Metagenomik

Pendahuluan
Metagenomik merupakan ilmu yang mempelajari tentang metagenome, yaitu
pembacaan seluruh DNA dari suatu ekosistem lengkap. Metagenomik merupakan cara yang
tepat untuk mengetahui komunitas mikroba dalam suatu sampel yang dilakukan dengan
menguraikan informasi genetik dari DNA yang diekstraksi langsung dari suatu komunitas
atau ekosistem tanpa harus membiakan atau mengisolasi satu orgnisme, kemudian hasil
tersebut dianalisis lebih lanjut contohnya dengan penanda filogenetik seperti 16s rRNA untuk
mengetahui jenis mikroorganisme tersebut (Ghosh, Mehta, & Khan, 2019; Nuro, 2017).
Penerapan ilmu metagenomik bisa diaplikasikan terhadap berbagai sampel secara luas
misalnya pada produk pangan seperti produk fermentasi dan untuk mengetahui campuran
dalam makanan, lingkungan, bahkan untuk keperluan medis (Coughlan, Cotter, Hill, &
Alvarez-Ordóñez, 2015; García-García et al., 2019; Jung et al., 2011). Keuntungan dari ilmu
metagenomik adalah menghindari kebutuhan untuk membiakan mikroorganisme yang belum
kita ketahui sifatnya, kemudian menghilangkan cloning dan bias PCR, serta mengurangi
biaya perurutan baca karena pembacaan analisis DNA dilakukan sekaligus (Jung et al., 2011)
Fungsional metagenomik memiliki potensi yang dapat dipertimbangkan pada industri
makanan dan farmasi, dimana metagenomik ini dapat membantu untuk 1) mengidentifikasi
enzim dengan sifat-sifat teknologi yang diinginkan, mampu untuk mengkatalisis reaksi yang
baru atau mengganti katalis sintesis kimia yang ada yang mungkin sulit atau mahal untuk
diproduksi, dan dapat bekerja di bawah jangkauan yang luas pada kondisi lingkungan yang
mungikin ditemuui pada makanan dan siklus pemrosesan farmasi termasuk kondisi ekstrim
temperature, pH, osmolaritas, dll; 2) penemuan bioaktif terbaru termasuk antimikrobial aktif
melawan mikroorganisme yang focus pada makanan dan medis; 3) investigasi dari isu
industrial dan social seperti pengembangan resistensi antibiotik (Coughlan et al., 2015).
Metode
Penerapan ilmu metagenomimk bisa dilakukan dengan beberapa pendekatan,secara
umum, prosesnya dimulai dengan ekstraksi DNA dari suatu ekosistem, kemudian di analisis
hasil nya menggunakan aplikasi yang berisi database dari berbagai gen atau genbank.
Pendekatan metagenomik berdasarkan urutan acak DNA dapat memberikan banyak informasi
tentang kandungan gen, potensi metabolism, dan fungsi komunitas mikroba (Jung et al.,
2011). Proses penerapan ilmu metagenomik bisa dilihat pada gambar 1.
 Gambar 1. Metode umum penerapan ilmu metagenomik
Pendekatan analaisis metagenomik bisa menggunakan beberapa cara, diantaranya:
 PCR
 Pyroquencing
 NGS
Pendekatan qRT-PCR atau quantitative Real Time-PCR biasa digunakan sebelum
pyrosquencing untuk menghitung jumlah total bakteri pada suatu sampel atau ekosistem.
Penentuan yang tepat dari jumlah sel bakteri oleh qRT-PCR dalam komunitas mikroba tidak
mungkin karena jumlah Salinan dari gen 16s rRNA kromosom memiliki jenis spesiaes yang
bervariasi, sehingga hanya digunakan untuk menghitung jumla totalnya saja (Jung et al.,
2011).
Teknologi pyrosequencing adalah teknik pengurutan DNA untuk melihat pelepasan
pirofospat yang menyertai penggabungan nukleotida secara real time. Teknologi ini
digunakan untuk menganalisis mikroba dari sampel setelah dilakukan pendekatan qRT-PCR
(Jung et al., 2011)
Fit, masukin pengertian NGS selewat disini yaa
Aplikasi
1. Pendekatan metagenomik pada kimchi
Dari hasil qRT-PCR pada sampel kimchi, jumlah salinanan gen 16s rRNA meningkat
dari har pertama fermentasi yaitu 2,6 x 108 salinan/ml menjadi 3,0 x 1010 salinan/mL
selaafermentasi kimchi. Setelah hari ke 25, populasi bakteri menurun. Peningkatana
kelimpahan bakteri berkorelasi dengan penurunan nilai pH(Jung et al., 2011)
Hasil sequencing pada sampel dilanjutkan dengan analisis contig yang digunakan
untuk membuang derah yang bukan merupakan hasil konsensus dari kedua sekuen. Analisis
ini digunakan sebagai alternatif dalam memperbaiki hasil sequencing yang kurang baik.
Contig adalah rekontruksi dari serangkaian bagian DNA yang saling tumpang tindih menjadi
bentuk tunggal. Membaca sekuensing dari metagenom kimchi yang terdiri dari total 560.907
bacaan menghasilkan 27.835 contig. Hasil analisis tersebut di bandingkan dengan database
GenBank secara online menggunakan web BLASTN.
Berdasarkan kelimpahan gen 16s rRNA dan representasi seluruh urutan genom dalam
pendekatan metagenomik, diperoleh hasil bahwa populasi mikroba aktif dalam fermentasi
kimchi didominasi oleh genus Leuconostoc, Lactobacillus, dan Weissella (Jung et al., 2011)
Coughlan, L. M., Cotter, P. D., Hill, C., & Alvarez-Ordóñez, A. (2015). Biotechnological
applications of functional metagenomics in the food and pharmaceutical industries.
Frontiers in Microbiology, 6(JUN), 1–22. doi:10.3389/fmicb.2015.00672
García-García, A., Madrid, R., Sohrabi, H., de la Cruz, S., García, T., Martín, R., &
González, I. (2019). A sensitive and specific real-time PCR targeting DNA from wheat,
barley and rye to track gluten contamination in marketed foods. Lwt, 114(February),
108378. doi:10.1016/j.lwt.2019.108378
Ghosh, A., Mehta, A., & Khan, A. M. (2019). Metagenomic Analysis and its Applications.
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 184–193.
doi:10.1016/b978-0-12-809633-8.20178-7
Jung, J. Y., Lee, S. H., Kim, J. M., Park, M. S., Bae, J. W., Hahn, Y., … Jeon, C. O. (2011).
Metagenomic analysis of kimchi, a Traditional Korean fermented food. Applied and
Environmental Microbiology, 77(7), 2264–2274. doi:10.1128/AEM.02157-10
Nuro, F. (2017). Metagenomik: penelusuran makhluk tak kasat mata dalam tanah fiqolbi
nuro, 8(2).