Fisiologi Mikroorganisme
Fisiologi Mikroorganisme
Dosen Pembimbing:
Dr. Samingan, M.Si
Oleh:
Maizura Fauzie
Yennita Yuliani
Rahmiati
Fungsi
metabolisme
merakit molekul
yang lebih kecil
melepaskan energi
dalam bentuk ATP
menjadi
atau panas, makromolekul yang
lebih besar yang
dibutuhkan se
Proses yang menghasilkan sintesis
Anabolisme
molekul dan struktur sel
Metabolisme
Reaksi katabolik bersifat degradatif;
mereka memecah ikatan molekul
Katabolisme yang lebih besar menjadi molekul
yang lebih kecil, dan seringkali
melepaskan energi.
Enzim (mengkatalisasi reaksi kimia)
Karakteristik Enzim
Sebagian besar terdiri dari protein,
Hanya mengubah kecepatan reaksi tanpa ikut bereaksi
Bekerja secara bolak balik, Reaksi-reaksi yang dikendalikan enzim dapat
berbalik, artinya enzim tidak menentukan arah reaksi tetapi hanya
mempercepat laju reaksi sehingga tercapai keseimbangan
Non protein
Struktur Enzim
Hanya
Sederhana mengandung
molekul protein
Apoenzymes: Specificity and the Active Site
Enzyme-Substrate Interactions
• Agar reaksi berlangsung, penyatuan enzim-substrat
sementara harus terjadi di lokasi aktif.
Kemungkinan enzim tersebut benar-benar membantu
substrat bergerak ke situs aktif melalui sedikit perubahan
bentuk
2.
1. energi memancark 4. energi 6. energi
3. energi 5. energi
panas an energi mekanik kimia hadir
listrik dari atom dari
(panas) dari (gelombang) dari dalam
aliran reaksi dalam
gerak dari cahaya perubahan ikatan
elektron, inti atom,
molekul, tampak atau posisi fisik, molekul.
sinar lain,
Jalur Bioenergi
Jalur biokimia selantara bakteri dan ragi, diikuti oleh dengan sel-sel
hewan dan tumbuhan, jelas menunjukkan kesamaan metabolisme dan
sangat mendukung konsep universalitas metabolisme. Studi tentang
produksi dan penggunaan energi oleh sel disebut bioenergetik,
termasuk rute katabolik yang menurunkan nutrisi dan rute anabolik
yang terlibat dalam sintesis sel. Meskipun jalur ini saling terkait dan
saling tergantung, jalur anabolik bukan hanya pembalikan jalur
katabolik. Pada pandangan pertama mungkin tampak lebih ekonomis
untuk menggunakan jalur yang identik, tetapi memiliki enzim yang
berbeda dan jalur yang dibagi memungkinkan anabolisme dan
katabolisme untuk berjalan secara bersamaan tanpa gangguan. Untuk
mempermudah, kami akan memfokuskan diskusi kami pada jalur
katabolik paling umum yang akan menggambarkan prinsip-prinsip
umum jalur lain juga.
Katabolisme: Gambaran umum
kerusakan nutrisi dan pelepasan energi
Bahan bakar utama Katabolisme (seperti glukosa) yang
menghasilkan pelepasan energi di banyak organisme
dihasilkan melalui serangkaian tiga jalur berpasangan:
glikolisis (glik-kol_-ih-
sis), juga disebut jalur
Rantai pernapasan
siklus asam tricarboxylic (transpor elektron dan
EmbdenMeyerhof-Parnas
(TCA), juga dikenal fosforilasi oksidatif).
(EMP);
sebagai siklus asam
sitrat atau Krebs
Strategi Energi dalam
Mikroorganisme
• Respirasi aerobik adalah serangkaian reaksi
(glikolisis, siklus TCA, dan rantai pernapasan)
yang mengubah glukosa menjadi CO dan
mengeluarkan energi
Respirasi aerobik adalah karakteristik dari banyak bakteri,
jamur, protozoa, dan hewan, dan inilah sistem yang akan
kami tekankan di sini. Anaerob fakultatif dan aerotolerant
hanya dapat menggunakan skema glikolisis untuk
mengoksidasi atau memfermentasi glukosa secara tidak
lengkap. Dalam hal ini, oksigen tidak diperlukan, senyawa
organik adalah akseptor elektron akhir, dan jumlah ATP
yang relatif kecil dihasilkan. Sementara pertumbuhan
bakteri aerob biasanya dibatasi oleh ketersediaan substrat,
pertumbuhan anaerob kemungkinan akan terhenti ketika
akseptor elektron terakhir habis. Beberapa
mikroorganisme anaerob yang ketat memetabolisme
melalui respirasi anaerob. Sistem ini melibatkan tiga jalur
yang sama dengan respirasi aerobik. tetapi tidak
menggunakan oksigen molekuler sebagai akseptor
elektron terakhir tetapi sebaliknya, NO3_, SO42_, CO33_,
dan lainnya digunakan sebagai akseptor elektron terakhir
Respirasi Aerob
• Serangkaian reaksi yang dikatalisis oleh enzim
di mana elektron ditransfer dari molekul bahan
bakar seperti glukosa ke oksigen sebagai
akseptor elektron akhir.
• Jalur ini adalah skema penghasil energi utama
untuk heterotrof aerobik, dan menyediakan ATP
dan intermediet metabolik untuk banyak jalur
lain dalam sel, termasuk yang dari sintesis
protein, lipid, dan karbohidrat.
Glikosis
• Suatu proses yang disebut glikolisis secara
enzimatik mengubah glukosa melalui beberapa
langkah menjadi asam piruvat
• Langkah-langkah dalam Jalur Glikolitik
Glikolisis, atau jalur EMP, berlangsung bersama
sembilan langkah linier, dimulai dengan glukosa
dan berakhir dengan asam piruvat. Bagian
pertama glikolisis melibatkan aktivasi substrat,
dan langkah-langkah berikut melibatkan reaksi
oksidasi dari fragmen glukosa, sintesis ATP, dan
pembentukan asam piruvat
1
Glukosa difosforilasi
melalui ATP yang
bekerja dengan enzim
hexokinase. Produknya
adalah glukosa-6fosfat.
(Bilangan dalam nama
kimia mengacu pada
posisi fosfat pada
kerangka karbon.) Ini
adalah cara "priming"
sistem dan menjaga
glukosa di dalam sel.
2
Glukosa-6-fosfat
dikonversi menjadi
isomernya, fruktosa6-
fosfat, oleh
fosfoglukoisomerase
3
ATP lain dihabiskan
untuk memfosforilasi
karbon pertama
fruktosa-6-fosfat, yang
menghasilkan fruktosa-
1,6difosfat.
4
Sekarang diaktifkan dua
kali lipat, fruktosa-1,6-
difosfat dibagi menjadi
dua fragmen 3-karbon:
gliseraldehida-3-fosfat (G-
3-P) dan dihidroksiaseton
fosfat (DHAP). Molekul-
molekul ini adalah isomer,
dan DHAP secara
enzimatis dikonversi ke G-
3-P, yang merupakan
bentuk yang lebih reaktif
untuk reaksi selanjutnya.
•Setiap molekul gliseraldehida-3-fosfat menjadi terlibat dalam reaksi reduksi oksidasi tunggal glikolisis, suatu reaksi yang menentukan adegan untuk sintesis ATP. Dua reaksi terj
5
Setiap molekul gliseraldehida-3-
fosfat menjadi terlibat dalam reaksi
reduksi oksidasi tunggal glikolisis,
suatu reaksi yang menentukan adegan
untuk sintesis ATP. Dua reaksi terjadi
secara bersamaan dan dikatalisis oleh
enzim yang sama, yang disebut
glyceraldehyde-3phosphate
dehydrogenase. Koenzim NAD
mengambil hidrogen dari G-3-P,
membentuk NADH. Langkah ini
disertai dengan penambahan fosfat
anorganik (PO5 Dihydroxyacetone
phosphate (DHAP) 4PO43_) untuk
membentuk ikatan yang tidak stabil
pada karbon ketiga dari substrat G-3-
P. Produk dari reaksi ini adalah asam
diphosphoglyceric.
•Setiap molekul gliseraldehida-3-fosfat menjadi terlibat dalam reaksi reduksi oksidasi tunggal glikolisis, suatu reaksi yang menentukan adegan untuk sintesis ATP. Dua reaksi terj
6
Salah satu fosfat berenergi
tinggi dari asam
difosogliserat
disumbangkan ke ADP
melalui fosforilasi tingkat-
substrat yang
menghasilkan molekul
ATP. Produk dari reaksi
ini adalah asam 3-
fosfogliserat
•Setiap molekul gliseraldehida-3-fosfat menjadi terlibat dalam reaksi reduksi oksidasi tunggal glikolisis, suatu reaksi yang menentukan adegan untuk sintesis ATP. Dua reaksi terj
7 &8
Selama fase ini, substrat untuk
sintesis ATP kedua diproduksi
dalam dua substeps. Pertama,
asam 3-fosfogliserat dikonversi
menjadi asam 2-fosfogliserat
melalui pergeseran fosfat dari
karbon ketiga ke karbon kedua.
Kemudian, penghilangan
molekul air dari asam 2-
fosfogliserat menghasilkan
asam phosphoenolpyruvic dan
menghasilkan fosfat berenergi
tinggi lainnya.
•Setiap molekul gliseraldehida-3-fosfat menjadi terlibat dalam reaksi reduksi oksidasi tunggal glikolisis, suatu reaksi yang menentukan adegan untuk sintesis ATP. Dua reaksi terj
9
Dalam reaksi akhir
glikolisis, asam
fosfoenolpiruvat
melepaskan fosfat
berenergi tinggi untuk
membentuk ATP kedua,
lagi-lagi melalui
fosforilasi tingkat-
substrat. Reaksi ini,
dikatalisis oleh piruvat
kinase, juga menghasilkan
asam piruvat (piruvat),
senyawa dengan banyak
peran dalam
metabolisme.
Asam Piruvat
Dalam organisme aerobik
yang ketat dan beberapa
anaerob, asam piruvat
memasuki siklus TCA untuk
pemrosesan lebih lanjut dan
pelepasan energi. Anaerob
fakultatif dapat mengadopsi
metabolisme fermentasi, di
mana asam piruvat
selanjutnya direduksi
menjadi asam atau produk
lainnya
Siklus Asam Tricarboxylic
1
pembentukan ATP. Produk dari reaksi ini adalah asam suksinat
(suksinat; 4C).
2
membran sel bakteri dan krista mitokondria sel eukariotik. FADH kemudian
langsung memasuki sistem transpor elektron. Asam fumarat (fumarat; 4C)
adalah produk dari reaksi ini.
• Penambahan air ke asam fumarat (disebut hidrasi)
menghasilkan asam malat (malat; 4C). Ini adalah
salah satu dari sedikit reaksi dalam pernapasan yang
3 secara langsung memasukkan air.
GAMBAR 8.25.
Produk-produk
lain dari
fermentasi
piruvat dan
bakteri yang
terlibat dalam
produksinya
Fermentasi asam campuran menghasilkan kombinasi
asam asetat, laktat, suksinat, dan asam format, dan
menurunkan pH medium menjadi sekitar 4,0.