Prosedur Kerja

●
Isolasi DNA
●
Uji kualitas dan kuantitas
Kara
Kara DNA
Desain primer
kteris
●

kteris ●
Reaksi amplifikasi dan
asi
asi ●
elektroforesis
Pengurutan DNA
●
Analisis data
Sampel
• ditimbang (0,1-0,2) gr, dipotong kecil-kecil dan digerus + pasir
kuarsa
•dimasukkan ke dalam effendorf 2 ml
•ditambahkan

600 μl buffer lisis

• diinkubasi 3 menit dengan suhu 65oC
• dibolak-balik 5 menit sekali lalu disentrifuse pada 10.000 rpm
selama 10 menit
• diambil

Supernatan
 • dimasukkan ke dalam effendorf baru
• ditambahkan

1 x volume PCI
• disentrifuse pada 10.000 rpm selama 10 menit
• diambil supernatannya dimasukkan dalam effendorf
• ditambahkan

0,1 volume sodium asetat 3 M pH 5,2

• ditambahkan

2 x volume etanol absolut

• diendapkan 2 jam lalu disentrifuse 10.000 rpm selama 20 menit, diambil
pellet DNAnya dicuci dengan 0,5 ml ethanol 70%
• dikeringkan lalu d ilarutkan dalam 20 μl H2O

Larutan DNA • ditambahkan

RNAse
 (DNA) = A260 x 50 μg / ml x FP

Kualitas DNA ditetapkan

berdasarkan nilai rasio A260/A280
sekitar 1,8 - 2,0
Bioedit Versi 7.0.9

AF117738.1 AM774478.1
AM774476 AF120536.1 AY579090 AF120537.1
AF117738 Elliptio Neotrigonia
Anodonta cygnea Psilunio littoralis Anodonta sp. Lampsilis cardium
complanata lamarckii.

Primer
 1 μl
primer R 5 μl
1 μl Master
primer F Mix

1,5 μl Effendorf 1,5 μl

DNA 0,5 ml dH2O
• divortex
• dimasukkan ke dalam

Mesin PCR Elektroforesis

 Analisis Urutan
Pengurutan
Data 18S
DNA rRNA
Hasil PCR

Hasil elektroforesis
 Absorbansi pada panjang
gelombang ()
Perlakuan Konsentras Kemurnian
No Sampel 260 280 i (/mL) (260/280)
Sampel 136.9924
1 0.274 0.142 1.9291
Pokea /mL
No Komposisi Jumlah (μL) Konsentrasi
1 Master Mix 30 - 
2 Primer forward 6 10 μM
3 Primer reverse 6 10 μM
4 DNA Sampel 9 100 μg/μL
5 dH2O 9  -
Jumlah 60 μL  -
 BLAST > Genebank NCBI

Batissa violacea celebencis

Ruditapes variegatus
Corbicula fluminea

Hemidonax
Artica

pictus
Spesies

Batissa violacea
--- 6/827 7/827 8/827 24/827
celebencis
Corbicula fluminea 99.27 --- 9/827 10/827 28/827
Artica 99.15 98.91 --- 3/827 23/827
Ruditapes variegatus 99.03 98.79 99.64 --- 24/827
Hemidonax pictus 97.1 96.61 97.22 97.1 ---