Metode Membedakan Kemiripan Struktur Protein

Kristalografi Sinar-X
• Kristalografi Sinar-X merupakan metode yang dapat
menyatakan posisi tiga dimensi atom dalam molekul protein
dengan tepat. Untuk mengembangkan metode ini diperlukan
kristal. Kristal protein dapat diperoleh dengan menambahkan
amonium sulfat atau garam lain ke dalam larutan pekat protein
untuk mengurangi kelarutan.
Lanjutan..
• Komponen yang berperan dalam
analisis kristalografi sinar-X adalah
sumber sinar-X, kristal protein dan
detektor (Gambar 2.18). Berkas sinar
diperoleh dengan mengakselerasi
elektron terhadap tembaga. Seberkas
sinar X diarahkan pada kristal protein.
Sinar-X akan langsung menembus
kristal dan sisanya akan terpencar ke
berbagai arah. Berkas yang terpencar
(atau mengalami difraksi) dapat
dideteksi dengan film sinar-X.
 Spektroskopi NMR (Nuclear Magnetic Resonance)

• Spektroskopi NMR merupakan metode yang menggunakan

mekanisme Resonansi medan magnetik yang ditimbulkan oleh
gerakan muatan listrik dalam molekul protein dan mampu
mengungkapkan struktur atom suatu molekul dalam larutan.
Lanjutan…
Momen magnetik pada NMR memiliki dua
orientasi (α dan β ) (Gambar 2.19). Perbedaan
energi antara kedua orientasi sebanding
dengan kekuatan medan magnetik yang
diberikan.
Putaran α mempunyai energi lebih rendah
sehingga sedikit lebih padat sebab sesuai
dengan medan magnetnya. Transisi (α) ke
tingkat β terjadi bila inti menyerap radiasi
elektromagnetik dengan frekuensi yang tepat.
Pertambahan terhadap Bo tergantung pada
densitas elektron sekitar. Akibatnya, inti dengan
lingkungan berbeda akan menyerap energi
dengan frekuensi resonansi yang sedikit
berbeda; efek ini disebut pergeseran kimia.
 Teknik Pemodelan Homologi
• Teknik ini merupakan pemodelan struktur tiga dimensi protein
berdasarkan pada pensejajaran barisan (alignment) asam
amino protein target dengan protein yang sama dan telah
diketahui struktur tiga dimensinya secara laboratorium.
Pengerjaan dengan metode Homologi juga lebih cepat
dibandingkan dengan metode lainnya.
 Metode Ab Intio
• Metode ini merupakan metode yang paling sulit dan kompleks
dibandingkan metode lain dan perlu waktu pengerjaan yang
lama. Prinsipnya adalah pemodelan struktur tiga dimensi
protein berdasarkan fungsi energi. Metode ini hanya dapat
digunakan terbatas untuk protein yang relatif kecil dan akurasi
yang dihasilkan juga kecil (Kopp, et al., 2007)
 Uji Xantoprotein
• Uji xantoprotein merupakan uji
kualitatif pada protein yang
digunakan untuk menunjukkan
adanya gugus benzena (cincin
fenil).. Reaksi positif pada uji
xantoprotein adalah munculnya
gumpalan atau cincin warna
kuning. Pada uji ini, digunakan
larutan HNO3 yang berfungsi
untuk memecah protein
menjadi gugus benzena.
 Tes Buret
• Larutan protein memberikan hasil yang positif terhadap
pereaksi biuret. Tes Biuret dilakukan dengan cara menuangkan
larutan natrium hidroksida pekat ke dalam larutan protein.
Kemudian, larutan CuSO4 ditambahkan setetes demi setetes
yang akan terbentuk warna ungu.