Orang dewasa : terlalu aktif
 Penyakit menular : virus (cacar, influensa), bakteri (difteri, ISPA), jamur (histoplasmosis)
Identifikasi keberadaan mikroba udara

 Menangkap dng cawan hara pd waktu tertentu

 Menyaring melalui membran steril
 Meniupkan sejumlah volume udara tertentu ditiup pd medium steril
Pentingnya pencegahan
 Mengurangi penularan penyakit
 Mencegah pembusukan makanan
 Mencegah tersebar/masuknya mikroba kontaminan

Pencegahan dan pengendalian

 Imunisasi : pd persentase yg cukup dr jml penduduk shg orang yg rentan
(sisanya) akan lebih sedikit.

Mengurangi kandungan mikroba

 Sirkulasi udara luar dan dalam : mengatur aliran udara
 Penyaringan udara : dng penyaring halus
 Sterilisasi : dng sinar UV di saluran ventilasi atau udara atas
 Mengatur tekanan udara : misalnya ruang bedah diberi tekanan lebih tinggi agar
mikroba tidak masuk
Mikrobiologi Air dan limbah

Air dikelompokkan dlm :

Air terkontaminasi: mengandung bahan kimia beracun atau organisme
pathogen
Air tercemar: tdk terkontaminasi tetapi mempunyai penampilan atau
rasa yg tdk dikehendaki
Air minum: bebas dari substansi berbahaya atau tdk menyenangkan
Flora mikroba air
 Bakteri yg umum terdpt di air : Bakteri S, Fe, pembentuk pigmen, pembentuk
spora (bacillus)
 Air berbahaya bila terkontaminasi oleh sumber dari luar.
 Kontaminan penyebab penyakit infeksi adalah faeces manusia.

Organisme indikator:
 Escherichia coli
 Terdapat hanya pd faeces manusia
 Tidak pernah ada bebas di alam
Pengujian mikrobiologis air
 Cawan standar : menggunakan medium hara
 Jumlah perkiraan terdekat (Most Probable Number): Uji pendugaan, Uji pasti, Uji jadi
Jumlah perkiraan terdekat (JPT/MPN)
1. Uji pendugaan/perkiraan (presumptive test)
 Pd medium laktosa, bila terjadi gas dan berubah warna setelah 24-48 jam (35oC)
dianggap (+).
 Dihitung dng tabel atau perhitungan.
2. Uji penguat (confirmed test)
 Utk meyakinkakn bahwa gas yg terbentuk hasil fermentasi laktosa oleh organisme
enterik.
 Bila terbentuk gas 48 jam menunjukkan pasti coliform
 Pada medium empedu + zat warna yg menggahambat pertumbuhan Gram (+)
3. Uji pelengkap (completed test)
 Pd medium EMB/Endo Agar, 24 jam ada koloni kilap hijau/merah jambu (+)
 Diferensiassi E. coli dan Enterobacter
 Medium Laktosa : 24 jam 44,5oC
 Uji IMVIC : Indol, Metil Red, Voges Proskauer, Citrat
 Penyaringan membran : melalui membran selulosa asetat, kemudian ditumbuhkan dlm medium khusus.
Dihitung berdasarkan jumlah koloni yg terbentuk
Uji indol
 Medium pepton yg kaya triptofan
 Bila terbentuk indol : + krn E coli mempunyai triptofanase yg menyebabkan terbentuknya indol, asam
piruvat dan amoniak
Uji metil merah
 Dlm medium ini E. coli memfermentasi glukosa menghasilkan asam organik (+), sedangkan Enterobacter
aerogenes memfermentasi 2,3 butilen glikol (-)
Uji Voges-Proskauer
Deteksi adanya asetoin 2,3 butilen glikol E. coli (-), E. aerogenes (+)
Uji Sitrat
 Sitrat sbg satu-satunya sumber C,
 dapat digunakan sebagai medium E. coli : (-) krn sitrat tdk dpt melewati membran sel,
shg bukan sebagai sumber C
 E. aerogenes : (+) krn sitrat mampu lewat membran sel, shg dpt sebagai sumber C
 Penanganan Limbah Industri

 Di dlm industri fermentasi, suatu bahan mentah dikonversikan menjadi berbagai macam
produk dan sejumlah limbah.
 Setiap proses industri menghasilkan produk dan limbah bentuk padat dan cair, dpt berupa
senyawa organik dan anorganik.
 Bila limbah tdk diolah terlebih dulu (dibuang ke lingkungan) akan terjadi pencemaran.
 Biasanya industri fermentasi tdk mengandung material toksik, tetapi limbahnya banyak
mengandung senyawa organik yg mudah didegradasi oleh mikrobia
 Kandungan oksigen terlarut dlm limbah akan menghambat pertumbuhan organisme
lingkungannya
 Maka limbah industri sebelum dibuang ke lingkungan perlu diolah terlebih dahulu baik
secara fisik, kimia dan secara hayati menggunakan mikrobia.
 Pengolahan Limbah

 Primer : menghilangkan sebagian benda padat

 Sekunder : menghilangkan kebutuhan O2 hayati dng mengoksidasi semua bahan
organik.

 Perombakan aerob oleh mikroba alami limbah.

Kendala :
 - Mikroba tidak cukup
 - Laju difusi O2 tidak cukup cepat
Tersier : utk mengubah Nitrogen sisa menjadi amoniak dan Fosfor diendapkan menjadi
kalsium fosfat
 Metode sekunder:
- Lumpur aktif : limbah dan endapan lumpur yg diberi udara terus menerus.
- Saringan tuangan: limbah disemprotkan dlm kerikil, dibiarkan beberapa waktu sampai
mikroba aerob membentuk koloni pd batuan. Digunakan sebagai penyaring dengan
mengoksidasi bahan organik.