PERCOBAAN 8

BIOINFORMATIKA
Lailatul Izzah Maghfiroh 24030117120035
Diah Ayu Safitri 24030117120037
Ema Cahyaningrum 24030117120038
Setiya Rahayu 24030117120039
Anita Zulfa Nurhidayatin 24030117120040

Asisten : Fina Fatimatuz Zahro

Tujuan Percobaan

– Mengolah data urutan nukleotida gen 16s rRNA dengan

metode filogenetik : Neighbor Joining, Maximum Likeli-
hood, dan Maximum Parsimony.
– Menentukan hubungan kekerabatan antar organisme
(bakteri) melalui konstruksi pohon filogeni.
Prinsip dan metode

•Pemasukan (input) data berupa urutan atau

sekuel DNA (nukleotida) dan penerjemahan
Prinsip kode-kode genetic yang berfungsi untuk
memahami susunan asam amino dalam
sekuen DNA-nya.

•Blast-n (Basic Local Aligment-Nucleotide)

Metode
•Bootsrap
Alat dan bahan

•Laptop
Alat •Koneksi internet atau jaringan internet

•Gen 16S rRNA sampel bakteri

•Software Notepad ++
Bahan •Software MEGA
•Software BioEdit
Langkah Kerja
■ 1. Mencari gen 16S-rRNA sampel

Ketik “16S rRNA

Buka web Pilih menu Pseudomonas
ncbi.nlm.nih.gov “nucleotide” alIcaligenes” pada laman
pencarian

Paste di Notepad++, Pilih hasil pencarian

Save As data dengan serta penggantian dengan 800-1500 bp
format “FASTA” nama sampel setelah dengan klik FASTA dan
tanda “>” copy data
  Mencari kekerabatan BLAST-n
Upload file FASTA dari
Buka web Pilih “Nucleotide percobaan 1 di Enter
Pilih menu “BLAST” Query Sequence” atau
ncbi.nlm.nih.gov BLAST”
copas dari notepad++

Simpan file dengan Klik “Select ALL” Pilih menu “16S rRNA Pilih menu “other” pada
format dan download sequence “ dan choose search set di
“seqdump.txt” “FASTA” “BLAST” “database”

Copy sequence dari data Save as dengan

Buka file
percobaan 1 “FASTA” dan
“seqdump.txt” di nama
paste ke file “seqdump.txt”
notepad++ sebelum tanda “>” “seqdump.FASTA”
  Membandingkan urutan sequence tiap
gen16S-rRNA
Pilih menu “file” lalu “open”
Buka aplikasi Bioedit data percobaan 2
“seqdump.FASTA”

Pilih “File” lalu “Graphic

Save As dengan nama file
“seqdump.FAS”
Pilih 10 sekuen data teratas
View” pastikan pada
kemudian pilih “Edit” lalu
treshhold nya 50 lalu klik
“Delete sequence(s)”
“Redraw”
Proses Alignment (penjajaran) dan kontruksi pohon filogeni
Pilih menu “file” lalu
Buka aplikasi MEGA “open” data Pilih “Edit” lalu
percobaan 3
Pilih “Align”
7 atau MEGA 6 “Export Alignment”
“seqdump.FAS”

Klik “Phylogeny” lalu Buka menu Klik menu “data” pilih

“Alignment” lalu pilih “export alignment”
pilih metode
metode “Clustal W” Klik Save pilih “Mega Format”
“Maximum likelihold pilih “OK” lalu lalu Klik “no” pada
tree” “Compute” “Protein Coding”

Open file data terakhir

Klik “view” pilih “show/hide” dan Export ke dalam bentuk
dengan format “.meg”
pilih “data coverage” image “PNG” dan “PDF”
lalu “compute”
PEMBAHASAN
Metode Alignment Clustal W
1. Metode Maximum Parsimony Tree(s)

Berdasarkan gambar diatas bahwa bakteri sampel mempunyai kekerabatan

paling dekat dengan bakteri Pseudomonas alcaliphila strain AL15-21 16S rRNA.
2. Metode Maximum likelihood tree (ML)

Berdasarkan gambar bakteri sampel Pseudomonas Alcaligenes memiliki

kekerabatan paling dekat dengan bakteri Pseudomonas
Songnenensis strain NEAU-ST5 NR 148295.
3. Metode Neighbor Joining

Berdasarkan pohon filogeni tersebut, bakteri sampel memiliki

kekerabatan terdekat dengan NR 148295 Pseudomonas songnenenis
strain NEAU-ST5 16s ribosomal RNA partial sequence
Metode Alignment MUSCLE
1. metode Maximum Parsimony Tree(s)

Berdasarkan gambar diatas bahwa bakteri sampel mempunyai kekerabatan

paling dekat dengan bakteri Pseudomonas alcaliphila strain AL15-21 16S rRNA.
 2. Metode Maximum likelihood tree (ML)

Berdasarkan gambar bakteri sampel Pseudomonas Alicaligenes memiliki

kekerabatan paling dekat dengan bakteri Pseudomonas Songnenensis strain
NEAU-ST5 NR 148295.
3. Metode Neighbor Joining

Berdasarkan pohon filogeni tersebut, bakteri sampel memiliki

kekerabatan terdekat dengan NR 148295 Pseudomonas songnenenis
strain NEAU-ST5 16s ribosomal RNA partial sequence
 HASIL KONTRUKSI POHON FILOGENI
Clustal W Muscle
Bakteri Sampel
Likelihood Neighbor-Joining Parsimony Likelihood Neighbor-Joining Parsimony
Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas
Pseudomonas Songnenenis Pseudomonas Songnenenis
Alicaligenes Alcaliphila Alcaliphila
Pseudomonas
Pseudomonas stutzeri
stutzeri
Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas
Putida plecoglossicida plecoglossicida plecoglossicida plecoglosicida montelii plecoglossicida
Pseudomonas
Pseudomonas alcaligenes
aeruginosa
Thermococcus
Thermococcus litoralis
litoralis
Anoxybacillus
Anoxybacillus voinovskiensis
beppuensis
Chloroflexus
Chloroflexus aurantiacus
aurantiacus

Thermus aquaticus Thermus aquaticus

Kesimpulan

■ Metode yang digunakan ada dua yaitu metode Muscle dan metode Clustal W
dengan menggunakan beberapa konstruksi yaitu Test Maximum Likelihood
Tree, Test Neighbor-Joining Tree, dan Test Maximum Parsimony Tree (s)
■ Berdasarkan metode Muscle dan metode Clustal W dengan konstruksi Test
Maximum Likelihood Tree Bakteri dan , Test Neighbor-Joining Tree. Bakteri
Pseudomonas alcaligenes memiliki kekerabatan yang erat dengan bakteri
Pseudomonas songnenensis strain NEAU-ST5-5 16S rRNA
■ Berdasarkan metode Muscle dan metode Clustal W dengan konstruksi Test
Maximum Parsimony Tree (s) . Bakteri Pseudomonas alcaligenes memiliki
kekerabatan yang erat dengan bakteri Pseudomonas alcaliphila strain AL15-21
16S rRNA.
TERIMA KASIH