Analisis Variasi Genetik:

DNA dan Protein

 DNA
• DNA merupakan suatu polimer nukleotida ganda
yang berpilin ke arah kanan (double heliks).

• DNA merupakan suatu polimer yang terdiri atas

nukleotida-nukleotida dengan jumlah ratusan
atau ribuan.

• Setiap nukleotida terdiri dari 1 gugus fosfat, 1

basa nitrogen, dan 1 gula pentosa
 DNA
1. Gugus fosfat (PO4-); berfungsi untuk mengikat molekul gula
satu dengan gula yang lain.
2. Basa nitrogen ini terikat pada setiap molekul gula. Basa
nitrogen dibedakan menjadi dua.
a.Basa Purin
Basa purin dengan struktur cincin ganda yaitu Adenin (A)
dan Guanin (G)
b.Basa Pirimidin
Basa pirimidin dengan struktur cincin tunggal yaitu Timin
(T) dan Sitosin (C)
3. Gula Pentosa Deoksiribosa; berfungsi untuk membentuk
rangkaian gula fosfat yang merupakan tulang punggung atau
kekuatan dari struktur double helix DNA.
• DNA dapat menentukan sifat genetik suatu
individu karena setiap makhluk hidup
mempunyai urutan pasangan basa yang spesifik
dan berbeda dengan yang lain.

• Perbedaan urutan pasangan basa antar individu

dapat dilihat pada saat sequence (proses
pengurutan basa) dalam analisis DNA.
 Fungsi DNA
1. Pembawa informasi genetik. DNA sebagai bentuk kimiawi gen merupakan
pembawa informasi genetik makhluk hidup. DNA membawa instruksi bagi
pembentukan ciri dan sifat makhluk hidup.
2. Berperan dalam duplikasi diri dan pewarisan sifat. Oleh karena DNA
mengandung semua informasi sifat makhluk hidup, ia juga harus
memiliki informasi bagi perbanyakan diri (replikasi). Replikasi DNA
memberikan jalan bagi DNA untuk diwariskan dari satu sel ke sel lainnya.
Replikasi DNA disebut juga auokatalis.
3. Ekspresi informasi genetik. Gen-gen membawa informasi untuk
membentuk protein tertentu. Proses ini terjadi melalui mekanisme sintesis
protein. Proses pembentukan protein ini terjadi melalui proses transkripsi
DNA menjadi RNA dan translasi RNA membentuk rantai polipeptida.
4. Sebagai heterokatalis, yaitu kemampuan DNA untuk dapat mensintesis
senyawa lain.
 Replikasi DNA

DNA mempunyai kemampuan untuk

mengadakan replikasi, yaitu memperbanyak
diri atau menggandakan diri. Tujuan replikasi
DNA adalah agar sel anakan hasil pembelahan
mengandung DNA yang identik dengan DNA
sel induknya. Kesalahan dalam replikasi DNA
dapat mengakhibatkan perubahan pada sifat
sel-sel anakan.
 Model Replikasi DNA

Para ahli mengemukakan tiga model mekanisme replikasi DNA, yaitu sebagai berikut:

a. Model Konservatif
Kedua untai polinukleotida induk atau yang lama tidak berubah dan berfungsi sebagai cetakan. Jadi,
heliks ganda DNA baru tidak mengandung polinukleotida lama.

b. Model Semikonservatif
Replikasi semikonservatif ini melalui cara, yaitu pita double heliks DNA induk terpisah, kemudian
mensintesis pita DNA yang baru dengan cara melengkapi (komplementasi) pada masing-masing pita
DNA induk tersebut.

c. Model Dispersif
Dispersif ini melalui cara, yaitu kedua pita double heliks induk terputus membentuk segmen-segmen
pita DNA yang baru, kemudian segmen pita DNA induk akan disambung dengan segmen pita DNA
baru. Sehingga pada peristiwa ini hasil akhirnya adalah segmen pita DNA induk dengan segmen pita
DNA yang baru yang tersebar pada pita double heliks DNA yang terbentuk.
Model replikasi DNA: (a) konservatif, (b) semikonservatif, (c) dispertif
 Mekanisme Replikasi DNA

Replikasi DNA terjadi di dalam nukleus. Sumber energinya berasal dari

nukleosida trifosfat (nukleotida dengan 3 gugus fosfat). Replikasi DNA dikatalis
oleh beberapa enzim, antara lain sebagai berikut.
a. Helikase,
berfungsi memutuskan ikatan-ikatan hidrogen untuk membuka heliks
ganda DNA menjadi dua untai tunggal.
b. Singel-strand binding protein, menjaga agar hidrogen yang dipisah
oleh helikase tidak bersatu kembali.
c. RNA primase, untuk menggabungkan nukleotida-nukleotida RNA agar
dapat membentuk primer
d. DNA polimerase, berfungsi menggabungkan nukleotida-nukleotida
menjadi polimer DNA yang panjang.
e. DNA ligase, berfungsi menyambungkan fragmen-fragmen DNA
(fragmen Okazaki) yang baru terbentuk sehingga menjadi untaian DNA
yang lengkap.
a. Helikase membuka heliks ganda DNA induk.
b. Singel-strand binding protein menstabilkan DNA induk yang terbuka.
c. Untai utama (leading strand) disintesis secara terus-menerus pada arah 5’
→ 3’ oleh DNA polimerase. Pembentukan leading strand dimulai dari satu
primer RNA yang disintesis oleh enzim primase. Primer RNA bukanlah
DNA tetapi potongan pendek RNA. DNA polimerase kemudian
menggantikan nukleotida primer RNA dengan DNA.
d. Untuk memanjangkan untai baru DNA yang lain, DNA polimerase harus
bekerja di sepanjang cetakan yang jauh dari cabang replikasi. Untai DNA
yang disintesis pada arah ini disebut lagging strand (untai lamban).
Lagging strand disintesis secara tidak kontinu. Enzim primase menyintesis
primer-primer RNA pendek yang kemudian diperpanjang oleh DNA
polimerase membentuk fragmen Okazaki.
e. Setelah primer RNA diganti menjadi DNA oleh DNA polimerase yang
lainnya, DNA ligase menggabungkan fragmen Okazaki ke untai yang
sedang tumbuh.
Replikasi
 RNA
RNA (ribonucleic acid) adalah makromolekul polinukleotida yang
berbentuk untai tunggal. RNA berperan dalam sintesis protein. RNA
memiliki untai polimer yang lebih pendek dari pada DNA karena
dibentuk melalui transkripsi fragmen-fragmen DNA. Keberadaan RNA
di dalam sel tidak tetap karena RNA mudah terurai dan harus
diproduksi kembali. Komponen penyusun RNA, yaitu sebagai berikut.
1. Gula ribosa berkarbon 5
2. Gugus fosfat
3. Basa nitrogen, terdiri atas dua jenis:
a. Purin, ada dua macam: guanin (G) dan adenin (A).
b. Pirimidin, ada dua macam: urasil (U) dan sitosin (S atau C)
 Fungsi RNA

1. Menyampaikan informasi genetik dalam bentuk

kode-kode genetik dalam inti ke ribosom dan
sebagai pola cetakan dalam membentuk
polipeptida.
2. Sebagai mesin perakit dalam sintesis protein
yang bergerak ke satu arah sepanjang RNA
duta.

3. Mengangkut asam-asam amino ke ribosom.

 Jenis RNA
1. RNA duta (RNA-d) atau messenger RNA ,
o RNA duta adalah RNA yang menjadi model cetakan dalam proses
penyusunan asam amino pada rantai polipeptida atau sintesis protein.
o Disebut RNA duta, karena molekul ini merupakan penghubung DNA
dengan protein dan membawa pesan berupa informasi genetik dari DNA
untuk membentuk protein.
o Informasi genetik berupa urutan nukleotida RNA duta yang memesan
suatu asam amino yang disebut kodon.
o Penyusunan rantai polipeptida tergantung dari urutan kodon pada RNA
duta. Urutan kodon pada RNA-d yang dicetak DNA tergantung pada
macam protein yang akan disintesis.
o RNA duta berumur sangat pendek, hanya beberapa menit hingga
beberapa hari, setelah itu akan segera terurai.
o RNA duta pada sel eukariotik berumur lebih panjang daripada sel
prokariotik.
 2. RNA transfer (RNA-t)

o RNA-t disebut RNA pemindah dan merupakan RNA yang terpendek.

o Fungsi RNA-t adalah menerjemahkan kode-kode (kodon) yang

dibawa oleh RNA-m. Hasil terjemahan ini berupa deretan basa
nitrogen yang sesuai dengan kodon yang ada pada RNA-m.

o RNA-t harus komplemen dengan kodon pada RNA d, sehingga disebut

antikodon

o Antikodon adalah triplet basa nitrogen yang terikat dengan kodon

RNA-m secara spesifik.

o RNA-t juga membawa asam amino yang sesuai dengan kodon-kodon

RNA-d. RNA-t mempunyai antikodon yang mampu mengenali dua
atau lebih kodon yang berbeda sehingga jumlahnya lebih sedikit dari
jumlah kodon, yaitu sekitar 45 dari jumlah total kodon sebanyak 61.
3. RNA ribosom (RNA-r)

o RNA-r dibentuk dari prekusor yang disebut RNA pra ribosom,

o mempunyai berat molekul sekitar 2 juta dan merupakan molekul
paling besar dibandingkan RNA-d dan RNA-t.
o RNA ribosom mengandung 50 – 2.000 asam amino.
o RNA-r meskipun tidak digunakan selalu terdapat dalam ribosom.
o Bersama-sama dengan protein, RNA ini akan membentuk struktur
ribosom yang mengatur proses translasi.
o RNA-r berfungsi sebagai mesin perakit yang bergerak ke satu arah
sepanjang RNA-d dalam proses sintesis protein.
o RNA-r dibuat oleh DNA dari gen khusus dalam kromatin yang
melekat pada nukleolus.
 Perbedaan DNA dan RNA
Faktor
No DNA RNA
Perbedaan

Di dalam nukleus yaitu Di dalam sitoplasma,

1 Letak dalam kromosom, terutama dalam ribosom, dan
mitokondria, dan kloroplas. juga dalam nukleus.

Rantai panjang dan ganda

2 Bentuk struktur Rantai pendek dan tunggal
(double helix)
Berhubungan erat dengan
Berhubungan erat dengan
3 Fungsi penurunan sifat dan sintesis
sintesis protein.
protein.
Tidak dipengaruhi oleh Dipengaruhi oleh aktivitas
4 Kadar jumlah
aktivitas sintesis protein sintesis protein
Terdiri atas purin: Adenin Terdiri atas purin: Adenin
(A) dan Guanin (G), (A) dan Guanin (G),
5 Basa Nitrogen
pirimidin: Timin (T) dan pirimidin: Urasil (U) dan
Sitosin (S). Sitosin (C).
Deoksiribosa yaitu ribosa
yang kehilangan satu atom
6 Komponen gula D-ribosa (pentosa).
oksigen pada atom C nomor
2.
Periode pendek karena
7 Keberadaannya Permanen
mudah terurai
 Sintesis Protein

• Sistesis protein adalah proses pembentukan partikel protein

yang dilakukan oleh sel-sel hidup untuk membuat protein dengan
melibatkan sistesis RNA yang dipengaruhi oleh DNA.
• Proses sintesis protein ini dimulai dari produksi asam amino yang
berbeda, dari yang beberapa berasal dari sumber makanan.
• Dalam proses sintesa protein, molekul DNA adalah sumber
pengkodean asam nukleat untuk menjadi asam amino yang menyusun
protein.
• Namun, DNA tidak terlibat secara langsung dalam prosesnya tersebut.
• Molekul DNA pada suatu sel ditranskripsi menjadi molekul RNA.
• RNA inilah yang kemudian ditranslasi menjadi asam
amino sebagai penyusun protein
• Sintesis protein berlangsung di dalam inti sel dan
ribosom dengan bahan baku berupa asam amino.
• Terdapat 20 jenis asam amino. Jenis asam amino dalam
sintesis protein ditentukan oleh DNA.
• sintesis protein merupakan dasar untuk mempelajari
bagaimana informasi genetik dalam DNA diekspresikan
dalam suatu mahkluk hidup serta menjelaskan bahwa
protein sebagai jembatan yang menghubungkan antara
genotipe (faktor pembawa sifat) dengan fenotipe (sifat
yang tampak).
• Kunci utama dalam proses sintesis protein adalah DNA
yang merupakan material genetika dari sel.
Pembentukan protein atau sintesis protein mengalami
dua tahap yakni transkripsi dan translasi.
 Transkripsi
• Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai
cetakan atau template, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai non
template.
• Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi.
• Informasi dari DNA untuk sintesis protein dibawa oleh m RNA.
• RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA polimerase.
• Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan
merangkaikan nukleotida RNA.
• Enzim RNA polimerase merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5’-3’, saat
terjadi perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA.
• Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan
nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai
dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), terminasi
(pengakhiran) rantai m RNA.

1. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.

2. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda DNA,
sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya.

3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang
berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase
terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang
lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari
enzim tersebut.
 Translasi
• Translasi adalah tahap kedua produksi protein, setelah transkripsi, pengkodean DNA
menjadi petunjuk untuk perakitan protein dalam bentuk mRNA. Translasi membuat struktur
dasar yang mendasari banyak jaringan hidup, tetapi aspek penting sintesis protein berlanjut
setelah terjemahan.
• Translasi adalah perakitan protein dari asam amino dalam urutan tertentu sesuai dengan
petunjuk dari mRNA. mRNA bergerak keluar dari inti ke ribosom sel ketika translasi dimulai.
• RNA diatur sesuai dengan kode tertentu, di mana urutan tiga nukleotida diatur untuk
mengkodekan asam amino yang sesuai, sebuah unit yang disebut kodon.
• Ribosom mengelilingi mRNA, menggunakannya untuk merakit sebuah rantai asam amino
dalam urutan yang sama bahwa mereka akan ditemukan dalam protein selesai. Ini
membentuk kompleks pasangan satu asam amino dengan kodon mRNA yang sesuai.
• Translasi terdiri dari tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi.
• Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan
ribosom selama proses translasi.
Kode Genetik dan Asam Amino