Soal Teori

1. Pohon filogeni adalah diagram cabang atau pohon yang menunjukan hubungan evolusi antara
berbagai spesies organisme atau entitas lain yang diyakini memiliki nenek moyang yang sama.
Diagram ini memiliki beberapa komponen yang diantaranya yaitu cabang, node, akar, sister
taxa, dan clade. Cabang adalah komponen garis lurus yang menghubungkan antar komponen.
Dalam filogram, panjang dari cabang merepresentasikan periode waktu antar generesi. Node
berfungsi untuk menunjukan dimana cabang atau garis keturunan mengalami penyimpangan.
Node mewakili peristiwa spesiasi atau peristiwa yang menghasilkan dua spesies berbeda dari
satu nenek moyang yang sama. Akar merupakan dasar dari diagram yang menunjukan nenek
moyang dari organisme. Sister taxa adalah taksa yang memiliki nenek moyang yang sama.
Clade adalah kelompok evolusi yang mencackup nenek moyang dan seluruh keturunannya.
Clade berperan dalam mempersempit ruang filogeni sehingga hubungan evolusioner
keturunan dari suatu nenek moyang dalam pohon dapat dipelajari secara lebih rinci.
2. Berikut prinsip, kekurangan, dan kelebihan dari metode konstruksi pohon filogenetik
distance-based dan character-based dalam tabel.
Metode Distance-based Character-based
Prinsip Mengukur jarak antara Mengukur melalui ciri
spesies atau gen (ex. mutasi, morfologis dan urutan
waktu, jarak metrik, dll) DNA/protein
Metode Unweighted Pair Group Maximum Parsimony (MP),
Method Using Arithmetic Maximum Likelihood (ML)
Averages (UPGMA), Fitch
Margoliash (FM), Neighbor
Joining (NJ)
Kelebihan Kurang sensitif terhadap Tidak sensitif terhadap
variasi laju evolusi kesalahan sistematik,
dibandingkan analisis hubungan antara karakter
cluster, cepat, dapat individu dan pohon dapat
menangani banyak sequence terlihat dengan jelas
dalam satu waktu, dan
 menghasilkan perkiraan
filogeni yang masuk akal
Kekurangan Lebih sensitif terhadap Lambat, tidak dapat
kesalahan sistematik menangani banyak sequence
daripada metode MP dan dalam suatu waktu, pohon
ML, Hubungan antara filogeni yang dihasilkan
karakter individu dan pohon terkadang tidak masuk akal
hilang pada proses reduksi
karakter menjadi jarak, dan
model yang ada didapat
hanya berdasarkan matriks
jarak

4. Masatoshi Nei, Sudhir Kumar, dan Koichiro Tamura

Soal Praktik

Clade

Node
Ingroup

Outgroup

Branch