DR. dr. Agnes O.Kwenang Sp.Biok.

Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran
UNIVERSITAS HASANUDDIN
 Tujuan Umum:
 Diharapkan anda mampu menjelaskan
arti keberadaan biomolekul protein di
dalam sel hidup.
 Tujuan Khusus:
 1. Mampu menjelaskan arti dan sifat-
sifat umum protein.
 2. Mampu menjelaskan fungsi biologi
protein
 3. Mampu menulis rumus bangun 20
Asam Amino yang membentuk protein.
 4. Mampu menjelaskan struktur protein.
 1. Pendahuluan.
 Protein asal bahasa Yunani: proteios = yang utama.
 Molekul protein hanya ditemukan pada organisme
yaitu pada semua organel dan bagian dari sel. Tidak
ditemukan di biosfer, kevuali sebagai produk
biologi.
 Hampir 15% bobot sel tubuh adalah protein.
Keberadaannya didalam sel hidup
*erat hubungannya dengn fungsi biologinya
(struktural maupun fungsional).
*merupakan alat molekuler utama yang dapat
menampilkan bentuk, sifat dan peran organisme.
secara molekuler dapat mengekspresikan
informasi genetik dan lestari.
 Berat molekul protein: 5.000 – 1.000.000 (makromolekul)
 Hidrolisis Protein Peptida (submakromolekul) Asam
amino (unit molekul) C, H, O, N, S, P, Fe, Cu, Zn, dan I
(komponen unsur kimia).
 Hasil hidrolisis semua macam protein selalu menghasilkan 20
asam amino, sedang di alam ini ditemukan >150 asam amino.
 Berarti hanya 20 asam amino yang dapat membentuk molekul
protein, Dari 20 a.a. ini dapat menyusun banyak macam dan
ragam molekul protein yang sudah dikenal secara fungsional,
mis. Biomolekul-biomolekul: enzim, hormon, lensa mata,
bulu ayam, kuku kuda, kulit kura-kura, protein susu,
antibiotik, racun jamur, dll. Semua molekul protein tsb.
memiliki aktivitas dan fungsi biologi yang berbeda.
 2. FUNGSI BIOLOGI PROTEIN.
 Suatu Protein secara struktural dan fungsional,
ditentukan oleh susunan/sekuensi residu asam amino
yang menyusunnya, inilah yang berperan pada fungsi
biologi makromolekul protein. Berikut beberapa
makromolekul protein alamiah yang fungsi biologinya
sudah diketahui dengan baik.
 1. Enzim.
 Protein yang berfungsi sebagai biokatalis pada reaksi-
reaksi metabolisme baik di dalam atau diluar sel.
Kerjanya sangat spesifik dan “berdisiplin tinggi”.
 Setiap reaksi metabolisme dimulai dan dipandu oleh
enzim khusus. Sudah diketahui >200 enzim yang masing-
masing mengkatalitik reaksi yang berbeda.
 2. Protein transpor.
 Protein yang berfungsi sebagai pengangkut atau
pembawa molekul atau ion spesifik dan macam-macam
gas seperti gas oksigen ke sel lain atau jaringan atau
organ yang memerlukannya. Sebaliknya, juga
mengangkut “limbah”metabolisme yang harus
dikeluarkan dari jaringan atau organ keluar tubuh/sel.
Protein transpor ialah hemoglobin pada cairan darah.
Pada plasma darah ada juga lipoprotein yaitu senyawa
lipid-protein yang mengangkut lipid.
 3. Protein penyimpan protein.
 Banyak ditemukan pada berbagai biji yang siap
tumbuh sampai kecambah. Protein ini dibutuhkan untuk
pertumbuhan embrio tumbuhan sebelum tumbuhan
tersebutsampai dapat mandiri.
 Contoh: protein biji gandum, beras, jangung, dsb. Pada
telur, sebagai persiapan embrio ditemukan protein
ovalbumin dan albumin pada putih telurnya. Susu atau
ASI sebagai makanan bayi mengandung kasein, yaitu
protein susu. Ferritin ditemukan pada jaringan, yaitu
proteinyang menyimpan unsur besi.

 4. Protein motil.
 Ditemukan di dalam sel yang menyebabkan sel
tsb.dapat berubah bentuk dan bergerak sebagai akibat
berkontraksinya bagian sitoplasma khusus, karena itu
disebut juga protein kontraktil. Berkontraksinya otot
kerangka disebabkan protein aktin dan miosin dapat
berubah bentuk sehingga otot secara keseluruhan
berkontraksi. Silia dan flagella pada organisma prokariot
dapat bergerak karena pengaruh protein tubulli yang
ditemukan pada kedua organel tsb.
 5. Protein struktural.
 Kakunya jaringan/organ sehingga dapat
menyangga organisma secara keseluruhan karena
protein struktural. Urat dan tulang rawan
mengandung protein kolagen yang memiliki daya
regang yang amat tinggi. Hampir semua kulit hewan
mengandung kolagen karena itu memiliki daya
regang dan rentang yang amat tinggi. Pada
persendian ada protein elastin protein berdaya
regang tinggi kearah dua dimensi. Kuku,bulu,
rambut tahan terhadap pelarut-pelarut kimia karena
mengandung protein keratin. Pada sarang laba-laba
dan kepompong ulat sutera, ada serat yang memiliki
daya regang yang melebihi daya regang baja karena
adanya protein fibrous pada ludah kedua organisme
tsb.
 6. Protein pertahanan tubuh
 Berfungsi mempertahankan tubuh organisme
terhadap serangan akibat masuknya protein asing
atau virus atau bakteri kedalam organisme.
Imunoglobulin adalah protein antibodi pada
vertebrata yang diproduksi oleh limfosit yang dapat
menetralisasi dengan cara mengendapkan protein
asing tadi hingga netral. Fibrinogen dan trombin
adalah protein penggumpal darah pada luka baru
untuk menahan keluarnya darah segar. Bisa ular,
toksin bakteri, dan risin adalah protein yang
bersifat mempertahankan tubuh.
 7. Protein pengatur = regulator.
 Mengkoordinasi dan mengatur aktivitas seluler secara
fisiologi, yaitu hormon, mis. Insulin. Hormon
pertumbuhan dari kelenjar pituitary dan paratiroid
dalah protein yang mengatur transpor ion Kalsium dan
Fosfat pada tingkat seluler. Represor adalah protein
yang mengatur biosintesis enzim pada sel bakteri.

 8. Protein Monelin.
 Ditemukan pada tumbuhan di Afrika, rasanya manis,
kemungkinan dapat menggantikan glukosa.
 9. Protein antibeku.
Ditemukan pada plasma darah ikan di Benua
Antartika.
10. Protein resilin.
Ditemukan pada persendian sayap insekta,
keistimewaannya memiliki daya elastisitas yang
sempurna.
 3. ASAM AMINO dan POLIPEPTIDA.
 Asam Amino (A.A.)di alam dibedakan dua kelompok besar
yaitu:
 1. Asam Amino Protein, ini terdiri dari:
 a. Asam Amino Baku (A.A. pembentuk protein yaitu 20
 A.A)
 b. Asam amino khusus ( diturunkan dari A.A. baku) yaitu
 trimetilisin, hidroksilisin, asetilisin, fosfoserin,
asetilserin, hidroksiprolin, metilhistidin, γ-
karboksiglutamat, ώ-metilarginin, trimetil alanin,
formilmetionin.
 2. Asam Amino Nonprotein.(A.A yang diproduksi secara
biologi) yaitu γ-amino butirat (GABA), histamin, Dopamin,
Tiroksin, Sitrulin, Ornitin, Azaserin, S-adenosilmetionin, β-
sianoalanin, Homosiatein.
 Jumlah A.A.Nonprotein > A.A Protein.
 A.A.Non protein; hanya sebagian kecil diketahui, mis. Zat
antara suatu siklus, sebagai metabolit sekunder, hormon,
antibiotik, histamin. Dan antihistamin.
 A,A. Khusus sebagai A.A.Protein; fungsi biologinya amat
penting, mis.4-hidroksiprolin dan 5-hidroksisilin, keduanya
ditemukan pada protein serat yang disebut kolagen pada
jaringan ikat.
 N-metilisin ditemukan pada miosin yaitu protein otot
kerangka yang berfungsi pada mekanisme kontraksi otot.
 Asam karboksiglutamat ditemukan pada protrombin yaitu
protein yang berfungsi sebagai penggumpal darah, sehingga
perdarahan pada luka dapat tertahan dan juga ditemukan
pada protein pengikat ion Kalsium. Desmosin yang
molekulnya dibangun oleh 4 molekul lisin ditemukan pada
protein elastin yaitu suatu protein serat.
 Adalah asam karboksilat yang pada atom C alfanya
mengikat gugus amino (-NH2), karena itu A.A.disebut juga
asam α-amino. Ditemukan atom C αnya asimetris, yaitu ke
empat tangannya mengikat gugus yang berbeda. Pada
rumus ruag (stereoisomer) asam α-A.A.posisi gugus –NH2
ada dalam dua posisi, karena itu memiliki dua isomer
ruang, yaitu L=Levo dan D=Dextro.
 Pada molekul A.A. ditemukan dua gugus fungsional yaitu
 (1). gugus karboksil, -COOH
 (2). gugus amino, NH2
 Gugus R nya bervariasi
 Berdasarkan adanya gugus baku A.A. maka ke 20
A.A.Protein, dapat digolongkan berdasar gugus R nya sbb.:
 Variasi Gugus R :
 1. Gugus R-nonpolar: ada delapan A.A. yaitu
 Alanin ( Ala/A), Valin (Val/V), Leusin (Leu/L), Isoleusin
(Ile/I), Prolin (Pro/P), Metionin (Met/M), Fenilalanin
(Phe/F), Triptofan (Trp/W).
 Gugus R nya nonpolar bersifat hidrofobik, tidak larut air
 2. Gugus R polar: ada tujuh A.A. yaitu
 Glisin (Gly/G), Serin (Ser/S), Treonin (Thr/T), Sistein
(Cys/C), Tirosin (Tyr/Y), Asparagin (Asn/N), Glutamin
(Gln/Q).
 Gugus R nya polar bersifat hidrofilik, larut dalam air.
 3. Gugus R bermuatan polar positif: ada tiga A.A. yaitu
 Lisin (Lys/R), Arginin (Arg/R), Histidin (His/H).
 4. Gugus R bermuatan polar negatif : ada dua A.A.
yaitu
 Asam aspartat (Asp/D), Asam glutamat ( Glu/E).
Berdasarkan (1) dan (2) bila suatu asam amino yang
gugus R-nya nonpolar atau netral maka secara
keseluruhan A.A. tsb. Akan netral atau tidak
bermuatan.
Pada suasana larutan basa (pH>7) yang berarti banyak
OH-, A.A. yang netral diatas akan melepaskan H+ untuk
membentuk H2O, berarti A.A. akan bersifat asam
(donor H+)
Sebaliknya, pada suasana asam (pH<7) yang berarti
banyak H+, maka A.A. yang netral di atas akan menarik
H+ untuk diikat oleh gugus COO-, berarti A>A> akan
bersifat basa (aseptor H+).
Tergantung pada keadaan larutan (asam atau basa)
maka A.A. yang gugus R-nya netral, dapat bersifat asam
atau basa, disebut A.A. bersifat amfoter (Yunani=
amphi = keduanya) atau kadang-kadang disebut amfolit
(singkatan dari amphoteric electrolytes)
A.A. yang gugus R-nya netral atau –H, seperti glisin,
disebut juga A.A. diprotik, bila gugus amino dan gugus
karboksil nya keduanya sedang mengikat proton (H+).
Kedua gugus fungsional A.A. diprotik dapat mengion atau
menghasilkan proton (H+).
 Reaksi spesifik Asam Amino: ada tiga.
 1. Reaksi ninhidrin.
 Bila semua A.A. baku (A.A. yang memiliki gugus α-
A.A.) direaksikan dengan larutan Ninhidrin berlebihan,
akan dihasilkan produk berwarna ungu, kecuali
dengan prolin dan hidroksiprolin akan dihasilkan
produk berwarna kuning., karena pada struktur
molekul nya yaitu gugus α-aminonya terikat dengan
radikal lain dalam satu molekul sehingga menjadi
senyawa aromatik.
 Intensitas warna ungu yang dihasilkan sesuai dengan
konsentrasi A.A. secara kolorimetrik. Reaksi tersebut
amat sensitif untuk mengukur konsentrasi A.A. Uji
tsb. Disebut Uji Ninhidrin.
2. Reaksi gugus α-NH2 dari A.A.
Bila direaksikan dengan 1-fluoro-2,4-dinitrobenzen akan
menghasilkan turunan dinitrofenil (DNF) yang berwarna kuning
sampai membentuk asam 2,4-dinitro fenil amino yang berwarna
merah bata.
Reaksi tsb. Pertama kali digunakan oleh Sanger,sehingga disebut
pereaksi Sanger
 Reaksi Sanger digunakan untuk menentukan urutan
residu A.A. yang membentuk polipeptida.
 Mula-mula, residu A.A. pada ujung terminal suatu
peptida direaksikan denganpereaksi Sanger, ikatan di
antara DNF denganpeptida sangat stabil. Ikatan itu
dapat putus bila dihidrolisis dengan HCl 6 N yang akan
menghasilkan asam 2,4-dinitrofenilamino (DNF-amino).
DNF dapat dilabel dan diidentifikasi dengan metode
Khromatografi.
 Mekanisme reaksi diatas pertama kali digunakan oleh
Pehr Edman, karena itu dikenal dengan degradasi
Edman terhadap rantai peptida menentukan sekuensi
residu A.A.nya.
 Reaksi dansilkhlorida.
 Digunakan untuk mengidentifikasi residu A.A. paling
ujung terminal amino peptida. Hasil reaksinya adalah
dansikasam amino turunan dari sulfonamida yang
membentuk daya fuorosensi tinggi dan stabil.
 Reaksi tsb. amat peka, dengan 1 nanogram A.A. sudah
dapat dideteksi, dengan syarat setelah ikatan
peptidanya dihidrolisis.
 Daya intensitas fluorenswinya dapat diukur dengan
menggunakan larutan baku.
IV. PEPTIDA DAN POLIPEPTIDA.
Peptida didapat bila dua atau lebih residu A.A.
berikatan kovalen satu sama lain dan ikatan yang
terbentuk adalah ikatan peptida. Ikatan peptida
tersebut buila gugus karboksil dari A.A. melepaskan
gugus –OH nya, sedangkan dari A.A. yang lain
melepaskan gugus –H nya dari gugus α-aminonya yang
kemudian akan membentuk satu molekul H 2O. Reaksi
terbentuknya ikatan peptida dengan menghasilkan
H2O disebut reaksi kondensasi.
Unit A.A. di dalam molekul peptida disebut
residu A.A.karena ia tidak lagi merupakan A.A. yang
utuh, sudah kehilangan hidrogen (dari gugus amino)
dan hidroksil (dari gugus karboksil dari A.A. lain).
 Kedua ujung rantai peptida, masing-masing disebut
residu terminal amino (residu terminal-N) dan residu
terminal karboksil (residu terminal –C).Kedua gugus
tsb. Dapat mengionisasi seperti satu A.A. bebas.
 Nama suatu peptida berasal dari terminal –N nya,
jadi suatu peptida dibentuk dari dua residu atau
lebih A.A.
 Tergantung pada jumlah A.A. yang membentuk
peptida, dengan reaksi yang sama , dapat terbentuk
tripeptida, tetrapeptida, pentapeptida,
heksapeptida dst.
 Kebiasaan bila lebih dari sepuluh residu A.A. yang
membangun suatu peptida disebut polipeptida.
 Ikatan kovalen peptida.
 Menyebabkan mol.protein dapat
berkatan/bersambung dengan berbagai
macam struktur rantai: lurus, bercabang,
siklis, “sangkar”(kombinasi dari struktur-
struktur)
 Ikatan kovalen atom C pada struktur molekul
A.A., peptida, dan protein dapat
bersambung/berpolimer dengan berbagi
senyawa atau struktur rantai lain.
Ikatan kovalen peptida.
Menyebabkan mol.protein dapat berkatan/bersambung
dengan berbagai macam struktur rantai: lurus,
bercabang, siklis, “sangkar”(kombinasi dari struktur-
struktur)
Ikatan kovalen atom C pada struktur molekul A.A.,
peptida, dan protein dapat bersambung/berpolimer
dengan berbagi senyawa atau struktur rantai lain.
Tangan-tangan kosong dari C dan N dapat mengikat
unsur/senyawa/struktur rantai lainnya yang bersifat
reversibel.
Contoh. Ikatan kovalen pada makromolekul protein
ialah terbentuknya fosfosrilasi, adenilisasi dan metilasi
Ikatan kovalen yang ada pada struktur molekul protein
merupakan kunci sifat khusus dan fungsi biologi dari
suatu makromolekul protein.
Ikatan peptida dapat diputuskan sehingga didapatkan
A.A. bebas melalui 2 cara sbb.:
1. Hidrolisis dengan pemanasan
 A.A. bebas hasil hidrolisis peptida penting
untuk menentukan sekuensi residu A.A. yang
menyusun peptida atau molekul protein.
 2. Enzimatis, menggunakan enzim protease
(enzim pencernaan), ini diproduksi dii saluran
pencernaan.Enzim pencernaan yang bersifat
proteolitik ialah tripsin, khimotripsin. A.A.
Hasil hidrolisis enzim akan masuk ke dalam
sel untuk dimetabolime.

 Peptida
 Polipeptida + enzim  Asam Amino
bebas
 Protein
 Ikatan-ikatan yang berperan pada polipeptida.
 Struktur suatu makromolekul protein dipertahankan oleh
ikatan-ikatan di antara rantai polipeptida yang
membangunnya. Ikatan-ikatan itu terjadi karena ada gugus
yang polar atau gugus hidrogen. Di antara rantai peptida
 Ada empat ikatan yang memungkinkan terbentuknya ikatan
antara polipeptida-polipeptida, yaitu :
 1. Ikatan hidrogen; ikatan di antara rantai peptida, sifat
ikatan relatif lemah. Yang membentuk ikatan hidrogen
ialah antara residu asam glutamat, asam aspartat, tirosin,
histidin, serin, dan treonin.
 2. Ikatan disulfida (jembatan –S-S); ikatan di antara dua
residu Cys, ikatan kovalen yang bersifat kaku, seperti pada
protein rambut, bulu, kuku dan kulit yang banyak
mengandung keratin.
 3. Ikatan ionik ; ikatan di antara sisi residu Aspartat
dan Lisin, terbentuk jika dua polar yang berlainan
dari polipeptida yang berinteraksi. Banyak ditemukan
pada makromolekul nukleoprotein.
 4. Ikatan hidrofobik; ikatan di antara residu alifatik
Valin dan Isoleusin, yaitu ikatan nonpolar.
 4. Struktur Protein.
 1. Struktur Primer.
 Asam asam amino berikatan satu sama lain
melalui ikatan peptidadengan mengeluarkan
molekul air dan membentuk polipeptida atau
protein.
 2. Struktur Sekunder.
 Ditentukan oleh struktur primer.
 Struktur ini dibentuk dan dipertahankan oleh
ikatan hidrogen antara –C=O dan NH pada
ikatan peptida.
 Ada dua bentuk yang sering dijumpai yaitu
heliks-α dan lembaran β atau lembaran
bergelombang.
 A. Struktur heliks α,
 Struktur ini dipertahankan oleh ikatan hidrogen
antara gugus karboksil dari satu ikatan peptida
dengan NH dari A.A. ke empat sesudah itu dalam
heliks. Oleh karena itu tiap ikatan peptida,
kecuali yang terdapat di kedua ujung , ikut
membentuk ikatan hidrogen, maka secara
keseluruhan terbentuklah heliks α sebagai struktur
yang sangat mantap.
 Heliks α paling mantap bila struktur primer
mengandung asam asam amino dengan rantai
samping R yang tidak bermuatan: alanin, leusin,
fenilalanin, tirosin, triptofan, sistein, metionin,
histidin, asparagin, glutamin dan valin.
Gbr. dari suatu lembaran bergelombang. Gugus R mencuat keluar, ke
atas atau ke bawah bidang yg dibentuk oleh tulang punggung. Garis
Terputus-putus menggambarkan ikatan hidrogen.
 Heliks α tidak mantap: bila rantai R nya besar
ataupun bermuatan seperti serin, isoleusin,,
treonin, asam aspartat dan asam glutamat, lisin
dan arginin.
 Prolin satu-satunya asam amino yang tidak dapat
di dudukkan di dalam heliks α, karena ketegaran
dan sudut ikatan yang terdapat di dalam
molekulnya, struktur heliks α akan terhenti
kesinambungannya bila ada prolin.
 Lembaran β.
 Rantai protein meluas dengan gugus R berganti-
ganti di atas dan di bawah tulang punggung
protein. Ikatan hidrogen terbentuk antara ikatan-
ikatan peptida yang berjalan secara antiparalel.
Kemungkinan ia rantai yang berbeda atau rantai
yang sama yang terlipat ke dalam dirinya sendiri
sehingga membentuk lengkungan berupa jepitan
rambut.
 Ikatan hidrogen tegak lurus terhadapa arah tulang
punggung protein. Seluruh ikatan peptida dapat
membentuk ikatan hidrogen. Lembaran
bergelombang baru bisa terbentuk bila struktur
primer mengandung asam-asam amino dengan
gugus R yang kecil.
 Struktur Tersier.
 Adalah konfigurasi yang ditampilkan
proteindalam ruang.
 Seperti struktur sekunder , struktuer tersier
pertama-tama juga ditentukan oleh urutan
A.A.
 Interaksi ion antara gugus-gugus R yang
bermuatan, interaksi hidrofobik, dan ikatan
disulfida semuanya penting untuk
memantapkan struktur tersier. Selain itu
struktur tersier juga mencakup konformasi
yang timbul akibat adanya ikakat kovalen
dengangugus prostetik.
 Protein kerap kali dibagi dua kelompok :
 a. Protein fibrosa: berbentuk serat-serat
panjang, tongkat atau tali. Mis. Kolagen dan
keratin.
 b. Protein globuler: berbentuk lebih kurang
bulat, mudah larut dalam air atau larutan
garam encer. Mis. Sitokrom c, ribonuklese,
lisosim, mioglobin, khimotripsin,
karboksipeptidase.
 Struktur Kuarterner.
 Adalah penataan suatu rantai protein dengan rantai
protein yang lain (identik atau berbeda) sebagai
subunit dari struktur yang lebih besar.
 Hemoglobin yang merupakan kombinasi antara dua
rantaiα dengan dua rantaiβ
 Dapat terikat dengan koenzim yang tidak terikat
secara kovalen.serta empat gugus hem, merupakan
contoh dari beberapa subunit yang bergabung
menjadi suatu protein yang fungsional.
 Beberapa enzim dapat bergabung membentuk
kompleks dan dalam bentuk ini masing-masing enzim
tadi bekerja secara berturutan dalam mengolah suatu
substrat tertentu.
 Kompleks kuarterner ini dipertahankan oleh berbagai
interaksi yang bukan kovalen.
 Kesimpulan .
 Telah dibahas :
 1. arti dan sifat umum biomolekul protein
 2. fungsi biologis protein
 3. dua puluh asam asam amino dan
 polipeptida yang membentuk protein
 4. struktur protein
 Kepustakaan.
 Hawab, H.M. 2003. Pengantar Biokimia.Edisi
I. Bayumedia Publishing: Malang. Indonesia.
 Lehninger. A.L. Principles of Biochemistry.
4th edition. New York : Worth Publishers,Ins
 Murray.R.K. et al. 2009. Harper’s Illustrated
Biochemistry).28.Edition. The McGrow Hills
Companies, Inc.U.S.
 Schumm.D.E. 1992. Essentials of
Biochemistry (Intisari Biokimia
diterjemahkan oleh Dr.Moch. Sadikin
Dsc).Jakarta: Binarupa Aksara.