Lembar Jawaban

Modul 4 – Analisis Filogenetik I

Nama Mathew Theo Wijaya

NIM 10619033
Kelompok 1

1. MUSCLE adalah suatu software computer yang berfungsi untuk penyelarasan sekuens
ganda protein dan sekuens nukleotida secara progresif yang pada hasilnya akan
menampilkan estimasi jarak sekuens dari hasil perhitungan k-mer, selain itu
penyelarasan ini juga menggunakan fungsi profil yang disebut skor harapan log dalam
prosesnya. MUSCLE merupakan satu-satunya program yang menyajikan nilai akurasi
penyelarasan atau alignment di atas ataupun di bawah rata-rata, sedangkan
CLUSTALW menghasilkan akurasi terendah untuk sekuens full-length dihampir
seluruh kasul uji.
2. Outgroup adalah suatu kelompok organisme yang tidak termasuk dalam kelompok
dimana hubungan evolusioner sedang diselidiki. Dalam memilih outgroup,
pertimbangan yang harus diambil tentunya ambil cabang yang paling berbeda dan
terpisah dari pohon filogeni. Kemudian bandingkan gen-nya dengan organisme lain
dalam pohon dan apabila terdapat sesuatu hal yang berbeda dari urutan ingroup namun
masih terdapat bukti homologi yang erat maka cabang tersebut dapat dipertimbangkan
sebagai outgroup.
3.

SBL = 1.19797024, Sum of Branch Length (SBL) menunjukan total perubahan genetik
yang ada dalam suatu pohon filogeni. Semakin besar nilai SBL makan akan semakin
banyak perubahan genetik (atau divergensi) yang terjadi.
4.

SBL
= 1.20824005, Pada Metode Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic
Averaging (UPGMA), dalam algoritmanya mengasumsikan tingkat evolusi yang sama,
sehingga ujung cabang keluar sama. Sedangkan pada algoritma Neighbor-Joining (NJ)
memungkinkan tingkat evolusi yang tidak sama, sehingga panjang cabang sebanding
dengan jumlah perubahan.
5.

TreeLength = 3514, Tree length merupakan kriteria yang digunakan metode Maximum
Parsimony untuk mencari pohon terbaik yang dapat definisikan sebagai jumlah dari
jumlah minimum substitusi di semua situs untuk topologi yang diberikan.
6.

Log Likelihood = -21469.19, Log Likelihood adalah suatu nilai ukuran kecocokan
untuk model apapun. Semakin tinggi nilainya, semakin baik modelnya.
7. Terdapat beberapa perbedaan yang dapat dilihat dari masing-masing struktur pohon,
pada pohon UPGMA dan NJ tidak memiliki perbedaan yang signifikan pada
strukturnya. Perbedaannya hanya terletak dari panjang masing-masing cabang daripada
pohon dimana UPGMA terlihat panjangnya berbeda-beda, sedangkan pada NJ
panjangnya terlihat sama. Pohon yang memiliki struktur yang berbeda signifikan yaitu
Maximum Parsimony (MP) karena outgroup yang dihasilkan berbeda dengan pohon
lainnya. Sedangkan pada pohon Maximum Likelihood sturkturnya tidak berbeda
dengan UPGMA dan NJ namun panjangnya juga berbeda.
 8.

Terlihat bahwa pada pohon ML terlihat bahwa pohon originated dengan pohon bootstrapnya
berbeda yang dapat diartikan bahwa pohon daripada ML ini tidak robust atau kokoh. Lalu
panjang dari masing-masing cabangnya juga berbeda secara signifikan antara pohon originate
dengan pohon bootstrapnya

Soal Bonus
Jawab : Ketika kita ingin mencari tahu apakah suatu pohon robust atau tidak.