BAB II.

TINJAUAN DUNIA
MIKROORGANISME
 SEL SEBAGAI SATUAN STRUKTUR
DASAR KEHIDUPAN
• Sel merupakan satuan struktural yang fundamental dan fungsional
bagi kehidupan.
• Untuk organisme uniselluler, sel bukan saja meruapakan satuan
struktural kehidupan tetapi juiga merupakan organisme itu sendiri,
sedangkan pada organisme multiselluler adalah merupakan
kumpulan sel-sel yang tersusun menjadi satuan-satuan yang
terpadu dalam sistem atau berbagai sistem yang secara bersama-
sama membentuk organisme kehidupan
• Teori sel yang diperkenalkan oleh Matthias Scheiden dan Theodore
Schwann pada tahun 1838-1839, menjelaskan konsepsi sel sebagai
satuan hidup struktural. Kedua ahli tersebut berpendapat bahwa
semua sel apapun organismenya sangat serupa strukturnya.
• Sementara ilmuwan lain “Scheleiden dan Schwann, mengemukakan
bahwa sel semuaorganisme hidup memiliki kesamaan dasar, yaitu
setiap sel terdiri dari membran, nukleus, dan sitoplasma.
Sel Prokariot dan Eukariot
 Klasifikasi sel

Prokariot dan eukariot

• Sel Prokariot & Eukariot
 Sel prokariot: bakteri
• Tidak memiliki nukleus - DNA bebas dalam
sitoplasma
• Tidak memiliki membrane-bound organelles
• Berukuran lebih kecil
• Sebagian besar memiliki dinding sel
• Polisakarida menutupi dinding sel pada
banyak spesies
Genom:

Kandungan genetik total pada set haploid kromosom pada

eukariot
Kromosom tunggal pada bakteri atau pada DNA atau RNA
virus
Material genetik pada organisme
Genom bakteri terdiri dari kromosom sirkular

Terkondensasi dengan cara supercoiling

dan looping membentuk badan nukleoid
yang terpak secara rapat

Kromosom bereplikasi di dalam sel dan

sel membelah secara biner
 Genom bakteri
Circular dsDNA

G+C = 50%

G+C content merupakan struktur genom

 Gen transfer pada bakteri

Transduction:
Melalui bacteriophage

Conjugation:
Kontak langsung

Transformation:
Mengintegrasikan free
DNA atau plasmid
(from Redfield, Nat. Rev. Genet. 2001)
Plasmid adalah DNA sirkular kecil
yang terdapat pada sel prokariot
 Plasmids
Extra chromosomal circular DNAs
• Ditemukan pada bakteri
• Ukuran bervariasi dari ~ 3,000 bp sampai 100,000 bp.
• Bereplikasi secara otonomi (origin of replication)
• Dapat mengandung gen resisten
• Dapat ditransfer dari satu bakteri ke bakteri lainnya
• Dapat ditransfer kepada kingdom yang berbeda
• Multicopy plasmids (~ up to 400 plasmids/per cell)
• Low copy plasmids (1 –2 copies per cell)
• Digunakan sebagai vektor untuk membawa gen yang
diinginkan
Genom bakteri berukuran kecil dan terpak secara padat dengan gen-gen
Spesies Ukuran genom (Mb)
Fungi
Saccharomyces cerevisiae 12.1
Aspergillus nidulans 25.4
Protozoa
Tetrahymena pyriformis 190
Invertebrates
Caenorhabditis elegans 97
Drosophila melanogaster 180
Bombyx mori (silkworm) 490
Strongylocentrotus purpuratus (sea urchin) 845
Locusta migratoria (locust) 5000
Vertebrates
Takifugu rubripes (pufferfish) 400
Homo sapiens 3200
Mus musculus (mouse) 3300
Plants
Arabidopsis thaliana (vetch) 125
Oryza sativa (rice) 430
Zea mays (maize) 2500
Pisum sativum (pea) 4800
Triticum aestivum (wheat) 16 000
Fritillaria assyriaca (fritillary) 120 000
 ORGANISASI GEN
EUKARIOT dan PROKARIOT
SITOPLASMA

NUKLEUS INTRON
DNA
EKSON
RNA TRANKRIPSI

DNA

TRANKRIPSI
RNA
PENYAMBATAN TRANSLASI
RNA
mRNA
TRANSLASI PROTEIN

PROTEIN
Eukariot
 Genom

• Keseluruhan informasi genetik dalam

suatu organisme

– Informasi genetik inti: terletak di kromosom

– Infromasi genetik organel:
- mitokondria,
- plastid (kloroplast)
 Eucaryotic genomes
• Berlokasi pada beberapa kromosom
• Low gene density
• Juga terdapat genom organel

Kromosom
Terlihat di dalam nukleus dengan zat pewarna
dan diamati dibawah mikroskop.
Material kromosom: Kromatin
Kromatin terdiri atas nukleosom
Nukleosome merupakan lilitan DNA pada molekul
protein yaitu protein histon
• Nukleosom terorganisasi ke dalam 30 nm benang-
benang
• Benang-benang terlipat-lipat membentuk 10,000-fold
compaction yang diperlukan untuk membentuk
kromosom eukariot di dalam nukleus.
Kekompakan genom

Karakteristik Yeast Lalat buah Manusia

Gene density (average number 479 76 11

per Mb)
Introns per gene (average) 0.04 3 9

Amount of the genome that is 3.4% 12% 44%

taken up by genome-wide
repeats
 Genom Mitokondria (mtDNA)

• Berbentuk circular chromosomes

• Terdapat lebih dari satu
• Berukuran ~15 Kb pada hewan
• Berukuran ~ 200 kb sampai 2,500 kb
pada tumbuhan
• Lebih dari 95% protein mitokondria
dikode di genom nuklear.
 Genom kloroplas (cpDNA)

• Multiple circular molecules

• Ukuran berkisar dari 120 kb sampai 160
kb
• Mirip dengan mtDNA
• Banyak protein kloroplas dikode di
nukleus (separate signal sequence)
 KEDUDUKAN MIKROBA DALAM
KEHIDUPAN
PERAN MIKROBA DALAM TRANSFORMASI BAHAN ORGANIK
• Suatu bahan yang ditumbuhi oleh mikroba akan mengalami
perubahan susunan kimianya.
• Perubahan kimia yang terjadi ada yang dikenal sebagai fermentasi
(pengkhamiran) dan pembusukan (putrefaction).
• Fermentasi merupakan proses yang menghasilkan alkohol atau
asam organik, misalnya terjadi pada bahan yang mengandung
karbohidrat.
• Pembusukan merupakan proses peruraian yang menghasilkan bau
busuk, seperti pada peruraian bahan yang mengandung protein.
• Pada tahun 1837, C. Latour, Th. Schwanndon, dan F. Kutzing
secara terpisah menemukan bahwa zat gula yang mengalami
fermentasi alkohol selalu dijumpai adanya khamir.
• Sehingga dapat disimpulkan bahwa perubahan gula menjadi alkohol
dan CO2 merupakan fungsi fisiologis dari sel khamir tersebut.
• Teori biologis ini ditentang oleh Jj. Berzelius, J. Liebig,
dan F. Wahler. Mereka berpendapat bahwa fermentasi
dan pembusukan merupakan reaksi kimia biasa.
• Hal ini dapat dibuktikan pada tahun 1812 telah berhasil
disintesa senyawa organik urea dari senyawa anorganik.
• Pasteur banyak meneliti tentang proses fermentasi (1875-
1876). Suatu saat perusahaan pembuat anggur dari gula
bit, menghasilkan anggur yang masam.
• Berdasarkan pengamatannya secara mikroskopis,
sebagian dari sel khamir diganti kedudukannya oleh sel
lain yang berbentuk bulat dan batang dengan ukuran sel
lebih kecil.
• Adanya sel-sel yang lebih kecil ini ternyata
mengakibatkan sebagian besar proses fermentasi alkohol
tersebut didesak oleh proses fermentasi lain, yaitu
fermentasi asam laktat.
• Dari kenyataan ini, selanjutnya dibuktikan
bahwa setiap proses fermentasi tertentu
disebabkan oleh aktivitas mikroba tertentu
pula, yang spesifik untuk proses fermentasi
tersebut.
• Sebagai contoh fermentasi alkohol oleh
khamir, fermentasi asam laktat oleh bakteri
Lactobacillus, dan fermentasi asam sitrat
oleh cendawan Aspergillus.
 MIKROBA SEBAGAI PENYEBAB PENYAKIT
• Pasteur menggunakan istilah khusus untuk mengatakan kerusakan
pada minuman anggur oleh mikrobia, yaitu disebut penyakit Bir.
Ia juga mempunyai dugaan kuat tentang adanya peran mikroba
dalam menyebabkan timbulnya penyakit pada jasad tingkat tinggi.
• Bukti-buktinya adalah dengan ditemukannya cendawan penyebab
penyakit pada tanaman gandum (1813), tanaman kentang (1845),
dan penyakit pada ulat sutera serta kulit manusia.
• Pada tahun 1850 diketahui bahwa dalam darah hewan yang sakit
antraks, terdapat bakteri berbentuk batang.
• Davaine (1863-1868) membuktikan bahwa bakteri tersebut hanya
terdapat pada hewan yang sakit, dan penularan buatan
menggunakan darah hewan yang sakit pada hewan yang sehat
dapat menimbulkan penyakit yang sama.
• Pembuktian bahwa antraks disebabkan oleh bakteri
dilakukan oleh Robert Koch (1876), sehingga ditemukan
“postulat Koch” yang merupakan langkah-langkah untuk
membuktikan bahwa suatu mikroba adalah penyebab
penyakit.
• Postulat Koch dalam bentuk umum adalah sebagai
berikut:
1. Suatu mikroba yang diduga sebagai penyebab penyakit harus ada
pada setiap tingkatan penyakit.
2. Mikroba tersebut dapat diisolasi dari jasad sakit dan ditumbuhkan
dalam bentuk biakan murni.
3. Apbila biakan murni tersebut disuntikkan pada hewan yang sehat
dan peka, dapat menimbulkan penyakit yang sama.
4. Mikrobia dapat diisolasi kembali dari jasad yang telah dijadikan
sakit tersebut.
 KLASIFIKASI
MIKROORGANISME
• Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan
dengan taksonomi.
• Taksonomi ialah ilmu mengenai klasifikasi atau
penataan sistematik organisme ke dalam
kelompok atau kategori yang disebut taksa
(tunggal: takson).
• Penyusunan taksonomi mikroorganisme
mensyaratkan mereka diidentifikasi sebagaiman
mestinya dan diberi nama.
• Kegiatan seluruhnya – pengklasifikasian,
penamaan, dan pengidentifikasian disebut
Sistimatika Mikroba.
Ketiga tahap dijelaskan sebagai berikut:
• Taksonomi (klasifikasi). Penataan teratur unit-unit ke
dalam kelompok satuan yang lebih besar.

• Nomenklattur. Penamaan satuan yang dicirikan dan

dibatasi oleh klasifikasi.
 nomenklatur ilmiah semua dalam bahasa itu sama
(bhs Latin)

• Indentifikasi. Penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk

klasifikasi dan nomenklatur tersebut di atas untuk
mengidentifikasi mikroorganisme dengan membanding-
bandingkan ciri-ciri yang ada pada satuan yang belum
diketahui dengan satuan-satuan yang sudah dikenal.
• Tujuan sistem klasifikasi adalah mengelompokkan
organisme sedemikain sehingga mencerminkan
semua kesamaan dan perbedaannya.

• Sebelum tahun 1700, organism yang tampak

dengan mata bugil diklasifikasikan sebagai
tumbuhan dan hewan saja.

• Pada tahun 1750 kedua dunia itu mulai

diidentifikasi secara taksonomi berdasarkan
hubungan kekerabatan oleh Carolus Linnaeus.
Konsep Mengenai Spesies
• Satuan atau kelompok dasar dalam semua system klasifikasi
organism termasuk mikroorganisme ialah spesies. Spesies adalah
suatu kelompok individu yang berkerabat dekat yang dapat
dibedakan dari individu-individu kelompok lain yang serupa dan
anggotanya dapat dikawinkan (interbreeding).
• Penataan klasifikasi:
spesies------ Erwinia carotovora
genus------- Erwinia
famili--------- Enterobacteriaceae
ordo------------Eubacteriales
kelas------------Schizomycetes
filum atau divisi-------- Protophyta
kingdom ……..Prokariota
•