PERTEMUAN II

FILOGENETIC TREE
TUJUAN PRAKTIKUM:
Mengetahui teknik identifikasi dan Alignment DNA dengan
menggunakan BioEdit dan Mega 6
 KEGIATAN HARI INI
a. Penjelasan Teknis kerja
b. Pembagian 1 sekuen (sekuen Query) untuk 1 kelompok (tersedia 10 sekuen).
c. BLAST 1 sekuen yang dibagikan.
d. Download 10 sekuen hasil alignment, sebagai pembanding(5 sekuen paling atas
dengan identity paling tinggi, dan 5 sekuen bebas) 🡪 download sequence
alignment.
e. Download 1 sekuen outgroup, dari spesies yang berbeda (dalam 1 cakupan family
yang sama) 🡪 berfungsi sebagai Root.
f. Semua file (sekuen Query, 10 sekuen BLAST, 1 sekuen outgroup dijadikan dalam
satu file notepad), rename file.
g. Alignment DNA dengan menggunakan BioEdit, lakukan penyamaan panjang
DNA.
h. Lakukan rekonstruksi pohon filogenetik dengan Mega 6.
 KEGIATAN HARI INI
a. Buat Laporan: Cover, Tujuan, Teori inti (1/2 halaman A4), Cara Kerja (tahapan
pengerjaan berupa SS dan penjelasan gambar), pembahasan (jelaskan tentang pohon
filogenetiknya; kekerabatan dan bootstrap, bakteri yang berhasil diidentifikasi,
menggunakan gen apa, taksonomi bakteri, penyakit yang dapat disebabkan oleh
bakteri tersebut), dan kesimpulan 🡪 DIKIRIM BY EMAIL DENGAN
MENGGUNAKAN 1 EMAIL (EMAIL KETUA KELAS) JUMAT 22 FEBRUARY
2019 SEBELUM 10.00 WIB
b. Minggu depan presentasi hasil konstruksi filogenetik, dengan konten:
▪ Gambar Filogenetik dan Penjelasan
▪ Nilai Bootstrap dan artinya
▪ Hasil identifikasi sekuen/ kekerabatan
▪ Klasifikasi Spesies
▪ Lokasi tumbuh
▪ Jenis Penyakit yang dapat disebabkan
 EXERCISE !

>X14 16S rRNA gene

CTAACACATGCAAGTCGAGCGGTGAGAGAGGTGCTTGCACCTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATG
CCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACGCTCGGAAACGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGG
AGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGGTAGTTGGTGAGGTA
ATGGCTCAACAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGG
TCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCG
CGTGTGTGAAGAAGGTCAACGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGAGGAAGGGCATTAACCTAATACGTTA
GTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCAAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGT
GCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCC
CGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTG
TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGA
CACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTC
AACTAGCCGTTGGGAGCCCTGAGCTCTTAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTAC
GGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCAATGAACTTTCGAGAGATGGATTGGTGCCTTCGG
GAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAAC
GAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAAC
CGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
TCGGTACAGAGGGTTGCCATGCCGCGAGGTGGAGCTAATCCCACAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAG
TCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTC
CCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTC
GGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT
 EXERCISE !

>Pseudomonas corrugata 16S rRNA gene

CTAACACATGCAAGTCGAGCGGTGAGAGAGGTGCTTGCACCTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATG
CCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACGCTCGGAAACGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGG
AGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTA
ATGGCTCAACAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGG
TCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCG
CGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGAGGAAGGGCATTAACCTAATACGTTA
GTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGT
GCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCC
CGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTG
TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGA
CACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTC
AACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTTAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTAC
GGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGG
GAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAAC
GAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAAC
CGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
TCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCTAATCCCACAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAG
TCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTC
CCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTC
GGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT
 EXERCISE !
1. BLAST the X14 !
 EXERCISE !
2. Download 10 fasta from BLAST Result !

3. Rename the sequence name!

 EXERCISE !
4. Dalam NotePad + OUTGROUP + X14
1. >X14
2. >Pseudomonas corrugata strain Slade 939/1 16S ribosomal RNA gene
3. >Pseudomonas corrugata strain RM114
4. >Pseudomonas corrugata 16S rRNA gene strain LMG 5036
5. >Pseudomonas sp. G11(2010) 16S ribosomal RNA gene
6. >Pseudomonas kilonensis strain 520-20 16S ribosomal RNA gene
7. >Pseudomonas fluorescens ribosomal RNA
8. >Pseudomonas fluorescens strain FW300-N2C3
9. >Pseudomonas fluorescens 16S rRNA gene strain F113
10. >Pseudomonas kilonensis 16S rRNA gene strain R-54757
11. >Pseudomonas brassicacearum strain LBUM300
12. >Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA gene strain KSG
13. >Escherichia coli 16S rRNA gene isolate ECSD9

5. Open BIOEDIT, Align the FASTA!

Lalu, OK
Ganti jadi Edit

Ukuran DNA harus sama

 EXERCISE !
6. Edit file Fasta dari BioEdit dengan menggunakan Mega 6

1. Convert format file dari Fasta BioEdit ke format Mega 6

▪ *.fas 🡪 *.meg
2. Konstruk Pohon Filogenetik dengan metode Maksimum Likelihood.
3. Set Bootstrap 1000.
Buka file dari BioEdit,
Lalu OK,
Simpan dalam format
*.meg
Bootstrap 1000
 Common Phylogenetic Tree Terminology

Terminal Nodes
Branches or
Lineages A Represent the
TAXA (genes,
populations,
B species, etc.)
used to infer
C the phylogeny

D
Ancestral Node
or ROOT of Internal Nodes or E
the Tree Divergence Points
(represent hypothetical
ancestors of the taxa)