Ada asam amino yang hidrofob (seperti glisin dan alanin), hidrofil (contohnya tirosin, lisin,
dan asam glutamat), ada yang bersifat asam (asam glutamat), bersifat basa (lisin), dan ada
pula yang mengandung belerang (sistein) atau cincin aromatik (tirosin). Gugus R asam
amino tersebut sangat berperan dalam menentukan struktur, kelarutan, serta fungsi
biologis dari protein.
Sifat-sifat Asam Amino
a. Berdasarkan Pembentuknya
1. Asam amino esensial yaitu asam amino yang tidak dapat dibuat dalam tubuh.
Asam amino ini berjumlah sepuluh, yaitu valin, leusin, isoleusin, treonin, lisin,
metionin, fenilalanin, triptofan, histidin, dan arginin.
2. Asam amino nonesensial yaitu asam amino yang dapat dibuat dalam tubuh.
Asam amino ini antara lain glisin, alanin, serin, asam glutamat, tirosin, sistein, dan
prolin
b. Berdasarkan Strukturnya
Asam amino dibagi dalam tujuh kelompok, yaitu asam amino dengan rantai
samping yang:
1. Merupakan rantai karbon yang alifatik
2. Mengandung gugus hidroksil
3. Mengandung atom belerang
4. Mengandung gugus asam atau amidanya
5. Mengandung gugus basa
6. Mengandung cincin aromatik
7. Membentuk ikatan dengan atom N pada gugus amino
Peptida
a. Tata Nama
Nama peptida diberikan berdasarkan atas jenis asam amino yang
membentuknya. Asam amino yang gugus karboksilnya bereaksi dengan gugus
–NH2 diberi akhiran –il pada namanya, sedangkan urutan penamaan
didasarkan pada urutan asam amino, dimulai dari asam amino ujung yang
masih mempunyai gugus –NH2.
b. Sifat Peptida
Sifat peptida ditentukan oleh gugus –NH2, gugus –COOH, dan gugus R. Sifat
asam dan basa ditentukan oleh gugus –COOH dan –NH2, namun pada peptida
rantai panjang, gugus –COOH dan –NH2 tidak lagi berpengaruh. Suatu peptida
juga mempunyai titik isoelektrik seperti pada asam amino.
c. Analisis dan Sintesis Peptida
Untuk memperoleh informasi tentang peptida tidak cukup dengan mengetahui
jenis dan banyaknya molekul asam amino yang membentuk peptida, tetapi
diperlukan keterangan tentang urutan asam- asam amino dalam molekul
peptida. Salah satu cara untuk menentukan urutan asam amino ialah degradasi
Edman yang terdiri atas dua tahap reaksi, yaitu reaksi pertama ialah reaksi
antara peptida dengan fenilisotiosianat dan reaksi kedua ialah pemisahan asam
amino ujung yang telah bereaksi dengan fenilisotiosianat. Cara lain adalah
sintesis fasa padat.
2. Sifat-sifat Protein
a. Ionisasi
Yaitu apabila protein larut di dalam air akan membentuk ion positif dan ion
negatif.
b. Denaturasi
Proses perubahan konfigurasi susunan molekul dari protein. Perubahan
konfigurasi tersebut kemudian merubah struktur baik itu sekunder, tersier dan
kuarter protein. Namun perlu digarisbawahi, perubahan susunan tersebut sama
sekali tidak merubah susunan ikatan peptide dari protein. Sifat denaturasi
protein ini bisa terjadi karena beberapa hal di antaranya suhu panas yang
memutuskan ikatan hidrogennya, adanya asam basa yang memutus jembatan
garam pada struktur tersier senyawa protein, adanya logam berat yang
kemudian membentuk protein logam yang tidak bisa dilarutkan.
c. Viskositas
Yaitu tahanan yang timbul oleh adanya gesekan antara molekul di dalam zat cair
yang mengalir.
d. Kristalisasi
Yaitu proses yang sering dilakukan dengan jalan penambahan garam
ammonium sulfat atau NaCl pada larutan dengan pengaturan pH pada titik
isoelektriknya.
e. Sistem koloid
Yaitu sistem yang heterogen terdiri atas dua fase yaitu partikel kecil yang
terdispersi dari medium pendispersi atau pelarutnya.
3. Struktur Protein
a. Struktur Pimer
Berupa satu rantai polipeptida yang merupakan rangkaian
asam amino dengan urutan tertentu. Susunan ini menentukan
sifat dasar dari berbagai protein dan secara umum menentukan
bentuk struktur sekunder dan tersier.
b. Struktur Sekunder
Struktur sekunder pada protein berupa susunan dari dua atau lebih struktur
primer, yang dapat terbentuk heliks (alpha heliks) dan lembaran (beta sheet).
Struktur sekunder terjadi karena adanya gaya dispersi atau ikatan hidrogen.
c. Struktur Tersier
Struktur tersier pada protein terbentuk dari gabungan beberapa macam struktur
sekunder yang berbeda membentuk lipatan atau gulungan. Hal ini terjadi
kerena adanya ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan ikatan
disulfida.
d. Struktur Kuartener
Struktur ini melibatkan beberapa
polipeptida dalam membentuk
suatu protein, maka disebut struktur
kuartener. Pada umumnya ikatan-
ikatan yang terjadi sampai
terbentuknya protein sama dengan
ikatan-ikatan yang terjadi pada
struktur tersier.
4. Klasifikasi Protein
a. Berdasarkan Komposisi Kimia
1. Protein Sederhana
Protein yang hanya terdiri dari asam amino dan tidak ada gugus kimia lain.
Contoh: enzim ribonuklease.
2. Protein Konjugasi
Senyawa yang terdiri dari serangkaian asam amino yang membentuk
protein sederhana yang terikat pada bagian nonprotein (gugus prostetik).