3.

1 Deteksi virus dengan PCR

3.1.2 Deteksi PYMoV di berbagai bagian buah lada hitam dan serbuk sari dengan
PCR
Pada penelitian Deeshma dan Bhat (2014) deteksi dengan PCR
menggunakan primer spesifik PYMoV AIB 35 dan AIB 56 terlihat pada (Gambar
2) lajur 2-4: Panniyur 1, lajur 5-7: IISR-Thevam, lajur 8-10: Subhakarta berhasil
mengamplifikasi genom PYMoV yaitu dengan diperoleh pita DNA berukuran
sekitar 500 bp pada semua bagian buah meliputi (a) embrio, (b) endosperm (c)
dan perispem. Menurut penelitian de Assis Filho dan Sherwood (2000) secara
umum, virus menyerang bagian benih yang berbeda, tetapi transmisi benih paling
sering terjadi infeksi adalah embrio.

Dan hasil PCR bagian kepala sari juga menggunakan primer spesifik
PYMoV AIB 35 dan AIB 56 yang terlihat pada (Gambar 3) lajur 2-4: sampel
kepala sari dari tiga daerah yang berbeda berhasil mengamplifikasi genom
PYMoV dengan diperoleh pita DNA berukuran sekitar 500 bp yang menunjukkan
adanya PYMoV. Hal ini dikatakan pada penelitian ((Hearon et al., 1984;
Macanawai et al., 2005; Quainoo et al, 2008) Badnavirus seperti CSSV, TaBV
dan KSTV juga ditemukan hadir dalam butiran serbuk sari dari tnaman inangnya
masing-masing. Ini merupakan laporan pertama terkait keberadaan PYMoV di
kepala sari lada hitam.
 Dari hasil penelitian PCR untuk mengamplifikai PYMoV dengan tiga
kombinasi primer spesifik PYMoV AIB 36/AIB 107, AIB 104/AIB 105 dan AIB
35/AIB159, pada (Gambar 4) terlihat (a) lajur 10-12: embrio, endosperma dan
perisperma Panniyur-1 yang terinfeksi diamplifikasi dengan AIB 36 /AIB 107,
AIB 104/AIB 105 dan AIB 35 / AIB 159 masing-masing, (b) lajur sampel
Panniyur-1 dari tiga area berbeda dikuatkan dengan AIB 36 /AIB 107, AIB
104/AIB 105, AIB 35 /AIB 159 masing-masing, keseluruhan diperoleh pita DNA
berukuran sekitar 500bp sampai 2000bp. Penelitian ini secara keseluruhan
mengkonfirmasi keberadaan PYMoV.
Meskipun de Silvadkk. (2002) mengamati kurangnya transmisi benih
PYMoV pada lada hitam, penelitian terbaru dari India melaporkan terjadinya
transmisi benih PYMoV (Hareesh dan Bhat, 2010). Namun, informasi tentang
lokasi PYMoV di berbagai bagian beri dan serbuk sari masih kurang. Oleh karena
 itu, penelitian dilakukan untuk mengetahui ada tidaknya PYMoV di berbagai
bagian biji dan di kepala sari lada hitam.
Pada penelitian ini, berhasil dilakukan teknik deteksi PCR menggunakan
primer spesifik khusus PYMoV pada bagian kepala sari dan ketiga bagian dari
embrio, endosperma dan perisperma.
3.1.3 Deteksi PYMoV pada bibit lada hitam
Pada penelitian Deeshma dan Bhat (2014) pengujian bibit lada hitam
dengan deteksi PCR terlihat pada (Gambar 5), bagian (a) lajur 2-10 menggunakan
bibit dari buah yang terinfeksi, mengkonfirmasi positif adanya keberadaan
PYMoV dengan ukuran pita DNA sekitar 500bp, kecuali kontrol negatif tidak
menimbukan hasil apapun. Dan untuk bagian (b) lajur 2-6 menggunakan bibit dari
buah yang sehat, dan lajur 8 kontrol positif, terlihat pada bagian ini hanya lajur 8
kontrol positif yang mengkonfirmasi keberadaan PYMoV dengan ukuran pita
DNA sekitar 500bp. Penelitian ini mengkonfirmasi keberadaan PYMoV terdapat
dikeseluruhan bagian komponen buah, tanaman yang terinfeksi akan membawa
turunan yang baru, pentingnya dalam memilih bibit tanaman yang sehat.