Gerakan-gerakan separatis yang terjadi antara lain:

1. Pemberontakan APRA di Jawa Barat

Kalangan KNLI membentuk gerakan Angkatan perang Ratu Adil [APRA]. Gerakan
ini dipimpin oleh Kapten Westerling yang merupakan mantan tentara KNLI. Pada
tanggal 23 Januari 1950, APRA merebut tempat-tempat penting di Bandung seperti
markas Divisi Siliwangi, dan membunuh setiap anggota TNI yang mereka temui di
jalan, termasuk letnan Kolonel Lembong. Bahkan Westerling berencana menyerang
Kabinet RIS dan membunuh beberapa orang menteri, seperti menteri pertahanan Sri
Sultan Hamengku Buwono IX, Sekjen kementrian pertahanan Mr. Ali Budiarjo, dan
pejabat Kepala Staf Angkatan perang kolonel T.B. Simatupang.
Pada April 1950 Sultan Abdul Hamid II dan mentri tanpa portofolio di kabinet RIS
ditangkap karena dituduh sebagai dalam negara gerakan APRA dan Westerling
berhasil melarikan diri ke luar negeri.
2. Pembenrontakan Andi Aziz di Makassar
Andi Aziz adalah mantan letnan Ajunda Wali Negara-Negara Indonesia Timur [NIT]
Tjokorde Gede Sukawati yang telah tergabung dalam APRIS dengan pangkat kapten
pada tanggal 30 Maret 1950. pada tanggal 5 April 1950, pasukan Andi Aziz meyerbu
dan menduduki markas APRIS di Makassar.Mereka Menuntut agar pasukan APRIS
dan KNLI saja yang bertanggung jawab terhadap keamanan NIT. Dalam menghadapi
tuntutan tersebut, pemerintah mengeluarkan ultimatum yang mengaruskan Andi Aziz
mempertanggungjawabkan perbuatannya. Namun, ultimatum tersebut tidak
diharuskan oleh Andi Aziz dan pasukannya. Pemerintah akhirnya bertindak tegas dan
mengirimkan pasukan EKspedisi ke Makassar yang dipimpin oleh Kolonel Alex
kawilarang, yang di dahului oleh Batalion Worang yang telah mendarat pada 18 April
1950. Ahirnya Andi Aziz menyerahkan diri pada akhir April 1950. Namun demikian,
pertempuran terus berlangsung antara pasukan APRIS dengan pasukan KNLI dan
pertempuran baru dapat diatasi pada bulan Agustus 1950 dan pada tahun 1953 Andi
Aziz dijatuhi hukuman lima belas tahun penjara oleh pengadilan militer Yogyakarta.
3. Gerakan Republik Maluku Selatan ( RMS )
pada tanggal 25 APRIL 1950 di Ambon diproklamasikan berdirinya replubik Maluku
Selatan [RMS]. RMS diprolamasikan oleh Mr. Dr. Ch. R.S. Soumokil, mantan jaksa
Agung Negara Indonesia Timur. Soumokil sebenaranya telah terlibat di dalam
petualangan Andi Aziz Akibat kegagalan gerakan itu, ia melarikan diri ke Maluku
Tengah dan menjadikan Ambon sebagai pusat kegiatan. Akhirny, pemerintah terpaksa
menggunakan kekuatan militer untuk menumpas para pemberontak. kota Ambon
dikepung oleh tentara APRIS di bawah komando letnan kolonsel Slamet Riyadi. Pada
saat pasukan APRIS berusaha merebut Benteng New Victori, letkol Slamet Riyadi
gugur dalam pertempuran tersebut. Walaupun komandannya tewas, para prajurit
APRIS terus maju menyerbu hingga Benteng New victoria berhasil direbut dan kota
Ambon diduduki. Pada bulan November 1963, Dr. Soumokil berhasil menyelamatkan
diri, akhirnya ditangkap dan dibawa kejakarta diadil oleh Mahkamah Militer dengan
dijatuhi hukuman mati pada tahun 1964.