Karier pelatih[sunting 

| sunting sumber]
Hamburger SV[sunting | sunting sumber]
Setelah pensiun, ia menjadi bagian dari staf pelatih Hamburg, mengelola tim
cadangan (reserve team) dari tahun 2002 hingga diangkat menjadi pelatih tim
utama pad atahun 2004.
Di awal masa jabatannya sebagai pelatih utama, ia berhasil mencapai
beberapa kesuksesan seperti menyelamatkan tim dari degradasi di musim
pertamanya, memenangkan Piala Intertoto, dan berhasil finis di tempat ketiga
pada musim 2005–2007 sehingga mendapatkan jatah bermain di Liga
Champions di musim berikutnya. Pada musim 2006–2007, tim menampilkan
performa yang mengecewakan di Liga Champions dengan hanya
mendapatkan satu kemenangan dalam enam pertandingan pertama dan jatuh
ke dasar klasemen Bundesliga di pertengahan musim. Thomas dipecat pada
1 Februari 2007.
Borussia Dortmund[sunting | sunting sumber]
Pada 19 Mei 2008, Thomas mengundurkan diri dari Borussia
Dortmund setelah Borussia finis secara mengecewakan di posisi ke-13
di Bundesliga.[4][5]