Catabolism of Proteins &

of Amino Acid Nitrogen

Anshar Saud
Sasaran Belajar
1. Menjelaskan perombakan protein, menunjukkan tingkat rata-rata pergantian protein pada individu yang
sehat, dan berikan contoh protein manusia yang terdegradasi pada tingkat yang lebih besar daripada rata-
rata.
2. Menguraikan peristiwa dalam perputaran protein dengan jalur ATP-dependent dan ATP-independent, dan
menunjukkan peran dalam degradasi protein yang dimainkan oleh proteasom, ubiquitin, reseptor permukaan
sel, sirkulasi asialoglycoprotein, dan lysosom.
3. Menunjukkan bagaimana produk akhir dari katabolisme nitrogen pada mamalia berbeda dengan burung dan
ikan.
4. Mengilustrasikan peran sentral transaminase (aminotransferase), dehidrogenase glutamat, dan glutaminase
dalam metabolisme nitrogen manusia.
5. Menggunakan rumus struktural untuk mewakili reaksi yang mengubah NH3, CO2, dan nitrogen amida dari
aspartat menjadi urea, dan mengidentifikasi lokasi subselular dari enzim yang mengkatalisis biosintesis urea.
6. Menunjukkan peran regulasi alosterik dan asetilglutamat dalam pengaturan langkah-langkah paling awal
dalam biosintesis urea.
7. Menjelaskan mengapa cacat metabolik dalam berbagai enzim biosintesis urea, meskipun berbeda pada
tingkat molekuler, menunjukkan tanda dan gejala klinis yang serupa.
8. Menjelaskan kedua pendekatan klasik dan peran spektrometri massa tandem pada skrining neonatus untuk
penyakit metabolik yang diturunkan.
BIOMEDICAL IMPORTANCE
• Pada orang dewasa normal, asupan nitrogen mencocokkan nitrogen yang diekskresikan. Keseimbangan nitrogen
positif, kelebihan yang dicerna lebih dari nitrogen yang diekskresikan, menyertai pertumbuhan dan kehamilan
• Keseimbangan nitrogen negatif, di mana output melebihi asupan, dapat mengikuti pembedahan, kanker stadium
lanjut, dan gangguan nutrisi kwashiorkor dan marasmus
• Gangguan genetik yang dihasilkan dari cacat pada gen yang menyandi ubiquitin, ubiquitin ligase, atau
deubiquitinating enzim yang berpartisipasi dalam degradasi protein tertentu termasuk sindrom Angelman,
penyakit Parkinson remaja, sindrom von Hippel-Lindau, dan polycythemia bawaan
• KULIAH ini menjelaskan bagaimana nitrogen dari asam amino diubah menjadi urea, dan gangguan
metabolisme yang menyertai cacat dalam proses ini
• Amonia, yang sangat beracun, muncul pada manusia terutama dari α-amino nitrogen asam amino. Oleh karena
itu jaringan mengubah amonia menjadi nitrogen amida dari asam amino glutamin tidak beracun
• Deaminasi glutamin berikutnya di hati melepaskan amonia, yang secara efisien diubah menjadi urea, yang tidak
beracun. Namun, jika fungsi hati terganggu, seperti pada sirosis atau hepatitis, peningkatan kadar amonia darah
menghasilkan tanda dan gejala klinis
• Setiap enzim dari siklus urea memberikan contoh cacat metabolik dan konsekuensi fisiologisnya. Selain itu,
siklus urea menyediakan model molekuler yang berguna untuk mempelajari cacat metabolisme manusia lainnya.
PROTEIN TURNOVER
• Degradasi dan sintesis terus menerus (pergantian) protein seluler terjadi di semua bentuk
kehidupan.
• Setiap hari, manusia mengubah 1 hingga 2% dari total protein tubuh mereka, terutama protein
otot.
• Tingginya tingkat degradasi protein terjadi pada jaringan yang sedang mengalami penataan
ulang struktural, misalnya, jaringan uterus selama kehamilan, otot skeletal dalam kelaparan,
dan jaringan ekor kecebong selama metamorfosis.
• Sementara sekitar 75% asam amino yang dibebaskan oleh degradasi protein digunakan
kembali, sisa asam amino bebas yang tersisa tidak disimpan untuk digunakan di masa depan.
• Asam amino yang tidak segera dimasukkan ke dalam protein baru dengan cepat terdegradasi.
• Bagian utama dari kerangka karbon dari asam amino diubah menjadi intermediet amfibolik,
sedangkan pada manusia nitrogen amino diubah menjadi urea dan diekskresikan dalam urin.
PROTEASES & PEPTIDASES DEGRADE
PROTEINS TO AMINO ACIDS
• Kerentanan relatif suatu protein terhadap degradasi diekspresikan sebagai waktu paruh (t1 /
2), waktu yang diperlukan untuk menurunkan konsentrasinya hingga setengah dari nilai
awalnya.
• Waktu paruh protein hati berkisar dari kurang dari 30 menit hingga lebih dari 150 jam.
• Typical “housekeeping" enzim seperti yang glikolisis, memiliki nilai t1 /2 lebih dari 100 jam.
• Sebaliknya, enzim pengatur utama mungkin memiliki nilai t1 /2 serendah 0,5 hingga 2 jam.
• Urutan PEST, daerah kaya prolin (P), glutamat (E), serin (S), dan treonin (T), menargetkan
beberapa protein untuk degradasi cepat.
• Protease intraseluler menghidrolisis ikatan peptida internal. Peptida yang
dihasilkan kemudian terdegradasi menjadi asam amino oleh endopeptidase
yang menghidrolisis ikatan peptida internal, dan oleh aminopeptidase dan
carboxypeptidases yang menghilangkan asam amino berurutan dari amino dan
karboksil-termini
ATP-Independent Degradation
• Degradasi glikoprotein darah mengikuti hilangnya bagian asam sialat
dari ujung non-oligosakarida yang tidak tereduksi.
• Asialoglikoprotein kemudian diinternalisasi oleh reseptor
asialoglikoprotein sel hati dan terdegradasi oleh protease lisosom.
• Protein intraseluler ekstraseluler, membran-terkait, dan berumur
panjang juga terdegradasi dalam lisosom oleh proses ATP-
independen.
ATP & Ubiquitin-Dependent Degradation
• Degradasi protein pengatur dengan waktu paruh pendek dan protein abnormal terjadi di sitosol, dan membutuhkan
ATP dan UBIQUITIN.
• Dinamakan berdasarkan keberadaannya di semua sel eukariotik, ubiquitin adalah polipeptida kecil (8,5 kDa, 76
residu) yang menargetkan banyak protein intraseluler untuk degradasi.
• Struktur utama ubiquitin sangat lestari (conserved). Hanya 3 dari 76 residu berbeda antara ragi dan ubiquitin
manusia.
• Gambar 28-1 mengilustrasikan struktur tiga dimensi ubiquitin. Molekul-molekul ubiquitin dilekatkan oleh ikatan
non-α-peptida yang terbentuk antara terminal karboksil ubiquitin dan kelompok-kelompok ε-amino residu lisil
pada protein target (Gambar 28-2).
• Residu yang ada di terminal amino mempengaruhi apakah suatu protein terubiquinasi. Amino terminal Met atau
Ser residu menghambat, sedangkan Asp atau Arg mempercepat ubiquitination.
• Attachment (alat pelengkap) molekul ubiquitin tunggal untuk protein transmembran mengubah lokalisasi
subselular dan menargetkan mereka untuk degradasi.
• Protein larut menjalani polubividinasi, ligase-tambahan terkatalisasi dari empat atau lebih molekul ubiquitin
tambahan (Gambar 28-1).
• Degradasi berikutnya dari ubiquitin-tagged proteins  terjadi di proteasome, makromolekul yang juga ada di
mana-mana pada sel eukariotik. Proteasome terdiri dari kompleks makromolekul, silinder protein, yang seperti
cincin bertumpuk membentuk pori sentral yang menyimpan situs aktif enzim proteolitik.
• Untuk degradasi, protein dengan demikian harus terlebih dahulu memasuki pori pusat. Masuk ke inti diatur oleh
dua cincin luar yang mengenali protein polubiquitinated (Angka 28-3 dan 28-4).
Three-dimensional structure of ubiquitin. Shown are α-helices (blue), β-strands (green), and the R-groups of lysyl residues (orange). Lys48 & Lys63 are
sites for attachment of additional ubiquitin molecules during polyubiquitination. Created by Rogerdodd at Wikipedia using PyMOL, PDB id 1ubi, and
crediting the European Bioinformatics Institute.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
Reactions involved in the attachment of ubiquitin (Ub) to proteins. Three enzymes are involved. E1 is an activating enzyme, E2 a transferase, and E3 a
ligase. While depicted as single entities, there are several types of E1, and over 500 types of E2. The terminal COOH of ubiquitin first forms a thioester.
The coupled hydrolysis of PPi by pyrophosphatase ensures that the reaction will proceed readily. A thioester exchange reaction now transfers activated
ubiquitin to E2. E3 then catalyzes the transfer of ubiquitin to the ε-amino group of a lysyl residue of the target protein. Additional rounds of ubiquitination
result in subsequent polyubiquitination.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
Representation of the structure of a proteasome. The upper ring is gated to permit only polyubiquitinated proteins to enter the proteosome, where
immobilized internal proteases degrade them to peptides.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
An end-on view of a proteasome. Created by Rogerdodd at Wikipedia and crediting the European Bioinformatics Institute.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
• Untuk penemuan degradasi protein yang dimediasi ubiquitin,
Aaron Ciechanover dan Avram Hershko dari Israel dan Irwin
Rose dari Amerika Serikat dianugerahi Hadiah Nobel 2004 dalam
Kimia.
• Gangguan genetik yang dihasilkan dari cacat pada gen yang
menyandi ubiquitin, ligases ubiquitin, atau deubiquitinating enzim
termasuk sindrom Angelman, penyakit Parkinson autosomal
resesif, sindrom von Hippel-Lindau, dan polycythemia bawaan.
• Untuk aspek tambahan degradasi protein dan ubiquitinasi,
termasuk perannya dalam siklus sel, lihat Bab 4 dan 35.
INTERORGAN EXCHANGE MAINTAINS
CIRCULATING LEVELS OF AMINO ACIDS
• Pemeliharaan konsentrasi asam amino plasma yang bersirkulasi
di antara makanan tergantung pada keseimbangan bersih
antara pelepasan dari penyimpanan protein endogen dan
pemanfaatan oleh berbagai jaringan.
• Otot menghasilkan lebih dari setengah total tubuh asam amino
bebas, dan hati adalah tempat enzim siklus urea yang
diperlukan untuk pembuangan kelebihan nitrogen.
• Otot dan hati dengan demikian memainkan peran utama dalam
menjaga sirkulasi kadar asam amino.
• Gambar 28-5 merangkum keadaan postabsorptive.
• Asam amino bebas, terutama alanin dan glutamin, dilepaskan dari otot
ke dalam sirkulasi. Alanine diekstraksi terutama oleh hati, dan
glutamin diekstraksi oleh usus dan ginjal, yang keduanya mengubah
sebagian besar menjadi alanin.
• Glutamin juga berfungsi sebagai sumber amonia untuk ekskresi oleh
ginjal.
• Ginjal menyediakan sumber serin utama untuk serapan oleh jaringan
perifer, termasuk hati dan otot.
• Asam amino rantai cabang, khususnya valin, dilepaskan oleh otot dan
diambil terutama oleh otak.
Interorgan amino acid exchange in normal postabsorptive humans. The key role of alanine in amino acid output from muscle and gut and uptake by the
liver is shown.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
• Alanine adalah asam amino glukoneogenik kunci (Gambar 28-6).
• Tingkat glukoneogenesis hati dari alanin jauh lebih tinggi daripada dari semua asam
amino lainnya.
• Kapasitas hati untuk glukoneogenesis dari alanin tidak mencapai saturasi sampai
konsentrasi alanin mencapai 20 hingga 30 kali tingkat fisiologis normalnya.
• Setelah makan kaya protein, jaringan splanchnic mengeluarkan asam amino (Gambar
28-7) sementara otot perifer mengekstrak asam amino, dalam kedua kasus asam
amino rantai bercabang.
• Asam amino rantai cabang dengan demikian melayani peran khusus dalam
metabolisme nitrogen.
• Dalam keadaan puasa, mereka menyediakan otak dengan sumber energi, dan
setelahnya mereka diekstraksi secara dominan oleh otot, yang telah terhindar oleh
hati.
The glucose-alanine cycle. Alanine is synthesized in muscle by transamination of glucose-derived pyruvate, released into the bloodstream, and taken up
by the liver. In the liver, the carbon skeleton of alanine is reconverted to glucose and released into the bloodstream, where it is available for uptake by
muscle and resynthesis of alanine.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
Summary of amino acid exchange between organs immediately after feeding.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 29, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
ANIMALS CONVERT α-AMINO
NITROGEN TO VARIED END PRODUCTS
• Tergantung pada niche ekologis dan fisiologi mereka, hewan yang berbeda mengeluarkan
kelebihan nitrogen sebagai amonia, asam urat, atau urea.
• Lingkungan berair ikan teleostean, yang ammonotelic (mengekskresikan amonia),
memungkinkan mereka untuk mengeluarkan air terus menerus untuk memfasilitasi ekskresi
amonia, yang sangat beracun.
• Meskipun pendekatan ini cocok untuk hewan air, burung harus menghemat air dan
mempertahankan berat badan rendah.
• Burung, yang bersifat uricotelic, mengatasi kedua masalah dengan mengeluarkan asam urat
kaya nitrogen (lihat Gambar 33-11) sebagai semisolid guano.
• Banyak hewan darat, termasuk manusia, adalah ureotel dan mengeluarkan urea tidak
beracun dan sangat larut dalam air.
• Karena urea tidak beracun bagi manusia, tingkat darah yang tinggi pada penyakit ginjal adalah
konsekuensi, bukan penyebab, gangguan fungsi ginjal.
BIOSYNTHESIS OF UREA
• Biosintesis urea terjadi dalam empat tahap:
(1) transaminasi,
(2) deaminasi oksidatif glutamat,
(3) transportasi amonia, dan
(4) reaksi siklus urea (Gambar 28-8).
• Ekspresi di hati RNA untuk semua enzim dari siklus urea
meningkatkan beberapa kali lipat dalam kelaparan, mungkin sekunder
untuk meningkatkan degradasi protein untuk menyediakan energi.
Overall flow of nitrogen in amino acid catabolism.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://sso.pacificu.edu/ Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
Transamination Transfers α-Amino Nitrogen
to α-Ketoglutarate, Forming Glutamate
• Transaminasi reaksi menginterconvert pasangan α-asam amino dan
asam α-keto (Gambar 28-9).
• Reaksi transaminasi, yang bebas reversibel, juga berfungsi dalam
biosintesis asam amino (lihat Gambar 27–4).
• Semua asam amino umum kecuali lisin, treonin, prolin, dan
hydroxyproline berpartisipasi dalam transaminasi.
• Transaminasi tidak terbatas pada kelompok α-amino.
• Kelompok δ-amino ornithine (tetapi bukan kelompok ε-amino lisin)
mudah mengalami transaminasi.
Transamination. The reaction is freely reversible with an equilibrium constant close to unity.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
• Alanine-piruvat aminotransferase (alanine aminotransferase) dan glutamate-α-
ketoglutarate aminotransferase (glutamate aminotransferase) mengkatalisasi transfer
gugus amino ke piruvat (membentuk alanin) atau ke α-ketoglutarat (membentuk
glutamat) .
• Setiap aminotransferase spesifik untuk satu pasang substrat, tetapi tidak spesifik untuk
pasangan lain.
• Karena alanin juga merupakan substrat untuk glutamat aminotransferase, nitrogen α-
amino dari semua asam amino yang mengalami transaminasi dapat terkonsentrasi di
glutamat.
• Hal ini penting karena L-glutamat adalah satu-satunya asam amino yang mengalami
deaminasi oksidatif pada tingkat yang cukup dalam jaringan mamalia. Pembentukan
amonia dari kelompok α-amino dengan demikian terjadi terutama melalui nitrogen α-
amino dari L-glutamat.
• Transaminasi terjadi melalui mekanisme "ping-pong" yang ditandai
dengan penambahan substrat dan pelepasan produk secara
bergantian (Gambar 28-10).
• Setelah penghilangan nitrogen α-amino dengan transaminasi,
"kerangka" karbon yang tersisa dari asam amino terdegradasi oleh
jalur yang dibahas dalam Bab 29.
“Ping-pong” mechanism for transamination. E—CHO and E—CH2NH2 represent enzyme-bound pyridoxal phosphate and pyridoxamine phosphate,
respectively. (Ala, alanine; Glu, glutamate; KG, α-ketoglutarate; Pyr, pyruvate.)

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
• Pyridoxal phosphate (PLP), turunan dari vitamin B6, hadir di situs katalitik
dari semua aminotransferase, dan memainkan peran kunci dalam katalisis.
• Selama transaminasi, PLP berfungsi sebagai "pembawa" gugus amino.
Sebuah Schiff base yang terikat enzim (Gambar 28-11) terbentuk antara
kelompok okso dari PLP yang terikat enzim dan gugus α-amino dari asam
α-amino.
• Basis Schiff dapat mengatur ulang dengan berbagai cara. Dalam
transaminasi, penataan ulang membentuk asam α-keto dan pyridoxamine
fosfat yang terikat enzim. Seperti disebutkan sebelumnya, penyakit
tertentu berhubungan dengan peningkatan kadar serum aminotransferase
(lihat Tabel 7–1).
Structure of a Schiff base formed between pyridoxal phosphate and an amino acid.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
L-GLUTAMATE DEHYDROGENASE OCCUPIES A CENTRAL POSITION IN NITROGEN
METABOLISM

• Transfer nitrogen amino ke α-ketoglutarat membentuk L-glutamat.

Hepatic L-glutamate dehydrogenase (GDH), yang dapat menggunakan
NAD + atau NADP +, melepaskan nitrogen ini sebagai amonia (Gambar
28-12).
• Konversi nitrogen α-amino menjadi amonia oleh aksi gabungan
glutamat aminotransferase dan GDH sering disebut
“transdeamination.” Aktivitas GDH hati secara allosterik dihambat
oleh ATP, GTP, dan NADH, dan diaktifkan oleh ADP.
• Reaksi GDH bebas reversibel, dan juga berfungsi dalam biosintesis
asam amino (lihat Gambar 27-1).
The reaction catalyzed by glutamate dehydrogenase, EC 1.4.1.2. NAD(P)+ means that either NAD+ or NADP+ can serve as the oxidoreductant. The
reaction is reversible, but strongly favors glutamate formation.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved
AMINO ACID OXIDASES REMOVE
NITROGEN AS AMMONIA
• Asam L-Amino oksidase hati dan ginjal mengubah asam amino
menjadi asam α-imino yang terurai menjadi asam α-keto dengan
pelepasan ion amonium (Gambar 28-13).
• Flavin tereduksi teroksidasi oleh oksigen molekuler, membentuk
hidrogen peroksida (H2O2), yang kemudian dipecah menjadi O2 dan
H2O oleh katalase
Oxidative deamination catalyzed by L-amino acid oxidase (L-α-amino acid:O2 oxidoreductase, EC 1.4.3.2). The α-imino acid, shown in brackets, is not a
stable intermediate.

Citation: Catabolism of Proteins & of Amino Acid Nitrogen, Rodwell VW, Bender DA, Botham KM, Kennelly PJ, Weil P. Harper's Illustrated Biochemistry, 31e; 2018. Available at:
https://accesspharmacy.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2386&sectionid=187832975 Accessed: November 30, 2018
Copyright © 2018 McGraw-Hill Education. All rights reserved