Penuntun Praktikum Biokimia Biomedik 1 PDF

Untuk Blok Biomedik I
Program Studi Pendidikan Dokter

Fakultas Kedokteran
Universitas Hasanuddin
Tahun Ajar 2022/2023
Penuntun Praktikum Biokimia
Blok Biomedik I TA 2022/2023
Departemen Biokimia Fakultas Kedokteran
TIM BIOKIMIA FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS HASANUDDIN

Prof. dr. Rosdiana Natzir, Ph.D, Sp.Biok
Dr. dr. Syahrijuita Kadir, M.Kes, Sp.T.H.T-B.K.L.K.
dr. Marhaen Hardjo, M.Biomed, PhD
dr. Bau Dilam Ardyansyah., MBSc., MHPE
Dr. dr. Ika Yustisia, M.Sc
dr.Ilhamuddin A, M.Si, Ph.D
dr. Gita Vita Soraya, Ph.D
dr. Diandra Sabrina NK. Ph.D
dr. Dian Ekayanti Astari, M.Biomed
dr. Karismananda, Ph.D
Fadhiil Ansyarullah Murtadho.S.Ked
Imam Adrian Rakhman
Farahmiftah Brilliant Ghaissani Putri Irzal
Dewi Sartika A.Azis
Muhammad Rayzha Shalvaa Murshal
Salsabila Abdillah
Muhammad Rafi Fakhrurazi Yuskal
Dzaqiyyah Rezky Amaliah
Sakinah Elberina Mahatma
Irma Sri Komitesariswaty
Yusran Eka Nandika
A. Ayu Aulia Eden
Nadia Resky Syahrir
Siti Ramlia, ST
Ratna Carda, SE
Kamalia Nova, SPt
EDITOR 2022:
Fadhiil Ansyarullah Murtadho, S.Ked
Imam Adrian Rakhman
© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin
© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 1

KATA PENGANTAR
Syukur Alhamdulillah kami panjatkan kehadirat Allah SWT atas berkat dan rahmat-Nya
sehingga Penuntun Praktikum Biokimia ini dapat terbit sebagai salah satu penunjang kegiatan
pembelajaran pada Blok Biomedik I.
Penuntun Praktikum ini disusun untuk memandu mahasiswa dalam melaksanakan kegiatan
praktikum sehingga dapat memahami tujuan dan dasar reaksi-reaksi yang diujikan, bekerja
dengan runut serta memperoleh hasil sesuai yang diharapkan. Hal ini ditujukan agar setiap
kegiatan praktikum benar-benar dapat menunjang pemahaman akan teori-teori yang diberikan
pada kuliah Biokimia. Di samping itu, mahasiswa juga dapat memperoleh keterampilan dasar
laboratorium yang diperlukan untuk profesi dokter kelak baik sebagai klinisi, peneliti, maupun
akademisi.
Kami menyadari bahwa penuntun praktikum ini masih jauh dari kesempurnaan. Oleh karena
itu, petunjuk, saran, dan kritik dari para pembaca sangat kami harapkan demi perbaikan pada
penerbitan berikutnya. Kami berharap penuntun ini memberikan manfaat yang sebaik-baiknya
dalam peningkatan ilmu pengetahuan dan keterampilan mahasiswa.
Makassar, 19 Agustus 2022
Penyusun,
TIM BIOKIMIA FK UNHAS

TATA TERTIB PRAKTIKUM BIOKIMIA
1. Mahasiswa yang berhak mengikuti praktikum adalah mereka yang telah memenuhi
persyaratan administrasi dan kelengkapan peralatan praktikum.
2. Kelengkapan administrasi meliputi :
a. Mengenakan baju praktikum lengkap dengan papan nama dan membawa
penuntun.
b. Laki-laki:
• Mengenakan baju berkerah
• Tidak berambut panjang
• Mengenakan celana panjang
• Mengenakan sepatu tertutup
c. Perempuan:
• Mengenakan baju berkerah (jilbab dimasukkan kedalam jas laboratorium)
• Rok panjang
• Mengenakan sepatu tertutup
3. Mahasiswa sudah harus berada di laboratorium paling lambat 10 menit sebelum praktikum
dimulai dan bagi yang terlambat akan diperbolehkan mengikuti praktikum hanya dengan
izin koordinator praktikum.
4. Mahasiswa tidak dibenarkan membicarakan hal-hal yang tidak berhubungan dengan
praktikum selama dalam laboratorium demi efisiensi waktu.
5. Mahasiswa akan dibagi menjadi 10 regu dengan satu orang sebagai ketua regu.
Setiap regu melakukan jenis percobaan yang sama pada tempatnya masing-masing
dan tiap regu tidak diperkenankan mengambil pekerjaan regu mahasiswa lainnya
kecuali yang telah ditetapkan oleh dosen/asisten.
6. Ketua regu bersama anggotanya menyiapkan kotak alat beserta kelengkapannya dan
alat-alat serta bahan dan segala sesuatu yang dibutuhkan untuk percobaan yang akan
dilaksanakan dan disampaikan oleh asisten pembimbing atau koordinator.
7. Setiap mahasiswa harus memahami tujuan percobaan, cara kerja serta teori yang
berhubungan dengan percobaan yang akan dilaksanakan. Dosen/Asisten berhak
menunda jalannya percobaan untuk sementara dan menganjurkan untuk memahami
kembali hal-hal yang disebutkan pada poin sebelumnya.
8. Selama praktikum, mahasiswa tidak diperbolehkan keluar masuk laboratorium tanpa
seizin asisten yang bertugas pada saat itu.
9. Setiap anggota regu bertanggung jawab atas keselamatan dan kebersihan alat-alat
yang digunakan dan pada akhir percobaan alat diserahkan kembali dalam keadaan
lengkap dan bersih.
10. Mahasiswa yang berhalangan hadir pada praktikum dengan alasan yang jelas harus
menyampaikan alasannya kepada koordinator praktikum selambat-lambatnya 2 x 24 jam.
11. Laporan hasil percobaan diselesaikan dalam laboratorium selama praktikum berlangsung
dan wajib menyelesaikan tugas-tugas yang telah ditetapkan sesuai dengan waktu yang
akan diberikan kemudian.
12. Mahasiswa yang melanggar tata tertib praktikan akan diberi sanksi mulai dari pemberian
tugas sampai dengan tidak diikutkan dalam praktikum.
13. Peraturan yang tidak tercantum di atas dan dianggap perlu akan diberitahukan
selanjutnya.
Demikianlah peraturan ini dibuat agar menjadi perhatian bagi semua pihak yang terkait.

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR.................................................................................................... 2
TATA TERTIB PRAKTIKUM BIOKIMIA ...................................................................... 3
DAFTAR ISI................................................................................................................. 4
PRAKTIKUM BIOKIMIA I: Keselamatan Laboratorium, Larutan Penyangga, dan
Identifikasi Makromolekul ............................................................................................ 5
PRAKTIKUM BIOKIMIA II: Spektrofotometri dan Enzim ........................................... 27
PRAKTIKUM BIOKIMIA III: Biologi Molekuler ........................................................... 53
PRAKTIKUM BIOKIMIA IV: Immunohematologi ....................................................... 65
REFERENSI .............................................................................................................. 81

PRAKTIKUM BIOKIMIA I: KESELAMATAN LABORATORIUM,

LARUTAN PENYANGGA, DAN IDENTIFIKASI MAKROMOLEKUL
TOPIK 1 – KESELAMATAN LABORATORIUM
A. SASARAN PEMBELAJARAN
Mahasiswa mampu menjelaskan cara menjaga keselamatan dalam laboratorium dan aturan-aturan
keselamatan dalam laboratorium.
Instruksi Umum:
Sebelum melakukan praktikum, mahasiswa diharapkan untuk menyaksikan video
penggunaan fire blanket yang dapat diakses melalui link dibawah ini:
https://youtu.be/MHgWOPgxANI
B. DASAR TEORI
Keamanan adalah prioritas utama di dalam laboratorium. Pastikan anda mengikuti persyaratan
keselamatan laboratorium dan mengenakan alat pelindung diri yang sesuai. Saat bekerja di lab baru,
lihat sekeliling dan identifikasi peralatan keselamatan sehingga anda dapat bereaksi dengan cepat jika
terjadi keadaan darurat.
Aturan keselamatan lab:
1. Pantau semua langkah pada eksperimen yang anda lakukan dan tuliskan bahan kimia yang
anda gunakan. Pastikan anda memberi label pada semua sampel dan reagen anda dengan
isi, potensi bahaya, tanggal dan inisial anda. Pastikan anda mengenal seluruh lambing hazard
(hazard symbol) dan mengidentifikasi potensi bahaya pada reagen yang anda gunakan.
Gambar 1. Piktogram bahaya GHS (Globally Harmonized System of Classification and

Labeling of Chemicals) yang merupakan penanda visual untuk menunjukkan jenis bahaya
(hazard) dalam penggunaan dan penyimpanan bahan kimia.

2. Setelah anda selesai dengan percobaan, bersihkan semua peralatan gelas bekas, kembalikan
reagen ke tempat penyimpanan yang benar, buang limbah ke wadah yang sesuai dan
bersihkan meja kerja dengan etanol.
3. Makan, minum, merokok dan menyimpan makanan dan minuman di laboratorium tidak
diperbolehkan.
4. Anda harus mengenakan pakaian yang menutupi seluruh tubuh anda, termasuk sepatu
tertutup dan celana panjang. Hindari lengan longgar dan rambut panjang yang tidak terikat,
ini dapat menghalangi anda dan bisa berbahaya saat bekerja di sekitar api.
5. Bawa hanya hal-hal yang anda perlukan ke lab. Tinggalkan semua barang pribadi seperti tas
punggung, dompet, perhiasan, atau jaket di luar, agar tidak terkontaminasi. Pastikan anda
tidak mencemari sakelar lampu, gagang pintu, dan handphone Anda. Jaga tangan anda tetap
bersih dan kuku anda pendek, dan pastikan anda mencuci tangan sebelum meninggalkan lab.
6. Ruang laboratorium harus tetap bersih dan rapi dan semua pintu keluar darurat harus jelas.
Jangan pernah meletakkan reagen di atas lantai. Bahan kimia perlu disimpan di lemari yang
sesuai untuk menghindari kecelakaan.
7. Jaga meja kerja anda agar selalu rapi dan singkirkan semua barang yang tidak diperlukan.
8. Pastikan Anda selalu memakai alat pelindung diri (APD) yang sesuai untuk tugas yang ada.
APD adalah peralatan yang dipakai untuk meminimalkan paparan cedera dan penyakit serius
di tempat kerja. Semua APD harus dipakai segera setelah anda memasuki lab dan dikenakan
setiap saat:
• Jas lab digunakan untuk melindungi pakaian anda dari tumpahan bahan kimia.
• Jika anda bekerja dengan bahan kimia berbahaya, pastikan untuk memakai
pelindung mata yang sesuai (safety goggles).
• Kenakan sarung tangan saat bekerja dengan zat biohazard atau bahan kimia
berbahaya.
• Respirator perlu digunakan jika anda menangani bahan kimia yang mudah menguap.
Peralatan keamanan dalam laboratorium:
1. Shower keselamatan (safety shower) dan tempat cuci mata.

2. Alat pemadam kebakaran, yang biasanya terletak di dekat pintu masuk.
3. Dua pintu keluar darurat di sisi lab yang berbeda. Ini memastikan bahwa tidak ada yang bisa
terjebak jika terjadi kebakaran. Pastikan pintu keluar darurat selalu bebas halangan.
4. Selimut api dapat digunakan untuk memadamkan api atau melindungi diri Anda sendiri.
5. Kotak P3K digunakan untuk luka ringan.
6. Rencana evakuasi harus ditempatkan di dekat pintu keluar.
7. Laboratorium kimia sering kali memiliki lemari asam yang melindungi pengguna dari paparan
bahan kimia.

8. Pastikan untuk menguji peralatan keselamatan Anda secara teratur untuk memastikan bahwa
setiap barang siap dalam keadaan darurat.
Jika terjadi kebakaran di lab, pastikan anda mengikuti langkah-langkah berikut:
1. Tetap tenang.
2. Jika apinya sangat kecil, seperti cairan dalam tabung yang terbakar, cobalah untuk
memadamkannya dengan menutupnya dengan penutup.
3. Jika api tidak terkendali, pastikan keselamatan semua orang yang berada di sekitar api.
4. Bunyikan alarm kebakaran dan tekan pemutus sirkuit untuk mematikan semua mesin di lab.
5. Jika anda terlatih dalam penggunaan peralatan pemadam kebakaran dan aman
melakukannya, cobalah memadamkan api. Jika api tidak terkendali, segera evakuasi.
6. Cara paling efektif untuk memadamkan pakaian yang terbakar adalah dengan berguling di
lantai. Jangan pernah membungkus orang yang berdiri dengan selimut api karena hal itu dapat
menimbulkan efek cerobong asap dan membakar wajah orang tersebut. Jika safety shower
sudah dekat, gunakan untuk memadamkan api dan mendinginkan luka bakar.
C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER: LAB SAFETY
Bukalah praktikum virtual Labster pada LMS dengan judul Lab Safety
https://elearning.med.unhas.ac.id/course/view.php?id=140#
Checklist 1 – Introduction to the virtual lab
Sebelum masuk laboratorium, kenakan APD berupa jas laboratorium dan kacamata pelindung.
Checklist 2 – Identifikasi hazard di laboratorium
Skenario: mahasiswa yang menggunakan laboratorium sebelum anda meninggalkan banyak hazard
atau potensi bahaya:
1. Tugas pertama anda adalah mencari lima hazard tersebut dan memperbaikinya.
2. Selanjutnya, identifikasi lambang hazard (hazard symbol) yang ada pada botol reagen dan
bahan kimia. Pelajarilah arti dari masing-masing lambang hazard agar anda dapat mengenali
potensi bahan berbahaya saat berkerja di laboratorium.
Checklist 3 – Identifikasi hazard pada workbench
Tugas anda selanjutnya adalah mengidentifikasi hazard pada workbench dan memperbaikinya:
1. Matikan bunsen burner yang sedang menyala.

2. Identifikasi barang-barang yang tidak boleh dibawa ke dalam laboratorium.
Checklist 4 – Bersihkan dan rapikan workbench
1. Gunakan sarung tangan.

2. Identifikasi biohazard dan buang pada pembuangan yang sesuai.

3. Bersihkan cairan tumpah dengan cara yang benar. Gunakan mikropipet untuk mengambil
cairan indicator pH untuk menentukan pH cairan yang tumpah sebelum membersihkannya,
agar dapat dinetralisir dengan benar terlebih dahulu.
Checklist 5 – Simulasi respon dalam keadaan darurat
Anda akan diminta untuk melakukan simulasi keadaan darurat dalam lab (acid spill pada mata), agar
dapat mengetahui respon yang benar untuk keadaan berbahaya tersebut.
Checklist 6 – Peralatan keselamatan
1. Identifikasi safety station yang memiliki shower emergency atau tempat pencucian mata, yang
dapat anda gunakan untuk segera mencuci mata dan bagian tubuh yang terkena bahan kimia.
2. Identifikasi fire blanket dan fire extinguisher. Perhatikan perbedaan penggunaan, dan
perhatikan perbedaan penggunaan fire extinguisher berbasis foam dan berbasis
karbondioksida.
Ckecklist 7 – Dresscode dalam laboratorium
1. Perhatikan rekan lab anda yang bernama Lucy. Identifikasi protol keselamatan lab yang
dilanggar oleh Lucy.
2. Identifikasi pelanggaran dresscode lab Lucy.

TOPIK 2 – ASAM DAN BASA SERTA LARUTAN PENYANGGA
1. Mahasiswa mampu menjelaskan konsep asam dan basa, dan mampu mengukur pH secara
teoretis maupun praktis.
2. Mahasiswa memahami kepentingan fisiologis larutan penyangga (buffer)
3. Mahasiswa dapat menentukan pH larutan penyangga menggunakan Handerson-Hasselbach
equation.
B. DASAR TEORI
Pada umumnya proses biologis yang terjadi di dalam sel berlangsung pada suatu lingkungan yang
berair atau larutan. Menurut definisi Bronsted-Lowry, molekul asam (HA) dapat mendonasikan proton
dalam larutan, sedangkan basa (B) dapat menerimanya. Kemampuan mendonasikan atau menerima
proton tergantung pada struktur molekul. Dalam larutan, proton (H+) yang didonasikan oleh asam
dapat berkombinasi dengan molekul air membentuk ion hidronium (H3O+), sedangkan bila molekul
basa menerima proton dari molekul air maka molekul air akan berubah menjadi ion hidroksida (OH-).
Hal tersebut dapat terjadi karena air bersifat amfoterik: dapat memberi atau menerima proton, atau
dengan kata lain, air dapat bersifat sebagai basa maupun asam.
Asam kuat dan lemah
Asam yang kuat dapat berdisosiasi secara komplit dalam air dan mendonasikan seluruh protonnya.
Sedangkan pada asam lemah, hanya sebagian molekul asam yang mengalami disosiasi. Pada reaksi
dibawah ini, dapat dilihat panah dua arah yang menandakan perlangsungan reaksi hingga tercapai
ekuilibrium. Ingat bahwa ion hidrogen yang telah berdisosiasi dapat bereaksi dengan ion hidronium,
dan menghasilkan banyak energi (eksothermik). Reaksi ini dapat bersifat kuat dan menyebabkan
percikan asam di laboratorium.
Basa kuat dan lemah. Pada basa kuat, seluruh molekul dapat menerima proton. Sedangkan pada
basa lemah, hanya sebagian dari molekulnya yang dapat menerima proton.
Kuatnya sebuah asam atau basa ditandai dengan konstanta disosiasi (Ka), yang merupakan
kemampuan molekul asam atau basa untuk mengalami disosiasi.

Skala pH dan cara mengukurnya
Unit pH merupakan unit yang digunakan untuk mendeskripsikan seberapa asam atau basa suatu
larutan, dan menandakan berapa banyak jumlah H+ bebas dalam larutan. Dalam air murni, konsentrasi
hidronium adalah 1.0 x 10-7 moles per liter, [H+] = [OH-] = [10-7]. Dengan kata lain pH atau –log [H+] =
7, yang merupakan pH netral. Larutan dengan pH kurang dari 7 disebut asam, dan lebih 7 disebut
basa. Skala pH diestimasikan dari konsentrasi ion hidrogen:
pH = - log [H+]
Pada asam atau basa kuat, [H+] dapat diperoleh langsung dari konsentrasi asam atau basa. Pada asam
dan basa lemah, [H+] dapat dikalkulasi dari Ka
Ka = ( [H+] [A¯] ) / [HA]
Sebagai contoh, larutan penyangga adalah larutan yang terdiri dari campuran asam lemah dengan
basanya atau basa lemah dengan asamnya. Pada larutan penyangga, pH dapat dihitung
menggunakan rumus Henderson-Hasselbalch:
pH = pKa + log [garam] / [asam]
Larutan penyangga berfungsi mempertahankan pH sehingga penambahan sejumlah kecil asam atau
basa memberikan pengaruh sangat kecil. Persamaan ini menunjukkan hubungan antara pH dan rasio
konsentrasi asam dan konsentrasi basa yang terkonjugasi. Persamaan ini dapat digunakan untuk
menentukan pH dari suatu larutan jika perbandingan molar dari penyangga ion ([HA] / [A-]) dan pKa
dari HA diketahui. Perbandingan HA terhadap A- yang diperlukan untuk mempersiapkan larutan
penyangga pada suatu pH yang spesifik dapat dihitung jika pKa diketahui, seperti yang tercantum
pada tabel di bawah ini.
Tabel 1. Beberapa contoh asam lemah dan basa konjugatnya
Asam (donor proton) Basa konjugat (akseptor proton) pKa

-
HCOOH HCOO
3,75
Asam formiat Ion formiat
CH3COOH CH3COO-
4,76
Asam asetat Ion asetat
Asam karbonat HCO3-
6,73
H2CO3 Ion bikarbonat
HCO3- CO32-
10,25
Ion bikarbonat Ion karbonat

C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER: ACIDS AND BASES
Buka praktikum virtual Labster pada LMS dengan judul Acids and Bases:
https://elearning.med.unhas.ac.id/mod/lti/view.php?id=4663
Checkpoint 1 – Bersiap untuk kerja di laboratorium
Checkpoint 2 – Skenario pendahuluan
Skenario: dua orang teman anda sedang berpendapat bahwa mereka harus menjaga pola makan
karena tiap makanan memiliki tingkat asam/basa berbeda-beda, dan dapat mempengaruhi tingkat
asam atau basa dalam tubuh. Dalam praktikum ini, anda akan mempelajari konsep asam dan basa
dan menentukan apakah pernyataan teman anda tersebut benar atau keliru.
Checkpoint 3 – Menggunakan APD
Gunakan jas lab.
Checkpoint 4 – Mempelajari interaksi antara asam kuat atau basa kuat dengan air
Pada meja hologram, pelajarilah interaksi antara asam/basa dengan air:
1. Identifikasi molekul air: suatu larutan air bersifat netral bila tidak ada molekul asam atau basa
di dalamnya.
2. Identifikasi molekul asam lalu perhatikan reaksi yang terjadi bila anda mencampurkan molekul
asam tersebut dengan air. Unsur apa yang berpindah dari molekul asam ke molekul air dan
molekul apa yang terbentuk dari reaksi tersebut?
3. Letakkan kembali molekul asam lalu ambil molekul basa kuat. Apa yang terjadi ketika kita
mencampurkan molekul basa kuat ke dalam larutan asam yang dihasilkan sebelumnya?
Setelah menjawab quiz, berpindahlah ke workbench sebelah kiri dalam laboratorium.
Checkpoint 5 – Lindungi diri anda dari senyawa korosif
1. Asam dan basa dapat menyebabkan korosi pada kulit maupun permukaan-permukaan di
laboratorium. Pastikan anda menggunakan APD yang tepat saat bekerja dengan larutan asam
atau basa, yaitu kacamata pelindung dan sarung tangan.
2. Pada workbench depan anda, terdapat tiga botol yang berisi asam klorida (hydrochloric acid),
natrium hidroksida (sodium hydroxide), dan air. Masing-masing botol memiliki label yang
menuliskan jenis-jenis molekul yang terkandung dalam larutannya.
3. Gunakan pH meter untuk menentukan jenis larutan dalam botol. Pastikan anda menggunakan
gelas kimia baru setiap akan mengukur larutan baru.
4. Setelah mengukur pH, lanjutlah ke workbench di sebelah kanan laboratorium.
Checkpoint 6 – pH Scale
Pada workbench ini anda diminta untuk mengukur pH dari lima jenis larutan lalu menentukan posisinya
pada grafik pH (pH chart) berdasarkan hasil pengukuran anda. Pada grafik pH, x-axis menunjukkan

konsentrasi ion hidronium (H3O+), sedangkan y-axis menunjukkan pH. Pada saat menentukan letak
larutan dalam grafik, perhatikan pH yang anda ukur menggunakan pH meter, dan label konsentrasi
H3O+ dalam larutan:
1. Angkat gelas kimia yang berisi larutan.

2. Letakkan pada pH meter dan perhatikan pH terukur nya.
3. Perhatikan label larutan yang menunjukkan konsentrasi H3O+.
4. Angkat gelas kimia berisi larutan.
5. Letakkan gelas kimia berisi larutan pada posisi yang tepat pada grafik pH, sesuai dengan pH
yang anda ukur serta konsentrasi H3O+
Checkpoint 7 – Bandingkan antara pH dan OH
Perhatikan layer komputer pada sebelah kiri anda. Tampak grafik pH yang menandakan peningkatan
incremental sebanyak 10x untuk tiap titik pH pada axis-x. Tentukan titik temu antara H+ dan OH- pada
grafik (pada pH berapakah konsentrasi H+ sama dengan OH-)?
Checkpoint 8 – pH dari larutan asam basa yang umum kita temukan
1. Berdasarkan konsentrasi protonnya, tentukan penggolongan asam/basa untuk makanan yang

sering kita konsumsi.
2. Tentukan apakah konsumsi makanan yang bersifat asam/basa dapat mempengaruhi pH
darah?
3. Selesaikan puzzle tentang pH senyawa yang sering kita temukan sehari-hari
D. PRAKTIKUM PENENTUAN PH
Buka materi video ajar Praktikum Larutan Penyangga:
Video ajar larutan penyangga https://youtu.be/R8WSk54eHLY
Dasar percobaan: larutan penyangga dapat dihitung pH nya bila kita mengetahui molaritas larutan
asam dan basa konjugatnya, serta nilai pKa.
Tujuan percobaan: menentukan pH larutan penyangga menggunakan persamaan Handerson-

Hasselbach Equation
Alat dan bahan:
pH meter, tabung reaksi, asam asetat 0,1 N, Natrium asetat 0,1 N.
Cara kerja:
1. Siapkan 4 tabung, berikan label dan nomor tiap tabung.
2. Masukkan asam asetat 0,1 N dan natrium asetat 0,1 N ke dalam setiap tabung dengan jumlah
sesuai dengan tabel di bawah ini.
3. Ukurlah pH larutan dalam masing-masing menggunakan pH meter yang disediakan!

4. Tentukan pH hitung berdasarkan rumus, dan bandingkan kedua hasil pengukuran pH.
Hasil percobaan: (Isilah Tabel Dibawah ini, lampirkan perhitungan anda dibawah tabel berikut!)
No. Asam asetat 0,1N Natrium asetat 0,1 N pH hitung pH meter
tabung (mL) (mL) (rumus)
1 18,5 1,5 _____
2 14,7 5,3 _____
3 4,2 15,8 _____
4 1,9 18,1 _____

TOPIK 3 – IDENTIFIKASI MAKROMOLEKUL
Mahasiswa dapat menjelaskan struktur dan fungsi makromolekul dalam makanan yaitu
karbohidrat, lipid, dan protein melalui interpretasi dan analisis hasil praktikum.
Instruksi Umum:
penjelasan praktikum dan dasar teori setiap percobaan yang dapat diakses melalui link
dibawah ini:
https://youtu.be/0X7Lcq2XwE4
B. DASAR TEORI
Definisi dan Jenis Makromolekul
Makromolekul (polimer) merupakan senyawa besar yang terbentuk dari hasil polimerisasi
senyawa-senyawa lebih kecil (monomer, mikromolekul). Dalam biokimia, terdapat empat
makromolekul utama yaitu karbohidrat, lipid, protein, dan nukleotida. Keempat makromolekul ini
merupakan sumber energi maupun bahan pembangun dalam tubuh kita masing-masing, dan
dapat kita peroleh dari makanan.
Karbohirat
Karbohidrat (sakarida) merupakan makromolekul organik dengan formula empirik (CH2O)n dimana
n > 3. Karbohidrat diklasifikasikan menjadi bentuk karbohidrat sederhana (monosakarida,
disakarida), dan bentuk karbohidrat kompleks (pati). Bentuk paling sederhana suatu gula adalah
monosakarida. Monosakarida sendiri dapat dibagi berdasarkan kemampuan reduksinya dan letak
gugus fungsional karbonilnya:
1. Berdasarkan gugus fungsional karbonil dapat dibagi menjadi gula aldosa dan ketosa.
Gula aldosa memiliki gugus aldehida fungsional (R-CHO), yaitu satu gugus alkil atau aril
dan satu hidrogen yang terikat dengan karbonil. Gula ketosa: memiliki gugus keton
fungsional RC(=O)R’, yaitu dua gugus alkil atau aril yang terikat dengan karbonil.

2. Karbohidrat berdasarkan kemampuan reduksi terbagi menjadi gula pereduksi dan non-
pereduksi. Gula pereduksi memiliki gugus ketosa atau aldehida bebas dan mencakup
semua monosakarida, maltosa, laktosa. Sedangkan gula non-pereduksi memiliki gugus
ketosa dan aldehida yang tidak bebas. Contoh gula non-pereduksi adalah sukrosa.
Gambar 2.1. Contoh gula aldosa dan ketosa
Monosakarida dapat berbentuk linear atau bisa berbentuk cincin bila berada dalam larutan.
Bentuk cincin monosakarida dapat berupa isomer alfa maupun beta, dimana perbedaannya
terletak pada letak gugus hidroksil.
Gambar 2.2. Isomer alfa dan beta pada monosakarida
Monosakarida juga dapat bergabung dengan monosakarida lainnya untuk membentuk kompleks
disakarida (tersusun atas 2 monosakarida), oligosakarida (tersusun atas 3-20 monosakarida) dan

polisakarida (tersusun atas banyak molekul monosakarida). Ikatan antar monosakarida disebut
ikatan glikosida (alfa ataupun beta), yang terjadi melalui suatu reaksi dehidrasi yang melepaskan
air.
Karbohidrat kompleks (polisakarida) merupakan polimer yang terdiri dari banyak monosakarida,
dimana rantai polimer tersebut dapat bercabang maupun tidak bercabang. Contoh karbohidrat
kompleks adalah pati, selulosa, dan glikogen:
1. Pati (starch): disusun dari monomer alfa glukosa, dan tersusun atas amilopektin (polimer
glukosa bercabang) maupun amilosa (polimer glukosa tanpa cabang). Pati digunakan
sebagai mekanisme penyimpanan energi oleh tumbuhan. Perbedaan amilosa dan
amilopektin dapat dilihat pada Gambar 2.3.
2. Selulosa: merupakan polisakarida tumbuhan yang berperan sebagai penyokong
struktural pada tumbuhan. Monomer glukosa dalam selulosa terikat melalui ikatan beta
1,4 glikosida, yang tidak dapat diurai oleh enzim pencernaan manusia, sehingga selulosa
juga disebut indigestible fibre.
3. Glikogen: merupakan polimer glukosa yang bercabang dan tersimpat dalam sel hepar
dan otot manusia.
Gambar 2.3 Perbedaan polisakarida amilosa dan amilopektin.

Protein
Protein merupakan polimer yang terdiri dari untaian asam amino. Terdapat 20 jenis asam amino
yang dapat menyusun protein yang dibutuhkan untuk berbagai fungsi fisiologis tubuh. Asam
amino terdiri dari gugus karboksil, gugus amine, dan rantai samping (R). Ikatan peptida terjadi
antara gugus karboksil dan gugus amin sehingga sekuens asam amino (polipeptida) berjalan dari
N-terminus ke C-terminus. Asam amino saling berikatan melalui ikatan peptida kovalen (dimana
tiap ikatan peptida akan menghasilkan satu molekul air) sehingga terbentuk rantai polipeptida.
Rantai polipeptida linear ini disebut struktur primer protein. Struktur sekunder terbentuk akibat
ikatan hidrogen pada atom oksigen dan hidrogen di polipeptida, sehingga membentuk coil (alfa
helix) dan lipatan (beta helix) pada rantai polipeptida primer. Struktur tersier terbentuk dari
interaksi rantai samping pada polipeptida. Sedangkan struktur kuartener terbentuk dari hasil
gabungan antara 2 atau lebih polipeptida. Sebuah rantai polipeptida secara langsung dapat
bekerja sebagai protein fungsional atau dapat berkombinasi dengan polipeptida lain untuk
menyusun protein fungsionalnya.
Gambar 2.4 Jenis-jenis struktur protein

Lipid
Lipid merupakan senyawa tidak larut air (non-polar), dan tersusun atas asam lemak dan gliserol.
Asam lemak merupakan penyusun lipid, dimana 3 molekul asam lemak dapat berikatan dengan
gliserol melalui ikatan ester yang terjadi melalui reaksi dehidrasi antara gugus hidroksil dan
karboksil. Contoh lipid: fosfolipid, sphingomyelin, wax, sterol.
Asam lemak jenuh dan tidak jenuh merupakan terminologi yang menggambarkan struktur
hidrokarbon pada asam lemak. Pada asam lemak jenuh, tidak ada ikatan ganda pada atom
karbon, sehingga tersaturasi dengan hidrogen. Pada asam lemak tidak jenuh, terdapat minimal
satu ikatan ganda antara atom karbon, dan rantai hidrokarbon akan tampak bengkok pada letak
ikatan ganda tersebut. Asam lemak trans merupakan lemak tidak jeunuh yang secara sintetis
dirubah menjadi lemak jenuh melalui penambahan hidogen (hydrogenation).
Uji biokimia untuk deteksi karbohidrat, lipid, dan protein
Karena masing-masing makromolekul memiliki karakteristik khas, maka terdapat banyak jenis uji
biokimia dapat dilakukan untuk mendeteksi kandungan makromolekul spesifik dalam sampel.
Dalam praktikum ini, akan dilakukan empat jenis tes untuk mendeteksi makromolekul (Tabel 2.1).
Nama tes Target Prinsip tes
Reagen Benedict bersifat basa dan mengandung ion Cu(II) yang
direduksi oleh gula pereduksi sehingga menghasilkan presipitat
ion Cu(I) atau kuprooksida (Cu2O) dengan perubahan warna
Mendeteksi adanya gula mulai dari hijau/kuning hingga merah/bata (tergantung
Tes
pereduksi. konsentrasi gula pereduksi). Adanya gula pereduksi seperti
Benedict
glukosa, frukota, laktosa, maltosa, atau galaktosa akan
menyebabkan tembaga mengikat oksigen yang ada pada gugus
aldehid dan keton bebas untuk menghasilkan copper oxide.
Pada sampel negatif, warna larutan tetap biru
Iodium akan masuk
dalam gulungan amilosa
pati membentuk
kompleks amilosa-iodium
dan menghasilkan warna
biru atau merah anggur.
Mendeteksi adanya
Tes Iodine
polisakarida berupa
(Iodium)
amilum (pati).
Mendeteksi ikatan peptida Ion tembaga dalam suasana alkali akan bereaksi dengan protein
Tes Biuret
pada protein. membentuk senyawa kompleks berwarna ungu.
Pewarna Sudan bersifat larut lemak dan akan menyebabkan lipid
Mendeteksi lipid,
Tes Sudan berwarna merah. Selain itu, pada reaksi ini tampak lapisan lemak
trigliserida, lipoprotein
yang tidak larut air berada diatas permukaan larutan yang diuji.
Tabel 2.1. Contoh uji biokimia untuk deteksi makromolekul.

C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER: INTRODUCTION TO FOOD MACROMOLECULES

Bukalah praktikum virtual Labster pada LMS dengan judul Introduction to Food
Macromolecules
Checkpoint 1 – Mempersiapkan diri untuk praktikum
Checkpoint 2 – Pendahuluan
Praktikum ini dibuka dengan percakapan antara dua mahasiswa, Bob dan Alice, mengenai
kandungan makromolekul dalam makan malam mereka (salad kubis). Dalam praktikum ini, anda
akan diminta mempelajari tentang makromolekul, cara-cara menguji makromolekul, dan pada
akhirnya akan diminta menentukan komposisi makromolekul dari salad Alice, serta beberapa
sampel uji lainnya.
Checkpoint 3 – Gunakan sarung tangan dan jas praktikum
Checkpoint 4 – Mempelajari dasar-dasar makromolekul
1. Di workbench, anda akan diminta mengidentifikasi jenis-jenis makromolekul yang
terkandung dalam makanan. Anda akan diminta memilih bahan makanan yang banyak
mengandung karbohidrat, lipid, protein.
2. Anda akan melakukan beberapa jenis tes untuk mengidentifikasi kandungan
makromolekul dalam sampel salad.
3. Pada workbench 1 (carbohydrates), anda akan melakukan eksperimen untuk menguji
karbohidrat dalam sampel salad.
a. Pertama anda akan diminta untuk melakukan tes Benedict untu deteksi gula
karbohidrat sederhana:
• Klik botol sirup untuk mengikuti review teori karbohidrat terlebih dahulu.
• Dihadapan anda terdapat 1 rak dengan tabung reaksi yang telah berisi
sampel makanan yang akan diuji.
• Masukkan larutan benedict dalam masing-masing tabung reaksi yang
berisi sampel uji.
• Panaskan tabung sampel yang telah tercampur larutan Benedict selama
5 menit.
• Amati perubahan warna dan lakukan interpretasi hasil.
b. Setelah tes Benedict, anda akan diminta melakukan Tes Iodine untuk mendeteksi
karbohidrat kompleks:
• Klik gambar kentang untuk review teori karbohidrat kompleks.
• Pada tes iodine, anda akan menggunakan larutan iodium untuk
mendeteksi karbohidrat kompleks (pati) dalam sampel. Kontrol positif
dalam eksperimen adalah kentang, sedangkan control negatif adalah air.

• Masukkan larutan iodine pada masing-masing tabung reaksi
• Amati perubahan warna dan lakukan interpretasi hasil. Sampel dengan
perubahan warna biru tua-kehitaman mengandung pati yang tinggi,
sedangkan sampel yang tidak mengadung pati akan berwarna
kekuningan.
c. Setalah melakukan tes Benedict dan tes Iodine, lakukan interpretasi terhadap
semua sampel pada table hasil.
4. Pada workbench 2 anda akan melakukan eksperimen untuk menguji kandungan protein
dengan menggunakan tes Biuret:
• Klik gambar telur untuk review teori tentang protein.
sampel makanan yang akan diuji dengan tes Biuret. Kontrol positif yang
anda gunakan adalah telur (sudah pasti mengandung ikatan peptida), dan
control negatif adalah air (sudah pasti tidak mengandung ikatan peptida).
• Tambahkan 0.5 mL reagen Biuret ke dalam masing masing tabung reaksi
• Amati perubahan warna dan lakukan interpretasi hasil. Sampel dengan
perubahan warna menjadi keunguan diinterpretasi sebagai Biuret positif.
5. Pada workbench 3 anda akan melakukan eksperimen untuk menguji kandungan lemak
dengan menggunakan tes Sudan IV.
• Klik gambar butter untuk review teori tentang lemak.
• Gunakan pipet untuk mengambil tip pipet. Lalu gunakan pipet dan tip
untuk mengambil air, dan isi masing-masing tabung dengan air. Jangan
lupa untuk mengganti tip pipet untuk tiap sampel.
• Ambil masing-masing sampel yang telah diberi air, dan campur dengan
baik pada vortex.
• Tambahkan reagen Sudan IV pada masing-masing tabung, lalu vortex
masing-masing tabung untuk mencampurkan reagen.
• Amati perubahan warna dan lakukan interpretasi hasil. Bila sampel
menunjukkan perubahan warna menjadi orange disertai terbentuk dua
lapisan, maka interpretasi Sudan positif.
6. Pada molecular viewer, anda diminta untuk mengenali struktur-struktur makromolekul
yang ditampilkan.

Checkpoint 5 – Complex Carbohydrates

Pada workbench 2, gunakan tabel hasil eksperimen karbohidrat lipid dan lemak untuk menarik
kesimpulan tentang sampel-sampel yang telah diujikan.
D. HANDS-ON: IDENTIFIKASI MAKROMOLEKUL

IDENTIFIKASI KARBOHIDRAT
TES MOLISCH
Reaksi ini berlaku untuk segala macam karbohidrat, baik dalam bentuk bebas maupun yang
terikat. Dasar percobaan ini adalah pembentukan furfural atau turunannya disebabkan daya
dehidrasi asam sulfat pekat terhadap karbohidrat. Dengan alfa naftol, furfural akan membentuk
suatu senyawa yang berwarna ungu. Walaupun reaksi ini tidak spesifik untuk karbohidrat, namun
tetap berguna untuk analisis. Hasil negatif merupakan suatu bukti bahwa tidak ada karbohidrat.
Cara kerja:
1. Siapkan 4 buah tabung reaksi bersih & kering. Masukkan 2 mL larutan yang akan diperiksa
masing-masing (sampel fruktosa, glukosa, sukrosa, amilum/pati) kedalam 3 tabung reaksi
tersebut secara berturut-turut dengan menggunakan pipet pasteur bersih
2. Masing-masing tambahkan 3 tetes pereaksi molisch (alfa naftol 5% dalam alkohol) dengan
menggunakan pipet tetes bersih
3. Setelah dikocok, alirkan ketiganya dengan perlahan-lahan 1 ml H2SO4 pekat melalui dinding
tabung yang dimiringkan. Terlihat bahwa asam sulfat terdapat di bagian bawah tabung.
Reaksi positif bila pada batas kedua lapisan tampak warna ungu berbentuk cincin.
Hasil: (Lengkapi tabel dibawah ini sesuai dengan hasil pengamatan anda!)
Tabung Komposisi Warna Hasil Interpretasi
I Sukrosa
II Glukosa
III Pati
IV Fruktosa
TES SELIWANOFF
Pada umumnya reaksi ini spesifik untuk ketosa. Dasarnya adalah pembentukan 4-hidroksimetil
furfural yang bereaksi dengan resorsinol (1,3-dihidroksi benzene) membentuk senyawa berwarna
merah. Glukosa dan gula lain dapat memberi warna merah muda pada pemanasan yang lama
dan jumlah yang banyak. Oleh karena itu, ikutilah petunjuk-petunjuk cara kerja tes ini dengan
seksama.
Cara kerja:

1. Siapkan dua buah tabung reaksi yang bersih dan kering. Masukkan kedalam 2 tabung reaksi
tersebut sebanyak 2,5 ml pereaksi seliwanoff yang baru dibuat secara berturut-turut. Masing-
masing tambahkan 5 tetes larutan yang hendak diperiksa (sampel sukrosa dan glukosa).
2. Kemudian didihkan keduanya diatas api dan nyalakan stopwatch. Amatilah sampel pada
tabung berapa yang memberikan perubahan warna merah paling cepat. Catat waktunya.
Hasil positif bila timbul warna merah. Ketosa akan lebih cepat memberikan perubahan warna
menjadi merah
Waktu Hingga Timbul

Tabung Komposisi Interpretasi
Perubahan Warna
I Sukrosa
II Glukosa
TES BENEDICT
Larutan tembaga alkalis akan direduksi oleh gula yang mempunyai gugus aldehid atau keton
bebas dengan membentuk kuprooksida (Cu2O) yang berwarna merah bata.
Cara kerja:
1. Siapkan 3 buah tabung reaksi bersih & kering. Masukkan masing-masing 2,5 ml larutan
benedict kedalam 3 tabung tersebut
2. Tambahkan 4 tetes larutan yang akan diperiksa (sampel glukosa 2%; 1%; dan 0,5 %) secara
berturut
3. Campur dan didihkan ketiganya di atas api selama 2 menit atau dalam penangas air mendidih
selama 5 menit
4. Perhatikan warna yang timbul. Positif jika terjadi endapan mulai dari warna hijau kuning /
merah bata
Tabung Komposisi Warna Hasil Interpretasi
I Glukosa 2%
II Glukosa 1%
III Glukosa 0,5%

Acuan untuk menarik kesimpulan:
TES BARFOED
Reaksi ini untuk membedakan monosakarida dari disakarida, bedanya terletak pada
suasananya yang asam. Dalam suasana asam, larutan sakarida yang masih mempunyai sifat
pereduksi hanyalah monosakarida.Tetapi dengan pemanasan yang lama disakarida dapat
mengalami hidrolisis dan menyebabkan reaksi positif.
Cara kerja:
1. Siapkan 2 buah tabung reaksi bersih & kering. Masukkan 2 ml pereaksi barfoed masing-
masing kedalam 2 tabung tersebut. Tambahkan 1 ml larutan yang akan diperiksa (sampel
sukrosa & glukosa) secara berturut-turut
2. Siapkan stopwatch/pengukur waktu kemudian panaskan sampai mendidih diatas penangas
air mendidih hingga 1 menit. Bila tak terlihat endapan didihkan terus pada penangas air panas
hingga 15 menit sambil tetap memperhatikan endapan yang terbentuk
3. Disakarida positif dengan terjadinya endapan pada pemanasan setelah 5 menit sedangkan
monosakarida dengan terjadinya endapan pada pemanasan sebelum 5 menit.
Waktu Hingga Timbul

Tabung Komposisi Interpretasi
Perubahan Warna
I Sukrosa
II Glukosa

TES AMILUM DENGAN IODIUM

Amilum dan dekstrin dengan iodium akan membentuk ion amilum kompleks pada permukaan dan
memberi warna biru atau merah anggur.
Cara kerja:
1. Siapkan sebuah tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 1 ml larutan pati/amilum kedalam
tabung reaksi tersebut. Tambahkan 1 tetes larutan lugol (1 gr iodium dengan 2 gr KI dalam
100 ml aquadest)
2. Perhatikan warna biru yang timbul. Tambahkan beberapa tetes NaOH 10%, Lalu kocok.
Hasil percobaan: (Tuliskan hasil yang anda dapatkan!)
Interpretasi:
IDENTIFIKASI PROTEIN
REAKSI BIURET
Dengan reaksi ini dapat diketahui adanya ikatan peptida. Dasar percobaan, ion tembaga dalam
suasana alkali akan bereaksi dengan protein membentuk senyawa kompleks berwarna ungu.
Cara Kerja
1. Siapkan sebuah tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 2 ml larutan protein (sampel
albumin/larutan putih telur) kedalam tabung reaksi. Tambahkan 2 ml NaOH 10%. Setelah
kedua larutan ini bercampur lalu teteskan secara perlahan-lahan CuSO4 0,5% hingga timbul
warna tertentu.
2. Penambahan CuSO4 harus berhati-hati sebab bila terlalu banyak akan menyebabkan
timbulnya warna biru.
Interpretasi:

REAKSI NINHIDRIN
Semua asam amino bereaksi dengan ninhidrin membentuk aldehid yang lebih rendah dengan
melepaskan NH3 dan CO2 dan disertai dengan terbentuknya warna biru.
Cara Kerja
1. Siapkan sebuah tabung reaksi bersih dan kering.
2. Masukkan 3 ml larutan protein/asam amino yang tersedia (larutan putih telur) dan 10 tetes
larutan ninhidrin 0,1%.
3. Letakkan tabung pada penangas air mendidih selama 10 menit.
4. Perhatikan warna biru yang terbentuk.
Interpretasi:
PENGENDAPAN PROTEIN DENGAN LOGAM BERAT DAN PEREAKSI ALKALOID

Dengan logam berat, protein akan membentuk garam proteinat yang tidak larut.
Cara kerja:
1. Siapkan 2 buah tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 5 ml larutan protein yang
tersedia, masing-masing kedalam 2 tabung tersebut diatas. Tambahkan CuSO4 5% tetes
demi tetes kedalam tabung reaksi pertama dan perhatikan pengaruh tiap-tiap tetesan dari
pembentukan presipitat
2. Tambahkan Asam sulfosalisilat 10% tetes demi tetes kedalam tabung reaksi kedua dan
perhatikan pengaruh tiap-tiap tetesan dari pembentukan presipitat.
Interpretasi:

IDENTIFIKASI LIPID
DAYA LARUT LEMAK
Lemak secara relatif tidak larut dalam air tetapi pada umumnya larut dalam pelarut nonpolar
seperti eter, kloroform dan benzene.
Cara kerja:
1. Siapkan 4 buah tabung reaksi bersih. Masukkan masing-masing 2 ml pelarut berikut: air,
alkohol 96% dingin, alkohol 96% panas dan eter secara bertutut-turut
2. Kemudian tambahkan 2 tetes minyak kelapa kedalam tabung-tabung tersebut. Kocok
sebentar. Perhatikan kelarutan minyak tersebut
Hasil percobaan: (Isilah tabel dibawah ini sesuai dengan hasil pengukuran anda!)
Tabung Pelarut Deskripsi Kelarutan Interpretasi
I Air
Alkohol
II
96% dingin
Alkohol
III
96% panas
IV Eter
REAKSI LIEBERMAN-BURCHARD TERHADAP KOLESTEROL

Kolesterol dengan asam asetat anhidrida dan asam sulfat pekat membentuk senyawa yang
berwarna biru hijau. Percobaan ini hanya dapat terjadi pada alat-alat yang bersih dan kering betul.
Cara kerja:
1. Siapkan sebuah tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 1 ml larutan kolesterol 0,5%
dalam kloroform. Tambahkan 10 tetes asam asetat anhidrida. Lalu tambahkan lagi 3 tetes
asam sulfat pekat kedalam campuran itu. Kocoklah dengan hati-hati dan lihatlah warna yang
timbul (warna tidak stabil)
2. Reaksi ini merupakan dasar penentuan kolesterol dalam serum/plasma secara kolorimetrik
fotoelektrik.
Interpretasi:

PRAKTIKUM BIOKIMIA II: SPEKTROFOTOMETRI

DAN ENZIM
TOPIK 1 – SPEKTROFOTOMETRI
Mahasiswa mampu menjelaskan prinsip spektrofotometri dan cara penggunaannya, serta
mengaplikasikan teknik spektrofotometri dalam pengukuran produk enzim.
Instruksi Umum:
dibawah ini:
https://youtu.be/2KaG2rD3iT8
B. DASAR TEORI SPEKTROFOTOMETER
Bila seberkas sinar putih melewati suatu larutan berwarna, maka pada beberapa panjang
gelombang tertentu dari spektrum warna akan terjadi penyerapan cahaya. Contohnya, bila suatu
larutan berwarna merah, maka ia akan menyerap cahaya pada daerah panjang gelombang warna
kuning-biru. Sebaliknya, cahaya pada daerah panjang gelombang warna merah akan diteruskan
sehingga dengan mata akan tampak berwarna merah. Dengan kata lain, warna suatu larutan
disebabkan oleh warna spektrum cahaya yang tidak ditahan/ diserapnya, tetapi yang diteruskan.
Dalam keadaan sehari-hari, diketahui bahwa jumlah zat yang terlarut dapat diperkirakan dengan
mata dari kepekaan/ intensitas warna. Misalnya, dua sendok makan sirup merah dilarutkan dalam
segelas air warnanya tampak lebih pekat dibandingkan dengan satu sendok makan sirup merah
dalam segelas air.

Pada pengukuran dengan teknik spektrofotometri, cahaya polikromatis yang berasal dari sumber
cahaya diuraikan dengan menggunakan prisma sehingga diperoleh cahaya monokromatis yang
diserap oleh zat yang akan diperiksa tersebut. Spektrofotometer adalah instrumen yang
memungkinkan penentuan rasio antara intensitas cahaya yang dipancarkan dari lampu dalam
spektrofotometer, dan cahaya yang melewati larutan tertentu (Gambar 2.5). Rasio ini dapat
digunakan untuk menentukan konsentrasi molekul dalam larutan. Spektrofotometer diatur hanya
untuk mengukur pada panjang gelombang tertentu, yaitu yang optimal dan spesifik untuk
mengukur senyawa tertentu. Spektrofotometer menampilkan hasil berupa absorbansi (A), yang
dihitung sebagai log (I0/It), di mana I0 adalah intensitas cahaya datang dan It adalah intensitas
cahaya yang melewati larutan dan terukur oleh spektrofotometer.
Gambar 2.5 Komponen spektrofotometer. Cahaya yang dipancarkan dari sumber melewati
celah, hanya membiarkan 1 panjang gelombang tertentu melewatinya. Cahaya ini sebagian
melewati sampel yang ditempatkan di kuvet dan detektor mengukur intensitas di sisi lain kuvet.
Terdapat hubungan linier antara absorbansi dan konsentrasi, yang dijelaskan oleh Hukum Beer-
Lambert sebagai berikut:
Dimana:
A = serapan/densitas optik, yaitu jumlah cahaya yang diserap
ε = koefisien ekstingsi senyawa dengan kadar 1 M pada Panjang gelombang tertentu dan
diameter kuvet/Panjang larutan yang dilalui cahaya 1 cm
c = kadar sampel yang diperiksa.
l = diameter kuvet/panjang larutan yang dilalui cahaya (1 cm).
Karena ε dan l merupakan bilangan tetap, maka A sebanding dengan c.

C. HANDS-ON: SPEKTROFOTOMETRI
Percobaan 1: Penentuan Panjang Gelombang Dengan Serapan Maksimum

Tujuan: Menentukan panjang gelombang dengan serapan maksimum.
Dasar: Suatu zat berwarna menyerap cahaya pada panjang gelombang tertentu.
Alat dan Pereaksi:
1. Spektrofotometer dan kuvet
2. Larutan Kobalt Nitrat
Cara Kerja:
1. Sediakan 2 tabung kuvet, pada tabung 1 masukkan 3 ml akuades (sebagai blanko) dan
pada tabung 2 masukkan 3 ml larutan Kobalt Nitrat
2. Baca serapan larutan itu pada panjang gelombang antara 440 dan 540 nm dengan interval
10 nm. Perhatikan bahwa setiap pembacaan pada suatu panjang gelombang. Alat ditera
dengan blanko yang berisi akuades (A=0 atau T=100%)
3. Buatlah kurva dengan Panjang gelombang sebagai sumbu X dan absorban sebagai
sumbu Y pada kertas grafik berdasarkan hasil percobaan!
Buatlah kurva dengan panjang gelombang sebagai sumbu X dan absorban sebagai sumbu Y!
Panjang gelombang(nm) Serapan (abs)
500
510
520
530
540
550
560
570
580
590
600

Tugas: Buatlah kurva pada kertas grafik, yaitu kurva hubungan panjang gelombang (λ) –
serapan (A)!
Percobaan 2: Hubungan Serapan Dengan Kadar Zat Dalam Larutan

Tujuan: Membuktikan hukum Beer-Lambert
Dasar: Jumlah cahaya yang diserap suatu larutan pada panjang gelombang tertentu sebanding
dengan kadar zat dalam larutan.Bila hukum Beer-Lambert ini diikuti oleh larutan tersebut, maka
kurva hubungan serapan (A) dengan kadar zat akan merupakan garis lurus.
Alat dan pereaksi:
1. Spektrofotometer dan kuvet
2. Larutan kobalt nitrat
3. Pipet tetes1 ml
4. Kuvet
5. Tabung reaksi
6. Darah oksalat
7. Labu Volumetrik 1L
8. Kertas grafik
Cara kerja :
1. Pipetkan kedalam tabung reaksi masing-masing 3 ml larutan Kobalt Nitrat 0,5%, 1%, 1,5%,
2%, dan 3%
2. Kemudian baca serapan masing-masing tabung dengan menggunakan tabung 1 sebagai
blanko pada panjang gelombang maksimum yang didapat pada percobaan 1
3. Buatlah kurva pada selembar kertas grafik dengan Y Serapa, dan X konsentrasi

Konsentrasi Kobalt Nitrat (%) Serapan Pada λmaks = .....
0,5%
1%
1,5%
2%
3%
Tugas: Buatlah kurvanya pada kertas grafik
Keterangan:
YàAbsorbansi=serapan
X à Konsentrasi
Percobaan 3: Penentuan Kadar Suatu Larutan

Tujuan: Menentukan kadar sutau larutan yang belum diketahui
Dasar: Kadar suatu zat dapat diketahui dengan membandingkannya dengan kadar larutan standar
Alat dan pereaksi:
1. Spektrofotometer
2. Larutan Kobalt Nitrat (U1, U2, U3)
3. Kuvet
4. Kertas grafik
5. 3 buah tabung reaksi
6. Pipet Mohr 10 ml
Cara kerja:
1. Siapkan 3 tabung reaksi yang bersih dan kering. Isilah tabung pertama dengan 5 ml
larutan U1.

2. Isilah tabung kedua dengan 5 ml larutan U2.

3. Isilah tabung ketiga dengan 5 ml larutan U3.
4. Baca serapan dan hitung kadar larutan U1, U2 dan U3 berdasarkan kurva standar yang
saudara buat pada percobaan 2.
Larutan Serapan (Abs) Kadar (%)
U1
U2
U3
Tuliskan Kesimpulan Anda:

TOPIK 2 – ENZIM
1. Mahasiswa mampu menjelaskan dasar teori reaksi enzimatik.
2. Mahasiswa mampu menjelaskan aspek biokimiawi faktor-faktor yang mempengaruhi kerja
enzim dan cara kerja beberapa enzim dengan menganalisis hasil praktikum.
3. Mahasiswa mampu mengintegrasikan dan menerapkan aspek biokimia faktor-faktor yang
mempengaruhi kerja enzim dan cara kerja beberapa enzim dengan blok pembelajaran
berbasis kasus-kasus penyakit terkait selanjutnya.
Instruksi Umum:
dibawah ini:
https://youtu.be/ZWQnRc6AD2Y
Untuk lebih memahami Teori Michaelis-Menten dan Plot Lineweaver-Burk (halaman 33

dan 36), Mahasiswa dapat mengakses video pembelajaran dibawah ini:
https://youtu.be/pcg_JdMWIZw
B. DASAR TEORI ENZIM
Pengertian Enzim
Enzim adalah sekelompok protein yang berfungsi sebagai katalisator untuk berbagai reaksi kimia
dalam sistem biologik, tanpa ikut bereaksi. Hampir setiap reaksi kimia dalam sistem biologik
dikatalisis oleh enzim. Fungsi katalisis dilakukan oleh enzim dengan cara menurunkan energi
aktivasi sehingga mempercepat laju reaksi hingga 105-107 kali lipat.
Kepentingan Medis Enzim

Enzim terdistribusi di tempat-tempat tertentu di dalam sel, kurang lebih sesuai dengan golongan
dan fungsinya. Sebagai contoh, enzim-enzim yang berperan dalam sintesis dan reparasi DNA
terletak di dalam inti sel. Enzim mengkatalisis berbagai reaksi yang menghasilkan energi secara
aerob terletak di dalam mitokondria. Enzim yang berhubungan dengan biosintesis protein berada
bersama ribosom. Dengan demikian reaksi kimia di dalam sel berjalan sangat terarah dan efisien.

Ada penyakit yang disebabkan oleh abnormalitas sintesis enzim tertentu, misalnya ada defisiensi
enzim glukosa 6-fosfat dehidrogenase (G6PDH/G6PD). Sel darah merah pada penderita defisiensi
enzim G6PDH ini sangat rentan terhadap pembebanan oksidatif misalnya pada pemakaian obat
analgetik tertentu dapat terjadi hemolisis intravaskuler.
Analisis enzim dalam serum pada dasarnya dapat dipakai untuk diagnosis berbagai penyakit.
Dasar penggunaan enzim sebagai penunjang diagnosis ialah bahwa pada hakikatnya, sebagian
enzim terdapat dan bekerja di dalam sel dan enzim tersebut dibuat dalam jumlah besar oleh
jaringan tertentu. Oleh karena itu enzim intraseluler seharusnya tidak ditemukan di dalam serum
dan bila ditemukan berarti sel yang membuatnya mengalami disintegrasi. Bila enzim yang diukur
dalam serum terutama dibuat oleh jaringan atau organ tertentu, maka peningkatan aktifitas dalam
serum menunjukkan adanya kerusakan pada jaringan atau organ tersebut.
Komponen reaksi enzimatik
1. Enzim [E]: protein yang berfungsi sebagai katalisator. Pada enzim terdapat area di mana
substrat dan kofaktor mengikat, dan disebut situs aktif (active site). Di sinilah katalisis
berlangsung. Situs aktif sering tampak seperti kantong, dan terdiri dari beberapa asam
amino yang dapat memiliki interaksi spesifik dengan substrat
2. Substrat [S]: senyawa target kerja enzim
3. Kofaktor [K]: beberapa enzim membutuhkan "molekul pembantu" untuk katalisis
berlangsung. Molekul pembantu ini disebut kofaktor. Kofaktor adalah molekul non-protein
yang mengikat enzim dan berkontribusi pada reaksi dengan berbagai cara. Sebagian
besar kofaktor merupakan molekul non-organik. Apabila kofaktor tersebut bersifat organik,
maka dapat disebut dengan istilah koenzim.
4. Produk [P]: senyawa hasil akhir dari reaksi enzimatik

Gambar 2.6. Ilustrasi mekanisme kerja reaksi enzimatik (A) Contoh reaksi enzim yang tidak
membutuhkan kofaktor/koenzim. (B) Contoh reaksi enzim yang membutuhkan kofaktor/koenzim.
Penggolongan Enzim
Hal yang sangat penting bagi enzim ialah kerjanya yang sangat spesifik. Suatu enzim [E] dapat
mengkatalisis satu atau beberapa reaksi saja melalui interaksi dengan substrat [S] tertentu.
Meskipun jumlah enzim ada ribuan yang berasal dari makhluk hidup, reaksi-reaksi yang dikatalisis
oleh enzim-enzim ini ternyata dapat digolongkan ke dalam 7 macam reaksi saja. Berdasarkan itu,
klasifikasi terbaru dari International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB, 2018)
telah menggolongkan enzim ke dalam 7 kelas, sesuai dengan jenis reaksi yang dikatalisis,
sebagaimana terlihat pada table dibawah ini.
Tabel 2.2 Klasifikasi terbaru IUBMB (2018) mengenai 7 kelas enzim.
Golongan Enzim Fungsi
Oksidoreduktase Katalisis reaksi oksidasi reduksi.
Transferase Katalisis reaksi pemindahan berbagai gugus seperti amina,

karboksil, karbonil, metal, asil, glikosil/ fosforil.
Hidrolase Katalisis reaksi pemutusan ikatan kovalen sambil menarik air

yang disebut dengan reaksi hidrolisis
Liase Katalisis reaksi pemecahan ikatan kovalen tanpa mengikat air
Isomerase Katalisis reaksi isomerase
Ligase (Sintase) Katalisis penggabungan dua molekul dengan cara

menghidrolisis ATP
Translokase Katalisis pergerakan ion atau molekul melewati membran
Enzim mempercepat reaksi dengan cara menurunkan energi aktivasi
Semua reaksi kimia memiliki penghalang energi, yang disebut energi aktivasi. Energi aktivasi
diartikan sebagai jumlah energi yang diperlukan untuk mengganggu stabilitas molekul sehingga
reaksi dapat terjadi.

Gambar 2.7. Reaksi yang berlangsung dengan enzim (garis putus-putus) membutuhkan energi
aktivasi (ΔG) lebih sedikit untuk mencapai keadaan transisi (transition state), dibandingkan reaksi
tanpa enzim.
Kinetika Enzim
Kinetika enzim adalah studi tentang mekanisme enzim melalui penentuan laju reaksi dalam
berbagai kondisi. Laju reaksi bergantung pada beberapa faktor termasuk konsentrasi substrat dan
enzim, suhu, pH, dan keberadaan inhibitor. Tujuan dari uji kinetik adalah untuk memodelkan
reaction rate/laju reaksi [V] sebagai fungsi dari konsentrasi substrat [S] seperti yang diilustrasikan
pada Gambar 2.8A. Berdasarkan prinsip Michaelis-Menten reaksi menunjukkan peningkatan laju
jika [S] dinaikkan; namun, peningkatan ini berkurang saat laju mendekati kecepatan maksimum,
Vmax. .Oleh karena itu perlu untuk mengukur laju pada beberapa konsentrasi substrat yang
berbeda. Untuk setiap konsentrasi substrat, kurva kemajuan (Gambar 2.8B) dapat menunjukkan
jumlah produk yang terbentuk sebagai fungsi dari waktu. Seperti yang ditunjukkan gambar
tersebut, laju reaksi umumnya konstan dan linear di awal reaksi, namun laju akan menurun saat
substrat habis dan kurva kemajuan mencapai titik stabil. Karena [S] berubah selama reaksi, maka
kecepatan awal (V0) reaksi diukur dan di plot terhadap konsentrasi substrat. V0 diukur sebagai
kemiringan kurva kemajuan di awal reaksi, ketika kurva kemajuan masih linier.

Gambar 2.8. (A) Kurva saturasi Michaelis-Menten. Pada konsentrasi substrat yang rendah, kurva
menjadi curam; namun, pada konsentrasi yang lebih tinggi kurva mendatar (plateau), dan laju
mendekati Vmax. Km sama dengan konsentrasi substrat di mana laju reaksinya adalah (½)Vmax.
Vmax = laju reaksi maksimum, Km = konstanta Michaelis (B) Kurva kemajuan reaksi enzimatik
umum. Tampak bahwa semakin lama berlangsung reaksi enzim, substrat berkurang sedangkan
produk meningkat.
Model Michaelis-Menten adalah model sederhana reaksi enzimatik yang didasarkan pada 2
asumsi berikut:
1. Reaksi enzimatis berlangsung dalam 2 langkah: pembentukan kompleks enzim-substrat

[ES] dan disosiasi enzim [E] dari produk [P].
2. Setelah periode waktu singkat, konsentrasi kompleks [ES] mencapai kondisi stabil, di
mana laju pembentukan [ES] sama dengan laju konsumsinya.
Asumsi pertama menyiratkan bahwa reaksi enzimatik terdiri dari 4 reaksi berbeda: pembentukan
[ES] dari [E] dan [S], disosiasi [ES] menjadi [E] dan [S], disosiasi [ES] menjadi [E] dan [P], dan
pembentukan [ES] dari [E] dan [P]. Laju reaksi biasanya diukur di awal reaksi, di mana tidak ada
jumlah [P] yang signifikan yang terbentuk; oleh karena itu, laju pembentukan [ES] dari [E] dan [P]
dapat diabaikan:
1. E + S → ES, pembentukan kompleks enzim substrat, dengan konstanta reaksi k1
2. ES → E + S, disosiasi enzim substrat, dengan konstanta reaksi k-1
3. ES → E + P, disosiasi enzim dari produk, dengan konstanta reaksi k2
Sehingga reaksi keseluruhan disimpulkan sebagai berikut:
Reaksi di atas menyiratkan bahwa laju pembentukan produk, yaitu laju reaksi, diberikan oleh:
V = k2 • [ES].

Ketika hampir semua enzim merupakan bagian dari kompleks enzim-substrat, reaksi mendekati
kecepatan maksimumnya (Vmax). Dalam reaksi di atas, k2 adalah langkah pembatas laju, dan Vmax
karenanya dapat dinyatakan sebagai [E] • k2. Konstanta pembatas laju juga disebut Kcat, dan
dalam reaksi di atas kcat = k2. Artinya, Vmax = kcat • [E]. Asumsi dan definisi yang disebutkan di
atas mengarah pada persamaan berikut, yang dikenal sebagai persamaan Michaelis-Menten:
Dimana Vmax = laju reaksi maksimal dimana semua enzim telah mengikat substrat
Km = konstanta Michaelis Menten, yang merupakan konsentrasi substrat yang bisa menghasilkan
setengah dari nilai Vmax (1/2 Vmax).
Kcat = konstanta kinetic (turnover number) merupakan jumlah substrat yang dikonversi menjadi
produk per unit waktu saat enzim telah tersaturasi dengan substrat.
Faktor-faktor yang mempengaruhi laju reaksi
Seperti molekul protein lainnya sifat biologis enzim sangat dipengaruhi oleh faktor-faktor fisik dan
kimiawi. Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim antara lain suhu, pH, oksidasi oleh udara
atau senyawa lain, penyinaran ultraviolet, sinar X, α, β dan γ. Disamping itu, kecepatan reaksi
enzimatik dipengaruhi oleh konsentrasi maupun substratnya.
1. Pengaruh suhu
Suhu rendah mendekati titik beku tidak dapat merusak enzim, namun enzim tidak dapat bekerja.
Dengan kenaikan suhu lingkungan, enzim mulai bekerja sebagian dan mencapai suhu maksimum
pada suhu tertentu. Bila suhu ditingkatkan terus, jumlah enzim yang aktif akan berkurang karena
mengalami denaturasi. Kecepatan reaksi enzimatik mencapai puncaknya pada suhu optimum.
Enzim dalam tubuh manusia mempunyai suhu optimum sekitar 37 oC. Sebagian besar enzim
menjadi tidak aktif pada pemanasan ± 60 oC karena terjadi denaturasi. Kecuali enzim-enzim
tertentu yang diekstrasi dari bakteri-bakteri yang hidup pada sumber air panas seperti Taq-
polimerase yang digunakan pada reaksi polimerisasi DNA secara in vitro (metode PCR).
2. Pengaruh pH
Enzim bekerja pada kisaran pH tertentu. Jika dilakukan pengukuran aktifitas enzim pada beberapa
macam pH yang berlainan, sebagian besar enzim di dalam tubuh akan menunjukkan aktifitas
maksimum pada pH antara 5 sampai 9. Kecepatan reaksi enzimatik mencapai puncaknya pada
pH optimum. Ada enzim yang mempunyai pH optimum yang sangat rendah, seperti pepsin yang
mempunyai pH optimum 2. Pada pH yang jauh di luar pH optimum enzim akan terdenaturasi.

Selain itu pada keadaan ini baik enzim maupun substrat dapat mengalami perubahan muatan
listrik yang mengakibatkan enzim tidak dapat berikatan dengan substrat. Enzim memiliki pH
optimum, yang bergantung pada komposisi enzim. Hal ini disebabkan oleh sifat rantai samping
asam amino dari enzim: beberapa rantai samping perlu diprotonasi atau dideprotonasi untuk
membuat enzim yang berfungsi. Apakah rantai samping asam amino terprotonasi atau
terdeprotonasi tergantung pada pKa rantai samping dan pH larutan. Misalnya, histidin memiliki
pKa 6.0, yang berarti sebagian besar terprotonasi pada pH <6.0 dan sebagian besar
terdeprotonasi pada pH> 6.0. Perhatikan bahwa pKa rantai samping dapat diubah oleh lingkungan;
oleh karena itu pKa rantai samping pada enzim biasanya tidak sama dengan asam amino bebas.
3. Pengaruh konsentrasi enzim
Peningkatan konsentrasi enzim akan meningkatkan kecepatan reaksi enzimatik. Dapat dikatakan
bahwa kecepatan reaksi enzimatik (V) berbading lurus dengan konsentrasi enzim (E). Makin besar
konsentrasi enzim reaksi makin cepat.
4. Pengaruh konsentrasi substrat
Pada suatu reaksi enzimatik bila substrat diperbesar, sedangkan kondisi lainnya tetap, maka
kecepatan reaksi (V) akan meningkat sampai suatu batas kecepatan maksimum (V). Makin
banyak kompleks enzim-substrat terbentuk, makin cepat reaksi berlangsung sampai pada batas
kejenuhan enzim-substrat. Pada kondisi substrat melampaui batas kejenuhan kecepatan reaksi
akan konstan. Dalam keadaan itu seluruh enzim sudah berada dalam bentuk kompleks enzim-
substrat. Pada penambahan jumlah substrat tidak menambah jumlah kompleks enzim-substrat.
Gambar 2.9 Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim.
Penghambatan (inhibitor) enzim

Penghambat enzim adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, dan pengetahuan tentang
inhibitor dapat digunakan dalam pengembangan obat atau dalam studi jalur biokimia. Berdasarkan
mekanisme kerjanya inhibitor enzim dapat diklasifikasikan menjadi 3 kelompok besar:
1. Competitive inhibitor: bekerja dengan cara bersaing dengan substrat untuk mengikat situs
aktif enzim. Bila inhibitor berhasil mengikat enzim, maka jumlah substrat yang mengikat
berkurang, dan terjadi penurunan kecepatan reaksi enzim. Km meningkat, Vmax tidak
berubah.
2. Uncompetitive inhibitor: mengikat kompleks enzim-substrat di situs yang berbeda dari situs
aktif. Km menurun, Vmax menurun.
3. Noncompetitive (mixed) inhibitor: dapat mengikat enzim maupun kompleks enzim-substrat
di tempat yang berbeda dari situs aktif. Km tidak berubah, Vmax menurun.
Plot Lineweaver-Burk dari data kinetik dapat mengungkapkan jenis penghambatan yang dilakukan
oleh penghambat. Axis-y menunjukkan 1/V0 dan axis-x menunjukkan 1/[S]. Terjadi pertemuan
(interception) y-axis pada 1/Vmax dan x-axis pada -1/Km. Melalui analisis Vmax dan Km jenis inhibisi
enzim dapat ditentukan.
Gambar 2.10. Plot Lineweaver-Burk yang menunjukkan 3 tipe utama penghambatan.

Contributed by Bizz1111 CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication
[https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/deed.en]
Enzim Alkohol Dehidrogenase (ADH) dan perannya dalam Alcohol Flush Sndrome
Alkohol dehidrogenase (ADH) mengkatalisis oksidasi substrat yang mengandung gugus hidroksil,
termasuk etanol. Sehingga enzim ini berperan dalam mengkatalisis langkah pertama dalam
metabolisme alkohol pada manusia. Agar alkohol yang dikonsumsi dapat dimetabolisme lebih
lanjut, enzim ADH mengkatalisis perubahan substrat etanol menjadi produk asetaldehida. Reaksi
ini membutuhkan kofaktor berupa oksidator nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+). NAD+

adalah ko-enzim yang bertindak sebagai akseptor elektron, menerima 2 elektron dan H+ dari
etanol. Jadi, ADH mengkatalisasi reaksi berikut:
ADH
Etanol (substrat) Asetaldehida
Seperti yang terlihat pada reaksi diatas, enzim ADH membutuhkan kofaktor NAD+ agar dapat
berfungsi. Kofaktor ini bekerja sebagai akseptor elektron, dengan cara mengambil ion hidrida H-
dari etanol agar asetaldehida dapat terbentuk. Dalam proses ini, NAD+ direduksi menjadi NADH.
Dalam tiap reaksi, satu ethanol dikonversi menjadi satu asetaldehida, dan satu molekul NAD+
dikonversi menjadi NADH. NAD+ berasal dari vitamin niacin. Kofaktor dapat berupa ion anorganik,
seperti ion Zn2+ yang dibutuhkan oleh ADH, atau dapat berupa molekul organik atau metaloorganik
yang lebih kompleks. Jika kofaktor terikat erat (kadang kovalen) ke enzim, maka disebut gugus
prostetik.
Manusia memiliki beberapa versi (isozim) ADH yang berbeda. Dua di antaranya, yang disebut
ADH1B*1 (wild-type, fenotipe umum) dan ADH1B*2 (mutant), berbeda hanya pada 1 residu asam
amino di situs aktif pada posisi 47, dimana ADH1B*1 memiliki residu arginin sedangkan ADH1B*2
memiliki residu histidin pada posisi tersebut. Walaupun demikian, 2 isozim tersebut menunjukkan
perbedaan yang signifikan dalam sifat kinetik. ADH1B*2 lebih umum di antara orang Asia Timur,
sedangkan ADH1B*1 umum di antara Kaukasia.
Perbedaan kinetik disebabkan oleh sifat kimia arginin dan histidin. Arginin dalam ADH1B*1
membentuk ikatan hidrogen dengan gugus pirofosfat NAD+, namun residu histidin dalam ADH1B*2
tidak mampu membentuk ikatan sekuat itu. Ini berarti ADH1B*2 tidak mengikat NAD+ sekuat
ADH1B*1, menyebabkan nilai Km lebih tinggi untuk ADH1B*2. Dengan kata lain, terjadinya
perbedaan asam amino pada situs aktif akibat mutasi DNA, akan berdampak pada proses
pengikatan enzim dengan kofaktor, dan menyebabkan perubahan kinetika enzim. Langkah
penentu laju reaksi keseluruhan adalah disosiasi NADH; oleh karena itu, angka Vmax dari ADH1B*2
lebih tinggi, karena NADH tidak terikat secara ketat. Selain itu, karena nilai pKa histidin lebih
rendah dari arginin, maka pH optimal ADH1B*2 (8.5) lebih rendah dibandingkan dengan ADH1B*1
(10.0).
Individu yang memiliki isozim ADH1B*2 mengalami kondisi yang disebut Alcohol Flush Syndrome.
Kondisi ini menyebabkan kulit kemerahan dan gejala mabuk setelah konsumsi alkohol dalam
jumlah sedikit. Gejala ini disebabkan oleh peningkatan kadar asetaldehida dalam darah, yang
disebabkan oleh aktivitas ADH1B*2 yang lebih tinggi daripada ADH1B*1.

Substrat untuk alkohol dehidrogenase (ADH), enzim yang akan dikerjakan dalam praktikum ini,
adalah etanol. Namun, ADH juga dapat mengikat substrat lain dengan struktur yang mirip dengan
metanol. Mirip dengan cara etanol diubah menjadi asetaldehida, metanol diubah menjadi
formaldehida oleh ADH. Formaldehida adalah senyawa yang sangat beracun; jumlah yang lebih
kecil dari metanol dapat menyebabkan kebutaan, sedangkan jumlah yang lebih besar dapat
mematikan. Jadi, alkohol dehidrogenase adalah contoh enzim yang kurang spesifik dengan
afinitas untuk beberapa substrat. Beberapa enzim sangat spesifik dan hanya akan mengkatalisasi
1 reaksi, sedangkan yang lain, seperti ADH, lebih fleksibel.
C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER – ENZYME KINETICS

Tujuan percobaan: tujuan dari simulasi ini adalah untuk menginvestigasi kinetika enzim alkohol
dehydrogenase (ADH) dengan menggunakan spektrofotometer. Enzim ini berperan penting dalam
Alcohol flush syndrome. Untuk menginvestigasi hal tersebut, enzim yang digunakan adalah
ADH, NAD+ sebagai kofaktor, substrat adalah ethanol dan NAD+.
Dalam simulasi ini, anda akan menilai pengaruh enzim sebagai katalisator untuk mempercepat
reaksi kimia, dan mengapplikasikan rumus Michaelis-Menten, rate constant, dan peran dari
berbagai inhibitor terhadap kinetika reaksi. Anda akan bereksperimen dengan wild-type (normal)
dan mutated ADH. Spektrofotometer adalah alat yang penting dalam simulasi ini, dan dalam
pengukuran anda akan mempelajari cara membuat mastermix dan menghitung pengenceran
larutan. Spektrofotometer akan anda gunakan untuk mengukur produksi asetaldehida (yang
merupakan produk dari reaksi enzim ADH).
Untuk tiap pengukuran simulasi akan memberikan kurva yang menunjukkan jumlah produk
tersebut dari waktu ke waktu. Anda dapat membuat grafik Michaelis-Menten anda sendiri dan
menemukan dua pengukuran kunci aktivitas enzimatik: Km dan Vmax
Pelajari dasar teori sebelum anda mulai melakukan praktikum.
Buka praktikum virtual Labster dengan topik Enzyme Kinetics
Checkpoint 1 – Tutorial prinsip dan penggunaan spektrofotometer
1. Pelajari prinsip spektrofotometer dan cara menggunakan spektrofotometer untuk
mengukur konsentrasi suatu senyawa.
2. Perhatikan cara menentukan panjang gelombang optimal untuk target yang ingin dideteksi
(NADH), apabila dalam larutan tersebut terdapat senyawa lain (NAD+). Selain mencari nilai
absorbansi tertinggi, perlu juga memperhatikan spesifitas pada panjang gelombang
tersebut. Panjang gelombang optimal ini akan anda gunakan dalam mengukur reaksi anda
di Checkpoint berikutnya.
3. Perhatikan definisi nilai absorbans yang ditunjukkan oleh spektrofotometer.
Checkpoint 2 – Mempersiapkan diri untuk kegiatan laboratorium

1. Pindah ke workbench 1 (sebelah kanan laboratorium).

2. Gunakan sarung tangan.
Checkpoint 3 – Membuat mastermix
1. Gunakan satu tabung 15 mL bersih (dari box) untuk membuat mastermix dan letakkan
pada rak tabung. Perhatikan alasan mengapa enzim tidak dimasukkan di awal pembuatan
mastermix.
2. Gunakan mikropipet dan tip pipet bersih untuk mengambil larutan (ethanol, NAD+, buffer)
yang dibutuhkan untuk mastermix. Ingat untuk mengganti tip setiap akan mengambil
larutan baru (untuk cegah kontaminasi reagen). Perhatikan fungsi dari masing-masing
komposisi mastermix tersebut dalam reaksi ini.
Checkpoint 4 – Mengukur aktivitas enzim ADH1B*1 menggunakan satu konsentrasi [S]
1. Ambil kuvet baru untuk mengukur mastermix dan letakkan pada rak kuvet.
2. Ambil kuvet berisi larutan standar (reference blank/larutan blanko) yang sudah ada pada
sisi kanan rak. Buka spektrofotometer, masukkan kuvet yang berisi blanko, tutup
spektrofotometer lalu klik start.
3. Dalam kuvet baru, masukkan mastermix menggunakan mikropipet. Lalu, dengan tip baru,
ambil enzim ADH dari kotak es dan masukkan ke dalam mastermix tepat sebelum
mengukur di spektrofotometer. Hitunglah konsentrasi substrat ethanol setelah anda
menambahkan mastermix tersebut (gunakan rumus C1.V1 = C2.V2, ingat bahwa 1mM =
1000 µm)
4. Ukur kuvet yang berisi mastermix dan sampel enzim di spektrofotometer. Perhatikan
reaksinya dan jawablah pertanyaan tentang teori reaksi enzim ADH.
5. Liat layar monitor PC dan perhatikan simulasinya. Identifikasi bagian kurva yang
menunjukkan laju reaksi awal.
6. Anggap saja anda diminta mempersiapkan mastermix berisi konsentrasi etanol 0 mM dan
0.053 mM dengan volume 1 mL, menggunakan stok etanol konsentrasi 50 uM. Berapa
volume etanol yang anda masukkan dalam mastermix tersebut? (gunakan rumus C1.V1 =
C2.V2, ingat bahwa 1mM = 1000 µm).
Checkpoint 5 – Optimasi enzim dan substrat
Perhatikan simulator pada layar PC. Perhatikan bahwa reaksi lebih cepat jika kita mengurangi
substrat dan meningkatkan konsentrasi enzim. Sebaliknya, reaksi lebih lambat jika kita
meningkatkan konsentrasi substrat atau mengurangi konsentrasi enzim. Namun, menggunakan
terlalu banyak enzim atau substrat menyebabkan reaksi yang terlalu cepat sehingga sulit unutk
mengukur produk secara akurat. Oleh karena itu, dalam eksperimen kinetika enzim, penting untuk
menjaga keseimbangan substrat enzim agar reaksi tidak terlalu cepat dan tidak terlalu lambat.

Gunakan simulator untuk mencari berapa konsentrasi enzim optimal yang dibutuhkan untuk
bereaksi dengan 16 uM ethanol (EtOH) dalam waktu 130 detik (cari lah konsentrasi enzim optimal
yang dapat membantu reaksi mencapai Vmax tertinggi pada detik ke-130 reaksi).
Checkpoint 6 – Optimasi pH dan Suhu
1. Disini anda akan merubah pH dan suhu untuk melihat pengaruhnya pada kinetika reaksi.
2. Tentukan pH optimal untuk enzim ADH, yaitu pH yang dapat memberikan Vmax tertinggi.
3. Tentukan suhu optimal untuk enzim ADH, yaitu yang dapat memberikan Vmax tertinggi.
Checkpoint 7 – Diskusi topik di rumah sakit
Berinteraksilah dengan dokter penganggungjawab seorang pasien Alcohol Flush Syndrome untuk
mempelajari penyakit ini. Pasien ini masuk rumah sakit setelah mengalami intoksikasi alkohol
(mabuk), walaupun cuma mengonsumsi alkohol dalam jumlah sedikit. Setelah diskusi selesai,
anda akan memeriksa enzim ADH pasien untuk menilai apakah enzim ADH pasien bermasalah,
sehingga menyebabkan intoksikasi yang tidak wajar tersebut.
Checkpoint 8 – Bandingkan antara ADH wild-type dan ADH mutant
1. Di laboratorium, telah disiapkan dua jenis enzim ADH sebagai pembanding: wild-type
(ADH1B*1) dan mutant (ADH1B*2) ADH, dengan konsentrasi masing-masing enzim 0.1
mg/mL. Anda akan menilai performa kedua jenis enzim ADH, dan menggunakan data
tersebut sebagai pembanding untuk data enzim ADH pasien. Gunakan simulator untuk
membandingkan kecepatan reaksi kedua jenis ADH pada satu konsentrasi yang sama
untuk melihat perbedaannya. Manakah yang lebih cepat reaksinya?
2. Gunakan data hasil eksperimen untuk mengukur Vmax. Anda dapat menentukan nilai Vmax
secara kualtitatif berdasarkan data axis-y pada grafik Michaelis-Menten. Perhatikan
perbedaan unit (mM, µm) yang digunakan pada grafik, dan unit pada pilihan jawaban.
3. Gunakan data hasil eksperimen untuk mengukur Km. Anda dapat melihat Km pada axis-x
setelah menemukan titik ½ Vmax.
**MAHASISWA MENGERJAKAN HINGGA SELESAI CHECKPOINT 8 (COMPARE WILD-

TYPE AND MUTANT ADH), LALU KELUAR DARI LABSTER (PROGRESS 78%).

D. HANDS-ON: DASAR ENZIMOLOGI

Percobaan 1: Pengaruh Suhu Terhadap Kecepatan Reaksi Enzimatik
Tujuan: membuktikan bahwa kecepatan reaksi enzimatik sampai suhu tertentu sebanding dengan
kenaikan suhu, dan reaksi paling cepat berlangsung pada suhu optimum.
Dasar: suhu yang sangat rendah akan menyebabkan terhentinya kerja enzim secara reversible,
karena dalam keadaan tersebut tidak terjadi benturan antara partikel E (enzim) dan S (substrat).
Akibatnya, kompleks E-S yang sangat penting dalam reaksi enzimatik tidak terbentuk. Hal tersebut
menyebabkan P (produk) juga tidak terbentuk.
Bila suhu dinaikkan sedikit demi sedikit, benturan E dan S untuk membentuk kompleks E-S yang
akan makin meningkat sehingga P yang terbentuk makin banyak. Keadaan ini terjadi sampai pada
suhu tertentu, yaitu suhu optimum. Suhu yang lebih tinggi dari suhu optimum menyebabkan enzim
terdenaturasi. Akibatnya, meskipun benturan E dengan S meningkat, kompleks ES tidak terbentuk
karena enzim terdenaturasi. Akhirnya, pembentukan P berkurang. Denaturasi enzim dapat terjadi
ireversibel terutama bila suhu lingkungan jauh melampaui suhu optimum.
Bahan dan pereaksi:
1. Saliva sebagai sumber α-amilase.
2. Tampunglah 2 ml air liur di dalam gelas kimia/tabung reaksi bersih dan kering.
3. Encerkan saliva hingga 100x sebanyak 50 mL dengan cara memipet 0,5 mL liur ditambah
49,5 mL aquadest.
4. Larutan pati 0,4 mg/mL
5. Larutan iodium
Cara kerja
1. Siapkan 6 pasang tabung reaksi yang bersih.
a. Pasangan tabung pertama ditempatkan dalam bejana yang berisi es (0oC).
b. Pasangan kedua ditempatkan dalam bejana berisi air, yang suhunya
dipertahankan tetap 25 oC.
c. Pasangan tabung ketiga ditempatkan di rak tabung pada suhu ruang.
d. Pasangan tabung keempat ditempatkan dalam penangas air yang suhunya
dipertahankan tetap 37oC.
e. Pasangan tabung kelima ditempatkan dalam penangas air yang suhunya
dipertahankan tetap 60oC.
f. Pasangan tabung keenam ditempatkan dalam penangas air mendidih (100oC).
g. Tiap pasangan tabung diberi tanda ‘B’ untuk blanko & ‘U’ untuk uji. Keram
pasangan tabung pada setiap suhu selama paling sedikit 5 menit.

2. Pipetkan kedalam tiap-tiap tabung:
LARUTAN TABUNG B TABUNG U
Larutan pati 0,4 mg/mL 1 mL 1 mL
Keram pasangan tabung dari tiap suhu minimal selama 5 menit

Liur (diencerkan 100x) - 200 µL
Campurkan baik-baik, keram lagi dari tiap suhu tepat 1 menit
Larutan iodium (untuk suhu 60oC dan 100oC penambahan

1 mL 1 mL
dilakukan diluar penangas)
Air suling 8 mL 8 mL
Segera baca serapan (A) pada panjang gelombang 680 nm. Hitung selisih serapan (∆A) antara
tabung B (pada t = 0 menit) dengan tabung U dari tiap suhu.
Suhu Abs Blanko (B) Abs Uji (U)
0 oC
25 oC
Suhu ruang (...oC)
37 oC
60 oC
100 oC
Buatlah kurva yang menggambarkan hubungan kecepatan reaksi enzimatik (v =

∆Abs/menit) dengan suhu.

Percobaan 2: Pengaruh pH Terhadap Aktifitas Enzim

Tujuan: Membuktikan bahwa keasaman (pH) mempenguhi kecepatan reaksi enzimatik.
Dasar: Enzim bekerja pada kisaran pH tertentu dan menunjukkan kerja maksimum pada pH
optimum. Di luar pH optimum aktifitas enzim dapat terganggu.
Bahan dan pereaksi:
1. Saliva (=air liur) sebagai sumber α-amilase.Tampunglah 2 ml air liur di dalam gelas
kimia/tabung reaksi bersih dan kering.
2. Encerkan saliva hingga 100x sebanyak 50 ml dengan cara memipet 0,5 mL liur ditambah 49,5
mL aquadest.
3. Larutan pati 0,4 mg/mL dilarutkan dalam berbagai pH (1, 3, 5, 7, 9 dan 11)
4. Larutan iodium
Cara kerja
1. Siapkan 6 pasang tabung reaksi bersih. Tiap pasangan tabung diberi tanda ‘B’ untuk blanko
dan ‘U’ untuk uji
2. Pipetkan kedalam tiap-tiap tabung :

Larutan pati dgn berbagai
1 mL 1 mL
pH (1, 3, 5, 7, 9, 11)
Keram pasangan tabung pada suhu 37oC minimal selama 5 menit
Liur (diencerkan 100x) - 200 µL
Campurkan baik-baik, keram lagi pada suhu 37oC tepat 1 menit
Larutan iodium 1 mL 1 mL
3. Segera baca serapan (A) pada panjang gelombang 680 nm. Hitung selisih serapan (∆A)
antara tabung B (pada t = 0 menit) dengan tabung U dari tiap pH.

pH Abs Blanko (B) Abs Uji (U) ∆Abs/MENIT (V)
1
3
5
7
9
11

∆Abs/menit) dengan pH.
Percobaan 3: Pengaruh Kadar Enzim Terhadap Aktifitas Enzim

Tujuan: Membuktikan bahwa kecepatan reaksi enzimatik berbanding lurus dengan konsentrasi
enzim
Dasar: Pada konsenrasi substrat tertentu, penambahan enzim dengan konsentrasi bertingkat
akan meningkatkan pembentukan kompleks enzim-substrat, sehingga jumlah produk yang
terbentuk akan meningkat.

Bahan dan pereaksi

1. Saliva () sebagai sumber α-amilase.
2. Tampunglah 2 ml air liur di dalam gelas kimia/tabung reaksi bersih dan kering.
3. Liur 100x sebanyak 50 ml (pipet 0,5 ml liur + 49,5 ml aquadest)
4. Liur 300x sebanyak 3 ml (pipet 1 ml liur 100x + 2 ml aquadest)
5. Liur 400 x sebanyak 2 ml (pipet 0,5 ml liur 100x + 1,5 ml aquadest)
6. Liur 500x sebanyak 5 ml (pipet 1 ml liur 100x + 4 ml aquadest)
7. Larutan pati 0,4 mg/ml dan Larutan iodium
Cara kerja
1. Siapkan 5 pasang tabung reaksi yang bersih. Tiap pasangan tabung diberi tanda ‘B’ untuk
blanko dan ‘U’ untuk uji.
2. Pipetkan kedalam tiap-tiap tabung :

Larutan pati 0,4 mg/mL 1 mL 1 mL
Keram pasangan tabung pada suhu 37 oC minimal selama 5 menit
Liur dengan pengenceran - 200 µL
100x, 200x, 300x, 400x dan
500x
Campurkan baik-baik, keram lagi pada suhu 37 oC tepat 1 menit
Larutan iodium 1 mL 1 mL
3. Segera baca serapan (A) pada panjang gelombang 680 nm. Hitung selisih serapan (∆A)
antara tabung B (pada t = 0 menit) dengan tabung U dari tiap konsentrasi enzim.
Isilah tabel berikut ini:
Pengenceran Enzim Abs Blanko (B) Abs Uji (U) ∆Abs/MENIT (V)
500x
400x
300x
200x
100x


∆Abs/menit) dengan konsentrasi enzim.
Kesimpulan:
KERJA BEBERAPA MACAM ENZIM

1. Enzim Urease
Pada percobaan ini, sebagai enzim digunakan urease yang terdapat dalam kacang
kedelai. Urease merubah uream menjadi CO2 dan NH3. Terbentuknya NH3 dapat dilihat
dengan perubahan warna dari fenolftalein. Larutan urease dibuat sebagai berikut : Campurkan
1 gram tepung kedelai dengan 100 ml aquadest dan dikocok selama 10 menit, lalu disaring
dengan kain kasa, tiap kali praktikum baru dibuat.
a. Siapkan sebuah tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 5 ml larutan ureum 1%.
Tambahkan 1 tetes fenolftalein 1%. Kemudian tambahkan 1 ml larutan urease dan ditutup.
Setelah beberapa menit, cairan yang tadinya tidak berwarna akan berwarna merah oleh
karena terbentuknya amoniak.
b. Percobaan diatas kita kerjakan lagi dengan larutan urease yang telah dipanaskan hingga
mendidih dan didinginkan kembali. Dengan prosedur sebagai berikut:
- Siapkan tabung reaksi yang berisi urease 3 ml, panaskan hingga mendidih dan
didinginkan

- Siapkan lagi tabung reaksi bersih & kering. Masukkan 5 ml larutan ureum 1%.
Tambahkan 1 tetes fenolftalein 1%
- Lalu masukkan 1 ml larutan urease yang telah dipanaskan & didinginkan diatas
dan ditutup. Disini tidak akan timbul warna merah karena pada pemanasan urease
tadi menyebabkan enzim menjadi tidak aktif
c. Percobaan diatas kita kerjakan lagi dengan larutan urease yang telah ditetesi larutan
sublimat (HgCl2 1%). Cara kerjanya sebagai berikut:
- Siapkan tabung reaksi yang berisi 2 ml urease dan tambahkan 1 tetes larutan
sublimat (HgCl2 1%)
- Siapkan lagi tabung reaksi bersih dan kering. Masukkan 5 ml larutan ureum 1%.
Tambahkan 1 tetes fenolftalein 1%. Lalu masukkan 1 ml larutan urease yang telah
ditetesi sublimat
- Disini tidak akan timbul warna merah karena logam-logam berat menyebabkan
denaturasi enzim.
Gambarlah hasil percobaan dari ke-3 tabung tersebut
Kesimpulan:
2. Enzim Schardinger dalam susu
Dalam susu terdapat semacam enzim dehidrogenase yaitu Schardinger. Enzim ini
sanggup mengambil hydrogen dari aldehid dan sebagai H akseptor digunakan biru metil.
Percobaan ini menggunakan campuran biru metil dan formaldehid yang dibuat dari 25 mg
biru metil dilarutkan dalam 195 ml akuades dan kedalamnya ditambahkan 5 ml formaldehyde
40 %. Sediakan 3 tabung reaksi yaitu tabung a, b, dan c
- Tabung reaksi A diisi dengan 5 ml susu ditambah dengan 5 tetes campuran biru metil dan
formaldehyde kemudian dikocok. Kemudian ditambahkan sejumlah parafin liquid
- Tabung reaksi B diisi dengan 5 ml susu ditambah tetes campuran biru metil dan formaldehyde

- Tabung reaksi C diisi dengan 5 ml susu yang terlebih dahulu dimasak dan didinginkan kembali
ditambahkan 5 tetes campuran biru metil dan formaldehyde kemudian dikocok. Kemudian
tambahkan sejumlah parafin liquid
- Ketiga tabung reaksi tersebut dimasukkan kedalam penangas air pada suhu 37oC– 40oC
- Gambarlah hasil percobaan dari ketiga tabung tersebut. Buatlah kesimpulan dari setiap
percobaan
Kesimpulan:
3. Enzim peroksidase susu

Susu mengandung suatu enzim peroksidase yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi :
H2O2 à H2O + On
Untuk menunjukkan adanya enzim ini dapat dipakai benzidin yang bila teroksidasi akan
menimbulkan warna biru atau guaiak yang bila teroksidasi akan berwarna merah. Kedalam
tabung reaksi dimasukkan 3 ml susu ditambah 1 ml larutan guaiak dan 1 ml larutan H2O2
3%. Setelah dikocok akan timbul warna merah.
Kesimpulan:

PRAKTIKUM BIOKIMIA III: BIOLOGI MOLEKULER
TOPIK 1 – BIONFORMATIKA
1. Mahasiswa mampu menjelaskan tujuan dasar bioinformatika.

2. Mahasiswa mampu menggunakan mesin pencari dan bioinformatic tools, serta
menginterpretasikan dan menganalisis hasil yang diperoleh.
B. DASAR TEORI
Bioinformatika
Bioinformatika adalah bidang multidisiplin yang melibatkan ilmu komputer, statistik, matematika, dan
teknik untuk menganalisis dan menyajikan data biologis agar dapat lebih memahami rangkaian DNA,
RNA, atau urutan protein tertentu. Penggunaan umum untuk bioinformatika termasuk identifikasi gen
dan nukleotida. Ilmuwan telah menggunakan Bioinformatika di bidang medis selama bertahun-tahun
untuk menjelaskan penyakit terkait genetik dengan lebih baik melalui proses analisis sekuens, anotasi
genom, dan banyak lagi.
Beberapa kegunaan Bioinformatika
Dengan kemajuan dalam Bioinformatika, analisis DNA, RNA, dan protein yang dulunya dilakukan
secara manual sekarang dapat dilakukan secara otomatis dan jauh lebih efisien, dengan bantuan
beberapa program dan tools. Salah satu contoh paling prominen adalah database BLAST, yang berisi
variasi lebih dari 260.000 organisme, dan lebih dari 19 miliar nukleotida. Sejauh ini, ribuan rangkaian
DNA dari ribuan organisme telah diterjemahkan dan disimpan di beberapa database lain. Urutan ini
memberikan informasi yang kemudian digunakan untuk menentukan gen yang menyandikan
polipeptida (protein), gen RNA, urutan pengatur, dan urutan berulang. Ini juga memungkinkan analisis
komparatif gen dalam spesies atau antara spesies yang berbeda, atau untuk menunjukkan kesamaan
antara fungsi protein, dan hubungan antar spesies. Anotasi adalah contoh fungsi lain dari
Bioinformatika. Hal ini memungkinkan penemuan gen secara komputasi untuk mencari gen pengkode
protein, gen RNA dan urutan fungsional lainnya di dalam genom.
Tools Bioinformatika

Dalam praktikum ini, anda akan mengeksplorasi kegunaan beberapa tools bioinformatika seperti:
1. Untuk mencari sekuens DNA/RNA: NCBI Nucleotide

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
2. Untuk mencari gen dan anotasinya pada DNA: NCBI Gene
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
3. Untuk melihat protein dan fungsinya: Expasy Prosite https://prosite.expasy.org/
4. Untuk melakukan sequence alignment: BLAST https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Format FASTA
Dalam bioinformatika dan biokimia, format FASTA adalah format berbasis teks untuk mewakili urutan
nukleotida atau urutan asam amino (protein), di mana nukleotida atau asam amino direpresentasikan
menggunakan kode huruf tunggal. Format ini juga memungkinkan nama urutan dan komentar untuk
mendahului urutan. Formatnya berasal dari paket perangkat lunak FASTA, tetapi sekarang telah
menjadi standar yang hampir universal di bidang bioinformatika
C. PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA
Sebelum mulai, download sekuens FASTA pada e-learning.
Tugas anda adalah untuk mencari tahu informasi tentang sekuens tersebut dengan menjawab
pertanyaan berikut ini:
1. Identifikasi sekuens (BLAST): tujuan dari tahap ini adalah untuk melakukan alignment
sekuens anda dengan sekuens yang tersimpan dalam database BLAST.
a) Sekuens apakah yang anda miliki, apakah DNA/RNA/Protein?
b) Ada berapa base pair (bp) dalam sekuens anda?
c) Upload sekuens ke dalam BLAST.

d) Perhatikan hasil yang diperoleh, berapa persen kemiripan sekuens anda dengan sekuens
yang ada dalam BLAST? Dan berasal dari spesies apa? Apa yang menentukan
persentase kemiripan tersebut?
e) Pilih hasil yang paling mirip dengan sekuens anda, catat nama sekuens dan sequence ID
nya
2. Melihat anotasi gen, identifikasi bagian-bagian gen, dan sekuens mRNA serta protein
yang dihasilkan oleh gen (NCBI Gene/NCBI GenBank/NCBI Genome)
a) Gunakan sequence ID untuk mencari informasi tentang gen anda.
b) Pada kromosom berapakah gen ini dapat ditemukan? Gunakan Genome Data Viewer
untuk melihat lokasi gen anda pada genom.
c) Ada berapa exon pada gen tersebut? Anda juga dapat menggunakan Grafik pada NCBI
Genbank untuk melihat lokasi exon nya.
d) Apakah nama protein yang diekspresikan oleh gen tersebut?
e) Carilah sekuens mRNA dan sekuens peptida dari gen ini.
f) Ada berapa sekuens peptida yang dihasilkan setelah translasi gen tersebut? Salin sekuens
peptida untuk selanjutnya dianalisis menggunakan tools Prosite
3. Identifikasi fungsi protein (Prosite)
a) Apa nama protein yang dihasilkan? Apa nomor identifikasi Prosite nya?
b) Berikan deskripsi singkat tentang protein tersebut.
4. Your turn to explore! Masih ingatkah anda dengan beberapa nama enzim atau protein
lain yang pernah anda pelajari sebelumnya?
a) Pilih satu enzim atau protein.
b) Carilah sekuens DNA dari protein anda di NCBI Nucleotide.
c) Lakukan eksplorasi dengan menggunakan tools bioinformatika yang telah kita gunakan di
atas.

TOPIK 2 – POLYMERASE CHAIN REACTION
1. Mahasiswa mampu menjelaskan prinsip tes polymerase chain reaction (PCR)

2. Mahasiswa mampu mengapplikasikan tes PCR untuk kegunaan Profil DNA (DNA Profiling)
3. Mahasiswa mampu melakukan tes PCR dan melakukan interpretasi terhadap hasilnya
Instruksi Umum:
berikut:
https://youtu.be/u7GPSbUuNdw
B. DASAR TEORI DNA PROFILING DAN PCR
DNA dan Pengambilan Sampel DNA

DNA adalah heliks ganda (double helix) yang terbuat dari dua untai asam nukleat komplementer dan
anti-parallel. Heliks ganda dikatakan antiparalel karena satu untai memiliki arah 5′→3′ dan yang
lainnya dari arah 3′→5’, dimana karbon 5' memiliki gugus fosfat dan karbon 3' memiliki gugus hidroksil
bebas. Informasi yang disimpan dalam DNA adalah instruksi untuk membangun dan memelihara
semua sel suatu organisme. Genom manusia terdiri dari sekitar 3.2 miliar pasangan basa DNA, yang
berada dalam sistem pengemasan DNA yang efisien yaitu kromosom.

Gambar 2.1. Struktur DNA. DNA membentuk heliks ganda yang terdiri dari dua untai antiparalel
(kiri) dan terdiri dari pasangan nukleotida, dibentuk oleh timin-adenin dan guanin-sitosin (kanan).
Ada beberapa jenis DNA, antara lain DNA genom, mitokondria, dan komplementer:
1. DNA genomic (DNA nukleus) adalah urutan DNA lengkap, termasuk DNA pengkode protein
(ekson) dan non-pengkode (intron). Manusia memiliki persentase DNA non-coding yang tinggi
(98%) dalam genom yang penting untuk regulasi gen. Semua sel somatik dalam tubuh kita
akan memiliki urutan DNA genom yang sama kecuali jika telah terjadi mutasi atau
penyimpangan somatik selama hidup.
2. DNA mitokondria ditemukan di dalam mitokondria sel dan berbeda dari DNA inti karena
diwariskan secara maternal.
3. DNA komplementer (cDNA) tidak ditemukan di dalam sel tetapi dibuat dengan reverse-
transcription RNA dalam tabung reaksi. RNA pertama-tama diisolasi dari sel dan kemudian
ditranskripsi balik menjadi cDNA. RNA yang diisolasi dari sel mengandung RNA ribosom, RNA
transfer, dan RNA messenger. Dengan menganalisis RNA messenger yang terkandung di
dalam sel, kita dapat mengetahui gen mana yang aktif saat sel diisolasi. RNA mudah
terdegradasi sehingga ditranskripsi balik menjadi cDNA yang jauh lebih stabil. cDNA
digunakan dalam metode PCR kuantitatif untuk mengukur tingkat ekspresi gen.
Karena DNA tersimpan di inti sel eukariotik, maka DNA dapat diambil dari setiap sampel sel, kecuali
dari sel darah merah yang tidak memiliki nukleus. Ketika sampel DNA diperlukan, sampel darah
diambil, dan DNA diekstraksi dari sel darah putih. Pengambilan sampel juga dapat diambil dari
usap/swab mulut (berisi sel epitel) atau beberapa folikel rambut.
Profil DNA (DNA fingerprinting)

Profil DNA adalah metode untuk menganalisis perbedaan antar individu pada tingkat DNA. Cara ini
disebut juga DNA fingerprinting, karena sebagaimana kita memiliki sidik jari yang unik, kita juga punya
profil DNA yang unik. Sejumlah besar DNA kita sama pada setiap orang, tetapi pada beberapa situs,
ditemukan Variable Number Tandem Repeats (VNTRs) yang terdiri dari bentangan panjang urutan
berulang kecil. VNTR adalah set nukleotida berulang yang ada di beberapa situs pada daerah non-
pengkode DNA. Misalnya, urutan ATGATGATGATGATGATGATGATG berisi urutan tiga nukleotida
"ATG" sebanyak 8 kali. Pengulangan 10-60 basa per pengulangan dikenal sebagai minisatelit,
sedangkan pengulangan yang lebih pendek (2-9 basa) disebut mikrosatelit atau STR (Short Tandem
Repeats).
Daerah VNTR dan STR dapat ditemukan pada beberapa situs variasi di genom manusia, dan terdapat
jumlah pengulangan (repeat) berbeda antara individu. Ini menjadikannya penanda molekuler yang
berguna untuk genetika populasi, studi penetapan orang tua, dan ilmu forensik. Perbedaan jumlah
pengulangan tandem muncul karena kesalahan dalam replikasi DNA genomik. Jumlah pengulangan

VNTR dan STR berbeda di antara individu karena mutasi yang terakumulasi dari generasi ke generasi.
Kombinasi unik pada daerah genom yang variabel ini membentuk profil DNA. Untuk mengidentifikasi
profil DNA seseorang, kita harus melihat DNA di daerah tertentu ini. Pendekatan yang paling umum
untuk melakukannya adalah dengan melakukan analisis STR.
Gambar 2.2. Contoh STR dan VNTR pada satu situs variasi
Prosedur analisis STR adalah sebagai berikut:
1. Ekstraksi DNA dari sampel.

2. Gunakan teknik PCR untuk amplifikasi sekuens STR. Satu set primer ditempatkan pada situs
variasi untuk mengapit fragmen tersebut, agar terjadi amplifikasi fragmen dengan panjang
yang berbeda tergantung pada jumlah pengulangan. Karena ada kemungkinan bahwa dua
individu memiliki jumlah pengulangan STR yang sama pada suatu daerah variasi, maka
dibutuhkan minimal 13 situs STR saat melakukan profil DNA.
3. Gunakan elektroforesis gel untuk menganalisis panjang STR dan mendapatkan profil DNA.
Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR adalah metode yang digunakan untuk menghasilkan miliaran salinan urutan DNA tertentu, atau
dengan kata lain meng-amplifikasi sampel DNA. PCR merupakan suatu metode untuk mereplikasi
DNA secara in vitro. Prinsip kerja PCR sama dengan mekanisme replikasi DNA secara in vivo yang
melibatkan beberapa jenis enzim. Namun, tidak semua enzim tersebut dapat dengan mudah diisolasi
dari suatu organisme. Sehingga, terdapat beberapa modifikasi metodologi untuk melakukan replikasi
DNA secara in vitro melalui PCR. Tabel 1 menunjukkan perbedaan antara replikasi DNA in vivo dan
amplifikasi DNA secara in vitro menggunakan PCR.
Tabel 1. Perbedaan Replikasi dan Amplifikasi DNA
Langkah Replikasi DNA In Vivo Amplifikasi DNA In Vitro (PCR)
Separasi dua strand

Topoisomerase dan
DNA (Merusak Ikatan Pemanasan
Helicase
Hidrogen)
Pembuatan primer Primase Primer spesifik dari kit PCR
Jenis Primer yang

RNA DNA
terbentuk
Polimerisasi DNA DNA Polymerase Taq Polymerase
Reaksi PCR sangat spesifik, dan hanya akan menghasilkan salinan urutan yang diinginkan dari cetakan
(sampel) DNA. Spesifisitas ini ditentukan oleh primer, yang dirancang untuk melekat (anneal) pada
situs tertentu di DNA.
Untuk melakukan percobaan PCR, dibutuhkan:
1. Primer: primer adalah fragmen pendek (18-25 nukleotida) DNA atau RNA yang digunakan
untuk memulai sintesis DNA oleh DNA polimerase. Primer akan mengikat pada urutan DNA
komplementer-nya dan menandai awal amplifikasi DNA. Desain primer sangat penting untuk
berhasil meng-amplifikasi situs yang diinginkan. Primer menentukan panjang produk PCR
dengan membatasi sisi-sisinya fragmen target. Ketika primer terikat (anneal), polimerase juga
dapat mengikat DNA di ujung 3 'primer dan menyalin untai cetakan DNA.

Gambar 2.3. Dua jenis primer dalam PCR adalah Forward dan Reverse primer, yang mengapit
daerah (situs) target yang akan di-amplifikasi
2. Nukleotida: nukleotida diperlukan untuk menyusun untaian DNA baru.

3. DNA polymerase: polimerase adalah enzim yang merakit nukleotida berdasarkan urutan
template. Taq polymerase adalah DNA polimerase yang paling umum digunakan dalam
percobaan PCR, dan bersifat tahan terhadap suhu panas.
4. Template DNA: merupakan sampel DNA, yang diperlukan untuk menjadi dasar amplifikasi
urutan DNA baru.
5. Sebuah mesin PCR (thermocycler): mesin PCR memiliki thermocycler yang dapat mengubah
suhu secara otomatis setelah setiap siklus. Pada akhir satu siklus, bagian dari untaian DNA
awal telah berlipat ganda jumlahnya. Pada akhir, misalnya, 30 siklus, yang biasanya dilakukan
saat melakukan PCR, setidaknya 1 miliar (230) salinan dari urutan target akan ada di dalam
tabung.
Gambar 2.4. Contoh mesin PCR
Saat melakukan percobaan PCR, anda harus ekstra hati-hati terhadap potensi kontaminasi. PCR
adalah teknik yang sangat sensitive untuk mengamplifikasi DNA. Ini berarti bahwa jika Anda memiliki
kontaminasi kecil (misalnya DNA yang berasal dari sampel lain), DNA ini juga dapat diamplifikasi,
bersaing dengan templat asli dan mempengaruhi hasil eksperimen Anda. Untuk mencegah

kontaminasi, selalu gunakan sarung tangan, jaga kebersihan daerah kerja, mengganti tip pipet,
mengikat rambut, dan menghindari batuk atau bersin di sekitar meja kerja PCR.
Prosedur PCR membutuhkan banyak siklus berulang agar dapat dihasilkan miliaran salinan DNA.
Setiap siklus PCR mencakup tiga langkah berbeda yang ditentukan oleh suhu:
1. Langkah denaturasi (95ºC): pada suhu tinggi ini, ikatan hidrogen yang menyatukan dua untai
DNA diputus. Template DNA untai tunggal sekarang tersedia untuk disalin.
2. Langkah annealing (5-10ºC di bawah primer dengan Tm yang lebih rendah): pada suhu anneal,
potongan DNA pendek yang disebut primer mengikat di situs komplementer pada DNA
cetakan. Primer menentukan urutan target, yang merupakan situs spesifik DNA yang akan
disalin. Temperatur anneal dihitung dari komposisi primer (jumlah nukleotida serta jumlah
guanin dan sitosin).
3. Langkah ekstensi (72ºC): pada suhu 72ºC, enzim DNA polimerase bekerja menyalin DNA.
Enzim ini mengenali ujung 3′ dari primer yang terikat ke untai template dan mulai menyalin
DNA template dari arah 5’.
4. Semua siklus dilakukan tanpa intervensi di mesin PCR, yang dapat mengubah suhu secara
otomatis setelah setiap langkah. Pada akhir satu siklus, bagian dari untai DNA awal telah
berlipat ganda jumlahnya. Pada akhir, misalnya, 30 siklus, yang merupakan angka yang
biasanya dilakukan saat melakukan PCR, setidaknya 1 miliar (230) salinan dari urutan target
akan ada di dalam tabung.
Gambar 4.5 Langkah-langkah dalam percobaan PCR. PCR terdiri dari tiga langkah: 1.
Denaturasi, 2. Anneal, dan 3. Ekstensi. Langkah-langkah tersebut diulang berkali-kali
(seringkali 30), menghasilkan milyaran salinan DNA dari situs genomik tertentu.
Visualisasi hasil amplifikasi DNA menggunakan Elektroforesis
Hasil percobaan PCR adalah jutaan salinan wilayah DNA yang diapit oleh primer. Ukuran fragmen yang
diperkuat kemudian akan ditentukan oleh primer. Misalnya, pada Gambar 2.3, tampak bahwa produk
PCR A akan menjadi 200 bp, produk PCR B akan menjadi 900 bp, C akan menjadi 700 bp dan D 400
bp. Untuk melihat fragmen ini, teknik lain seperti elektroforesis gel perlu digunakan.

Elektroforesis gel adalah metode untuk memisahkan makromolekul bermuatan (DNA, RNA, atau
protein) dengan ukuran berbeda untuk memperkirakan panjangnya. Karena asam nukleat adalah ion
bermuatan negatif pada pH netral, teknik ini sering digunakan untuk memisahkan molekul DNA atau
RNA. Ini diperlukan, misalnya, dalam kasus pembuatan profil DNA atau untuk mempelajari integritas
RNA. Proses elektroforesis juga berguna untuk mengisolasi dan mengekstrak fragmen DNA dengan
ukuran tertentu.
Di lab virtual kita menggunakan mesin E-gel untuk melakukan elektroforesis gel. Dibutuhkan sampel
standar berupa tangga (ladder) atau berat molekul asam nukleat adalah campuran fragmen DNA atau
RNA dengan panjang yang diketahui. Ini digunakan sebagai skala untuk menentukan panjang fragmen
asam nukleat yang tidak diketahui saat melakukan eksperimen elektroforesis gel. Ukuran fragmen
ditentukan dengan menjalankan gel dengan tangga di sumur di sebelah sampel dengan panjang yang
tidak diketahui. Pita yang ditampilkan dari tangga DNA memiliki panjang yang telah ditentukan seperti
"100 bp", "500 bp" dan lainnya. Jika pita dari sampel yang tidak diketahui memiliki jarak yang sama
dalam gel dengan pita 500 bp, dapat diasumsikan bahwa fragmen yang tidak diketahui memiliki
panjang yang mendekati atau sama dengan 500 bp.
Untuk melakukan teknik gel-elektrophoresis, dibutuhkan:
1. Matriks gel berpori setengah padat: biasanya adalah gel agarosa atau poliakrilamida. Di lab
virtual gel ini sudah disiapkan di dalam mesin elektroforesis gel.
2. Sampel DNA atau RNA: DNA atau RNA yang diisolasi dan diolah, dengan jumlah yang cukup
untuk terlihat dalam eksperimen elektroforesis gel. Dalam lab virtual, kita menggunakan
sampel DNA yang sudah diamplifikasi.
3. Buffer: berisi reagen warna untuk membantu memvisualisasikan seberapa jauh DNA atau RNA
telah bergerak selama elektroforesis gel. Reagen pewarna, misalnya xylene cyanol, cresol red,
bromophenol blue, atau orange G.
4. Reagen dengan viskositas tinggi, misalnya Ficoll, sukrosa, atau gliserol untuk membuat
sampel lebih kental dan lebih berat. Reagen ini dicampurkan ke sampel sebelum dimasukkan
ke dalam sumur (well) bersama dengan pewarna sampel.
5. Pewarna sampel: pewarna fluoresen dan mengikat asam nukleat ditambahkan ke campuran
gel selama persiapan.
6. Sampel standar berat molekul (ladder): Ini dijalankan bersama sampel DNA atau RNA untuk
memberikan referensi ukuran.
Berikut merupakan prinsip dan cara kerja gel elektroforesis (Gambar 4.6):
1. Langkah 1: dalam elektroforesis, elektroda positif ditempatkan di salah satu ujung lapisan gel,
dan anoda negatif di ujung lainnya. Lapisan gel dibentuk dengan sumur (well) kecil di salah
satu ujungnya, di mana fragmen DNA dan campuran reagen dimasukkan dalam sumur
tersebut.

2. Langkah 2: Ketika arus melewati gel, DNA yang bermuatan negatif bergerak melalui pori-pori
dalam gel menuju elektroda positif. Molekul DNA yang lebih kecil bergerak lebih cepat melalui
gel daripada molekul DNA yang lebih besar, menyebabkan pemisahan ukuran.
3. Langkah 3: Perbedaan kecepatan migrasi ini memisahkan fragmen berdasarkan ukuran.
4. Langkah 4: Setelah elektroforesis, DNA divisualisasikan dan muncul sebagai ‘band’ dari
fragmen DNA yang dikelompokkan dengan panjang yang sama. Hanya sejumlah besar DNA
(jutaan salinan) yang dapat divisualisasikan dengan metode ini. Ukuran sampel DNA dapat
diperkirakan dengan membandingkan jarak dengan tangga DNA
Gambar 4.6. Prinsip kerja gel elektroforesis.
C. PRAKTIKUM VIRTUAL PCR

Buka praktikum virtual “Polymerase Chain Reaction”.
Dalam simulasi Polymerase Chain Reaction (PCR) anda akan ke TKP tempat pembunuhan telah
terjadi. Untuk menyelidiki TKP, tugas pertama anda adalah mengumpulkan sampel darah dengan
harapan si pembunuh telah meninggalkan jejak DNA-nya. Setelah pengambilan sampel, anda akan
pergi ke lab untuk mengisolasi dan menganalisis sampel DNA yang anda kumpulkan. Dengan
menggunakan kit PCR, thermocycler, dan DNA yang dimurnikan dari TKP, anda dapat melakukan
percobaan PCR. Animasi 3D akan menampilkan percobaan PCR pada tingkat molekuler,
menggambarkan struktur DNA dan replikasinya. Pertanyaan kuis akan ditanyakan selama proses
eksperimental, serta pada langkah-langkah khusus PCR itu sendiri. Setelah melakukan PCR, anda
akan melakukan visualisasi hasil PCR dengan menggunakan gel electrophoresis untuk DNA profiling.

Melalui interpretasi hasil fragmen-fragmen pada gel, anda dapat menentukan pelaku pembunuhan
tersebut.
Checklist 1 - Pengambilan sampel
Ambil sampel darah dari TKP. Ingat bahwa sebelum anda dapat menggunakan sample, DNA harus
diekstraksi dulu dari sampel darah.
Checklist 3 - Mencampur reagen untuk reaksi PCR
1. Pada workbench 1, gunakan sarung tangan
2. Buka PCR kit, dan ambil tabung PCR
3. Ambil pipet dan tip baru. Dalam tabung PCR, campurkan primer, nukleotida, dan sampel DNA
(purified) dari suspek pelaku di TKP. Ingat untuk mengganti tip setiap kali anda mengambil
reagen baru untuk mencegah kontaminasi. Terakhir, ambil DNA polymerase yang ada dalam
kotak es. Masih ingatkah kenapa kita mencampur enzim pada tahap terakhir persiapan reaksi?
4. Masukkan tabung PCR ke dalam mesin PCR dan tekan “start”
5. Perhatikan animasi tentang proses molekuler yang terjadi dalam tabung reaksi anda, dan
jawablah kuiz.
6. Setelah amplifikasi DNA selesai, keluarkan tabung PCR dari mesin dan letakkan di rak
Checklist 4 - Gunakan metode electrophoresis untuk menganalisis hasil DNA Profile
1. Di hadapan anda terdapat rak PCR yang berisi 5 tabung PCR yang berisi: sampel pelaku dari
TKP, DNA dari 3 suspek utama, dan satu control berupa DNA ladder.
2. Gunakan pipet untuk memasukkan satu per satu isi 5 tabung PCR ke dalam well
elektroforesis. Lalu klik “start”
3. Perhatikan hasil elektroforesis, dan tentukan suspek mana yang memiliki hasil yang mirip
dengan hasil DNA pelaku dari TKP
4. Tentukan pelakunya berdasarkan hasil anda!

PRAKTIKUM BIOKIMIA IV: IMMUNOHEMATOLOGI
TOPIK 1 – IMUNOLOGI
1. Mahasiswa mampu menjelaskan dasar sistem imun sebagai salah satu metode analisis
imunokimia yang dapat digunakan untuk keperluan diagnostik ataupun riset.
2. Mahasiswa mampu menjelaskan reaksi antigen-antibodi dan applikasinya dalam golongan
darah sistem ABO dan rhesus.
3. Mahasiswa mampu mengintegrasikan dan menerapkan prinsip reaksi imun dengan Blok
pembelajaran berbasis kasus-kasus penyakit terkait selanjutnya.
Instruksi Umum:
dibawah ini:
https://youtu.be/lZAykLB2pPg
B. DASAR TEORI
Pendahuluan
Sistem kekebalan merupakan suatu sistem yang melibatkan banyak sel dan molekul dengan satu
tujuan, yaitu: membedakan antara unsur dirinya sendiri (self) dan unsur asing (non self). Terdiri atas 2
strategi: (1) respon kekebalan humoral, (2) respon kekebalan seluler; dan keduanya saling
berhubungan. Unsur respon kekebalan humoral adalah antibodi (imunoglobulin). Sedangkan unsur
kekebalan seluler adalah limfosit T yang membunuh sel yang menunjukkan motif asing pada
permukaannya.
Pendahuluan
Antibodi (imunoglobulin) adalah protein yang disintesis oleh hewan/manusia sebagai respon terhadap
substansi asing. Antibodi ini disekresi oleh sel plasma yaitu sel yang diturunkan dari sel limfosit B (sel
B). Antibodi, juga dikenal sebagai imunoglobulin (Ig), yang merupakan protein besar berbentuk Y yang

dihasilkan oleh sistem kekebalan tubuh untuk mengidentifikasi dan menetralkan zat atau patogen
berbahaya, seperti bakteri atau virus. Tiap antibodi mempunyai afinitas spesifik terhadap
makromolekul asing (antigen/imunogen) yang memicu sintesis antibodi tersebut. Afinitas spesifik suatu
antibodi tidaklah untuk seluruh permukaan antigen tetapi untuk suatu situs khusus yang disebut
determinan antigenik atau epitop. Bagian antibodi yang dapat berikatan dengan epitop antigen disebut
paratop. Antigen adalah molekul atau senyawa yang dapat menyebabkan atau menghasilkan respon
imun (disebut imunogenik) dan dapat bereaksi spesifik dengan antibodi yang mengenalinya (disebut
antigenik).
Sifat saling komplementer antara antigen dan antibodi inilah yang banyak dikembangkan menjadi
metode analisis imunokimia dalam riset maupun laboratorium klinik. Berbagai metode analisis
imunokimia telah dikembangkan untuk tujuan klinis sebagai alat bantu diagnostik dan terapeutik. Dua
di antaranya yang akan dilakukankan pada Praktikum II Biokimia Biomedik II kali ini. Yaitu: reaksi
aglutinasi yang bertujuan untuk menentukan ada-tidaknya hormon hCG dalam urine dan test golongan
darah yang bertujuan untuk memperlihatkan golongan darah yang berbeda-beda menurut sistem ABO.
Antibodi yang digunakan pada metode analisis imunokimia adalah antibodi monoklonal, yaitu antibodi
yang disekresikan oleh sel plasma dari sel limfosit yang berasal dari satu jenis klon sel sehingga hanya
dapat berikatan dengan satu jenis determinant antigenic. Antibodi monoklonal dapat diproduksi secara
in vivo (biasanya dengan menggunakan mencit), dapat pula diproduksi besar-besaran secara in vitro
sehingga dapat digunakan untuk tujuan komersil, misalnya pada pembuatan kit laboratorium. Pada
praktikum ini digunakan antibodi monoklonal anti-hCG untuk pemeriksaan urin wanita hamil dan anti-
A, anti-B, anti-AB untuk pemeriksaan penentuan golongan darah.
Struktur antibodi
Molekul antibodi terdiri dari empat polipeptida; dua rantai berat identik dan dua rantai ringan identik
yang dihubungkan oleh ikatan disulfida. Molekul antibodi berbentuk Y, dengan dua situs pengikatan
antigen di ujung Y. Rantai ringan dan berat keduanya berkontribusi pada situs pengikatan antigen
(antigen binding site = paratope). Area pada antibodi yang mengenali antigen unik disebut domain
variable (Fab) dan terletak di ujung terminal amino. Daerah variabel menunjukkan variasi yang cukup
besar dalam komposisi asam amino. Dasar antibodi terdiri dari domain konstan (Fc) yang terletak di
ujung terminal karboksil.

Gambar 1. Struktur antibodi. Bentuk Y dari suatu antibodi dibedakan menjadi daerah Fab dan Fc.
Daerah Fab berisi domain variabel yang mengikat antigen tertentu. Daerah Fc berisi situs pengikatan
untuk reseptor Fc endogen pada permukaan limfosit, dan juga merupakan tempat pengikatan untuk
antibodi sekunder.
Antigen
Antigen adalah molekul yang mampu mengikat produk respon imun, seperti antibodi. Imunogen
adalah molekul yang mampu mengikat komponen sistem kekebalan dan dengan demikian memicu
respons kekebalan. Oleh karena itu, imunogen harus merupakan antigen, tetapi antigen belum tentu
merupakan imunogen. Epitop yang ada di permukaan antigen memungkinkan pengenalan oleh
antibodi.
Kompleks antibodi-antigen
Kompleks antibodi-antigen adalah interaksi kimiawi antara antibodi dan antigen. Kompleks ini disebut
juga kompleks imun. Interaksi kimiawi terjadi antara epitop pada antigen dan paratope pada antibodi.
Ikatan non-kovalen yang lemah seperti interaksi elektrostatis, gaya Van der Waals, interaksi hidrofobik,
dan ikatan hidrogen terlibat dalam pembentukan kompleks antibodi-antigen.
Gambar 2. Antibodi mengikat antigen yang sesuai pada permukaan pathogen untuk membentuk
kompleks antigen-antibodi.

Antibodi dapat bersifat univalen, bivalen dengan multivalen, yang berarti mereka mengikat satu, dua
atau lebih epitop pada saat yang bersamaan. Kekuatan kompleks ini ditandai oleh dua parameter:
afinitas dan aviditas. Afinitas antibodi mengacu pada kekuatan total interaksi non-kovalen antara
paratop antibodi dan epitop antigen. Aviditas antibodi (atau disebut juga afinitas fungsional) mengacu
pada keseluruhan kekuatan interaksi antibodi multivalen dengan epitopnya.
Gambar 3. IgM yang multivalent memiliki aviditas lebih tinggi dari IgG walaupun afinitasnya rendah.
Dengan kata lain, ini adalah jumlah dari semua afinitas dalam kompleks antibodi-antigen. Aviditas
tinggi dapat mengimbangi afinitas rendah. Misalnya, pentamerik IgM memiliki afinitas yang lebih
rendah daripada IgG, tetapi memiliki aviditas yang lebih tinggi daripada IgG karena sifat multivalennya.
Prinsip antigen-antibodi dalam sistem penggolongan darah
Gambar 4. Sistem pengelompokan darah ABO

Penggolongan darah ABO

Sistem pengelompokan darah yang paling umum adalah pengelompokan darah ABO. Golongan darah
diklasifikasikan tergantung pada ada atau tidaknya antigen A atau B pada sel darah merah. Golongan
darah yang dihasilkan adalah A, B, AB, atau O seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1.
Sistem Penggolongan Rhesus
Selain sistem ABO, sistem penggolongan darah kedua yang paling banyak digunakan adalah sistem
golongan Rhesus (Rh). Status Rh biasanya dilambangkan dengan tanda positif atau negatif setelah
tipe ABO seseorang. Bila positif berarti terdapat faktor Rhesus, atau antigen D pada sel darah merah.
Cara Melakukan Penggolongan Darah ABO dan Rhesus
Menentukan golongan darah seseorang penting dalam kasus transfusi darah atau untuk menguji
potensi inkompatibilitas Rhesus selama kehamilan. Cara umum untuk menentukan golongan darah
seseorang dengan cepat didasarkan pada aglutinasi. Darah dari pasien bercampur dengan antibodi
yang terdapat pada kartu tes khusus yang disebut kartu Eldon. Kartu ini berisi antibodi spesifik
terhadap antigen A (Anti-A) dan B (Anti-B) serta antigen faktor Rhesus (Rh) D (Anti-D). Pada setiap
kartu terdapat area keempat yang dibiarkan kosong dan digunakan sebagai kontrol untuk memastikan
bahwa kit percobaan bekerja dengan benar. Jika darah yang diuji mengandung antigen yang sesuai
dengan antibodi spesifik dalam kartu uji, agglutinasi akan terbentuk.
Aglutinasi
Aglutinasi adalah penggumpalan partikel. Proses aglutinasi sel darah merah disebut hemaglutinasi,
yang terjadi ketika antibodi bereaksi dengan antigen spesifik pada permukaan sel sel darah merah.
Misalnya, jika darah dari donor bergolongan darah A diberikan kepada pasien bergolongan darah B,
antibodi anti-A yang ada pada pasien tersebut akan mengikat antigen A pada sel darah merah donor.
Hal ini menyebabkan aglutinasi atau pembekuan darah di pembuluh darah pasien, yang dapat
mengancam nyawa. Oleh karena itu, sangatlah penting untuk menguji setiap donor dan golongan
darah pasien dengan tes golongan darah sebelum transfusi dilakukan.
Gambar 5. Contoh kartu Eldon atau kartu tes golongan darah lengkap. Tiga bidang melingkar pada
bagian atas kartu diberi label dari kiri ke kanan: Anti-A, Anti-B, dan Anti-D. Tampah bahwa

agglutinasi telah terjadi di bidang Anti-A dan Anti-D, sedangkan pembekuan darah tidak terjadi di
bidang Anti-B. Di bawah lingkaran terisi keterangan pasien seperti nama dan tanggal lahir, serta hasil
golongan darah A positif pada kartu ini.
Transfusi darah
Dalam transfusi darah, sangat penting untuk mencocokkan darah yang didonorkan dengan golongan
darah pasien. Untuk alasan ini, tipe ABO dan status Rhesus (Rh) harus dipertimbangkan saat
mentransfer darah ke pasien. Menerima golongan darah yang salah menyebabkan aglutinasi sel darah
merah dan komplikasi imunologi lainnya. Tabel di bawah ini Anda meringkas jenis darah apa yang
dapat diterima atau di donorkan di antara berbagai jenis golongan darah. Menurut tabel, AB+ adalah
"reseptor universal", karena dapat menerima semua jenis darah dan O- adalah "donor universal",
karena mereka dapat mendonorkan darahnya kepada siapa saja tanpa risiko aglutinasi.
Tabel 1. Transfusi darah berdasarkan penggolongan sistem ABO dan Rhesus
Ketidakcocokan Rhesus (Rhesus Incompatibility)
Ketidakcocokan Rhesus (Rh) adalah suatu kondisi yang terjadi selama kehamilan ketika ibu Rh- dan
bayinya Rh+. Jika anak pertama Rh+, sebagian darah janin dapat kontak dengan darah ibu, terutama
saat melahirkan. Sistem kekebalan ibu mengenali darah janin sebagai benda asing dan mulai
memproduksi antibodi terhadap antigen Rh. Ketidakcocokan Rh menyebabkan masalah pada
kehamilan berikutnya, jika anak Rh+. Antibodi Rh yang diproduksi oleh sistem kekebalan ibu dapat
melewati plasenta dan menyerang sel darah merah bayi. Hal ini menyebabkan anemia hemolitik, di
mana sel darah merah dihancurkan lebih cepat dari kemampuan tubuh untuk meregenerasinya.
Karena sel darah merah membawa oksigen ke seluruh bagian tubuh, jumlah sel darah merah yang
rendah bisa berakibat fatal bagi anak. Kondisi ini juga disebut penyakit hemolitik bayi baru lahir (HDN).
Rho (D) Immune Globulin (Human), atau RhoGAM®, adalah larutan yang mengandung antibodi yang
menempel pada sel darah Rh+. Dalam kasus ini, sistem kekebalan ibu tidak bereaksi terhadap sel
Rh+, dan tidak ada antibodi Rh yang diproduksi oleh ibu. Dosis yang diberikan cukup rendah agar

tidak membahayakan bayi, dan cukup tinggi untuk mencegah sistem kekebalan ibu memproduksi
antibodi terhadap faktor Rh.
C. PRAKTIKUM VIRTUAL ANTIBODI
Buka praktikum virtual “Antibodies”
Perhatikan percakapan antara pasangan suami istri (Joel dan Carmen) dan dokter kandungan tentang
rhesus incompatibility, dan jawablah quiz tentang rhesus incompatibility.
Checklist 1 – Welcome to the antibody lab
Persiapkan diri dan kenakan jas praktikum
Checklist 2 – Membedakan antibody dan antigen
Pelajari dasar teori tentang perbedaan antibody dan antigen yang tampak di meja hologram.
Checklist 3 – Identifikasi struktur antigen dan antibody
1. Perhatikan bentuk Y antibody, dan jenis rantai protein yang ada pada antibody pada hologram.
Perhatikan jenis antibody yang dapat melewati plasenta
2. Pada workbench 2, gunakan laptop untuk mengidentifikasi bagian-bagian antibody. Berikan
label yang sesuai pada gambar antibody.
Checklist 4- Pelajari cara pembentukan kompleks antigen-antibodi
1. Perhatikan perbedaan afinitas dan aviditas.

2. Perhatikan animasi yang menjelaskan tentang proses pembentukan antibody rhesus.
3. Perhatikan jenis ikatan dalam kompleks Ag-Ab: hydrogen, ionic bond, vanderwall,
hydrophobic interaction.
Ckecklist 5 – Prinsip penggolongan darah
1. Pada workbench 2, anda akan melakukan tes penggolongan darah berdasarkan sistem ABO.
2. Gunakan sarung tangan sebelum meng-handle sampel darah.
3. Gunakan pipet untuk melembapkan kartu Eldon dengan air.
4. Pipet satu tetes darah dari Sampel 1 ke masing-masing lingkaran antibody pada kartu Eldon
1. Gunakan stick untuk mencampur antibody dengan sampel darah. Gunakan stick berbeda
untuk tiap lingkaran sampel darah, lalu buang setelah digunakan.
5. Setelah 10 menit, perhatikan ada tidaknya agglutinasi (penggumpalan) pada masing-masing
lingkaran antibody. Perhatikan juga hasil pada Sampel 2, 3, dan 4.
6. Buang sarung tangan yang sudah digunakan.
Checklist 6 – Karakterisasi golongan darah

1. Pada workbench 3, anda memiliki sampel darah dari Carmen (ibu), anak pertamanya, serta
dari anak kedua yang sedang dikandung.
2. Teteskan sampel darah pada masing-masing lingkaran antibody pada kartu Eldon.
3. Perhatikan bagaimana inkompatibilitas rhesus dan inkompatibilitas ABO pada kehamilan.
Checklist 7 – Applikasikan prinsip penggolongan darah pada inkompatibilitas Rhesus
Jawab pertanyaan quiz terkait inkompatibilitas Rhesus.
Checklist 8 – Diskusikan hasil percobaan dengan Joel dan Carmen
Berikan konsultasi kepada Joel dan Carmen tentang hasil pemeriksaan golongan darah rhesus dan
solusi untuk masalah nya.

TOPIK 2 – BIOKIMIA DARAH
3. Mahasiswa mampu aspek biokimia darah dan applikasi klinisinya.

4. Mahasiswa mampu menggunakan mengintegrasikan dan menerapkan aspek biokimia darah
dengan Blok pembelajaran berbasis kasus-kasus penyakit terkait selanjutnya.
Instruksi Umum:
dibawah ini:
https://youtu.be/9GreuuWEKFk
B. PRAKTIKUM MEMBRAN SEL
Hemolisis Eritrosit dengan Pelarut Organik
Tujuan : Memperlihatkan bahwa membran eritrosit dapat mengalami lisis dalam pelarut
organik.
Dasar: seperti halnya sel eukariotik lainnya, membran eritrosit disusun oleh struktur supramolekuler
yang disebut lipid bilayer. Bila eritrosit dimasukkan ke dalam larutan yang mengandung pelarut
organik, maka lipid membran akan larut, sehingga terjadi hemolisis.
Alat dan bahan:
1. Suspensi darah. 6. Alkohol.
2. NaCl 0,9%. 7. Toluene.
3. Kloroform. 8. Tabung reaksi (harus berukuran sama).
4. Eter. 9. Centrifuge.
5. Aseton.
Cara Kerja :
1. Ke dalam 6 tabung reaksi dimasukkan masing-masing 10 ml NaCl 0,9%. Tabung pertama

digunakan sebagai kontrol, dan kelima tabung lainnya tambahkan masing-masing 2 tetes
kloroform, eter, aseton, toluene dan alkohol secara berurutan.

2. Tambahkanlah ke dalam tiap tabung 2 tetes suspensi darah, campur dengan membaliknya
perlahan-lahan, biarkan selama setengah jam (jangan dikocok). Centrifuge selama 10 menit.
Perhatikan warna yang terbentuk pada larutan bagian atas dan bandingkan dengan kontrol.
Hasil percobaan :
Hemolisis
Pelarut
(perhatikan warna dan endapan yang terbentuk)
Kontrol (NaCl 0,9%)
Kloroform
Eter
Aseton
Toluen
Alkohol
Analisis dan kesimpulan:

Pengaruh Larutan Hipertonik dan Hipotonik Pada Membran Eritrosit
Tujuan: memperlihatkan pengaruh larutan hipertonik hipotonik pada membran eritrosit.
Dasar: eritrosit akan mengkerut bila berada dalam larutan hipertonik. Dalam larutan hipotonik, cairan
dari luar sel masuk ke dalam sel sehingga eritrosit akan membengkak dan akhirnya terjadi hemolisis.
Hemoglobin dalam eritrosit akan larut, sehingga memberi warna merah jernih pada larutan.
Alat dan bahan :
1. Suspensi darah.
2. NaCl 2% dan aquades.
Cara Kerja :
1. Ke dalam 10 tabung reaksi buat beberapa konsentrasi larutan NaCl (lihat tabel).
2. Campur dengan baik. Tambahkan 2 tetes suspensi darah ke dalam setiap tabung dan campur
dengan membaliknya perlahan-lahan. Diamkan selama 1 jam. Perhatikan dan catat derajat
hemolisis pada tiap-tiap tabung.
Hasil percobaan :
Hemolisis
No. Volume NaCl Konsentrasi
Volume aquades Perubahan
tabung 2% NaCl (%) Endapan*
warna*
1 0 mL 10 mL
2 1 mL 9 mL
3 2 mL 8 mL
4 2,5 mL 7,5 mL
5 3 mL 7 mL
6 3,5 mL 6,5 mL
7 4 mL 6 mL
8 4,5 mL 5,5 mL
9 5 mL 5 mL
10 5,5 mL 4,5 mL
Catatan: *beri tanda (+) jika ada endapan/ perubahan warna

Analisis dan kesimpulan:

C. PENETAPAN KADAR HEMOGLOBIN DARAH (METODE CYANMETHEMOGLOBIN)
Tujuan: mengukur secara kuantitatif kadar Hb dalam darah dengan metode cyanmethemoglobin.
Dasar: derivat-derivat hemoglobin dalam darah diubah oleh kalium heksasianoferat (III) dan kalium
sianida menjadi sianmethemoglobin (HbCN). Intensitas warna sebanding dengan kadar hemoglobin,
diukur secara fotometrik.
Hb + Fe(CN)63- MetHb
MetHb + KCN MetHbCN
Alat dan bahan:
1. Darah vena.
2. Reagen Drabkin’s (NaHCO3 1000 mg; K3Fe(CN)6 200 mg; KCN 50 mg/1000 ml).
3. Spektrofotometer dan kuvet.
4. Pipet.
5. Tabung reaksi.
Cara kerja:
1. Masukkan dalam tabung reaksi 5 mL reagen Drabkin’s dan 20 µL darah.
2. Bilas pipet dengan campuran pereaksi, campurkan benar-benar. Sesudah 3 menit pindahkan isi
tabung reaksi ke dalam kuvet dan baca absorbans pada panjang gelombang 546 nm.
Perhitungan:
Kadar Hb = absorbans x 36,8 gr/dL
Nilai normal:
- Laki-laki : 14 – 18 gr/dL
- Perempuan : 12 – 16 gr/dL
- Bayi (0 – 4 minggu) : 16 – 25 gr/dL
- Anak (1 bulan – 2 tahun) : 10 – 15 gr/dL
- Anak (2 tahun – 6 tahun) : 11 – 14 gr/dL
- Anak (6 tahun – 12 tahun) : 12 – 16 gr/dL
Hasil Percobaan:
Analisis dan Kesimpulan:

D. PENETAPAN LAJU ENDAP DARAH
Tujuan: mengukur laju endap darah (LED) untuk melihat kecepatan pengendapan sel sel yang terdapat
di dalam darah coba.
Dasar: darah dimasukkan dalam tabung Westergren, dibiarkan mengendap selama 1 jam. Secara
normal, sel darah merah akan mengendap karena densitasnya lebih besar dari plasma dengan laju 0-
10 mm/jam (laki-laki) dan 0-15 mm/jam (perempuan). Pada keadaan inflamasi, LED dapat meningkat
akibat perubahan kadar fibrinogen dan globulin plasma.
Alat dan bahan:
1. Pipet Westegren dan rak.

2. Spoit, kapas alkohol, pipet volume, tabung reaksi.
3. Natrium sitrat 3,8%.
4. Sampel darah 2 mL.
Cara Kerja:
1. Disiapkan tabung tempat darah kemudian diisi dengan 0,5 mL natrium sitrat 3,8%
2. Bersihkan lengan sekitar siku dengan kapas alkohol dan biarkan kering, pilih salah satu vena yang
paling nampak dan lebih besar untuk diambil darahnya, dengan menggunakan spoit sebanyak 2
mL.
3. Kemudian darah dalam spoit tersebut dimasukan ke dalam tabung yang berisi natrium sitrat 3,8%,
dan hemogenesikan.
4. Darah tersebut kemudian dipipet dengan menggunakan pipet Westegren sampai 0 mm.
5. Pasang pipet tersebut pada standar LED secara vertikal (tegak lurus). Jauhkan dari sinar matahari
langsung dan hindarkan dari kemungkinan getaran. Diamkan selama 1 jam dan dibaca tingginya
lapisan plasma dalam mm/jam.
Nilai normal:
Laki-laki = 0-10 mm/jam
Perempuan = 0-15 mm/jam
Hasil Percobaan:

E. PENETAPAN WAKTU PENDARAHAN
Tujuan: menetapkan waktu pendarahan.
Dasar: dibuat luka standard dan dicatat lamanya perdarahan berlangsung.
Alat:
1. Hemolet/ lanset.
2. Kertas saring.
3. Stop watch.
Cara kerja:
1. Bersihkan cuping telinga (jari). Tusuk kulit dengan hemolet, jalankan stopwatch bersamaan dengan
keluarnya darah dari kulit.
2. Isap darah yang keluar dengan kertas saring setiap 30 detik, hati-hati jangan sampai tersentuh kulit.
3. Pada saat tidak lagi ada darah yang diserap oleh kertas saring, hentikan stopwatch. Catat masa
perdarahan yang diperoleh yaitu masa dari saat keluarnya darah sampai berhentinya perdarahan
dengan dengan menghitung jumlah noktah darah yang ada pada kertas saring.
Nilai normal: 1- 3 menit.
Hasil Percobaan:

F. PENETAPAN WAKTU PEMBEKUAN

Tujuan: menetapkan waktu pembekuan.
Dasar: diambil darah vena dan dimasukan ke dalam tabung kemudian dibiarkan membeku. Selang
waktu dari saat pengambilan darah sampai saat darah membeku dicatat sebagai masa pembekuan.
Alat-alat :
1. Tabung reaksi 100x10 mm 3 buah.

2. Stopwatch.
Cara kerja:
1. Siapkan 3 buah tabung reaksi dalam rak tabung. Ambil darah vena (segera jalankan stopwatch
pada saat darah tampak di jarum), tuangkan 1 ml ke dalam setiap tabung.
2. Setelah 3 menit mulailah mengamati ketiga tabung tersebut, angkat tabung lalu miringkan,
perhatikan apakah darah masih bergerak atau diam, lakukan hal ini pada setiap tabung setiap
selang waktu 30 detik sampai terlihat darah dalam tabung tidak bergerak (darah sudah membeku).
3. Catat selang waktu dari saat pengambilan darah sampai darah tidak lagi bergerak sebagai masa
pembekuan.
Nilai Normal: 5- 12 menit
Hasil Percobaan:

REFERENSI
1. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., & Walter, P. (2002). Molecular
biology of the cell. New York: Garland Science.
2. Gardner, Aaron, et al. Labster Virtual Lab Experiments: Basic Biochemistry. Springer
Berlin Heidelberg, 2019.
3. Tim Biokimia FKUH. Penuntun Praktikum Biokimia Biomedik 1 TA 2019/2020. Fakultas
Kedokteran Universitas Hasanuddin.
4. Lehninger, Albert L. et al. Principles of Biochemistry (5th ed.). New York, NY: W.H.
Freeman and Company. ISBN 978-0-7167-7108-1. 2008.
5. Hartwell, L. (1999). Genetics: From genes to genomes. Boston: McGraw-Hill.
6. www.labster.com

Penuntun Praktikum Biokimia Biomedik 1 PDF

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Penuntun Praktikum Biokimia Biomedik 1 PDF

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Untuk Blok Biomedik I

Program Studi Pendidikan Dokter

TIM BIOKIMIA FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS HASANUDDIN

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 1

Makassar, 19 Agustus 2022

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 2

TATA TERTIB PRAKTIKUM BIOKIMIA

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 3

TATA TERTIB PRAKTIKUM BIOKIMIA ...................................................................... 3

PRAKTIKUM BIOKIMIA I: Keselamatan Laboratorium, Larutan Penyangga, dan

Identifikasi Makromolekul ............................................................................................ 5

PRAKTIKUM BIOKIMIA II: Spektrofotometri dan Enzim ........................................... 27

PRAKTIKUM BIOKIMIA III: Biologi Molekuler ........................................................... 53

PRAKTIKUM BIOKIMIA IV: Immunohematologi ....................................................... 65

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 4

PRAKTIKUM BIOKIMIA I: KESELAMATAN LABORATORIUM,

TOPIK 1 – KESELAMATAN LABORATORIUM

Gambar 1. Piktogram bahaya GHS (Globally Harmonized System of Classification and

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 5

Peralatan keamanan dalam laboratorium:

1. Shower keselamatan (safety shower) dan tempat cuci mata.

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 6

Jika terjadi kebakaran di lab, pastikan anda mengikuti langkah-langkah berikut:

C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER: LAB SAFETY

Checklist 1 – Introduction to the virtual lab

Checklist 2 – Identifikasi hazard di laboratorium

Checklist 3 – Identifikasi hazard pada workbench

1. Matikan bunsen burner yang sedang menyala.

Checklist 4 – Bersihkan dan rapikan workbench

1. Gunakan sarung tangan.

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 7

Checklist 5 – Simulasi respon dalam keadaan darurat

Checklist 6 – Peralatan keselamatan

Ckecklist 7 – Dresscode dalam laboratorium

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 8

TOPIK 2 – ASAM DAN BASA SERTA LARUTAN PENYANGGA

Asam kuat dan lemah

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 9

Skala pH dan cara mengukurnya

Ka = ( [H+] [A¯] ) / [HA]

pH = pKa + log [garam] / [asam]

Tabel 1. Beberapa contoh asam lemah dan basa konjugatnya

Asam (donor proton) Basa konjugat (akseptor proton) pKa

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 10

C. PRAKTIKUM VIRTUAL LABSTER: ACIDS AND BASES

Checkpoint 1 – Bersiap untuk kerja di laboratorium

Checkpoint 2 – Skenario pendahuluan

Checkpoint 3 – Menggunakan APD

Gunakan jas lab.

Pada meja hologram, pelajarilah interaksi antara asam/basa dengan air:

Setelah menjawab quiz, berpindahlah ke workbench sebelah kiri dalam laboratorium.

Checkpoint 5 – Lindungi diri anda dari senyawa korosif

© Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin 11

1. Angkat gelas kimia yang berisi larutan.

Checkpoint 7 – Bandingkan antara pH dan OH

Checkpoint 8 – pH dari larutan asam basa yang umum kita temukan

1. Berdasarkan konsentrasi protonnya, tentukan penggolongan asam/basa untuk makanan yang

Buka materi video ajar Praktikum Larutan Penyangga:

Video ajar larutan penyangga https://youtu.be/R8WSk54eHLY

Tujuan percobaan: menentukan pH larutan penyangga menggunakan persamaan Handerson-

Alat dan bahan:

pH meter, tabung reaksi, asam asetat 0,1 N, Natrium asetat 0,1 N.