Analisis BLAST, Pohon

Filogenetik dan Desain

Primer

Dosen Pengampu :
Prof. Dr. apt. Nanik Sulistyani., M.Si

KEL-3

Ria Indah Pratami (2308047022)

Aprilia Hatija Manumpil (2308045008)

Silmi Kaffah (2308047031)

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
merupakan suatu program untuk pencarian
kemiripan sekuen (sequence similarity) dan
merupakan alat dalam identifikasi gen dan
karakter genetik. Blast dapat melakukan
pencarian sekuen melalui perbandingan
dengan database DNA dalam waktu singkat
(kurang dari 15 detik). Database yang
digunakan adalah NCBI (National Centre for
Biotechnology Information).

Pengertian BLAST
CARA KERJA BLAST adalah dengan membandingkan
data masukan dari pengguna dengan data yang ada di
database.
1. Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen
nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki
dengan database sekuen nukleotida.
2. Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam
amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame
sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita
miliki dengan database sekuen protein.
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita
miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara
dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari
nukleotida.

Program BLAST
Untuk mencari gen suatu sekuen nukleotida dari
database nukleotida pilih ”Nucleotide Blast” (blastn)
Link : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Link :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Pilih Gene : Homo Sapiens
(ACE2 angiotensin converting enzyme 2)
Masukkan sekuen nukleotida DNA yang akan kita
bandingkan ke dalam kolom.
Di BLAST
Hasil setelah di BLAST
E value : makin kecil = makin mirip atau berkerabat
Graphic summary :
Merah = semakin mirip dg sekuen query kita.
Alignment (=pensejajaran) :
bisa dilakukan thd DNA, RNA, protein.
Pada gambar yg dialignment (krn blast nukleotida) adalah rantai nukleotidanya.
Query = nukleotida kita, Subject = data base, Nukleotidanya sama maka terdapat garis
Taxonomy
Klik “Distance tree of results” Apabila ingin
mengetahui phylogenetic tree antar sekuen
yang didapatkan.
Score
Query Coverage
E-value
Maximum identity

Analisis Hasil BLAST

Score adalah jumlah keselarasan semua
segmen dari urutan database yang cocok
dengan urutan nukleotida. Nilai skor
menunjukkan keakuratan nilai penjajaran
sekuens berupa nukleotida yang tidak
diketahui dengan sekuens nukleotida yang
terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi
nilai skor yang diperoleh maka semakin
tinggi tingkat homologi kedua sekuens.

Score
Query coverage adalah persentasi dari
panjang nukleotida yang selaras dengan
database yang terdapat pada BLAST.

Query Coverage
Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang
memberikan ukuran statistik yang signifikan
terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang
semakin tinggi menunjukkan tingkat
homologi antar sekuens semakin rendah,
sedangkan nilai E-value yang semakin
rendah menunjukkan tingkat homologi antar
sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai
0 (nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens
tersebut identik

Nilai E-value
Maximum identity adalah nilai tertinggi dari
persentasi identitas atau kecocokan antara
sekuen query dengan sekuen database
yang tersejajarkan.

Maximum Identity
Pohon Filogenetik
Filogenetik dikenal sebagai bidang ilmu yang tidak
terlepas dengan analisis bioinformatika.

Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan

evolusi diantara organisme atau gen dari segi
taksonomi, dianalisis dengan menggunakan kombinasi
antara biologi, molekuler dan teknik statistic.

Pengertian Filogenetik
Merupakan pengelompokan organisme
berdasarkan pada kesamaan warisan
evolusi. Teknik sekuensing DNA dan RNA
dianggap memberikan filogeni paling berarti
untuk menentukan nenek moyang dan
evolusi yang terjadi.Oleh karena itu tujuan
dari sistematika ini adalah untuk
menciptakan suatu klasifikasi yang
mencerminkan sejarah evolusi organisme..

Filogenetik Sistem
Ketika sekuen nukleotida atau protein dari dua
organisme yang berbeda memiliki kemiripan, maka
mereka diduga diturunkan dari sekuen common
ancestor. Sekuen penjejeran akan menunjukkan
dimana posisi sekuen adalah tidak
berubah/conserved dan dimana merupakan
divergent/atau berkembang menjadi berbeda dari
common ancestor seperti diilustrasikan pada
ilustrasi di bawah ini. Sekuen 1 dan 2 diasumsikan
berasal dari nenek moyang yangsama (common
ancestor). Total terdapat dua sekuen yang berubah.

Hubungan Analisis Filogenetik

dengan Alignment
Pohon evolusi adalah sebuah grafik dua dimensi yang
menunjukkan hubungan diantara organisme atau lebih
spesifik lagi adalah sekuen gen dari organisme.
Pemisahan sekuen disebut taxa (atau taxon jika tunggal)
yang didefinisikan sebagai jarak filogenetika unit pada
sebuah pohon. Pohon terdiri dari cabangcabang luar
(outer branches) atau daun-daun (leaves) yang
merepresentasikan taxa dan titik-titik (nodes) dan
cabang merepresentasikan hubungan diantara taxa.

Konsep Pohon Evolusi

Analisis Filogenetik 5 Gen
Menggunakan Mega 11
Gen yang digunakan :
Hasil sebelum di Brench Lenghs
Hasil sesudah di Brench Lenghs
Desain Primer
Desain primer adalah tahap awal untuk
amplifikasi DNA, sehingga dapat digunakan
untuk menganalisis sampel menggunakan
teknik Polymerase Chain Reaction (PCR).
Desain primer yang baik dilakukan secara
in silico, yaitu dengan basis ilmu
bioinformatika.

Pengertian Desain Primer

Di dalam proses PCR, primer berfungsi sebagai
pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus
hidroksi (-OH) pada ujung 3' yang diperlukan
untuk proses eksistensi DNA.

Primer yang terlalu panjang atau primer yang

terlalu pendek akan menyebabkan reaksi pada
PCR tidak dapat berjalan dengan efektif dan
maksimal

Fungsi Primer dalam PCR

Desain Primer Menggunakan NCBI
Link : https://ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Get Primers
Hasil