KLASIFIKASI DAN IDENTIFIKASI

MIKROORGANISME
 TAKSONOMI DAN KLASIFIKASI

• Taksonomi
Pengelompokan dengan pembentukan TAKSON
(=kelompok makhluk hidup yang memiliki banyak
persamaan ciri).
• Klasifikasi
Suatu cara pengelompokan yang didasarkan pada ciri-
ciri tertentu.
 Beberapa Sistem Klasifikasi untuk Organisme Hidup
System’s Original Proposal Clasification by
Kingdom/domian & major Group of Organization
Linnaeus (1753) Animalia → Animals, Protozoa
Plantae → Plants, Algae, Bacteria, Fungi

Haeckel (1866) Animalia → Animals

Plantae → Plants, Multicellular algae
Protista → Unicellular algae, Bacteria,
Fungi, Protozoa
Whittaker (1969) Animalia → Animals
Plantae → Plants
Protista → Algae, Protozoa
Eukariota
Fungi → Fungi
Monera (Procaryotae) → Procaryotes

Woese (1981) Archaea

Bacteria Domain
Eucarya
 TAKSONOMI

• Kingdom/kerajaan
• Phylum/Filum atau division/divisi
• Class/Kelas→ 7 kelas
• Order/bangsa
• Family/suku
• Genus/marga
• Species/jenis
FILOGENI → Ilmu tentang hubungan evolusi antara
mahluk hidup
EVOLUSI → Perubahan yang terjadi dalam satu garis
keturunan menjurus ke spesies atau
varietas baru
- Prokariota secara filogeni berbeda dari eukariota
- Tidak semua prokariota mempunyai hubungan evolusi
dekat → bakteri dan Archaea berbeda secara filogeni
Carl Woese → RNA ribosom untuk menentukan
hubungan filogeni dengan teknik “gene
sequencing” RNA ribosom tersebut.
“GENE SEQUENCING” r RNA and PHYLOGENY
a. Sel hidup dipecah
b. Isolasi gene encoding r RNA, diperbanyak melalui teknik
“polymerase chain reaction” (PCR)
c. Sequencing gen
d. Penjajaran hasil “gene sequencing” dengan komputer →
algoritme → pairwise comparisons
e. Menghasilkan pohon filogeni → menggambarkan
perbedaan-perbedaan r RNA sequence antara organisme
Sequence differences :
1x2→3 1 dan 3 mempunyai hubungan filogeni
1x3→2 lebih dekat dibandingkan 1 dan 2 atau
2 dan 3
2x3→4
Pohon filogeni dari kehidupan diperoleh dari hasil
comparative r RNA “gene sequencing”
- Diperoleh 3 keturunan filogeni berbeda
- 2 dari keturunan ini terdiri dari sel prokariota yang ke
tiga adalah eukariota, yaitu
Domain - Bakteri
Merupakan cabang-
- Archaea cabang dari organisme
- Eukarya leluhur yang sama

- Dalam domain prokariota tidak semua mempunyai

hubungan filogeni yang dekat
- Archaea mempunyai hubungan filogeni lebih dekat
dengan eukarya dibandingkan bakteri
- Mikroba eukariotik → leluhur dari organisme
multiseluler
Klasifikasi dengan beberapa metode identifikasi :
1. Sifat pertumbuhan pada berbagai macam media
2. Sifat makroskopis koloni
3. Sifat mikroskopis
4. Sifat biokimia
- Penentuan enzim-enzim yang dimiliki bakteri
- Hasil uji fermentasi terhadap karbohidrat
tertentu
- Kemampuan bakteri menghidrolisa polimer-
polimer disekitar
- Kemampuan bakteri untuk melakukan
reduksi
contoh : NO3- → NO2- → NO → N2
SO42- → H2S → S
- Kepekaan terhadap zat antimikroba
5. Analisis kimia → komposisi peptida dinding sel
dan lemak pada membran
sitoplasma
6. Uji serologi → berdasarkan reaksi spesifik
antigen – antibodi bagian
tertentu dinding sel bakteri
7. Analisis genetik dan molekuler
Contoh :
berdasarkan % komposisi guanin dan sitosin
berdasarkan urutan as.nukleat RNA ribosom
SIFAT PERTUMBUHAN DALAM BERBAGAI MEDIA
Salmonella Shigella Agar
Blood Agar
Manitol Salt Agar
STAPHYLOCOCCUS AUREUS

Manitol Salt Agar Blood Agar

ESCHERICHIA COLI

EMB Agar MacConkey Agar

SIFAT MAKROSKOPIS KOLONI
SIFAT MIKROSKOPIS
 UJI BIOKIMIA

Uji Indol Uji methyl red

 Uji hidrolisa amilum
Uji katalase
 Uji hidrolisa gelatin

Identifikasi dengan kit

Uji sensitivitas terhadap antibiotika
 Salmonella typhimurium
Basic description of microbe:
Rods (0.7-1.5 mm x 2-5 mm)
Motile
Anaerobic
Optimal temperature: 37 ˚C

What it looks like on the agar:

Whole Colony Round
Margin Irregular colonies
Elevation Convex
Color White-yellow

Biochemical tests:
Oxidase negative
Catalase positive
Indole negative
Voges-Proskauer negative
Methyl Red positive
Simmons Citrate positive
H2S production positive
Urease negative
Phenylalanine Deaminase negative
Reduction of Nitrate positive
UJI SEROLOGI
Haemagglutination Inhibition (HI) test

A = terjadi aglutinasi dan B = tidak terjadi aglutinasi

• Zat haemaglutinin yang terdapat dalam tubuh virus atau bakteri tersebut
bersifat antigenik yang dapat merangsang terbentuknya antibodi spesifik.
Antibodi yang terbentuk tersebut memiliki kemampuan menghambat terjadinya
aglutinasi darah yang disebabkan oleh haemaglutinin dari virus atau bakteri.
Pemberian nama → BINOMIAL (Linnaeus)

Sistem klasifikasi
- Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 9th Ed
- Berdasarkan perbandingan urutan as nukleat
RNA ribosom
- Sistem praktis
Berdasarkan Bergey’s → bakteri
Kingdom Procaryotae (Monera)
1. Divisi I : Gracilicutes → berdasarkan dinding sel
bakteri Gram negatif (tipis)
2. Divisi II : Firmicutes → dinding sel bakteri Gram
positif (tebal dan kokoh)
3. Divisi III : Tenericutes → bakteri tidak punya
dinding sel
4. Divisi IV : Mendosicutes → semua bakteri dengan
komposisi dinding sel berbeda dengan
bakteri Gram negatif dan positif
Contoh Group Taksonomik Bacteria
Kerajaan : Procaryotae (Monera)
Divisi I : Gracilicutes
Kelas I : Scotobacteria → Gram negatif, non fotosintetik
II : Anoxyphotobacteria
- Gram negatif
- Fotosintesis
- Tidak menghasilkan O2
III : Oxyphotobacteria → cyanobacteria
Divisi II : Firmicutes
Kelas I : Firmibacteria → Gram positif, batang, kokus
II : Thallobacteria → Actinomyces, Streptomyces
Divisi III : Tenericutes
Kelas I : Mollicutes → Mycoplasma (tanpa dinding sel)
Divis IV : Mendosicutes
Kelas I : Archaebacteria
Contoh klasifikasi beberapa bakteria
 Staphylococcus aureus
Kerajaan : Procaryotae (Monera)
Divisi : Firmircutes
Kelas : Firmibacteria
Bangsa : Eubacteriales
Suku : Micrococcaecae
Marga : Staphylococcus
Jenis : Staphylococcus aureus
 Salmonella typhi
Kerajaan : Procaryotae (Monera)
Divisi : Gracilicutes
Kelas : Scotobacteria
Bangsa : Eubacteriales
Suku : Enterobacteriaceae
Marga : Salmonella
Jenis : Salmonella typhi
 Borrelia burgdorferi
Kerajaan : Procaryotae (Monera)
Divisi : Gracilicutes
Kelas : Scotobacteria
Bangsa : Spirochaetales
Suku : Spirochaetaceae
Marga : Borrelia
Jenis : Borrelia burgdorferi