Bambang F. Suryadi
2
Material Genetik
Material genetik: DNA dan RNA.
DNA adalah komponen utama genom oleh sel prokaryot (tanpa
inti/selaput inti) maupun eukaryot (dengan inti/selaput inti). DNA
juga dimiliki oleh virus.
Pada mahluk hidup RNA merupakan intermediate (perantara) pada
proses sintesa protein. Pada beberapa jenis virus tertentu, RNA
adalah komponen utama genom.
Lokasi DNA pada beberapa sel:
1. Prokaryot (= bakteri) kromosomal (DNA utama) dan ekstra-
kromosomal (= plasmid)
2. Eukaryot (= sel tingkat tinggi) kromosomal (DNA utama), organel (=
mitokondria dan kloroplas) dan ekstra-kromosomal (= plasmid pada
yeast/jamur sel tunggal).
3
Asam Nukleat
4
Asam Nukleat - Contd
Single Strand 5
Struktur DNA - Double Helix
Chargaff dkk dari Univ. of Columbia menemukan bahwa
basa-basa penyusun DNA dari beberapa mahluk hidup
tertentu menunjukkan hubungan matematis: A=T, G=C
dan A+G = T+C implikasi dari suatu pola yang khas.
Wilkin dan Franklin pada 1952 melakukan percobaan
difraksi sinar X pada DNA dan menemukan angka-angka
jarak (0.34 nm, 2.0 nm dan 3.4 nm) indikasi bahwa
DNA berbentuk heliks.
Watson dan Crick (1953) mengusulkan struktur heliks
ganda Hanya struktur ini yang cocok dengan 2 data
sebelumnya.
6
Struktur DNA - Double Helix -
Contd
7
Struktur DNA - Double Helix -
Contd
Watson dan Crick menemukan:
1. Double helix tersusun atas 2 rantai polinukleotida.
2. Basa-basa terdapat di dalam heliks.
3. Basa-basa antar rantai polinukleotida dihubungkan dengan ikatan
hidrogen (G-C: 3; A-T: 2 DNA kaya G-C lebih kuat).
4. Sepuluh pasang basa terdapat pada 1 siklus heliks (1 siklus = 1
lembah dan 1 puncak).
5. Dua rantai penyusun heliks ganda bersifat anti paralel (= memiliki
arah polimerisasi yang berlawanan).
6. Heliks ganda memiliki 2 lekukan (groove), yaitu minor dan mayor.
7. Sebagian besar DNA yang ditemukan bersifat right-handed
(mengarah ke kanan) Ibarat tangga yang melingkar: kompleks
gula-fosfat adalah pegangan yang berada di sisi kanan.
8
Asam Nukleat: RNA
Ada 3 jenis RNA:
mRNA (messenger RNA) single strand, merupakan
intermediate/perantara anatara DNA dengan protein pada proses
sintesa protein.
tRNA (transfer RNA) struktur seperti daun clover
(semanggi???), yang akan mengikat asam amino (charging) untuk
dirangkaikan kemudian.
rRNA (ribosomal RNA) komponen RNA penyusun ribosom
Pada sel eukaryot, mRNA mengalami modifikasi (yang tidak terjadi
pada sel prokaryot) sebelum diterjemahkan menjadi asam amino yang
sesuai.
9
Asam Nukleat: RNA - Contd
10
Asam Nukleat: RNA - Contd
tRNA rRNA 11
Struktur Kromosom
Pada Eukaryot
Kromosom merupakan interaksi antara DNA dengan protein (= nukleosom).
Nukleosom tersusun atas beberapa subunit/Histon:
Histon H1 bertanggung jawab pada stabilitas kompleks DNA-octamer
Histon H2 (H2A dan H2B)
Bersama-sama membetuk oktamer
Histon H3 tempat DNA tergulung struktur bead-
Histon H4 on-the-string
Satu bead (gulungan) bisa menampung 200-600 kb DNA dan satu bead
dengan bead lainnya dipisah oleh DNA linker.
Pada Prokaryot
DNA berinteraksi dengan protein mirip histon yang akan mengikat dan
membentuk (relaxed supercoiled) DNA sedemikian rupa yang akan
meningkatkan efesiensi packaging-nya dalam sel
12
Kromosom (Eukaryot)
13
Kromosom (Prokaryot)
14
Informasi Biologis
Informasi biologis disimpan di dalam sel dalam bentuk gen
segmen DNA dengan batasan tertentu:
Panjang 75 bp s/d 40 kb.
Secara umum urutan dari hulu (upstream) hilir (downstream):
Promotor RBS (Ribosom Binding Site) /SD (Shine-Delgarno)
Start codon Coding region Stop codon Terminator.
Beberapa jenis gen: gen tunggal dan multiple (mis: Operon).
Gen berarti informasi biologis Sumber informasi untuk membuat
protein.
Gen tersusun atas DNA, tapi tidak semua bagian DNA menyusun
gen (tapi sangat berperan dalam ekspresi gen).
15
Ekspresi Gen
Dogma Sentral
Crick (1958) berpendapat bahwa sintesa protein berawal dari DNA,
kemudian diubah menjadi RNA (= transkripsi) dan diterjemahkan
menjadi rangkaian asam amino yang sesuai (= translasi).
Hanya DNA yang dapat memperbanyak molekulnya sendiri.
Perubahan Dogma Sentral
Temin dan Baltimore (1970an) menunjukkan bahwa: Virus dapat
mengubah informasi dari RNA menjadi DNA (reversed transcription)
cDNA.
RNA dapat bereplikasi DS RNA.
16
Dogma Sentral dan
Perubahannya
Replikasi DNA
Replikasi RNA
17
Regenerasi Informasi Genetik:
Replikasi DNA
18
Ekspresi Gen
Kunci ekspresi semua informasi biologis adalah sintesa protein, yang
menghaslkan semua protein fungsional, meliputi:
1. Protein struktural membentuk framework mahluk hidup.
2. Protein kontraktil alat gerak.
3. Protein enzim katalis reaksi biokimia dalam sel/tubuh.
4. Protein transport pembawa molekul penting dalam sel/tubuh.
5. Protein regulator kontrol dan koordinasi reaksi biokimia dalam
sel/tubuh.
6. Protein protektif perlindungan terhadap infeksi.
7. Protein penyimpan menyimpan molekul senyawa penting untuk
kehidupan sel/mahluk hidup.
19
Sintesa Protein
20
21
Replikasi DNA
22
Komponen Replikasi DNA (1)
Replikasi diawali dengan pembukaan heliks ganda yang dimulai dari suatu
daerah/posisi yang disebut titik Ori (Origin of Replication). Replikasi diakhiri
pada titik Ter (Terminus).
Titik Ori berupa urutan DNA oligomer (tersusun masing-masing oleh 13
nukleotida) kaya A-T (menyebabkan utas ganda DNA mudah terlepas), yang
bagian hilirnya terdapat daerah pengikatan untuk enzim-enzim yang
betanggung jawab pada pembukaan heliks (topoisomerase, girase dan
helikase).
Pada E. coli diketahui sekuens Ori: 5- GATCTNTTNTTTT -3; dan sekuens
Ter: 5- AATTAGTATGTTGT -3
Pada sel prokaryot, titik Ori dan Ter (= Replikon) terdapat sepasang (1 Ori dan
1 Ter). Replikasi berjalan/bergerak dari satu tempat hingga seluruh genom
terreplikasi struktur (theta).
Pada sel eukaryot, titik Ori dan Ter tersebar di seluruh genom, sehingga
replikasi bisa berjalan bersamaan pada beberapa titik gelembung replikasi.
23
Berbagai Mode Replikasi DNA
Replication Bubbles
Model 24
Komponen Replikasi DNA (2)
26
Mekanisme Replikasi DNA (1)
1. Replikasi berawal dari posisi tertentu, yaitu di dekat titik Ori (origin of
replication)
2. Diikuti unwinding struktur heliks ganda:
Topoisomerase-girase Helikase
dhDNA dsDNA ssDNA.
3. ssDNA akan membentuk struktur garpu (= garpu replikasi), terbagi atas:
Leading strand (utas DNA baru/anakan berpolimerisasi menuju ke arah
pangkal garpu) dan Lagging strand (utas DNA baru/anakan menuju ke
luar/ujung garpu.
Utas DNA yang telah terpisah akan distabilkan oleh SSB (single-strand
binding protein), sehingga tidak terrenaturasi (bergabung kembali)
4. Sintesis DNA dimulai pada kedua utas garpu. Sintesis dimulai dari primer
RNA (produk enzim RNA primase) dengan arah 5 3 dikatalis oleh DNA
Polimerase
27
28
Mekanisme Replikasi DNA (2)
5. Konsekuesi: terdapat fragmen yang utuh dan fragmen yang putus-
putus/diskontinue (= fragmen Okazaki).
Fragmen utuh terjadi karena polimerisasi searah dengan arah
pembukaan garpu, fragmen Okazaki terjadi karena polimerisasi
berlawanan arah dengan arah pembukaan garpu).
6. Nasib fragmen okazaki: Proof reading dan gap filling fragmen
diskontinue oleh DNA Pol I dan penyambungan gap (daerah
kosong antar fragmen) oleh enzim Ligase.
7. Dua utas DNA yang baru terbentuk akan digabung (winding)
dengan utas lama/induk menghasilkan 2 pasang DNA
heliks ganda yang identik.
29
30
31
Modifikasi Pasca Replikasi
32
Faktor yang Mempengaruhi
Replikasi dan Sintesa Protein -
Antibiotik
33
SINTESIS PROTEIN
34
Sintesa Protein: Introduksi
Sintesa protein (beserta kontrol/regulasinya) inti dari ekspresi gen.
= Penterjemahan informasi yang tersimpan dalam gen (dalam bentuk
susunan nukleotida) menjadi bahan yang siap digunakan dalam
sel/mahluk hidup (= protein).
Dihipothesiskan (dan dibuktikan kemudian) dengan dogma sentral
(1958):
Transkripsi Translasi
DNA RNA Protein
Protein yang dibentuk tidak dapat digunakan langsung oleh sel, tapi
harus mengalami modifikasi lebih lanjut agar memiliki fungsi biologis
(modifikasi pasca translasi) pada sel prokaryot dan eukaryot.
Selain modifikasi, protein juga melalui tahapan eksport (keluar dari sel)
untuk bisa difungsikan pada sel eukaryot.
35
36
GEN = Informasi kehidupan
5 3
37
RNA Polymerase
DNA-Dependent RNA Polymerase Enzim bekerja pada proses
transkripsi.
Fungsi: Mengkatalis perubahan DNA RNA.
Pada sel prokaryotik hanya ada 1 jenis RNA Polymerase, tersusun
atas: 2 , , (= enzim inti, 380 kDa) dan (keseluruhan =
holoenzim, 450 kDa).
Pada sel eukaryot ada 3 jenis RNA Polymerase (RNA Pol I, II, III)
RNA Pol III yang berfungsi dalam transkripsi/sintesis protein. BM lebih
tinggi dan struktur lebih kompleks daripada RNA Pol sel prokaryot.
RNA Pol membaca DNA template dengan arah 3 5 dan sintesis
mRNA terjadi dengan arah 5 3 (sama seperti DNA).
Utas DNA yang menjadi template (= komplemen/pasangan) disebut
utas cetakan/utas antisense/utas (-), utas DNA yang sama dengan
mRNA disebut utas pengkode (coding)/utas sense.
38
39
Mekanisme Transkripsi (1)
Transkripsi dibagi menjadi 3 bagian proses: Inisiasi, elongasi dan
terminasi.
Inisiasi
Terjadi pengenalan promoter (= urutan DNA tertentu yang dikenali
RNA Pol sebagai titik awal kerja RNA Pol pada DNA untuk memulai
transkripsi).
Promoter prokaryot: posisi -35 dan -10
-35 - 5-TTGACA-3
-10 - 5-TATAAT-3 (Pribnows box/TATA box)
Promoter eukaryot: posisi -75 dan -25
-75 - 5-GGNNCAATCT-3/ (N = A/T/G/C)
-25 - 5-TATAAAT-3 (Hogness box)
40
41
Mekanisme Transkripsi (2)
Peristiwa pada inisiasi:
Breakage posisi pengenalan (-35/-75)
Melting posisi pembukaan (-10/-25)
Closed Promoter Complex Kompleks sebelum melakukan melting.
Promoter dikenali oleh subunit (sigma) RNA Pol tanpa subunit ,
enzim inti tetap bisa mengikat DNA tetapi pada posisi yang acak.
Open Promoter Complex Kompleks pada saat melakukan melting.
Setelah promoter dikenali, DNA akan dibuka dan subunit akan
terlepas dari holoenzim (enzim inti aktif). Sintesis mRNA kemudian
akan dimulai dari posisi +1 dan +2.
Elongasi
Pada saat elongasi terjadi perpanjangan/polimerisasi rantai mRNA
dengan arah 5 3. Pada saat elongasi hanya sebagian saja utas DNA
yang dibuka untuk ditranskripsi (bagian yang telah selesai direplikasi
ditutup kembali)
42
43
Mekanisme Transkripsi (3)
Terminasi
Akhir terminasi ditandai dengan urutan DNA tertentu yang dapat
membentuk hairpin loop, yang dibentuk dari sekuens inverted repeat
(urutan DNA yang berulang secara terbalik).
Selain hairpin loop, terdapat protein tertentu yang mempengaruhi RNA
Pol untuk mengakhiri transkripsi faktor (rho), bm = 55 kDa.
Faktor berasosiasi mRNA produk. Bila RNA Pol mencapai terminator
lemah, faktor akan membuat RNA Pol terlepas dari DNA template.
Setelah mRNA lengkap, subunit-subunit RNA Pol akan terdisosiasi dan
siap melakukan transkripsi di tempat yang sama atau di gen yang lain
44
45
RNA Processing (1)
Pada sel prokaryot, RNA processing tidak terjadi (atau sangat jarang
terjadi) dan mRNA hasil transkripsi langsung ditranslasi menjadi asam
amino.
Pada sel eukaryot, mRNA tidak bisa langsung digunakan/ditranslasi.
Hasil transkripsi (= prekursor/calon mRNA) harus melalui beberapa
proses untuk bisa ditranslasi.
RNA Processing meliputi:
1. RNA Splicing (= pemisahan intron dari exon). Intron (= bagian yang
tidak diterjemahkan menjadi asam amino) dipisahkan dari exon (=
bagian yang diterjemahkan menjadi asam amino).
Splicing dilakukan oleh protein kompleks protein splisome, yang
memotong intron pada posisi tertentu dan mengeluarkannya dari
prekursor mRNA.
46
Struktur Gen pada
Prokaryot dan Eukaryot
Start Stop
Start Stop
Struktur gen eukaryot = polisistronik
47
48
RNA Processing (2)
2. RNA Capping dan Tailing (= penambahan tudung dan ekor).
Penambahan gugus 7-metilguanilat (m7G) pada ujung 5 (=
cap/tudung) dan penambahan 100-250 basa nukleotida
Adenin/Poli A pada ujung 3 (= tail/ekor).
Capping dan tailing berfungsi sebagai pelindung mRNA dari serangan
nuklease yang terdapat pada bagian sitosol sel eukaryot.
Setelah RNA processing selesai dilakukan, mRNA akan diekspor
keluar dari nukleus untuk selanjutnya ditranslasi dan dimodifikasi lebih
lanjut.
Translasi pada sel eukaryot dilakukan oleh ribosom yang melekat pada
retikulum endoplasma (=RER/Rough Endoplasmic Reticulum), diikuti
dengan modifikasi pascatranslasi di retikulum endoplasma dan
kompleks golgi.
49
50
51
tRNA dan rRNA (1)
tRNA (= transfer RNA)
Merupakan produk dari gen tRNA, berfungsi mentransfer kode
mRNA dalam asam amino.
Berukuran 74-95 nukleotida.
Berbentuk clover leaf (daun ???), terbentuk dari pasangan
nukeotida yang tersusun atas:
Lengan acceptor tersusun dari perpasangan beberapa basa
dari ujung 5 dan 3, yang menjadi tempat melekatnya asam
amino.
Lengan D/DHU (=dihidrourasil) berisi pirimidin dihidrourasil.
Lengan antikodon bagian yang berpasangan dengan mRNA
template.
52
tRNA dan rRNA (2)
Lengan variabel Bagian yang nukleotidanya paling variabel/
bervariasi.
Lengan TC Bagian yang tersusun atas nukleotida T,
(psi/pseudourasil) dan C.
rRNA
rRNA bersama protein lain menyusun ribosom, yang bersama-
sama dengan tRNA mengkatalis proses sintesis polipeptida.
Pada sel prokaryot: rRNA 23S dan 5S (serta 31 polipeptida)
menyusun ribosom subunit besar (50S), sedangkan rRNA 16S
(dan 21 polipeptida) menyusun ribosom subunit kecil (30S)
Pada sel eukaryot: rRNA 28S, 5.8S dan 5S (serta 49 polipeptida)
menyusun ribosom subunit besar (60S) dan rRNA 18S (dan 33
polipeptida) menyusun subunit kecil (40S).
53
54
55
Kode Genetik
Sifat-sifat kode genetik:
Kode genetik bersifat degenerate (memiliki lebih dari 1 pasangan
triplet), kecuali methionin dan triptofan. Misal: GGA, GGU, GGG
dan GGC mengkode glisin.
Terdapat kode genetik yang tidak menyandikan asam amino: UAA,
UGA dan UAG menyandikan terminasi translasi.
Kode genetik tidak bersifat universal. Mis: AGA dan AGG
Arginin (umum) atau stop/terminasi (mitokondria pada sel
mammalia).
56
57
Translasi (1)
Translasi merupakan proses akhir dari sintesa protein, terbagi atas:
pratranslasi, inisiasi, elongasi dan terminasi.
1. Pratranslasi
Aktivasi tRNA/aminoasilasi berupa pemuatan (charging) asam amino
pada lengan acceptor tRNA yang dikatalis oleh enzim Aminoasil-tRNA
sintetase. Fungsi enzim:
Mengkatalis ikatan kovalen antara gugus karboksil asam amino
dengan ujung 3-OH lengan acceptor tRNA.
Memastikan spesifisitas perpasangan asam amnio dengan tRNA
yang berkesesuaian.
58
59
Translasi (2)
2. Inisiasi
Dimulai dengan menempelnya ribosom subunit kecil pada molekul
mRNA pada posisi spesifik yang dinamakan Ribosom Binding Site/
urutan Shine-Dalgarno: 5 - AGGAGGU - 3 (terdapat variasi pada
beberapa spesies), berjarak 10 basa dari AUG pertama (kodon start).
Kompleks inisiasi (kompleks mRNA-ribosom subunit kecil-tRNA-f-met):
Ketika mencapai AUG, tRNA yang membawa Methionin (f-met pada
prokaryot) berpasangan dengan AUG yang ditempati oleh ribosom
subunit kecil. Perpasangan pertama dengan f-met berfungsi menjaga
agar perpanjangan asam amino terjadi dengan arah amino
karboksil.
Faktor inisiasi: Beberapa protein bertanggung jawab pada perlekatan
ribosom dan tRNA pada mRNA. Pada bakteri dikenal sebagai protein
IF1, IF2 dan IF3. Pada eukaryot lebih kompleks: 9 protein IF.
60
61
Translasi (3)
3. Elongasi
Setelah kompleks inisiasi terbentuk, ribosom subunit besar bergabung dengan subunit
kecil dan diikuti oleh beberapa kejadian:
Perpasangan tRNA-Asam amino baru tRNA (yang bermuatan asam amino) baru
memasuki situs A (amino).
Perpasangan tRNA baru memerlukan kompleks protein faktor elongasi (EF)
untuk memastikan perpasangan terjadi dengan benar.
Pembentukan ikatan peptida antara asam amino baru dengan asam amino yang
sudah masuk lebih dulu/hulu pembentukan ikatan peptida antara asam amino
terdahulu dengan yang baru masuk.
Enzim yang terlibat: Peptidil transferase.
Translokasi Ribosom bergerak ke kodon baru, situs P terisi tRNA-asam amino
terdahulu dan situs A kosong (siap menerima tRNA-asam amino baru). Juga terjadi
pemutusan ikatan antara tRNA-asam amino pada posisi yang paling hulu.
Enzim yang terlibat: tRNA deasilase.
62
63
Translasi (4)
4. Terminasi
Terminasi terjadi ketika ribosom membaca kodon: UAA atau UAG atau
UGA (= kodon stop), karena tidak ada antikodon yang berpasangan
dengan kodon terminasi.
Terminasi diikuti dengan disosiasi kompleks ribosom dan dibantu
dengan beberapa protein RF (Releasing Factor).
64
Poliribosom (Polisom)
66
67
68
69
Wassalam!