Ekstraksi Asam

Nukleat (DNA/RNA)

Jurusan Analis Kesehatan

Poltekkes Kemenkes Banjarmasin
2021
 SISTEMATIKA

1. Sejarah, Tujuan, Manfaat

2. Prinsip ekstraksi asam nukleat
3. Metode Ekstraksi asam nukleat
4. Penyimpanan RNA
5. Troubleshooting
6. Kesimpulan
7. Referensi
 Sejarah

• Friedrich Miescher (1869) : ekstraksi asam nukleat

dari sel darah putih
• James Watson, and Francis Crick (1953) : struktur
DNA dan perannya dalam meneruskan informasi
genetik
• Terlihat bagaimana proses ekstraksi ini menjadi
awal bagi penemuan besar di sejarah kehidupan
manusia. memungkinkan manusia untuk
mempelajari proses fisiologis dalam kehidupan

DNA, RNA, and Protein Extraction: The Past and The Present
Siun Chee Tan1,* and Beow Chin Yiap2
 Tujuan

• Melepaskan asam nukleat dari sel

• Asam nukleat yang diperoleh harus murni
(bebas kontaminasi protein, karbohidrat
maupun lemak)
• Untuk apa?
Mempelajari penyakit genetik, kanker, infeksi
bakteri maupun virus
 Manfaat

Ekstraksi merupakan tahap awal bagi berbagai macam

studi molekuler
1. Riset eksperimental
2. Penyelidikan forensik
3. Mutagenesis
4. DNA rekombinan
5. Produksi vaksin
6. Terapi gen
7. Aplikasi diagnostik
 Prinsip Dasar Ekstraksi
1. Memecah/ melisiskan jaringan atau sel
(enzimatik, kimia, mekanik)
2. Memisahkan asam nukleat dari
kontaminan seperti protein, lemak dan
kontaminan lain
3. Transfer asam nukleat ke dalam air atau
larutan buffer tertentu yang dapat
mengawetkannya
Modifikasi dapat dilakukan berdasarkan jenis
spesimen yang akan diekstraksi
 Prinsip Chemical
Dasar Ekstraksi

• Memecah/ melisiskan jaringan atau sel

Tris, MgCl2, EDTA, NaCl, SDS, CTAB, Triton X100
• Digestion of protein
CTAB, SDS, phenol, chloroform, Nonidet P40, different
chaotropic, urea, guanidium isothiocyanate, guanidium
thiocyanate, N-Lauroyl, sarcosine
• Presipitasi
Isopropanol, ethanol, methanol, NaCl, sodium acetate
• Washing
Any alcohol
• Eluen
TE buffer, distil water
 Metode Ekstraksi

Solution-based
1. Guanidin tiosianat-
fenol - kloroform
2. CTAB
3.Alkaline
4.EtBr – CsCl

Manual, kompleks, time

consuming
NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH RESEARCH AND

DEVELOPMENT
 Metode Ekstraksi

Solid-phase based
1. Silika kolom
2. Partikel kaca
3. Diatomaceous
earth
4. Magnetic bead
5. Anion exchange

Kit, simpel, efisien

Metode Ekstraksi
Automated Extraction (Robotic) : Liquid
handling robots

Cartridge

NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH RESEARCH AND

DEVELOPMENT
 Metode Ekstraksi

Current Nucleic Acid Extraction Methods and Their Implications to Point-of-Care Diagnostics
Ali,etal.2017
 Kualitas dan Kuantitas RNA

• Konsentrasi DNA/RNA --> spektofotometer

asam nukleat (DNA, RNA, nukleotida): 260 nm
protein : 280 nm
kontaminan lain : 230nm

• Penentuan konsentrasi --> faktor koefisien

DNA : 50ug/mL
RNA : 40ug/mL

• Kemurnian asam nukleat

A260/A280 > 1,8
A260/A230 > 1,8
 Penyimpanan

Long term = Dried or Lyophylized (+ stabilizing

agent)
• Trehalose
• Commercially available stabilizers
•DNAstable® (Biomatrica)
• QIAsafe™ DNA (Qiagen)
•GenTegra™ DNA (IntegenX)
Short term/dilution needed = in solution
•Nuclease free water
• TE-buffer
•Hind III digested lambda DNA
Temperature: the colder, the more stable
Room temperature; 4°C; -20°C; -80°C; Liquid
nitrogen
 Troubleshooting
Masalah Penyebab
RNA sedikit atau tidak ada Lisis tidak sempurna karena sumbatan
pada kolom
Konsentrasi virus atau bakteri rendah
Freeze thaw sampel lebih 1x
Kondisi binding atau elusi tidak sesuai
Etanol tidak ditambahkan pada wash buffer
RNA terdegradasi Kontaminasi oleh RNase
Kualitas sampel rendah
Hasil PCR tidak sesuai Asam nukleat tidak ada
harapan
Reagen PCR in aktif
Elusi terlalu banyak
Carier RNA dalam eluat terlalu banyak
Kontaminasi etanol
 Perhatikan..

• Hazard level spesimen --> pemilihan

BSC
• Airflow BSC
• Gunakan sarung tangan
• Jaga area kerja bebas RNase selama
proses ekstraksi
• Menerapkan GLP (Good Laboratory
Practice)
 Kesimpulan

• Ekstraksi asam nukleat adalah proses

awal bagi studi biomolekuler
• Idealnya proses ekstraksi yang efektif
dengan memperhatikan beberapa hal :
kecepatan pengerjaan, biaya yang
dikeluarkan, sensitifitas dan spesifisitas,
reprodusibilitas dan keamanan.
• Namun begitu, saat ini belum ada
metode yang bisa memenuhi kondisi
ideal tersebut. Kita sebagai pengguna,
harus dapat menentukan metode
mana yang akan dipakai dan
mengevaluasi performa dari metode
tersebut.
Referensi

http://downloads.hindawi.com/journals/bmri/2017/9306564.pdf

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4614-3970-7_11

https://www.cytometry.be/-
/media/Files/BSAC/Events/Mol_2011/DNAExtraction.pdf?la=en&hash
=7D500AC062A9C4EF5DD81D95D266A84ED3623DA8

17
TERIMA KASIH